仮想86モードを切るのはつまり、DOSアプリを切るってこと。さすがに1998年にもなれば、x64OSからDOSアプリの互換性を要求する意味はないとAMDが判断しても無理はない。vmwareでも使ってろ、みたいな。
Win16はプロテクトモードなのでCPU的にはx64でも動く。Windows側でWin16互換性を持たせるのが大変で面倒だからMSがやらなかっただけ。32bit dllと64bit dllを同一プロセスで混ぜれないのと同じように、Windowsのアーキテクチャデザイン上の決心なわけで、AMDとx64は関係ないのよ。