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Chapitre 1

Introduction

Le choix de python

Pourquoi développer en python ? Parce que c’est un langage d’une grande souplesse, qui
permet rapidement d’écrire des codes qui fonctionnent. C’est un langage pour lequel il existe
une communauté très active de développeurs avec des forums où vous pourrez trouver la
solution à de nombreux problèmes et des sites où sont accessibles de nombreux cours et
tutoriaux gratuits et bien faits. Python permet de programmer selon plusieurs paradigmes :
programmation impérative structurée, programmation orientée objet, programmation
fonctionnelle.

C’est un langage Open Source, libre et gratuit. Il est largement utilisé dans la communauté
bioinformatique et il existe des bibliothèques BioPython comportant de nombreuses fonctions
de traitement des données biologiques. De nombreuses autres bibliothèques Python existent :
NumPy ou SciPy pour le calcul numérique, Tkinter pour les interfaces GUI, Matplotlib pour
les graphiques 2D, gnuplot-py pour l’interfaçage avec gnuplot). C’est un langage libre et
ouvert pour lequel on trouve facilement des supports gratuits et disponibles.

Python est un langage de choix pour de nombreuses tâches : développement de scripts

d’administration système, développement de scripts CGI pour les applications web,
prototypage rapide d’applications, développement d’applications complexes, langage
d’extension d’applications écrites en C, C++, Java, R et autres, développement d’interface
graphiques, automatisation de tests unitaires d’applications écrites en C, C++ ou autres,
remplacement d’environnement de calcul commerciaux tels que Matlab.

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Compilation et interprétation
Le code inscrit dans un fichier à l’aide d’un éditeur de texte est appelé programme source. Il
existe deux modes de traduction d’un tel programme source en code binaire exécutable par la
machine : l’interprétation et la compilation.

Dans l’interprétation, le logiciel interpréteur doit être utilisé à chaque exécution du

programme. Il lit une à une les lignes les analyse et les traduit en code binaire. Les quelques
instructions traduites en langage machine sont ensuite exécutées au fur et à mesure. Aucun
programme objet (fichier en binaire) n’est généré.

Code source Interpréteur Résultat

L’interpréteur lit … et le résultat

le code source … apparaît sur l’écran

La compilation consiste à traduire l’intégralité du code source en langage binaire en une seule
fois. Un programme objet est généré par le logiciel compilateur. Le code binaire peut
désormais être exécuté indépendamment du compilateur et du code source. C’est un fichier
exécutable qui peut être conservé (et diffusé) tel quel. Le compilateur n’intervient pas à
chaque exécution du programme, il a été compilé une fois pour toutes.

Code source Compilateur Code objet Résultat

Le compilateur lit … et produit un code Le code binaire est

le code source … objet (binaire). directement exécutable et le
résultat apparaît à l’écran.
Il existe un compromis entre ces deux techniques qui est utilisé par Python ou Java, c’est de
produire un code intermédiaire en ByteCode, code compilé similaire à un langage machine,
qui sera transmis à l’interpréteur pour l’exécution finale. Le ByteCode étant très facile en
interpréter en langage machine l’interprétation sera plus rapide que celle d’un code source,
mais l’interpréteur est requis à chaque exécution du programme.

Forces et faiblesses de python

Python est un langage objet (même si nous n’aborderons que très peu cet aspect de la
programmation python dans le cadre de ce cours ; en python tout est objet).
Python est un langage interprété, fortement typé à typage dynamique.
Python est un langage de script, clair, compact et portable.
Python est un langage qui permet une grande vitesse de développement.
Python est pourvu d’une importante bibliothèque standard.
Plusieurs paradigmes de programmation sont disponibles.
Plusieurs modes d’exécution d’un code python existent, en particulier l’interpréteur interactif
qui est très pratique pour tester la syntaxe d’une instruction.

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On ne peut pas générer de binaire compilé ou natif en python. Il n’y a pas ou peu
d’optimisations automatiques de la part de l’interpréteur. Il n’y a pas de vérification statique
du typage.

