Flogiston var et stoff man trodde ble frigjort ved forbrenning før Lavoisier og andre kjemikere på slutten av 1700-tallet forklarte forbrenning slik vi gjør i dag.
Flogistonteorien var den første vitenskapelige teori som forsøkte å sammenfatte et større antall fenomener, og da først og fremst slike som har med stoffenes forbrenning å gjøre. Teorien går tilbake på forestillinger som første gang ble utviklet av den tyske kjemiker Johan Joachim Becher i 1669 i boken Physica subterranea. Den ble senere videre utbygget av hans landsmann Georg Ernst Stahl, som gjerne betegnes som teoriens opphavsmann.
Ifølge Stahl skulle alle brennbare stoffer, også metallene, inneholde et felles prinsipp, flogiston, som unnvek når et stoff brant (kalt metallenes kalsinering). Jo mer flogiston stoffene inneholdt, dess lettere brennbare var de og dess voldsommere brente de. Metallene skulle ifølge teorien bestå av «metallkalk» (=metalloksid) og flogiston, og følgelig være mer sammensatte enn deres «kalker» (oksider). Ved oppvarming av metallene (røsting) ville flogiston unnvike og «metallkalk» bli tilbake.
For å fremstille metallet av «metallkalken», måtte man tilføre flogiston. Dette kunne man gjøre ved hjelp av stoffer som var særlig rike på flogiston. Slike stoffer var trekull og hydrogen som av noen ble betraktet som rent flogiston.
Det vi nå kaller oksidasjon, ble derfor ifølge flogistonteorien ensbetydende med tap av flogiston, reduksjon betydde tilførsel av flogiston.
Mange registrerte at vekten av metallene ved «forkalkningen» heller økte enn avtok. Dette ble betraktet som et helt uvesentlig bifenomen som ikke hadde noen betydning for selve teorien. Stahl selv betraktet flogiston nærmest som et vektløst stoff, som et prinsipp eller agens.
Til tross for innvendinger som kunne reises mot flogistonteorien, fikk den stor betydning for kjemiens videre utvikling. Den førte til en mangfoldighet av nye forsøk, og til at alkymistene ga opp letingen etter de vises sten og iatrokjemiens ensidige forsøk på å fremstille legemidler og andre stoffer som man kunne ha praktisk nytte av. Kjemiske forsøk fikk et formål i seg selv.
Utover på 1700-tallet ble teorien alminnelig anerkjent av tidens ledende kjemikere. Selv etter at Antoine Lavoisier fra 1775 av viste at forbrenning ikke skyltes at flogiston ble avgitt, men var en reaksjon med oksygen fra luften, var det likevel mange som Carl Wilhelm Scheele og Joseph Priestley som fortsatt var tilhengere av flogistonteorien. Men etter at Antoine Lavoisier publiserte et skarpt angrep på flogistonteorien i 1793 og en revolusjonerende ny lærebok i kjemi ble ikke flogistonteorien lenger undervist på universitetene.