2022 SamyraEspindolaLima

Universidade de Brasília
Instituto de Ciências Biológicas

Departamento de Genética e Morfologia
SAMYRA ESPÍNDOLA LIMA
Busca da etiologia genética de casos de deficiência auditiva

sindrômicos e não sindrômicos em pacientes do Distrito
Federal
Orientadora: Prof. Dra. Silviene Fabiana de Oliveira
Brasília
2022
SAMYRA ESPÍNDOLA LIMA
Busca da etiologia genética de casos de deficiência auditiva

sindrômicos e não sindrômicos em pacientes do Distrito
Federal
Universidade de Brasília (UnB)

AGRADECIMENTOS
À Universidade de Brasília e ao Programa de Pós Graduação em Biologia Animal pela

infraestrutura e oportunidade de realizar esse mestrado.
À minha orientadora Drª Silviene Fabiana de Oliveira, pela oportunidade, pelo suporte,
pelas suas correções e pelos incentivos.
Aos médicos dos ambulatórios de Genética e de Otorrinolaringologia do Hospital

Universitário de Brasília.
Aos pacientes e seus responsáveis por gentilmente aceitarem participar desse estudo.
Aos meus pais, pelo amor, incentivo е apoio incondicional.
Meus agradecimentos aos amigos, companheiros de trabalho e irmãos na amizade que

fizeram parte dessa etapa da minha vida.
A todos que direta ou indiretamente fizeram parte desse projeto.

EPÍGRAFE
O degrau de uma escada não serve
simplesmente para que alguém
permaneça em cima dele, destina-se
a sustentar o pé de um homem pelo
tempo suficiente para que ele
coloque o outro um pouco mais alto.
Thomas Huxley
RESUMO
A deficiência auditiva é caracterizada como a dificuldade em perceber e ou

interpretar o som, sendo o distúrbio sensorial mais comum. A perda auditiva pode estar
relacionada a causas genéticas, ambientais ou a uma combinação de ambas. A deficiência
auditiva genética pode ser classificada em não-sindrômica (70% dos casos) e sindrômica
(30% dos casos). Variantes no gene GJB2 são a causa mais comum de deficiência auditiva
autossômica recessiva não sindrômica, sendo que a mutação 35delG é observada em até
70% dos casos. A deficiência auditiva já foi descrita como sendo uma das características
clínicas de mais de 500 síndromes, mas nem sempre é o fenótipo mais comum. Dentre os
tipos mais comuns de perda auditiva sindrômica estão a Síndrome branquio-oto-renal, a
Síndrome de Waardenburg e a Síndrome de CHARGE. O objetivo principal deste trabalho
foi buscar a etiologia genética para casos de deficiência auditiva sindrômica e não
sindrômica em pacientes do Distrito Federal. Com esse intuito, foram selecionados
pacientes com deficiência auditiva nos ambulatórios de otorrinolaringologia e de genética
do Hospital Universitário de Brasília (HUB). Foi realizada a triagem para a variante
35delG desses pacientes, seguida de exoma completo para parte dos casos. A variante
35delG foi detectada em homozigose em um paciente (DA_06) e em heterozigose em dois
pacientes (DA_15 e 11284). Foi realizado exoma em 12 pacientes e 10/12 tiveram
diagnóstico molecular. Em 9/12 casos houve o diagnóstico molecular para a deficiência
auditiva do paciente, envolvendo os genes ACTB (Síndrome de Baraitser-Winter 1), EYA1
(Síndrome branquio-oto-renal), GJB2 (deficiência auditiva autossômica recessiva não
sindrômica), GSDME (deficiência auditiva neurossensorial progressiva), MITF (Síndrome
de Waardenburg), MCM2 (deficiência auditiva não sindrômica autossômica dominante 70)
e STRC (deficiência auditiva autossômica recessiva não sindrômica 16). Foi encontrado
um achado incidental nos pacientes 10970 (no gene TNNT2, relacionado a Não-
compactação ventricular esquerda) e 11294 (no gene KCNQ1, relacionado a Síndrome do
QT longo).
Palavras chaves: deficiência auditiva sindrômica, deficiência auditiva não sindrômica,

35delG, exoma
ABSTRACT
Hearing impairment is the difficulty in understanding and or interpreting sound,

being the most common sensory disorder. Hearing impairment can be related to genetic
factors, environmental factors or both. An estimated 30% of genetic hearing loss is
syndromic and 70% nonsyndromic. Variants in the GJB2 gene are the most common
cause of autosomal recessive nonsyndromic hearing loss, and the 35delG variant is
observed in up to 70% of cases. Hearing impairment has been described in more than
500 syndromes, considering that it is not always the most common phenotype. Some of
the most common types of syndromic hearing loss include Branchio-oto-renal
Syndrome, Waardenburg Syndrome and CHARGE Syndrome. The main aim of this
study was to search for the genetic etiology for syndromic hearing loss and
nonsyndromic hearing loss in patients from Distrito Federal. For this purpose, patients
with syndromic and nonsyndromic hearing loss were selected from Ambulatory of
Otorhinolaryngology and Ambulatory of Genetics at Hospital Universitário de Brasília
(HUB). Screening was performed for the 35delG variant, followed by a complete
exome. The 35delG variant was detected in homozygosis in one patient (DA_06) and in
heterozygosis in two patients (DA_15 and 11284). The exome was performed in 12
patients and 10/12 had a molecular diagnosis. In 9/12 cases there was a molecular
diagnosis for the patient's hearing loss, involving the genes ACTB (Baraitser-Winter
Syndrome 1), EYA1 (Branchio-oto-renal syndrome), GJB2 (non-syndromic autosomal
recessive hearing loss), GSDME (progressive sensorineural hearing loss), MITF
(Syndrome de Waardenburg), MCM2 (non-syndromic autosomal dominant hearing loss
70) and STRC (autosomal recessive non-syndromic hearing loss 16). An incidental
finding was found in the patients 10970 (in the TNNT2 gene, related to Left Ventricular
Noncompaction) and 11294 (in the KCNQ1 gene, related to Long QT Syndrome).
Keywords: syndromic hearing loss, nonsyndromic hearing loss, 35delG, exome

LISTA DE FIGURAS
Figura 1. Anatomia da orelha externa, média e interna. Imagem modificada de Bear,

2017 ............................................................................................................................... 15
Figura 2. Corte transversal da cóclea. A. Enrolada ao redor do núcleo ósseo, a cóclea

protege suas fibras nervosas. B. O labirinto membranoso divide o labirinto ósseo em
duas partes: a rampa do vestíbulo acima e a rampa timpânica abaixo. a rampa média
aloja o órgão terminal receptor da audição. C. as estruturas do órgão de Corti repousam
na membrana basilar. Retirado de Fuller (2014) ........................................................... 17
Figura 3. Banco de dados de literatura da Plataforma Franklin. Em destaque, no

retângulo vermelho, é possível observar a opção “publicações” ................................... 38
Figura 4. Eletroferograma do paciente DA_06. Em destaque, no retângulo vermelho, é

possível observar a presença de cinco guaninas ao invés de seis, evidenciando a variante
35delG em homozigose ................................................................................................. 40
Figura 5. Eletroferograma do paciente DA_15. Em destaque, no retângulo vermelho, é

possível identificar a variante 35delG em heterozigose. Variante de mudança de quadro
de leitura ........................................................................................................................ 41
Figura 6. Eletroferograma do paciente 11284. Em destaque, no retângulo vermelho, é

possível identificar a variante 35delG em heterozigose. Variante de mudança de quadro
de leitura ........................................................................................................................ 41
Figura 7. Heredograma da família do paciente 10581 .................................................. 44
Figura 8. Variante c.338C>T identificada em heterozigose com alelo de referência no

gene CPT2 do paciente 10581. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 45
Figura 9. Variante c.863 A>T identificada em homozigose com alelo de referência no

gene SERPINA1 do paciente 10581. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 46
Figura 10. Heredograma da família do paciente 10727 ................................................ 47
Figura 11. Variante c.127G>T em heterozigose com o alelo referência identificada no

gene ACTB do paciente 10727. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 49
Figura 13. Variantes c.145C>T e c.146C>T identificadas no gene GSDME do paciente

10765. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers ............... 51

Figura 15. Variante n.523-1G>A identificada em heterozigose com alelo de referência
no gene MCM2 do paciente 10941. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 52
Figura 16. Variante c.1143_1176delCCTGAACAGCATGTTTGAGGTGTACTTGGTGGGG

identificada em heterozigose com alelo de referência no gene CDH23 do paciente
Figura 17. Variante c.3579+2T>C identificada em heterozigose com alelo de referência

no gene CDH23 do paciente 10941. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 53
Figura 18. Heredograma da família da paciente 10970 ................................................ 54
Figura 19. Deleção de 4.7kb dos genes STRC, CKMT1B, SNOU13, RNU6-554P do
paciente 10970. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers . 54
Figura 20. Deleção de 1.1kb dos genes STRC, CKMT1B e RNU6-554P do paciente
10970. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers. .............. 55
Figura 21. Variante c.692T>C identificada em heterozigose com alelo de referência no

gene TNNT2 do paciente 10970. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 55
Figura 23. Variante c.1523C>T identificada no gene EYA1 do paciente 11089 em

heterozigose com alelo de referência. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 57
Figura 24. Variante c.737C>T identificada no gene PTEN do paciente 11089 em

heterozigose com alelo de referência . Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 58
Figura 25. Heredograma da família do paciente 11178 mostrando a segregação de

deficiência auditiva e pigmentação da íris ..................................................................... 61
Figura 26. Variante c.1230G>A em heterozigose com o alelo de referência identificada

no gene MITF do paciente 11178. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 62
Figura 28. Variante c.35delG em heterozigose com alelo referência identificada no

gene GJB2 do paciente 11284. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 65
Figura 29. Variante c.550C>T em heterozigose com alelo referência identificada no
gene GJB2 do paciente 11284. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 65
Figura 30. Variante c.15142C>T identificada em heterozigose com o alelo referência

no gene KMT2D do paciente 11284. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 66
Figura 31. Variante c.396A>C identificada em hemizigose no gene F8 do paciente

Figura 32. Heredograma da família da paciente 11289 ................................................ 67
Figura 33. Deleção de 9.4kb em homozigose englobando os genes STRC, CKMT1B,

SNOU13, RNU6-554P do paciente 11289. Imagem gerada pelo programa IGV -
Integrative Genomes Viewers ........................................................................................ 68
Figura 35. Variante c.1081C>T identificada em heterozigose com alelo de referência

no gene EYA1 do paciente 11294 . Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 70
Figura 36.Variante c.1040C>T identificada em heterozigose com o alelo referência no

gene KCNQ1 do paciente 11294. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative
Genomes Viewers .......................................................................................................... 70
Figura 37. Heredograma do paciente 10921 ................................................................. 71

LISTA DE QUADROS
Quadro 1. Classificação da deficiência auditiva ........................................................... 18
Quadro 2. Diferenciação entre os quadros fenotípicos da Síndrome de Waardenburg e

seus respectivos genes associados ................................................................................ 20
Quadro 3. Diferenciação entre os quadros fenotípicos da Síndrome de Usher e seus

respectivos genes associados ......................................................................................... 22
Quadro 4. Prevalência da variante 35delG em pacientes com deficiência auditiva no

Brasil .............................................................................................................................. 25
LISTA DE TABELAS
Tabela 1. Concentrações dos reagentes na solução de reação de PCR para amplificação

da região contendo a mutação c.35delG. ....................................................................... 34
Tabela 2.Solução de reação para sequenciamento da região contendo a mutação

c.35delG. ........................................................................................................................ 35
Tabela 3. Informações dos ciclos no termociclador para o sequenciamento ................ 35
Tabela 4. Filtros e parâmetros utilizados para análise de exoma …………...................38
Tabela 5. Diagnóstico genético molecular obtido para os pacientes com deficiência

auditiva incluídos na pesquisa. ...................................................................................... 42
Tabela 6. Classificação das variantes observadas e identificação dos tipos de

variantes.......................................................................................................................... 75
LISTA DE ABREVIATURAS E SIGLAS
ºC Grau Celsius
µL Microlitro
AATD do inglês alpha-1-antitrypsin deficiency
ACMG do inglês American College of Medical Genetics and Genomics
BERA Potencial evocado auditivo do tronco encefálico
BOR Síndrome branquio-oto-renal
CEAL Centro Educacional da Audição e Linguagem
CPT II Carnitina palmitoil transferase II
CX26 Conexina 26
dB Decibel
DFNB deficiência auditiva não sindrômica autossômica recessiva
DNA do inglês Deoxyribonucleic Acid
dNTPs Desoxirribonucleotídeos fosfatados
EDTA do inglês Ethylenediamine Tetraacetic Acid
EIM Erros Inatos do Metabolismo
ES Espírito Santo
EUA Estados Unidos da América
EVA do inglês enlarged vestibular aqueduct
GWAS do inglês Genome Wide Association Studies
H2O Água
HD do inglês homeodomain
HUB Hospital Universitário de Brasília
IA inteligência artificial
IBGE Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística
MG Minas Gerais
MgCl2 Cloreto de magnésio
min Minuto
mM Milimolar
ng Nanograma
NGS do ingês Next-Generation Sequencing
OMIM do ingês Online Mendelian Inheritance in Man
PA Pará
pb Par de base
PCR do inglês Polymerase Chain Reaction
pmoles/µL Picomol/microlitro
PR Paraná
PVC Policloreto de vinila
rpm Rotação por minuto
RS Rio Grande do Sul
SD do inglês SIX domain
seg Segundo
SP São Paulo
TBE Tris-borato-EDTA
TCLE Termo de Consentimento Livre e Esclarecido
U/µL Unidade/microlitro
UV Ultravioleta
VUS Variante de significado incerto
WES do inglês whole exome sequencing
WGS do inglês Whole Genome Sequencing
10
SUMÁRIO
1. INTRODUÇÃO ................................................................................................. 13
1.1 Funcionamento normal da audição .................................................................... 14
1.1.1 Orelha – anatomia .............................................................................................. 14
1.1.2 Ouvir: da vibração ao som ................................................................................. 17
1.2 Classificação da deficiência auditiva ................................................................. 18
1.2.1 Deficiência auditiva sindrômica ........................................................................ 19
1.2.1.1 Síndrome branquio-oto-renal ................................................................. 20
1.2.1.2 Síndrome de Waardenburg .................................................................... 20
1.2.1. 3 Síndrome de CHARGE .......................................................................... 21
1.2.1.4 Síndrome de Usher ................................................................................. 21
1.2.2 Deficiência auditiva não sindrômica .................................................................. 22
1.2.2.1 GJB2 ... .................................................................................................. 22
1.2.2.1.1 Variante 35delG ......................................................................................23
1.2.3 Genes associados a deficiência auditiva ............................................................ 25
1.2.3.1 SLC26A4 ............................................................................................... 26
1.2.3.2 MYO7A ................................................................................................. 26
1.2.3.3 SIX1 ....................................................................................................... 26
1.3 Sequenciamento de Nova Geração (NGS) ......................................................... 27
1.3.1 Achados Incidentais ........................................................................................... 28
1.3.2 Achados Secundários ......................................................................................... 28
2. JUSTIFICATIVA .............................................................................................. 29
3. OBJETIVOS ...................................................................................................... 30
4. MATERIAL E MÉTODOS .............................................................................. 31
4.1 Aspectos éticos ................................................................................................. 31
4.2 Seleção de pacientes .......................................................................................... 31
4.3 Coleta de material biológico .............................................................................. 32
4.4 Extração e quantificação de DNA ..................................................................... 32
4.5 Análise da presença da mutação c.35delG ......................................................... 32
4.6 Exoma ................................................................................................................ 35
4.7 Plataforma Franklin ........................................................................................... 36
4.8 Análise dos Exomas ........................................................................................... 37
11
5. RESULTADOS E DISCUSSÃO ....................................................................... 39
5.1 Triagem 35delG ................................................................................................. 39
5.2 Exomas ................................................................................................................41
5.3 Apanhado geral .................................................................................................. 74
6. CONCLUSÕES ................................................................................................. 77
7. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS .............................................................. 79
ANEXO 1 ...................................................................................................................... 84
ANEXO 2 ...................................................................................................................... 85
ANEXO 3 ...................................................................................................................... 88
ANEXO 4 ...................................................................................................................... 91
ANEXO 5 ...................................................................................................................... 94
ANEXO 6 ...................................................................................................................... 97
ANEXO 7 ...................................................................................................................... 99
12
1. INTRODUÇÃO
A deficiência auditiva (perda auditiva e surdez) é considerada o distúrbio

sensorial mais comum (DROR; AVRAHAM, 2010). A perda auditiva é um fenótipo
caracterizado por qualquer grau de perda da capacidade de ouvir, podendo ser
temporária ou permanente. A surdez é um fenótipo caracterizado pela perda da
capacidade total ou quase total da audição (ALFORD et al., 2014). Aproximadamente
um em cada mil indivíduos é afetado por deficiência auditiva severa ou profunda ao
nascimento ou durante a primeira infância e, assim como a perda de outras funções
sensoriais, tem uma grande diversidade de causas, podendo ser genética, ambiental ou
uma combinação de ambas (DROR; AVRAHAM, 2010; PETIT; LEVILLIERS;
HARDELIN, 2001). A deficiência auditiva devido a causas ambientais pode decorrer de
vários fatores, tais como a idade/envelhecimento (acarretada pelos efeitos degenerativos
do envelhecimento na cóclea) (CUNNINGHAM; TUCCI, 2017), ototoxicidade
medicamentosa (disfunção temporária ou permanente da orelha interna após a exposição
a drogas ototóxicas (CUNNINGHAM; TUCCI, 2017; DROR; AVRAHAM, 2010;
YORGASON et al., 2006 ), exposição prolongada a ruídos e trauma acústico (um ruído
alto repentino) (CUNNINGHAM; TUCCI, 2017; DROR; AVRAHAM, 2010),
infecções congênitas (como citomegalovírus, herpes, rubéola, treponema e
toxoplasmose) (DROR; AVRAHAM, 2010; KORVER et al., 2018) e trauma (ANGELI;
LIN; LIU, 2012). Estima-se que as causas genéticas representem de 50 a 70% dos casos
de deficiência auditiva congênita. Embora a maioria dos casos hereditários de
deficiência auditiva seja causada por variantes em genes nucleares, alterações em genes
mitocondriais foram encontradas em pelo menos 5% dos pacientes com perda auditiva
pós-lingual não sindrômica (ALVES et al., 2016; CORDEIRO-SILVA et al., 2010;
FREI et al., 2002). No Brasil, cerca de 5% da população apresenta algum tipo de
deficiência auditiva e pouco mais de 1% declara não ouvir som algum (IBGE, 2012).
Considerando os casos de deficiência auditiva com etiologia genética, esse é um

