Bio stat
Bio stat
Bio stat
Bio-statistiques
PASS
Responsables Hitti-Cuggia
Le programme
Rappels
1. Analyse Combinatoire
a. Arrangements
b. Permutations
c. Combinaisons
2. Probabilités
a. Notion d’événements
b. Propriétés des événements
c. Calcul des probabilités
d. Propriétés des probabilités
e. Probabilité conditionnelle
f. Probabilités composées
g. Bayes
Rappels
a. Dérivées
b. Dérivées partielles : calcul d’erreur
c. Intégrales
Rappels
a –Dérivées : exemple
h2 h1 h 24cm
v 2,4cm/s 2,4cm.s 1
t 2 t1 t 10s
h
h2
h = a.t + b
h at 2 b at1 b
t t 2 t1
at 2 t1
a
t 2 t1
h1
t h
t1 t2
Rappels
a -Dérivées
h1 h0 h2 h1 h
v1 v2
t1 t0 t 2 t1 t
h
h2
h1 dh
dt
h t
0 t0 t1 t2 t3
Rappels
a –Dérivées : définition
Une fonction f est dite dérivable en un point x0 si
f ( x0 d ) f ( x0 ) existe
lim
d 0 d
cette limite s’appelle dérivée de f en x0 et est notée
f ’(x0)
f’=0
Rappels
a –Dérivées : études de fonction
• Calcul de f ’’ la dérivée seconde : d df
2
dx d f
f ' ' f ' ' ( x) 2
– f ’’<0 concavité vers le bas dx dx
– f ’’>0 concavité vers le haut
– f ’’ = 0 et change de signe alors point inflexion
f’=0
f ‘’ <0
f ‘’ >0
Rappels
a –Dérivées : fonction de n variables
Une application, définie sur un sous-ensemble
ℝn et prenant des valeurs dans ℝ, est appelée
fonction a n variables
f : ℝn → ℝ
f (x1,x2,…xn) ℝ x = (x1,x2,…xn) ℝ
Exemple :
N RT
P( N ,V , T )
V
avec R constante et non variable
Rappels
b –Dérivées partielles
La dérivée partielle au point (x1,x2,…xn) est
obtenu en fixant toute les variables sauf xk
à des constantes (x1,x2,…xn), notée :
f
( x1 , x2 ,..., xn )
xk
Exemple : f RT
( N ,V , T )
N V
f NRT
( N ,V , T )
V V²
Rappels
b –Calcul d’erreur
• X la valeur mesurée et x la valeur réelle
• Erreur absolue : ΔX
• Erreur relative : ΔX / X
• Calcul d’erreur :
– soit X=f(A,B,C,…)
– et ΔA, ΔB, ΔC,… les erreurs directes
f f f
X A B C ...
A B C
Rappels
b–Calcul d’erreur : exemple 1
X1 = 4 cm
X2 = 3 cm
X3 = 5 cm
X1 = X2 = X3 = 1 mm 1 2 3 4 5
V=X1.X2.X3 = 60 cm3
V = X2.X3.X1+X1.X3.X2+X1.X2.X3
= 3.5.10-1 + 4.5.10-1 + 4.3.10-1 = 4,7 cm3
Rappels
a –Calcul d’erreur : chiffre significatif
– L’erreur est exprimée avec 1 ou 2 chiffres
significatifs (c.s.).
– Le dernier chiffre exprimé est celui sur lequel
se porte l’erreur
– L = 1,35m et ΔL = 0.05m => L=(135 ± 5) cm
Rappels
c –Intégrales : principe
• L’aire est une valeur algébrique qui peut
être positive ou négative
f
+ +
a - b x
Rappels
c –Intégrales : méthodes des rectangles
f
f (a1 )(a2 a1 )
Erreur d’estimation
x
a=a0 a1 a2 b=an
b n n
x
a=a0 a1 a2 b=an
b n
f (ai 1 ) f (ai ) h n
f ( x)dx
a i 1 2
(ai ai 1 ) f (ai 1 ) f (ai )
2 i 1
Rappels
c -Intégrales
• Primitive : soit f une fonction définie sur un
intervalle I, on appelle primitive de f toute
fonction F dérivable sur I telle que
dF ( x)
F ' ( x) f ( x)
dx
d dF ( x)
or F ( x) cte f ( x)
dx dx
Il existe donc un ensemble infini de primitive de f à
une constante près.
