Le Noyau

Introduction :
Le noyau est le compartiment cellulaire qui a donné son nom à la eucaryote (eu =
avec, caryos = noyau). On le retrouve uniquement dans les cellules eucaryotes, à
l’exception des hématies, des thrombocytes (plaquettes sanguines) et des kératinocytes
des couches de l’épiderme. Les cellules ont généralement un seul noyau sauf les
hépatocytes qui peuvent en contenir plusieurs. Le noyau représente au total 10 à 20%
du volume cellulaire ; le rapport nucléo-plasmique (volume du noyau/volume du
cytoplasme) est donc spécifique pour chaque type de cellule. La forme du noyau varie
selon le type de cellule : sphérique (cellule des épithéliale, LT, LB), avoïde polylobé
(granulocytes), etc. Sa localisation est plus souvent contrôlée, mais certaines cellules
comme les adipocytes ont un noyau central.

Le noyau est présent dans les cellules en interphase car il disparait lors de la
mitose, on parle de noyau interphasique. Il est délimité par une enveloppe interrompue
au niveau de ces pores nucléaires, par lesquelles se font les échanges nucléo-
cytoplasme. C’est le lieu de stockage de l’ADN ainsi que la transcription en ARN. Dans le
noyau, les molécules d’ADN sont associées à l’histone et l’ensemble forme la
chromatide.

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 Le noyau est structuré par la matrice nucléaire, également appelée
nucléosquelette. L’intérieur contient le nucléoplasme, la chromatine, plusieurs
structures appelées corps nucléaires dont les nucléoles, les corps de Cajal et les granules
interchromatiniens. La formation des corps nucléaires, qui est dynamique, reflète la
production et la maturation des ARN. Les ARNm matures sont exportés vers le
cytoplasme par les pores nucléaires où ils seront traduis en protéines par les ribosomes,
certaines de ces protéines doivent revenir dans le noyau pour leurs fonctions. Ainsi, les
pores nucléaires assurent les échanges bidirectionnels entre le noyau et le cytoplasme.

I. L’enveloppe nucléaire

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 Elle est formée de deux membranes (externe et interne) constituées chacune
d’une bicouche lipidique et qui diffèrent par leur contenu protéique.

La membrane externe est en continuité avec le REG et donc couverte de

ribosomes participant à la synthèse de protéines transportés dans l’espace périnucléaire
(entre les deux membranes) ; les deux membranes se rejoignent au niveau des pores
nucléaires.

L’enveloppe nucléaire est soutenue par deux réseaux de filaments intermédiaires

situés sur les faces externe et interne. L’assise interne est assurée par un constituant du
nucléoplasme, la lamina nucléaire, qui donne également la forme à l’enveloppe
nucléaire et stabilise les pores nucléaires.

La lamina nucléaire, principal constituant de la matrice nucléaire, est composée

de polymères de trois protéines fibrillaires : les lamine A, B et C. Elles forment une
structure grillage en maille carré très serrée et épaisse, qui tapisse la face
nucléoplasmique de la membrane interne avec des interruptions au niveau des pores
nucléaires. Le réseau de filament intermédiaires entourant la membrane externe est
organisé de façon moins régulière.

Epaisseurs : Lamina – 20 nm ; Espace perinucléaire – 30 nm ; membrane int/ext – 7 nm

La membrane nucléaire interne possède des protéines qui agissent comme des
récepteurs de lamine = LAPs (Lamine Associated Proteins) qui assurent la liaison entre la
membrane interne et la lamina.

La lamina interagie également avec les protéines de la chromatine. Les altérations

de cette lamina (plus de 120 mutations décrits dans les gènes codant pour les lamine A

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et B) ; plusieurs pathologies : on parle de laminapathie.

EX : la progéria = vieillissement accéléré

II. Le Nucléoplasme (cytosol du noyau)

Limité par l’enveloppe nucléaire, il correspond à la fraction soluble du noyau où

baignent la chromatine et les corps nucléaires (voir figure).

La chromatine occupe environ la moitié du volume du noyau. Les espaces sans

chromatine sont connectés entre eux et avec les pores nucléaires formant ainsi les
espaces interchromatiniens. Elle est représentée sous deux aspects : l’hétérochromatine
(compacte et moins active transcriptionellement) et l’euchromatine (peu compacte et
active transcriptionellement).

