Discussion :

[FryHandiz]

Bonjour,

Je reviens pour une question assez stupide mais... �tant donn� que je suis d�butante, je gal�re un peu !
Alors, je vais vous expliquer ce que je souhaiterais faire.

J'ai une suite de lettres, une lettre est "cod�e" par deux bits. Donc je me retrouve avec 4 lettres dans chaque octet.
Donc j'ai mon octet 0 (ATCG), mon octet 1 (CTTA) et mon octet 2 (AATT)
ATCG CTTA AATT
Je souhaite obtenir ma suite de lettre mais invers�e.
TTAA ATTC GCTA

Premier souci :
Vu que je suis une quiche, pour le moment, j'ai juste r�ussi � inverser mes octets et obtenir �a :
AATT CTTA ATCG
Mais �a ne marche que pour des multiples de 4.
Par exemple avec �a :
ATCGCTTAAAT
J'obtiens �a :
AATACTTAATC
Mon G disparait et me laisse place � un A.

Voici ma boucle for :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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size_t longueur_tab = (longueur/4 + (longueur%4 !=0)), temp = 0;
    for (size_t i = 0 ; i < (longueur_tab/2) ; i++){
    	temp = tab[i];
        tab[i] = tab[longueur_tab - i -1];
        tab[longueur_tab - i - 1] = temp;
	}

longueur : est la taille de ma s�quence de A,T,C,G

Donc je suppose qu'en fait, �a va me prendre mes lettres par groupe de 4 comme �a :
ATC GCTT AAAT et pas comme �a ATCG CTTA AAT
Que puis-je faire du coup...?


Deuxi�me souci :
Comment obtenir : TAA ATTC GCTA
Si je ne dis pas de sottise, je crois que je dois manipuler les bits en utilisant <<
Mais je ne vois pas trop comment faire �a, du moins, la logique utilis�e.
Mais �a, on n'y est pas encore
Si jamais vous avez des liens vers ce genre de choses qui semblent assez rudimentaires, je prends.

Et merci d'avance pour votre aide !

[M�dinoc]

Le plus s�r, c'est d'isoler chaque composant avec les op�rateurs bitwise, puis les remettre dans l'ordre inverse:

Code C++ :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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unsigned char inverseParDeux(unsigned char entree)
{
	unsigned char duo0 = (entree >> 0) & 0x03;
	unsigned char duo1 = (entree >> 2) & 0x03;
	unsigned char duo2 = (entree >> 4) & 0x03;
	unsigned char duo3 = (entree >> 6) & 0x03;
 
	unsigned char sortie = (duo0 << 6) | (duo1 << 4) | (duo2 << 2) | (duo3 << 0);
	return sortie;
}

[FryHandiz]

Me frappez pas mais j'ai quelques questions
Enfin, pour commencer d�j� une. Que fait & 0x03 ? '

[FryHandiz]

Et je viens de me rendre compte que ce que j'ai fait ne marche pas si mes lettres ne sont pas un multiple de 4... TT

[M�dinoc]

& c'est l'op�rateur binaire ET bitwise, et 0x03 �a veut dire que seuls les deux bits de poids faible sont � 1. Donc, �a met tous les autres bits � z�ro.

[FryHandiz]

Mmmh d'accord. Bon, finalement j'ai �dit� mon premier poste car je bloque un peu d�j� dans ma premi�re �tape >.<

[Bousk]

Hello,

pour inverser les bits d'un octet, parcours-les du dernier au premier
� vue de nez, ceci devrait marcher

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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#include <climits>
#define GET_BIT(o,x) ((o) & (1<<(x)))
#define INNER_CLEAR_BIT(o,x) (o & ~(1<<x))
#define INNER_SET_BIT(o,x) (o | (1<<x))
#define SET_BIT(o,x,b) o = (b) ? INNER_SET_BIT(o,x) : INNER_CLEAR_BIT(o,x)
 
unsigned char reverse(unsigned char c)
{
	char r = 0;
	for ( unsigned int i = 0; i < CHAR_BIT; ++i )
	{
		SET_BIT(r, i, GET_BIT(c, CHAR_BIT - i - 1));
	}
	return r;
}

Et si tu veux remplacer l'unsigned char par n'importe quel autre type, suffit d'adapter avec un sizeof

[FryHandiz]

Merci beaucoup Bousk. Mais le probl�me c'est que je ne comprends pas trop ce que tu as fait. Je pr�f�re quelque chose de moins optimis� et de plus facile � comprendre pour moi >.<'

[Bousk]

Il n'y a absolument rien d'optimis� ou de myst�rieux dans mon code. C'est justement un simple algorithme qu'il suffit de lire/d�rouler pour le comprendre.

