Numba di array Numpy bersarang

Markus 2019-07-12 05:12.

Mendirikan

Saya memiliki dua implementasi perhitungan matriks berikut:

Implementasi pertama menggunakan a matrix of shape (n, m)dan kalkulasi diulangi dalam for-loop for repetition-times:

import numpy as np
from numba import jit

@jit
def foo():
    for i in range(1, n):
        for j in range(1, m):

            _deleteA = (
                        matrix[i, j] +
                        #some constants added here
            )
            _deleteB = (
                        matrix[i, j-1] +
                        #some constants added here
            )
            matrix[i, j] = min(_deleteA, _deleteB)

    return matrix

repetition = 3
for x in range(repetition):
    foo()

2. Implementasi kedua menghindari loop-for ekstra dan, karenanya, termasuk repetition = 3ke dalam matriks, yang kemudian dari shape (repetition, n, m):

@jit
def foo():
    for i in range(1, n):
        for j in range(1, m):

            _deleteA = (
                        matrix[:, i, j] +
                        #some constants added here
            )
            _deleteB = (
                        matrix[:, i, j-1] +
                        #some constants added here
            )
            matrix[:, i, j] = np.amin(np.stack((_deleteA, _deleteB), axis=1), axis=1)

    return matrix

Pertanyaan

Mengenai kedua implementasi tersebut, saya menemukan dua hal terkait kinerjanya dengan %timeitiPython.

Keuntungan implementasi pertama sangat besar @jit, sedangkan yang kedua tidak sama sekali (28ms vs. 25sec dalam kasus percobaan saya). Adakah yang bisa membayangkan mengapa @jittidak bekerja lagi dengan bentuk numpy-array (repetition, n, m)?

Edit

Saya memindahkan pertanyaan kedua yang sebelumnya ke posting tambahan karena mengajukan beberapa pertanyaan dianggap gaya SO yang buruk.

Pertanyaannya adalah:

Saat mengabaikan @jit, implementasi pertama masih jauh lebih cepat (kasus uji yang sama: 17 detik vs. 26 detik). Mengapa numpy lebih lambat saat mengerjakan tiga dimensi, bukan dua dimensi?

python arrays numpy matrix numba

1 answers

JoshAdel 2019-07-12 06:07.

Saya tidak yakin apa penyiapan Anda di sini, tetapi saya menulis ulang sedikit contoh Anda:

import numpy as np
from numba import jit

#@jit(nopython=True)
def foo(matrix):
    n, m = matrix.shape
    for i in range(1, n):
        for j in range(1, m):

            _deleteA = (
                        matrix[i, j] #+
                        #some constants added here
            )
            _deleteB = (
                        matrix[i, j-1] #+
                        #some constants added here
            )
            matrix[i, j] = min(_deleteA, _deleteB)

    return matrix

foo_jit = jit(nopython=True)(foo)

dan kemudian pengaturan waktu:

m = np.random.normal(size=(100,50))

%timeit foo(m)  # in a jupyter notebook
# 2.84 ms ± 54.2 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)

%timeit foo_jit(m)  # in a jupyter notebook
# 3.18 µs ± 38.9 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100000 loops each)

Jadi di sini numba jauh lebih cepat seperti yang diharapkan. Satu hal yang perlu dipertimbangkan adalah bahwa array numpy global tidak berperilaku di numba seperti yang Anda duga:

https://numba.pydata.org/numba-doc/dev/user/faq.html#numba-doesn-t-seem-to-care-when-i-modify-a-global-variable

Biasanya lebih baik untuk meneruskan data seperti yang saya lakukan pada contoh.

Masalah Anda dalam kasus kedua adalah numba tidak mendukung aminsaat ini. Lihat:

https://numba.pydata.org/numba-doc/dev/reference/numpysupported.html

Anda dapat melihat ini jika Anda lolos nopython=Trueke jit. Jadi dalam versi numba saat ini (0,44 atau sebelumnya saat ini), itu akan kembali ke objectmodeyang seringkali tidak lebih cepat daripada tidak menggunakan numba dan terkadang lebih lambat karena ada beberapa overhead panggilan.

