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REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTER DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

UNIVERSITE D’ORAN ES -SENIA
FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
LABORTOIRE DE MICROBIOLOGIE APPLIQUEE
Thèse de DOCTORAT LMD
Spécialité : Microbiologie
Option : Contrôle Microbiologique et Hygiène Alimentaire
Isolement, identification et caractérisation des Alternaria sp.

responsables de la détérioration des plantes maraichères par
des systèmes enzymatiques et moléculaires
Présenté par :
Mlle BESSADAT Nabahat

Devant le Jury composé de :
KIHEL Mabrouk Professeur, Université d’Oran Président

HADADJI Miloud Professeur, Université d’Oran Examinateur
GUESSAS Bettache Professeur, Université d’Oran Examinateur
SETTI Benali Mohammed MCA, Université de Chlef Examinateur
HENNI Jamal Eddine Professeur, Université d’Oran Directeur de thèse
BENICHOU Soumaya MCB, Université d’Oran Co-encadreur
Année Universitaire 2013- 2014

REMERCIEMENTS
A travers mes prières je remercie Dieu le tout puissant et le miséricordieux pour m’avoir
aidé et permis de finaliser mon cursus jusqu’au Doctorat.
Je tiens tout d’abord à exprimer ma gratitude au Professeur Henni J E., Responsable du

Laboratoire de phytopathologie de l’Université d’Oran et Directeur de cette thèse, qui a cru en
moi et qui a mis à ma disposition des moyens nécessaires pour mener à bien cette recherche.
Ce travail n’aurait jamais vu le jour sans son précieux concours et son orientation avisée.
Un grand merci aussi au Professeur Kihal M., Directeur du Laboratoire de microbiologie

appliquée de l’Université d’Oran, pour l’accueil qu’il m’a réservé depuis mon parcours de
master jusqu’au doctorat. Je le remercie pour m’avoir fait l’honneur de présider ce jury et
d’avoir donné toute l’importance et la considération à mon travail.
J’adresse mes sincères remerciements au professeur Simoneau P., pour qui j’ai beaucoup de
respect. Je le remercie de m’avoir accueilli au sein de son laboratoire UMR Pa Vé de
l’Université d’Angers, et de m’avoir fait profiter de ses connaissances malgré la somme de
ses responsabilités. Je le remercie également pour sa disponibilité, son attention et son aide
précieuse dans la correction de mes articles. Mes remercîments vont aussi à Mr Bruno H., et
Mlle Pigné S., pour leur assistance technique lors de mes premiers pas vers la biologie
moléculaire. Je remercie aussi tous les membres du laboratoire FUNGISEM et ALSA pour
leur accueil et gentillesse.
J’exprime mes vifs remerciements au Docteur Benichou S L., Maître de conférences et

enseignante à l’Université d’Oran, qui a co-encadré ma thèse. Je la remercie infiniment pour
ses conseils et encouragements.
Je tiens à témoigner ma gratitude à Mr Setti B M., Maitre de conférences à l’Université de

Chlef pour sa contribution importante à ces travaux, notamment pour l’étude statistique de
mes données et ce malgré ses nombreuses préoccupations, et sa participation au jury de thèse.
Il m’est agréable de lui exprimer ma reconnaissance et mon profond respect.
Je tiens à remercier tout particulièrement Mr Guessas, B., Professeur à l’Université d’Oran,

qui m’a toujours aidé par ses conseils et qui a bien voulu examiner mon travail.
Je tiens également à exprimer mes remerciements à Mr Hadadji M., Professeur à l’Université

d’Oran, pour l’honneur qu’il m’a fait en acceptant de participer au jury de cette thèse.
Toute ma reconnaissance à Mr Bensahla T H., Professeur de biologie marine à l’Université
d’Oran, de m’avoir ouvert les portes de son laboratoire pour les nombreuses évaluations
microscopiques de la taille des spores au micromètre.
Ma profonde reconnaissance à Mme Belhebri, Directrice de l’institut Pasteur d’Oran et à ma

chère collègue Mme Terbeche R., membre du laboratoire de mycologie, pour l’accès au
laboratoire et toute l’aide matérielle apportée au cours de la réalisation des différents tests
physiologiques.
Un grand merci aussi à Mr Tandjaoui, Directeur de l’institut national de protection des

végétaux (INPV), pour m’avoir accueilli dans son établissement et pour toutes les données
fournies sur les sites de maraichage au nord-ouest Algérien.
Mes remerciements vont également à Mr Atif, Directeur de l’institut technique des cultures
maraichères et industrielles (ITCMI) de Hassi Bounif – Oran et aux ingénieurs agronomes
pour avoir partagé leurs connaissances en agronomie.
Je souligne ma reconnaissance à Mme Derdour, et aux membres de son laboratoire de chimie

à l’Université d’Oran, pour les matières actives fournies et utilisées dans le test fongicide. De
même façon je remercie tous les membres du laboratoire de phytopathologie et de
microbiologie appliquée et de la physiologie de la nutrition, qui se reconnaissent si bien ici,
désolée mais la liste est si longue, je ne pourrai les citer tous, pour tout le soutien et conseils
avisés d’enseignants, de thésards aguerris et techniciens. Merci d’avoir rendu le quotidien
plus léger. Je leur souhaite bonne continuation et une vie pleine de succès.
Un merci particulier à mes collègues et amies Hadjira B., Aicha C., Waffa D. et Fatima K.,
pour leurs encouragements et surtout leur soutien moral. Tous mes meilleurs vœux vous
accompagnent pour la fin de vos thèses. Je souhaite également toute la réussite qu’ils
méritent aux nombreux stagiaires en master, licence et magister qui ont contribué à la bonne
ambiance du labo. Enfin à tous ceux qui de près ou de loin m’ont épaulée et aidée à mener ce
travail à bon terme, je leur laisse ici l’expression de toute ma gratitude.
DEDICACES
Je dédie ce travail à mes parents que je tiens à remercier affectueusement pour

m’avoir accordé toute leur confiance, leur soutient et permis de faire de
longues études. Aussi pour leur grande compréhension dans les moments
difficiles, pour m’avoir supporté, aidée et encouragé. Je m’excuse pour tous les
tracas et stress que vous avez subi avec moi, en ces quelques lignes je vous
exprime ma profonde reconnaissance « que dieu vous garde pour moi ». De
même façon je remercie mes deux frères Foued et Adel pour toute l’aide et la
patience dont ils ont fait preuve et toute ma famille proche ou éloignée pour
leur soutien moral.
Résumé
L’alternariose est une maladie très répandue des Solanacées cultivées au Nord-ouest Algérien.
L’étude épidémiologique sur la biodiversité des espèces Alternaria pathogènes basée sur la
mise en culture et le diagnostic moléculaire en utilisant l’amplification par réaction de
polymérisation en chaine (PCR) a permis l’identification des six espèces. Ainsi, la
comparaison entre les caractères morphologiques et culturaux de 36 isolats sélectionnés parmi
les espèces à petites et grosses spores, par une analyse statistique, résume la relation entre ces
derniers en fonction de leur distance de similarité. Le résultat de l'identification classique a été
confirmé par analyse et séquençage des régions de l’espaceur interne transcrit (ITS) de l’ADN
ribosomique de souches qui les a divisé en deux groupes parmi lesquels le sous-groupe de la
section alternata, incluant les espèces à petites spores morphologiquement identifié comme A.
alternata, A. tenuissima, et A. arborescens. Le deuxième sous-groupe (porri) comprend les
isolats à grosses spores comme A. tomatophila et A. solani avec les isolats de la section
ulocladioides. L’identification moléculaire des espèces étroitement liées a été confirmée à par
l’alignement des séquences du gène codant pour le facteur d’élongation qui permit la
distinction entre les espèces A. tomatophila et A. solani. Les différents tests de pathogénicité
effectuée sur tomate inoculées avec les deux groupes d’espèces ont montré que les espèces à
petites et grosses spores forment un complexe pathogène causant la brûlure foliaire et
pourraient servir comme source d’inoculum pour la propagation de la maladie dans les
cultures de Solanacées voisines. Cette étude représente la première comparaison
morphologique et moléculaire des isolats associés à la brûlure foliaire des Solanacées en
Algérie. La résistance vis-à-vis quelques matières actives a été également évaluées in vitro sur
la croissance mycélienne de deux souches.
Mots clés : Epidémiologie, Alternaria alternata, A. tenuissima, A. arborescens, A.

tomatophila, A. solani, caractérisation physiologique, identification moléculaire, pouvoir
pathogène, teste fongicide.
Abstract
Early blight is a common disease of Solanaceae crops in northwestern Algeria. The

epidemiological study on the biodiversity of Alternaria species was carried out by agar
method and molecular diagnostics using amplification by polymerase chain reaction (PCR)
allowed the identification of six species. The comparison between morphological, cultural
characteristics and effect of various physiological parameters by statistical analysis
summarizes the relationship between isolates according to their similarity distance. Classical
identification result was confirmed by sequencing and analyzing the internal transcribed
spacers regions (ITS) of ribosomal DNA of strains which divided the strains into two groups
among which the sub-group of alternata section including small spores species
morphologically identified as A. alternata, A. tenuissima, and A. arborescens. The second
sub- group (porri) includes large spore species as A. solani and A. tomatophila with isolates
of the ulocladoides section. The molecular identification of closely related species was
confirmed using sequence alignment of the elongation factor gene which allowed
distinguishing between A. solani and A. tomatophila. Different pathogenicity tests carried out
on tomato with different species of Alternaria showed that small and large spore Alternaria
species make part of a complex pathogen causing early blight of tomato in Algeria and could
be a source of inoculum spread in adjacent Solanaceae cultures. This study represents the first
report on morphological and molecular comparison of isolates associated with early blight of
Solanaceae in Algeria. Resistance against some fungicides has also been evaluated in vitro on
the mycelia growth of two strains.
Keywords: Epidemiology, Alternaria alternata, A. tenuissima, A. arborescens, A.