exemplo clássico de heterogeneidade genética multilocus, ou seja, vários loci diferentes
relacionados com a mesma característica (ANGELI; LIN; LIU, 2012). Essa
heterogeneidade genética da deficiência auditiva é um desafio ao diagnóstico molecular.
Apesar disso, grandes progressos foram feitos na identificação de genes específicos e
variantes que contribuem para a deficiência auditiva. Busca das causas moleculares da
13
deficiência auditiva têm sido bem-sucedidas em desvendar genes, assim como o número
e a frequência dos alelos envolvidos na deficiência auditiva (ANGELI; LIN; LIU,
2012). Estudos de associação genômica ampla (GWAS) vem auxiliando na identificação
das variantes causais da deficiência auditiva e técnicas como o sequenciamento de nova
geração (NGS) - abrangendo testes genéticos como exomas, genomas e painéis de
genes -, confirmam molecularmente o diagnóstico clínico dos pacientes (CAMPOS,
2021; LIMA, 2018).
1.1 Funcionamento normal da audição
Para melhor entender a deficiência auditiva, é necessário entender como se dá o

funcionamento normal da audição. Nos itens a seguir está apresentada, de forma breve,
a anatomia e o funcionamento da orelha humana.
1.1.1 Orelha - anatomia
A orelha é o órgão do equilíbrio e da audição e pode ser dividida em orelha

externa, orelha média e orelha interna (Figura 1). O equilíbrio está relacionado ao
aparelho vestibular, que está localizado nos canais semicirculares, e que tem como
função detectar a posição do corpo no espaço, seja em situação estática ou em
movimento (HIATT; GARTNER, 2011).
14
Figura 1. Anatomia da orelha externa, média e interna. Imagem modificada de Bear (2017).
A orelha externa é formada pelo pavilhão auricular e pelo meato acústico

externo. A membrana timpânica define o limite da orelha externa e o início da orelha
média; a cavidade medial à membrana timpânica é a cavidade timpânica e dentro desse
espaço estão os ossículos da audição - martelo, bigorna e estribo, respectivamente. A
base do estribo, chamada de platina, faz contato com a janela oval (orelha interna). Com
um orifício na parede anterior da cavidade timpânica, a tuba auditiva se estende até a
nasofaringe e tem como função o controle da pressão atmosférica. A orelha interna,
também intitulada labirinto, pode ser dividida em sistema vestibular (canais
semicirculares e vestíbulo) e sistema auditivo (cóclea). Os canais semicirculares são três
alças que se projetam do vestíbulo em diferentes direções (superior e posterior). O
vestíbulo é a cavidade central da orelha interna e é formado por duas vesículas, o
utrículo (contínuo com os canais semicirculares) e o sáculo (contínuo com a cóclea);
essas vesículas, por sua vez, compõem as máculas, que contêm sensores biológicos
chamados de células ciliadas (FULLER D, 2014).
A cóclea dá duas voltas e meia sobre si mesma, ao redor de seu eixo central, o
modíolo (Figura 2 A); isso faz com que tenha o formato espiralado (lembrando a concha
de um caracol). A cóclea possui três canalículos: escala vestibular, média e timpânica
(Figura 2 B). A escala média está separada da vestibular (posicionada superiormente)
pela membrana de Reissner e da escala timpânica (posicionada inferiormente) pela
15
membrana basilar. A escala vestibular e a timpânica estão preenchidas de perilinfa e,
por uma abertura intitulada helicotrema, há a comunicação da perilinfa ao longo do
canal ósseo. A escala média é composta pelo órgão específico da audição, o órgão de
Corti (Figura 2 C), que recebe terminações nervosas periféricas provenientes da porção
coclear do VIII nervo craniano; a parede lateral da rampa média está ligada ao labirinto
pelo ligamento espiral. A ligação modiolar da rampa média é a lâmina espiral óssea.
Juntando-se à lâmina espiral está a membrana basilar (FULLER D, 2014).
A estrutura básica do órgão de Corti inclui células de suporte (células pilares

internas e células pilares externas) e células sensoriais (células ciliadas internas e células
ciliadas externas); as células ciliadas internas são sustentadas por células pilares
internas, células falangeais internas e células de borda. As células ciliadas externas são
sustentadas por células pilares externas e internas e células de Deiters. Mais periféricos
a essas estruturas estão as células de Hensen e as células de Claudius que repousam na
membrana basilar, preenchem o espaço entre as células de Deiters e a base da estria
vascular; no topo, os estereocílios das células ciliadas se fixam na membrana tectória. A
endolinfa preenche o espaço entre a membrana tectória e a lâmina reticular (FULLER
D, 2014; HIATT; GARTNER, 2011; KIMURA, 1975).
16
Figura 2. Corte transversal da cóclea. A. Enrolada ao redor do núcleo ósseo, a cóclea protege suas fibras
nervosas. B. O labirinto membranoso divide o labirinto ósseo em duas partes: a rampa do vestíbulo acima
e a rampa timpânica abaixo; a rampa média aloja o órgão terminal receptor da audição. C. as estruturas do
órgão de Corti repousam na membrana basilar. Retirado de Fuller (2014).
1.1.2 Ouvir: da vibração ao som
A primeira etapa da percepção auditiva começa na orelha externa e consiste no

direcionamento e na propagação das ondas sonoras. Isso ocorre quando as ondas
sonoras incidem sobre o pavilhão auditivo que as direciona à concha do pavilhão; essas
ondas se propagam pelo meato acústico externo e atingem a membrana timpânica -
localizada na orelha média - , resultando em vibração. Essa vibração é transmitida aos
17
ossículos da orelha média - martelo, bigorna e estribo - em sequência, causando a
amplificação do som. A platina do estribo se movimenta para dentro e para fora em um
movimento contínuo, como um pistão, na parede da cóclea. ssim, as vibrações atingem
a anela oval, na orelha interna e passam para os lí ui os presentes na c clea perilin a e
en olin a até atingirem as membranas basilares e tect rias, ue são capa es e inclinar
as células cilia as. s células cilia as a em sinapses com neur nios cu os corpos
celulares estão no gânglio espiral, entro o mo íolo, ou seja, a superfície das células
ciliadas é modificada formando dezenas de filamentos ricos em actina, os estereocílios,
que se movem de um lado para o outro com o movimento as células. sso ocorre
por ue as células o gânglio espiral são bipolares, com os neuritos, esten en o-se para
as porções lateral e basal as células cilia as, on e estabelecem cone ões sin pticas
com as células cilia as. s a nios o gânglio espiral entram no nervo coclear, um
ramo o nervo vestibulococlear nervo craniano , ue se pro eta aos n cleos
cocleares no bulbo que, por sua vez, recebem as informações que são processadas, como
tempo e qualidade do som. Outros neurônios se projetam para dois núcleos da ponte,
depois a informação segue para os núcleos no mesencéfalo e no tálamo para depois se
direcionarem para o córtex auditivo (CURI, 2017; FULLER D, 2014; MOURÃO,
2012).
1.2 Classificação da deficiência auditiva
A deficiência auditiva pode ser classificada segundo vários parâmetros. No

Quadro 1 estão apresentados os diversos tipos de classificação utilizada.
Quadro 1. Classificação da deficiência auditiva.
PARÂMETROS CLASSIFICAÇÃO REFERÊNCIAS
Tipo ou local da Condutiva: alteração da orelha externa ou ALFORD et al.,

alteração média 2014;
Neurossensorial: alterações na orelha CUNNINGHAM;
interna (na cóclea ou no gânglio espiral) TUCCI, 2017
Mista: combinação do tipo condutiva e
neurossensorial
Clínica Sindrômica: quando apresenta associação ALFORD et al.,

com outras características clínicas, como 2014
18
por exemplo, dismorfias, deficiência
intelectual, alterações cardíacas, polidactilia,
dentre outros
Não Sindrômica: quando não apresenta
associação com outras características
clínicas, ou seja, quando a perda auditiva é o
único fenótipo presente
Início da perda Congênita: observada desde o nascimento ALFORD et al.,

auditiva Pré-lingual: observada antes do 2014
desenvolvimento da fala
Pós-lingual: observada depois do
desenvolvimento da fala
Lateralidade ou Unilateral ou assimétrica: afeta somente um ALFORD et al.,

simetria dos lados (direito ou esquerdo) 2014
Bilateral ou simétrica: afeta ambos os lados
(direito e esquerdo)
Estabilidade Progressiva: limiares aumentam ao decorrer ALFORD et al.,

do tempo 2014
Estacionária: limiares não variam ao
decorrer do tempo
Flutuante: limiares aumentam e diminuem
ao decorrer do tempo, ou seja, a perda
auditiva não é estável
Grau Leve: limiar auditivo de 26 – 40 dB ALFORD et al.,

Moderado: limiar auditivo de 41–55 dB 2014;
Moderadamente grave: limiar auditivo de CLARK, 1981
56–70 dB
Grave: limiar auditivo de 71–90 dB
Profunda: limiar auditivo a partir de 91 dB
A seguir apresentamos de maneira mais aprofundada a classificação clínica,

assim como exemplos de patologias.
1.2.1 Deficiência auditiva sindrômica
A deficiência auditiva sindrômica é a deficiência auditiva acompanhada de outras

características clínicas (KOFFLER; USHAKOV; AVRAHAM, 2015). Estima-se que
30% dos casos de deficiência auditiva sejam sindrômicos (ALFORD et al., 2014;
FRIEDMAN et al., 2003; KOFFLER; USHAKOV; AVRAHAM, 2015). Mais de 500
síndromes que incluem deficiência auditiva já foram descritas, (CUNNINGHAM;
TUCCI, 2017) sendo que foram observados padrão de herança autossômico recessivo,
19
autossômico dominante, ligado ao X e mitocondrial (ALFORD et al., 2014). Abaixo
estão brevemente descritas síndromes que apresentam a deficiência auditiva como uma
de suas características. As síndromes aqui descritas são consideradas as mais conhecidas
(KOFFLER; USHAKOV; AVRAHAM, 2015).
1.2.1.1 Síndrome branquio-oto-renal
A Síndrome branquio-oto-renal (BOR) (OMIM 113650) apresenta um padrão de

herança autossômico dominante, cuja incidência estimada é de 1:40000 (SONG, M. H.
et al., 2013) e é considerada a deficiência auditiva sindrômica com etiologia genética
mais comum (LINDAU et al., 2014). O fenótipo é caracterizado por I) fístulas
branquiais ou cistos, II) deficiência auditiva neurossensorial, condutiva ou mista
(defeitos estruturais dos ouvidos externo, médio e interno) e III) anormalidades renais
(SMITH; SCHWARTZ, 1998). Variantes no gene EYA1 são as mais comuns, com 40%
dos casos; variantes nos genes SIX1 e SIX5 também foram descritas (LINDAU et al.,
2014; SONG, M. H. et al., 2013).
1.2.1.2 Síndrome de Waardenburg
A Síndrome de Waardenburg é uma doença genética e clinicamente heterogênea,

o que faz com que seja classificada em quatro tipos: tipo I (OMIM 193500), tipo II
(OMIM 193510), tipo III (OMIM 148820) e tipo IV (OMIM 277580). A incidência
estimada varia entre 1:40000 e 1:42000 (ROSA JÚNIOR et al., 2019; SONG, J. et al.,
2016). O fenótipo pode abranger características clínicas como deficiência auditiva
neurossensorial congênita, distúrbios pigmentares da íris, pigmentação da pele e/ou
cabelos anômala, distopia canthorum e alargamento da sobrancelha medial (READ;
NEWTON, 1997; SONI; KUMAR, 2010). Características e genes da Síndrome de
Waardenburg se encontram no Quadro 2.
Quadro 2. Diferenciação entre os quadros fenotípicos da Síndrome de Waardenburg e seus respectivos

genes associados.
Tipo Padrão Características Genes Referências

de associados
herança
I AD apresenta distopia PAX3 READ; NEWTON, 1997;

canthorum SONG, J. et al., 2016
20
II AR/AD não apresenta MITF, SNAI2 READ; NEWTON, 1997;
distopia canthorum e SOX10 SONG, J. et al., 2016
III AD associado a PAX3 READ; NEWTON, 1997;

anormalidades SONG, J. et al., 2016
musculoesqueléticas
IV AR/AD associado a Doença EDN3, READ; NEWTON, 1997;

de Hirschsprung EDNRB e SONG, J. et al., 2016
SOX10
AD: autossômico dominante; AR: autossômico recessivo.
1.2.1.3 Síndrome de CHARGE
A Síndrome de CHARGE (OMIM 214800) é uma doença genética rara e na

maioria dos pacientes é explicada por uma variante de novo. Quando herdado, apresenta
padrão de herança autossômico dominante. O único gene associado à síndrome, até o
presente momento, é o CHD7 (BLAKE; PRASAD, 2006; USMAN; SUR, 2021). A
prevalência estimada é de 1:10000 (BLAKE et al.,1998). É caracterizada por ter um
padrão de anomalias congênitas, onde há a combinação variável de anomalias múltiplas,
incluindo malformações da orelha, atresia coanal, coloboma, malformações do coração,
disfunção do nervo craniano, defeitos do sistema nervoso central, hipoplasia genital e
características faciais dismórficas (BLAKE; PRASAD, 2006; USMAN; SUR, 2021).
1.2.1.4 Síndrome de Usher
A Síndrome de Usher é uma doença caracterizada por perda auditiva

neurossensorial, perda de visão devido à retinite pigmentosa e disfunção vestibular
(KIMBERLING et al., 2010; MATHUR; YANG, 2014). Apresenta um padrão de
herança autossômico recessivo, cuja prevalência é estimada em 4-17:100000
(KIMBERLING et al., 2010; MATHUR; YANG, 2014; WHATLEY, 2020). É
classificada em três tipos com base na presença, gravidade e progressão dos sintomas
auditivos, visuais e vestibulares: tipo I (OMIM 276900), tipo II (OMIM 605472) e tipo
III (OMIM 276902). Características e genes da Síndrome de Usher se encontram no
Quadro 3.
21
Quadro 3. Diferenciação entre os quadros fenotípicos da Síndrome de Usher e seus respectivos genes
associados.
Tipo Características Genes Referências

associados
I Forma mais grave. MYO7A, MATHUR; YANG,

Os pacientes apresentam DA USH1C, 2014;
neurossensorial profunda e CDH23, WHATLEY, 2020.
disfunção vestibular congênitas e PCDH15,
retinite pigmentosa progressiva. USH1G e
corre em ⅓ os casos e CIB2
Síndrome de Usher.
II Forma menos grave. USH2A, MATHUR; YANG,

Os pacientes apresentam DA ADGRV1 e 2014;
neurossensorial (moderada a grave), WHRN WHATLEY, 2020.
função vestibular normal e retinite
pigmentosa que começa geralmente
durante a puberdade.
Ocorre em mais da metade dos
casos de Síndrome de Usher.
III Forma mais rara. CLRN1 MATHUR; YANG,

Os pacientes apresentam fisiologia 2014;
normal ao nascimento, com níveis WHATLEY, 2020.
variáveis de audição, visão e
deterioração vestibular ao longo do
tempo.
Ocorre em aproximadamente 2%
dos casos de Síndrome de Usher.
1.2.2 Deficiência auditiva não sindrômica
A deficiência auditiva não sindrômica é caracterizada por não estar acompanhada

de outras características clínicas (VAN CAMP; WILLEMS; SMITH, 1997). Estima-se
que 70% da perda auditiva genética seja não sindrômica. O padrão de herança pode ser
autossômico recessivo (~ 80%), autossômico dominante (~ 15%), ligado ao X (~ 1%) ou
mitocondrial (~ 1%) (ALFORD et al., 2014). Em populações europeias, incluindo
eurodescendentes, a causa mais frequente de deficiência auditiva autossômica recessiva
não sindrômica é alteração da proteína de junção comunicante codificada pelo gene
GJB2 (CORDEIRO-SILVA et al., 2010; WILCOX et al., 2000).
1.2.2.1 GJB2
22
O gene GJB2 está localizado na região cromossômica 13q12.11. Diversas
mutações já foram descritas como associadas com a deficiência auditiva. Esse é o gene
responsável por codificar uma proteína de ligação gap, chamada conexina 26 (CX26), e
apresenta um único exon (LEFEBVRE; VANDEWATER, 2000). Seis subunidades de
CX26 formam uma conexona, sendo que conexonas de duas células adjacentes se ligam
criando um canal intercelular (LEFEBVRE; VANDEWATER, 2000) que, por sua vez, é
indispensável para o sistema de trocas de eletrólitos e metabólitos das células
(BRUZZONE; WHITE; PAUL, 1996). Na cóclea, esses canais são responsáveis por
manter a homeostase de íons de potássio nas células ciliadas, cuja função é transformar
o estímulo sonoro em sinal bioelétrico pelo fluxo dos íons de potássio (LEFEBVRE et
al., 1990). Dessa forma, quando a CX26 não é codificada corretamente, ocorre uma
interrupção da reciclagem do potássio e a sua alta concentração na endolinfa dos dutos
cocleares causa uma intoxicação no órgão de Corti, ocasionando a perda de audição
neurossensorial (LEFEBVRE et al., 1990). Dentre as mutações no gene GJB2 que
ocasionam deficiência auditiva não sindrômica autossômica recessiva (DFNB), a
variante c.35delG (rs80338939) é a mais frequente (60-85%) na população europeia e
eurodescendente (ANGELI; LIN; LIU, 2012). Nos indivíduos afetados, esta mutação
pode estar presente em homozigose ou heterozigose composta (CORDEIRO-SILVA et
al., 2010).
1.2.2.1.1 Variante c.35delG
A c.35delG é uma variante de ponto, a deleção de uma guanina (G) em uma

sequência de seis guaninas, que se estendem da posição 30 a 35 dos nucleotídeos, no
exon codificante do gene da CX26, resultando na formação de um códon de terminação.
Esta deleção resulta na síntese de um polipeptídio incompleto, com 12 aminoácidos, em
vez do normal, com 226 (CORDEIRO-SILVA et al., 2010; PIATTO et al., 2005). É
uma variante na região exônica, de efeito frameshift (variante de mudança de quadro de
leitura) e frequência de 0,62%.
Essa variante é a causa genética mais comum da deficiência auditiva não

sindrômica. A prevalência desta variante foi estimada em diversos países, tendo sido
observada uma grande variação nas diversas populações. Com exceção de europeus e
eurodescendentes, a implicação da c.35delG na perda auditiva é rara, levando à hipótese
23
de que esta é uma variante fundadora entre populações de ascendência europeia
(LEBEKO et al., 2015).
Estudos de prevalência dessa variante foram realizados tanto em amostras

populacionais de indivíduos com audição normal, como de indivíduos afetados. Para a
realização desses estudos, as amostras podem ser coletadas de pessoas de todas as faixas
etárias - recém-nascidos, crianças e/ou indivíduos adultos - podendo ser de uma cidade,
um estado, um país ou até mesmo um continente.
Considerando populações de indivíduos com audição normal, no estado de Nova

