Nonostante abbia vissuto momenti nei quali si è temuto il peggio per la sopravvivenza stessa del club, la storia del Newport County A.F.C., accompagnata costantemente dall'affetto dei suoi tifosi, presenta aspetti degni di nota. Si è soliti far risalire le radici storiche del calcio a Newport all'inizio del 900, quando lavoratori impiegati nell'industria siderurgica tentarono di fondare un club calcistico. Nonostante il fatto che in quel periodo a livello sportivo la città fosse maggiormente considerata per il rugby, nella stagione 1906-07 un club denominato Newport FC si piazzò al secondo posto nella Second Division della Western Football League. Disgraziatamente questo club chiuse i battenti di lì a poco a causa dell'instabilità finanziaria. Solo nel 1912 nacque a livello embrionale il Newport County, con la denominazione di "Newport & Monmouth County FC". In questo periodo pre-bellico il campo di gioco fu quello di Somerton Park e la squadra militò nella Second Division della Southern League.
Nella stagione 1919-20, alla fine del conflitto, la squadra giocò in First Division, che un anno più tardi in seguito alla ristrutturazione del campionato venne rinominata Third Division, nell'ambito di un quadro calcistico più ampio quanto a numero di squadre. Nel 1931, in seguito a persistenti problemi economici legati alla durissima crisi figlia del crollo del '29, il club perse l'affiliazione. Un anno dopo riottenne l'iscrizione, ma fu solo nella stagione 1938-39 che arrivò il vero salto di qualità, con la guida di Billy McCandless, che si tradusse nel raggiungimento della promozione in Second Division. Il debutto in categoria superiore fu dei più promettenti, potendo vantare la squadra una vittoria contro il
Southampton ed un pareggio contro il Tottenham. Tuttavia, lo scoppio della Seconda guerra mondiale impose alla federazione la cancellazione dei campionati mentre il Newport veleggiava a metà classifica.
L'immediato dopoguerra non fu dei migliori, se si considera che nella stagione 1946-1947 il Newport subì rovinose sconfitte interne ed esterne ad opera di West Bromwich Albion e Newcastle United (2-7 e 13-0, rispettivamente). Le annate successive furono caratterizzate da risultati che videro la squadra stazionare tranquillamente a metà classifica. Inserita nel 1958 nella nuova Third Division, la compagine di Newport retrocesse in Fourth Division quattro stagioni più tardi e per ben 18 anni stazionò nel limbo del calcio britannico. Con l'avvento alla guida della squadra di Colin Addison e, più tardi, di Len Ashurst, il Newport County conobbe il periodo più radioso della sua storia, tanto che nel 1980 ottenne una promozione e la vittoria in coppa nazionale, grazie a uomini come John Aldridge, Keith Oakes e Tommy Tynan. Il club si comportò assai bene in Third Division, e fu autore di un'impresa straordinaria in Coppa delle Coppe, quando si arrese nei quarti di finale al Carl Zeiss Jena (ex Germania Est), pareggiando in trasferta 2-2 e perdendo 0-1 una partita stregata di fronte a 18000 spettatori. Nel 1983 i Gallesi sfiorano la promozione in Division Two senza raggiungerla ed ebbe inizio un lento declino, che si concretizzò con la retrocessione in Fourth Division nel 1988. Il Newport tentò di sopravvivere economicamente ma venne prima sospeso e poi escluso dal campionato mentre gli Ufficiali Giudiziari assediavano Somerton Park.
Grazie alla passione ed al desiderio di pochi tifosi vogliosi di ridare lustro calcistico alla città gallese, nel mese di Giugno del 1989 venne fondato il Newport A.F.C., che ottenne l'iscrizione alla Hellenic Football League ma fu costretto a giocare a Moreton-in-Marsh le partite casalinghe: da qui deriva l'appellativo di "Exiles" ("esuli"). La doppia vittoria in Campionato e Coppa di Lega vide il club iscriversi alla Midland Division della Southern League e tornare a giocare a Somerton Park. Due anni dopo il club non subì più sanzioni disciplinari per il fatto di aderire al sistema piramidale del calcio inglese, pur essendo una compagine del Galles.
L'apice di questo travagliato percorso fu raggiunto quando, nel 1994, l'Alta Corte stabilì che il Newport A.F.C. poteva giocare presso l'impianto sportivo cittadino di Spytty Park ed accedere senza vincoli al sistema piramidale del calcio inglese. Nel 1999 la squadra venne rinominata Newport County A.F.C. e cinque anni più tardi entrò in Conference League. Nella stagione 2009-2010 la squadra ha ottenuto la promozione nella Conference National, categoria nella quale militava nel 1989 prima del fallimento e dove affronterà il Wrexham.
Può vantare un settore giovanile di tutto rilievo rispetto allo standard della divisione di
appartenenza, ed il suo sito ufficiale è considerato il migliore della Southern Conference stessa. Recentemente ha anche conquistato la FAW Premier Cup battendo in finale il Llanelli 1-0. Da citare la storica rivalità con Merthyr Tydfil F.C. e Cardiff City.