Discussion :

[ren�paul]

Bonjour,

j'obtiens une erreur lors de l'ex�cution de mon programme que j'ai du mal � comprendre.

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

*** glibc detected *** /chemin/vers/executable: munmap_chunk(): invalid pointer: 0xb1e0a8b0 ***

en fait ce qui m'�tonne c'est que cet erreur ce produit juste apr�s l'appel d'une fonction1 dans une fonction2. si je fait le traitement de fonction1 directement dans fonction2 je n'ai pas l'erreur. j'ai v�rifier l'adresse de tous les �l�ments envoy�s � ma fonction en param�tre et aucune ne correspond au pointer d�sign� comme invalid.

d'ailleur voici le corp de la fonction :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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void
FindHole(ImageType::Pointer image, ImageType::RegionType region, int direction)
{
    std::cout<<"&&&&&&&&&&&&&&&&&FIND HOLE&&&&&&&&&&&&&&"<<std::endl;
    std::cout<<image<<std::endl;
    LinearConstIteratorType lcoit(image, region);
    lcoit.SetDirection(direction);
 
    //a vector which contains vectors for the coef slop of the intensity profile
    std::vector <std::vector<float> > vect_vect_coefSlop;
    //a vector which contains vectors for the position of the extrema
    std::vector <std::vector<int> > vect_vect_extremaPosition;
 
    //for each line
    for (lcoit.GoToBegin(); !lcoit.IsAtEnd(); lcoit.NextLine())
    {
        //create vector for intensity profile, derive extrema position, and coefSlop
        std::vector <unsigned short> vect_intensite;
        std::vector < short> vect_derive;
        std::vector <int> vect_extremaPosition;
        std::vector <float> vect_coefSlop;
        //for each pixel of the current line
        while ( !lcoit.IsAtEndOfLine() )
        {
            //collect the intensity of the current pixel
            vect_intensite.push_back(lcoit.Get());
            ++lcoit;
        }
 
        //then from the seconde to the penultimate intensity pix
        for (int i=1; i<vect_intensite.size()-1; ++i)
        {
            //calculate derive
            vect_derive.push_back(vect_intensite[i+1]-vect_intensite[i-1]);
        }
        //then for each derive
        bool old_signe = true;
        if (vect_derive[0]<0) old_signe = false;
        for (int j = 1; j<vect_derive.size(); ++j)
        {
            bool signe;
            //explore signe and update old_signe
            if (vect_derive[j] < 0)
            {
                signe = false;
            }
            else
            {
                signe = true;
            }
            //if we have a change of slop signe
            if (old_signe != signe )
            {
 
                vect_extremaPosition.push_back(j);
                //std::cout<<"extrema position at line : "<<l<<", column : "<<j<<std::endl;
            }
            old_signe = signe;
        }
 
        for (int k = 1; k<vect_extremaPosition.size(); ++k)
        {
 
            int currentCol = vect_extremaPosition[k];
            int oldCol = vect_extremaPosition[k-1];
 
            float coefSlop = (vect_intensite[currentCol] - vect_intensite[oldCol])/(currentCol-oldCol+0.0) ;
            vect_coefSlop.push_back(coefSlop);
            //std::cout<<"coef slop : "<<coefSlop<<std::endl;
        }
        //hold the coefSlop and the extrema position for each lines
        vect_vect_coefSlop.push_back(vect_coefSlop);
        vect_vect_extremaPosition.push_back(vect_extremaPosition);
    }
 
