Discussion :

[anibal]

Bonjour je suis en train d'essayer de compiler un code source mais j'ai des problemes lors de la compilation que je comprends pas le code a �t� d�velopp� sous VC et je l'ai adapt� sous linux.

Voici le message d'erreur

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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g++ -c Analysis.cpp -o Analysis.o
Analysis.cpp: In function 'void DiscardMotif()':
Analysis.cpp:108: error: no match for 'operator=' in 'MotifIter = MotifMap. std::map<_Key, _Tp, _Compare, _Alloc>::erase [with _Key = int, _Tp = MotifItem_t, _Compare = std::less<int>, _Alloc = std::allocator<std::pair<const int, MotifItem_t> >](MotifIter)'
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../include/c++/4.1.2/bits/stl_tree.h:152: note: candidates are: std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >& std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >::operator=(const std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >&)
Analysis.cpp: In function 'void UniqueMotif()':
Analysis.cpp:126: error: no match for 'operator=' in 'Next = MotifMap. std::map<_Key, _Tp, _Compare, _Alloc>::erase [with _Key = int, _Tp = MotifItem_t, _Compare = std::less<int>, _Alloc = std::allocator<std::pair<const int, MotifItem_t> >](Next)'
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../include/c++/4.1.2/bits/stl_tree.h:152: note: candidates are: std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >& std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >::operator=(const std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >&)
make: *** [Analysis.o] Error 1

Merci de votre aide

[koala01]

Salut,

En gros, il se plaint du fait qu'il n'y a pas d'op�rateur d'affectation...

Il te signale que ce l'op�rateur d'affectation possible passe par un it�rateur de type std::pair.

Visiblement, si on en croit les renseignements donn�s, tu essaie de supprimer une entr�e dans un tableau associatif de type std::map<int, MotifItem_t>.

La fonction erase de la std::map utilise un it�rateur, et il est donc vraissemblable que tu doive disposer d'un it�rateur sur l'�l�ment � supprimer:

• Soit en tant que membre de ta classe
• Soit fournis comme param�tre � ta fonction
• Soit recherch� dans la fonction sur base d'une cl� fournie en param�tre de la fonction

PS: Il aurait �t� beaucoup plus facile pour tout le monde si tu avais fournis le code des fonctions incrimin�es, � savoir DiscardMotif et UniqueMotif

[anibal]

pas de probleme les voici :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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void DiscardMotif()
{
	map<int,MotifItem_t>::iterator MotifIter;
	bool bAdd;
 
	for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();bAdd?MotifIter++:MotifIter)
	{
		bAdd=false;
		if((int)(unsigned int)(*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
			MotifIter = MotifMap.erase(MotifIter);
		else
			bAdd=true;
	}
}
 
void UniqueMotif()
{
	map<int, MotifItem_t>::iterator MotifIter, Next;
	bool bAdd;
 
	for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();MotifIter++)
	{
		Next=MotifIter;
		for(++Next;Next!=MotifMap.end();bAdd?Next++:Next)
		{
			bAdd=false;
			if((*MotifIter).second.ProteinID==(*Next).second.ProteinID && (*MotifIter).second.ProteinPos[0]==(*Next).second.ProteinPos[0])
				Next=MotifMap.erase(Next);
			else
				bAdd=true;
		}
	}
}

[anibal]

j'ai enlev� "MotifIter =" dans la premi�re et "Next=" et il rale plus

[anibal]

par contre lors de la compilation en verufuant les bugs un par un j'ai obtenu �a comme message d'erreur

g++ -c Analysis.cpp -o Analysis.o
g++ -c MotifFinding5.cpp -o MotifFinding5.o
g++ -c ReadProteinFile.cpp -o ReadProteinFile.o
g++ -c stdafx.cpp -o stdafx.o
g++ -c SubstitutionMatrix.cpp -o SubstitutionMatrix.o
g++ -c Tools.cpp -o Tools.o
g++ -o motif Analysis.o MotifFinding5.o ReadProteinFile.o stdafx.o SubstitutionMatrix.o Tools.o -g -g -lm -L blosum.h blosum62.h stdafx.h structure.h
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [motif] Error 1

[anibal]

j'ai trouv� le probl�me.

