Biochimie gnrale BCHM 1215

Fred Opperdoes Mark Rider

Fred OPPERDOES
Research Unit for Tropical Diseases
de Duve Institute

Biochimie des trypanosomes

e-mail: [email protected] Site web: www.icp.ucl.ac.be/trop

Mark RIDER
Hormone & Metabolic Research Unit (HORM-PHOS) de Duve Institute Contrle par phosphorylation de protines TEL: 02 764 7485 e-mail: [email protected] Site web: www.icp.ucl.ac.be/horm2/

Ouvrage de rfrence
Biochimie, 2e dition, 2e tirage 2007 D. Voet & J.G. Voet, Wiley Traduction de la 3e dition amricaine par Guy Rousseau et Lionel Domenjoud
De Boeck Universit Rue des Minimes 39, 1000-BRUXELLES

www.deboeck.com

Fichiers PDF et Power Point du contenu du cours disponible sur le site web:

http://www.icp.be/~opperd/ biochimie1215/Rider/

Contenu du cours
PARTIE I INTRODUCTION ET CONTEXTE 1 La vie 2 Les solutions aqueuses PARTIE II BIOMOLECULES 4 Acides amins 6 Techniques de purification de protines 7 Structures covalentes de protines 8 Structures tridimensionnelles de protines 9 Repliement des protines, dynamique et volution structurale 10 Lhmoglobine: structure-fonction 11 Sucres et polysaccharides 12 Lipides et membranes

Contenu du cours
PARTIE III LES MECANISMES DE LACTION ENZYMATIQUE 13 Introduction aux enzymes 14 Vitesses des ractions enzymatiques 15 Catalyse enzymatique

PARTIE IV LE METABOLISME (F. Opperdoes) 3 Principes de thermodynamique: vue densemble 16 Introduction au mtabolisme 17 La glycolyse 18 Mtabolisme du glycogne 21 Le cycle de lacide citrique 22 Transport des lectrons et phosphorylations oxydatives

Contenu du cours
PARTIE IV LE METABOLISME (F. Opperdoes)

23 Autres voies du mtabolisme des glucides 25 Mtabolisme des lipides 26 Mtabolisme des acides amins 28 Mtabolisme des nuclotides

Chapitre 1 La Vie
1. Les procaryotes A. Morphologie 2. Les eucaryotes A. Architecture cellulaire B. Phylognie et diffrenciation 3. La biochimie: prologue A. Structures biologiques B. Processus mtaboliques 5. Lorigine de la vie

Proprits communes des organismes vivants:

Capacit de rcuprer de lnergie partir daliments pour assurer leurs diffrentes fonctions Possibilit de sadapter des changements dans leur environnement La facult de crotre, se diffrencier et de se reproduire

1 LES PROCARYOTES
Parmi les premiers microscopistes, Robert Hooke (17e sicle) a observ des units morphologiques appels cellules On distingue deux grandes catgories de cellules: les eucaryotes qui ont un noyau dlimit par une membrane qui renferme leur ADN (acide dsoxyribonuclique) et les procaryotes qui sont dpourvus de noyau

Les procaryotes, qui comprennent diffrentes types de bactries, ont une structure simple et sont toujours unicellulaires
Les eucaryotes, qui peuvent tre multicellulaires ou unicellulaires, sont beaucoup plus complexes Les virus ne sont pas classs comme organismes vivants, car ils sont dpourvus de machinerie mtabolique qui leur permettrait de se reproduire hors de leur cellule hte

A. Morphologie et fonctions

Les procaryotes sont les organismes les plus nombreux sur terre Certaines bactries peuvent se dvelopper dans des conditions de vie hostiles aux eucaryotes, ou mme exiger ces conditions, telles que des environnements chimiques dfavorables, des tempratures leves (jusqu 113C) ou labsence doxygne La vitesse de reproduction est rapide (< 20 min pour une division cellulaire)

a. Les procaryotes ont une anatomie relativement simple

-observs pour la premire fois en 1683 par linventeur du microscope, Antoine van Leeuwenhoek

Reprsentation schmatique dune cellule procaryote

Micrographie lectronique dune cellule dE. coli

Ribosomes Capsule Cell wall Plasma membrane

Prokaryotic flagella

Pili

Nucleoid region (DNA)

b. Les procaryotes utilisent plusieurs sources dnergie mtabolique

Les autotrophes peuvent synthtiser tous leurs constituants cellulaires partir de molcules simples telles que H2O, CO2, NH3 et H2S. Les chimiolithotrophes tirent leur nergie de loxydation de substances inorganiques: 2NH3 + 4O2 H2S + 2O2 2HNO3 + 2H2O H2SO4