Iorque (EUA), em triagem realizada em uma população de 2089 neonatos, foi
encontrada a prevalência de 1,29% de heterozigotos para a variante c.35delG
(FITZGERALD et al., 2004). Em uma revisão sistemática sobre a prevalência da
variante c.35delG no Oriente Médio, abrangendo 15 populações, a prevalência mínima
foi de 0% na Palestina e a máxima foi de 3,39% em Judeu Persa (KOOHIYAN;
KOOHIAN; AZADEGAN-DEHKORDI, 2020).
Em Campinas (SP, Brasil), um estudo considerando neonatos com audição

normal detectou 6/620 neonatos com a variante c.35delG, onde todos os seis eram
heterozigotos; a prevalência de portadores da variante foi de 0,97%, aproximadamente
1:103 heterozigotos (SARTORATO et al., 2000). Em um estudo realizado com
neonatos do Hospital de Base de São José do Rio Preto, a variante foi encontrada em
5/223 indivíduos, sendo que todos os 5 eram heterozigotos; a prevalência foi de 2,24%,
aproximadamente 1:44 heterozigotos (PIATTO et al., 2005). Outro estudo, realizado em
quatro regiões brasileiras (norte, nordeste, sudeste e sul), encontrou a variante c.35delG
em 25/1856 recém-nascidos, sendo que todos os 25 eram heterozigotos; a prevalência de
portadores da variante foi de 1,35%, aproximadamente 1:74 heterozigotos (OLIVEIRA
et al., 2007).
No caso de indivíduos com deficiência auditiva não sindrômica, a contribuição

da variante c.35delG tem uma grande variação entre diferentes populações,
demonstrando a heterogeneidade genética existente entre os diversos países. Em Omã a
contribuição foi de 0% (SIMSEK et al., 2001), na Espanha foi de 55% (RABIONET et
al., 1999) e na Itália de 88% (RABIONET et al., 1999).
24
Uma série de estudos acerca da prevalência desta variante em indivíduos com
deficiência auditiva foi realizada no Brasil (Quadro 4). Observa-se que a maior
frequência alélica foi em São José do Rio Preto e a menor em Belém.
Quadro 4. Prevalência da variante 35delG em pacientes com deficiência auditiva no Brasil.

Local do estudo n Pacientes Pacientes Referências
homozigotos heterozigotos
Belém (PA) 77 1 6 DE CASTRO et al., 2013
Campinas (SP) 75 2 4 PFEILSTICKER et al., 2004
Espírito Santo (ES) 77 3 5 CORDEIRO-SILVA et al., 2010
Minas Gerais (MG) 53 0 9 SCHÜFFNER et al., 2018
Porto Alegre (RS) 37 3 4 MOTTA et al., 2012
São José do Rio Preto (SP) 33 5 4 PIATTO et al., 2004
São Paulo (SP) e Paraná (PR) 300 22 15 BATISSOCO et al., 2009
TOTAL 652 36 47 -
1.2.3 Genes associados a deficiência auditiva
Para a deficiência auditiva autossômica recessiva, variantes nos genes GJB2,

SLC26A4, MYO15A, OTOF, CDH23 e TMC1 estão mais frequentemente observadas
(ANGELI; LIN; LIU, 2012; MEENA; AYUB, 2017). Para a deficiência auditiva
autossômica dominante, observam-se mutações em WFS1, MYO7A e COCH (ANGELI;
LIN; LIU, 2012). Para a população afrodescendente (afro-americanos, afro-brasileiros,
camaroneses, ganeses, quenianos/sudaneses, sul-a ricanos “black south african”, sul-
africanos da Província de Limpopo, tribo Yoruba e ugandeses) com deficiência auditiva
não sindrômica, os genes causadores mais frequentes são: GJB2, MARVELD2, MYO3A,
MYO6, MYO7A, POU3F4, SIX1, SLC26A4, TRIOBP, MT-CYB, MT-ND3 e MT-RNR1
(RUDMAN et al., 2017).
Os genes MYO7A, POU3F4, SIX1, SLC26A4 e WFS1 estão associados tanto na

deficiência auditiva sindrômica quanto na não sindrômica. O gene CDH23 está
associado, unicamente, a deficiência auditiva sindrômica. Os genes COCH, GJB2,
MARVELD2, MYO3A, MYO6, OTOF, TMC1, TRIOBP, MT-CYB, MT-ND3 e MT-RNR1
estão associados a deficiência auditiva não sindrômica.
25
Os genes aqui descritos foram selecionados por serem causai tanto para a
deficiência auditiva sindrômica quanto para a não sindrômica.
1.2.3.1 SLC26A4
Também conhecido como gene PDS, está localizado na região cromossômica
7q22.3. Variantes no gene SLC26A4 são conhecidamente causativos da Síndrome de
Pendred (OMIM 274600) e da deficiência auditiva autossômica recessiva 4, com
aqueduto vestibular alargado (EVA) (OMIM 600791). Esse gene codifica um
transportador de ânions conhecido como pendrina. Essa proteína é expressa nas células
epiteliais cocleares da proeminência espiral, células da raiz, nas células fusiformes da
estria vascular, na membrana apical das células epiteliais do saco endolinfático e nas
células epiteliais que circundam as células ciliadas do sáculo, utrículo e ampola. A
maioria das variantes missense associadas à deficiência auditiva leva à perda de função
de pendrina com retenção intracelular (ALPER; SHARMA, 2013).
1.2.3.2 MYO7A
Esse gene está localizado na região cromossômica 11q13.5. Variantes no gene

MYO7A são conhecidamente a causa da Síndrome de Usher tipo IB (OMIM 276900),
deficiência auditiva não sindrômica autossômica recessiva (OMIM 600060) e
deficiência auditiva não sindrômica autossômica dominante (OMIM 601317) (TOMS;
PAGARKAR; MOOSAJEE, 2020). Esse gene codifica uma miosina não convencional,
que é constituída por 55 exons (MEENA; AYUB, 2017). Miosinas não convencionais
são moléculas motoras com cabeças estruturalmente conservadas que se movem ao
longo dos filamentos de actina (WEIL et al., 1995). A miosina VIIA é geralmente
expressa em tecidos epiteliais da retina e do ouvido interno. As células ciliadas e os
estereocílios do ouvido interno contém principalmente a proteína miosina VIIA (Meena
R, 2017).
1.2.3.3 SIX1
Esse gene está localizado na região cromossômica 14q23.1 e codifica um fator

de transcrição. Variantes no gene SIX1 foram descritos como a etiologia de
determinados tipos de deficiência auditiva autossômica dominante (OMIM 605192) e
de BOR (KOCHHAR et al., 2008; LINDAU et al., 2014). Durante a organogênese de
26
mamíferos, um complexo SIX1-DACH regula a proliferação celular e a apoptose. SIX1
tem dois domínios evolutivamente conservados: o domínio SIX (SD) é responsável
pelas interações proteína-proteína, e o homeodomínio (HD) é essencial para a ligação
proteína-DNA (KOCHHAR et al., 2008).
1.3 Sequenciamento de Nova Geração (NGS)

O sequenciamento de Sanger é considerado como da primeira geração de
sequenciamento de nucleotídeos. Por essa técnica, um pequeno fragmento do DNA é
sequenciado por vez. Com o advento de novas tecnologias, o sequenciamento em larga
escala, intitulado sequenciamento de nova geração (NGS) ou sequenciamento massivo
em paralelo (MPS), se tornou possível. Devido à redução de custo e de tempo
empregado para a análise de NGS, testes genéticos (abrangendo genotipagem, análise
de genes únicos, painéis de genes, exomas, genomas, transcriptoma, epigenoma e
metagenoma) se tornaram cada vez mais utilizados, tanto na medicina diagnóstica,
quanto na pesquisa (RICHARDS et al., 2015).
O sequenciamento de nova geração vem sendo também utilizado na busca da

etiologia genética da deficiência auditiva, sendo que já foi aplicado em pesquisas do
grupo de pesquisa ao qual a presente dissertação está vinculada. Em Sakata (2016) foi
realizada a técnica de análise cromossômica por microarray (CMA), utilizando chips
CytoScan 750k Array (Affymetrix) para identificar alterações submicroscópicas, com o
intuito de explicar o quadro clínico de pacientes com deficiência auditiva sindrômica;
em Lima (2018) foi desenvolvido um painel de exoma direcionado para diagnóstico de
deficiência auditiva sindrômica; em Campos (2021) foi realizado sequenciamento de
exoma direcionado, utilizando o painel SeqCap EZ Inherited Disease Panel e exoma
completo para buscar a etiologia genética do deficiência auditiva em pacientes de Boca
da Mata (Alagoas).
O sequenciamento do genoma completo (GWS) pode cobrir até 98% de todo o

genoma humano, enquanto o exoma (WES) cobre apenas 1-2% do genoma, mas quase
95% das regiões de codificação (ALFARES et al., 2018). Estima-se que 85% das
variantes causais estejam no exoma (MAJEWSKI, et al., 2011; PEERSEN et al., 2017).
Além disso, as variantes exônicas são causais para a maioria das doenças monogênicas
(KUHLENBAÜMER, et al., 2010; PEERSEN et al., 2017).
27
1.3.1 Achados Incidentais
À medida que o sequenciamento passou a ser realizado em larga escala,
surgiram questionamentos, dentre eles o grande desafio da definição dos limites de
análise de dados. Quando a amostra de um paciente é analisada utilizando NGS,
principalmente em análise de exoma e genoma, um grande número de variantes, além
das de interesse para a resolução do caso em questão, pode ser detectado. Embora
muitas dessas variantes não sejam clinicamente relevantes ou não sejam interpretáveis,
uma minoria pode ter implicações médicas importantes para o indivíduo sequenciado,
bem como para outros membros a amília. Essas variantes são intitula as “acha os
incidentais" (WATSON, 2015).
Em março de 2013, o Colégio Americano de Genética Médica e Genômica

(ACMG) destacou 57 genes para os quais variantes patogênicas estão associadas a
predisposição de uma doença. Os genes foram escolhidos com base na possibilidade da
realização de tratamentos precoces para doenças que ainda não se manifestaram e que
representam grande risco futuro, tendo como consequência direta reduzir morbidade e
mortalidade de pacientes diagnosticados (GREEN et al., 2013). A última versão da lista
foi publicada em 2021 e conta com 73 genes (MILLER et al., 2021).
O lançamento deste conjunto de recomendações não esclareceu, em um

primeiro momento, se a análise desses 57 genes era obrigatória ou não. Em março de
2014, a ACMG atualizou suas recomendações: os pacientes podem recusar a análise de
genes não relacionados à indicação do teste; a decisão deve ser tomada durante o
processo de consentimento informado antes do teste (WATSON, 2015).
28
1.3.2 Achados Secundários
A análise de NGS pode, ainda, identificar variantes causais que não respondam a
pergunta inicial do teste ou não se enquadrem como achados incidentais. Nesses casos,
optou-se por usar o termo “acha os secun rios” ao se re erir a essas variantes.
Os achados secundários podem, portanto, ajudar a elucidar todo o quadro clínico

dos pacientes, ou seja, caso o paciente tenha outras doenças/síndromes genéticas, as
variantes causais serão consideradas achados secundários.
29
2. JUSTIFICATIVA
A deficiência auditiva é considerada o distúrbio sensorial mais comum, afetando
aproximadamente um em cada mil indivíduos no nascimento ou durante a primeira
infância. Pode estar relacionada a causas genéticas, ambientais ou a uma combinação de
ambas. Com relação às causas genéticas, foco do presente trabalho, observa-se que o
melhor conhecimento associado a ampliação no repertório de novas tecnologias, vem
permitindo o encontro do diagnóstico molecular para um número muito maior de casos.
O diagnóstico molecular de deficiência auditiva no Distrito Federal, em particular na
rede pública de saúde, é ainda deficitário. Neste trabalho buscou-se contribuir na busca
da etiologia genética de casos de deficiência auditiva, visando não só possibilitar um
melhor aconselhamento genético das famílias envolvidas, como também expandir o
conhecimento a respeito.
30
3. OBJETIVOS
Objetivo geral
O objetivo principal deste trabalho é buscar a etiologia genética para casos de
deficiência auditiva sindrômica e não sindrômica em pacientes do Distrito Federal.
Objetivo específico
● Implantar e realizar triagem da variante c.35delG em pacientes dos ambulatórios
de genética e otorrinolaringologia do Hospital Universitário de Brasília.
● Buscar a etiologia genética de casos de deficiência auditiva utilizando a

metodologia de análise de exoma e, por consequência, contribuir para o
diagnóstico molecular dessa patologia.
● Avaliar o sucesso diagnóstico utilizando as metodologias eleitas.
31
4. MATERIAL E MÉTODOS
4.1 Aspectos éticos

Este trabalho integra o pro eto intitula o “Desenvolvimento e iagn stico
molecular e fluxograma laboratorial para deficiência auditiva não sindrômica de
etiologia genética”, aprova o pelo Comitê e Ética em Pes uisa a Facul a e e
Ciências da Saúde da Universidade de Brasília, número CAAE 58055816.3.0000.0030 e
parecer número 1.874.081 (ANEXO 1). Os pacientes recrutados e/ou seus responsáveis
foram informados a respeito dos objetivos e metodologias do projeto de pesquisa, assim
como sobre o sigilo a respeito de suas identidades. Aqueles que concordaram em
participar assinaram o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido – TCLE; no caso
de pacientes menores de idade, o TCLE foi assinado por seus responsáveis legais.
4.2 Seleção de Pacientes
Os pacientes foram recrutados no Hospital Universitário de Brasília (HUB) nos

ambulatórios de otorrinolaringologia e de genética. Foram recrutados 27 pacientes os
quais cumpriam os critérios de inclusão e não foram excluídos. Os seguintes critérios
foram utilizados para a inclusão dos pacientes:
● Ter diagnóstico clínico de deficiência auditiva sindrômica ou não sindrômica

com proposta de etiologia genética;
● Não ter diagnóstico molecular definido;
● Ser paciente dos ambulatórios de otorrinolaringologia ou de genética do Hospital
Universitário de Brasília (HUB).
Ao final, foram recrutados 27 pacientes oriundos dos ambulatórios de

Otorrinolaringologia (n=14) e de Genética (n=13) do Hospital Universitário de Brasília,
que consentiram com a sua participação ou a de seu dependente no projeto ao assinar o
Termo de Consentimento Livre e Esclarecido –TCLE (ANEXOS 2, 3 e 4). Desses
pacientes, 15/27 eram do sexo feminino, 16/27 tem diagnóstico clínico não sindrômico,
6/27 são filhos de pais consanguíneos e 12/27 alegam ter algum parente com perda
auditiva/deficiência auditiva precoce.
32
Para os pacientes oriundos do ambulatório de otorrinolaringologia, optou-se por
renomear as amostras dos pacientes seguindo o código DA_01, DA_02, DA_03 e assim
por diante. Para os pacientes oriundos do ambulatório de genética, optou-se por manter
a nomenclatura interna do ambulatório para cada paciente.
4.3 Coleta de material biológico

A coleta de material biológico foi feita no Laboratório de Emergência do
Hospital Universitário de Brasília. O sangue dos pacientes foi coletado em um tubo com
EDTA. Esse tubo, por sua vez, foi encaminhado ao Laboratório de Genética da
Faculdade de Medicina da UNB, no campus Darcy Ribeiro. O armazenamento das
amostras foi eleito de acordo com o tempo até a extração. Quando a extração de DNA
foi feita em até um dia após o recebimento da amostra, esta foi guardada em geladeira,
com resfriamento de 4-6ºC. Quando a extração de DNA foi feita depois de um dia após
o recebimento da amostra, esta foi guardada no freezer, com temperatura de -12ºC.
4.4 Extração e quantificação de DNA

A extração de DNA a partir de sangue total foi feita segundo protocolo adaptado
do kit comercial Gentra Purigene Blood kit (https://www.qiagen.com). O protocolo
(ANEXO 5) consiste na lise celular com detergente na presença de um estabilizador de
DNA, precipitação de proteínas e contaminantes, precipitação do DNA em isopropanol
100% e remoção de resíduos com etanol 70% e diluição do DNA em TE 1X (ou água
mili-Q). Após a extração de DNA a partir do sangue coletado, o material genético foi
avaliado qualitativamente e quantitativamente utilizando o sistema NanoDrop™ 2000
(Thermo Scientific) (ANEXO 6). Consecutivamente, foi feita a diluição de parte do
material genético para uma concentração de DNA de 20ng/µL.
4.5 Análise da presença da mutação c.35delG

Tendo em vista que mutações no gene GJB2 são a causa mais comum de perda
auditiva em pacientes não sindrômicos e que a mutação mais comum é a c.35delG
(observada em até 70% dos casos), optou-se por sequenciar a região contendo essa
mutação (fragmento de 1007 pb) como forma de triagem, utilizando os seguintes
primers:
33
Primer F: 5’ CCTGTTTTGGTG GGTTGTGT 3’
Primer R: 5’ GC TCTGG GTTTC CCTG G 3’
Foi realizada amplificação por PCR, utilizando os seguintes parâmetros: estágio

1) 1 ciclo de 95ºC por 1 minuto; estágio 2) 34 ciclos de 94ºC por 1 minuto, 60ºC por 1
minuto e 72ºC por 1 minuto e 30 segundos; estágio 3) 1 ciclo de 72ºC por 5 minutos e
4ºC ∞. s reagentes utili a os e suas respectivas concentrações encontram-se na tabela
1.
Tabela 1. Concentrações dos reagentes na solução de reação de PCR para amplificação da região
contendo a mutação c.35delG.
Reagente Concentração μl por amostra Final
(solução de trabalho)
H2O --- 28.3 ---
MgCl2 50 mM 1.5 1.5mM
Buffer 10X 5.0 1X
dNTPs 2 mM 6.0 0.24mM
Primer 1 F 15 pmoles/μl 2.0 0.6μM
Primer 2 R 15 pmoles/μl 2.0 0.6μM
Taq 5U/μl 0.2 1U
Amostra de DNA Variável até 5 100ng
Total --- 50.0
Após a PCR, foi realizado um checkpoint, por meio da técnica de eletroforese,

onde se averiguou se houve a amplificação do produto do PCR. Para tal, utilizou-se gel
de agarose 1% (1g de agarose em 100mL de TBE) com a adição de 5µL de brometo de
etídio. A eletroforese foi realizada com os seguintes parâmetros: 100 Volts e 120
34
Amperes por 60 minutos. A análise do gel foi feita com o uso de um transluminador
com luz UV.
Os fragmentos de DNA obtidos na PCR foram purificados com a enzima

ExoSAP - T™ E press a pplie Biosystems®, utili an o o protocolo oferecido pelo
fabricante. Em um microtubo de 0,2mL, o produto de PCR (5 μl) foi tratado com o
reagente ExoSAP-IT Express (2 μl). O tratamento foi realizado a 37 ° C por 4 minutos,
seguido por um período de incubação a 80 ° C por 1 minuto para inativar
irreversivelmente ambas as enzimas.
Depois de purificados, os produtos de PCR foram preparados para as reações de

sequenciamento em ambas as direções utilizando ABI BigDye Terminator v3.1 Cycle
Sequencing Kit, polímero POP-7 para ABI 3130 e 3130xL e o aparelho ABI 3730
(Applied Biosystems). Foram preparados dois microtubos para cada amostra, um tubo
com a reação do primer F e outro com a reação do primer R (Tabela 2). Após, os
microtubos contendo a solução de reação foram colocados no termociclador para a
realização da reação de sequenciamento (Tabela 3).
Tabela 2. Solução de reação para sequenciamento da região contendo a mutação c.35delG.

