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Née à Kyoto le 16 avril 1967, Junko Onishi étudie le piano classique au Japon.
Attirée par le jazz, elle part pour les Etats-Unis faire ses classes jazz à l'Université de Berklee à Boston. Dès son installation à New York en 1989, la pianiste creuse sa place sur la scène locale en accompagnant quelques pointures dans les clubs de la Grosse Pomme. Elle joue notamment avec Joe Henderson, Betty Carter, Kenny Garrett ou Joe Lovano, et collabore aux albums de Jackie McLean (Hat Trick en 1996) et Phil Woods (Cool Woods, 1999).
Forte d'une solide réputation acquise dans son pays natal et dans la capitale du jazz, Junko Onishi fait ses premiers pas en solo avec les albums Wow (1992) et Cruisin' (1994), puis hante les soirées du Village Vanguard où elle enregistre deux albums en compagnie de Reginald Veal et Herlin Riley. En 1995, la disciple de Duke Ellington et Thelonious Monk s'illustre à la tête d'un quintette sur l'album studio Piano Quintet Suite.
La pianiste signée par le label Blue Note revient en trio pour une tournée européenne débouchant sur le live Play Piano Play: Live in Europe sorti en 1996. L'album suivant sorti en 1998, Fragile, clôt un chapitre de la carrière de Junko Onishi qui disparaît du circuit pendant une dizaine d'années sans préavis.
Retirée de la scène pour se concentrer sur sa musique, Junko Onishi effectue un retour aussi spectaculaire qu'inattendu en 2009 avec l'album Musical Moments et ses nouveaux comparses Yosuke Inoue (basse) et Gene Jackson (batterie). L'année suivante paraît Baroque, un dizième album mêlant titres originaux, réinterprétations (« The Threepenny Opera ») et standards (Hoagy Carmichael, Charles Mingus, Thelonious Monk).
