Discussion :

[selyousfi]

Bonjour tout le monde,

Je suis nouveau sur le forum et d�butant dans la programmation java /J2EE. mon probl�me c'est que je n'arrive pas � lire le contenu d'un fichier xml dans premier temp et le modifier dans un deuxi�me temps avec l'API JDOM.

voici un extrait du fichier que voudrais parcourir:

Code xml :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!-- Created by JWS2SBML on 2008/05/26 09:12:19-->
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2" level="2" version="1">
 <model name="curien">
  <listOfCompartments>
    <compartment id="compartment" name="compartment" size="1"/>
  </listOfCompartments>
  <listOfSpecies>
    <species id="Hser" name="Hser" compartment="compartment" initialConcentration="0" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Phser" name="Phser" compartment="compartment" initialConcentration="0"/>
    <species id="Cys" name="Cys" compartment="compartment" initialConcentration="15" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Cystathionine" name="Cystathionine" compartment="compartment" initialConcentration="0" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Phi" name="Phi" compartment="compartment" initialConcentration="10000" boundaryCondition="true" constant="true"/>
    <species id="Thr" name="Thr" compartment="compartment" initialConcentration="0" boundaryCondition="true" constant="true"/>
  </listOfSpecies>
  <listOfParameters>
    <parameter id="V1" name="V1" value="1"/>
    <parameter id="kcat2" name="kcat2" value="30"/>
    <parameter id="KmCYS" name="KmCYS" value="460"/>
    <parameter id="KmPHSER" name="KmPHSER" value="2500"/>
    <parameter id="Ki2" name="Ki2" value="2000"/>
    <parameter id="Ki3" name="Ki3" value="1000"/>
    <parameter id="CGS" name="CGS" value="0.7"/>
    <parameter id="TS" name="TS" value="5"/>
    <parameter id="AdoMet" name="AdoMet" value="20"/>
  </listOfParameters>
</model>
</sbml>

et voici le code que j'utilise :

SAXBuilder saxBuilder = new SAXBuilder();//construire un Objet SAXBuilder

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
  Document doc = saxBuilder.build(new File(browsejTxtFld.getText()));
                System.out.println("path = " + browsejTxtFld.getText());
 
                Element sbml = doc.getRootElement();
                Element model = sbml.getChild("model");
                List species = model.getChildren("listOfSpecies");
                Iterator sepciesIt = species.iterator();
 
                while(sepciesIt.hasNext())
                {
                   Element spece = (Element)sepciesIt.next();
                   System.out.println(spece.getChild("species").getValue());
 
                }

Merci de toute vos r�ponse

[Djobird]

Bonjour et welcom ^^
Deux trois choses pour que l'on puisse t'aider :
Penser � utiliser les balise [code] pour que ton code soit lisible.
Et pr�cise nous exactement ton probl�me, car "je n'y arrive pas" ne nous aide pas vraiment. Ca plante, les r�sultats ne sont pas ceux escompt� ou autre ?

[blackhock]

Salut selyousfi,
Moi pour lire mes fichier XML j'ai utilis� un code avec DocumentBuilderFactory ui ressemble a, c'est d'ailleurs un membre de du forum qui m'a aid� avec ce code:

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
 
import org.w3c.dom.*;
import javax.xml.parsers.*;
 
public class ReadXml {
	public static void main(String[] args) {
 
		DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
		DocumentBuilder builder = null;
		Document doc = null;
		Element racine = null;
		NodeList nodeList = null;
		try {
			builder = factory.newDocumentBuilder();
			doc = builder.parse("fichier.xml");
			racine = doc.getDocumentElement();
			nodeList = racine.getElementsByTagName("file");
			for (int i = 0; i < nodeList.getLength(); i++) {
				Element e = (Element)nodeList.item(i);
				System.out.println(e.getAttribute("Name"));
			}
		} catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

Sachant le fichier XML est du genre: <file Name="NomDeFichier"></file> pour te pr�ciser c'est quoi file et Name
Apr�s pour modifier le contenu de ton fichier XML... je ne sais pas trop comment faire.

[selyousfi]

Merci blackhock pour ta r�ponse,
Toi tu parcours ton fichier en utilisant le Parser Dom, alors que moi je voudrais utiliser Parser JDOM. Certe Jdom est � peu pr�s la m�me chose sauf il utilise plus de featurs que DOM.

Si quelqu'un pourrait me corrig� svp.

[ttttnht]

Bonjour,

Il faut utiliser le name space dans ton code comme ceci:

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34

  public void testJDom() {

    Document document = null;
    Namespace nameSpace = Namespace.getNamespace("xsi", "http://www.sbml.org/sbml/level2");

    SAXBuilder builder = new SAXBuilder();
    try {
      document = builder.build("fichier.xml");

      Element sbml = document.getRootElement();
      Element model = sbml.getChild("model", nameSpace);
      List species = model.getChildren("listOfSpecies", nameSpace);

      for (Object o : species) {
        List speciesList = ((Element)o).getChildren();
        // Liste species
        for (Object sp : speciesList) {
          List attributeList = ((Element)sp).getAttributes();
          for (Object attr : attributeList) {
            System.out.println(((Attribute)attr).getName() + " = " + ((Attribute)attr).getValue());
          }
          System.out.println();
        }
      }
    }
    catch(JDOMException e) {
      System.err.println(e.getMessage());
    }
    catch(IOException e) {
      System.err.println(e.getMessage());
    }
  }

Ce programme d�pendra de ta structure du fichier xml.

[selyousfi]

J'ai r�solu finalement mon probl�me, je vous fait part de mon code. :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
 
public class Main {
  public static void main(String[] args) {
        try {
            //Lecture du fichier
            SAXBuilder parser = new SAXBuilder();
            Document doc = parser.build("test.xml");
 
            Element root = doc.getRootElement();// Retourn l'élément Root du document (Sbml dans notre exemple)
            //System.out.println("Root element : " + root);
 
            //Traitement du fichier
            List listOfModels = root.getChildren(); //Return la liste des modèles (1 seul model dans notre cas: model)
            //System.out.println("List of children of Root element : " + listOfModels);
 
            Iterator listOfModelsIt = listOfModels.iterator();// on définit un itérateur sur cette liste de modèles
 
            while( listOfModelsIt.hasNext())
            {
                Element currentModel = (Element) listOfModelsIt.next();
                List dataModel = currentModel.getChildren();// on appele les diffrents enfants du model courant dataModel
 
                //Traitement compatments
                //System.out.println("-- List Of Compartment --\n");
                Element listOfCompartments = (Element) dataModel.get(0);
                List listOflistOfCompartments = listOfCompartments.getChildren();
                Iterator listOflistOfCompartmentsIt = listOflistOfCompartments.iterator();
                while(listOflistOfCompartmentsIt.hasNext())
                {
                    Element currentCompartment = (Element) listOflistOfCompartmentsIt.next();
                    currentCompartment.setAttribute("id", "compartment");
                    currentCompartment.setAttribute("name", "compartment");
                    //System.out.println(currentCompartment.getAttribute("name").getValue());
                }

Merci poiur votre participation
A+