Reagente μl por amostra
BigDye® Terminator v3.1 2.0
5x Sequencing Buffer 1.0
Primer F ou R (10 pmoles/ μl) 1.0
H2O 4.0
Produto de PCR purificado 2.0
Total 10.0
Tabela 3. Informações dos ciclos no termociclador para o sequenciamento.

Etapa Temperatura (°C) Tempo
1. desnaturação 95 20 seg
2. hibridação ** 15 seg
3. extensão 72 1 min
35
4. repetir 30X --- ---
a partir da 1º etapa
5. Frio 10 ∞
6. Fim
Para a purificação do produto da reação de sequenciamento, preencheu-se a

placa MultiScreen® - HV (MILLIPORE) com SephadexTM G-50 em Fine, utilizando a
Multiscreen Column Loader 45UL, hidratando cada coluna com 300 μL de água estéril.
Em seguida a placa foi acoplada em uma placa coletora e centrifugada a 2100 rpm por 5
minutos. Após a centrifugação, o sobrenadante foi descartado e 150μL de água estéril
foi adicionado em cada coluna, seguida de centrifugação a 2100 rpm por 8 minutos.
Descartou-se o sobrenadante e a placa com Sephadex foi acoplada a uma nova placa.
Acrescentou-se 5μL de água milli-Q em cada amostra, assim como 15μL do produto da
reação de sequenciamento sobre o Sephadex. Em seguida houve nova centrifugação de
2100 rpm por 5 minutos; após, desprezou-se a placa de Sephadex. A placa com as
amostras eluídas foi vedada com selo e identificada. As sequências geradas foram
comparadas com a sequência referência do gene GJB2 (sequence ID: NG_008358.1)
para averiguação da mutação c.35delG, utilizando o software Chromas LITE versão
2.1.1 da Technelysium Pty Ltd com sede na Austrália.
4.6 Exoma
As amostras de DNA selecionadas para o sequenciamento de exoma completo
(WES) foram enviadas para a empresa Macrogen® com sede em Seul, Coréia do Sul.
Antes do processamento das amostras, elas passaram por um teste de qualidade interno
da Macrogen® e as amostras qualificadas seguiram para a etapa seguinte do processo: a
construção da biblioteca. A metodologia solicitada para o sequenciamento foi a Illumina
NGS.
De acordo com o relatório enviado pela Macrogen®, a construção da biblioteca

de sequenciamento consistiu na preparação por fragmentação aleatória da amostra de
DNA, seguida por ligação de adaptador 5' e 3'. Alternativamente, a marcação combinou
36
as reações de fragmentação e ligação em uma única etapa. Os fragmentos ligados ao
adaptador foram amplificados por PCR e purificados em gel.
Para geração de cluster, a biblioteca foi carregada em uma célula de fluxo onde
os fragmentos foram capturados pelos oligos ligados à superfície complementar aos
adaptadores da biblioteca. Cada fragmento foi amplificado em clusters clonais distintos
pela amplificação em ponte. Quando a geração do cluster foi concluída, os modelos
ficaram prontos para o sequenciamento. A tecnologia Illumina SBS utiliza um método
patentea o “basea o em termina or reversível” reversible terminator-based) que
detecta bases únicas à medida que foram incorporadas às fitas do molde de DNA. Ao
final do sequenciamento, o sequenciador Illumina gera imagens brutas utilizando
software de controle de sequenciamento para controle do sistema e base calling
(chamada de base), por meio de um software de análise primária integrado, chamado
RTA (Real Time Analysis). O BCL (base call) binário é convertido em FASTQ
utilizando o pacote Illumina bcl2fastq. Os adaptadores não são retirados das leituras. Os
dados assim obtidos nos foram enviados pela Macrogen®.
4.7 Plataforma Franklin

A plataforma utilizada para a análise dos exomas foi a plataforma de software
online Franklin, da Genoox (https://franklin.genoox.com - Franklin by Genoox); essa
plataforma vem sendo utilizada em diversos estudos (BENITO et al, 2022;
UZUNHAM; AYAZ, 2022), incluindo estudos relacionados à deficiência auditiva
(ALMAGOR et al, 2020) Essa plataforma possui um mecanismo de priorização e
interpretação de variantes, baseado em inteligência artificial (IA), que coleta evidências
de uma variedade de fontes, como de bancos de dados públicos e da literatura. Após
analisar fatores como classificação da variante, associação do genótipo com o histórico
clínico/fenótipo, segregação familiar e modelo de herança conhecido para o
gene/doença, a plataforma evidencia variantes consideradas causais.
A plataforma possui um sistema de filtragem de variantes de fácil utilização e
permite o upload de painel de genes personalizado. A configuração usada para filtrar as
variantes pode ser salva e utilizada em todas as amostras.
Há, para cada variante encontrada no paciente, a possibilidade de acessar artigos
publicados sobre a mesma variante e/ou o mesmo gene através da própria plataforma
(Figura 3). Isso se dá devido a um banco de dados de literatura avançada e atualizada.
37
Figura 3. Banco de dados de literatura da Plataforma Franklin. Em destaque, no retângulo vermelho, é
possível observar a opção “publicações”.
4.8 Análise dos Exomas

Os dados de cada amostra foram inseridos na plataforma Franklin. Para uma
análise mais direcionada, foram selecionados genes associados à deficiência auditiva,
que eram os descritos na literatura até o momento da análise (ANEXO 7). Esse painel
foi intitulado “Genes D. .” e oi utili a o como um painel virtual.
A análise das amostras foi realizada em três passos:
I. analisar as variantes sugeridas automaticamente pela plataforma;
II. a icionar o painel “Genes D ” e utilizar os filtros disponíveis pela

plataforma, para restringir ao máximo os parâmetros de pesquisa de variantes;
III. usar parâmetros menos restritos, visando aumentar o número de variantes

potencialmente causais (Tabela 4), mantendo o painel “Genes D ”.
Tabela 4. Filtros e parâmetros utilizados para análise de exoma.

Filtros 2º Passo 3º Passo
Parâmetros Parâmetros
Fenótipos deficiência auditiva, perda auditiva deficiência auditiva
Classificação Patogênica, Provavelmente Patogênica, Provavelmente

/Predição Patogênica, Possivelmente Patogênica, Possivelmente
Patogênica, VUS (variante de Patogênica, VUS (variante de
significado incerto significado incerto
38
Painel Genes D.A. Genes D.A.
Região Exônica, doador de splicing(+2), Exônica, doador de splicing(+2),

receptor de splicing (-2), região de receptor de splicing (-2), região de
splicing (+-3>10)) splicing (+-3>10)
Efeito De sentido contrário, Stop Gain, Stop De sentido contrário, Stop Gain, Stop
Loss, Start Loss, Start Gain, Loss, Start Loss, Start Gain,
mudança de quadro de leitura, mudança de quadro de leitura, sem
sem mudança de quadro de leitura, mudança de quadro de leitura,
Outro Outro
Frequência Frequência agregada: N / A, Muito Frequência agregada: N / A, Muito
Raro, ExAC (Todos): N / A, Muito Raro, ExAC (Todos): N / A, Muito
Raro Raro
Frequência Interna: N / A, Muito
Raro, Raro
Confiança Baixa, média, alta Baixa, média, alta
Zigose - Homozigoto, heterozigoto
39
5. RESULTADOS E DISCUSSÃO
5.1 Triagem 35delG

A triagem por sequenciamento da deleção c.35delG (rs80338939) foi realizada
para 26/27 pacientes, onde a variante c.35delG foi detectada em homozigose em um
paciente (DA_06) e em heterozigose em dois pacientes (DA_15 e 11284) (Tabela 5).
A variante c.35delG ocasiona deficiência auditiva não sindrômica autossômica
recessiva. Para que ela seja causal para a deficiência auditiva, precisa estar em
homozigose ou heterozigose composta no paciente. Dessa maneira, a homozigose da
variante c.35delG explica molecularmente o fenótipo do paciente DA_06 (Figura 4). Por
outro lado, a observação da heterozigose no paciente DA_15 (Figura 5) não explica,
molecularmente, o seu fenótipo. Para que a variante c.35delG seja causal, ela deve estar
associada a outra variante relacionada a deficiência auditiva. Tendo uma análise
molecular inconclusiva, devido ao fato desse paciente ter somente a triagem para a
variante c.35delG, se faz necessário salientar que novas análises moleculares devem ser
realizadas.
Figura 4. Eletroferograma do paciente DA_06. Em destaque, no retângulo vermelho, é possível observar a

presença de cinco guaninas ao invés de seis, evidenciando a variante 35delG em homozigose.
40
Figura 5. Eletroferograma do paciente DA_15. Em destaque, no retângulo vermelho, é possível identificar
a variante 35delG em heterozigose. Variante de mudança de quadro de leitura.
Caso similar se aplica ao paciente 11284 (Figura 6), que é heterozigoto para a
variante c.35delG, ou seja, essa variante sozinha não explica, molecularmente, o seu
fenótipo. Porém, foi possível a realização da técnica de exoma como análise posterior e,
com isso, observar a presença da variante c.550C>T em heterozigose no gene GJB2.
Para que essas duas variantes expliquem molecularmente o quadro de deficiência
auditiva do paciente, elas precisam estar em alelos diferentes, ou seja, o paciente precisa
ter heterozigose composta. Uma forma de verificar se o paciente tem heterozigose
composta é verificando se há a presença das variantes c.550C>T e 35delG nos pais.
Caso as duas variantes sejam verificadas só no pai ou só na mãe, não há heterozigose
composta, pois se encontram no mesmo alelo; caso um dos pais tenha a variante
c.550C>T e o outro a variante 35delG, então se confirma a heterozigose composta.
Figura 6. Eletroferograma do paciente 11284. Em destaque, no retângulo vermelho, é possível identificar

a variante 35delG em heterozigose. Variante de mudança de quadro de leitura.
Sobre os 2/27 pacientes sem resultado da triagem: o paciente DA_16 teve um

resultado inconclusivo na triagem da variante c.35delG e outro sequenciamento será
realizado. O paciente 10765 teve seu DNA enviado para a realização do exoma
41
juntamente com o DNA dos outros pacientes oriundos do Ambulatório de Genética;
tendo isso em vista, optou-se por não realizar a triagem da variante c.35delG.
5.2 Exomas
O exoma foi utilizado somente para os pacientes oriundos do Ambulatório de
Genética. Destes pacientes, a amostra do 10598 não passou no controle de qualidade
interno do protocolo do exoma utilizado pela Macrogen. Portanto, o exoma foi realizado
em 12 pacientes.
Dos 12 pacientes, o exoma auxiliou no diagnóstico molecular da deficiência
auditiva em sete pacientes sindrômicos (10727, 10765, 10970, 11089, 11178, 11284 e
11294) e em dois pacientes não sindrômicos (10941 e 11289); três pacientes
sindrômicos (10581, 10921 e 11024) não tiveram diagnóstico molecular da deficiência
auditiva (Tabela 5). Abaixo estão apresentados os quadros clínicos dos pacientes para os
quais realizou-se a análise de exoma.
Tabela 5. Diagnóstico genético molecular obtido para os pacientes com deficiência auditiva incluídos na
pesquisa.
Análise da deleção
Amostra Fenótipo Análise do exoma
35delG no gene GJB2
DA_01 NS ausente -
DA_03 NS ausente -
DA_04 NS ausente -
DA_05 NS ausente -
DA_06 NS Homozigose -
DA_07 NS ausente -
DA_08 NS ausente -
DA_09 NS ausente -
DA_10 NS ausente -
DA_11 NS ausente -
DA_12 NS ausente -
DA_13 NS ausente -
DA_15 NS Heterozigose com -

alelo normal
DA_16 NS - -
42
10581 S ausente CPT2 (c.338C>T) em heterozigose; SERPINA1
(c.863A>T) em homozigose
10598 S ausente Não passou no controle de qualidade
10727 S ausente ACTB (c.127G>T) em heterozigose
10765 S - GSDME (c.145C>T) em heterozigose; GSDME

(c.146C>T) em heterozigose
10921 S ausente Nenhuma variante associada
10941 NS ausente MCM2 ( n.523-1G>A) em heterozigose CDH23

(c.3579+2T>C) em heterozigose; CDH23
(c.1143_1176delCCTGAACAGCATGTTTGAGGTGT
ACTTGGTGGGG) em heterozigose;
10970 S ausente Del: STRC, STRC, CKMT1B, SNOU13, RNU6-554P em

heterozigose de 4.7kb; Del: STRC, CKMT1B, RNU6-
554P em heterozigose de 1.1kb; TNNT2 (c.692T>C)
em heterozigose
11024 S ausente Nenhuma variante associada
11089 S ausente EYA1 (c.1523C>T) em heterozigose; PTEN (c.737C>T)

em heterozigose
11178 S ausente MITF (c.1230G>A) em heterozigose
11284 S Heterozigose com GJB2 (c.550C>T) em heterozigose; GJB2 (c.35delG)

alelo normal em heterozigose; KMT2D (c.15142C>T) em
heterozigose; F8 (c.396A>C) em hemizigose
11289 NS ausente Del: STRC, CKMT1B, SNOU13, RNU6-554P em

homozigose de 9.4kb
11294 S ausente EYA1 (1081C>T) em heterozigose; KCNQ1

(c.1040T>C) em heterozigose
S: sindrômico; NS: não sindrômico; em negrito: achado incidental; sublinhadas: variantes não associadas
a deficiência auditiva
Paciente 10581
Refere-se a paciente do sexo masculino, nascido em 23 de setembro de 1999,
filho de pais não consanguíneos e sem relatos de perda auditiva na família. Histórico
familiar relata parentes do lado materno com síncope vaso-vagal e glaucoma congênito
(Figura 7).
43
Figura 7. Heredograma da família do paciente 10581.
O paciente foi encaminhado pelo endocrinologista (também é acompanhado por

neurologista) para o ambulatório de genética médica do HUB. Avaliação clínica revelou
que é um paciente sindrômico, que apresenta fenótipo de deficiência auditiva associado
a encefalopatia espástica bilateral, microcefalia, baixa estatura. Ainda, apresenta atraso
no desenvolvimento neuropsicomotor, mostrando dificuldade de aprendizado, e com
diagnóstico de transtorno de déficit de atenção (TDAH). Já teve varicela, tem asma e fez
cirurgia de alongamento de tendões aos 7 anos de idade.
De acordo com o histórico do paciente, na 33ª semana de gestação foi realizada
uma ecografia que detectou oligoidrâmnio e após 2 dias a mãe sentiu que o feto parou
de mexer; após 4 dias, foi realizado o parto por cesariana. Paciente nasceu com 33
semanas de gestação, com 1785g e Apgar 8-9 (líquido aminiótico escasso). O paciente
passou um mês internado devido a pneumonia intra-uterina, pneumotórax, meningite
neonatal, hemorragia intracraniana e crise convulsiva.
O exame de potencial evocado auditivo realizado no ano de 2000 indicou sinais
de comprometimento bilateral das vias auditivas, na porção intracraniana do nervo
auditivo. As primeiras palavras foram aos 2 anos de idade e a deficiência auditiva
bilateral foi descoberta aos 6 anos de idade quando o exame de audiometria (realizado
em 2006) indicou deficiência auditiva neurossensorial severa bilateral. Faz uso de
aparelho auditivo.
Análise genética:
44
A análise do exoma revelou a presença de duas variantes, não relacionadas ao
fenótipo de deficiência auditiva do paciente. A primeira foi uma variante deletéria
localizada no gene CPT2, a c.338C>T (rs74315294), já descrita em indivíduos com
Deficiência de carnitina palmitoil transferase II, forma miopática (CPT II) (OMIM
255110). Essa variante foi observada em heterozigose com o alelo referência e leva a
mudança de uma serina para uma leucina na posição 113 da proteína (Figura 8). A
deficiência de CPT II já foi descrita como tendo padrão de herança tanto autossômico
recessivo como dominante (ANICHINI et al., 2011). É um distúrbio metabólico
hereditário que afeta a oxidação de ácidos graxos de cadeia longa mitocondrial
(BONNEFONT et al., 1999). A forma miopática se apresenta mais frequentemente em
crianças ou adultos jovens (BONNEFONT et al., 1999; MARTÍN et al, 1999). As
manifestações clínicas são caracterizadas por: ataques de rabdomiólise, mialgia,
concentração elevada de ácido graxo de cadeia longa em circulação, aumento da
concentração de creatina quinase sérica, entre outros. Os sintomas podem ser
desencadeados ou exacerbados devido a exercícios físicos prolongados, jejum
prolongado e extremos de temperatura (BONNEFONT et al., 1999; MARTÍN et al,
1999). Até o presente momento, o único gene associado a Deficiência de CPT II é o
CPT2 e a variante mais comum é a p.Ser113Leu c.338C>T (BONNEFONT et al.,
1999; JOSHI et al, 2012; MARTÍN et al, 1999).
Figura 8. Variante c.338C>T identificada em heterozigose com alelo de referência no gene CPT2 do
paciente 10581. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
A outra variante encontrada foi a c.863A>T (rs17580) em homozigose no gene

