Սան Տոմեն, Սան Տոմե և Պրինսիպիի մայրաքաղաքն է, նույնանուն մարզի և Ագուա Գրանդե շրջանի վարչական կենտրոնը։ Քաղաքի անվանումը թարգմանվում է պորտուգալերենից որպես «Սուրբ Թովմաս»։ Այդպես է անվանվել Թովմաս առաքյալի պատվին[2]։
Երկրի բնակչության մեկ երրորդից ավելին ապրում են մայրաքաղաքում։ Բնակչությունը՝ ▲71 868 մարդ (2015)[1]:
Ինչպես ետգաղութատիրական շրջանի Աֆրիկայի երկրների մեծ մասում, այստեղ նույնպես արձանագրվել է բնակչության թվաքանակի կտրուկ աճ՝ տնտեսության ու ենթակառուցվածքների զգալի հետամնացության և մինչև անգամ ետընթացի խորապատկերի վրա[6]։ Բնակչության ընդհանուր թվաքանակի մեջ մինչև 25 տարեկանները շուրջ 65% են կազմում։