במהלך מלחמת העולם השנייה חברת התעופה פעלה כפי שהורה מזכיר המדינה לאוויר, בתחילה כשירות התובלה של חיל האוויר המלכותי, ללא כל דרישה לפעול באופן מסחרי. סר ג'ון רית', שהיה יו"ר אימפריאל איירווייס ואז BOAC עד ינואר 1940, קבע את האתוס ששירות לציבור ולא לרווחים ודיבידנדים צריך להיות הכוח המניע את חברת התעופה. במהלך המלחמה BOAC הפעילה שירותים טרנס אטלנטיים בתוספת רשת של נתיבים אפריקאים ומזרח תיכוניים שבמרכזם קהיר. לאחר המלחמה חוותה חברת התעופה התערבות פוליטית מתמשכת על נתיבים להפעלה וכלי טיס לשימוש. היה לה קושי רב לרכוש את המטוסים האמריקניים הדרושים להם כדי לספק שירותים תחרותיים. חברת התעופה הקימה את עדן איירווייס והונג קונג איירווייס, הייתה בעלת אחזקות במניות במזרח התיכון איירליינס, קפריסין איירווייס וגולף אוויאשן, וקבעה חוזי ניהול עם כווית איירווייז ועיראקי איירווייס. במזרח הרחוק BOAC היה מעורב באופן דומה עם Malayan Airways, Borneo Airways ו- Fiji Airways.[1]