SERPINA1, que leva a mudança de um ácido glutâmico para uma valina na posição 288
da proteína (Figura 9). Essa variante tem padrão de herança autossômico recessivo, é
classificada como VUS e já foi descrita em indivíduos com deficiência de alfa-1
45
antitripsina (AATD) (OMIM 613490). A AATD é um distúrbio autossômico recessivo,
cujas manifestações clínicas são caracterizadas por: enfisema pulmonar, doença hepática
e baixos níveis séricos de alfa-1 antitripsina. Até o presente momento, o único gene
associado a AATD é o SERPINA1 (BRANTLY, 2020).
Figura 9. Variante c.863 A>T identificada em homozigose com alelo de referência no gene SERPINA1
do paciente 10581. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
Sabendo-se que a deficiência de CPT II de forma miopática pode ser

classificada como uma doença autossômica dominante, a variante c.338C>T em
heterozigose pode ser causal para a doença. Para a confirmação ou exclusão do
diagnóstico molecular de Deficiência de CPT II, é necessário que haja o diagnóstico
clínico e laboratorial. Esse diagnóstico é feito com a detecção da redução da atividade
enzimática da carnitina-palmitoil transferase 2. Caso o diagnóstico molecular seja
confirmado, o paciente deverá ser encaminhado a nutricionista; o tratamento se dá
através de uma dieta rica em carboidrato e pobre em gordura. O paciente também deverá
evitar jejum prolongado e exercícios físicos intensos.
A variante c.863A>T em homozigose leva ao diagnóstico molecular de
deficiência de alfa-1 antitripsina, mesmo o paciente não apresentando um quadro clínico
correspondente a AATD. É importante que este paciente faça o exame que detecte o
nível sérico de alfa-1 antitripsina e que, caso este esteja baixo, que faça reposição de
alfa-1 antitripsina. É importante que o paciente seja acompanhado por uma equipe
multidisciplinar, composta por geneticista, pneumologista, hepatologista e nutricionista.
46
As variantes causais identificadas no paciente estão associadas a duas doenças
genéticas classificadas como Erros Inatos do Metabolismo (EIM). Nenhuma variante
que explicasse o quadro de deficiência auditiva, encefalopatia espástica bilateral,
microcefalia e baixa estatura. A não identificação de variantes causais não exclui a
existência delas. Em casos como esse, é imprescindível que o exoma seja reanalisado no
futuro, à medida que ocorra avanço no conhecimento.
Paciente 10727
Refere-se ao paciente do sexo masculino, nascido em 26 de fevereiro de 2006.
Paciente sindrômico, cujo fenótipo de deficiência auditiva está associado a deficiência
intelectual, dismorfias faciais e polidactilia pós-axial nos pés (removidos
cirurgicamente). Filho de pais não consanguíneos, sendo que mãe apresenta alcoolismo .
Não há relato de familiares com deficiência auditiva, mas a mãe tem deficiência
intelectual e dismorfias faciais, sendo que o paciente apresenta fenótipo similar a mãe
(Figura 10). O paciente teve atraso motor importante, sendo que sentou aos 10 meses e
andou aos 3 anos. A deficiência auditiva foi diagnosticada aos 10 meses. Além disso, o
paciente tem transtorno comportamental.

Ao exame físico apresenta braquicefalia, sobrancelhas grossas levemente
arqueadas, fenda palpebral oblíqua para baixo, leve ptose palpebral bilateral, raiz nasal
baixa, epicanto bilateral, filtro naso-labial longo, comissuras orais desviadas para baixo,
lábio inferior grosso e vertido, dentição anômala. As mãos e pés do paciente
47
apresentam dedos alongados. Nas mãos observou-se também coxins fetais e
aproximação das pregas palmares transversais à direita. Nos pés foi observado que 5º
dedo apresenta implantação proximal e que há cicatrizes de excisão de dedos
supranumerários. Apresenta abdome plano, depressível, sem visceromegalias. O palato
do paciente é ogival e a úvula mostrou-se íntegra. Após a identificação de variante
c.127G>T no gene ACTB, relatada abaixo, o paciente fez uma ressonância magnética de
crânio, que não apresentou anomalias.
Em 2016 foi realizado exame de cariótipo onde foram analisadas 25 metáfases
(coradas para bandamento G), obtidas da cultura temporária de linfócitos do sangue
periférico. Todas apresentaram cromossomos normais, em número e em estrutura. O
cariótipo determinado foi 46,XY, característico de pessoa do sexo masculino. Em 2017
foi realizada investigação de perdas e ganhos cromossômicos submicroscópicos pela
análise cromossômica por microarray e não foram detectadas alterações
cromossômicas.
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença da variante c.127G>T em
heterozigose com o alelo referência no gene ACTB, que leva a mudança de uma valina
para uma leucina na posição 43 da proteína (Figura 11). Essa variante é classificada
como possivelmente patogênica e variantes nesse gene já foram descritas em pacientes
com Síndrome de Baraitser-Winter 1 (OMIM 243310). A Síndrome de Baraitser-Winter
1 é um distúrbio de desenvolvimento raro de herança autossômica dominante. É
caracterizada por: deficiência auditiva neurossensorial, deficiência intelectual (leve a
grave), dismorfias faciais (trigonocefalia, fissuras palpebrais longas e largas inclinadas
para baixo, ptose bilateral, sobrancelhas arqueadas, nariz largo com uma ponta grande
bulbosa ou plana, raiz do nariz proeminente, filtro longo e leve micrognatia), coloboma
ocular (íris ou retina); também podem apresentar lábio leporino e palato ogival,
lisencefalia, baixa estatura, doença cardíaca congênita, malformações geniturinárias e
microcefalia (pode se desenvolver com o tempo) (YATES, 2017).
48
Figura 11. Variante c.127G>T em heterozigose com o alelo referência identificada no gene ACTB do
Visto que alguns pacientes podem apresentar uma ressonância magnética

normal, considerou-se quadro clínico compatível com o diagnóstico molecular de
Síndrome de Baraitser-Winter 1.
Devido a um quadro clínico semelhante entre mãe e filho, e sabendo que a
Síndrome de Baraitser-Winter 1 tem padrão de herança autossômico dominante, sugere-
se que o paciente tenha herdado a variante c.127G>T da mãe. Não foi possível a
confirmação da presença da mutação na mãe do paciente, porque não foi possível
contactá-la.
Paciente 10765
Refere-se a paciente do sexo feminino, nascida em 17 de julho de 2015, com
1545g e prematura de 33 semanas, tendo passado 32 dias internada. A paciente
apresenta deficiência auditiva sindrômica é filha de pais não consanguíneos e tem um
sobrinho com deficiência auditiva (Figura 12).
49
Figura 12.Heredograma da família do paciente 10765.
Ao exame físico apresentou: aparente microcefalia com microbraquicefalia,

sinofre, aparente telecanto, epicanto inverso bilateral, raiz nasal baixa, ponta globosa,
narinas antevertidas, filtro médio, lábios finos, mordida cruzada, tórax em barril,
presença de fosseta sacral, mãos e pés pequenos, pregas palmares normais, clinodactilia
do 5º dedo bilateralmente, sindactilia parcial entre o 2º e 3º dedos bilateralmente e
cabelos secos.
A paciente falhou três vezes no teste da orelhinha. O exame BERA (potencial
evocado auditivo do tronco encefálico) mostrou perda de 70% da audição na orelha
esquerda e 50% na orelha direita. Na análise cromossômica por microarray foi
identificado um segmento de perda de heterozigose no cromossomo 22: arr[hg19]
22q11. 22q13.32 (22,579,821-49,380,710) hmz.
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença de duas variantes no mesmo gene
que podem estar associadas ao quadro de deficiência auditiva da paciente. A primeira
variante é a c.145C>T, observada em heterozigose com o alelo referência no gene
GSDME, onde ocorre a mudança de uma prolina para uma serina na posição 49. A
segunda variante observada foi a c.146C>T em heterozigose com o alelo referência no
gene GSDME , onde ocorre a mudança de uma prolina para uma leucina na posição 49
(Figura 13).
50
Figura 13. Variantes c.145C>T e c.146C>T identificadas no gene GSDME do paciente 10765. Imagem
gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
A paciente já possuía análise de exame molecular prévio (microarray) onde foi

identificada alteração no cromossomo 22. Essa alteração sugere a presença de mutação
patogênica nesse segmento cromossômico, no entanto, não foi possível estabelecer uma
relação direta entre o quadro clínico e essa alteração.
Na análise do exoma, foram identificadas duas variantes autossômicas
dominantes no gene GSDME; variantes nesse gene estão associadas a deficiência
auditiva neurossensorial progressiva. Essas variantes, portanto, podem explicar o quadro
de deficiência auditiva da paciente. Por se tratar de uma doença progressiva, a paciente
pode vir a perder completamente a audição em ambas as orelhas.
Paciente 10941
Refere-se a paciente do sexo feminino, nascida em 17 de outubro de 2015 com
deficiência auditiva não sindrômica e filha de pais não consanguíneos. Em relação ao
histórico familiar, é relatado que irmão e tio paterno têm deficiência auditiva (Figura
14).
51
Figura 14. Heredograma da família da paciente 10941.
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença da variante n.523-1G>A
(rs114616241), em heterozigose com o alelo referência, no gene MCM2 (Figura 15). É
uma variante em uma região de receptor de splicing. Essa variante é classificada como
variante de significado incerto e já foi descrita em outros indivíduos com deficiência
auditiva não sindrômica autossômica dominante 70 (OMIM 616968).
Figura 15. Variante n.523-1G>A identificada em heterozigose com alelo de referência no gene MCM2 do
Essa variante explicaria, molecularmente, o fenótipo não sindrômico da paciente.

No entanto, a análise do exoma também mostrou a presença de outras duas variantes: a
c.1143_1176delCCTGAACAGCATGTTTGAGGTGTACTTGGTGGGG
(rs764949139) em heterozigose (Figura 16) e a c.3579+2T>C (rs1385831846) em
heterozigose (Figura 17), ambas no gene CDH23. Variantes nesse gene estão associadas
52
à Síndrome de Usher tipo I (vide 1.2.1.4). Como as variantes no gene CDH23 estão
associadas a um quadro de deficiência auditiva sindrômica, as variantes observadas
nesse gene são consideradas achados secundários, visto que não estão contribuindo para
o fenótipo da paciente (que tem deficiência auditiva não sindrômica).
Figura 16. Variante c.1143_1176delCCTGAACAGCATGTTTGAGGTGTACTTGGTGGGG

identificada em heterozigose com alelo de referência no gene CDH23 do paciente 10941. Imagem gerada
pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
Figura 17. Variante c.3579+2T>C identificada em heterozigose com alelo de referência no gene CDH23
Paciente 10970
Refere-se a paciente do sexo feminino, nascida em 30 de dezembro de 2003.
Filha de pais consanguíneos, primos de primeiro grau, a paciente é sindrômica, cujo
fenótipo de deficiência auditiva está associado a microcefalia, dismorfias, malformações
no olho e deficiência intelectual. Em relação ao histórico familiar, é relatado que a irmã
tem um quadro similar e que o pai e quatro tios paternos têm deficiência auditiva
(Figura 18).
53
Em 2017 foi realizado exame de cariótipo onde foram analisadas 25 metáfases
periférico. Todas as metáfases apresentaram cromossomos normais, em número e em
estrutura. O cariótipo determinado foi 46,XX, característico de pessoa do sexo feminino.
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença de duas deleções associadas a
deficiência auditiva: uma deleção de 4.7kb em heterozigose (Figura 19) e uma deleção
de 1.1k em heterozigose (Figura 20).
Figura 19. Deleção de 4.7kb dos genes STRC, CKMT1B, SNOU13, RNU6-554P do paciente 10970.
Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
54
Figura 20. Deleção de 1.1kb dos genes STRC, CKMT1B e RNU6-554P do paciente 10970. Imagem gerada
Também se observou a presença de um achado incidental, a variante c.692T>C,

em heterozigose com o alelo referência no gene TNNT2, responsável pela mudança de
uma isoleucina para uma treonina na posição 231 da proteína (Figura 21).
Figura 21. Variante c.692T>C identificada em heterozigose com alelo de referência no gene TNNT2 do
Foi encontrada uma deleção de 4.7kb que foi descrita na literatura como causal
para deficiência auditiva autossômica recessiva não sindrômica 16 (OMIM 603720). No
entanto, a deleção foi encontrada em heterozigose e, por se tratar de uma doença
descrita como autossômica recessiva, essa deleção sozinha não explica o quadro de
deficiência auditiva do paciente. Como há uma segunda deleção em heterozigose, que
também abrange uma região do gene STRC, há a possibilidade de se tratar de
55
heterozigose composta, o que explicaria o quadro de deficiência auditiva da paciente.
Para as demais características fenotípicas (microcefalia, dismorfias, malformações no
olho e deficiência intelectual), não foi proposto um diagnóstico molecular.
A variante c.692T>C no gene TNNT2 está descrita como associada à Não-
compactação ventricular esquerda. Apesar dessa variante não estar relacionada com o
fenótipo do paciente e ser um achado incidental, ela tem implicações médicas
importantes. A doença com a qual essa mutação está associada é caracterizada por
trabéculas ventriculares esquerdas proeminentes e recessos intratrabeculares profundos,
consequentemente, há disfunção sistólica e diastólica progressiva, anormalidades de
condução e, ocasionalmente, eventos tromboembólicos (FILHO et. al., 2021; RIPOLL-
VERA et. al., 2016).
Paciente 11089
Refere-se a paciente do sexo feminino, nascida em 28 de novembro de 2013,
com 2700g, gêmea univitelina, filha de pais não consanguíneos. Gemelar falecida aos
três meses apresentava quadro clínico semelhante ao da paciente (Figura 22); mãe relata
que o falecimento foi por engasgo, devido a fenda palatina. A mãe relatou perceber
atraso no desenvolvimento neuropsicomotor e deficiência intelectual na paciente.
A paciente é sindrômica, sendo que o fenótipo de deficiência auditiva está
associado a deficiência intelectual, fenda palatina (corrigida cirurgicamente),
macrocefalia e dismorfias faciais discretas (fronte ampla, sobrancelhas arqueadas no
terço distal, sinófise leve, fenda palpebral esquerda reta e direita oblíqua para cima,
epicanto bilateral invertido, raiz nasal média, dorso nasal alto e médio largo, base nasal
larga, columela grossa, filtro bem marcado e curto).
56
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença de duas variantes patogênicas que
potencialmente explicam o quadro fenotípico do paciente:
i. Variante c.1523C>T (rs754901033) em heterozigose no gene EYA1, onde ocorre a
mudança de uma alanina para uma valina na posição 508 (Figura 23). Variantes nesse
gene foram descritos como associados a Síndrome branquio-oto-renal (vide 1.2.1.1).
Figura 23. Variante c.1523C>T identificada no gene EYA1 do paciente 11089 em heterozigose com alelo
de referência. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
ii. Variante c.737C>T (rs587782350) em heterozigose com o alelo de referência no gene