tomatophila, A. solani, physiological characterization, molecular identification, pathogenicity,
fungicide tests.
‫ﻣﻠﺨﺺ‬
‫ﺍﻟﻠﻔﺤﺔ ﺍﻟﻤﺒﻜﺮﺓ ﻫﻮ ﻣﺮﺽ ﻳﺸﻤﻞ ﺷﺘﻰ ﺍﻟﻤﺤﺎﺻﻴﻞ ﺑﺎﺫﻧﺠﺎﻧﻲ ﻓﻲ ﺷﻤﺎﻝ ﻏﺮﺏ ﺍﻟﺠﺰﺍﺋﺮ ‪ .‬ﺗﻤﺖ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ ﺍﻟﻮﺑﺎﺋﻴﺔ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﻨﻮﻉ‬
‫ﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻲ ﻟﻠﺠﻨﺲ ‪ Alternaria‬ﻋﻠﻰ ﺃﺳﺎﺱ ﺯﺭﻉ ﺍﻟﻌﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻨﺒﺎﺗﻴﺔ ﻋﻠﻰ ﻭﺳﻂ ﺍﻻﻛﺎﺭ ﻭ ﺍﻟﺘﺸﺨﻴﺺ ﺍﻟﺠﺰﻳﺌﻲ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺍﻟﺘﻀﺨﻴﻢ‬
‫ﻣﻦ ﻗﺒﻞ ﺳﻠﺴﻠﺔ ﺗﻔﺎﻋﻞ ﺍﻟﺒﻠﻤﺮﺓ )‪ (PCR‬ﺑﺎﻟﺒﺎﺩﺋﺎﺕ ﺍﻟﺨﺎﺻﺔ ﻟﻜﻞ ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ ﻣﻦ ﺍﻷﻧﻮﺍﻉ‪ .‬ﻛﺎﻧﺖ ﺩﺭﺍﺳﺔ ﺍﻟﺨﺼﺎﺋﺺ ﺍﻟﻤﻮﺭﻓﻮﻟﻮﺟﻴﺔ‬
‫ﻭ ﺍﻟﺼﻔﺎﺕ ﺍﻟﻤﻈﻬﺮﻳﺔ ﻣﻤﺎﺛﻠﺔ ﻟﻸﻧﻮﺍﻉ‪:‬‬
‫‪ A. alternata, A. arborescens, A. tomatophila, A. solani‬ﻭ‪.A. tenuissima‬‬
‫ﻗﺎﺭﻧﺎ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺨﺼﺎﺋﺺ ﻣﻊ ﺗﺄﺛﻴﺮ ﺍﻟﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻌﺎﻳﻴﺮ ﺍﻟﻔﺴﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔ ﻋﻠﻰ ﻧﻤﻮ ﻭ ﺗﺒﻮﻍ ‪ 36‬ﻋﺰﻻﺕ ﻣﺨﺘﺎﺭﺓ ﻣﻦ ﺍﻷﻧﻮﺍﻉ ﺫﺍﺕ‬
‫ﺍﻻﺑﻮﺍﻍ ﺍﻟﻜﺒﻴﺮﺓ ﻭﺍﻟﺼﻐﻴﺮﺓ ﻓﻲ ﻣﺼﻔﻮﻓﺔ ﺍﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕ ﺗﻌﺘﻤﺪ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻹﺣﺼﺎﺋﻲ ﻳﻠﺨﺺ ﺍﻟﻌﻼﻗﺔ ﺑﻴﻦ ﺍﻟﻌﺰﻻﺕ ﻭﻓﻘﺎ ﻟﻤﺴﺎﻓﺔ‬
‫ﺍﻟﺘﺸﺎﺑﻪ ﺑﻴﻨﻬﻤﺎ ‪ .‬ﻭﻗﺪ ﺃﻛﺪ ﺍﻟﺘﻨﻤﻴﻂ ﺍﻟﻤﻈﻬﺮﻱ ﺑﺎﻟﻄﺮﻳﻘﺔ ﺍﻟﻜﻼﺳﻴﻜﻴﺔ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺗﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻤﻨﺎﻁﻖ ﺍﻟﺪﺍﺧﻠﻴﺔ ‪ ITS‬ﻟﻠﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ‬
‫ﺍﻟﺮﻳﺒﻮﺯﻭﻣﻲ ﻟﻠﺴﻼﻻﺕ‪ .‬ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻔﻴﻠﻮﺟﻴﻨﻲ ﻟﻠﻤﺘﻮﺍﻟﻴﺎﺕ ﻗﺴﻢ ﺍﻟﺴﻼﻻﺕ ﺇﻟﻰ ﻣﺠﻤﻮﻋﺘﻴﻦ ﻣﻦ ﺑﻴﻨﻬﺎ ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ ‪ alternata‬ﻟﻸﻧﻮﺍﻉ‬
‫ﺫﺍﺕ ﺍﻻﺑﻮﺍﻍ ﺍﻟﺼﻐﻴﺮﺓ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎ ﺷﻜﻠﻴﺎ ﻙ‪ A. tenuissima, A. arborescens .‬ﻭ ‪A. alternata‬‬
‫ﺗﺸﻤﻞ ﺍﻟﻤﺠﻤﻮﻋﺔ ﺍﻟﺜﺎﻧﻴﺔ ﺍﻷﻧﻮﺍﻉ ﺫﺍﺕ ﺍﻻﺑﻮﺍﻍ ﺍﻟﻜﺒﻴﺮﺓ ‪ A. solani‬ﻭ ‪ A. tomatophila‬ﻭﻗﺴﻢ ﻋﺰﻻﺕ ‪Ulocladioides‬‬
‫ﺗﻢ ﺍﻟﺘﺸﺨﻴﺺ ﺍﻟﺠﺰﻳﺌﻲ ﻟﻠﻌﺰﻻﺕ ﺫﺍﺕ ﺍﻟﺼﻠﺔ ﺍﻟﻤﺘﻘﺎﺭﺑﺔ ﺍﻟﺬﻱ ﻟﻢ ﻳﺤﺪﺩ ﺍﺧﺘﻼﻓﺎﺕ ﻓﻲ ﺑﻨﻴﺔ ﻣﻨﻄﻘﺔ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﻤﺪﺭﻭﺳﺔ‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺑﺎﺩﺋﺎﺕ ﻣﺤﺪﺩﺓ ﻭﻣﺤﺎﺫﺍﺓ ﻣﺘﻮﺍﻟﻴﺎﺕ ﻋﺎﻣﻞ ﺍﻻﺳﺘﻄﺎﻟﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﺬﻱ ﺳﻤﺢ ﻟﻠﺘﻤﻴﻴﺰ ﺑﻴﻦ ﺍﻷﻧﻮﺍﻉ‬
‫‪A. tomatophila, A. solani‬‬
‫ﺃﻅﻬﺮﺕ ﺍﻻﺧﺘﺒﺎﺭﺍﺕ ﺍﻟﻤﺮﺿﻴﺔ ﺍﻟﻤﺨﺘﻠﻔﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﺃﺟﺮﻳﺖ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﻄﻤﺎﻁﻢ ﻷﻧﻮﺍﻉ ‪ Alternaria‬ﺫﺍﺕ ﺍﻻﺑﻮﺍﻍ ﺍﻟﻜﺒﻴﺮﺓ ﻭﺍﻟﺼﻐﻴﺮﺓ‬
‫ﺍﻟﻤﻤﺮﺽ ﺗﺸﻜﻞ ﻣﺠﻤﻊ ﻳﺴﺒﺐ ﺍﻟﻠﻔﺤﺔ ﺍﻟﻤﺒﻜﺮﺓ ﻟﻨﺒﺎﺕ ﺍﻟﻄﻤﺎﻁﻢ ﻓﻲ ﺍﻟﺠﺰﺍﺋﺮ ‪ ،‬ﻭﻳﻤﻜﻦ ﺃﻥ ﺗﻜﻮﻥ ﻣﺼﺪﺭﺍ ﻻﻧﺘﺸﺎﺭ ﺍﻟﻮﺑﺎء ﻋﻠﻰ‬
‫ﺍﻟﻤﺤﺎﺻﻴﻞ ﺍﻟﺒﺎﺫﻧﺠﺎﻧﻴﺔ ﺍﻟﻤﺠﺎﻭﺭﺓ‪ .‬ﺗﻤﺜﻞ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ ﺃﻭﻝ ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﺍﻟﻤﻮﺭﻓﻮﻟﻮﺟﻴﺔ ﻭﺍﻟﺠﺰﻳﺌﻴﺔ ﻟﻌﺰﻻﺕ ﺍﻟﻤﺴﺒﺒﺔ ﻟﻤﺮﺽ ﺍﻟﻠﻔﺤﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﺒﻜﺮﺓ ﻟﻠﻤﺤﺎﺻﻴﻞ ﺍﻟﺒﺎﺫﻧﺠﺎﻧﻴﺔ ﻓﻲ ﺍﻟﺠﺰﺍﺋﺮ‪ .‬ﺗﻢ ﺗﻘﻴﻴﻢ ﺍﻟﻤﻘﺎﻭﻣﺔ ﺿﺪ ﺑﻌﺾ ﻣﺒﻴﺪﺍﺕ ﺍﻟﻔﻄﺮﻳﺎﺕ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺨﺘﺒﺮ ﻋﻠﻰ ﻧﻤﻮ ﺳﻼﻟﺘﻴﻦ‪.‬‬
‫ﺍﻟﻜﻠﻤﺎﺕ ﺍﻟﺮﺋﻴﺴﻴﺔ‪:‬‬
‫‪ A. tenuissima ،A . arborescens .A. tomatophila ، A. solani‬ﻋﻠﻢ ﺍﻷﻭﺑﺌﺔ ‪، Alternaria alternata ،‬‬

‫ﺍﻟﺘﻮﺻﻴﻔﺎﺕ ﺍﻟﻔﺴﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔ ‪ ،‬ﺍﻟﺘﺤﺪﻳﺪ ﺍﻟﺠﺰﻳﺌﻲ‪ ،‬ﺍﻟﻘﺪﺭﺓ ﺍﻟﻤﻤﺮﺿﺔ ‪ ،‬ﺍﺧﺘﺒﺎﺭﺍﺕ ﻣﺒﻴﺪ ﻓﻄﺮﻳﺎﺕ‬
Sommaire
Introduction générale 1
Chapitre 1 : Etude bibliographique 4
1. La plante hôte 5
1.1. Les Solanacées
1.2. La tomate 5
1.3. La pomme de terre 7
1.4. Importance économique 8
1.5. Pratiques culturales en Algérie 9
2. Le pathogène 12
2.1. Généralités sur les Alternaria
2.2. Historique de la taxonomie d’Alternaria 12
2.3. Classification et biologie des Alternaria 13
2.4. Les Alternaria pathogènes des solanacées 15
2.5. Symptomatologie 16
2.5.1. Sur feuilles 16
2.5.2. Sur tiges et collets 17
2.5.3. Sur fruits et tubercules 18
2.7. Cycle infectieux 20
2.7.1. Conservation, sources d'inoculum 20
2.7.2. Pénétration et invasion 21
2.7.3. Sporulation et dissémination 22
2.7.4. Conditions favorables à son développement 22
2.8. Les différentes approches taxonomiques 25
2.8.1. L’approche phénotypique 25
2.8.2. Culture sur milieux classiques 28
2.8.3. L’approche moléculaire 29
3.8.3.1. Outils moléculaires modernes et taxonomie 29
3.8.3.2. Etude de la variabilité interspécifique 30
2.8.3.3. Immuno-taxonomie et électrophorèse des protéines 32
2.8.3.4. Méthodes chimiques 32
2.9. Les Alternaria producteurs de mycotoxines 33
3. Méthodes de lutte contre Alternaria 34

3.1. Pratiques culturales 35
3.2. La lutte génétique 36
3.3. Extraits de plantes 37
3.4. La lutte biologique 39
3.5. La lutte chimique 41
3.5.1. Substances utilisées pour lutter contre l’alternariose des Solanacées 43
Chapitre 2 : Matériels et Méthodes 46
I. Diagnostic, Prospections sur terrain et étude épidémiologique 47

1. Echantillonnage 47
2. Isolement et purification de l’agent pathogène 48
2.1. Induction de la sporulation des isolats 48
2.2. Mesure de la sporulation fongique 49
2.3. Culture d'isolats monospores 49
2.4. Conservation des isolats 49
II. Identification morphologique et étude des caractères culturaux 49

1. Introduction
2. Etude des caractères macroscopiques et microscopiques 50
2.1. Evaluation des caractères morphologiques macroscopiques 50
2.2. Examen de la morphologie et de la formation des chaines de conidies 50
3. Effet des différents milieux de culture 51
4. Effet de différentes sources de carbone et d’azote 51
5. Effet de la température et du pH 52
6. Mesure de la croissance mycélienne et la sporulation 52
7. Analyse statistique 53
III. Identification moléculaire des souches 53

1. Introduction
2. Détection moléculaire des Alternaria sp. sur tissus infectés 54
3. Extraction de l’ADN fongique 55
4. Caractérisation moléculaire des isolats 55
5. Dosage des acides nucléiques 57
6. Réaction par amplification PCR et électrophorèse sur gel 57
7. Purification des produits PCR ITS1 F-ITS4 et facteur d’élongation 58
8. Séquençage 58
IV. Test du pouvoir pathogène 59

1. Introduction
2. Méthode des folioles détachées 60
2.1. Préparation de l’inoculum 60
2.2. Inoculation des feuilles détachées 61
3. Test sur plantules de tomates 62
3.1. Le matériel végétal 62
3.2. Réaction variétale 63
3.3. Evaluation de l’agressivité de différentes espèces sur plantules de tomate 63
4. Inoculation des plantes testées 65
5. L'incidence de la maladie 65
6. Ré-isolement du parasite 66
V. Lutte chimique 66
1. Introduction
2. Analyse de la sensibilité osmotique 66
3. Sensibilité vis-à-vis certaines matières actives 67
Chapitre 3 : Résultats et Discussions 71
I. Etude épidémiologique 72
1. Echantillonnage et fréquence des isolements
2. Diagnostic moléculaire 77
II. Identification morphologique et étude des caractères culturaux 82
1. Isolement et purification de l’agent pathogène
2. Etude des caractères macroscopiques et microscopiques 89
2.1. Evaluation des caractères morphologiques macroscopiques
2.2. Examen de la morphologie et de la formation des chaines de conidies 94
3. Effet des milieux de base 99
4. Effet des sources de carbone et d'azote 101
5. Effet du pH et de la température 107
6. Analyse globale de la variabilité culturale et physiologique des isolats 109
III. Identification moléculaire des souches 111

1. Séquençage des régions ITS 111
2. Séquençage des régions codant pour les facteurs d’élongation 114
3. Utilisation des amorces spécifiques 115
IV. Test du pouvoir pathogène 117

1. Test sur feuilles détachées
2. Test sur plantules de tomates 121
2.1 Réaction variétale
2.2.2. Symptomatologie 125
2.3. Infection individuelles et mixtes 129
2.3.1. Infections individuelles
2.3.2. Infections mixtes 134
2.3.3. Postulats de Kock 138
2.3.4. Détection moléculaire d’Alternaria sp. 140
V. Lutte chimique 142

1. Analyse de la sensibilité osmotique
2. Sensibilité vis-à-vis certaines matières actives 144
Chapitre 4 : Conclusions générales et Perspectives 148
1. Etude épidémiologique 149

