Ao longo dos anos a cidade de Curitiba foi crescendo e a SEB, observando a demanda por profissionais da área de saúde, fundou o Centro de Estudos e Pesquisas Evangélico. Percebendo a força da qualidade do ensino oferecido, em 1969 nasceu a Faculdade Evangélica do Paraná.
Em 2 de janeiro de 1969 foram iniciadas as aulas do Curso de Medicina. O Decreto nº 63087 de 13 de janeiro de 1969, publicado no D.O.U. de 15 de janeiro de 1969, autorizou o funcionamento da faculdade anexa ao Hospital Evangélico de Curitiba. Pelo Decreto nº 73873 de 26 de março de 1974 publicado no D.O.U em 27 de março de 1974 foi reconhecido o Curso de Medicina.
Em 07 de fevereiro de 1980, por meio do Parecer 170/80 da CESU, o CFE permitiu o aumento de 45 para 60 vagas. Em dezembro de 2000 a Faculdade de Medicina do Paraná (FEMPAR) passou a ser denominada Faculdade Evangélica do Paraná (FEPAR).
Em 22 de maio de 2006 foi autorizado pelo Parecer nº 140/2006 o aumento de 40 vagas anuais, passando a oferta ser de 100 vagas ano, com duas entradas semestrais de 50 vagas em cada semestre. O currículo do Curso de Medicina deixou de ser apresentado de forma seriada anual e passou a ter apresentação seriada semestral.
O projeto de transformação curricular do Curso de Medicina foi aprovado pelo Edital Pró-Saúde I (nº 2101) da Secretaria da Gestão do Trabalho e da Educação na Saúde do Ministério da Saúde, tendo início o processo de estudo e viabilização da reforma curricular, que visava reorientação da formação, ampliação do internato, diversificação de cenários de ensino-aprendizagem, desenvolvimento docente e integração das disciplinas.
A Portaria MEC nº 19, de 29 de janeiro de 2014, autoriza o aumento de 20 vagas anuais para o Curso de Medicina, passando a ofertar 120 vagas anuais. Em 2016 houve a renovação do reconhecimento do Curso por meio da Portaria nº 745/2019.
Em 20 de novembro de 2018, o INSTITUTO PRESBITERIANO MACKENZIE associação civil filantrópica, confessional com finalidade educacional, social, assistencial e de saúde, sem fins lucrativos e econômicos, devidamente inscrita no CNPJ sob o n. 60.967.551/0001-66, com sede na Rua da Consolação, 896, São Paulo - SP, CEP: 01302-907, torna-se instituição mantenedora da Faculdade Evangélica do Paraná que então passou a denominar-se FACULDADE EVANGÉLICA MACKENZIE DO PARANÁ – FEMPAR.
Em 2022 foram inaugurados o Ambulatório Acadêmico e o Biotério, trazendo a oportunidade de engrandecimento para a pesquisa e desenvolvimento científico, para a instituição e principalmente para a formação dos alunos de graduação e pos-graduação.
O Instituto Presbiteriano Mackenzie é uma instituição educacional privada, confessional e sem fins lucrativos, com 150 anos de história. Desde sua fundação, a Instituição é agente de uma série de inovações pedagógicas acompanha e influencia o cenário da educação no país. Um de seus principais objetivos é formar cidadãos com capacidade de discernimento, com critérios e condições para fazer a leitura do mundo em que vivem, a partir de valores e princípios eternos, e que sejam aptos a intervir na sociedade.
Ao longo de sua existência, implantou cursos com o objetivo de abranger novas áreas do conhecimento e acompanhar o progresso da sociedade com intensa participação comunitária. Tornou-se reconhecido pela tradição, pioneirismo e inovação na educação, o que permitiu alcançar o posto de uma das mais renomadas instituições de ensino, entre as que mais contribuem para o desenvolvimento científico e acadêmico do País. Como entidade confessional, promove o desenvolvimento de cidadãos que sejam solidários, responsáveis e busquem a Deus em seus caminhos.