[FryHandiz]

En fait je ne comprends pas �a xD :
#define GET_BIT(o,x) ((o) & (1<<(x)))
#define INNER_CLEAR_BIT(o,x) (o & ~(1<<x))
#define INNER_SET_BIT(o,x) (o | (1<<x))
#define SET_BIT(o,x,b) o = (b) ? INNER_SET_BIT(o,x) : INNER_CLEAR_BIT(o,x)

Pas tapeeeeeer !

[RPGamer]

Si les op�rations bit � bit ne sont toujours pas clair, je t'invites � relire mon post dans ton pr�c�dent sujet : http://www.developpez.net/forums/d15...n/#post8566949

Pour ton tri, je pense que tu peux passer tes nucl�otides dans un tableau temporaire, les inverser puis recr�er ton tableau compress�.

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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std::vector<char> sequence{{...}};
 
std::vector<char> tmp(sequence.size() * 4);
 
for (size_t i = 0; i < sequence.size(); i++)
{
    tmp[i] = sequence[i] & 0x03;
    tmp[i + 1] = sequence[i] & 0x0C;
    tmp[i + 2] = sequence[i] & 0x30;
    tmp[i + 3] = sequence[i] & 0xC0;
}
 
std::reverse(tmp.begin(), tmp.end());
 
for (size_t i = 0; i < sequence.size(); i++)
{
    sequence[i] = (tmp[i + 3] << 6) | (tmp[i + 2] << 4) | (tmp[i + 1] << 2) | tmp[i];
}

[Bousk]

#define GET_BIT(o,x) ((o) & (1<<(x)))
#define INNER_CLEAR_BIT(o,x) (o & ~(1<<x))
#define INNER_SET_BIT(o,x) (o | (1<<x))
#define SET_BIT(o,x,b) o = (b) ? INNER_SET_BIT(o,x) : INNER_CLEAR_BIT(o,x)

Ce sont juste des macros pour manipuler des bits, leurs noms sont on ne peut plus explicites btw.
Si tu ne parviens pas � les d�crypter, est-ce que ton probl�me ne serait pas juste que tu esp�res manipuler des bits sans savoir ce que c'est ni les op�rations �l�mentaires qui y sont li�es ?
A ce moment-l� je t'invite � (re)lire ton cours, parce que si un tel exercice vous a �t� demand�, c'est que vous avez les billes pour parvenir � sa r�solution.

[FryHandiz]

Justement, le souci c'est qu'on n'a eu qu'un bref cours de C++ avec quelques petites bases et que notre enseignant souhaite qu'on r�alise un API de mapping. Enfin, c'est, pour quelqu'un comme moi qui n'a jamais fait d'informatique une t�che quasi impossible x) Mais j'avais au moins envie de faire cette petite �tape. Pour les bits, on nous a juste dit qu'un octet �tait constitu� de 8bits. Voil����
Je vais regarder �a RPGamer, merci !

[foetus]

Pourtant ce sont des maths

entr�e b = 00000001 (notation binaire), b = 0x01 (notation hexad�cimale) ou 1 (notation d�cimale)

b << 3 -> d�calage � gauche de 3 bits, b << 3 = 00001000, b = 0x08 ou 8

avec la nouvelle valeur de b:
b >> 3 -> d�calage � droite de 3 bits, b >> 3 = 00000001, b = 0x01 ou 1


Et il y aussi les tables AND (op�rateur &) et OR (op�rateur |)
0 AND 0 = 0
0 AND 1 = 0
1 AND 0 = 0
1 AND 1 = 1


0 OR 0 = 0
0 OR 1 = 1
1 OR 0 = 1
1 OR 1 = 1


Exemple:
a = 58 = 0x3A ou 00111010
b = 111 = 0x6F ou 01101111

a & b = 00111010 & 01101111 = 00101010 = 0x2A ou 42
a | b = 00111010 | 01101111 = 01111111 = 0x7F ou 127