De vereniging werd op 21 augustus 1925 opgericht onder de naam Noordbarge Emmen Combinatie (NEC). In 1927 werd de huidige naam voetbalvereniging Emmen aangenomen. Uit de club ontstond in 1988 de profvoetbalclub BVO Emmen, later gewijzigd tot FC Emmen.
In de beginjaren speelde Emmen op een terrein waar het Noorder Dierenpark was gevestigd. De ingang was aan de Sterrenkamp. Op 20 november 1932 werd een echt sportpark in gebruik genomen op een grondstuk naast het oude terrein dat aan de familie Willinge toebehoorde: de Willinge's Kampen. In 1936 werd met de bouw van een sportterrein aan de Kerkhoflaan begonnen en op 1 februari 1937 werd het officieel in gebruik genomen. Hier verbleef Emmen van 1937 tot 1977 toen de vereniging verhuisde naar de Meerdijk. Tegenwoordig speelt de amateurvereniging op sportpark "De Meerdijk" naast het stadion van FC Emmen.
Het standaardelftal speelde laatstelijk in het seizoen 2022/23 in de Eerste klasse zondag van het KNVB-district Noord na degradatie uit de landelijke Hoofdklasse het seizoen ervoor. Voor het seizoen 2023/24 trok het zich terug voor prestatievoetbal vanwege een gebrek aan spelers.[1]
Dit elftal speelde 28 seizoenen op het hoogste amateurniveau. Van 1946/47-1948/49 en van 1960/61-1973/74 in de Eerste klasse en van 194/75-1984/85 in de Hoofdklasse. Voor het seizoen 1985/86 werd de overstap naar het profvoetbal gemaakt. De amateurafdeling keerde drie seizoenen later terug met een standaardelftal. In het seizoen 2019/20 keerde het terug in de Hoofdklasse, inmiddels wel het derde amateurniveau.
De A-junioren van VV Emmen (tegenwoordig de onder 19 categorie) werd in het seizoen 1975/76 landskampioen. De hoogste jeugdploeg kwalificeerde zich tien keer voor de kampioenscompetitie om de landstitel, de eerste keer was in 1962.
Jarenlang werkten FC Emmen en VV Emmen samen met de jeugdopleiding. Voor het seizoen 2005/06 is deze samenwerking stopgezet. FC Emmen werkte van 2009 tot en met 2012 samen met sc Heerenveen maar staat sinds 2012/13 weer op eigen benen. Met de amateur vereniging Emmen wordt nauw samengewerkt. De selectie-elftallen van de vv Emmen komen uit op divisie-niveau.