Merci tout de meme de votre message

[anibal]

ou peut etre pas

j'ai compil� j'ai lanc� et l� segmentation fault avec �a comme erreur

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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*** glibc detected *** ./motif: double free or corruption (fasttop): 0x00000000009a2260 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x37ae470412]
/lib64/libc.so.6(cfree+0x8c)[0x37ae473b1c]
./motif[0x408031]
./motif[0x408059]
./motif[0x4080a4]
./motif[0x408b32]
./motif[0x41566b]
./motif[0x4142b4]
./motif[0x40238a]
./motif[0x403bbb]
./motif[0x40f2da]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4)[0x37ae41dab4]
./motif(__gxx_personality_v0+0xb1)[0x4018b9]
======= Memory map: ========
00400000-00421000 r-xp 00000000 00:20 8823532                            /groupes/poch/aniba/PattDT/motif
00621000-00622000 rw-p 00021000 00:20 8823532                            /groupes/poch/aniba/PattDT/motif
00622000-009af000 rw-p 00622000 00:00 0                                  [heap]
37ae000000-37ae01a000 r-xp 00000000 fd:00 2193610                        /lib64/ld-2.6.so
37ae21a000-37ae21b000 r--p 0001a000 fd:00 2193610                        /lib64/ld-2.6.so
37ae21b000-37ae21c000 rw-p 0001b000 fd:00 2193610                        /lib64/ld-2.6.so
37ae400000-37ae547000 r-xp 00000000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae547000-37ae747000 ---p 00147000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae747000-37ae74b000 r--p 00147000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae74b000-37ae74c000 rw-p 0014b000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae74c000-37ae751000 rw-p 37ae74c000 00:00 0
37ae800000-37ae882000 r-xp 00000000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37ae882000-37aea81000 ---p 00082000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37aea81000-37aea82000 r--p 00081000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37aea82000-37aea83000 rw-p 00082000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37b4400000-37b440d000 r-xp 00000000 fd:00 2193623                        /lib64/libgcc_s-4.1.2-20070503.so.1
37b440d000-37b460d000 ---p 0000d000 fd:00 2193623                        /lib64/libgcc_s-4.1.2-20070503.so.1
37b460d000-37b460e000 rw-p 0000d000 fd:00 2193623                        /lib64/libgcc_s-4.1.2-20070503.so.1
37b5000000-37b50e5000 r-xp 00000000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b50e5000-37b52e5000 ---p 000e5000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b52e5000-37b52eb000 r--p 000e5000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b52eb000-37b52ee000 rw-p 000eb000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b52ee000-37b5300000 rw-p 37b52ee000 00:00 0
2aaaaaaab000-2aaaaaaac000 rw-p 2aaaaaaab000 00:00 0
2aaaaaada000-2aaaaaadd000 rw-p 2aaaaaada000 00:00 0
2aaaac000000-2aaaac021000 rw-p 2aaaac000000 00:00 0
2aaaac021000-2aaab0000000 ---p 2aaaac021000 00:00 0
7fffc4b6a000-7fffc4b80000 rw-p 7fffc4b6a000 00:00 0                      [stack]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0                  [vdso]

ce que j'ai fait dans les deux premi�res routines n'est peut etre pas ce qu'il fallait faire

[anibal]

�a peut venir des fonctions DiscardMotif() et UniqueMotif() ?

[koala01]

Ceci dit, et sans vouloir �tre m�chant, j'ai rarement vu un code aussi

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();bAdd?MotifIter++:MotifIter)

A choisir, je pr�f�rerais encore une simple boucle "tant que" du style

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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MotifIter=MotifMap.begin();
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    /* reste du code */
    if(bAdd)
        MotifIter++;
}

qui aurait le meme effet.

De m�me, pour le code

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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if((int)(unsigned int)(*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    MotifIter = MotifMap.

Heuu... je ne suis pas sur de bien comprendre l'utilit� de caster ProteinId.size() en entier non sign� (car size() renvoie d�j� un... entier non sign�, grace � un typdef unsigned int size_t), puis de le re caster en entier sign�...

On peut, en outre, estimer que Motif_MembreSize ne sera jamais inf�rieur � 0...