Le nucléoplasme est en continuité avec le cytosol par l’intermédiaire des pores

nucléaires ; il contient environ 70% d’eau, des ions, des protéines, des nucléotides, des
enzymes de la réplication d’ADN, de la transcription de l’ADN en ARN.

N.B :L’hétérochromatine ne peut pas être transcrite tandis que l’euchromatine

peut être transcrite.

III. Le nucléole
Il y a entre 1 à 2 nucléoles par noyau. C’est le lieu de synthèse des ARN
ribosomiques (ARNr) 18s, 5,8s et 28s ; et de fabrication des sous-unités du ribosome. Sa
taille varie en fonction de son activité de synthèse. Une cellule doit synthétisée plusieurs
millions d’ARNr pour produire les millions de ribosomes dont elle a besoin pour
synthétiser ses protéines. Chaque ribosome eucaryote contient quatre ARNr différents.

La petite sous-unité du ribosome (40s, s pour unité Svedberg) est constituée

d’une ARNr 18s associées à une trentaine de protéines ribosomiques différentes.

La grande sous-unité du ribosome (60s) est formée des ARNr 28s, 5,8s et 5s
associé à plus de 50 protéines ribosomiques différentes.

Dans les cellules diploïdes humaine, la production des ARNr 18s, 5,8s et 28s est
assurée 400 gènes correspondants. La région du chromosome contenant les gènes ARNr
est appelée région organisatrice du nucléole ou NOR (Nucleolus Organizer Region).

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Chaque NOR comprend des gènes pour les ARNr 5.8s, 18s et 28s séparé par des
séquences non traduites. Les ARNr représentent environ 80% des ARN totaux d’une
cellule contre 2 à 3% pour les ARNm et 17 à 18% pour les ARNt. Les ARNr synthétisés
dans le nucléole par l’ARN polymérase I, sont sous forme d’ARNr primaire 45s. Ils
subissent de nombreuses modifications chimiques (méthylation, isomérisation, …), avant
d’être clivé en différent type d’ARNr mature 28s, 5,8s et 18s.

Les types d’ARN

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IV. La matrice nucléaire (nucléosquelette)
Elle est constituée de la fraction nucléaire subsistant après l’élimination de l’ADN,
des ARN et des protéines solubles (ADN et ARN polymérase) par des nucléases et
protéases. Cette fraction est composées de la lamina nucléaire et de lamine libres dans
le nucléoplasme, ainsi que les protéines fibreuses insolubles.

La matrice nucléaire est une structure extrêmement dynamique impliquée dans

l’organisation en boucle de la fibre chromatine de 30 nm. L’attachement des boucles de
chromatines à la matrice nucléaire a lieu au niveau des régions particulières de l’ADN. La
matrice nucléaire intervient aussi dans les mécanismes de réparation de l’ADN : la
réplication et la transcription).

V. Pores nucléaires et échanges nucléo-plasmique

Il existe un trafic bidirectionnel intense entre le cytosol et le noyau, deux
compartiments en continuité (topologie identique). Le noyau exporte les ARNm, les
ARNt et les sous-unités nécessaires au compactage de la machinerie, de la réplication,
transcription et réparation de l’ADN. L’import et l’export des substrats à travers les pores
nucléaires sont dépendants de la présence au niveau des substrats, des signaux
d’achéssegs.

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 A. Signaux de tri-proteins
Les protéines sont synthétisées dans le cytosol. Le tri de protéines et leur
adressage vers d’autres compartiments s’effectue en fonction de la nature de la
séquence ou peptide « signal » qu’elles contiennent. Les protéines qui en sont
dépourvus restent dans le cytosol.

On note deux types de séquences :

- La séquence « signale » ou peptide signal : 3 à 60 aa à l’extrémité N-terminale

clivé par une peptidase à la fin du tri ;

- Le signal « patch » : les aa sont repartis sur la séquence primaire de la protéine

et se regroupent dans la structure tertiaire. Cette séquence n’est jamais clivée
après le tri ;

Les séquences de localisations nucléaires ou séquences NLS (Nuclear Localization

Signal) sont riches en lysine et en arginine. Une mutation dans cette séquence entraine
le blocage de l’importation des protéines.