    //for each lines
    float coefSlopValue_old = 0;
    int bestLine = 0;
    for (int l = 0; l < vect_vect_coefSlop.size(); ++l)
    {
        //for each column
        int count = 0;
        float coefSlopValue = 0;
        for (int c = 0; c <vect_vect_coefSlop[l].size(); ++c)
        {
            //if we have a coeficient <-20 between 2 extrema the first one is a max wich point on a hole !!
            if (vect_vect_coefSlop[l][c] < -20)
            {
                ++count;
                coefSlopValue += vect_vect_coefSlop[l][c];
            }
            else
            {
                vect_vect_coefSlop[l].erase(vect_vect_coefSlop[l].begin() + c-1);
                vect_vect_extremaPosition[l].erase(vect_vect_extremaPosition[l].begin() + c-1);
            }
            if (count == 4)
            {
                //std::cout<<"4 aligned hole!"<<std::endl;
                coefSlopValue /= 4;
                //std::cout<<"coefSlopValue : "<<coefSlopValue<<std::endl;
                if  (coefSlopValue < coefSlopValue_old)
                {
                    coefSlopValue_old = coefSlopValue;
                    bestLine = l;
                    std::cout<<"best 4 aligned hole at line : "<<l<<std::endl;
                }
            }
        }
    }
    std::cout<<"&&&&&&&&&&&&&&&&&FIND HOLE DONE&&&&&&&&&&&&&&"<<std::endl;
}

image est un smartPointer de la librairie itk

(je travail avec l'EDI code::blocks et le compilateur gcc)
GDB me dit que la derni�re fonction (de mon programme) appel�e est bien FindHole.

Si vous avez une id�e, sur ce qui peut �tre la cause de ce genre d'erreurs, votre avis m'int�resse.
Bonne journ�e.
rp

[koala01]

Salut,

Ce qu'il faudrait voir, c'est l'endroit o� cette fonction est appel�e, et v�rifier que le pointeur transmis en premier argument corresponde bel et bien � l'adresse d'un objet correct et valide (qu'il existe bien et qu'il n'a pas �t� d�truit )

Il n'est pas impossible que tu doives remonter au niveau de la pile d'appel pour t'assurer que l'objet en question n'est effectivement jamais d�truit

Pour t'en assurer, je te conseillerais de trouver la premi�re fonction ex�cut�e qui occasionne (�ventuellement) l'appel � ta fonction FindHole dans laquelle l'adresse sur laquelle pointe le pointeur est d�finis, puis de mettre un break point au niveau du destructeur de la classe, ainsi qu'un autre dans la fonction FindHole ...

Si tu t'arr�te au niveau du destructeur avant que la fonction ne soit effectivement appel�e, tu auras tr�s certainement fait un pas de g�ant dans la r�solution de ton probl�me

[ren�paul]

Salut Koala01.

merci de t'int�resser a mon probl�me. Je pense comprendre ce que tu veux m'expliquer, et l'avoir d�jas v�rifier. (je n'ai pas une grande experience du debogage tu l'a peut �tre senti ). je n'arrive pas � correctement utiliser GDB apparament car les libraire que j'utilise n'ont pas �t� compiler en mode debug lors de l'installation. du coup GDB ne veux pas me dire la ligne qui � provoquer l'erreure dans mes fonction qui utilise ces librairies,

d'un autre cot� il ne veux pas non plus s'arreter � mes breakpoint (m�me dans le main par exemple) , je comprend pas j'ai pourtant bien activ� l'option -g dans mes Build's option et je suis bien en mode debug (avec code::blocks).

bon en attendant que je trouve une solution � ce probl�me, j'�saye de me d�brouiller avec des cout.
voici l'appel de ma fonction FindHole :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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//R because it is resampled
    ImageType::Pointer imageR = reader->GetOutput();
 
    //process intensity profile
    std::cout<<"processing intensity profile  : "<<std::endl;
 
    //create  a region just for the object of interest.
    start[0] = 0;
    start[1] = 0;
    size[0] =floor((imageR->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[0])*1/3);
    size[1] =imageR->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[1];
    region.SetSize( size );
    region.SetIndex( start );
    std::cout<<"region start : ["<<start[0]<<"] ["<<start[1]<<"]"<<std::endl;
    std::cout<<"region end : ["<<start[0]+size[0]<<"] ["<<start[1]+size[1]<<"]"<<std::endl;
    std::cout<<imageR<<std::endl;
    FindHole(imageR, region, 0);
std::cout<<"//////////High-Contrast :: measure on AX T1 slice 1 :: Done\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\"<<std::endl;
}

comme tu peux le voir j'ai afficher mon pointer vers mon image avant et � l'interieur de la fonction FindHole.

dans les deux cas j'obtient dans la console :

