Den danskfødte naturforskeren Jens Esmark virket i flere år på Kongsberg som embetsmann ved den norske bergverksforvaltningen og lærer ved Bergseminaret. Siden ble han den første professor i bergvitenskap ved det nye universitetet i Christiania. Esmark gjorde sin fremste innsats innen mineralogi, men han har også bidratt med observasjoner innen meteorologi. Han var den første som erkjente at Norge har hatt istider, selv om han plasserte dem feilaktig i tid.
Esmarks far ønsket at sønnen skulle bli prest som han selv, og motarbeidet hans tidlige interesse for kjemi og annen naturvitenskap. Gutten tilkjempet seg likevel kunnskaper, trosset faren og begynte å studere medisin og naturvitenskap. En av hans lærere var professor Morten Thrane Brünnich, som siden ble knyttet til bergetaten i Norge, fra 1791 som overberghauptmann på Kongsberg. Esmark ble senere Brünnichs svigersønn.
Ledelsen ved Sølvverket ønsket på denne tiden å rekruttere en dyktig student til bergvesenet gjennom opphold på Kongsberg og en toårig studiereise til utenlandske bergverk. På anbefaling fra professor Brünnich la statsmyndighetene planer for et fremtidig virke for Esmark innen bergverksforvaltningen, og sendte ham 1789 til Kongsberg for å studere ved Bergseminaret, der han tok eksamen 1791. Deretter fullførte han studiene i København med geometrisk og juridisk eksamen og ble antatt som landmåler.
Til datidens utdannelse av ledende bergmenn hørte gjerne en lengre utenlandsreise, og Esmark fikk stipend av staten for å reise til mellomeuropeiske bergverk og bergvitenskapelige institusjoner. Han oppholdt seg lenge i Freiberg i Sachsen, der han studerte mineralogi og geologi ved Bergakademiet under den berømte professor Abraham Gottlob Werner. Esmark ble siden livet igjennom en trofast forkjemper for Werners geologiske teori, den såkalte “neptunismen”, som betraktet dannelse av bergarter som i hovedsak skjedd ved avsetninger under vann. Esmark studerte også mineralanalyse i Schemnitz (nå Banska Stiavnica i Slovakia), og foretok en lengre studiereise til bergverk i Sachsen, Böhmen, Slovakia, Ungarn, Siebenbürgen, Banat, Polen og Schlesien. Tilbake i Freiberg offentliggjorde han utdrag av sine reiseopptegnelser, spesielt av mineralogisk og geologisk art. Skriftet Kurze Beschreibung einer mineralogischen Reise durch Ungarn, Siebenbürgen und den Bannat utkom i Freiberg 1798 og gjorde Esmark kjent i det bergvitenskapelige miljø.
Ved hjemkomsten til Danmark ble Esmark 1797 utnevnt til assessor i Overbergamtet på Kongsberg, og mars 1802 ble han i tillegg til sitt embete i bergverksforvaltningen også utnevnt til lektor i mineralogi, fysikk og kjemi ved Bergseminaret. Overbergamtet var også direksjon for Sølvverket, som den gang var landets største bergverk. Det hadde lenge vært drevet med store underskudd, og ble nedlagt 1805. Esmark fikk i likhet med noen kolleger tillatelse til å drive enkelte gruver og pukkverk videre for egen regning, men driften gikk dårlig, og tillatelsene ble trukket tilbake 1815. Da hadde Esmark allerede gått over i en ny stilling, idet han 1814 ble utnevnt til professor i bergvitenskap ved det nye universitetet i Christiania. Året etter flyttet han fra Kongsberg og tok med seg samlingene til Bergseminaret, som dermed var nedlagt. Esmarks flytting markerer overføringen av landets høyere tekniske undervisning fra Kongsberg til hovedstaden. 1912 ble bergingeniørstudiet flyttet videre fra Kristiania til NTH i Trondheim.
Esmark var en dyktig mineralog og praktisk kjemiker. Han oppdaget to nye mineraler, datolitt og tellurvismutitt, det siste publiserte han et notat om i Storbritannia. Innen geologien stod han trofast på sin gamle lærer Werners synspunkter, “med halsstarrighet”, som den berømte svenske kjemiker J. J. Berzelius skrev i hans nekrolog, selv om disse teoriene etter hvert ble foreldet innen fagets utvikling. Esmark er kjent for å ha vært den første som har påvist at det har vært istid i Norge, selv om han plasserte den altfor langt tilbake i tid. Han drev også med høydemålinger av fjelltopper og meteorologiske observasjoner, og hans observasjoner fra Christiania for årene 1816–38 har betydning som den eldste komplette serien av meteorologiske observasjoner fra vår hovedstad. Hans siste bok, Reise fra Christiania til Trondhjem (1829), inneholder geologiske reiseobservasjoner. Esmark var medlem av en rekke vitenskapelige selskaper i inn- og utland. 1832 ble han utnevnt til ridder av den svenske Vasaorden.