Discussion :

[alaninho]

Bonjour,

Apr�s la copie d'un pointeur dans un autre, j'obtiens une erreur de segmentation mais je ne comprends pas pourquoi.

Voici le code :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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void fullTreeInit(Element * elt, int depthTreeCurrent, int randDepth, vector<Element*>& leaves, int nbSeqByST, int *tabSeq, string * aligt, int racine, Element *father){ //si le noeud est la racine, racine=0 sinon racine=1
	//cout<<"nbSeqByST : "<<nbSeqByST<<endl;
	//cout<<"randDepth : "<<randDepth<<endl;
	if(depthTreeCurrent==randDepth){
		elt->STl=NULL;
		elt->STr=NULL;
		elt->posGap=-1;
		elt->lengthGap=-1;
		//elt->tabSequenceInST=NULL;
		elt->sizeTab = nbSeqByST;
		if(nbSeqByST==1){
			elt->indexSequence=tabSeq[0];
			//elt->tabSequenceInST=(int*)malloc(elt->sizeTab*sizeof(int));
			memcpy( elt->tabSequenceInST, tabSeq,  sizeof(elt->tabSequenceInST) );
			//elt->tabSequenceInST=tabSeq;
		}
		else{
			elt->indexSequence=-1;
			//elt->tabSequenceInST=NULL;
		}
	}
	else{
		//création des 2 sous arbres
		//~ if(racine==1){
			//~ elt->nodeFather=father;
		//~ }
		elt->STl = new Element();
		elt->STr = new Element();
 
		elt->STl->nodeFather=elt;
		elt->STr->nodeFather=elt;
 
 
		elt->sizeTab = nbSeqByST;
		elt->indexSequence=-1;
// 		cout<<"test"<<endl;
// 		for(int i=0;i<elt->sizeTab;i++){
// 			cout<<"tabSeq : "<<tabSeq[i]<<endl;
// 		}
 
 
 
		if(nbSeqByST!=0){
			memcpy( elt->tabSequenceInST, tabSeq,  sizeof(elt->tabSequenceInST));
		}
 
		//on n'ajoute pas de gap sur un noeud contenant toutes les séquences
		if(nbSeqByST==nbSequence){
			elt->posGap=-1;
			elt->lengthGap=-1;
		}
		else{
			int minLength=min(nbSeqByST, tabSeq);
			if(tossCoin(1.0)){
				elt->posGap=random(0, minLength+1);//choix au hasard d'un nombre pour la position des gaps
				elt->lengthGap=rand() %10+1;//nombre au hasard pour le nombre de gaps ajoutés
				for(int j=0;j<nbSeqByST;j++){
					int idSeq = tabSeq[j];
					string seqGap=aligt[idSeq];
					string newSeqGap="";
					//~ aligt[idSeq]=addGap(seqGap, seqGap.size(), elt->posGap, elt->lengthGap, newSeqGap);
				}
			}
			else{
				elt->posGap=-1;
				elt->lengthGap=-1;
			}
		}
 
		int sizeTabL=0;
		int sizeTabR=0;
		int nbLeavesCurrent = expo(2, randDepth-depthTreeCurrent);//nombre de feuilles à* la fin du sous arbre
 
		sizeTabL=random(0, nbSeqByST+1);
		sizeTabL=seqShareRandom(nbLeavesCurrent, nbSeqByST, sizeTabL);
		sizeTabR=nbSeqByST-sizeTabL;
 
		//tableau avec les séquences se trouvant dans le sous arbre
		int tabSTr[sizeTabR];
		int tabSTl[sizeTabR];
 
 
		//ajout au hasard des séquences dans les tableaux contenant les séquences dans le sous arbre
		int r=0;
		int l=0;
		for(int i=0; i<nbSeqByST; i++){
			int a=random(0,2);
			if(a==0 && l<sizeTabL){
				tabSTl[l]=tabSeq[i];
				l++;
			}
			else{
				if(r<sizeTabR){
					tabSTr[r]=tabSeq[i];
					r++;
				}
				else{
					tabSTl[l]=tabSeq[i];
					l++;
				}
			}
		}
 
 
		//initialisation noeud père
 
 
		fullTreeInit(elt->STl, depthTreeCurrent+1, randDepth, leaves, sizeTabL, tabSTl, aligt, 1, elt);
		fullTreeInit(elt->STr, depthTreeCurrent+1, randDepth, leaves, sizeTabR, tabSTr, aligt, 1, elt);
	}
}

j'ai fais une recherche avec Valgrind mais je ne comprends pas o� est l'erreur.

Stack overflow in thread 1: can't grow stack to 0x7fe801fe0
==5376==
==5376== Process terminating with default action of signal 11 (SIGSEGV)
==5376== Access not within mapped region at address 0x7FE801FE0
==5376== at 0x4C28AEA: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:261)
==5376== If you believe this happened as a result of a stack
==5376== overflow in your program's main thread (unlikely but
==5376== possible), you can try to increase the size of the
==5376== main thread stack using the --main-stacksize= flag.
==5376== The main thread stack size used in this run was 8388608.
==5376== Stack overflow in thread 1: can't grow stack to 0x7fe801fd8
==5376==
==5376== Process terminating with default action of signal 11 (SIGSEGV)
==5376== Access not within mapped region at address 0x7FE801FD8
==5376== at 0x4A2359C: _vgnU_freeres (vg_preloaded.c:58)
==5376== If you believe this happened as a result of a stack
==5376== overflow in your program's main thread (unlikely but
==5376== possible), you can try to increase the size of the
==5376== main thread stack using the --main-stacksize= flag.
==5376== The main thread stack size used in this run was 8388608.
==5376==
==5376== HEAP SUMMARY:
==5376== in use at exit: 53,344,335 bytes in 213,176 blocks
==5376== total heap usage: 222,618 allocs, 9,442 frees, 54,204,936 bytes allocated
==5376==
==5376== LEAK SUMMARY:
==5376== definitely lost: 0 bytes in 0 blocks
==5376== indirectly lost: 0 bytes in 0 blocks
==5376== possibly lost: 2,407 bytes in 45 blocks
==5376== still reachable: 53,341,928 bytes in 213,131 blocks
==5376== suppressed: 0 bytes in 0 blocks
==5376== Rerun with --leak-check=full to see details of leaked memory
==5376==
==5376== For counts of detected and suppressed errors, rerun with: -v
==5376== Use --track-origins=yes to see where uninitialised values come from
==5376== ERROR SUMMARY: 12902 errors from 7 contexts (suppressed: 4 from 4)
Erreur de segmentation

Est ce que quelqu'un peut m'aider?

Merci

Alaninho

[Knacki]

Salut!

Alors j'ai regard� rapidement les messages d'erreurs. A priori tu essaye d'acc�der � une zone m�moire qui n'a pas �t� allou�e.

Je n'ai pas encore regard� ton code dans le d�tails. Mais tu peux peut �tre rajouter des tests te permettant de voir si tes pointeurs ne sont pas � NULL avant de les utiliser. C'est une premi�re piste de recherche.

Apr�s, lorsque tu copie des pointeurs d'objets je te conseil d'utiliser des constructeurs par recopie prenant en param�tre le pointeur vers l'objets � copier.

As-tu essay� de faire du pas-�-pas � l�ex�cution pour isoler les lignes qui posent probl�me ?

[white_tentacle]

C�est quoi la d�finition de Element, et notamment de tabSequenceInST ?

C�est un bon candidat : tu �cris dedans, il n�est jamais allou�.