2. Isolement et identification des espèces 150
3. Étude physiologique 151
4. Identification moléculaire 151
5. Pouvoir pathogène 152
6. Lutte chimique 154
Références bibliographiques 155
Annexes 186
Liste des abréviations
×g force gravitationnelle
µg microgramme
µl microLitre
µm micromètre
µM micromolaire
A adénine
ADN acide désoxyribonucléique
ADNr acide désoxyribonucléique ribosomal
AFLP polymorphisme d'ADN obtenu par amplification au hasard
ATP adénosine triphosphate
AUDPC Aire sous la courbe de l’évolution de la maladie (Area under disease progress curve)
BET Bromure d’ethidium
C cytosine ou concentration de I'oligonucléotide (selon le contexte)
C° degré Celcius
CI50 Concentration d’inhibition de 50%
cm centimètre
ddNTP didésoxyribonucléoside (A, C,G, T) triphosphate
dNTP désoxyribonucléoside (A, C,G,T) triphosphate
DPI Jour après inoculation (day post inoculation)
EDTA éthylène diaminotétraacétique
ELISA Essai réalisé avec un enzyme lié à un anticorps (Enzyme-linked immunosorbent assay)
f. sp. Forme spéciale
g gramme
G guanine
GSU grande sous-unité
HPLC chromatographie liquide à haute pression (performance)
IGS espaceur non transcrit des gènes d'ADNr (Intergenic spacer)
ITS espaceur interne transcrit des gènes d'ADNr (Interna1 Transcribed Spacer)
JPI jours post inoculation
Kb kilo base
L litre
m mètre
M molaire (concentration en mole/Litre)
MEA milieu à base d’extrait de malt
Mg milligramme
Min minute
mL millilitre
mM millimolaire
Mm millimètre
NAD+ forme oxidée de nicotinamide adénine din ucléotide
Ng nanogramme
nm nanomètre
Pa Vé Pathologie végétale
pb paire de bases
PCA milieu à base d'agar, de carotte et de pomme de terre
PCR amplification in vitro de l'ADN (polymerase chain reaction)
phenol- Phénol Chloroforme alcool isoamylique
chlo-iso
Pm poids moléculaire
PM picomole (10-12)
pmol petite sous-unité
ppm Partie par million
PSA milieu à base d'agar, de saccharose et de pomme de terre
qsp Quantité suffisante pour
polymorphisme de la longueur des fragments de restriction (restriction fragment length
RFLP polymorphisrns)
SDS sodium dodécyl sulfate
sec seconde
syn synonyme
T thymine
TAE tampon Tris-EDTA, acide acétique
TBE tampon Tris-EDTA, acide borique
TE Tampon d’extraction
Tm température où 50% des oligonucleotides sont dissociés de l'ADN
Tris 2-amino-2-(hydroxyméthy1)-1-3-propanediol
UMR Unité Mixte de Recherche
UV ultraviolet.
V volt
var. variété
Liste des figures
Figures 1 : Cultures de tomate à différents stades dans les wilayas : (A) Mostaganem 11
(Juin), (B) Ain Témouchent (Juillet), (C) Oran ITCMI serre (Décembre).
Figure 2 : Représentation des différents stades de développement des spores et 15
conidiophores d’Alternaria alternata (Simmons, 1999 ; Taralova et al., 2011).
Figure 3 : Symptômes de l’alternariose sur feuille de tomate 17
Figure 4 : Lésions provoquées par Alternaria tomatophila et A. alternata sur tige et collet 18
Figure 5 : Lésions sur fruits de tomates commercialisés provoquées par Alternaria 19
tomatophila (A) et par A. solani (B), A. arborescens et A. alternata (C).
Figure 6 : Cycle infectieux de l’Alternariose 23
Figure 7 : Le processus d'infection, le développement et les symptômes des maladies 24
causées par Alternaria pathogènes des solanacées
Figure 8 : Agencement des conidies de :(A) A. alternata, (B) A. arborescens et (C) A. 26
tenuissima généré avec l'outil de modélisation élaboré par Taralova et al., (2011)
Figure 9 : Conidies et conidiophores de la souche A. solani représentative E.G.S. 44 098 27
(Simmons, 2007) CBS fungal diversity, 185- 187.
Figure 10 : conidies et conidiophores de la souche A. tomatophila représentative E.G.S. 28
42 165 (Simmons, 2007) CBS fungal diversity, 203- 205.
Figure 11 : Sites d’action des principaux fongicides (Lepiovre, 2003). 42
Figure 12 : Méthode de routine pour l’identification des espèces. 54
Figure 13 : Méthode de détection rapide. 55
Figure 14 : L'arrangement des gènes et des séquences inter géniques nucléaire dans la 59
région d'ADNr et la localisation des ITS1, ITS4.
Figure 15 : L'arrangement des gènes et des séquences inter géniques nucléaire dans les 59
régions des facteurs d’élongations et la localisation des amorces EF1-728 et EF1-986
dans cette région (Carbone & Kohn, 1999).
Figure 16 : (A) germination des graines de tomates après 5 jours d’incubation ; (B) 63
plantules de tomates cultivées sou serre âgées de 4 semaines.
Figure 17: Fréquence de l’isolement dans les Wilaya du Nord-Ouest Algérien. 72
Figure 18: Les principaux agents de la brulure foliaire des solanacées isolés dans les 73
Wilayas du Nord-Ouest Algérien.
Figure 19: Incidence des principaux agents de l’Alternariose des solanacées détectés par 79
PCR à partir des échantillons prélevés dans les Wilayas du Nord-Ouest Algérien.
Figure 20: Détection des Alternaria sp. dans les tissus infectés de solanacées collectés 80
dans différentes régions
Figure 21: Aspect des colonies des souches à petites spores (section alternata) cultivées 92
sur milieu PSA.
Figure 22: Aspect des colonies des souches à grosses spores (section porri) cultivées sur 93
milieu PSA.
Figure 23: La variabilité de la vitesse de croissance chez les différentes espèces 94
d'Alternaria sur un milieu de PSA.
Figure 24: Paramètres morphologiques des spores des isolats de la section porri 96
Figure 25: Les espèces d’Alternaria à petites spores de la section alternata 98
Figure 26: Les espèces d’Alternaria à grosses spores de la section porri 99
Figure 27: La variabilité du taux de croissance (A) et de sporulation (B) des isolats 100
Alternaria sp. sur différent milieux.
Figure 28: Aspect des colonies des Alternaria sp. cultivées sur différents milieux de 101
culture
Alternaria sp. sur différentes sources de carbone et d’azote
Figure 30: Aspect des colonies des Alternaria sp. cultivées sur dix sources de carbone 105
sur milieu Czapek modifié
Figure 31: Aspect des colonies des Alternaria sp. cultivées sur huit sources d’azote sur 106
milieu Czapek modifié.
Figure 32: Effet des différents pH sur la croissance mycélienne d’Alternaria sp. après 107
huit jours d’incubation
Figure 33: Effet des différentes températures sur la croissance mycélienne d’Alternaria 108
sp. après huit jours d’incubation.
Alternaria sp. sur différentes températures et pH.
Figure 35: Dendrogramme représentant l'analyse statistique à partir des caractères 110
morphologiques, culturaux et physiologiques de 32 souches à petite spores et 4 souches à
grosses spores
Figure 36: Dendrogramme représentant l'analyse phylogénétique des Alternaria sp. 113
comparés aux séquences référencées et genres apparentés à partir des données de
séquences ITS des régions combinées des gènes ribosomiques.
Figure 37: Alignements des séquences du gène de facteur d'élongation (EF-1α) d’A. 114
solani et A. tomatophila
Figure 38: Amplification des ADN extraits à partir des souches Alternaria sp. avant 115
séquençage
Figure 39: Profils des gels des produits PCR des espèces d’Alternaria à grosses spores 116
Figure 40: Identification des Alternaria à petites spores. 116
Figure 41 : Effet des inoculations à partir des 32 isolats de la section alternata avec 118
fragments mycéliens et effet de la blessure des folioles sur la taille des lésions.
Figure 42. Inoculations à partir des suspensions de spores des 32 isolats de la section 118
alternata et effet de la blessure de folioles sur la taille de la lésion.
Figure 43: Test de pathogénicité des isolats de la section alternata et développement de 120
l’alternariose sur folioles de tomate détachées sans blessures
Figure 44: Symptômes observés après 21 jours post-inoculation avec les isolats de la 128
section alternata.
Figure 45: (A) chaîne de conidies et mycélium produit sur la face supérieure de la feuille 129
de tomate infectés par la souche A. alternata 156, (B) symptômes typiques de la
pourriture du collet sur trois cultivars de tomates induits par A. arborescens 65.
Figure 46: Pathogénicité d’A. tomatophila, A. solani et A. alternata sur plantules de 133
tomates 7 jours après l’inoculation.
Figure 47 : Infections mixtes et individuelles sur plantules de tomate avec isolats d’A. 136
solani et de la section alternata.
Figure 48: Infections mixtes et individuelles sur plantules de tomate avec les isolats d’A. 137
tomatophila et de la section alternata.
Figure 49: Sporulation sur tissus de tomates infectées issues des inoculations en 140
laboratoire.
Figure 50: Détection des espèces d’Alternaria à partir de feuilles de tomates inoculées 141
pendant 21 jours
Figure 51: Effet du NaCl à 2% et 4% sur la croissance mycélienne des souches de la 143
section alternata après six jours d’incubation.
Figure 52: Sensibilité osmotique des isolats de la section alternata. 144
Figure 53: Effet des neuf matières actives sur la croissance mycélienne de la souche A2 146
Figure 54: Effet des neuf matières actives sur la croissance mycélienne de la souche A11 146
Liste des tableaux
Tableau 1: Production mondiale de tomate en 2012 (http://faostat.fao.org/) 6
Tableau 2: Production mondiale de pomme de terre en 2012 (http://faostat.fao.org/) 8
Tableau 3: Principales cultures maraichères et industrielles en Algérie 9
Tableau 5: La production de mycotoxines par différentes espèces d’Alternaria à 34
l’exception d’Alternaria alternata
Tableau 6 : Études génétiques classiques de la résistance à l’alternariose engendrant la 37
brûlure foliaire, dépérissement du collet, et de la lésion des tiges de la tomate.
Tableau 7 : Quelques antagonistes microbiens utilisés pour le control d'Alternaria spp. 40
sur fruits et légumes
Tableau 8 : Les matières actives recommandées pour les cultures de tomate et de 43
pomme de terre (ITCMI, 2010)
Tableau 9 : Echelle de notation de la vitesse croissance et de la sporulation des espèces 53
testés
Tableau 10 : Les amorces testées et leur séquence nucléotidique 56/
57
Tableau 11 : Chronologie des étapes. 61
Tableau 12 : Echelle de notation de l’incidence de la maladie 64
Tableau 13: Matières actives testées et synthétisées au laboratoire de chimie organique 68
appliqué de l’Université d’Oran
Tableau 14: Fréquence de l’isolement des principaux agents associés à la détérioration 76
des solanacées
Tableau 15: Diagnostic par PCR des espèces d'Alternaria dans les échantillons de 77
tissus infectés.
Tableau 16: L’hôte et l’identification morphologique des souches isolées utilisés dans 83
chaque analyse au cours de cette étude et l'identification moléculaire ultérieur.
Tableau 17: Caractères Culturaux des isolats Alternaria sur milieu PSA. 90
Tableau 18: Variabilité dans le cloisonnement et la taille des conidies de 36 isolats 95
d'Alternaria sp.
Tableau 19: Classement non hiérarchique des isolats de la section alternata en deux 121
groupes en fonction de leur virulence sur folioles de tomate détachées.
Tableau 20: Incidence de la maladie en pourcentage et AUDPC des souches A. 122
alternata et A. arborescens sur les variétés de tomates évaluées sous serre.
Tableau 21: Incidence de la maladie en pourcentage et AUDPC des souches A. 123
tenuissima sur les variétés de tomates évaluées sous serre.
Tableau 22: Effet des isolats à petites spores sur le développement des symptômes sur 127
les plantules de tomates cultivées sous serre
Tableau 23 : Variabilité du pouvoir pathogène des Alternaria du groupe alternata et 130
porri sur plantules tomates
Tableau 24: Taux d’inhibition de la croissance mycélienne chez les isolats de la section 142
alternata sur milieu PSA+ 2%NaCl et PSA+ 4%NaCl
Tableau 25: Concentrations inhibitrices (ppm) de la croissance mycélienne des souches 145
(A2 et A11) en présence de neuf fongicides après six jours de culture sur milieu PSA à
25°C.
Introduction
Introduction générale
Les espèces du genre Alternaria sont répandues à grande échelle. Une partie considérable des
espèces sont cosmopolites. Selon leur style de vie saprophytes ils se développent sur les
parties mortes des plantes. Une partie d'entre eux jouent un mode de vie parasite nécrotrophes
et une qui cause de graves maladies, ces espèces sont considérées comme un véritable
organisme nuisible spécifique de l'hôte. Les symptômes causée par ces pathogènes se
présentes généralement sous formes de taches brunes à noirâtre sur les Solanacées, les dégâts
causés par les principaux agents de l’alternariose se traduisent par des brûlures au niveau des
feuilles, des tiges, des collets et des fruits. Cette maladie engendre la diminution du pouvoir
germinatif des semences, la détérioration des produits avant la récolte ou encore la perte des
produits récoltés pendant le stockage et représente donc un risque pour la sécurité alimentaire.
La recherche du genre Alternaria s'est imposée au niveau international dans ces deux
dernières décennies, comme il est apparu qu’ils sont étroitement liés à la contamination des
aliments par les mycotoxines, aux allergies et à l'asthme.
En Algérie, les Solanacées ont une place économique importante, peu d’informations datées
sur le plan épidémiologique sont disponibles, de même concernant la biodiversité des espèces
d'Alternaria pathogènes de cette famille de plantes, ce qui explique la nécessité de les traiter
sur différents niveaux avec l'application de techniques de mycologie classiques et modernes.
L'application de fongicides est la pratique la plus couramment utilisée pour réduire les pertes
liées à cette maladie. Cependant, à ce jour, aucune réduction constante de la maladie n’a été
atteinte grâce à des applications chimiques. Ceci suggère que des informations
supplémentaires relatives à la biologie de l'agent pathogène et l'épidémiologie de la maladie
sont nécessaires pour la réussite du développement d'un programme de gestion fiable de
l’alternariose. En outre, l'analyse visuelle des symptômes ne permet pas de distinguer si la
tache nécrotique est causée par A. tomatophila, A. solani ou les espèces à petites spores de la
section alternata. Dans cette étude, lors des prospections sur terrain, un diagnostic par PCR a
été utilisé afin d'obtenir une différenciation claire et la distribution des espèces d'Alternaria
sur les tissus infectées et pour compléter d’une autre part les tests de diagnostic classique.
L’identification des Alternaria basée exclusivement sur la morphologie des conidies est
souvent difficile pour les espèces étroitement liées, et ce en raison des variations qui se posent
à la suite du fait que les caractéristiques morphologiques sont très sensibles aux conditions de
culture; même les comparaisons en cultures in vitro sont difficiles. Des caractéristiques autres
que la morphologie, par conséquent, sont utilisées à des fins taxonomiques. La combinaison
2
Introduction générale
des critères de la morphologie des conidies, l’identification moléculaire, et la pathogénicité se

