Peder Hansen var en dansk-norsk teolog.
Som skomakersønn kom Hansen fra beskjedne kår, men studerte teologi i Halle under opplysningsteologen Johann S. Semler, ble i 1780 titulær professor og tok i 1793 en teologisk doktorgrad i Halle. I 1798 ble Hansen biskop i Kristiansand og virket her for opplysningstidens kirkelige og pedagogiske ideer, holdt lærerkurs og stiftet leseselskaper. Han var motstander av haugianerne og henledet kanselliets oppmerksomhet på Hans Nielsen Hauges virksomhet som statsfarlig. I 1803 ble Hansen flyttet til Fyns bispestol.
Han var bror av arkitekten Christian Frederik Hansen.