Quelques références utiles…

• Apprendre à programmer en Python. Gérard Swinnen. O’Reilly.
Un livre très utile et pédagogique dont je vous recommande la lecture (et qui a fortement
inspiré ce cours). Il s’adresse à des débutants en programmation et introduit la programmation
par l’exemple en python. Il est accessible sur le Web et est à la bibliothèque. Il contient de
nombreux exemples didactiques corrigés à la fin de l’ouvrage.

• Programming Python. Alex Martelli. O’Reilly.

Une « introduction » plus poussée à la programmation Python (1250 pages pour l’édition 2,
livrée avec un CD). Nécessite déjà de bonnes bases de programmation. Il existe une version
française. Il est à la bibliothèque.

• Python in a Nutshell. Alex Martelli. O’Reilly.

Un condensé de Python, très utile et très bien fait. Très bien.

• Python CookBook. David Ascher. O’Reilly.

Le livre de référence de tout programmeur Python. Très complet mais inutile à votre niveau.

De nombreux cours et tutoriaux sont disponibles en ligne. En voici quelques uns :

• le site officiel de python : http://www.python.org
• l’index des modules disponibles : http://www.python.org/doc/current/modindex.html
• le CookBook: http://aspn.activestate.com/ASPN/Python/CookBook
avec de nombreuses recettes pour résoudre les problèmes courants.
• Apprendre a programmer en Python : version pdf téléchargeable à l’adresse :
http://www.framasoft.net/article1971.html (également téléchargeable au site officiel O’Reilly)
• le tutorial de Guido von Rossum : http://docs.python.org/tut : TRES BIEN
• l’association francophone des développeurs Python : http://www.afpy.org
• liste de discussion francophone : [email protected]
• forum Usenet francophone : fr.comp.lang.python
• forum Usenet anglophone : comp.lang.python

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Chapitre 2

Syntaxe du langage

2.1 Premiers pas en python

Il existe plusieurs façons d’exécuter un programme python : le mode interactif (interpréteur

interactif) ou le mode programme où un code source est fourni à l’interpréteur.

Mode non interactif :

1. Première méthode

print ‘hello world !’

python prog.py hello world !

Lancement de Affichage du
l’interpréteur résultat
python

Fichier source
prog.py

2. Deuxième méthode

#8/usr/bin/python

print ‘hello world !’

chmod u+x prog.py hello world !

Mode exécutable Unix Affichage du

Lancement de l’interpréteur résultat
Fichier source
prog.py

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Mode iteractif :

python
>>> print ‘hello world !’ Instruction python passée à l’interpréteur
hello world ! Résultat affiché

2.2 Principes généraux de la syntaxe et du langage

Une seule instruction par ligne en python.
L’indentation est cruciale, elle permet de délimiter les blocs d’instructions (lisibilité accrue).
Les commentaires sont délimités par # et s’étendent jusqu’à la fin de la ligne.
Il n’est pas nécessaire de déclarer les variables (ce qui ne veut pas dire qu’elles n’ont pas de
type, ni que le python n’est pas un langage typé…)

On appelle une fonction en utilisant l’opérateur (). Le passage des arguments se fait par
référence. Une fonction renvoie toujours une valeur en python (comme en C). Les noms de
fonction sont en minuscules, peuvent être composés de plusieurs mots, chacun commençant
par une majuscule (convention).

>>> y = sin(x)
>>> myFuncScreen()

2.3 Les identifiants et l’affectation

En python il n’y a pas de variables à proprement parler mais des identifiants (qui pointent sur
des zones mémoire).
Les identifiants servent à référencer les objets et en python tous les éléments manipulables du
langage sont des objets.
Les identifiants doivent commencer par une lettre ou un _, ils peuvent contenir des lettres, des
chiffres et le caractère _.

• Affectation simple

>>> a = 10
>>> txt = ‘Quelle belle journée’
Les deux identifiants a et txt sont créés lors de l’affectation. En effet python va évaluer
leur type, réserver la place mémoire nécessaire et faire pointer l’identifiant sur cette zone, et
ceci de manière complètement transparente pour le programmeur.

• Affectation dynamique

>>> a = int(raw_input(‘Entrez une valeur entière’))

>>> txt = raw_input(‘Entrez une phrase’)
Il n’est pas obligatoire de passer un message en argument a raw_input. Les valeurs
retournées sont de type str et donc à convertir en valeurs numériques si besoin.