s’est montré efficace et utile dans taxonomie des Alternaria (Simmons et Roberts, 1993). En
effet, aujourd’hui beaucoup d’informations mises à jour concernant la composition du genre
Alternaria, leur classification basée sur des caractères morphologiques et moléculaire s’est
amélioré par de nouveaux résultats, à savoir possibilité de diviser espèces à petites spores
dans différentes sections (Woudenberg et al., 2013).
Notre objectif principal est de fournir des informations complémentaires sur la ségrégation
des espèces isolées au Nord-Ouest Algérien sur la base de la morphologie, de la physiologie
et de l'étude moléculaire, selon lesquels, les différentes étapes de notre étude sont menées de
la manière suivante:
Une quantification du parasite indirect à partir de plantes infectées collectées dans 65 régions
à maraichage intensif sélectionnées au hasard durant les saisons de 2011 à 2013;
Un examen des traits morphologiques des Alternaria isolés et purifiées pour la ségrégation
des espèces à petites et à grosses spores selon leurs critères morphologiques basés sur
l’examen phénotypique et une étude des caractères culturaux;
Une analyse de la variabilité physiologique des deux groupes d’espèces par une étude
statistique et comparative avec établissement d’un dendrogramme à partir des données issues
de l’étude des exigences nutritionnelles vis à vis différentes sources de carbone et d'azote
ainsi que celles de l'effet de la température et du pH, évaluées sur la croissance mycélienne et
la sporulation de chaque souche;
Une identification moléculaire des souches par séquençage des régions ITS et facteur
d’élongation de chaque groupe d’espèce et confirmation de la ségrégation basée sur l'examen
phénotypique par PCR au biais d’amorces spécifiques;
Une quantification de la maladie par l’étude du pouvoir pathogène des différents groups
d’espèces afin de différencier les souches saprophytes des souches pathogènes, et ce par
différentes méthodes ainsi que l’évaluation de l'agressivité des pathotypes en inoculations
croisées;
Une évaluation de la résistance des essais in vitro à quelques matières actives fongicides pour
la mise au point d’une méthode de lutte chimique.
3
Chapitre 1 :
Etude bibliographique
5
Chapitre 1 : Etude Bibliographique
Introduction
Les légumes constituent la composante la plus importante et peu coûteuse d'une alimentation
équilibrée qui sont tenues en compte en raison de leurs valeurs nutritives élevées et
indispensables pour le corps. De ce fait, Il y a des rapports à la demande croissante de fruits et
légumes de Solanacées sur le marché algérien, nous citons les principales, la tomate et la
pomme de terre. L’aspect des maladies de ces cultures maraichères représente un facteur très
important dans leur conduite avec une production économiquement viable et respectueuse de
l’environnement et surtout pour la santé humaine. Toutefois, les principaux facteurs
responsables de la faible production de cette famille de légumes sont les maladies causées par
Alternaria sp. Les brûlures sont graves et destructrices et le développement de la maladie est
si rapide que toute culture est perdue en quelques jours. Dans cette synthèse bibliographique
nous avons abordés les principaux axes sur les connaissances du genre Alternaria et de son
hôte en citant l’importance de la maladie du point de vue économique ainsi que la
symptomatologie, nous avons inclues à cela différents travaux sur les moyens de lutte établis
à l’heure actuelle. La base théorique de ce travail est liée à cette problématique qui mérite des
mesures immédiates et efficaces.
1. La plante hôte
1.1. Les Solanacées
Exceptionnellement diversifiée, la famille des Solanacées comprend entre 3000 et 4000

espèces, réparties à travers le monde en 90 genres aux morphologies variées : arbres, arbustes,
lianes, herbes vivaces ou annuelles. La plupart des espèces poussent dans les régions
tropicales, plus particulièrement en Amérique du sud. La famille des Solanacées revêt une
grande importance économique. En effet, elle renferme beaucoup de plantes ornementales
(pétunia, datura, physalis…), industrielles (tabac), et surtout bon nombre de fruits et légumes
(tomates, piments, poivrons, aubergine, pomme de terre…). A celles-ci s’ajoutent des plantes
médicinales comme la belladone, la jusquiame, la morelle ou la stramoine.
1.2. La Tomate
Originaire de l’Amérique du Sud, dans la région montagneuse des Andes (Equateur, Pérou,
Chili), la tomate fut domestiquée au Mexique, avant d’être importée en Europe au XVIe siècle
par les conquistadores (Peralta et al., 2006). Elle est l’ingrédient de cuisine le plus consommé
dans le monde après la pomme de terre. C’est une plante herbacée vivace mais cultivée
comme annuelle, aux tiges ramifiées et port rampant. La tige est pubescente, épaisse aux
5
entre-nœuds. Les feuilles sont composées (5 à 7 folioles), alternées et persistantes. Les fruits
sont des baies formées de 2 à 3 loges, à graines très nombreuses, et dont la taille, la forme et
la couleur varient avec les différentes variétés. Elle a une température optimale de croissance
de l’ordre de 25°C et un thermo-périodisme journalier de 10°C, conditions qu’elle a retenues
de son origine montagnarde (Messiaen et al., 1991). L’espèce cultivée de la tomate est
communément connue sous le nom de Lycopersicon esculentum Mill. La classification de la
tomate fut l’objet de nombreuses controverses pendant plusieurs décennies. En effet, se basant
uniquement sur des critères morphologiques, taxonomistes et botanistes proposèrent différents
noms : Lycopersicon esculentum Mill Solanum lycopersicum L et Lycopersicon lycopersicum.
(L.) Karsten (Peralta et al., 2006).
Bien que Lycopersicon esculentum soit le nom le plus répandu au sein de la communauté
scientifique, des études génomiques récentes confirment l’appartenance de la tomate au genre
Solanum qui comprend 13 espèces dont l’espèce cultivée (Solanum lycopersicum) (Peralta &
Spooner, 2001; Spooner et al., 2005). En 2012, la production mondiale de la tomate s’élevait
à 133 259 909 t. Les principaux pays producteurs sont la Chine, les USA, l’Inde, la Turquie,
l’Egypte, l’Italie, l’Iran, le Brésil et l’Espagne (Tableau 1).
Tableau 1: production mondiale de tomate en 2012 (http://faostat.fao.org/)
Position Région Production (T)

1 Chine, continentale 50000000
2 Inde 17500000
3 États-Unis d'Amérique 13206950
4 Turquie 11350000
5 Égypte 8625219
6 Iran (République islamique d') 6000000
7 Italie 5131977
8 Brésil 3873985
9 Espagne 4007000
10 Mexique 3433567
11 Ouzbékistan 2650000
12 Fédération de Russie 2456100
13 Ukraine 2274100
14 Nigéria 1560000
15 Portugal 1392700
16 Maroc 1219071
17 Iraq 1100000
17 Tunisie 1100000
6
1.3. La pomme de terre
La pomme de terre, est un tubercule comestible produit par l’espèce Solanum tuberosum,
appartenant à la famille des Solanacées. Le terme désigne également la plante elle-même,
plante herbacée, vivace par ses tubercules en l’absence de gel mais cultivée comme une plante
annuelle. La pomme de terre est une plante qui réussit dans la plupart des sols, mais elle
préfère les sols légers légèrement acides. La plante est sujette aux maladies dans des sols
calcaires ou manquants d’humus. La pomme de terre est originaire de la cordillère des Andes
dans le sud-ouest de l’Amérique du Sud où son utilisation remonte à environ 8 000 ans.
Introduite en Europe vers la fin du XVIe siècle à la suite de la découverte de l’Amérique par
les conquistadors espagnols, elle s’est rapidement diffusée dans le monde et est aujourd’hui
cultivée dans plus de 150 pays sous pratiquement toutes les latitudes habitées. La pomme de
terre appartient au genre Solanum et plus précisément au sous-genre Potatoe, section Petota,
sous-section Potatoe. Cette sous-section se distingue par la présence de tubercules véritables
qui se forment à l’extrémité des stolons (Hawkes, 1994). Elle regroupe les espèces de
pommes de terre cultivées et les espèces sauvages apparentées (Carlos et al, 1991). La série
Tuberosa, à son tour, se caractérise par ses feuilles imparipennées ou simples, sa corolle
ronde ou pentagonale et ses baies arrondies (Hawkes, 1990). L’espèce Solanum tuberosum se
différencie des autres espèces de la même série taxonomique par l’articulation du pédoncule
en son tiers médian, les lobes du calice courts et disposés régulièrement, les feuilles
fréquemment arquées, les folioles toujours ovales à lancéolées, approximativement deux fois
plus longues que larges et les tubercules ayant une période de dormance bien marquée.
La pomme de terre est un élément essentiel à l’alimentation, la production mondiale est de

323 millions de tonnes cultivées sur une superficie de 20 millions d’hectares. Elle occupe le
4ème rang mondial après le riz, le blé et le maïs. La pomme de terre est le légume le plus
consommé dans le monde, elle présente en effet l’avantage de produire plus de nourriture
nutritive que toute autre grande culture sur moins de terres et que 85% de la plante est
comestible pour l’homme, contre environ 50% pour les céréales.
Tableau 2: production mondiale de pomme de terre en 2012 (http://faostat.fao.org/)
7
Position Région Production (T)

1 Chine, continentale 85860000
2 Inde 45000000
3 États-Unis d'Amérique 19165865
4 Fédération de Russie 29532530
5 Allemagne 10665600
6 Ukraine 23250200
7 Bangladesh 8205470
8 Pays-Bas 6765618
9 Pologne 9091900
10 France 6340807
11 République islamique d’Iran 5400000
12 Turquie 4822000
13 Canada 4590296
14 Algérie 4219476
15 Égypte 4500000
16 Royaume-Uni 4553000
17 Pakistan 4104400
1.4. Importance économique
La structuration du maraîchage en Algérie apparaît autour des produits dits

principaux comme la pomme de terre, les oignons et la tomate qui occupent 55% du volume
produit en maraîchage. Ces plantes maraichères englobent un grand nombre d’espèces
végétales destinées à un usage alimentaire et industriel (Anonyme, 2010 ; ITCMI, 2010).
La tomate occupe une place privilégiée dans le secteur maraicher en Algérie. Elle est
considérée à juste titre comme une espèce prioritaire comme la pomme de terre. En ce qui
concerne la production maraichère, la tomate représente 08,79% de production par rapport à
la production totale des cultures maraichères et 08,33% par rapport à la production totale des
cultures maraichères et industrielles (Snoussi, 2009).
La semence utilisée en Algérie provient totalement de l’étranger et principalement de
Hollande, France et d’Amérique (ITCMI, 2010).
Les plantations de pomme de terre occupent 100 000 ha, soit 27 % de la superficie totale
consacrée aux cultures maraîchères. La production de l’année 2007 a été de 14 210 088 qx,
soit 24 % de la production totale maraîchère, avec un rendement moyen de 120 qx/ha, pour
une valeur estimée à 52 milliards de DA. La production a connu une augmentation
considérable de 42194760 qx en 2012. La pomme de terre reste un produit de base pour le
consommateur Algérien (60 kg habitant/an). Cette filière à travers ses différents segments en
8
amont et en aval compte 17 421 unités et emploie. La consommation moyenne par habitant,
de plus de 50 kg se rapproche des niveaux européens (Benaissa et al. 2009).
Tableau 3: Principales cultures maraichères et industrielles en Algérie (MADR, 2009).

Espèces Superficies Production Rdt Espèces Superficies Production Rdt
Ha Qx Qx/H Ha Qx Qx/Ha
a
Tomate 12 173 3822 731 314,0 Poivron 12 083 1 910 468 158,1
industrielle
Tabac 4 598 76 677 16,7 Concombre 4 080 1 017 860 249,5
Arachide 2 574 30 570 11,9 Courgette 11 949 1 898 868 158,9
Autres 1 874 69 885 37,3 Aubergine 4 133 763 172 184,7
Total 21 219 3 999 863 188,5 Artichaut 2 724 395 354 145,1
Pommes de 105 121 26 360 570 250,8 Choux vert 3 085 467 880 151,7
terre
Tomate 20 789 6 410 343 308,4 Chou-fleur 5 323 818 798 153,8
Oignon 42 662 9 801 602 229,8 Navet 8 187 1 129 590 138,0
Ail 11 193 599 323 53,5 Fèves verte 24 958 2 014 797 80,7
Melon 44 791 10 347 220 231,0 Haricot 8 918 450 964 50,6
Pastèque vert
Carotte 16 337 2 712 185 166,0 Petit pois 28 724 1 029 707 35,8
Piment 9 334 1 279 020 137,0 Total 393 594 72 912 950 185,2
1.5. Pratiques culturales en Algérie
L'histoire des cultures maraîchères, notamment des Solanacées, en Algérie se rapporte au

