Flogiston var et stoff man trodde ble frigjort ved forbrenning før Antoine Lavoisier og andre kjemikere på slutten av 1700-tallet forklarte forbrenning slik vi gjør i dag.
Teorien går tilbake til de ideer den tyske kjemiker Johan Joachim Becher publiserte i boken Physica subterranea i 1667. Den ble videre utbygget av hans landsmann Georg Ernst Stahl, som gjerne betegnes som teoriens opphavsmann.
I dag vet vi at når noe brenner skyldes det en kjemisk reaksjon med oksygengass. Vi skriver:
metall + oksygengass → metalloksid
Stahl ville skrive:
metall med flogiston → metallkalk + flogiston
Forbrenning kalte Stahl metallenes kalsinering. Jo mer flogiston stoffene inneholdt, dess mer brennbare var de og dess voldsommere brente de.
For å fremstille metallet av metallkalken, måtte man tilføre flogiston. Dette kunne man gjøre ved hjelp av stoffer som var særlig rike på flogiston. Slike stoffer var trekull og hydrogen som av noen ble betraktet som ren flogiston.
Det vi nå kaller oksidasjon, ble derfor ifølge flogistonteorien ensbetydende med tap av flogiston, reduksjon betydde tilførsel av flogiston.
Mange registrerte at vekten av metallene ved «forkalkningen» heller økte enn avtok. Dette ble betraktet som et helt uvesentlig bifenomen som ikke hadde noen betydning for selve teorien. Stahl selv betraktet flogiston nærmest som et vektløst stoff, som et prinsipp eller agens.
Utover på 1700-tallet ble teorien alminnelig anerkjent av tidens ledende kjemikere. Selv etter at Antoine Lavoisier fra 1775 av viste at forbrenning ikke skyltes at flogiston ble avgitt, men var en reaksjon med oksygen fra luften, var det likevel mange som Carl Wilhelm Scheele og Joseph Priestley som fortsatt var tilhengere av flogistonteorien. Men etter at Antoine Lavoisier publiserte et skarpt angrep på flogistonteorien i 1793 og en revolusjonerende ny lærebok i kjemi ble ikke flogistonteorien lenger undervist på universitetene.