De plus :
f ( x)dx F ( x)dx F ( x) ba F (b) F (a )
b b
a a
Rappels
c –Intégrales : propriétés
• Soient a, b et c des réels, F et G les primitives de f et g
b a
f ( x)dx f ( x)dx
a b
f ( x ) dx F ( x )
af ( x) g ( x)dx F ( x) G( x)
c b c
k k.x+c ℝ
x x²/2+c ℝ
x n 1 ℝ si n>0
xn c
n 1 ]- ∞;0 [ou]0;+∞[ si n<0
1
x 2 x c ]0;+∞[
1 1 ]- ∞;0 [ou
c
x² x ]0;+∞[
Rappels
c –Intégrales : primitives usuelles
f F Intervalle
cos x sin x + c ℝ
sin x -cos x + c ℝ
1+tan² x=1/cos²x tan x + c
1
cos (wt +j) sin wt j c ℝ
w
1
ln x + c ]0;+∞[
x
1 ax
e a.x e ℝ
a
Rappels
c –Intégrales : exemple
Rappels
b –Intégrales : intégration par parties
b b
x ln xdx ?
du 1
u ln x u'
dx x
dv x²
v' x v
dx 2
x² 1 x² x²
x ln xdx 2 ln x 2 xdx 2 ln x 4 cte
Rappels
b –Intégrales : par chgt de variable
Posons x = j(u) alors dx = j’(u) du
f x dx
f j u j ' u dx g u du
g(u)
a. Arrangements
b. Permutations
c. Combinaisons
Remarque : On a nécessairement 1 ≤ p ≤ n
L n
p
n
p
En effet L n n n ... n n
p
n
p
n possibilités
n possibilités n possibilités
au 1er tirage
au 2ème tirage au pème tirage
1-Analyse combinatoire
a -Arrangements : avec répétitions
Exemple : Une séquence d’ADN est constituée
d’un enchaînement de 4 nucléotides
AA AC AG AT
CA CC CG CT
GA GC GG GT
TA TC TG TT
Il y a 4 possibilités pour le 1er nucléotide et à
nouveau 4 possibilités pour le 2ème
=> 4*4 = 4² = 16
1-Analyse combinatoire
a -Arrangements : sans répétitions
ou sans remise :
A n(n 1)...(n p 1) si 1 p n
n
p
n possibilités
n -1 possibilités n – p+1 possibilités
au 1er tirage
au 2ème tirage au pème tirage
Or
d’où Anp (n p )!
n!
A
p
n
n p !
1-Analyse combinatoire
a -Arrangements : sans répétitions
Exemple : tirage sans remise de 2 boules dans un
sac de 4 boules numérotées de 1 à 4
1-1 1-2 1-3 1-4
2-1 2-2 2-3 2-4
3-1 3-2 3-3 3-4
4-1 4-2 4-3 4-4
Il y a 4 possibilités pour la 1ère boule mais plus
que 3 possibilités pour la 2ème
=> 4*3 = n x (n-1) = 12
1-Analyse combinatoire
a -Arrangements : sans répétitions
Exemple :
• Concernant l’exemple de la séquence d’ADN, le nombre
de dinucléotides attendu dans une séquence si l’on fait
l’hypothèse qu’une base n’est observée qu’une seule
fois est donc :
4! 4.3.2.1
A42 4.3 12
4 2! 2.1
AA AC AG AT CA CC CG CT
GA GC GG GT TA TC TG TT
1-Analyse combinatoire
a -Arrangements : sans répétitions
Exemple 2 :
• Dans le cas du nombre de tiercés dans l’ordre possible
avec 20 chevaux au départ (sans ex-aequo):
20 !
A 20.19.18
3
6840
20
20 3!
• Et le quinté ?
• Et dans le désordre ?
1-Analyse combinatoire
b -Permutations : sans répétition
Etant donné un ensemble E de n objets, on appelle
permutations de n objets distincts toutes suites
ordonnées de n objets ou tout arrangement n à n de ces
objets.
Le nombre de permutations de n objets est noté :
Pn = n !
Exemple :
Le nombre de manières de placer 8 convives autour d’une
table est :
P8 = 8! = 40 320 possibilités
1-Analyse combinatoire
b -Permutations : avec répétition
Dans le cas où il existerait plusieurs répétitions k d’un
même objet parmi les n objets, le nombre de
permutations possibles des n objets doit être rapporté
aux nombres de permutations des k objets identiques.
Le nombre de permutations de n objets est alors :
n!
Pn
k!
De même si on a k1 répétitions d’un 1er objet, k2 répétitions
d’un 2ème objet, …, kr répétition d’u rème objet
n!
Pn
k1 !k 2 !...k r !
1-Analyse combinatoire
b -Permutations : avec répétition
• Exemple 1 : nombre de permutations de : a a b
n ! A p
n
Cn
p
n
p !n p ! p ! p
Exemple 2
Quel est le nombre attendu de mains au poker ?