D�s lors, pourquoi ne pas, tout simplement, utiliser un entier non sign� comme type pour Motif_MemberSize, et s'�viter les casts inutiles

Au final, le code pourrait tr�s bien �tre, tout simplement (apres avoir d�cid� d'utiliser une size_t comme type de Motif_membreSize)

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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MotifIter=MotifMap.begin();
 
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        MotifIter = MotifMap.erase(MotifIter);
    }
    else
        MotifIter++;
}

(je me suis content� de garder une logique identique, mais en �vitant les tests inutiles )

Il faut cependant tenir compte que, sauf erreur, la m�thode erase de la std::map invalide l'it�rateur, et que, en tout cas, elle ne renvoie pas un it�rateur (au mieux, elle renvoie le nombre d'�l�ments supprim�s, quand on fournis un it�rateur de d�but et un it�rateur de fin)

De ma m�me mani�re, je dois avouer que la boucle

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

for(++Next;Next!=MotifMap.end();bAdd?Next++:Next)

est, pour le moins... tendancieuse... voire, suspecte

L� encore, une "simple" boucle "tant que" me semblerait bien plus adapt�e, ce qui donnerait un code, en prenant les remarques pr�c�dentes en compte, proche de

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();MotifIter++)
{
    map<int, MotifItem_t>::iterator next=MotifIter;
    next++;
    while(next!=MotifMap.end())
    {
        if((*MotifIter).second.ProteinID==(*Next).second.ProteinID && 
           (*MotifIter).second.ProteinPos[0]==(*Next).second.ProteinPos[0])
            Next=MotifMap.erase(Next);
        else
            next++;
    }
}

(avec toujours la m�me remarque concernant la m�thode remove)

Re PS: essaye d'�viter, quand tu pr�sente un code, d'avoir recours au caract�re de tabulation (essaie de le remplacer par 2,3 ou 4 espaces): il est g�n�ralement affich� comme �tant une succession de... 8 espaces, ce qui risque, � la longue, d'emmener le "code significatif" "au diable vaut vert"...

[anibal]

tu peux etre mechant avec le code ya pas de soucis je l'ai recup�r� pour le tester et son auteur m'a dis que c mal cod� donc j'essaye de voir tout �a.
merci pour les info je teste.

[anibal]

Dans MotifIter = MotifMap.erase(MotifIter); et Next=MotifMap.erase(Next); il rale toujours

[anibal]

si je fais par exemple MotifMap.erase(Next); au lieu de Next=MotifMap.erase(Next); �a compile sans probleme mais apres �a fait le meme message d'erreur que precedement , il ya un double free corruption

[anibal]

*** glibc detected *** ./motif: double free or corruption (fasttop): 0x00000000009a2260 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x37ae470412]
/lib64/libc.so.6(cfree+0x8c)[0x37ae473b1c]
./motif[0x40801d]
./motif[0x408045]
./motif[0x408090]
./motif[0x408af6]
./motif[0x41562f]
./motif[0x414278]
./motif[0x402376]
./motif[0x403ba7]
./motif[0x40f29e]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4)[0x37ae41dab4]
./motif(__gxx_personality_v0+0xb1)[0x4018b9]

[koala01]

C'est bien ce que je craignais... (mais je n'en �tais plus tout � fait s�r ), la m�thode erase invalide l'it�rateur.

Tu peux peut �tre envisager de "jouer" avec la fonction std::remove_if, qui fait appel � un "pr�dicat" (une recherche sur le forum devrait te donner des explications sur la mani�re de faire ), ou essayer un code du genre de

Code :

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MotifIter=MotifMap.begin(); 
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        /* comme erase va invalider l'iterateur,
         *  on va travailler avec un iterateur temporaire
         */
        map<int,MotifItem_t>::iterator temp=MotifIter;
        /* on fait passer l'itérateur réel à l'élément suivant
         */
        MotifIter++;
        /* et on fait supprimer l'itérateur temporaire
         */
        MotifMap.erase(temp);
    }
    else
        MotifIter++;
}

Sinon, une m�thode qui risque de prendre pas mal de temps, serait de repartir du premier iterateur � chaque suppression (mais cela donnera un algorithme en !n -vu que cela retestera syst�matiquement tous les it�rateurs d�j� test�s � chaque fois qu'une suppression aura lieu- ce qui risque d'�tre d�sastreux du point de vue des performances)

Cela donnerait un code du genre de

Code :

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MotifIter=MotifMap.begin(); 
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        MotifMap.erase(MotifIter);
        MotifIter=MotifMap.begin();
    }
    else
        MotifIter++;
}

[anibal]

euuh ouais je vois pas trop ce que tu veux dire au fait

comme �a ?

