Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX4
Ідентифікатори
Символи
SOX4 , EVI16, SRY-box 4, SRY-box transcription factor 4, CSS10
Зовнішні ІД
OMIM : 184430 MGI: 98366 HomoloGene: 2338 GeneCards: SOX4
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
Клітинна компонента
• цитоплазма • нуклеоплазма • мітохондрія • клітинне ядро
Біологічний процес
• skeletal system development • noradrenergic neuron differentiation • DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest • cardiac ventricle formation • glial cell development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • limb bud formation • regulation of protein stability • sympathetic nervous system development • somatic stem cell population maintenance • glucose homeostasis • positive regulation of canonical Wnt signaling pathway • ventricular septum morphogenesis • protein stabilization • ascending aorta morphogenesis • negative regulation of cell death • mitral valve morphogenesis • positive regulation of translation • transcription, DNA-templated • neuroepithelial cell differentiation • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of Wnt signaling pathway • negative regulation of protein ubiquitination • heart development • pro-B cell differentiation • atrial septum primum morphogenesis • T cell differentiation • kidney morphogenesis • positive regulation of cell population proliferation • spinal cord development • positive regulation of apoptotic process • glial cell proliferation • canonical Wnt signaling pathway • positive regulation of N-terminal peptidyl-lysine acetylation • spinal cord motor neuron differentiation • cardiac right ventricle morphogenesis • neural tube formation • cellular response to glucose stimulus • endocrine pancreas development • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of insulin secretion • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 6: 21.59 – 21.6 Mb
Хр. 13: 29.13 – 29.14 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
SOX4 (англ. SRY-box 4 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 474 амінокислот , а молекулярна маса — 47 263[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MVQQTNNAEN TEALLAGESS DSGAGLELGI ASSPTPGSTA STGGKADDPS
WCKTPSGHIK RPMNAFMVWS QIERRKIMEQ SPDMHNAEIS KRLGKRWKLL
KDSDKIPFIR EAERLRLKHM ADYPDYKYRP RKKVKSGNAN SSSSAAASSK
PGEKGDKVGG SGGGGHGGGG GGGSSNAGGG GGGASGGGAN SKPAQKKSCG
SKVAGGAGGG VSKPHAKLIL AGGGGGGKAA AAAAASFAAE QAGAAALLPL
GAAADHHSLY KARTPSASAS ASSAASASAA LAAPGKHLAE KKVKRVYLFG
GLGTSSSPVG GVGAGADPSD PLGLYEEEGA GCSPDAPSLS GRSSAASSPA
AGRSPADHRG YASLRAASPA PSSAPSHASS SASSHSSSSS SSGSSSSDDE
FEDDLLDLNP SSNFESMSLG SFSSSSALDR DLDFNFEPGS GSHFEFPDYC
TPEVSEMISG DWLESSISNL VFTY
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші