SETD1A

SETD1A
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3S8S, 3UVN, 4EWR
Ідентифікатори
Символи	SETD1A, KMT2F, Set1, Set1A, SET domain containing 1A, SET domain containing 1A, histone lysine methyltransferase, EPEDD, NEDSID
Зовнішні ІД	OMIM: 611052 MGI: 2446244 HomoloGene: 52251 GeneCards: SETD1A
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • beta-catenin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • nucleic acid binding • histone-lysine N-methyltransferase activity • transcription factor binding • histone methyltransferase activity (H3-K4 specific) • euchromatin binding Клітинна компонента • хромосома • клітинне ядро • histone methyltransferase complex • нуклеоплазма • nuclear speck • Set1C/COMPASS complex Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • Метилювання • histone H3-K4 methylation • regulation of hematopoietic stem cell differentiation • regulation of megakaryocyte differentiation • histone lysine methylation • GO:1903308, GO:0001672, GO:0010848, GO:1902649 regulation of chromatin organization • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:1901313 positive regulation of gene expression • stem cell population maintenance • regulation of erythrocyte differentiation • positive regulation of neural precursor cell proliferation • positive regulation of stem cell proliferation Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9739	233904
Ensembl	ENSG00000099381	ENSMUSG00000042308
UniProt	O15047	E9PYH6
RefSeq (мРНК)	NM_014712	NM_010940 NM_178029
RefSeq (білок)	NP_055527	NP_821172
Локус (UCSC)	Хр. 16: 30.96 – 30.98 Mb	Хр. 7: 127.38 – 127.4 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SETD1A (англ. SET domain containing 1A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 16-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 707 амінокислот, а молекулярна маса — 186 034.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MDQEGGGDGQ		KAPSFQWRNY		KLIVDPALDP		ALRRPSQKVY		RYDGVHFSVN
DSKYIPVEDL		QDPRCHVRSK		NRDFSLPVPK		FKLDEFYIGQ		IPLKEVTFAR
LNDNVRETFL		KDMCRKYGEV		EEVEILLHPR		TRKHLGLARV		LFTSTRGAKE
TVKNLHLTSV		MGNIIHAQLD		IKGQQRMKYY		ELIVNGSYTP		QTVPTGGKAL
SEKFQGSGAA		TETAESRRRS		SSDTAAYPAG		TTAVGTPGNG		TPCSQDTSFS
SSRQDTPSSF		GQFTPQSSQG		TPYTSRGSTP		YSQDSAYSSS		TTSTSFKPRR
SENSYQDAFS		RRHFSASSAS		TTASTAIAAT		TAATASSSAS		SSSLSSSSSS
SSSSSSSQFR		SSDANYPAYY		ESWNRYQRHT		SYPPRRATRE		EPPGAPFAEN
TAERFPPSYT		SYLPPEPSRP		TDQDYRPPAS		EAPPPEPPEP		GGGGGGGGPS
PEREEVRTSP		RPASPARSGS		PAPETTNESV		PFAQHSSLDS		RIEMLLKEQR
SKFSFLASDT		EEEEENSSMV		LGARDTGSEV		PSGSGHGPCT		PPPAPANFED
VAPTGSGEPG		ATRESPKANG		QNQASPCSSG		DDMEISDDDR		GGSPPPAPTP
PQQPPPPPPP		PPPPPPYLAS		LPLGYPPHQP		AYLLPPRPDG		PPPPEYPPPP
PPPPHIYDFV		NSLELMDRLG		AQWGGMPMSF		QMQTQMLTRL		HQLRQGKGLI
AASAGPPGGA		FGEAFLPFPP		PQEAAYGLPY		ALYAQGQEGR		GAYSREAYHL