climat et à l'eau. Dans chaque région, le calendrier des cultures de chaque variété doit être
ajusté aux conditions locales. En ce qui concerne le mode de production, le semis est réalisé
en planches ou en pots pour les trois types de cultures : Primeur, Saison et Arrière-saison. La
culture sous serre Tunnel (primeur), la culture sous serre multi chapelle (primeur), la culture
de plein champ (saison), la culture de plein champ (arrière-saison) (Snoussi, 2009).
La culture de tomate sous serre dite de primeur est pratiquée dans de nombreuses régions
selon lesquelles les périodes de plantation diffèrent. Dans le cas du littoral et sublittoral, le
semis s’effectue au mois de Novembre, la plantation au mois de Décembre et la récolte à
partir du mois d’Avril. Dans les plaines intérieures, le semis s’effectue à la fin décembre
jusqu’au mois de Janvier, la plantation au mois de Février et la récolte à partir du mois de
9
Mai. La culture d’automne se fait à Biskra uniquement, le semis s’effectue au mois d’Août, la
plantation au mois de Septembre et la récolte à partir du mois de Décembre jusqu’au mois
d’Avril (ITCMI, 2010).
La culture de tomate en plein champ diffère en fonction des saisons, Dans le cas de la culture
de saison, le semis s’effectue à partir du mois de Mars jusqu’au mois d’Avril, la plantation
d’Avril à Mai et la récolte à partir du mois d’Août. Pour la culture d’arrière-saison le semis se
fait début Juillet, la plantation à partir de fin Juillet à Août et la récolte au mois d’Octobre à
Décembre (ITCMI, 2010).
Les variétés de tomates fixées non-hybrides les plus utilisées en Algérie sont la Marmande et
la Saint Pierre. Les Hybrides sont aussi utilisés pour leur précocité, leur résistance aux
maladies et aux attaques parasitaires qui donnent un bon rendement. Les variétés les plus
utilisées en Algérie sont : ACTANA, AGORA, BOND, NEDJMA, TAFNA, TAVIRA,
TOUFAN, TYERNO et ZAHRA (Snoussi, 2009).
10
B C
Figures 1 : cultures de tomate à différents stades dans les wilayas : (A) Mostaganem (Juin),
(B) Ain Témouchent (Juillet), (C) Oran ITCMI serre (Décembre).
Les périodes de plantation des pommes de terre diffèrent en fonction de la zone, celle de
l’arrière-saison se fait de juillet à Septembre, primeur durant les mois d’Octobre, Novembre et
de Décembre et celle de saison à partir du mois de Janvier jusqu’au mois d’Avril. Les
principales zones de production de pomme de terre en Algérie se situent au Littoral,
sublittoral, atlas tellien et hautes plaines. La culture primeur est pratiquée dans les régions de
Boumerdes, Tipaza, Skikda, Alger, Mostaganem et de Tlemcen. Les cultures de saison se font
dans les régions d’Ain defla, Mascara, Mila, Souk ahras, Boumerdes, Mostaganem, Sétif,
Tizi-ouzou, Tiaret, Tlemcen, Batna, Chlef, Bouira et d’El-oued. Les cultures en arrière-saison
sont pratiquées dans les régions d’Ain defla, Mascara, Guelma, Chlef, El oued, Tlemcen,
Mostaganem et de Djelfa (ITCMI, 2010). La production algérienne, en dehors des cultures «
11
dites d’été », est assurée par l’importation de plants, qui estimée à 100 000 tonnes de
semences de pommes de terre par an, principalement des Pays-Bas (58%), la France (16%) et
au Danemark (13%), et une partie de celles-ci sont multipliées localement au printemps pour
les cultures d'automne (Corbiere et al., 2010). Les variétés les plus utilisées sont : Ker Pondy,
Urgenta, Etoile de Léon, Sientje, Condor, Spunta.
2. Le pathogène
2.1. Généralités sur les Alternaria
Les Alternaria sont des champignons fréquents dans notre environnement. Ils appartiennent
aux moisissures atmosphériques. Ils peuvent être isolés de végétaux très divers. Alternaria
comprend près de 275 espèces (Simmons, 2007) avec des modes de vie saprophytes et
phytopathogènes qui peuvent affecter les cultures sur champ ou les produits végétaux pendant
la récolte et post-récolte (Logrieco et al., 2009). Autant que parasites de faiblesse, les
Alternaria sont capables de mener une existence saprophyfique pendant des périodes plus ou
moins longues. Certains, tels qu’A. chartarum, A. consortiale, A. tenuis, etc., ont un habitat le
plus souvent saprophytique et se rencontrent couramment sur des débris organiques ou les
végétaux morts. Quelques espèces, comme A. solani, A. dauci et ses formes, A. linicola, A.
zinniae, etc., vivent au contraire à l'état de parasites sur des plantes encore apparemment
vigoureuses (Messiaen et al., 1991). Ce sont des champignons mésophiles, leurs activités
prédominantes disparaissent lorsque la température s’élève (Botton et al., 1990).
Le stockage des graines contaminées peut favoriser l'accumulation de toxines surtout étudiées
pour l’espèce A. alternata. Les Alternaria sont donc des champignons très communs et
cosmopolites. Ils peuvent se retrouver sur des substrats très variés : plantes, sols, textiles,
graines (Linas et al., 1999). L'air joue un rôle important dans la dispersion des spores. Les
spores d'Alternaria sont des allergènes. Les spores sont également infectieuses déterminant le
plus souvent des formes cliniques cutanéoépidermiques favorisées par certains facteurs :
diabète mal équilibré, corticothérapie (Badillet, 1991). Les spores fongiques produisent aussi
des protéines allergènes qui peuvent causer des maladies immunotoxiques, tels que l'asthme
(D'Amato et Spieksma, 1995 ; Dutkiewicz, 1997 ; Bush et Portnoy, 2001). Les chercheurs
rapportent un nombre croissant de patients présentant une allergie respiratoire, en particulier
les enfants (Emeryk et al., 2004).
12
2.2. Historique de la taxonomie d’Alternaria
Le genre Alternaria a été initialement décrit en 1816 avec A. tenuis, comme le type et le seul
membre du genre (Nees, 1816). Parmi les caractéristiques du genre, la production de chaînes
de conidies multicellulaires de couleur foncée avec des cloisons longitudinales et
transversales (phaeodictyospores), et d'un bec filamenteux avec des cellules apicales. Depuis
sa création, le statut taxonomique du genre a été en mouvement. Dans son œuvre
monumentale «Systema Mycologicum», Fries (1832), ne reconnaît pas la description d’A.
tenuis. Nees a cité cette espèce comme un synonyme de Torula alternata. En outre, Fries a
érigé un nouveau genre, Macrosporium, qui comprend plusieurs espèces qui partagent des
caractères phaeodictyosporique avec Alternaria et sont actuellement reconnus comme des
espèces d'Alternaria, notamment tenuissima. Il a ensuite identifié les champignons
phaeodictyosporique qui ont été attribués à deux : Alternaria et Macrosporium et aucun
consensus clair s'est révélé de plus de 100 ans. Pendant une bonne partie de cette période, de
nombreuses espèces Alternaria «atypiques» ont été décrites, Macrosporium qui ne produisent
pas de conidies en chaînes et /ou ont une conidie avec bec. En outre, deux autres genres ont
été érigés, Stemphylium et Ulocladium, qui ont été également caractérisés par la production de
phaeodictyospores, ce qui complique la résolution taxonomique de ce groupe de
champignons. La confusion croissante sur le statut taxonomique de ces champignons a incité
plusieurs re-descriptions de ces genres afin d'accueillir un nombre croissant de nouvelles
espèces (Saccardo, 1886 ; Elliot, 1917). En raison de l'ambiguïté, Nees dans « description de
l'espèce d'origine pour A. tenuis », et celle de Fries « placement erronées générique de T.
alternata », Keissler (1912) a mis le synonyme à la fois A. tenuis et T. alternata avec
« Alternaria alternata Kiessl. » un nouveau nom. Wiltshire (1933, 1938) a en outre proposé
des critères révisés pour les genres Alternaria ainsi que le genre Stemphylium. Ulocladium n'a
pas été officiellement reconnus, Macrosporium a été placé sur la liste des nominations
ambigua, et beaucoup d’espèces «atypiques» ont été placés dans un sous-genre de
Stemphylium, Pseudostemphylium. Joly (1964) a examiné le genre Alternaria et des espèces
apparentées, et a proposé que la plupart de ces espèces «atypiques» classées comme
Alternaria plutôt que Pseudostemphylium. Enfin, les concepts modernes de ces genres issues
des travaux de Simmons (1967) dans son essai « typification de Alternaria, Stemphylium, et
Ulocladium ». Simmons a examiné Alternaria, Stemphylium, et le genre longtemps négligé
Ulocladium, et a conclu que la plupart des espèces «atypiques» d’Alternaria et de
Stemphylium doivent être classés comme Ulocladium.
13
2.3. Classification et biologie des Alternaria
Les membres du genre Alternaria possèdent des conidies septées avec cloisons transversales
et longitudinales, les cellules sont multi nucléées (pluricellulaires) de couleur foncée
généralement piriformes ou ovotides de tailles variables selon les espèces (Rotem, 1994),
Elles possèdent un pigment de type mélanine qui leur servent de protection contre des
conditions environnementales défavorables, y compris la résistance aux microbes et enzymes
hydrolytiques (Rotem, 1994). Les champignons du genre Alternaria sont des Deuteromycètes
(syn. Adélomycètes, fungi imperfecti). Cette classe renferme tous les champignons à
mycélium cloisonné dont la forme de reproduction est généralement inconnue mais possèdent
un mode de multiplication asexuée, par conidies. Certaines espèces d’Alternaria ont une
reproduction sexuée et leur forme parfaite appartient aux Loculoascomycètes (genre
Pleospora ou Lewia) (Ellis, 1971 ; Simmons, 1986 ; Erikson et Hawksworth, 1991). Tous les
téléomorphes connus des taxons d’Alternaria sont membres du genre d’Ascomycète Lewia
Barr et Simmons. Lewia est une ségrégation d’un groupe hétérogène d'espèces à ascoma « ou
ascocarpe » relativement restreint historiquement accumulée dans Pleospora Rabh. (sensu
Wehmeyer, 1961). La relation des taxons d’Alternaria du groupe d'espèces A. infectoria avec
ceux des espèces Lewia est maintenant mieux établie à travers les nombreuses études sur les
ascospores-à-conidies et les conidies-à-ascoma en cultures axéniques (Simmons, 2007). Les
Alternaria sont classés dans l’ordre des hyphales (Syn. Moniliales), ayant des conidiophores
peu différenciés, libres, disséminés sur le substrat et à croissance sympodiale et des conidies
qui se forment hors d’un concept spécial (Figure 2). La coloration foncée de leur mycélium et
de leurs conidies les classent dans la famille des Dematiaceae (Agrios, 2005).
14
Figure 2 : Représentation des différents stades de développement des spores et conidiophores

d’Alternaria alternata (Simmons, 1999 ; Taralova et al., 2011).
2.4. Les Alternaria pathogènes des Solanacées

Alternaria solani est signalé depuis plusieurs décennies comme pathogène des Solanacées et a
longtemps été décrit comme affectant la tomate, l'aubergine, la pomme de terre, ainsi que
plusieurs membres de cette famille botanique (Blancard et al., 2012). Depuis la première
description par Ellis et Martin en 1882 (cité dans Sherf et MacNab, 1986), A solani,
précédemment connu sous le nom d’A. porri f. sp. solani (Neergaard, 1945) qui a fait l'objet
de nombreuses études (Strandberg, 1992 ; Rotem, 1994). Un champignon ascomycète,
Pleospora solani, a été revendiquée par Esquivel (1984) comme le stade téléomorphe d’A.
solani, mais cela n'a pas été confirmé par d'autres.
En fait, la situation des Alternaria spp. sur ces plantes est beaucoup plus complexe. Ainsi,
plusieurs espèces d'Alternaria seraient inféodées à plus d'une soixantaine de Solanacées. De
plus, il apparaît que sur la tomate sévirait plutôt une autre espèce, morphologiquement assez
comparable à A. solani, dénommée « Alternaria tomatophila ». En effet, deux phénotypes
existeraient au sein de cette espèce, différenciables par l'aspect de leurs colonies en boîtes de
Petri : un phénotype clair, plus agressif sur tomate, et un autre foncé (Frazer, 2002).
15
A. solani serait l'agent pathogène de l'alternariose de la pomme de terre, et A. beringelae E.G.

Simmons (2000) sévirait sur aubergine.
Il est à noter qu'A. subcylindrica E.G. Simmons & R.G. Roberts (2000) a été ponctuellement
observé sur feuilles de tomate cerise tout comme A. cretica E.G. Simmons & Vakal. (2000)
identifié en Grèce sur des lésions foliaires classiques d'alternariose. Il a été signalé aussi qu'A.
subtropica E.G. Simmons (2000) peut occasionner des taches sur fruits.
D’autres Alternaria s'attaquent aussi à la tomate comme A. alternata f. sp. lycopersici, A.
alternata et A. tomato (Cooke) Jones.
En conclusion
Les études présentées vont dans le sens de l’existence de plusieurs taxons responsables de la
brulure foliaire chez les Solanacées comme A. tomatophila, A. solani, A. alternata, A.
arborescens et A. tenuissima.
2.5. Symptomatologie
Les symptômes de la brûlure foliaire provoqués par les Alternaria pathogènes à grosses et à petites
spores sont souvent très similaires, plusieurs de ces espèces peuvent être présentes sur le même hôte
dans des conditions favorables à leur développement.
2.5.1. Sur feuilles
Les attaques débutent à partir des feuilles basses, âgées et déjà séniles. Il est rare de les voir
s'installer directement sur un organe sain, leur implantation exige un affaiblissement
physiologique; une simple blessure sur un organe vigoureux est souvent suffisante pour
permettre l'infection directe (Messiaen et al., 1991). Les premiers symptômes de la maladie
dans les champs sont précoces et se traduisent par l'apparition de petites lésions ovales et
circulaires noires de 1 mm de diamètre sur les tiges et les feuilles. Par la suite, elles s’étendent
progressivement et s’auréolent d’un halo jaune souvent bien marqué. Atteignant plusieurs
millimètres, elles révèlent souvent de discret anneaux concentriques d’un brun plus foncé
(Blancard et al., 2012). Les lésions deviennent parfois irrégulières car elles se développent et
fusionnent entre elles. Dans des conditions favorables, les infections graves peuvent
éventuellement entraîner la mort des feuilles voir la plante. Les lésions sont d'abord
superficielles et deviennent déprimés au fur et à mesure qu’elles se développent. Les feuilles
atteintes jaunissent et au final toute la surface du limbe se dessèche. En plus des taches
foliaires. Une chlorose suivie de la mort des feuilles est observée quand une lésion de la tige
se trouve à l'aisselle de la feuille (Lopes et al ., 1994).
16
A B
Figure 3 : Symptômes de l’alternariose: A. taches sur foliole de tomate provoquées par

