במהלך מלחמת הצפון הגדולה נסגרה האוניברסיטה, ונפתחה מחדש רק בשנת 1802. עם פתיחתה, שפת הלימוד בה הייתה גרמנית, ומצב זה נשמר עד שנת 1893. בתקופה זו כמחצית מהמרצים היו מגרמניה וכשליש היו גרמנים-בלטים. השנים 1860–1890 נחשבות לתקופת הזוהר של האוניברסיטה. בשנת 1898, בעקבות מדיניות של רוסיפיקציה, עזבו כל המרצים הגרמנים את המוסד. במהלך מלחמת העולם הראשונה עברו חלק מהמרצים ומהציוד לעיר וורונז', ובעקבות כך הוקמה בעיר זו אוניברסיטה חדשה. בין בוגריה הבולטים היה הרופא והעסקן הציוני ד"ר אבא לפין.
בתקופה הסובייטית, בנוסף ללימודים בשפה האסטונית התקיימו הלימודים באוניברסיטה גם ברוסית. עם הקמת אסטוניה העצמאית חודשה פעילות המוסד, אך בשפה האסטונית. האוניברסיטה חברה ברשת אוטרכט[2], בגילדת אוניברסיטאות אירופאיות עתירות מחקר ובקבוצת קוימברה[3] (בה חברות 40 מהאוניברסיטאות החשובות והוותיקות באירופה).