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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Image (0xb0d09ef0)
  RTTI typeinfo:   itk::Image<unsigned short, 2u>
  Reference Count: 5
  Modified Time: 6202
  Debug: Off
  Observers: 
    none
  Source: (0xb0d04d50) 
  Source output name: Primary
  Release Data: Off
  Data Released: False
  Global Release Data: Off
  PipelineMTime: 6067
  UpdateMTime: 6203
  RealTimeStamp: 0 seconds 
  LargestPossibleRegion: 
    Dimension: 2
    Index: [0, 0]
    Size: [584, 272]
  BufferedRegion: 
    Dimension: 2
    Index: [0, 0]
    Size: [584, 272]
  RequestedRegion: 
    Dimension: 2
    Index: [0, 0]
    Size: [584, 272]
  Spacing: [0.12207, 0.12207]
  Origin: [0, 0]
  Direction: 
1 0
0 1
 
  IndexToPointMatrix: 
  0.12207 0
0 0.12207
 
  PointToIndexMatrix: 
  8.192 0
0 8.192
 
  Inverse Direction: 
  1 0
0 1
 
  PixelContainer: 
    ImportImageContainer (0xb0d07ae0)
      RTTI typeinfo:   itk::ImportImageContainer<unsigned long, unsigned short>
      Reference Count: 1
      Modified Time: 6200
      Debug: Off
      Observers: 
        none
      Pointer: 0xb2f7fe48
      Container manages memory: true

les seule diff�rence �tant Modified Time (logique) et reference count, qui est incr�menter de 1 lors de l'appel de la fonction (encore logique puisqu'on le recopie non ?).

du coup je n'ai pas l'impression que le probl�me vienne de mon smart pointer, mon intuition me fait plut�t soupsonner un de mes vector. (mais c'est du feeling total )

Je pr�cise Que toute les lignes de FindHole sont �x�cuter, en tous cas tous les cout mais pas le cout juste apr�s son appelle.
voila, j'esp�re que �a ne fait pas trop de chose d'un coup, en tous les cas encore merci pour ton aide.

Bonne journ�e,
rp

[ren�paul]

Ok, en commentant certaines lignes de ma fonction j'ai pu trouver les lignes coupables:

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

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vect_vect_coefSlop[l].erase(vect_vect_coefSlop[l].begin() + c-1);
vect_vect_extremaPosition[l].erase(vect_vect_extremaPosition[l].begin() + c-1);

je ne vois pas trop ce qui cloche (ces deux lignes fonctionne parfaitement en dehors du corps de ma fonction)

encore merci koala01.

[Rewpparo]

Ya pas mal de choses qui peuvent merder dans ces deux lignes.

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

vect_vect_coefSlop[l]

As tu bien 2 �l�ments dans vect_vect_coefSlop ?

Code :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

vect_vect_coefSlop[l].begin() + c-1

as tu bien suffisamment d'�l�ments dans vect_vect_coefSlop[1] ?

D'une mani�re g�n�rale, et sans comprendre le sens de ton programme, c'est assez crade d'utiliser des indices entiers dans la STL. C'est pr�vu par simplicit�, mais les algos doivent �tre faits en utilisant des it�rateurs autant que possible. Plutot que de r�cup�rer syst�matiquement un �l�ment d'un vecteur par indice, r�cup�re le une fois et gardes une r�f�rence. Maintenant suivant l'algos des fois on peut pas faire autrement. Mais d�j� essaies de limiter au maximum les appels a des [] et autres +int des it�rateurs, c'est des nids � probl�mes.

[ren�paul]

C'est vrai que ce que j'ai fait n'�tait pas tr�s propre et effectivement le probl�me apparaissait car j'�ssayait de supprimer un �l�ment qui n'�xistait pas (encore). maintenant que j'ai pu verifier que mon programme avait le comportement attendut je vais suivre ton conseil et le r��crire en utilisant des it�rateurs. (j'aurait dailleur du commencer par l� �a m'aurait fait gagner du temps au final ).

merci pour les conseils.

[Rewpparo]

j'aurait dailleur du commencer par l� �a m'aurait fait gagner du temps au final

C'est un peu une autre fa�on de concevoir les algos, mais une fois habitu�, ca permet des possibilit�s d'�crire les algos de mani�re plus simple et plus clair.