PMPMAAEPLP		SSSVSGEEAR		LPPREEAELA		EGKTLPTAGT		VGRVLAMLVQ
EMKSIMQRDL		NRKMVENVAF		GAFDQWWESK		EEKAKPFQNA		AKQQAKEEDK
EKTKLKEPGL		LSLVDWAKSG		GTTGIEAFAF		GSGLRGALRL		PSFKVKRKEP
SEISEASEEK		RPRPSTPAEE		DEDDPEQEKE		AGEPGRPGTK		PPKRDEERGK
TQGKHRKSFA		LDSEGEEASQ		ESSSEKDEED		DEEDEEDEDR		EEAVDTTKKE
TEVSDGEDEE		SDSSSKCSLY		ADSDGENDST		SDSESSSSSS		SSSSSSSSSS
SSSSSSSSES		SSEDEEEEER		PAALPSASPP		PREVPVPTPA		PVEVPVPERV
AGSPVTPLPE		QEASPARPAG		PTEESPPSAP		LRPPEPPAGP		PAPAPRPDER
PSSPIPLLPP		PKKRRKTVSF		SAIEVVPAPE		PPPATPPQAK		FPGPASRKAP
RGVERTIRNL		PLDHASLVKS		WPEEVSRGGR		SRAGGRGRLT		EEEEAEPGTE
VDLAVLADLA		LTPARRGLPA		LPAVEDSEAT		ETSDEAERPR		PLLSHILLEH
NYALAVKPTP		PAPALRPPEP		VPAPAALFSS		PADEVLEAPE		VVVAEAEEPK
PQQLQQQREE		GEEEGEEEGE		EEEEESSDSS		SSSDGEGALR		RRSLRSHARR
RRPPPPPPPP		PPRAYEPRSE		FEQMTILYDI		WNSGLDSEDM		SYLRLTYERL
LQQTSGADWL		NDTHWVHHTI		TNLTTPKRKR		RPQDGPREHQ		TGSARSEGYY
PISKKEKDKY		LDVCPVSARQ		LEGVDTQGTN		RVLSERRSEQ		RRLLSAIGTS
AIMDSDLLKL		NQLKFRKKKL		RFGRSRIHEW		GLFAMEPIAA		DEMVIEYVGQ
NIRQMVADMR		EKRYVQEGIG		SSYLFRVDHD		TIIDATKCGN		LARFINHCCT
PNCYAKVITI		ESQKKIVIYS		KQPIGVDEEI		TYDYKFPLED		NKIPCLCGTE
SCRGSLN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, регуляторів хроматину, метилтрансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції. Білок має сайт для зв'язування з РНК, S-аденозил-L-метіоніном. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Wysocka J., Myers M.P., Laherty C.D., Eisenman R.N., Herr W. (2003). Human Sin3 deacetylase and trithorax-related Set1/Ash2 histone H3-K4 methyltransferase are tethered together selectively by the cell-proliferation factor HCF-1. Genes Dev. 17: 896—911. PMID 12670868 DOI:10.1101/gad.252103
• Lee J.-H., Skalnik D.G. (2005). CpG-binding protein (CXXC finger protein 1) is a component of the mammalian Set1 histone H3-Lys4 methyltransferase complex, the analogue of the yeast Set1/COMPASS complex. J. Biol. Chem. 280: 41725—41731. PMID 16253997 DOI:10.1074/jbc.M508312200
• Lee J.-H., Tate C.M., You J.-S., Skalnik D.G. (2007). Identification and characterization of the human Set1B histone H3-Lys4 methyltransferase complex. J. Biol. Chem. 282: 13419—13428. PMID 17355966 DOI:10.1074/jbc.M609809200
• Lee J.H., Skalnik D.G. (2008). Wdr82 is a C-terminal domain-binding protein that recruits the Setd1A Histone H3-Lys4 methyltransferase complex to transcription start sites of transcribed human genes. Mol. Cell. Biol. 28: 609—618. PMID 17998332 DOI:10.1128/MCB.01356-07
• Begum N.A., Stanlie A., Nakata M., Akiyama H., Honjo T. (2012). The histone chaperone Spt6 is required for activation-induced cytidine deaminase target determination through H3K4me3 regulation. J. Biol. Chem. 287: 32415—32429. PMID 22843687 DOI:10.1074/jbc.M112.351569

Див. також

• Хромосома 16