PTEN, onde ocorre a mudança de uma prolina para uma leucina na posição 246 (Figura
57
24). Essa variante é causal para Síndrome de Cowden (SC) (OMIM 158350). A
Síndrome de Cowden é um distúrbio hamartomatoso de origem endo, ecto e
mesodérmica, caracterizado por macrocefalia, triquilemomas faciais, ceratoses acrais,
pápulas papilomatosas e um risco aumentado para o desenvolvimento de carcinoma de
mama, tireoide e endometrial (YEHIA; ENG, 2001); tem um padrão de herança
autossômica dominante e o fenótipo entre pacientes é variável (BLUMENTHAL;
DENNIS, 2008; VETTORATO et al., 2003; YEHIA; ENG, 2001).
Figura 24. Variante c.737C>T identificada no gene PTEN do paciente 11089 em heterozigose com alelo
de referência . Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
Esse paciente, portanto, possui duas síndromes genéticas raras, resultando em

um fenótipo diverso. A Síndrome branquio-oto-renal explica a perda auditiva e a fenda
palatina da paciente, enquanto a Síndrome de Cowden explica as demais características
(atraso no desenvolvimento, deficiência intelectual, dismorfias faciais e macrocefalia).
A análise molecular ajudou a elucidar a clínica do paciente, possibilitando um
diagnóstico mais acurado.
A fenda palatina já foi corrigida cirurgicamente. Alguns pacientes com
Síndrome branquio-oto-renal podem desenvolver problemas renais, por isso o
acompanhamento por nefrologista é recomendado.
Uma abordagem interprofissional para o manejo de pacientes com Síndrome de
Cowden é necessária, devido ao fenótipo variado e ao envolvimento de múltiplos
órgãos. Especialistas como ginecologistas e obstetras, gastroenterologistas,
endocrinologistas, dermatologistas, neurologistas ou radiologistas podem vir a fazer
parte da equipe de cuidados da paciente.
O gene PTEN é um gene supressor de tumor e codifica uma proteína que
contribui para o controle da apoptose e do ciclo celular (WORBY; DIXON, 2014).
58
Visto que a Síndrome de Cowden está associada a hamartomas (mais comumente
encontrados na pele e no trato gastrointestinal, mas podem ser encontrados em
praticamente todos os órgãos) (BLUMENTHAL; DENNIS, 2008), se faz necessário o
monitoramento de longo prazo desses pacientes, devido ao risco de malignidade.
Estima-se que as características mucocutâneas, incluindo triquilemomas e pápulas
papilomatosas, tenham uma penetrância de 99% na SC na quarta década de vida
(YEHIA; ENG, 2001). Anormalidades benignas da tireóide - como adenomas,
hamartomas, bócio multinodular e tireoidite de Hashimoto - são comuns e ocorrem em
até 75% dos pacientes (BLUMENTHAL; DENNIS, 2008; YEHIA; ENG, 2001). O
risco de câncer de tireoide ao longo da vida é estimado em cerca de 10%, em
comparação a menos de 1% na população em geral e o risco de câncer de tireoide do
tipo carcinoma é aumentado em até 30% (BLUMENTHAL; DENNIS, 2008). O câncer
de pele com melanoma também está aumentado e pode ocorrer em 5% dos pacientes e o
risco de câncer de cólon é ligeiramente elevado. Malignidades como câncer epitelial de
tireoide, câncer renal e carcinoma endometrial costumam aparecer mais tarde na vida.
Algumas malformações geniturinárias descritas incluem rim em ferradura e útero
bicorno (BLUMENTHAL; DENNIS, 2008). Além disso, aproximadamente metade das
mulheres desenvolve leiomiomas uterinos, geralmente na terceira década de vida e
também podem ocorrer cistos ovarianos. Dessa forma, mulheres com SC podem
apresentar anormalidades menstruais, junto com um possível aumento de 20% a 30% no
risco de carcinoma endometrial. Até metade das mulheres com SC sofrem de doença
benigna da mama, que pode ser extensa e bilateral. O risco de câncer de mama ao longo
da vida, em mulheres, é estimado em em 50%, em comparação com menos de 11% na
população em geral (BLUMENTHAL; DENNIS, 2008); cerca de 85% das mulheres
com SC desenvolvem carcinoma de mama em algum momento de suas vidas. O
diagnóstico de câncer de mama ocorre em uma idade mais jovem em comparação com a
população em geral, com a idade média do diagnóstico de 36 a 46 anos
(BLUMENTHAL; DENNIS, 2008; YEHIA; ENG, 2001).
Existe uma diretriz de vigilância para pacientes com Síndrome de Cowden que
tiveram uma variante identificada no gene PTEN: ultrassonografia da tireoide,
começando aos 7 anos; colonoscopia e imagens renais bienais começando entre 35 e 40
anos, a menos que o paciente seja sintomático; mulheres devem realizar autoexames
59
mamários mensais e exames mamários anuais, bem como ultrassonografias
transvaginais ou biópsias endometriais a partir dos 35 anos (YEHIA; ENG, 2021).
A Síndrome branquio-oto-renal tem um padrão de herança autossômica
dominante e somente 10% dos casos são causados por variantes patogênicas de novo.
Por isso é recomendado fazer uma avaliação física e genética dos pais da paciente. A
avaliação física consiste em identificar os seguintes fenótipos: perda auditiva, fossas
pré-auriculares, estenose do ducto lacrimal, fístulas branquiais e / ou cistos e anomalias
renais. A avaliação genética consiste em verificar se algum dos pais tem a variante
encontrada na paciente (SMITH, 2018). Caso seja confirmada se tratar de uma variante
de novo: a paciente tem 50% de chance de ter filhos portadores da Síndrome branquio-
oto-renal a cada gestação. O risco não é aumentado para os demais familiares, incluindo
futuros irmãos. Caso algum dos pais seja diagnosticado com BOR, o pai ou a mãe terá
50% de chance de ter filhos portadores da Síndrome branquio-oto-renal a cada gestação;
se a mãe for a portadora, os irmãos da paciente deverão ter uma consulta com
geneticista.
A Síndrome de Cowden tem também um padrão de herança autossômica
dominante. Visto que os pais da paciente são hígidos, ou seja, não apresentam fenótipo
compatível com nenhuma das duas síndromes, considera-se que o caso da paciente é
uma mutação nova. A paciente tem 50% de chance de ter filhos portadores da Síndrome
de Cowden a cada gestação. O risco não é aumentado para os demais familiares,
incluindo futuros irmãos. O fato da paciente ter gemelar univitelina com quadro clínico
semelhante corrobora a hipótese de que a mutação ocorreu na gametogênese.
Paciente 11178
Refere-se a paciente do sexo masculino nascido em 03 de fevereiro de 2016,
filho de pais não consanguíneos e com relato de meio irmão paterno com deficiência
auditiva unilateral de 25% (Figura 25).
60
Figura 25. Heredograma da família do paciente 11178 mostrando a segregação de deficiência auditiva e
pigmentação da íris.
Paciente teve suspeita de deficiência auditiva logo após o nascimento, quando

falhou no teste da orelhinha. Realizou BERA (potencial evocado auditivo do tronco
encefálico) e foi confirmado o diagnóstico de deficiência auditiva neurossensorial
bilateral. A hipótese diagnóstica do paciente era de deficiência auditiva bilateral
congênita não sindrômica.
A neurologista encaminhou o paciente ao serviço de genética do HUB por
suspeita de Síndrome de Waardenburg, devido a íris azul clara (deficiência auditiva
sindrômica). Mãe relata que há familiares com olhos verdes, mas nenhum com olhos
azuis como o do paciente. Relata ainda que o pai do paciente tem um primo com um
olho marrom e o outro preto, e que está perdendo a visão em um dos olhos. Paciente
teve desenvolvimento neuropsicomotor adequado e não tem déficit cognitivo.
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença de uma variante causal para
Síndrome de Waardenburg, a variante c.1230G>A (rs1057521096) em heterozigose
61
com o alelo de referência no gene MITF, que é uma mutação silenciosa (Figura 26). No
artigo em que foi descrita, a variante está referida como c.1212 G>A, em outra versão
do genoma (BRENNER et al., 2011; SWANSON, 2011). (vide 1.2.1.2).
Figura 26. Variante c.1230G>A em heterozigose com o alelo de referência identificada no gene MITF do
Durante a análise desse caso, o filtro utilizado na análise não incluiu mutação
silenciosa/sinônima, no entanto a plataforma detectou a variante patogênica. O fato de
uma mutação silenciosa ser patogênica torna a análise molecular mais complexa.
A Síndrome de Waardenburg tipo II se caracteriza, principalmente, por
deficiência auditiva neurossensorial congênita e hipopigmentação da íris. O cognitivo é
preservado. Por ser uma doença autossômica dominante, considera-se que o caso do
paciente é uma mutação nova, visto que os pais do mesmo não são portadores da
síndrome. O paciente tem 50% de chance de ter filhos portadores da Síndrome de
Waardenburg para cada filho/gestação. O risco não é aumentado para os demais
familiares, incluindo as irmãs.
O paciente não apresenta outras características da Síndrome de Waardenburg,
tais como mecha branca no cabelo, leucodermia, telecanto ou fendas palpebrais
pequenas. É possível que isso se deva pelo paciente ter uma variante silenciosa, ou seja,
por não haver uma troca no aminoácido que forma a proteína.
A deficiência auditiva e a heterocromia observada nos familiares provavelmente
tem etiologia diferente do observado no paciente.
Paciente 11284
O paciente do sexo masculino, nasceu em 03 de abril de 1994. É um paciente
sindrômico (encaminhado ao serviço de genética por endocrinologista), com deficiência
62
auditiva neurossensorial, Síndrome de Kabuki e alterações faciais típicas, deficiência
intelectual, diabetes mellitus e baixa estatura. Filho de pais não consanguíneos e com
uma irmã com deficiência auditiva não sindrômica e um irmão com deficiência auditiva
não sindrômica e transtorno psicótico. Histórico familiar do lado paterno relata um
primo de segundo grau com deficiência auditiva, um primo de segundo grau com
deficiência intelectual e um primo de segundo grau com distúrbio psicótico (Figura 27).
Paciente compareceu ao serviço de genética do HB com sua mãe, que foi quem
relatou o histórico do filho. Com 19 horas de vida apresentou episódio de enterorragia e
também de hipoglicemia e ficou sete dias internado na UTI. Evoluiu com atraso no
desenvolvimento neuropsicomotor, apesar do início da estimulação precoce aos 6 meses
de idade.
No período neonatal, paciente apresentou episódios convulsivos, mas nega uso
de medicação. Aos 4 anos foi avaliado pela primeira vez por geneticista e diagnosticado
com Síndrome de Kabuki. Em 2010 apresentou episódio de hematúria maciça e
sufusões hemorrágicas. Houve acompanhamento na hematologia com diagnóstico de
plaquetopenia recidivante, recebendo alta da hematologia entre 2011 e 2012. Em 2016
63
foi diagnosticado com diabetes mellitus e faz tratamento com insulina. Frequentou
ensino especial até os 22 anos.
Ao exame físico o paciente apresenta: peso e altura abaixo de terceiro percentil e
perímetro cefálico dentro da normalidade; fendas palpebrais retas e alongadas; cílios
longos, eversão das pálpebras inferiores; sobrancelhas retas e curtas, com rarefação de
⅔ e ternos, rai nasal mé ia, orso e base alarga os, columela curta; palato alto,
ausência de incisivo central inferior esquerdo, sendo que o direito é diminuído de
tamanho; prognatismo discreto; orelhas simples e protusas, normoimplantadas; pescoço
alargado; pectus excavatum; abdome sem visceromegalias; testículos tópicos;
retificação da lordose lombar e cifose torácica. fosseta sacral; discreta restrição articular
de pequenas e grandes articulações; mãos sem alteração de pregas; quintos (5º)
quirodáctilos diminuídos de tamanho; apagamento de prega interfalangeana distal de
uarto 4º uiro ctilos bilateralmente; “Pa s” iscretos nos e os; pés planos com
descamação em dedos e unhas.
Análise genética:
Apesar de já ter o diagnóstico clínico para Síndrome de Kabuki, esse diagnóstico
não explicava o quadro de deficiência auditiva do paciente. Considerando seu histórico
familiar (irmãos com deficiência auditiva não sindrômica), optou-se por fazer a triagem
para a variante c.35delG, que foi observada em heterozigose no paciente, o que também
não explicava o fenótipo de deficiência auditiva por esta ser uma condição com herança
autossômica recessiva. Pela análise do exoma, confirmou-se a presença da variante
c.35delG (rs80338939) (Figura 28) e observou-se a presença de outra variante no
mesmo gene GJB2. A segunda variante, c.550C>T (rs998045226), detectada em
heterozigose com o alelo referência no gene GJB2, leva a mudança de uma arginina
para um triptofano na posição 184 da proteína (Figura 29). Se for confirmado que as
duas variantes encontradas no gene GJB2 estão em posição cis nos cromossomos, será
contastada uma heterozigose composta, e o quadro de deficiência auditiva do paciente
estará explicado. Não foi possível a confirmação da fase da mutação até o momento.
64
Figura 28. Variante c.35delG em heterozigose com alelo referência identificada no gene GJB2 do
Figura 29. Variante c.550C>T em heterozigose com alelo referência identificada no gene GJB2 do
Também foi encontrada a variante c.15142C>T (rs398123724) em heterozigose

com o alelo referência no gene KMT2D, onde ocorre a mudança de uma arginina para
uma cisteína na posição 5048 (Figura 30). Essa variante foi descrita como causal para
Síndrome de Kabuki (OMIM 147920). Essa é uma síndrome congênita cuja prevalência
estimada é de 1:32000 (BOKINNI, 2012; WANG et al., 2019). Na Austrália e Nova
Zelândia a incidência é de 1:86000 (WHITE et al., 2004). O fenótipo inclui
características faciais (eversão da pálpebra lateral inferior, sobrancelhas arqueadas com
um terço lateral disperso ou esparso, ponta nasal deprimida, fenda labial e/ou palatina,
orelhas proeminentes), defeitos cardíacos, deficiência intelectual, baixa estatura (retardo
de crescimento pós-natal), anomalias geniturinárias, oftalmológicas, renais e vertebrais
(BOKINNI, 2012; SHANGGUAN et al., 2019; WANG et al., 2019). Além do gene
KMT2D (inicialmente chamado de MLL2), também há mutações descritas no gene
KDM6A como causais dessa síndrome (HANNIBAL et al., 2011; NG et al., 2010;
SHANGGUAN et al., 2019). A variante no gene KMT2D confirma, molecularmente, o
65
diagnóstico clínico para a Síndrome de Kabuki do paciente. Essa síndrome explica parte
do fenótipo do paciente: as alterações faciais, a deficiência intelectual e a baixa estatura.
Figura 30. Variante c.15142C>T identificada em heterozigose com o alelo referência no gene KMT2D
A análise do exoma também revelou a variante c.396A>C (rs137852388) em

hemizigose no gene F8, onde ocorre a mudança de um ácido glutâmico para um ácido
aspártico na posição 132 (Figura 31). Variantes nesse gene estão associadas à hemofilia
A.
Figura 31. Variante c.396A>C identificada em hemizigose no gene F8 do paciente 11284. Imagem gerada
Devido ao fato do paciente não ter diagnóstico clínico para distúrbios de

coagulação, foi feita uma revisão no prontuário do paciente, em busca de ocorrências
que poderiam corroborar, clinicamente, o achado molecular. Após a revisão, dois
episódios se destacaram: 1º) que com 19 horas de vida apresentou episódio de
66
enterorragia e que outros episódios se sucederam e 2º) que em 2010 apresentou episódio
de hematúria maciça e sufusões hemorrágicas. Os achados clínico e molecular levaram a
geneticista a diagnosticar o paciente com hemofilia A.
Paciente 11289
Refere-se a paciente do sexo feminino, nascida em 01 de abril de 2009, filha de
pais não consanguíneos e com relato de avô e bisavô paternos com deficiência auditiva
de origem desconhecida (Figura 32). O diagnóstico clínico desta paciente foi deficiência
auditiva neurossensorial moderada, bilateral, não sindrômica.
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença de uma deleção de 9.4kb
englobando os genes STRC, CKMT1B, SNOU13, RNU6-554P em homozigose. em
15q15.3 (Figura 33). A deleção do gene STRC está descrita como causal para
deficiência auditiva autossômica recessiva não sindrômica 16 (OMIM 603720). O STRC
é um gene conhecidamente associado à deficiência auditiva, que causa perda auditiva
leve a moderada (YOKOTA et al., 2019). Nesta paciente, o STRC, juntamente com
outros genes, são deletados na região 15q15.3, levando a uma grande deleção.
67
Figura 33. Deleção de 9.4kb em homozigose englobando os genes STRC, CKMT1B, SNOU13, RNU6-
554P do paciente 11289. Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
Portanto, essa grande deleção explica o quadro de deficiência auditiva não

sindrômica da paciente. No entanto, ela não pode ser a causa da deficiência auditiva
relatada na família, pois se trata de uma variante autossômica recessiva.
Paciente 11294
Refere-se ao paciente do sexo masculino, nascido em 26 de maio de 2014, filho
de pais não consanguíneos. Paciente sindrômico, cujo histórico familiar (Figura 34)
apresenta o relato de ambos os pais terem deficiência auditiva e de múltiplos casos de
deficiência auditiva por parte paterna. O quadro de deficiência auditiva da mãe foi
descrito como associado a rubéola congênita.
Ao exame físico apresentou: fronte ampla, fendas palpebrais discretamente
oblíquas para baixo, palato sem anormalidades, microtia bilateralmente, apêndice pré-
auricular na orelha direita e sinus pré-auricular na orelha esquerda.
Paciente falhou no teste da orelhinha. Pai e avó perceberam que o paciente, aos 8
meses, apresentava dificuldade para ouvir. Atualmente fala palavras-chaves.
68
Análise genética:
Na análise do exoma observou-se a presença de duas variantes patogênicas,
sendo que uma explica o quadro fenotípico do paciente e a outra se caracteriza como
achado incidental.
A primeira variante, c.1081C>T (rs121909202), observada em heterozigose com
o alelo referência no gene EYA1, na região exônica é uma mutação sem sentido que leva
a truncagem da proteína posição 361 (Figura 35). Variantes nesse gene são conhecidas
como causa para a Síndrome branquio-oto-renal (vide 1.2.1.1). Essa variante sozinha
explica o quadro de microtia do paciente e esse defeito estrutural ocasiona a deficiência
auditiva e, potencialmente, é a mutação recorrente na família paterna do paciente. O
quadro de deficiência auditiva devido a rubéola, apresentado pela mãe, se trata de
deficiência auditiva de etiologia ambiental, fazendo com que seja descartada como
causa genética da deficiência auditiva do paciente.
69
Figura 35. Variante c.1081C>T identificada em heterozigose com alelo de referência no gene EYA1 do
paciente 11294 . Imagem gerada pelo programa IGV - Integrative Genomes Viewers.
A segunda variante observada foi um achado incidental. A mutação c.1040C>T

foi encontrada em heterozigose com o alelo de referência no gene KCNQ1, que leva a
mudança de uma valina para uma alanina na posição 347 da proteína (Figura 36).
Variantes nesse gene estão associadas à Síndrome do QT longo (OMIM 192500), que é
uma síndrome arrítmica hereditária, caracterizada por prolongamento do intervalo QT
(prolongamento do potencial de ação) no eletrocardiograma de 12 derivações
(FRAGATA et al., 2016). O sintoma mais comum geralmente é a síncope, sendo que a
morte súbita pode ocorrer em 1% a 3% dos adultos afetados; 50% dos pacientes
sintomáticos apresentam sua primeira manifestação cardíaca por volta dos 12 anos de
idade (FRAGATA et al., 2016). Apesar dessa variante não estar relacionada com o
fenótipo do paciente, ela tem implicações médicas importantes e deve ser relatada pois
está na lista da ACMG (MILLER et al., 2021). Visto que o paciente nasceu em maio de
2014 (tendo 7 anos) ainda não apresentou manifestações cardíacas. Se faz necessário o
acompanhamento por cardiologista.
Figura 36. Variante c.1040C>T identificada em heterozigose com o alelo referência no gene KCNQ1 do
70
Paciente 10921
Refere-se a paciente sindrômico, nascido em 09 de fevereiro de 1979 que

apresenta deficiência auditiva, atresia de coana (já corrigida) e disgenesia gonadal mista.
Não há relato de familiares com deficiência auditiva (Figura 37).
Ao exame físico o paciente apresentou: sobrancelhas arqueadas, fendas