Alternaria tomatophila et A. alternata (sensu lato); B. taches sur feuilles de pomme de
terre provoquées par A. solani et A. alternata (sensu lato).
2.5.2. Sur tiges et collets
Le pathogène peut aussi provoquer de graves lésions sur tiges qui peuvent atteindre jusqu’à 5
cm de longueur. Quand des conditions météorologiques sont favorables, les lésions se
développent sur les tiges et les pétioles (Grogan et al., 1975 ; Vloutoglou et Kalogerakis,
2000 ; Verma et Verma, 2010). Le dépérissement des extrémités du collet est un autre
symptôme associé à la maladie (Patterson, 1991) (figure 4 B), les lésion ne parvient pas
ceinturer les tiges en particulier avec les variétés qui ont des tiges plus épaisses (Lopes et al.,
1994). Ce symptôme est rare en temps de pluie, sauf sur les variétés avec des tiges et des
pétioles plus minces. Le dépérissement est généralement commun par temps sec, les lésions
sur les tiges blanchissent et se fissurent (Osiru, 2008). Ces lésions ou chancres progressent
lentement sur la tige, une fois celle-ci est ceinturées la plante meurt. Des petites lésions
brunes apparaissent ensuite entre les plus grandes lésions (figure 4 A). Les tissus sous les
chancres présentent une pourriture sèche brune en particulier au niveau du xylème, celui-ci est
décoloré d’une façon discontinue à brun et peut se développer dans les tissus adjacents au
xylème primaire d’environ 4 à 7 mm au-dessus et en dessous des chancres (Grogan et al.,
1975).
17
A B
Figure 4 : Lésions provoquées par Alternaria tomatophila et A. alternata ; A. sur tige, B. sur
collet.
2.5.3. Sur fruits et tubercules
Le pathogène induit l’apparition de chancres sur fruit, en creux à l'aisselle du calice à partir de
lésions sur sépales (Messiaen et al,.1991). Une fois les fruits verts ou murs sont envahies, les
tissus colonisés prennent progressivement une couleur noirâtre occasionnant de larges lésions
circulaires concaves, parfois plissés en surface à la texture plutôt dure (figure 5). Un dense
feutrage les recouvre à terme correspondant à la sporulation d’Alternaria (Blancard et al.,
2012). Selon Vloutoglou et Kalogerakis (2000) et Gani et al. (2013), l’alternariose de la
pomme de terre est caractérisée par la présence de taches nécrotiques brunes sur les tubercules
ou elles se développent sous forme de petites cavités noires. Sur fruit de tomate, une
apparence d'anneaux concentriques à l'intérieur des lésions produites par A. tomatophila sont
aussi observés (figure 5 A). Singh et al. (1987) ont rapporté que les taches sont de forme
ovale à une forme angulaire mesurant jusqu'à de 0,3 à 0,4 cm de diamètre et le plus souvent
avec une zone de chlorose autour de la lésion (figure 5).
Des travaux menés par Hathout et al. (1997) ont démontré que les tomates infectées par des
champignons pathogènes, principalement Alternaria spp. ont un taux d’acides aminés
aromatiques; g-amino acide butrique; tryptophane; la tyrosine et la phénylalanine plus élevé
par rapport aux fruits sains.
18
B C
Figure 5 : Lésions sur fruits de tomates commercialisés provoquées par Alternaria

tomatophila (A) et par A. solani (B), A. arborescens et A. alternata (C).
2.6. Fréquence et importance des dégâts
Parmi les maladies aériennes des Solanacées, l'alternariose est certainement l'une des plus
fréquentes et des plus répandues dans le monde (Rotem, 1994 ; Pryor et al., 2000 ; Song et al.,
2011), elle est retrouvée sur tous les continents, partout où ces plantes sont cultivées. On la
retrouve sous de nombreux climats, en zones de production tropicales, subtropicales et
tempérées (Deshwal, 2004). La présence de rosées dans les régions semi-arides permet son
développement. Elle affecte surtout les cultures de plein champ, et parfois les abris froids.
Elle est aussi très présente dans de nombreux jardins d'amateurs. Ses dégâts peuvent être
conséquents si des conditions climatiques humides persistent et/ou si aucune méthode de
protection n'est envisagée. Elle entraîne parfois des défoliations importantes à l'origine d'une
réduction des rendements, mais aussi de nombreuses lésions sur fruits liées aux effets du
soleil sur ces derniers qui sont moins protégés par le feuillage (Blancard et al., 2012). Sur les
cultures de Solanacées, ces champignons provoquent une perte de rendement, des dommages
aux fruits et légumes et par conséquent une perte économique pour l’agriculteur (Snoussi,
2009). L’alternariose est une maladie très présente en Algérie ; elle affecte toutes les
19
productions de plein champ et sous les tunnels plastique (serre), les conséquences de la
défoliation sont graves, elles contribuent au ralentissement et à la diminution de la production
voir même la perte de fruits (ITCMI, 2010).
Dans une étude antérieure dont le but est de déterminer les éléments responsables de la
pourriture des fruits de tomate, Ramgiry et al. (1997) ont constaté que la plus part des isolats
obtenus à partir d'échantillons de tomates commercialisés comparés aux échantillons sur le
terrain étaient des champignons. De plus, Datar et Mayee (1981) ont montré qu’A. solani
pourrait attaquer les fruits de tomates avant et pendant leur maturité à travers des fissures de
la croissance et d'autres blessures. Les espèces d'Alternaria ont été signalés à causer des
maladies dans près de 400 espèces de plantes; A. alternata seul peut infecter plus de 100
espèces de plantes (Simmons, 1992 ; Rotem, 1994). De graves épidémies peuvent entraîner
une défoliation complète et des pertes de récolte dans de courtes périodes de temps (Chaerani
et al., 2006). Les pertes de rendement allant jusqu'à 79% de dégâts entrainés par A. solani ont
été signalés en provenance du Canada, de l'Inde, les États-Unis et le Niger (Basu, 1974 ; Datar
et Mayee, 1981 ; Sherf et MacNab, 1986 ; Gwary et Nahunnaro, 1998 ; Grigolli et al., 2011).
Les infections au niveau du collet peuvent causer des pertes de semis de 20% à 40% dans le
domaine cultivé (Sherf et MacNab, 1986).
2.7. Cycle infectieux
Le processus infectieux mis en place par les champignons du genre Alternaria pour infecter
leur plante hôte peut se diviser en plusieurs stades : la conservation, la pénétration et
l’invasion (protection vis-à-vis des défenses de l’hôte et production de facteurs nécrogènes),
la sporulation puis la dissémination.
2.7.1. Conservation, sources d'inoculum
Alternaria peut se conserver durant plusieurs années à la surface des graines de tomate, dans
le sol et sur les débris végétaux, grâce à son mycélium mélanisé et ses conidies (Sherf et
MacNab, 1986 ; Linas et al., 1998). Les chlamydospores peuvent également servir de
structures de survie (Basu, 1974 ; Patterson, 1991). Par conséquent, le cycle de vie du
pathogène comprend sol et des semences ainsi que les étapes atmosphériques, ce qui rend
l'agent pathogène difficile à contrôler par des moyens de rotation et de l’assainissement. Dans
certaines régions du monde, il serait aussi capable de se maintenir d'une saison à l'autre sur
d'autres Solanacées comme la pomme de terre, l'aubergine, le poivron, la morelle noire
20
(Solanum nigrum), S. carolinense, S. pseudocapsicum (Neergaard, 1945 ; Ellis et Gibson,

1975 ; Blancard et al., 2012).
2.7.2. Pénétration et invasion
Une fois que les spores entrent en contact avec les cellules végétales, leur germination peut se
produire en 2 heures quand l’air est saturé en humidité à une large gamme de températures (de
8 ° à 32 °C) (Evans et al., 1992). L’hydrophobicité de la cuticule est indispensable pour
l’adhésion des conidies. Ces dernières germent et produisissent un ou plusieurs tubes
germinatifs en formant un mucilage fibreux de polysaccharides (mannose et rhamnose) ou de
glycoprotéines qui permettent l’adhésion à la plante hôte (Hatzipapas et al., 2002). La
pénétration dans les tissus végétaux à travers les cellules de l'épiderme se fait directement à
l'aide d’appressoria non mélanisées (Otani et al., 1998 ; Cramer et Lawrence, 2003), qui
entrent à travers les stomates ou blessures en fonction de la croissance fongique (Sherf et
MacNab, 1986 ; Agrios, 2005) (Figure 7). La pénétration peut se produire à des températures
entre 10 ° et 25 ° C (Sherf et MacNab, 1986). La stratégie de pénétration enzymatique chez
les Alternaria est la plus évidente, la colonisation de l'hôte est facilitée par des enzymes
(cellulases, la pectine galacturonase de méthyle). Le rôle crucial des lipases de type sérine
estérase dans la dégradation de la cuticule semble clairement établi chez A. brassicicola
(Berto et al., 1997). L’addition d’anticorps anti- lipases, à une suspension de conidies, a pour
effet de supprimer presque totalement l’apparition des symptômes (Berto et al., 1999).
Différentes cutinases induites, par la présence de monomères de cutines en surface du végétal,
semblent également impliquées dans la pénétration du champignon dans sa plante hôte (Trail
et KÖller, 1993 ; Yao et KÖller, 1995). A. citri semble dépendant de la présence
d’endopolygalacturonases pour pénétrer son hôte, puisque le mutant déficient en cette enzyme
est altéré dans sa capacité à établir une infection (Isshiki et al., 2001). Ces métabolites
dégradent la paroi cellulaire de l'hôte et par un certain nombre de toxines qui tuent les cellules
de l'hôte et l'agent pathogène permettent de dériver des nutriments à partir des cellules mortes
(Rotem, 1994). Le champignon envahit rapidement les tissus, les lésions deviennent visibles 2
à 3 jours après l’infection, et la production de spores se produit 3 à 5 jours plus tard (Sherf et
MacNab, 1986 ; Blancard et al., 2012).
21
2.7.3. Sporulation et dissémination
Pour se protéger des phytoalexines et phytoanticipines synthétisées par la plante hôte les
espèces d’Alternaria mettent en place différents mécanismes de détoxication (enzymatique,
par conjugaison, système d’efflux). A. solani possède des enzymes à activités tomatinase qui
protègent de la tomatine (phytoanticipine), une saponine synthétisée par la tomate (Sandrock
et vanetten, 1998). Sur les tissus colonisés, quand les conditions climatiques sont humides,
Alternaria ne tarde pas à produire de courts conidiophores (figures 6 et 7). Les spores sont
disséminées par le vent, mais aussi par la pluie et à la suite d'arrosages par aspersion. La
présence d'eau est nécessaire pour que la sporulation ait lieu (Messiaen et al., 1991). Les
travailleurs, notamment via leurs outils, contribuent également à la dissémination de
l'alternariose. Les conidies produites assurent des contaminations secondaires et par la suite
plusieurs cycles parasitaires pourront avoir lieu dans la culture (Sherf et MacNab, 1986 ;
Andersen et Frisvad, 2004 ; Leiminger et al., 2010 ; Blancard et al., 2012) (figure 6).
2.7.4. Conditions favorables à son développement
Cette alternariose est favorisée par des hygrométries élevées et des températures comprises
entre 18°C et 30°C. Les rosées, de faibles précipitations continues (5 mm) ou des irrigations
par aspersion suffisent à son extension, mais elles doivent être répétées pour que la maladie
évolue rapidement. La plupart des travaux en aeromycology démontrent que le rapport des
spores d'Alternaria dans des échantillons d'air dans les climats tempérés et humides, diffère
de quelques-uns à plusieurs dizaines de pour cent (Rosas et al., 1990 ; Mitakakis et al., 1997 ;
Sten-nett et Beggs , 2004 ; Maya- Manzano et al., 2012). Les plantes stressées, mal fumées ou
très chargées en fruits seraient plus sensibles. La maladie ne prend jamais un caractère
explosif mais s'accentue progressivement avec le temps, au fur et à mesure du vieillissement
des plantes, et devient grave en fin de saison (Blancard et al., 2012).
22
23
Figure 6 : Cycle infectieux de l’Alternariose

Figure 7 : Le processus d'infection, le développement et les symptômes des maladies causées par Alternaria pathogènes
24
des Solanacées (Agrios, 2005 ; Chaerani et Voorrips, 2006).

2.8. Les différentes approches taxonomiques
La systématique des champignons est principalement basée sur l’observation des

caractéristiques morphologiques propres à une espèce donnée. Lorsque les caractéristiques
morphologiques sont inefficaces pour identifier un champignon (isolats sensibles aux
conditions environnementales ou peu différenciés), on utilise les techniques physiologiques et
biochimiques. Aussi les méthodes moléculaires et les méthodes chimiques ont été
développées dans le but d’obtenir des données complémentaires à la description
morphologique et/ou à la biologie moléculaire.
2.8.1. L’approche phénotypique
Bien que l'utilisation de la désignation du groupe d’espèce ne permet pas de résoudre

définitivement les frontières entre espèces au sein d’Alternaria, les avantages de leur
utilisation sont qu'ils organisent au niveau des sous-genres, un assemblage des espèces
d'Alternaria morphologiquement différent et permettent une discussion généralisée des
espèces morphologiquement semblables sans devenir trop limité, en raison de l'incertitude de
leur nomenclature. En outre, le concept « groupe d'espèce » a fourni un cadre important pour
la vérification d'hypothèses dans des études avancées sur la phylogénie des Alternaria
(Andrew et al., 2009). Simmons (1992) est passée de deux concepts d’Elliot et de Neergaard
qui ont contribués à une organisation un peu vague du genre Alternaria en 14 groupes
d’espèces en fonction des caractéristiques des conidies et leur catenulation.
25
Figure 8 : Agencement des conidies de : (A) A. alternata, (B) A. arborescens et (C) A.

