Prielaidas sukurti Burgundijos apygardą sudarė tai, kad šias teritorijas XV a. į dinastinę imperiją apjungė Burgundų Valua dinastija, kilusi iš Burgundijos kunigaikštystės. 1477 m., kuomet pastaroji buvo prijungta prie Prancūzijos, likusias teritorijas paveldėjo Habsburgai. Pirmasis jų buvo Maksimilianas, o vėliau sostą paveldėjo Karolis V. Jo valdymo metais, antrosios administracinės imperijos reformos metu 1512 m., buvo suformuota Burgundijos apygarda. Iki 1548 m. ji stipriai išsiplėtė, ir tuomet ją sudarė 19 feodalinių valstybių. 17 iš jų buvo vadinamos Septyniolika provincijų, o likusios buvo Burgundijos grafystė ir laisvasis miestas Bezansonas.
1648 m. šios provincijos prisijungė dar ir dalį kitų kunigaikštysčių šiaurėje. 1659 m. Prancūzija prisijungė Artua, o 1678 m. − Burgundijos kunigaikštystes (kartu su Bezansonu). Apygardos likučiai (7 valstybėlės) buvo žinomos kaip Ispanijos Nyderlandai. Apygarda galutinai panaikinta, kuomet Ispanijos Nyderlandai 1790 m. buvo aneksuoti Prancūzijos.