Des vastes colonies de chimiolithotrophes croissance extrmement lente ont t dcouvertes 5 km de profondeur de locan

Les htrotrophes tirent leur nergie de loxydation de composs organiques et donc se trouvent finalement dpendants des autotrophes pour la fourniture de ces substances. Les arobies obligatoires (dont les animaux) doivent utiliser loxygne, tandis que les anarobies utilisent des agents oxydants comme le sulfate ou le nitrate Beaucoup dorganismes peuvent dgrader partiellement des composs organiques par des ractions doxydation/rduction appeles fermentations. Les anarobies facultatifs tels que E. Coli peuvent vivre avec ou sans oxygne. Les anarobies obligatoires, au contraire, sont empoisonns par loxygne

2 LES EUCARYOTES
Les cellules eucaryotes ont un diamtre compris entre 10 et 100 m, soit un volume 103 106 de fois suprieur celui des procaryotes Ce qui caractrise mieux la cellule eucaryote nest pas la taille mais le fait quelle contient une multitude dorganites ferms par une membrane, chacun ayant une fonction spcialise

La cellule eucaryote contient des organites bords de

membrane
Rough endoplasmic reticulum Smooth endoplasmic reticulum Nucleus

Flagellum Not in most plant cells Lysosome Centriole Ribosomes Golgi apparatus Plasma membrane

Peroxisome

Microtubule Cytoskeleton Intermediate filament Microfilament

Mitochondrion

A. Architecture cellulaire
Les cellules eucaryotes, comme les procaryotes sont limits par une membrane plasmique. La surface de beaucoup de cellules eucaryotes est augmente par la prsence de nombreuses projections et/ou invaginations De plus la cellule englobe des portions du milieu extracellulaire par endocytose. Le contraire de lendocytose appel exocytose, est un mcanisme de scrtion courant chez les eucaryotes

a. Le noyau contient lADN de la cellule

-lieu de stockage de linformation gntique code dans la squence des bases des molcules dADN qui constituent les chromosomes Chromosomes - constitus de chromatine, un complexe dADN et de protines Nuclole - un corps dense du noyau, lieu dassemblage des ribosomes partir dARN ribosomiaux et de protines ribosomiales, synthtises dans le cytosol. Les ribosomes immatures sont alors exports dans le cytosol

b. Le rticulum endoplasmique et lappareil de Golgi sont impliqus dans des modifications de protines membranaires et de protines secrtes

-le rticulum endoplasmique rugueux est garnie de ribosomes impliqus dans la synthse des protines lies aux membranes ou destines tre scrtes -le rticulum endoplasmique lisse nest pas associ des ribosomes et est le sige de synthse des lipides -lappareil de Golgi est un empilement de vsicules membraneuses dans lesquelles ces molcules poursuivent leur maturation

c. Les mitochondries sont le sige du mtabolisme oxydatif

-les mitochondries sont le sige de respiration cellulaire. Leur taille est comparable celle dune bactrie. Une cellule eucaryote type contient environ 2000 mitochondries -la mitochondrie prsente deux membranes: une membrane externe lisse et une membrane interne pliss en crtes

-les mitochondries ont deux compartiments: lespace intermembranaire et la matrice. Les enzymes qui catalysent les ractions de la respiration se trouvent dans la matrice

Les mitochondries

d. Les lysosomes et les peroxysomes sont des rservoirs denzymes de dgradation

Les lysosmes - dcouverts en 1949 par Christian de Duve (Prix Nobel, 1974). Les lysosomes sont des sacs membraneux (diamtre 0.5 m) remplis denzymes dhydrolyse Les peroxysomes contiennent des enzymes doxydation. Certaines ractions peroxysomiales produisent du peroxyde dhydrogne (H2O2), qui Peut tre dgrad par la catalase: 2H2O2 2H2O + O2

e. Le cytosquelette organise le cytosol

Le cytosquelette - vaste rseau de filaments qui confre la cellule sa forme et la facult de se dplacer et qui assure les mouvements de ses organites Composantes du cytosquelette: -microtubules (diamtre 250 ) constitus de tubuline et qui guident les mouvements des organites -microfilaments (diamtre 90 ) constitus dactine et qui ont une fonction de soutien mcanique -filaments intermdiaires (diamtre 100-150 ) constitus de keratine