tenuissima généré avec l'outil de modélisation élaboré par Taralova et al., (2011) similaire
aux descriptions menés par E.G. Simmons (2007) CBS fungal diversity : A. 582- 585, B. 654-
657, C. 500-503.
Dans un travail ultérieur avec des isolats Alternaria provenant de poire, Simmons et Roberts
(1993) ont avancé le concept « groupe d'espèces» en se référant à certains groupes distincts et
en utilisant une espèce représentative (Simmons, 1993). Ils ont recueilli plus de 500
échantillons de poires en provenance du Japon, la Corée, la Chine Taiwan et Etats-Unis,
l'obtention d'environ 200 souches d’Alternaria purifiées par les méthodes de culture
monospores et une seule chaîne. Selon les modes de sporulation, les souches ont été séparés
en six groupes: groupe 1 (groupe sans nom), le groupe 2 (groupe A. gaisen), le groupe 3
(groupe A. arborescens), groupe 4 (groupe A. alternata), un groupe 5 (groupe A. tenuissima)
(figure 8), comprend au moins cinq taxons non décrits, avec des espèces telles qu’A.
tenuissima, A. rhadina et A. longipes (Simmons, 1995 ; Roberts et al., 2000) et le groupe 6
(groupe A. infectoria) (Simmons, 1993 et 1999 ; Simmons et Roberts, 1993). D'autres groupes
d’espèces ont été discutés dans d'autres travaux comprenant A. brassicicola, A. porri, et les
groupes A. radicina (Roberts et al., 2000 ; Simmons, 1995 ; Pryor et Gilbertson, 2002). Plus
26
récemment, basé sur des études phylogénétiques, le genre Alternaria a été séparé en 24
sections (Woudenberg et al., 2013 ; Lawrence et al., 2013), chez les espèces Alternaria à
petites spores, la section alternata comprend près de 60 espèces, la section porri comprend
près de 80 espèces et représente la plus grande section Alternaria (Lawrence et al., 2013).
Figure 9 : Conidies et conidiophores de la souche A. solani représentative E.G.S. 44 098

(Simmons, 2007) CBS fungal diversity, 185- 187. Bar= 50µm.
Alternaria solani appartient au groupe d’espèces à grosses spores (section porri) au sein du
genre Alternaria, caractérisé par les conidies solitaires (figure 9), supportées individuellement
ou rarement en chaine de deux sur des conidiophores simples et séptés (Neergaard, 1945). Les
conidies d’A. solani sont muriformes et à bec filamenteux (Neergaard, 1945 ; Ellis et Gibson,
1975), elles mesurent entre 150 et 200 μm de long (de la base à l’extrémité du bec) cette
espèce est en général identifiable comme l'agent pathogène lié à la brûlure foliaire de pommes
de terre (Simmons, 2007).
27
Figure 10 : Conidies et conidiophores de la souche A. tomatophila représentative E.G.S. 42

165 (Simmons, 2007) CBS fungal diversity, 203- 205. Bar= 50µm.
Alternaria tomatophila (E.G Simmons, 2000) tout comme A. solani, appartient aux espèces à
grosses spores (section porri), elle dispose d’un mycélium cloisonné se mélanisant
progressivement avec l’âge, elle produit de courts conidiophores bruns sur lesquels ne se
forme souvent qu’une seule conidie. Les conidies sont brunes, pluricellulaires et très
allongées. Elles possèdent un long appendice hyalin (bec) (figure10), parfois bifurqué et plus
long que le corps de la spore, qui mesurent entre 120 et 300 μm de long.
Depuis de nombreuses années la taxonomie des espèces d'Alternaria associés aux maladies de
la tomate et de la pomme de terre n'ont pas réussi à faire la distinction entre A. solani sur
pomme de terre et A. tomatophila sur tomate. En particulier Rotem (1994) et d'autres auteurs
anciens (Ellis, 1971) ont publié beaucoup de travaux sur la sporulation d’A. solani en culture.
A. tomatophila est le pathogène le plus commun lié à la brûlure foliaire de la tomate. À
l'inverse, entre le nombre des isolats d’Alternaria à grosses spores examinés sur lésions de
28
tomates, aucune n’est identifiable comme l'agent pathogène lié à la brûlure foliaire des
pommes de terre (Simmons, 2007).
2.8.2. Culture sur milieux classiques
La détection des pathogènes des plantes est effectuée en générale par des méthodes
classiques. L’isolement ainsi que l’étude des caractères culturaux sont réalisés le plus souvent
sur des milieux solides tels que le milieu peptone glucose de Sabouraud (Dongyou, 2010), le
milieu synthétique Czapek dox agar (Salam et al. 2006), ou encore sur milieu au Malt agar
(Messiaen et al., 1991), ils permettent aisément la croissance de bon nombre de champignons,
mais sont loin de constituer les meilleurs milieux pour la sporulation de certaines espèces
pathogènes d’Alternaria. Il est donc nécessaire de procéder à des subcultures sur milieux
pauvres tel que l’eau gélosée (agar 2%) (Rotem, 1994). Il existe aussi des milieux plus
spécifiques, les milieux à base de décoctions végétales telles que les extraits de feuilles d’hôte
pour certaines espèces phytopathogènes (Kozlovski et Kvasnyuk, 1984) ou un milieu à base
de pomme de terre (PSA) (Tong et al., 1994 ; Samson et al. 2002) ou encore les milieux
pomme de terre- carotte agar (PCA) et V8 (Simmons, 2007), se sont révélés favorables à la
sporulation. Des versions non gélosées de certains de ces milieux sont utilisés pour les
cultures liquides (Guiraud, 2003 ; Tatiana et al., 2010).
2.8.3. L’approche moléculaire
Les techniques moléculaires ont connu un progrès important et ont suscité un intérêt énorme
grâce à l’émergence de la technique de réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Lorsque
les caractéristiques morphologiques sont insuffisantes pour identifier un champignon, on
utilise les techniques physiologiques et biochimiques. Cependant, pour des champignons
filamenteux peu différenciés tels qu’Alternaria, ces méthodes sont laborieuses, longues et
quelquefois incomplètes (Andersen et Thrane, 1996 ; Frisvad et al., 1998 ; Guarro et al.,
1999).
3.8.3.1. Outils moléculaires modernes et taxonomie
Depuis quelques années, le développement des méthodes analytiques et moléculaires a permis

aux scientifiques de réaliser une classification des microorganismes selon des caractéristiques
biochimiques basées sur l’étude de trois grandes classes principales de molécules :
– les métabolites primaires, composés nécessaires aux fonctions vitales de l’organisme ;
29
– les métabolites secondaires tels que les alcaloïdes ou les terpènes, qui n’ont pas de fonctions
vitales ;
– les sémantides qui portent l’information génétique : acide désoxyribonucléique (ADN),

acide ribonucléique (ARN) et protéines (Verscheure et al., 2002).
La chimiotaxonomie, partie intégrante de la démarche, comprend les méthodes moléculaires

et les méthodes chimiques. Anderson et Thrane (1996) ont utilisé à la fois la morphologie, le
profil en métabolites et les caractéristiques de culture pour classer 36 isolats appartenant aux
espèces d’A. infectoria et A. alternata. L’analyse par groupements des résultats obtenus a
permis de délimiter deux groupes : le groupe infectoria dont les isolats produisaient
uniquement des composés non identifiés et le groupe alternata. D’autres travaux menés par
Andersen et al. (2008) avait pour but de décrire la méthodologie avec profilage métabolique
en utilisant la chimiotaxonomie, cette méthode a permis la distinction entre les espèces A.
dauci, A. porri, A. solani, et A. tomatophila, avec leurs métabolites spécifiques respectifs.
3.8.3.2. Etude de la variabilité interspécifique
Les méthodes moléculaires sont universellement applicables et permettent d’explorer le

polymorphisme à différents niveaux (comparaison entre des souches, des espèces, des genres,
etc.). Les méthodes moléculaires sont basées sur l’étude d’un gène (locus), d’un fragment
d’ADN défini (espaceur, intron, etc.), de plusieurs gènes (multiloci) ou encore de l’ADN
total, dépendant du but poursuivi (Verscheure et al., 2002).
Les méthodes basées sur l’étude d’un gène ou de plusieurs gènes utilisent la technique PCR
(Mullis et al., 1986). Cette technique permet l’amplification de séquences spécifiques d’ADN
via sa synthèse in vitro et l’obtention rapide et simple de microgrammes de l’ADN ciblé.
L'analyse de l'ADN ribosomique (ADNr) par séquençage est devenu un outil modern et
commun en systématique, en particulier les régions variables de l’espaceur interne transcrit
(ITS) sont couramment utilisés pour étudier les relations phylogénétiques entre les espèces
Alternaria qui a révélé une variation entre les espèces à petites et à grosses spores (Kusaba et
Tsuge, 1994 et 1995 ; Pryor & Gilbertson, 2000 ; Pryor & Michailides, 2002 ; Wang et al.,
2001).
La PCR-RFLP (polymorphisme de taille des fragments de restriction) (digestion de l’ADN

par des enzymes de restriction) et le séquençage précédé d’une PCR sont basés sur l’étude
d’un gène ou d’un fragment d’ADN (Frisvad et al., 1998 ; Kano et al., 2000). Plusieurs
30
auteurs ont utilisé un fragment de l’ADN ribosomial tel que les unités 5.8S (très conservées),
18S et 25S (très conservées mais plus utiles que les 5.8S), les espaceurs (interne ou externe
qui sont des régions non codantes et variables) (Lübeck et al., 2000 ; Makimura et al., 2001)
ou encore l’intergenic spacer (IGS) qui sépare deux copies de l’ADN ribosomial. L’analyse
de basse fréquence des fragments de restriction (LFRFA), polymorphisme de longueur des
fragments de restriction (RFLP), et l'électrophorèse en champ pulsé (PFGE) ont tous été
utilisés pour fournir une indication de parenté entre les souches (Schaechter, 2009). Des
études génétiques utilisant des isozymes, des marqueurs RFLP ou AFLP montrent une forte
variabilité génétique intraspécifique parmi des isolats de différentes espèces, notamment A.
alternata, A. solani ou A. tomatophila (Petrunak et Christ, 1992 ; Weir et al., 1998 ; Aradhya
et al., 2001 ; Oviedo et al., 2013 ; Gannibal et al., 2014).
À côté de l’étude d’un gène, les techniques de “fingerprints” (empreintes moléculaires)

ciblent l’ensemble du génome. Ces techniques contiennent, entre autres, le polymorphisme de
l’ADN amplifié au hasard (RAPD), les microsatellites et les minisatellites. Le RAPD (Arisan-
Atac, Kubicek, 1995 ; Frisvad et al., 1998) utilise la technique PCR pour amplifier des
segments d’ADN génomique avec des amorces d’oligonucléotides non spécifiques. Cette
technique présente le désavantage d’être peu reproductible et nécessite la standardisation de la
méthode d’amplification ainsi que de la visualisation des fragments obtenus. Au sein de
l’espèce A. alternata, plusieurs études mettent en évidence des variabilités entre des souches
pourtant représentant le même pathotype. Ainsi, Morris et al. (2000) signalent à l’aide de la
RAPD, une variabilité génétique importante au sein de populations d’A. alternata f. sp.
Lycopersici (syn. A. arborescens) qui reflète une variabilité morphologique considérable de
ces isolats. Cependant, elle peut être utile lors de l’analyse rapide d’un nombre élevé d’isolats
dont on suspecte qu’ils font partie du même taxon et dont aucune information sur la séquence
d’un marqueur n’est connue, ce type de marqueur a été utile pour étudier les variations
intraspécifiques et interspécifiques dans le genre Alternaria (Cooke et al., 1998 ; Weir et al.,
1998 ; Roberts et al., 2000).
Les microsatellites (séquences répétitives de 2 à 5 paires de bases réparties de manière

aléatoire dans le génome) et les minisatellites (séquences répétitives d’environ 20 paires de
bases) peuvent être amplifiés (Frisvad et al., 1998). Ces techniques utilisant les micro- et
minisatellites sont reproductibles et nécessitent peu d’ADN mais sont longues et coûteuses.
Benichou et al. (2009) ont évalué la variabilité allélique au sein de 43 isolats d’A. dauci à
partir de 11 marqueurs microsatellites polymorphes isolés à partir du pathogène sur la base
31
des banques génomiques enrichies. Les essais d'amplification et le séquençage des amplicons
obtenus ont montré que certains de ces microsatellites pourraient être utilisés sur différentes
espèces telles qu’A. solani, A. bataticola et A. zinniae.
2.8.3.3. Immunotaxonomie et électrophorèse des protéines
Les champignons produisent un grand nombre d’antigènes qui se sont révélés être propres au
genre et/ou à l’espèce. En effet, des études ont montré que non seulement la présence de
polysaccharides (exoantigènes) permet de classer les espèces, mais aussi que la composition
en carbohydrates définit le taxon auquel appartient l’espèce étudiée. De plus, la production de
ces molécules ne dépend ni du milieu de culture, ni de la température, ni de l’âge de la culture
(Frisvad et al., 1998). À côté des méthodes immunologiques, l’électrophorèse des protéines et
des isozymes (enzymes différents mais qui catalysent la même réaction) est une technique
largement utilisée en taxonomie. L’électrophorèse des isozymes permet de détecter et
d’identifier un champignon particulier mais son utilisation est encore controversée bien que
des études aient utilisé la différence des profils en isozymes pour résoudre des problèmes
situés au niveau de l’espèce (Micales, 1986). Des chevauchements importants surviennent
lorsque les espèces sont très proches (Petrunak et Christ, 1992). En plus, cette technique
repose sur l'expression de gènes qui sont affectés par les méthodes culturales du champignon
causant ainsi des erreurs d'identification.
2.8.3.4. Méthodes chimiques
Les méthodes chromatographiques et spectroscopiques permettent l’analyse qualitative et

quantitative d’un ou plusieurs métabolites ou composés de la membrane cellulaire. On étudie
principalement les polysaccharides, les lipides insaponifiables, les acides gras, les métabolites
secondaires volatils et non volatils (Verscheure et al. 2002). Un exemple de travaux tel que
celui de Xiufen et al. (2009) sur une glycoprotéine, purifiée par chromatographie d'échange
d'anions à partir du mycélium d'A. tenuissima, responsable de l’induction de la résistance chez
la plante de tabac contre le virus de la mosaïque du tabac pour la mise au point d’une de lutte
biologique. Certaines espèces d’Alternaria produisent des toxines, leurs mise en évidence ou
de doser par des méthodes chimiques, leurs recherche nécessite une extraction et une
purification. La caractérisation s’effectue par chromatographie en couche mince sur plaque de
gel silice (Guiraud, 2003). Plus de 30 produits potentiellement toxiques ont été isolés et
caractérisés à partir d'espèces d'Alternaria qui produisent de nombreux métabolites
secondaires tels que les phytotoxines spécifiques ou non spécifiques à l’hôte, qui jouent un
32
rôle important dans la pathogenèse de plantes (Templeton et al., 1967 ; Pero et Main, 1969 ;
Tirokata et al., 1969 ; Coombe et al., 1970 ; Pero et al., 1973 ; Ueno et al., 1975 ;
Janardhanan et Husein, 1975 ; Maekawa et al., 1984 ; Rizk et al., 1985 ; Tadakazu et al.,
1985 ; Liebermann et al., 1988 ; Visconti et al., 1988 ; Logrieco et al., 1990 ; Thomma,
2003).
En conclusion, lors d’études taxonomiques, les caractéristiques morphologiques seront