Code :

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void DiscardMotif()
{
	map<int,MotifItem_t>::iterator MotifIter;
	bool bAdd;
   MotifIter=MotifMap.begin();
   while(MotifIter!=MotifMap.end())
   {
   map<int,MotifItem_t>::iterator temp=MotifIter;
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        MotifMap.erase(temp);
    }
    else
        MotifIter++;
        }
 
}

[anibal]

est ce que je peux vous envoyer le package si �a ne te d�range pas trop juste pour voir ce qui cloche ds l'ex�cution , j'ai pas encore de debugger et je suis pas root

[koala01]

euuh ouais je vois pas trop ce que tu veux dire au fait

comme �a ?
<sniped code>

Non, exactement tel que je l'ai indiqu�: comme cela

Code :

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void DiscardMotif()
{
    map<int,MotifItem_t>::iterator MotifIter=MotifMap.begin(); 
    while(MotifIter!=MotifMap.end())
    {
        if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
        {
            /* comme erase va invalider l'iterateur,
             *  on va travailler avec un iterateur temporaire
             */
            map<int,MotifItem_t>::iterator temp=MotifIter;
            /* on fait passer l'itérateur réel à l'élément suivant
             */
            MotifIter++;
            /* et on fait supprimer l'itérateur temporaire
             */
            MotifMap.erase(temp);
        }
        else
            MotifIter++;
    }
}

ou, pour la fonction UniqueMotif un truc du genre de

Code :

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void UniqueMotif()
{
    map<int, MotifItem_t>::iterator MotifIter, Next;
    for(map<int, MotifItem_t>::iterator MotifIter=MotifMap.begin();
        MotifIter!=MotifMap.end();MotifIter++)
    {
        map<int,MotifItem_t>::iterator Next=MotifIter;
        Next++;
        while(Next!=MotifMap.end())
        {
            if((*MotifIter).second.ProteinID==(*Next).second.ProteinID && 
              (*MotifIter).second.ProteinPos[0]==(*Next).second.ProteinPos[0])
            {
                /*il faut aussi un iterateur  temporaire */
                map<int,MotifItem_t>::iterator torem=Next;
                Next++;
                MotifMap.erase(torem);
            }
            else
                Next++;
        }
    }
}

Quant � v�rifier tout le projet, je manque malheureusement de temps pour pouvoir le regarder de pr�s, mais, si tu joins le fichier zip � un message, peut �tre trouvera tu quelqu'un pour qui les journ�es ne devraient pas durer... 48heures

[anibal]

le nug vient de l� au fait, ya qque chose qui cloche avec cette routine ?

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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string Clustering()
{
	int max_score;
	int i, j, node_id; // protein_id
	map<pair<int, int>, int>::iterator DistanceIter;
	string tree_str;
 
	node_id = (int)(unsigned int)ProteinVector.size();
 
	while((int)(unsigned int)DistanceMap.size()>1)
	{
		DistanceIter = DistanceMap.begin();
		max_score=(*DistanceIter).second;
		i=(*DistanceIter).first.first;
		j=(*DistanceIter).first.second;
		//max_score=0;
		for(DistanceIter=DistanceMap.begin();DistanceIter!=DistanceMap.end();DistanceIter++)
		{
			if(max_score<(*DistanceIter).second)
			{
				max_score=(*DistanceIter).second;
				i=(*DistanceIter).first.first;
				j=(*DistanceIter).first.second;
			}
		}
		//cout << "max_score=" << max_score << endl << i << "," << j << endl;
		// merge i and j
		NodePair.insert(make_pair(node_id, make_pair(i, j)));
		DistanceMap.erase(make_pair(i, j));
		ModifyDistanceMap(i, j, node_id);
		EraseDistanceMap(i, j);
		node_id++;
	}
	DistanceIter=DistanceMap.begin();
	NodePair.insert(make_pair(node_id, make_pair((*DistanceIter).first.first, (*DistanceIter).first.second)));
 
	tree_str=TreeExpression(node_id);
	tree_str.append(";");
 
	cout << tree_str << endl;
	return tree_str;
}

[anibal]

est ce que qqun peut me dire s'il ya qque chose qui cloche avec cette routine qui est certe mal cod�e mais qui normalement devrait fonctionner correctement ?

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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void EraseDistanceMap(int i, int j)
{
	map<pair<int, int>, int>::iterator DistanceIter;
	bool bAdd;
	int first_id, second_id;
 
	for(DistanceIter=DistanceMap.begin();DistanceIter!=DistanceMap.end();bAdd?DistanceIter++:DistanceIter)
	{
		first_id = (*DistanceIter).first.first;
		second_id = (*DistanceIter).first.second;
 
		bAdd = true;
		if(first_id == i || first_id == j || second_id == i || second_id == j)
		{
			DistanceMap.erase(DistanceIter);
			bAdd = false;
		}
	}
}

[M�dinoc]

Je ne suis pas s�r du test sur first_id et second_id...