palpebrais retas, raiz nasal média, dorso nasal afilado, filtro nasolabial pouco marcado,
hipoplasia de face média, palato alto, prognatismo discreto, orelhas normoimplantadas;
ginecomastia bilateral; abdome sem visceromegalias; genitália ambígua, escrotos
fundidos, pouco pigmentados; membros sem anormalidades. A hipótese diagnóstica foi
de Síndrome de CHARGE.
Devido a disgenesia gonadal mista, o paciente passou por diversas cirurgias
entre os anos de 1983 e 1988 (orquidopexia, vaginectomia, ortofaloplastia, cistostomia,
correção de transposição peno-escrotal, neouretra, neouretroplastia e orquiectomia
bilateral).
Em 1985, foi realizado exame de cariótipo cujo resultado foi 45,X/46,XY. Em
2017 foi realizado exame de cariótipo onde foram analisadas 60 metáfases (coradas para
bandamento C e G), obtidas da cultura temporária de linfócitos do sangue periférico.
Em 45 (75%), foram encontrados 45 cromossomos, tendo apenas um X. Em 15 (25%),
haviam 46 cromossomos, com a presença de um cromossomo X e um Y. O cariótipo
71
determinado foi 45,X[45]/46,XY[15], característico de Disgenesia Gonadal Mista.
Ultrassonografia das mamas identificou ginecomastia bilateral benigna.
Em 2019 foi realizado eletrocardiograma (miocardiopatia segmentar do
ventrículo esquerdo com disfunção sistólica de grau discreto. Insuficiência mitral e
tricúspide de grau discreto. Aumento moderado do átrio esquerdo. Disfunção diastólica
do ventrículo esquerdo grau II) e Holter (ritmo de base sinusal, com extrassístoles
ventriculares raras repolarização). Audiometria mostrou perda auditiva severa à direita e
moderadamente severa à esquerda.
Análise genética:
Na análise do exoma não se observou a presença de variantes patogênicas que
explicassem o quadro fenotípico do paciente, apesar de apresentar um quadro
sindrômico amplo.
Paciente 11024
Refere-se a paciente do sexo masculino, nascido em 17 de agosto de 1993, filho
de pais não consanguíneos e sem relatos de perda auditiva na família (Figura 38). O
paciente é sindrômico, sendo que o fenótipo de deficiência auditiva está associado a
deficiência intelectual, atresia de coana e assimetria facial (desvio da rima labial e do
nariz para a direita, assimetria de fendas palpebrais, sendo a direita reta e a esquerda
oblíqua para cima, com hemiface esquerda menor que a direita, orelhas pequenas e
simplificadas, fenda palatina e paralisia facial à direita. A tomografia computadorizada
de mastóides revelou ausência da cadeia ossicular bilateralmente, obliteração da janela
oval por placa óssea atrésica bilateralmente e esclerose óssea da cápsula ótica bilateral
(não há coloboma). Foi levantada a hipótese diagnóstica de Síndrome de CHARGE.
72
Análise genética:
Na análise do exoma não se observou a presença de variantes patogênicas que
explicassem o quadro fenotípico do paciente, apesar de apresentar um quadro
sindrômico amplo.
Com os avanços tecnológicos na área da biologia molecular, foi possível

identificar variantes em larga escala. O estudo de associação genômica ampla (GWAS)
é uma metodologia utilizada para identificar variantes causais, através da associação das
variantes encontradas com um determinado fenótipo (BUSH, MOORE, 2012). No
entanto, o GWAS tem um grande viés populacional (POPEJOY; FULLERTON, 2016;
SIRUGO; WILLIAMS; TISHKOFF, 2019); a proporção de indivíduos é de
aproximadamente 81% de europeus e eurodescendentes, 14% de asiáticos, 3% de
africanos, 1% de miscigenados e <1% para as populações hispânicas e latino-
americanas, indígenas (nativos americanos, aborígenes australianos e ilhéus do Pacífico)
e árabes e do Oriente Médio (POPEJOY; FULLERTON, 2016). Essa falta de
diversidade amostral faz com que o conhecimento adquirido sobre a relação genótipo-
73
fenótipo seja limitado e pouco representativo para as populações sub-representadas
(POPEJOY; FULLERTON, 2016; SIRUGO; WILLIAMS; TISHKOFF, 2019). Além
dessa pouca representatividade populacional para indivíduos latino-americanos e
miscigenados, muitas variantes não têm uma classificação/predição - se são benignas,
deletérias, patogênicas, ou outras - e acabam sendo classificadas como incertas, VUS
(variantes de significado incerto) ou N/A.
A não identificação de variantes patogênicas nos pacientes 11024 e 10921, no
presente momento, não exclui a existência das mesmas. É imprescindível que haja uma
reavaliação do exoma para a identificação de variantes causais no futuro, à medida que
novos conhecimentos sejam acumulados.
Paciente 10598
Refere-se a paciente do sexo feminino, nascida em 26 de maio de 2011. A
paciente apresenta deficiência auditiva sindrômica e pais não consanguíneos (Figura
39). Ao exame físico apresenta testa ampla, raiz nasal média, ponta nasal bulbosa,
epicanto discreto, olhos de implantação profunda, fendas palpebrais retas, boca reta,
orelhas normais, sobrancelhas curtas. Com relação às mãos e pés, apresenta dedos
afilados em ambos, pregas ok.
Em março de 2015 foi realizado exame de Pesquisa de mutação no gene FMR1

(Síndrome do cromossomo X frágil), que teve resultado negativo para a Síndrome. Em
dezembro de 2015 foi realizado exame de cariótipo onde foram analisadas 25 metáfases
74
periférico. Todas as metáfases apresentaram cromossomos normais, em número e em
estrutura. O cariótipo determinado foi 46,XX, característico de pessoa do sexo feminino.
Análise genética:
A amostra não passou no controle de qualidade interno da Macrogen, portanto
não foi possível realizar a análise molecular para este paciente.
5.3 Apanhado geral
Foi realizado exoma em 12 pacientes e 10/12 tiveram diagnóstico molecular

(Tabela 6). Em 9/12 casos houve o diagnóstico molecular para a deficiência auditiva do
paciente, envolvendo os genes ACTB (Síndrome de Baraitser-Winter 1), EYA1
(Síndrome branquio-oto-renal), GJB2 (deficiência auditiva autossômica recessiva não
sindrômica), GSDME (deficiência auditiva neurossensorial progressiva), MITF
(Síndrome de Waardenburg), MCM2 (deficiência auditiva não sindrômica autossômica
dominante 70) e STRC (deficiência auditiva autossômica recessiva não sindrômica 16).
Tabela 6. Classificação das variantes observadas e identificação dos tipos de variantes.

GENES/VARIANTES
Amostra
Relacionadas a DA Achados Incidentais Achados Secundários
10581 - CPT2 (c.338C>T)
SERPINA1 (c.863A>T)
10598 - - -
10727 ACTB (c.127G>T)
10765 GSDME (c.145C>T)

GSDME (c.146C>T)
10921 - - -
10941 MCM2 ( n.523-1G>A) CDH23 (c.3579+2T>C)

CDH23
(c.1143_1176delCCTGAAC
AGCATGTTTGAGGTGTA
CTTGGTGGGG)
10970 Del: STRC, STRC, CKMT1B, TNNT2 (c.692T>C)
SNOU13, RNU6-554P
Del: STRC, CKMT1B, RNU6-
75
554P
11024 - - -
11089 EYA1 (c.1523C>T) PTEN (c.737C>T)
11178 MITF (c.1230G>A)
11284 GJB2 (c.550C>T) KMT2D (c.15142C>T)

GJB2 (c.35delG) F8 (c.396A>C)
11289 Del: STRC, CKMT1B,

SNOU13, RNU6-554P
Del: STRC, CKMT1B,
SNOU13, RNU6-554P
11294 EYA1 (1081C>T) KCNQ1 (c.1040T>C)
Em laranja: variantes de sentido trocado (missense); em azul escuro: variante em região de receptor de
splicing (splice acceptor); em vermelho: variante em região de doador de splicing (splice donor); em azul
claro: deleção; em verde: variantes (frameshift); em roxo: variante silenciosa (synonymous); em rosa:
variante stop gain.
Também foram encontrados achados incidentais nos pacientes 10970 (no gene
TNNT2, relacionado a Não-compactação ventricular esquerda) e 11294 (no gene
KCNQ1, relacionado a Síndrome do QT longo) além de achados secundários nos
pacientes 10581 (no gene CPT2, relacionado a deficiência de carnitina palmitoil
transferase II, forma miopática e no gene SERPINA1, relacionado a deficiência de alfa-1
antitripsina), 10941 (no gene CDH23, relacionado à Síndrome de Usher tipo I), 11089
(no gene PTEN, relacionado a Síndrome de Cowden) e 11284 (no gene KMT2D,
relacionado a Síndrome de Kabuki e no gene F8, relacionado a hemofilia A).
Dos três pacientes com hipótese diagnóstica de Síndrome de CHARGE, um teve
diagnóstico molecular de Síndrome de Waardenburg (11178) e os outros dois não
tiveram diagnóstico molecular (10941 e 11289).
Dos 10 pacientes com diagnóstico molecular, somente no 10581 não foi

identificada a causa genética da deficiência auditiva.
Ferramentas de análise atualizadas são essenciais para um correto diagnóstico

molecular, exemplificado pelo resultado observado para o paciente 11178, cuja variante
causal é uma variante silenciosa.
76
6. CONCLUSÕES
O principal objetivo deste trabalho foi buscar a etiologia genética para os casos
de deficiência auditiva sindrômica e não sindrômica em pacientes do Distrito Federal.
Através das técnicas genético/moleculares de sequenciamento por Sanger e do exoma,
foi possível chegar a uma taxa diagnóstica de 63,63% para os casos de deficiência
auditiva sindrômica (7/11 pacientes) e de 18,75% para os casos de deficiência auditiva
não sindrômica (3/16 pacientes).
A implementação da triagem da variante 35delG, por meio de sequenciamento

por Sanger, foi realizada para os pacientes oriundos dos ambulatórios de genética e
otorrinolaringologia do Hospital Universitário de Brasília e teve uma taxa de sucesso de
diagnóstico de 4% para os casos de deficiência auditiva. O exoma foi realizado em
12/13 pacientes oriundos do ambulatório de genética e teve uma taxa de sucesso de
diagnóstico de 75% para os casos de deficiência auditiva.
A verificação da variante 35delG no gene GJB2 foi realizada como uma triagem
em todos os pacientes, ou seja, tanto nos pacientes não sindrômicos quanto nos
pacientes sindrômicos. Essa primeira análise teve o objetivo de determinar se o quadro
de deficiência auditiva dos pacientes era devido a variante 35delG em homozigose.
Tendo sido realizada em 25 pacientes, a triagem teve uma taxa de diagnóstico de
deficiência auditiva de 4% (1/25 pacientes). Também foi possível identificar a
heterozigose dessa variante em dois pacientes (DA_15 e 11284). Tendo isso em vista, a
metodologia proposta foi adequada para detectar a presença da variante 35delG e
determinar se o quadro de deficiência auditiva dos pacientes é devido a homozigose
dessa variante.
O exoma foi realizado para os pacientes oriundos do ambulatório de genética.

Essa segunda análise teve o objetivo de identificar variantes causais associadas tanto ao
fenótipo de deficiência auditiva dos pacientes quanto aos outros fenótipos que
compunham o quadro clínico de cada paciente. Tendo sido realizada em 12 pacientes, o
exoma teve uma taxa de diagnóstico de deficiência auditiva de 75% (9/12 pacientes).
Também foi possível identificar achados secundários (nos pacientes 10581, 10941,
11089 e 11284) e achados incidentais (nos pacientes 10970 e 11294), aumentando a taxa
diagnóstica para 83.33% (10/12 pacientes). Tendo isso em vista, a metodologia proposta
foi adequada para elucidar, molecularmente, a causa de deficiência auditiva dos
77
pacientes, além propiciar um diagnóstico molecular dos outros fenótipos que compõem
o quadro clínico sindrômico dos pacientes.
É de suma importância analisar todas as variantes descritas como patogênicas,

mesmo que não expliquem o fenótipo do paciente, pois podem se tratar de achados
incidentais ou achados secundários.
78
7. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS
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83
ANEXO 1 - PARECER CONSUBSTANCIADO DO CEP
84
ANEXO 2 - TERMO DE CONSENTIMENTO LIVRE E ESCLARECIDO - TCLE
ADULTOS
Desenvolvimento de diagnóstico molecular e fluxograma para deficiência auditiva não sindrômica de etiologia
genética
Termo de Consentimento Livre e Esclarecido – TCLE
Senhor a est sen o convi a o a participar o pro eto: “Desenvolvimento

de diagnóstico molecular e fluxograma para deficiência auditiva não sindrômica de
etiologia genética"
O objetivo desta pesquisa é desenvolver um fluxograma de testes moleculares

para o paciente com deficiência auditiva e painel diagnóstico por meio do exoma
direcionado para investigação de deficiência auditiva não sindrômica .
O (A) Senhor (a) receberá todos os esclarecimentos necessários antes e no

decorrer da pesquisa e lhe asseguramos que seu nome não aparecerá, sendo mantido o
mais rigoroso sigilo através da omissão total de quaisquer informações que permitam
identificá-lo (a).
A participação ocorrerá por meio da realização de exames laboratoriais. Os

exames serão realizados a partir da coleta de sangue para extração de DNA. O
procedimento de coleta de sangue por punção venosa será realizado com material estéril
descartável de boa qualidade por profissional habilitado, podendo ocasionar um pouco
de dor e formação de hematoma no local.
É possível que o/a senhor(a) venha a se beneficiar dos resultados deste projeto, a
partir dos resultados dos exames laboratoriais de forma a identificar os genes
85
relacionados a condição dele, permitindo precisão no seu acompanhamento e de seus
familiares, desde que consentido pelo(a) senhor(a).
Informamos que o(a) senhor(a) poderá se recusar a responder qualquer questão

(ou participar de qualquer procedimento) que lhe traga constrangimento, podendo
desistir de participar da pesquisa em qualquer momento sem nenhum prejuízo para você
e nenhum comprometimento em seu acompanhamento médico. A participação nessa
pesquisa é voluntária, isto é, não há qualquer tipo de pagamento por sua colaboração.
Caso solicite, o(a) senhor(a) poderá ser ressarcido(a) pelos gastos tais como transporte e
alimentação no dias em que for necessária sua presença para consultas ou exames, não
estando limitadas a um valor fixo nem à apresentação de comprovante. Além disso, será
garantida assistência integral, gratuita, pelo tempo que for necessário e /ou indenização
diante de eventuais danos decorrentes dessa pesquisa, vistas as medidas administrativas
e judiciais cabíveis.
Os resultados da pesquisa serão divulgados na Universidade de Brasília,

podendo ser publicados posteriormente. Os dados e materiais utilizados na pesquisa
ficarão sobre a guarda do pesquisador.
Solicitamos também sua autorização para armazenamento da amostra biológica

de sangue coletada para possíveis estudos futuros. A cada novo estudo, o Senhor(a)
será contatado sobre o consentimento e participação em novo estudo mediante a
assinatura de novo TCLE . Essa amostra ficará em biorrepositório no Laboratório de
Genética da Universidade de Brasília, e apresentará uma codificação alfanumérica e só
poderá ser manuseada pelos indivíduos diretamente relacionados com o projeto.
Se o (a) Senhor (a) tiver qualquer dúvida em relação à pesquisa, por favor,
telefone para: Dra. Silviene Fabiana de Oliveira, na Universidade de Brasília, telefone:
(61) 3107-3079, ou Yasmin Soares de Lima, telefone: (61) 98122-0531, havendo
possibilidade de ligação a cobrar.
Este projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Faculdade de

Ciências da Saúde da Universidade de Brasília. Este comitê é uma instância colegiada,
constituída pela instituição em respeito às normas da Resolução nº 466/12 do Conselho
Nacional de Saúde e tem como objetivo gerir a ética em pesquisa realizada na
instituição Universidade de Brasília, assumindo a responsabilidade pelas decisões sobre
86
a ética da pesquisa a ser desenvolvida, fomentando a reflexão em torno da ética na
ciência. O Comitê tem caráter inter e transdisciplinar, contando com a participação de
profissionais da área biomédica, das ciências sociais e humanas e usuários do sistema de
saúde.
As dúvidas com relação à assinatura do TCLE ou os direitos do sujeito da

pesquisa podem ser obtidos através do telefone: (61) 3107-1947 ou pelo e-mail
[email protected] ou ainda no seguinte endereço: Faculdade de Ciências da Saúde,
Campus Darcy Ribeiro, Universidade de Brasília, Brasília/DF, CEP: 70.904-970 durante
os horários 10:00hs às 12:00hs e 13:30hs às 15:30hs de segunda a sexta.
Este documento foi elaborado em duas vias, uma ficará com o pesquisador
responsável e a outra com o sujeito da pesquisa.
Se você estiver de acordo, por favor, assine esta folha.
______________________________________________
Nome / responsável legal
______________________________________
Silviene Fabiana de Oliveira
__________________, ___ de __________de _________
Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos – Faculdade de Ciências da Saúde
Universidade de Brasília Campus Universitário Darcy Ribeiro – Brasília/DF 
Tel: (61) 3107-1947
87
ANEXO 3 - TERMO DE CONSENTIMENTO LIVRE E ESCLARECIDO - TCLE
PAIS/RESPONSÁVEIS
Desenvolvimento de diagnóstico molecular e fluxograma para deficiência auditiva não sindrômica de

etiologia genética
O (A) seu filho(a) ou dependente está sendo convidado a participar do projeto:

“Desenvolvimento e iagn stico molecular e lu ograma para e iciência au itiva não
sindrômica de etiologia genética"
O objetivo desta pesquisa é desenvolver um fluxograma de testes moleculares

para o paciente com deficiência auditiva e painel diagnóstico por meio do exoma
direcionado para investigação de deficiência auditiva não sindrômica .
O (A) Senhor (a) e seu dependente receberão todos os esclarecimentos

necessários antes e no decorrer da pesquisa e lhe asseguramos que o nome dele não
aparecerá, sendo mantido o mais rigoroso sigilo através da omissão total de quaisquer
informações que permitam identificá-lo (a).
A participação ocorrerá por meio da realização de exames laboratoriais. Os

88
É possível que o seu dependente venha a se beneficiar dos resultados deste
projeto, a partir dos resultados dos exames laboratoriais de forma a identificar os genes
relacionados a condição dele, permitindo precisão no seu acompanhamento e de seus
familiares, desde que consentido pelo senhor(a) e assentido por ele(a).
Informamos que o seu dependente poderá se recusar a responder qualquer

questão (ou participar de qualquer procedimento) que lhe traga constrangimento,
podendo desistir de participar da pesquisa em qualquer momento sem nenhum prejuízo
para ele(a) e nenhum comprometimento em seu acompanhamento médico. A
participação nessa pesquisa é voluntária, isto é, não há qualquer tipo de pagamento por
sua colaboração. Caso solicite, o senhor(a) poderá ser ressarcido(a) pelos gastos tais
como transporte e alimentação no dias em que for necessária sua presença para
consultas ou exames, não estando limitadas a um valor fixo nem à apresentação de
comprovante. Além disso, será garantida assistência integral, gratuita, pelo tempo que
for necessário e /ou indenização diante de eventuais danos decorrentes dessa pesquisa,
vistas as medidas administrativas e judiciais cabíveis.

