Discussion :

[FryHandiz]

Bonjour,

Je reviens pour une question assez stupide mais... �tant donn� que je suis d�butante, je gal�re un peu !
Alors, je vais vous expliquer ce que je souhaiterais faire.

J'ai une suite de lettres, une lettre est "cod�e" par deux bits. Donc je me retrouve avec 4 lettres dans chaque octet.
Donc j'ai mon octet 0 (ATCG), mon octet 1 (CTTA) et mon octet 2 (AATT)
ATCG CTTA AATT
Je souhaite obtenir ma suite de lettre mais invers�e.
TTAA ATTC GCTA

Premier souci :
Vu que je suis une quiche, pour le moment, j'ai juste r�ussi � inverser mes octets et obtenir �a :
AATT CTTA ATCG
Mais �a ne marche que pour des multiples de 4.
Par exemple avec �a :
ATCGCTTAAAT
J'obtiens �a :
AATACTTAATC
Mon G disparait et me laisse place � un A.

Voici ma boucle for :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
size_t longueur_tab = (longueur/4 + (longueur%4 !=0)), temp = 0;
    for (size_t i = 0 ; i < (longueur_tab/2) ; i++){
    	temp = tab[i];
        tab[i] = tab[longueur_tab - i -1];
        tab[longueur_tab - i - 1] = temp;
	}

longueur : est la taille de ma s�quence de A,T,C,G

Donc je suppose qu'en fait, �a va me prendre mes lettres par groupe de 4 comme �a :
ATC GCTT AAAT et pas comme �a ATCG CTTA AAT
Que puis-je faire du coup...?


Deuxi�me souci :
Comment obtenir : TAA ATTC GCTA
Si je ne dis pas de sottise, je crois que je dois manipuler les bits en utilisant <<
Mais je ne vois pas trop comment faire �a, du moins, la logique utilis�e.
Mais �a, on n'y est pas encore
Si jamais vous avez des liens vers ce genre de choses qui semblent assez rudimentaires, je prends.

Et merci d'avance pour votre aide !

[M�dinoc]

Le plus s�r, c'est d'isoler chaque composant avec les op�rateurs bitwise, puis les remettre dans l'ordre inverse:

Code C++ :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
unsigned char inverseParDeux(unsigned char entree)
{
	unsigned char duo0 = (entree >> 0) & 0x03;
	unsigned char duo1 = (entree >> 2) & 0x03;
	unsigned char duo2 = (entree >> 4) & 0x03;
	unsigned char duo3 = (entree >> 6) & 0x03;
 
	unsigned char sortie = (duo0 << 6) | (duo1 << 4) | (duo2 << 2) | (duo3 << 0);
	return sortie;
}

[FryHandiz]

Me frappez pas mais j'ai quelques questions
Enfin, pour commencer d�j� une. Que fait & 0x03 ? '

[FryHandiz]

Et je viens de me rendre compte que ce que j'ai fait ne marche pas si mes lettres ne sont pas un multiple de 4... TT

[M�dinoc]

& c'est l'op�rateur binaire ET bitwise, et 0x03 �a veut dire que seuls les deux bits de poids faible sont � 1. Donc, �a met tous les autres bits � z�ro.

[FryHandiz]

Mmmh d'accord. Bon, finalement j'ai �dit� mon premier poste car je bloque un peu d�j� dans ma premi�re �tape >.<

[Bousk]

Hello,

pour inverser les bits d'un octet, parcours-les du dernier au premier
� vue de nez, ceci devrait marcher

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
#include <climits>
#define GET_BIT(o,x) ((o) & (1<<(x)))
#define INNER_CLEAR_BIT(o,x) (o & ~(1<<x))
#define INNER_SET_BIT(o,x) (o | (1<<x))
#define SET_BIT(o,x,b) o = (b) ? INNER_SET_BIT(o,x) : INNER_CLEAR_BIT(o,x)
 
unsigned char reverse(unsigned char c)
{
	char r = 0;
	for ( unsigned int i = 0; i < CHAR_BIT; ++i )
	{
		SET_BIT(r, i, GET_BIT(c, CHAR_BIT - i - 1));
	}
	return r;
}

Et si tu veux remplacer l'unsigned char par n'importe quel autre type, suffit d'adapter avec un sizeof