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2.4 Les types de bases

2.4.1 Les opérateurs

Les opérateurs numériques

Expression Opération
-x Opposé de x
x%y Reste de la division entière de x par y
x/y Division de x et y
x // y Division entière de x par y
x*y Produit de x et y
x–y Différence de x et y
x+y Somme de x et y
x ** y x puissance y

Les opérateurs de comparaison

Expression Opération
x < y, x <= y x inférieur (ou égal) à y
x > y, x >= y x supérieur (ou égal) à y
x == y x égal à y
x<> y , x != y x différent de y
x or y, x and y OU et ET logique
not x NON logique

2.4.2 Les types de données standard

Les types numériques

Type Description
Entier : int Utilise le type C long, minimum 32 bits
32 ou -10 ou 0xAF21
Entier long : long Précision illimitée
125L ou 0x10000000000000L
Réel : float Utilise le type C double
3.1416 ou 1.48e25
Complexe : complex 3 + 2j ou 5.1 + 4j

Quelques fonctions ou expressions utiles Résultat

pow(x,y) x puissance y
divmod(x,y) (x//y, x%y)
abs(x) norme de x

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complex(re,im) re + im * j
float(x) Conversion de x en réel
int(x) Conversion de x en entier
long(x) Conversion de x en entier long

De nombreuses autres fonctions sont disponibles dans le module math (fonctions trigonomé-
triques, fonctions exponentielle (exp) et logarithme (log), fonctions d’arrondis (ceil et
floor), racine carré (sqrt) … ainsi que les constantes mathématiques e, pi …).

Les chaînes de caractères

Pour python, une chaîne de caractères (type string) est une suite de caractères délimitée soit
par des apostrophes ‘hello world !’ soit par des guillemets "hello world !". En
général on utilise des apostrophes sauf si la chaîne contient des apostrophes auquel cas on
utilisera des guillemets pour délimiter la chaîne. Les guillemets triple sont aussi autorisés et
ils permettent d’utiliser des retours à la ligne dans la chaîne, nous les retrouverons pour la
documentation en ligne des code python.

A l’intérieur d’une chaîne on utilisera le caractère \ (antislash) pour échapper le caractère

suivant (c’est à dire que le caractère spécial suivant ne sera pas interprété en tant que caractère
spécial).
Exemple :
txt3 = ‘Quelle belle journée, n\’est-il pas ?’
L’apostrophe protégée par \ n’est pas interprétée comme le délimitateur de fin de chaîne.

Les opérations sur les chaînes de caractères

Opération Résultat
x in s Vrai si x ∈ s, faux sinon (x char ou str)
x not in s Vrai si x ∉ s, faux sinon (x char ou str)
s+t Concaténation de s et t (s et t str)
s * n ou n * s Concaténation de s, n fois (n int)
s[i] iième élément de s
s[0] Premier élément de s
s[i:j] Tranche située entre i et j dans s (j exclu)
s[i:j:p] Tranche de i à j par pas de p (i,j,p int)
s[:] Recopie la séquence en entier
len(s) La longueur de s
min(s) Le plus petit élément de s
max(s) Le plus grand élément de s
<, >, ==, != Comparaison alphanumérique

Exemples :
>>> txt= """Ceci est un exemple
...de chaine sur
...plusieurs lignes."""
>>> txt

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‘Ceci est un exemple\nde chaîne sur\nplusieurs lignes.’

>>>type(txt)
<type ‘str’>
>>> a = ‘Bonjour ’
>>> b = ‘Toto’
>>> c = a + b
>>> c
‘Bonjour Toto’
>>> len(c)
12
>>> min(c)
‘ ‘
>>>max(c)
‘u’
>>>d= "Universite d’Evry Val d’Essonne"
>>>len(d)
31
>>>d[ :10]
Universite
>>>d[ :-7]
Universite d’Evry val d’
>>>d[-7:]
Essonne
>>>d[13:17]
Evry
>>>d[::2] # prend un caractère sur deux de la chaine
"Uiest 'vyVldEsne"

Le type booléen

Le type bool a été introduit depuis Python 2.3, les constantes True et False avec python
2.2, avant 0 (faux) et 1 (vrai). Le type booléen dérive donc du type int pour des raisons de
compatibilités.