Japanese Spanish German French Thai Portuguese Russian Vietnamese Italian Korean Turkish Indonesian Polish Hindi

MORE COOL STUFF

Jana Duggar: Semua yang Dia Katakan Tentang Cinta dan Jendela 5 Tahunnya untuk Menemukan 'Yang Satu'

Jana Duggar terbuka tentang pencarian cintanya. Inilah semua yang dia katakan tentang topik dan jendela lima tahun untuk menikah.

2023-06-12.

Sam Heughan Tahu Persis Apa yang Akan Dia Ambil Dari Set 'Outlander' - 'Saya Merasa Seperti Saya Jamie Ketika Saya Memakainya'

Bintang 'Outlander' Sam Heughan baru-baru ini mengungkapkan apa yang akan dia ambil dari lokasi syuting untuk mengingat Jamie Fraser, peran yang membuatnya menjadi bintang.

2023-06-12.

Lagu The Early Beatles yang Menjadi Salah Satu 'Penampilan Paling Menyenangkan' Band, Menurut Fab Four Insider

'She Loves You' ditulis dalam satu jam, direkam dalam sehari, dan merupakan lagu The Beatles dengan salah satu penampilan terbaik dalam karir mereka.

2023-06-11.

Dolly Parton Membantu Neneknya yang 'Cacat' Ketika Tidak Ada Cucu Lain yang Mau—Dia Juga Mengerjainya

Dolly Parton dan Nenek Bessie memiliki hubungan khusus. Nenek Parton sakit parah, tapi itu tidak menghentikan Dolly untuk mengerjainya.

2023-06-11.

10 Makhluk Laut Paling Menakutkan yang Mengintai di Kedalaman Laut

Lautan memang penuh keindahan, tetapi juga menyembunyikan beberapa makhluk laut paling menakutkan di planet ini. Banyak dari hewan ini bersembunyi jauh di bawah permukaan laut, di dunia laut dalam yang gelap dan bertekanan tinggi.

2025-10-29.

10 Pesona Pedang Terbaik di Minecraft

Jika Anda sedang melawan monster musuh atau bersiap untuk skenario PvP, mengetahui pesona pedang terbaik di Minecraft dapat memberi Anda keuntungan besar. Memikat pedang memungkinkan Anda menghasilkan lebih banyak kerusakan, meningkatkan jumlah monster yang dijatuhkan, dan memperpanjang daya tahan pedang Anda.

2025-10-29.

13 Negara Sosialis yang Terlihat Sangat Berbeda Satu Sama Lain

Ketika orang berbicara tentang negara sosialis, mereka sering membayangkan kendali penuh pemerintah dan tanpa kepemilikan swasta. Namun dalam praktiknya, ekonomi sosialis sangat bervariasi.

2025-10-29.

Pertunjukan Black Panther Marvel Akan Menjadi Pertunjukan Animasi Paling Penting

Eyes of Wakanda terhubung langsung dengan MCU, ditambah pembaruan tentang X-Men '97, What If..., Daredevil, dan banyak lagi.

2024-07-03 19:03.

Pemeran Laguna Beach: Di Mana Mereka Sekarang?

'Laguna Beach' mengikuti kehidupan siswa sekolah menengah Lauren Conrad, Kristin Cavallari, Stephen Colletti, dan banyak lagi pada pertengahan tahun 2000-an. Berikut ini adalah tempat tinggal para pemeran serial realitas MTV tersebut sekarang.

2024-07-15.