1-Analyse combinatoire
c -Combinaisons : avec répétition
C p
n p 1!
p !n 1!
n p 1
Exemple :
Soit la constitution de mots de 3 lettres à partir d’un alphabet
à 5 lettres avec remise, on distingue 3 cas possibles :
5 10
3
•nombre de mots de 3 lettres différentes et sans ordre C
•nombre de mots de 2 lettres différentes et une lettre redondante
2 C52 20
5 5
1
•nombre de mots de 3 lettres identiques C
C5331
5 3 1!
35
Ou plus simplement :
3 !5 1!
1-Analyse combinatoire
c -Combinaisons : propriétés
Symétrie
Cn0 Cnn 1
n 1
C C
1
n n n si n ≥ 1
n2 nn 1
Cn Cn
2 si n ≥ 2
2
n p
C C
n
p
n si 0 p n
bcd
bce 4!
C4
3
4
bde 3!4 3!
cde
1-Analyse combinatoire
c -Combinaisons : triangle de Pascal
Parmi les n objets, on considère un objet en
particulier.
• Si cet objet fait partie des p objets tirés, il y
p 1
a Cn 1 possibilités de choisir les p-1 autres
objets parmi les n-1 objets restants.
• Si en revanche, l’objet ne fait pas partie du
p
tirage, il y a Cn 1 possibilités de choisir les p
autres objets parmi les n-1 objets restants.
d’où la relation
p 1
C n 1 C p
n 1 C n
p
si 0 p n -1
1-Analyse combinatoire
c -Combinaisons : triangle de Pascal
p
0 1 2 3 4 5 6 7
n
0 1
3
1 1 1
C 5
2 1 2 1
3 1 3 3 1
4 1 4 6 4 1
5 1 5 10 10 5 1
6 1 6 15 20 15 6 1
7 1 7 21 35 35 21 7 1
1-Analyse combinatoire
c -Combinaisons : triangle de Pascal
Démonstration
C p 1
C p
n 1!
n 1!
n 1 n 1
p 1!n 1 p 1! p !n 1 p !
n 1! 1
1
p 1!n 1 p ! n p p
n 1! p n p
p 1!n 1 p ! n p p
n!
Cnp
p !n p !
1-Analyse combinatoire
c -Combinaisons : binôme de Newton
Quel est le développement de (a+b)n
a b a 2 2ab b 2
2
a b a 3a b 3ab b
3 3 2 2 3
a b 4 a 4 4a 3b 6a 2b 2 4ab3 b 4
...
a b n a n ? a n1b ? a n2b 2 ... ? ab n1 b n
n n
n n p p
a b
n
C a n
p n p
b a b
p
p 0 p 0 p
1-Analyse combinatoire
c -Combinaisons : binôme de Newton
Remarque : si a = b = 1
n
2n Cnp
p 0
n!
Pn n 1!
n
2-Probabilités
Qui a commencé ?
Pierre de Fermat
Blaise Pascal
2-Probabilités
Il existe deux manières d’introduire la notion de probabilité
A Diagramme de Venn
2-Probabilités
a –Notion d’événements
AB W
AB
On lance 1 dé :
W = {1,2,3,4,5,6} B
A
A = {1,3,5}
B = {3,6}
C = {2,4,6}
A B = {3} : A ET B sont réalisés
A C = : A et C sont incompatibles
A B = {1,3,5,6} A OU B sont réalisés
C(A) = A = {2,4,6} : événement contraire de A
2-Probabilités
a –Notion d’événements
Soit un ensemble d’événements Ai (i=1,..,n)
vérifiant les propriétés :
Ai O
i
Ai Aj O
i j
n
Ai W
i 1
forme un ensemble complet (exhaustif)
Des événements exhaustifs forme une partition de W
W
A1 A2 An
2-Probabilités
b –Propriétés des événements
A A B A B
A B A B et A B A B contraires
A A W et A A O
A B B A et A B B A commutativité
A B C A B A C
distributivité
A B C A B A C
2-Probabilités
c – Calcul des probabilités
• Ensemble probabilisé fini
– W = {a1,a2,…,an}, {ai} les événements élémentaires
– On appelle Pi = P(ai) la probabilité de {ai}, alors :
6
2-Probabilités
c – Calcul des probabilités
• Ensemble infini, non dénombrable
Exemple
Une mesure géométrique (droite, une surface, un
volume,…) ou biologique
m A
P A
mW
2-Probabilités
d – Propriétés des probabilités
• 0P1
• P() = 0
• P(W) = 1
• P(A) = 1 - P(A)
• si A B alors P(A) P(B)
– Exemple du lancer de dé W
B 2
1
6
3 5
4 A
2-Probabilités
d – Propriétés des probabilités
• Si A et B incompatible : P(AB) = P(A) + P(B)
– Exemple du lancer de dé W
A 1 2
3 5 6 4
B
A 1 2
3 5 6 4
B
= P(A) + P(B)
2-Probabilités
d – Propriétés des probabilités
• A, B et C quelconques :
P(ABC) = P(A) + P(B) + P(C)
- P(AB) - P(AC) - P(CB)
+ P(ABC)
– Exemple du lancer de dé à 12 faces W
A 11
1
12 6 2
10
5 8
3 B
4
7 9
C
2-Probabilités
Exemple
Le pari du chevalier de Méré
• Pari 1 : Si l’on jette 4 fois un dé à six faces, il y a
plus de chances qu’on obtienne un 6 plutôt qu’on
n’en obtienne pas.