Solicitamos também sua autorização para armazenamento da amostra biológica

de sangue coletada para possíveis estudos futuros. A cada novo estudo, o Senhor(a)
será contatado sobre o consentimento e participação em novo estudo mediante a
assinatura de novo TCLE . Essa amostra ficará em biorrepositório no Laboratório de
Genética da Universidade de Brasília, e apresentará uma codificação alfanumérica e só
poderá ser manuseada pelos indivíduos diretamente relacionados com o projeto.
Se o (a) Senhor (a) ou seu dependente tiverem qualquer dúvida em relação à

pesquisa, por favor, telefone para: Dra. Silviene Fabiana de Oliveira, na Universidade de
Brasília, telefone: (61) 3107-3079, ou Yasmin Soares de Lima, telefone: (61) 98122-
0531, havendo possibilidade de ligação a cobrar.
Este projeto foi Aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Faculdade de

Ciências da Saúde da Universidade de Brasília. Este comitê é uma instância colegiada,
constituída pela instituição em respeito às normas da Resolução nº 466/12 do Conselho
89
Nacional de Saúde e tem como objetivo gerir a ética em pesquisa realizada na
instituição Universidade de Brasília, assumindo a responsabilidade pelas decisões sobre
a ética da pesquisa a ser desenvolvida, fomentando a reflexão em torno da ética na
ciência. O Comitê tem caráter inter e transdisciplinar, contando com a participação de
profissionais da área biomédica, das ciências sociais e humanas e usuários do sistema de
saúde.
As dúvidas com relação à assinatura do TCLE ou os direitos do sujeito da

pesquisa podem ser obtidos através do telefone: (61) 3107-1947 ou pelo e-mail
[email protected] ou ainda no seguinte endereço: Faculdade de Ciências da Saúde,
Campus Darcy Ribeiro, Universidade de Brasília, Brasília/DF, CEP: 70.904-970 durante
os horários 10:00hs às 12:00hs e 13:30hs às 15:30hs de segunda a sexta.
______________________________________________
Nome / responsável legal
______________________________________
__________________, ___ de __________de _________
Tel: (61) 3107-1947
90
ANEXO 4 - TERMO DE CONSENTIMENTO LIVRE E ESCLARECIDO – TCLE
Desenvolvimento de um painel diagnóstico baseado em sequenciamento de exons para surdez sindrômica
O (A) Senhor (a) está sendo convidado a participar do projeto:

“Desenvolvimento e um painel iagn stico para sur e sin r mica"
O objetivo desta pesquisa é desenvolver um painel diagnóstico por meio do

exoma direcionado para investigação de surdez sindrômica.
O (A) Senhor (a) receberá todos os esclarecimentos necessários antes e no

decorrer da pesquisa e lhe asseguramos que seu nome não aparecerá, sendo mantido o
mais rigoroso sigilo através da omissão total de quaisquer informações que permitam
identificá-lo (a).
A sua participação ocorrerá por meio da realização de exames laboratoriais. Os

É possível que o senhor (a) venha a se beneficiar dos resultados deste projeto, a
partir dos resultados dos exames laboratoriais de forma a identificar os genes
relacionados a sua condição, permitindo precisão no seu acompanhamento e de seus
familiares, desde que consentido pelo senhor(a).
Informamos que o Senhor (a) poderá se recusar a responder qualquer questão (ou
participar de qualquer procedimento) que lhe traga constrangimento, podendo desistir de
participar da pesquisa em qualquer momento sem nenhum prejuízo para o (a) senhor(a)
e nenhum comprometimento em seu acompanhamento médico. Sua participação é
91
voluntária, isto é, não há qualquer tipo de pagamento por sua colaboração. Caso solicite
e mediante comprovação, o senhor(a) poderá ser ressarcido(a) pelos gastos com
deslocamento e alimentação devido à participação nessa pesquisa. Além disso, será
garantido atendimento imediato e /ou indenização diante de eventuais danos
comprovadamente decorrentes dessa pesquisa, vistas as medidas administrativas e
judiciais cabíveis.

Solicitamos também sua autorização para armazenamento de sua amostra

biológica de sangue para possíveis outros estudos futuros em biorrepositório no
Laboratório de Genética da Universidade de Brasília. A amostra apresentará uma
codificação alfanumérica e só poderá ser manuseada pelos indivíduos diretamente
relacionados com o projeto.
Se o (a) Senhor (a) tiver qualquer dúvida em relação à pesquisa, por favor
telefone para: Dra. Silviene Fabiana de Oliveira, na Universidade de Brasília, telefone:
(61) 3107-3079, em horário comercial ou Harumy Andrade Sakata, telefone: (61) 9265-
0437 em horário comercial.
Este projeto foi Aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Faculdade de

Ciências da Saúde da Universidade de Brasília. As dúvidas com relação à assinatura do
TCLE ou os direitos do sujeito da pesquisa podem ser obtidos através do telefone: (61)
3107-1947.
( ) Estou assinando em meu nome.
( ) Estou assinando em nome do meu dependente legal.
92
______________________________________________
Nome / assinatura do voluntário ou responsável legal
______________________________________
_________________, ___ de __________de _________
Tel: (61) 3107-1947/ (61) 8334-8973/ (63) 8114-1174
93
ANEXO 5 – PROTOCOLO DE EXTRAÇÃO DE DNA
Extração de DNA pelo método Puregene (www.puregene.com)
Solução de Lise RBC
5 mM MgCl 2
1 mM EDTA pH 8,0
Solução de Lise Celular
10 mM Tris pH 7,5
1 mM EDTA pH 8,0
1% SDS
Solução de Precipitação de Proteína
7,5 M NH Ac
4
57,81g de acetato de amônia
Completar para 100mL de H O destilada

2
RBC
0,5 ml MgCl 1 M
2
0,2 ml EDTA 0,5 M

2
CLS
1 ml Tris 1 M
0,2 ml EDTA 0,5 M

94
10 ml SDS 10%

2
Outros Agentes Utilizados
Isopropanol 100%
Etanol 70%
Tampão TE 1X
Etapa 1 – Lise Celular
1. A dicionar 3 ml de sangue total a um tubo falcon de 15 ml contendo 9 ml da

solução de lise RBC. Inverter o tubo e incubar a temperatura ambiente por 10 minutos.
Inverter pelo menos uma vez mais durante a incubação;
2. Centrifugar por 10 minutos a 3400 rpm (2000g). Remover o sobrenadante

deixando um pellet visível de células brancas e 100-200 µl de líquido residual;
3. Vortexar o tubo vigorosamente para ressuspender as células brancas no

supernadante residual, o que facilita em muito a lise na etapa seguinte;
4. Adicionar 3 ml da solução de lise celular ao tubo contendo as células

ressuspendidas e misturar com pipeta de transferência diversas vezes até a solução ficar
homogênea. Após misturar, nenhum resíduo celular (ou aglomerado de células) deve ser
visível. Se houverem resíduos, incubar a 37ºC até a solução ficar homogênea. A amostra
é estável se armazenada nessa solução a temperatura ambiente por 18 meses.
Etapa 2 – Precipitação da Proteína
1. Resfriar a amostra até a temperatura ambiente;
2. Adicionar 1 ml da solução de precipitação de proteína ao lisado celular;
3. Vortexar vigorosamente por 20 segundos para misturar a solução uniformemente

com o lisado celular;
4. Centrifugar a 3400 rpm por 10 minutos. As proteínas precipitadas formarão um

pellet marrom escuro e compacto;
Etapa 3 – Precipitação do DNA
95
1. Transferir o sobrenadante contendo o DNA para um tubo falcon de 15 ml
contendo 3 ml de isopranol 100%;
2. Inverter o tubo lentamente cerca e 50 ve es até ue apareçam os “novelos” e

DNA;
3. Centrifugar a 3400 rpm por 3 minutos, o DNA será visível como um pellet
branco pequeno;
4. Retirar o sobrenadante e drenar o tubo em papel absorvente. Adicionar 3 ml de

etanol 70%. Inverter o tubo várias vezes para lavar o pellet de DNA;
5. Centrifugar a 3400 rpm por 1 minuto. Retirar o sobrenadante cuidadosamente. O

pellet poderá estar solto, por isso é preciso inverter o tubo lenta e cuidadosamente para
não perdê-lo;
6. Drenar o tubo em papel absorvente e deixar a amostra “secar” a temperatura

ambiente por 15 minutos;
Etapa 4 – Hidratação do DNA
1. Adicionar 200-250µl de tampão TE 1X (ou água) que resulta em uma

concentração aproximada de 400 µg/µl. Deixar o DNA hidratar neste tampão a
temperatura ambiente por 12-24 horas ou alternativamente, incubar o DNA a 65º C por
1 hora;
2. Armazenar o DNA a 2-8º C;
96
ANEXO 6 – AVALIAÇÃO QUANTITATIVA E QUALITATIVA DAS AMOSTRAS
DE DNA (utilizando o sistema NanoDrop™ 2000 - Thermo Scientific)
Amostra [ ] ng 260/280 260/230

DA_01 1017 1,87 2,06
DA_03 696 1,80 1,58
DA_04 435 1,82 1,34
DA_05 114 1,80 1,64
DA_06 559 1,84 1,54
DA_07 860 1,86 1,95
DA_08 351 1,87 1,53
DA_09 348 1,80 1,26
DA_10 336 1,83 1,39
DA_11 507 1,87 1,69
DA_12 286 1,78 1,09
DA_13 506 1,84 1,48
DA_15 338 1,89 1,88
DA_16 182 1,88 1,65
10581 959 1,81 1,69
10598 1067 1,86 1,89
10727 1002 1,84 1,83
10765 - - -
10921 521 1,85 1,75
10941 607 1,82 1,70
10970 835 1,84 2,01
11024 403 1,96 1,78
11089 278 1,86 1,55
11178 690 1,88 1,73
11284 1090 1,84 1,89
97
11289 769 1,84 1,99
11294 618 1,82 1,55
98
ANEXO 7 – PAINEL: GENES D.A.
Em verde destacam-se os genes associados a deficiência auditiva não

sindrômica; em laranja os associados a deficiência auditiva sindrômica; em negrito
destacam-se os genes associados a deficiência auditiva sindrômica e não sindrômica; em
sublinhado destacam-se os genes associados a deficiência auditiva ligada ao X.
AIFM1 COL11A2 GAB1
PRPS1 COMT2 GIPC3
ACTG1 CRYM GJA1
ADCY1 DCDC2 GJB2
BDNF DFNA5 GJB3
BDP1 DFNB31 GJB6
BSND DFNB59 GPSM2
CABP2 DIABLO GRAP
CCDC50 DIAPH1 GRHL2
CD164 DIAPH3 GRXCR1
CDC14A DSPP GRXCR2
CDH23 DMXL2 GSDME
CEACAM16 ELMOD3 HGF
CIB2 EPS8 HOMER2
CLDN9 EPS8L2 IFNLR1
CLDN14 ESPN ILDR1
CLIC5 ESRP1 KARS
COCH ESRRB KCNQ4
COL4A6 EYA4 KITLG
COL11A1 FAM65B LHFPL5
99
LMX1A OTOGL SLC26A5
LOXHD1 P2RX2 SLITRK6
LRTOMT PCDH15 SMAC
MARVELD2 PDE1C SMPX
MCM2 PDZD7 SPNS2
MET PJVK STRC
MIR96 PLS1 SYNE4
MT-CO1 PNPT1 TBC1D24
MT-RNR1 POU3F4 TECTA
MT-TS1 POU4F3 TJP2
MPZL2 PPIP5K2 TMC1
MSRB3 PRPS1 TMEM132E
MYH9 PTPRQ TMIE
MYH14 RDX TMPRSS3
MYO1A RIPOR2 TNC
MYO3A REST TPRN
MYO6 ROR1 TRIOBP
MYO7A S1PR2 TRRAP
MYO15A SCD5 TSPEAR
NARS2 SERPINB6 USH1C
NLRP3 SIX1 WBP2
OSBPL2 SLC12A2 WFS1
OTOA SLC17A8 WHRN
OTOF SLC22A4 ABHD12
OTOG SLC26A4 ADGRV1
100
ALMS1 ERAL1 POLR1C
ANKH EYA1 POLR1D
ATP6V1B1 FGF3 SALL1
BCS1L FOXI1 SANS
BTD GATA3 SEMA3E
C10orf2 GPR98 SIX5
CACNA1D HARS SLC19A2
CD151 HARS2 SLC52A2
CDKN1C HOXB1 SLC52A3
CHD7 HSD17B4 SMAD4
CHSY1 KCNE1 SNAI2
CLPP KCNJ10 SOX10
CLRN1 KCNQ1 TCOF1
COL2A1 KIT TFAP2A
COL4A3 LARS2 TIMM8A
COL4A4 LRP2 TWNK
COL4A5 MAN2B1 TYR
COL9A1 MANBA USH1G
COL9A2 MGP USH2A
COL9A3 MITF VCAN
DCAF17 NDP VLGR1
DLX5 PAX3
DNMT1 PEX1
EDN3 PEX6
EDNRB PEX26
101

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Universidade de Brasília

Instituto de Ciências Biológicas

SAMYRA ESPÍNDOLA LIMA

Busca da etiologia genética de casos de deficiência auditiva

Orientadora: Prof. Dra. Silviene Fabiana de Oliveira

Busca da etiologia genética de casos de deficiência auditiva

Universidade de Brasília (UnB)

À Universidade de Brasília e ao Programa de Pós Graduação em Biologia Animal pela

Aos médicos dos ambulatórios de Genética e de Otorrinolaringologia do Hospital

Aos meus pais, pelo amor, incentivo е apoio incondicional.

Meus agradecimentos aos amigos, companheiros de trabalho e irmãos na amizade que

A todos que direta ou indiretamente fizeram parte desse projeto.

O degrau de uma escada não serve

simplesmente para que alguém

permaneça em cima dele, destina-se

a sustentar o pé de um homem pelo

tempo suficiente para que ele

coloque o outro um pouco mais alto.

A deficiência auditiva é caracterizada como a dificuldade em perceber e ou

Palavras chaves: deficiência auditiva sindrômica, deficiência auditiva não sindrômica,

Hearing impairment is the difficulty in understanding and or interpreting sound,

Keywords: syndromic hearing loss, nonsyndromic hearing loss, 35delG, exome

Figura 1. Anatomia da orelha externa, média e interna. Imagem modificada de Bear,

Figura 2. Corte transversal da cóclea. A. Enrolada ao redor do núcleo ósseo, a cóclea

Figura 3. Banco de dados de literatura da Plataforma Franklin. Em destaque, no

Figura 4. Eletroferograma do paciente DA_06. Em destaque, no retângulo vermelho, é

Figura 5. Eletroferograma do paciente DA_15. Em destaque, no retângulo vermelho, é

Figura 6. Eletroferograma do paciente 11284. Em destaque, no retângulo vermelho, é

Figura 7. Heredograma da família do paciente 10581 .................................................. 44

Figura 8. Variante c.338C>T identificada em heterozigose com alelo de referência no

Figura 9. Variante c.863 A>T identificada em homozigose com alelo de referência no

Figura 10. Heredograma da família do paciente 10727 ................................................ 47

Figura 11. Variante c.127G>T em heterozigose com o alelo referência identificada no

Figura 12. Heredograma da família do paciente 10765 ................................................ 50

Figura 13. Variantes c.145C>T e c.146C>T identificadas no gene GSDME do paciente

Figura 14. Heredograma da família do paciente 10941 ................................................ 52

Figura 16. Variante c.1143_1176delCCTGAACAGCATGTTTGAGGTGTACTTGGTGGGG

Figura 17. Variante c.3579+2T>C identificada em heterozigose com alelo de referência

Figura 18. Heredograma da família da paciente 10970 ................................................ 54

Figura 21. Variante c.692T>C identificada em heterozigose com alelo de referência no

Figura 22. Heredograma da família do paciente 11089 ................................................ 57

Figura 23. Variante c.1523C>T identificada no gene EYA1 do paciente 11089 em

Figura 24. Variante c.737C>T identificada no gene PTEN do paciente 11089 em

Figura 25. Heredograma da família do paciente 11178 mostrando a segregação de

Figura 26. Variante c.1230G>A em heterozigose com o alelo de referência identificada

Figura 27. Heredograma da família do paciente 11284 ................................................ 63

Figura 28. Variante c.35delG em heterozigose com alelo referência identificada no

Figura 30. Variante c.15142C>T identificada em heterozigose com o alelo referência

Figura 31. Variante c.396A>C identificada em hemizigose no gene F8 do paciente

Figura 32. Heredograma da família da paciente 11289 ................................................ 67

Figura 33. Deleção de 9.4kb em homozigose englobando os genes STRC, CKMT1B,

Figura 34. Heredograma da família do paciente 11294 ................................................ 69

Figura 35. Variante c.1081C>T identificada em heterozigose com alelo de referência

Figura 36.Variante c.1040C>T identificada em heterozigose com o alelo referência no

Figura 37. Heredograma do paciente 10921 ................................................................. 71

Figura 38. Heredograma do paciente 11024 ................................................................. 73

Figura 39. Heredograma do paciente 10598 ................................................................. 74

Quadro 1. Classificação da deficiência auditiva ........................................................... 18

Quadro 2. Diferenciação entre os quadros fenotípicos da Síndrome de Waardenburg e