Bernie Ibini-Isei groeide op in Sydney. Hij won een Gouden Schoen in de Australische jeugdcompetitie met Central Coast Mariners. Ibini-Isei werd overgenomen door Shanghai SIPG als de duurste aankoop van een jeugdspeler in Azië ooit. Door deze club werd hij een aantal maanden uitgeleend aan zijn oude club Central Coast Mariners na het overlijden van zijn vader.
Ibini-Isei kwam uit voor de Australische voetbalelftallen onder 20 en onder 23. In de zomer van 2015 versierde hij een transfer naar de Belgische club Club Brugge. Tijdens de voorbereiding viel hij echter meteen uit met een kuitbeenbreuk. Hij kwam dat seizoen niet meer in actie.