• Pari 2 : Si l’on jette 24 fois deux dés à six faces,
Méré pensait qu’il y avait aussi plus de chances
qu’on obtienne un double six plutôt qu’on n’en
obtienne pas.
2-Probabilités
e – Probabilité conditionnelle
Très utilisé dans la vie courante et particulièrement
en médecine :
• Un individu a 5 fois plus de chance de
développer une maladie coronarienne s’il fume
un paquet par jour
• Le risque de mort subite est multiplié par 3 en
cas d’infarctus du myocarde
2-Probabilités
e – Probabilité conditionnelle
• On a 2 événements A et B
• On sait que B est réalisé
• Quelle est la probabilité d’avoir A sachant B ?
P A B
P A / B PB A avec PB 0
P B
W
AB
B
A
2-Probabilités
e – Probabilité conditionnelle
• Incompatible Indépendant
• si incompatible : P(A B) = 0 = P(A/ B)
• si indépendant : P(A B) = P(A).P(B)
En effet P A B
P A / B P A
P B
W
AB
B
A
2-Probabilités
e – Probabilité conditionnelle
Exemple
Soit 2 événements A et B
– A : tirer un nombre pair
– B : tirer un multiple de 3
Calculer P(A B) :
xP(An)
2-Probabilités
f – Probabilité composées
Exemple :
Dans un jeu de 32 cartes calculer la probabilité de
tirer un pique puis un cœur
Expérience R R1 R2 R3
P(D1/R1) P(D2/R2)
Expérience D D1 D2 D1 D2 D1 D2
C C
E E E E
2-Probabilités
g – Bayes
Généralisation à n causes C1,C2,…,Cn formant un
système exhaustif
P Ci PE / Ci PCi PE / Ci
P Ci / E
PC1 P E / C1 ... P Cn PE / Cn P E
P Ci E
C1 C2 Ci Cn W P E
E
2-Probabilités
g – Bayes : exemple
Trois machines A, B et C produisent
respectivement 40%, 35% et 25% du nombre
total des comprimés fabriqués par un
laboratoire. Chacune de ces machines produit
resp. 5%,6% et 3% de comprimés défectueux.
On prend un comprimé au hasard.
1. Quelle est la probabilité qu’il soit défectueux?
2. On constate qu’il est défectueux. Quelle est la
probabilité qu’il ait été produit par la machine
A?
2-Probabilités
g – Bayes : exemple
W
0,4 0,25 = P(C)
0,35
A B C
P(D/A) = 0,05 0,06 0,03
D D D D D D
PD P APD / A PB PD / B PC PD / C
0,4 0,05 0,35 0,06 0,25 0,03 0,0485
VP
Toute la population
FP
VN
Résultat du gold
standard
M M
Résultat du T+ VP FP Total T+
test T- FN VN Total T-
Total M Total M Total pop
2-Probabilités
Diagnostique thérapeutique
Une population constitué de sujets atteints d’une maladie M et de sujets sains
•p, la prévalence de la maladie : la probabilité pour un sujet d’être malade.
•Se, la sensibilité du test : probabilité d’un sujet malade d’être positif.
•Sp, la spécificité du test : probabilité d’un sujet sain d’être négatif
p PM Malades
T- FN : Faux Négatif
population
T+ FP : Faux Positif
1 p P M Sain
P T / M Sp T- VN : Vrai Négatif
2-Probabilités
Diagnostique thérapeutique
Considérons un test ayant une sensibilité et une spécificité
de 90%, appliqué à un échantillon de 1000 sujets
représentatifs d’une population où la prévalence de la
maladie à diagnostiquer est de 1%
Résultat du gold
standard
M M
Résultat du T+ VP FP Total T+
test T- FN VN Total T-
Total M Total M Total pop
Références