kromosomanalyser

Før mikroskopi av kromosomer tilsettes cellene i laboratoriet et stoff som stimulerer celledelingen. Etter noen dagers vekst tilsettes et stoff som får celledelingen til å stoppe opp i en fase der kromosomene er tydelige. Etter behandling svulmer cellekjernene opp og sprekker. Kromosomene, som vanligvis oppbevares inni cellekjernen, sprer seg da utover på et objektglass og lar seg farge med forskjellige teknikker.

Det vanligste er å fremstille et båndmønster som tillater identifisering av de enkelte kromosomene eller deler av disse. Kromosomene sorteres og nummereres etter fallende størrelse og midtstykkets (sentromerens) plassering. Kromosom 1 er det største og kromosom 21 er det minste. Undersøkelsen viser mikroskopisk karyotype (kromosomsett).

In situ-hybridisering (binding på stedet) er en metode for å påvise en bestemt DNA-sekvens. Til dette brukes det en «målsøkende rakett» (DNA-probe), der «raketten» fester seg til en DNA-bit av motsatt oppbygging på et bestemt sted på et bestemt kromosom.

En variant av in situ-hybridisering er fluorescerende in situ-hybridisering (FISH). Med denne metoden lar man et fluorescerende fargestoff binde seg til der «raketten» har festet seg. Dette vil gjøre at området lyser opp, og altså tyde på at binding av DNA har skjedd. Man kan derfor se at en bit av kromosomet mangler ved at den lysende prikken mangler. FISH brukes for eksempel til å påvise manglende biter av fars eller mors kromosomer når en vet hvilken forandring en skal se etter.

Den kromosomanalysen som er mest i bruk i dag, kalles array comparative genome hybridisation (aCGH). Når denne undersøkelsen skal gjøres, tar en utgangspunkt i DNA fra pasienten. Et måleinstrument bestemmer om prøven inneholder rett mengde DNA fra alle kromosomene. Er det for lite DNA, kan pasienten ha en delesjon (utfall av genetisk materiale), og er det for mye DNA, kan pasienten ha en duplikasjon (tillegg av genetisk materiale).

Metodens svakhet er at den ikke kan avsløre om DNA bare har byttet plass på to eller flere kromosomer (balansert translokasjon). Vil en undersøke det, må en se etter i mikroskopet. Balanserte translokasjoner fører ikke til sykdom hos pasienten selv, men kan gi utviklingsavvik hos personens barn. Resultatet av en DNA-basert kromosomanalyse kalles ofte en molekylær karyotype.

Helgenomsekvensering er først og fremst utviklet for å undersøke rekkefølgen av byggesteiner (nukleotider) i DNA, som viser feil i genene, ikke til å undersøke kromosomer. Likevel kan helgenomsekvensering i stadig større grad også påvise kromosomutfall og -tillegg. Helgenomsekvensering vil derfor kunne bli førstevalget for både gen- og kromosomundersøkelser i fremtiden. Heleksomsekvensering, derimot, egner seg ikke til å påvise kromosomforandringer, siden metoden bare viser rekkefølgen av nukleotider i den kodende delen av DNA (eksomet), som utgjør en svært liten del av kromosomene.