Importante ressaltar que o UT (Ultimate Team) foi lançado oficialmente no FIFA 09, mas na época não era tão popular principalmente pelo fato de ser pago e com preço elevado. No FIFA 10, o modo continuava sendo pago à parte, mas acabou se tornando mais popular entre a comunidade.

Na primeira aparição no UT, Lionel Messi chegou no jogo com um overall de 91, atuando pelo Barcelona. Jogando como ponta direita, o argentino recebeu mais duas cartas durante o jogo, com overall 94 e 95. Não se sabe ao certo o motivo dos upgrades pois, na época, as cartas eram da mesma cor e não existiam os eventos que ocorrem hoje.

No ano seguinte, Messi apareceu com o que seria o menor overall do argentino na história do Ultimate Team. Com um rating de 90, o jogador do Barcelona permaneceu como ponta direita, tendo outras quatros versões, seja sendo destaque da semana ou time do ano. Essa foi a primeira vez que o argentino apareceu em outra posição em campo, com uma carta de segundo atacante.

O FIFA 12 marcou a época em que Lionel Messi atuou como falso 9 sob o comando de Guardiola. Com o técnico espanhol, o Barcelona ganhou praticamente tudo na temporada 2011/12, o que ajudou o jogador a ter diversas versões, inclusive uma carta perfeita com 99 de overall.

Já estampando a capa do jogo, Messi iniciou o Ultimate Team novamente com 94 de overall, sendo o maior rating do jogo pelo terceiro ano consecutivo. Ainda atuando como segundo atacante, o então jogador do Barcelona recebeu uma carta especial 91, que possuía atributo máximo de finalização, em decorrência do recorde quebrado de gols em um ano inteiro, quando marcou 91 gols e superou Gerd Müller.

No FIFA 14, poucas coisas mudaram em relação a edição anterior para Messi. Com o mesmo overall, estampando a capa do jogo novamente e ainda com o maior rating, o jogador do Barcelona se destacou principalmente nas cartas especiais relacionadas a Copa do Mundo 2014, conseguindo três versões diferentes apenas durante o torneio.

Com um leve downgrade no overall, Messi iniciou com um atributo total de 93, mas ainda permaneceu como o melhor do jogo. O argentino recebeu outra carta de quebra de recorde, agora por se tornar o maior artilheiro da história da La Liga e da Champions League (perdendo o posto do segundo para Cristiano Ronaldo anos mais tarde).

Logo na edição seguinte, Messi voltou a começar o jogo com 94 de overall, sendo pela sexta vez seguida o maior do FIFA. Agora voltando a posição de ponta direita, o craque brilhou nos campos ao lado de Neymar e Suárez, conquistando a tríplice coroa na temporada 2014/15. Uma das grandes mudanças das cartas do UT nesse ano foi o surgimento das fotos dinâmicas dos jogadores.

Não aparecendo mais na capa oficial do jogo, Lionel Messi iniciou com 93 de rating, perdendo o posto de melhor da franquia para Cristiano Ronaldo com 94. Esse também foi o primeiro FIFA em que o argentino obteve menos de 90 no atributo de velocidade, fato que se repetiu em todos as edições seguintes do FIFA. O craque ainda recebeu uma carta "Herói" em homenagem ao gol da vitória contra o Real Madrid por 3x2 no Santiago Bernabéu, que se tornou o 500º gol do argentino pelo clube.

Mesmo aos 30 anos de idade, o FIFA 18 foi quando a EA Sports começou a soltar ainda mais eventos durante o ano, fazendo com que os jogadores tivessem cada vez mais cartas especiais. Messi recebeu mais uma vez a carta "Herói", agora por ter levado a Argentina para a Copa do Mundo após marcar três gols contra o Equador.

O FIFA 19 ficou marcado por ter sido a última edição em que atuou como segundo atacante. Essa mudança de volta para a ponta direita acabou se mostrando dentro do próprio jogo, pois o argentino viria a ter a maioria das cartas especiais como jogador de lado de campo. Messi ainda conseguiu o feito de ter três cartas com 99 de overall, rating máximo permitido dentro do game.

Essa foi a edição em que Lionel Messi conseguiu mais versões diferentes na história do jogo. Sempre se destacando pelo Barcelona e com cada mais eventos lançados pela EA, o craque conseguiu ter 11 cartas durante o jogo. Esse FIFA também ficou marcado pelo fato de ter sido o último em que o então jogador do Barcelona começou com 94 de overall.

O FIFA 21 foi a última edição em que Messi atuou pelo Barcelona, além de marcar o início da queda de overall do jogador, recebendo um downgrade para 93, tendo o atributo velocidade como a principal diferença. Ainda no final do jogo e perto do lançamento do FIFA 22, o argentino recebeu a primeira carta pelo PSG.

Agora atuando pela equipe francesa desde o lançamento do jogo, Messi recebeu um rating de 93, ainda ocupando o posto de melhor do jogo, agora pela terceira edição consecutiva. Jogando ao lado de estrelas como Neymar e Mbappé, o argentino recebeu poucas variações de cartas, muito por conta do seu desempenho em campo.

O último jogo da franquia diminuiu consideravelmente o overall do jogador, agora com 91 no total, com apenas 81 no atributo de velocidade. Mesmo assim, Messi dividiu o posto de maior rating do jogo com Karim Benzema (Real Madrid), Robert Lewandowski (Barcelona), Kevin De Bruyne (Manchester City) e Kylian Mbappe (PSG).