Olav døde da han var 17 år, i 1387. Da ble Margrete valgt til å styre Norge og Sverige. Hun fortsatte også å styre Danmark. Hun ville at hennes slektning, Erik av Pommern, skulle styre Kalmarunionen, og han ble valgt til felles konge. Men Erik var også veldig ung, og det var egentlig Margrete som styrte de tre nordiske landene fram til hun døde i 1412.
I unionen hadde landene felles monark og felles utenrikspolitikk. Men hvert land hadde egne lover og styrte seg selv. Margrete bodde i Danmark, og ledet Kalmarunionen derfra. Men hun reiste også flere ganger til både Sverige og Norge. Hun mente at Norge, Sverige og Danmark var mye tryggere mot angrep fra andre land når de var samlet. Hun var også villig til å krige for å få tilbake områder landene hadde tapt, for eksempel Slesvig, som i dag ligger i Tyskland.