Karierę piłkarską Baumeister rozpoczął w klubie SV Wienerfeld. Następnie przeszedł do Austrii Wiedeń. W sezonie 1974/1975 zadebiutował w jego barwach w austriackiej Bundeslidze, a od sezonu 1976/1977 był podstawowym zawodnikiem zespołu. Swój pierwszy sukces z Austrią osiągnął w 1976 roku, gdy wywalczył mistrzostwo Austrii. Natomiast w 1977 roku zdobył pierwszy w karierze Puchar Austrii. Kolejne siedem tytułów mistrza kraju wywalczył w latach 1978, 1979, 1980, 1981, 1984, 1985 i 1986. Natomiast w latach 1980, 1982 i 1986 zdobył trzy krajowe puchary. W 1978 roku wystąpił w przegranym 0:4 finale Pucharu Zdobywców Pucharów z Anderlechtem. W Austrii od 1974 do 1987 roku rozegrał 330 meczów i strzelił 45 goli.
W 1987 roku Baumeister przeszedł do Admiry Wacker Wiedeń. Tam grał przez 2,5 roku i na początku 1990 roku przeszedł do Kremser SC, z którym spadł do drugiej ligi. W latach 1990–1992 grał w LASK Linz. Karierę zakończył w 1996 roku w amatorskim SV Traun.
.jpg)