2.4.3 Les autres types de données

Les séquences
Les séquences sont des données composites c’est à dire une collection de données de type de
base. En python il existe deux grands types de séquences : les séquences modifiables et les
séquences non modifiables.
• Les chaînes de caractères et les tuples sont des séquences non modifiables.
• Les listes sont des séquences modifiables.
• Toutes les opérations sur les listes non modifiables sont disponibles pour les
séquences modifiables.
Nous venons de voir ces méthodes pour les chaînes de caractères (min, max, len, accès aux
éléments d’une séquence, concaténation, x in s …), elles sont donc applicables aux autres
séquences.

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Les tuples
Les tuples sont des séquences non modifiables, ils sont notés entre parenthèses où les valeurs
sont séparées par des virgules (les parenthèses sont facultatives mais recommandées).
>>> a = (1,2,3)
>>> type (a)
<type 'tuple'>
>>> a
(1, 2, 3)

Pour définir un tuple à un élément il faut impérativement mettre la virgule après l’élément.
>>> a=(1) # les parenthèses sont facultatives…
>>> type(a)
<type 'int'>
>>> a = 1, # … et la virgule est obligatoire
>>> type(a)
<type ‘tuple’>
>>> a
(1,)

Les listes
Ce sont des séquences modifiables, elles sont notées entre crochets et les valeurs sont
séparées par des virgules. Comme pour les tuples on peut mettre une virgule après le dernier
élément. On accédera aux éléments d’une liste grâce aux fonctions accessibles aux séquences.

Exemple :
>>> l = [1,(2,3),'Toto']
>>> l
[1, (2, 3), 'Toto']
>>> len(l)
3
>>> jour = [‘lundi’, ’mardi’, ’mercredi’, ’jeudi’, ‘vendredi’,
’samedi’, ’dimanche’]
>>> jour[2]
‘mercredi’

Les opérations sur les listes

Elles sont communes à toutes les séquences modifiables .
Opérations sur séquences modifiables Résultat
ième
s[i] = x Affecte x au i élément de s
s[i:j] = t Remplace la tranche i:j par la séquence t
s += t Ajoute le contenu de la séquence t à fin de s
u = s + t Renvoie une nouvelle séquence u dont le
contenu est la concaténation de s et t
del(s[j]) Enlève le jième élément de la séquence s
del(s[i:j]) Enlève la tranche i:j de la séquence s
s.append(elt) Ajoute elt à la fin de la séquence s
range(d,f[,p]) Crée une liste entiers de d à f (exclus) (pas p)

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Exemple :
>>> del(jour[6])
>>> jour
['lundi', 'mardi', 'mercredi', 'jeudi', 'vendredi', 'samedi']
>>> append.jour(‘DIMANCHE’)
>>> jour
['lundi', 'mardi', 'mercredi', 'jeudi', 'vendredi', 'samedi',
'DIMANCHE']

2.5 Les structures de contrôle

Point important de la syntaxe python :
• Un bloc démarre par le symbole :
• Toutes les instructions du bloc sont caractérisées par un même niveau d’indentation
(il est conseillé d’insérer 4 espaces pour chaque nouveau niveau d’indentation).

2.5.1 Les tests

if cond1 :
#bloc d’instructions à effectuer si cond1 est vraie
elif cond2 :
#bloc d’instructions à faire si cond2 vraie (cond1 fausse)
else :
# bloc d’instructions à faire si cond1 et cond2 fausses

2.5.2 Les boucles

Il n’existe que deux types de boucle en python : la boucle for et la boucle while (la boucle do
while n’existe pas ; pas plus que la boucle do until.

La boucle while
Pour itérer tant qu’une condition est vérifiée

while condition :
# bloc d’instructions corps de la boucle

Il existe deux façons de sortir prématurément d’une boucle (quelque soit son type)
break : permet de sortir de la boucle,
Continue : permet de passer immédiatement à l’itération suivante

La boucle for
Pour itérer sur les valeurs d’une séquence.

For variable in sequence :

# bloc d’instructions corps de la boucle

Exercices du TD1

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