Il club venne fondato nel 1936 come Futbol'nyj Klub Lokomotiv Samtredia[1]. Da allora fino alla dissoluzione dell'Unione Sovietica ha partecipato al campionato sovietico di calcio, senza mai raggiungere i primi due livelli. Nel 1972 ha vinto il campionato georgiano sovietico[2]. Dal 1973 al 1989 ha partecipato continuativamente alla Vtoraja Liga, la terza serie del campionato sovietico di calcio[3].
Nel 1990 venne organizzato il primo campionato nazionale georgiano, la Umaglesi Liga, a cui la squadra prese parte con la nuova denominazione di Sapekhburto K'lubi Sanavardo Samt'redia[1] e concludendo il campionato al dodicesimo posto. Nei due anni successivi il club cambiò denominazione prima in Samt'redia e poi in Lokomotivi Samt'redia, per poi tornare a Samt'redia nel 1993[1]. Nella stagione 1994-1995 il Samt'redia concluse il campionato al secondo posto a soli quattro punti di distanza dalla Dinamo Tbilisi, risultato che gli valse l'ammissione alla Coppa UEFA per l'edizione 1995-1996[1]. La prima partecipazione ad una competizione europea terminò al turno preliminare con la doppia sconfitta patita per mano dei macedoni del Vardar. Nella stagione 1996-1997 arrivò la prima retrocessione in Pirveli Liga, la seconda serie del campionato georgiano di calcio. Nel decennio successivo il club ebbe alti e bassi, con il ritorno in Umaglesi Liga per tre stagioni dal 1998 al 2001, ma anche con qualche partecipazione alla Meore Liga, la terza serie nazionale. Negli stessi anni il club cambiò denominazione più volte in Juba Samt'redia, Iberia Samt'redia, Lokomotivi Samt'redia, Samt'redia e nuovamente Lokomotivi Samt'redia[1]. Nel 2006 dopo la promozione in Pirveli Liga il club tornò ancora alla denominazione Sapekhburto K'lubi Samt'redia[1]. Nella stagione 2015-2016 il Samt'redia concluse il campionato di Umaglesi Liga al secondo posto dietro alla Dinamo Tbilisi, guadagnando così l'accesso alla UEFA Europa League per l'edizione 2016-2017. Come nella prima partecipazione a una competizione UEFA, anche questa volta l'avventura europea si concluse al primo turno preliminare con l'eliminazione ad opera degli azeri del Qəbələ. Nel 2016 la stagione di transizione al nuovo formato della Umaglesi Liga vide il Samt'redia vincere il gruppo rosso ed accedere alla finale per il titolo contro il Chikhura Sachkhere: dopo aver vinto la gara di andata in casa per 2-0, riuscì a difendere il vantaggio nella gara di ritorno, vincendo per la prima volta il campionato georgiano[4]. Grazie a questo successo il Samt'redia ha guadagnato l'accesso per la prima volta alla UEFA Champions League per l'edizione 2017-2018, venendo eliminato subito al secondo turno preliminare dagli azeri del Qarabağ.