Micrographie par immunofluorescence pour rvler lactine, les mitochondries et le noyau

B. Phylognie et diffrenciation

Dessins de quelques cellules humaines

Arbre phylognique de lvolution de la vie cellulaire sur la Terre

Le dveloppement embryonnaire dun poisson, dun amphibien, dun oiseau et dun mammifre

3 BIOCHIMIE : PROLOGUE

La biochimie est ltude de la vie lchelle molculaire

But: Donner une explication chimique au fonctionnement des cellules vivantes

La biochimie sintresse un nombre de questions interdpendantes, par exemple:

Stockage et transmission de l information gntique

ADN

Structure des molcules biologiques

Rgulation des processus biologiques

ARN

Modes dinteractions des molcules

Mcanismes des changes d nergie

Protines

Mcanismes de synthse et de dgradation

Catalyse

Transport

Mouvement Rgulation ...

Le tout obissant aux lois de la thermodynamique !!!

Uniformit de la biochimie

Ce qui vaut pour Escherichia coli, vaut pour un lphant

Principes de biochimie

A. Structures biologiques

Coupe transversale simule dune cellule dE. coli x 106 fois

Organisation hirarchique de structures biologiques

Organisation hirarchique de structures biologiques

Lorganization polymrique des protines, des acides nucliques et des polysaccharides

Formation de liaisons peptidiques

rsidus dacides amins dipeptides tripeptides oligopeptides polypeptides
Les protines peuvent contenir une ou plusieurs chanes polypeptidiqe s

Les protines sont des polymres qui peuvent contenir jusqu 5000 acides amins Dans la nature il existe 20 acides amins diffrents

Les monomres dacides nucliques sont des nuclotides

Les nuclotides sont composs d'un sucre, d'une base azote htrocyclique et d'au moins un groupe phosphoryle

Nitrogenous base (A)

Phosphate group Sugar

Les cinq bases principales dans des acides nucliques

A, G, T, C are present in DNA A, G, U, C are present in RNA

LADN contient le dsoxyribose tandis que lARN contient le ribose

Les acides nucliques se forment par l'tablissement d'une liaison covalente entre le groupe phosphoryle d'un nuclotide et le groupe hydroxyle du sucre d'un autre nuclotide (liaison phosphodiestre):

Structure de la double hlice de lADN: deux brins complmentaires et antiparalllles

Hydrogen bonding between complementary base pairs (A-T or G-C) holds the two strands together

B. Processus mtaboliques
La plupart des ractions biochimiques font partie dune voie mtabolique:
S
E1

E2

E3

E4 etc

Voies cataboliques - par lesquelles les nutriments et substances cellulaires sont dgrads afin de fournir de lnergie Voies anaboliques - synthse de biomolcules partir de molcules plus simples

Lnergie ncessaire aux processus anaboliques est fournie grce au catabolisme, essentiellement sous forme dadnosine triphosphate (ATP):

ATP + H2O

ADP + HPO42-

Des processus qui consomme de lnergie, comme la contraction musculaire dpendent de lhydrolyse de lATP. Ainsi, les processus anaboliques et cataboliques sont coupls entre eux via la monnaie de lnergie biologique universelle, lATP

5 LORIGINE DE LA VIE
La vie sur Terre a d apparatre il y a 4 milliards dannes en trois tapes:
1. Lvolution chimique au cours de laquelle des simples molcules ont ragi pour former des polymres organiques complexes 2. Lorganisation spontane de ces polymres pour donner des entits capables de se rpliquer 3. Lvolution biologique aboutissant la complexit des formes modernes de vie

Les trois stades de lvolution de la vie

B. Lvolution chimique
Exprience de Stanley Miller et Harold Urey (1953) simulant les effets dclairs dorage dans latmosphere rductrice primitive (H2O, CH4, NH3, H2). La solution obtenue la fin contenait des composs organiques hydrosolsolubles comme des acides amins. Les bases des nuclotides peuvent aussi tre synthtises dans des conditions prbiotiques (en prsence dHCN). La vie est ne probablement suite la formation de molcules dARN autorplicatives

Pourquoi un cours de biochimie en facult de mdecine?

1. Comprhension approfondie de la physiologie 2. Comprhension approfondie de la physiopathologie 3. Comprhension du mode daction des mdicaments: tous les mdicaments agissent en se liant quelque part dans lorganisme une protine ou un acide nuclique!