Les séquences d’exportation ou séquences NES (Nuclear Export Signal) sont riches
en acides aminés hydrophobes. Cette séquence permet l’exportation des substrats du
noyau.

B. Structure du complexe de pore nucléaire (CPN)

Les ions, les nucléotides et toutes les molécules de masse moléculaires inferieures
à 40 KDa franchissent les complexes de pores nucléaires (CPN) par simple diffusion avec
une vitesse dépendante de leur taille.

Les macromolécules de masse moléculaire supérieure à 40 KDa nécessitent un

transport actif. Les signaux de tri présents sur les protéines déterminent si elles sont
importées dans le noyau ou exportées hors du noyau. Il doit pouvoir importer du cytosol
106 histones toutes les trois minutes pour compacter l’ADN synthétisée en phase S. Les
CNP sont parmi les structures protéiques les plus grosses et les plus complexes : masse
moléculaire = 120000Kda, environ 30 protéines de types différents ou nucléoporines
(Nup)

1 CPN = 500 à 1000 protéines formant une structure cylindrique de symétrie.

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 Complexe de pore nucléaire humain

Les bouts du cylindre sont délimités par deux anneaux ancrés aux faces
cytosolique et nucléoplasmique de l’enveloppe nucléaire. Chacun est constitué de 8 sous
unité globulaires à partir desquelles partent 8 filaments qui s’étendent dans le cytosol du
noyau. Les anneaux cytosolique et nucléoplasmique sont reliés entre eux par 8
complexes protéiques formant des colonnes qui sont ancrée à l’enveloppe nucléaire par
les protéines Tpr de sous-unités luminales. L’ensemble des colonnes définit un cylindre
central qui contient le canal de transport actif.

C. Mécanisme de translocation à travers le CPN

Les trafics à travers les CPN se font avec l’aide de récepteurs de transport
solubles, importines et exportines (famille des karyophérines). Ces transporteurs
reconnaissent les séquences NLS et NES des substrats à importer ou à exporter, ils
interagissent également avec les séquences spécifiques appelées répétition FG présente
au niveau de nombreuses nucléoporines. Les nucléoporines à répétition FG sont
majoritaire dans le canal central du CPN. Elles sont également retrouvées dans les
filaments portés par les anneaux cytoplasmique et nucléoplasmique ; ce qui favorise leur
interaction avec les transporteurs. Les répétitions FG tapissent donc la voie empruntée
par les transporteurs pour acheminer leur chargement au travers des CPN. Le
transporteur se déplace le long de la voie grâce à une succession de liaisons transitoires
au motif FG.

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 Les interactions entre les transporteurs et les substrats sont contrôlés par les
petites GTPase Ran. La protéine Ran adapte des conformations différentes selon qu’elle
se lie au GDP ou au GTP. La forme Ran GTP est maintenue à un niveau élevé dans le
noyau et faible dans le cytoplasme, on observe l’inverse pour la forme Ran GDP. Ce
gradient Ran GDP/Ran GTP de part et d’autre de l’enveloppe nucléaire est crée par les
protéines cytoplasmiques Ran GAP (GTPase Activity Protein) qui maintiennent Ran sous
forme Ran GDP en stimulant l’hydrolyse du GTP en GDP ; alors que la protéine nucléaire
Ran GEF (Guamin Exchange Factor) stimule l’échange du GDP par le GTP.

Les récepteurs importines se lient à leurs substrats dans le cytosol (absence de

Ran GTP) et les libèrent dans le noyau suite à leur association avec RAN GTP. Les
récepteurs importines vide et liés à Ran GTP, retournent au cytosol où la conversion Ran
GTP en Ran GDP permet aux récepteurs importines de se dissocier au Ran GDP.

À l’inverse, les récepteurs exportines se lient à leurs substrats dans le noyau, en

présence de Ran GTP et les libèrent dans le cytoplasme lors de l’hydrolyse du GTP en
GDP.

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 En plus, de leurs fonctions dans le transport nucléoplasmique, les CPN sont
impliqués dans d’autres fonctions cellulaires comme l’organisation de la chromatine, la
régulation de l’expression des gènes ainsi que la régulation de l’ADN.

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