Riwayat Kencan Ava Gardner: Melihat Kembali Pernikahan dan Kisah Asmara Sang Ikon Hollywood

Ava Gardner pernah menikah dengan Mickey Rooney dan Frank Sintra, dan ia pernah berpacaran dengan beberapa bintang Hollywood lainnya. Berikut ini kilas balik riwayat berpacaran Ava Gardner.

2024-06-23.

3 Cara Terbukti untuk Meningkatkan Keterampilan Menulis Anda

Manfaat menulis, dan strategi untuk membantu Anda melakukannya

Di tahun 2022, dengan dirilisnya GPT-3, kemampuan menulis sepertinya menjadi kurang penting. Dengan AI, orang dengan tulisan yang buruk juga dapat menghasilkan staf yang berkualitas.

Erosi Lambat: Mengungkap Cara Orang Menghilang dalam Kariernya

Di dunia yang serba cepat dan kompetitif saat ini, karier seseorang memainkan peran penting dalam pertumbuhan pribadi, stabilitas keuangan, dan kepuasan hidup secara keseluruhan. Namun, banyak orang menemukan diri mereka terjebak dalam siklus stagnasi dan ketidakpuasan tanpa henti, secara bertahap menyia-nyiakan kehidupan profesional mereka.

Apa yang membuat podcast berpengaruh?

Minggu lalu saya melihat siaran pers, dikirim melalui PressGazette (situs web berita media Inggris). Artikel tersebut mengumumkan bahwa Acast, perusahaan hosting dan periklanan podcast Scandi, akan memimpin konsorsium penerbit "mungkin yang paling berpengaruh" dalam podcasting.

Language

Japanese

Spanish

German

French

Thai

Portuguese

Russian

Vietnamese

Italian

Korean

Turkish

Indonesian

Polish

Hindi

Numba di array Numpy bersarang

1 answers

Related questions

MORE COOL STUFF

Jana Duggar: Semua yang Dia Katakan Tentang Cinta dan Jendela 5 Tahunnya untuk Menemukan 'Yang Satu'

Sam Heughan Tahu Persis Apa yang Akan Dia Ambil Dari Set 'Outlander' - 'Saya Merasa Seperti Saya Jamie Ketika Saya Memakainya'

Lagu The Early Beatles yang Menjadi Salah Satu 'Penampilan Paling Menyenangkan' Band, Menurut Fab Four Insider

Dolly Parton Membantu Neneknya yang 'Cacat' Ketika Tidak Ada Cucu Lain yang Mau—Dia Juga Mengerjainya

Apa Kayu Terkeras di Dunia?

10 Makhluk Laut Paling Menakutkan yang Mengintai di Kedalaman Laut

10 Pesona Pedang Terbaik di Minecraft

13 Negara Sosialis yang Terlihat Sangat Berbeda Satu Sama Lain

Rekap The Bear: Apakah Marcus pria yang paling baik hati, paling lembut, dan paling tulus di Chicago?

Dengan Harga $9.800, Maukah Anda 'Mengemasnya' di Toyota RAV4 2008 Tujuh Tempat Duduk Ini?

Van Pengiriman Amazon Menyala dalam Ledakan Berapi-api Selama Musim Panas di Houston

Pertunjukan Black Panther Marvel Akan Menjadi Pertunjukan Animasi Paling Penting

Pemeran Laguna Beach: Di Mana Mereka Sekarang?

Riwayat Kencan Ava Gardner: Melihat Kembali Pernikahan dan Kisah Asmara Sang Ikon Hollywood

Siapakah Istri John Cleese? Semua Tentang Jennifer Wade

Siapakah Istri Dog Sang Pemburu Bayaran? Semua Tentang Francie Frane

kata ganti itu sangat menakutkan

3 Cara Terbukti untuk Meningkatkan Keterampilan Menulis Anda

Manfaat menulis, dan strategi untuk membantu Anda melakukannya

Erosi Lambat: Mengungkap Cara Orang Menghilang dalam Kariernya

Apa yang membuat podcast berpengaruh?

Language