toujours étudiées mais seront combinées avec les études moléculaires et chimiques pour
identifier et classer correctement un champignon.
2.9. Les Alternaria producteurs de mycotoxines
Les champignons du genre Alternaria appartiennent à la catégorie des nécrotrophes, ils tuent
les cellules végétales, notamment par l’action de toxines (Agrios, 2005), leur pouvoir
pathogène et leur virulence tient en compte la nature des deux organismes, hôte- parasite,
implique à la fois la notion d’aptitude parasitaire et celle de réceptivité (Joly, 1964). Bien que
A. alternata a été considéré comme l’espèce principal productrice de mycotoxines, les autres
membres du genre, tels que A. citri, A. solani, A. longipes et A. tenuissima et A. arborescens
espèces infectoria groupes, sont également capables de produire ces contaminants toxiques
dans leurs hôtes (Barkai-Golan, 2008). Ces champignons, considérés comme polluants
biologiques, par leur productions d’allergènes, antigènes dans l’organisme, capables de
déclencher une réponse immune circulant de type immunoglobuline (E ou IgE), qui se
manifeste par une réponse allergique avec libération de médiateurs, tel que l’histamine chez le
sujet sensibilisé (Botta et al., 2005). Plusieurs travaux sur les toxines Alternaria ont été
publiées au cours des dernières décennies (Visconti et Sibilia, 1994 ; Panigrahi, 1997 ;
Bottalico et Logrieco, 1998 ; Scott, 2001 et 2004). A. alternata produit un certain nombre de
mycotoxines à savoir l’alternariol (AOH), alternariol monométhylique éther (AME),
altertoxine (ATX-I,-II,-III) et l’acide ténuazonique (TeA), altenuene (ALT) et iso-altenuene
(iso-ALT), c’est donc une espèce d'intérêt particulier pour les mycotoxicologistes (Visconti et
al., 1988 ; Logrieco et al., 1990 ; Andersen et Thrane, 1996 ; Ostry, 2008). Le pathotype A.
alternata f. sp. lycopersici produit les toxines AAL. Ces toxines AAL sont structurellement
liées aux fumonisines. Il n’y a eu qu'un seul rapport sur leur présence naturelle dans l'ensilage
de foin (Yu et al., 1999). La toxicité de l'AAL-toxine vis-à-vis des bovins laitiers n'est pas
connue, mais devrait être examinée compte tenu de l’apparente abondance de ces toxines. A
33
l’exception d’A. alternata, beaucoup d’espèces sont capables de synthétiser d’importantes

mycotoxines mentionnées dans le tableau (5).
Tableau 5: La production de mycotoxines par différentes espèces Alternaria à l’exception

d’A. alternata.
Espèces Mycotoxines Référence

A. brassicae (Berk.) Sacc. AOH, AME Bottalico et Logrieco (1998)
A. capsici-anui Săvul. & Sandu AOH, AME, TeA Bottalico et Logrieco (1998)
A. cassiae Jurair & A. Khan ATX-I, -II Hradil et al. (1989)
A. citri Ell. & Pierce AOH, AME, TeA Freeman (1965) ; Kinoshita et
al.(1972)
A. cucumerina (Ell. & Ev.) AOH, AME Raistrick et al. (1953) ; Freeman
Elliott
(1965)
A. dauci (Kühn) Groves & AOH, AME Freeman (1965) ; Raistrick et al.
Skolko
(1953)
A. japonica Yoshii TeA Kinoshita et al. (1972)
A. kikuchiana Tanaka AOH, AME, TeA Tirokata et al. (1969) ; Kinoshita et al.
(1972) ; Kameda et al. (1973)
A. longipes (Ell. & Ev.) AME, TeA Mikami et al. (1971) ; Bottalico et
Logrieco (1998)
A. mali Roberts ATX-I, -II, -III, TeA Kinoshita et al. (1972)
A. oryzae Hara TeA Kinoshita et al. (1972)

A. porri (Ell.) Cif. AME, TeA Bottalico et Logrieco (1998)
A. radicina Meier, Drechsler & ATX-I, -II, -III, TeA Bottalico et Logrieco (1998) ; Solfrizzo
Eddy
et al. (2005)
A. solani Sorauer AOH, AME, TeA Stoessl (1969) ; Pollock et al. (1982) ;
Bottalico et Logrieco (1998)
A. tenuissima (Kunze) Wiltshire AOH, AME, ATX-I, -III, Young et al. (1980) ; Bottalico et
TeA Logrieco (1998)
A. tomato (Cooke) Jones AOH, AME, ATX-I, -II, - Bottalico et Logrieco (1998)
III, TeA
A. tomatophila (Simmons) ATX-I, altersolanol A, Andersen et al. (2008)
macrosporin
34
3. Méthodes de lutte contre Alternaria
L’alternariose des Solanacées réduit considérablement le rendement à la fois qualitativement

et quantitativement. Afin de contrôler efficacement cette maladie, plusieurs procédés sont
utilisés.
3.1. Pratiques culturales
Les bonnes pratiques culturales contribuent à minimiser l’incidence et la propagation de la

maladie de la brulure foliaire, elles comprennent l'utilisation de semences propres et la
rotation des cultures assez longues, de l’ordre de 3 à 4 années, faisant intervenir des céréales à
petits grains comme le maïs, qui sont souvent envisagées dans les parcelles fortement
affectées. Il convient aussi d’éliminer complètement les débris de plantes à la fin de la saison
de récolte pouvant servir d’hôtes intermédiaires (Blancard et al., 2012). Gomez-Rodriguez et
al. (2003, 2007) ont trouvé que la culture intercalaire de tomate avec le tagète érigée (Tagetes
erecta L.) a induit une réduction significative de la brûlure foliaire et dégâts sur fruits causée
par A. solani. Ceci a été réalisé au moyen de trois mécanismes différents ; (i) l'effet
allélopathique du tagète érigée sur la germination des conidies d’A. solani, (ii) en réduisant la
période avec une humidité relative ≥ 92%, diminuant ainsi le développement des conidies (iii)
en fournissant une barrière physique contre la propagation de la conidies. En outre,
l'augmentation de l'espacement entre les plantes permet d’améliorer la circulation d'air et
favoriser le séchage des plantes doit aider à éliminer l’excès d’humidité. La fertilité semble
aussi jouer un rôle dans la gestion de la maladie, puisque les plantes bien drainées semblent
être plus résistantes à la maladie. Il est connu, par exemple qu’un sol peu drainé en azote ou
une carence de ce dernier augmente la sensibilité des cultures de Solanacées à A. solani
(Nasraoui, 2006). Sachant aussi, les différentes techniques d’irrigation agissent directement
sur la survie et la dispersion de l’inoculum au sein des cultures, elle varie selon la technique
appliquée (déversement, irrigation à la raie, irrigation au goutte à goutte, aspersion). Une
bonne gestion de celle-ci constitue un moyen de lutte efficace contre Alternaria qui persiste
dans les débris sec de pomme de terre et de tomate et qui produit ses spores la nuit, si les
journées sont humides et la rosée nocturne est abondante, l’aspersion n’accroit pas l’infection.
Par contre une rosée nocturne abondante alterne avec une sècheresse diurne, l’aspersion faite
pendant le jour accroit fortement l’infection (Lepoivre, 2003).
35
3.2. La lutte génétique
Des sources de résistance ont été trouvées chez plusieurs espèces sauvages, en particulier
Lycopersicon hirsutum et L. pimpinellifolium. Elles ont été utilisées dans des programmes
d’amélioration qui ont permis d’obtenir des lignées et des cultivars disposant d’une résistance
polygénique partielle à l’alternariose, ayant aussi une maturité assez tardive. Une diminution
de la sensibilité de la tige et du collet à l’alternariose a été rapportée chez d’autres espèces
sauvages sans être exploitées efficacement (Chaerani et Voorrips, 2006). Dans certains
contextes culturaux en Inde, un certain nombre de variétés de tomate (‘Ace’, ‘Flora-Dade’…)
se sont montrées moins sensibles à cette maladie (Blancard et al., 2012).
Divers études génétiques publiées sur la résistance aux symptômes liés à l’alternariose, ont
montré une diminution des dégâts et des symptômes liés à la maladie (tableau 6). Cette
diminution étant limitée par l'absence de gènes de résistance efficaces chez la tomate cultivée
(Vakalounakis, 1983 ; Poysa et Tu, 1996 ; Banerjee et al., 1998 ; Vloutoglou et al., 2000) et
par l'expression quantitative et polygénique de la résistance (Barksdale et Stoner, 1977 ;
Maiero et al., 1989 ; Nash et Gardner, 1988 ; Maiero et al., 1990 ; Thirthamallappa et
Lohithaswa, 2000). Des sources de résistance à l’alternariose ont été identifiées chez les
parents sauvages de la tomate. Certains d'entre eux ont été utilisés par des approches
traditionnelles de reproduction, mais une augmentation du niveau de résistance s’est avéré en
corrélation négative avec la précocité (Nash et Gardner, 1988 ; Maiero et al., 1989 ; Foolad et
Lin, 2001 ; Foolad et al., 2002) et le rendement (Barrat et Richards, 1944). Les lignées les
plus résistantes et les cultivars hybrides ayant des caractéristiques horticoles acceptables, qui
sont actuellement disponibles, ont une résistance modérée à l’alternariose et viennent à
échéance un peu plus tard (Gardner, 1988 ; Gardner et Shoemaker, 1999 ; Gardner, 2000). Par
conséquent, des cultivars résistants avec de meilleures caractéristiques horticoles sont encore
nécessaires.
Tableau 6 : Études génétiques classiques de la résistance à l’alternariose engendrant la

brûlure foliaire, dépérissement du collet, et de la lésion des tiges de la tomate (Chaerani et
Voorrips, 2006).
36
Parent résistant a Type de Contrôle génétique Référence

population
Brulure Solanum F1 polygénique récessif Maiero et al.
foliaire lycopersicum71B2 (1989)
Solanum lycopersicum F1 polygénique récessif Maiero et al.
C1943 (1989)
Solanum lycopersicum F1, F2, BC1, polygénique récessif avec effets Maiero et al.
BC2
C1943 additifs, dominants (dom × dom) et (1990)
épistatiques
Solanum lycopersicum F1, F2, BC1, Au moins 3 gènes avec des effets Nash et Gardner
BC2
NCEBR-1 aditifs, dominants ou épistatiques (1988)
(add × add, add × dom, dom × dom)
Solanum lycopersicum F1 Polygénique, dominance partielle Maiero et al.
(1990)
NCEBR-2
Solanum lycopersicum F1 Polygénique, dominance partielle Maiero et al.
87B187 (1990)
Solanum lycopersicum F1, F2, BC1, Quantitatives, Gènes dominants avec Stancheva (1991)
83602029
BC2 des effets additifs, dominants et
épistatiques
IHR 1816 (=Solanum F1, F2, BC1, polygénique récessif avec des effets Thirthamallappa
lycopersicum NCEBR- BC2
additifs et épistatiques (add × dom) et Lohithaswa
1)
au stade de plantule, avec des effets (2000)
un additifs, la dominants et
épistatiques (add × add) au stade
adulte
IHR 1939 (=Solanum F1, F2, BC1, polygénique récessif avec des effets Thirthamallappa
pimpinellifoliumL4394) BC2
additifs et épistatiques (add × dom) et Lohithaswa
au stade de plantule, avec des effets (2000)
un additifs, la dominants et
épistatiques (add × add) au stade
adulte
Solanum lycopersicum F2, F3 Polygénique, dominance partielle Foolad et al.
NC39E
(2002)
Lésion Solanum lycopersicum F1, F2, BC1, polygénique récessif avec additif et Maiero et al.
sur tige C1943, NCEBR-2 BC2
dominant (1990)
Dépériss Solanum lycopersicum F1, F2, BC1, polygénique récessif avec des effets Stancheva (1991)
ement du 83602029 BC2
additifs, dominants et épistatiques
collet
a
Nouvelle nomenclature selon Peralta et al. (2005).
37
3.3. Extraits de plantes
L'utilisation des extraits de plantes et produits naturels est très encouragée, car ces produits
sont sans danger pour la santé et ne causent pas de pollution (Mamgain et al., 2013).
Plusieurs travaux au laboratoire menés sur différents tissus végétaux, tels que les racines, les
feuilles, les graines et les fleurs ont démontré que les extraits de plantes possèdent des
propriétés inhibitrices contre les bactéries, les champignons et les insectes (Davicino et al.,
2007). Ces produits non conventionnels ont été testés avec plus ou moins de succès afin
d’induire chez la tomate une résistance, notamment à l’alternariose. Dans le même registre,
divers extraits de plantes, des huiles végétales (Acacia concinna, Bassia latifolia [syn.
Madhuca longifolia var. ‘latifolia’], ail, Azadirachta indica…) permettraient de limiter le
développement de ce parasit (Blancard et al., 2012).
Quelques études de cas menés par Dellavalle et al. (2011) sur des espèces végétales criblées
in vitro pour leur activité antifongique contre Alternaria spp. pour l'évaluation antifongique
avec des tests microspectro-photométriques. La concentration minimale inhibitrice (CMI) et
la concentration fongicide minimale (MFC) de 29 extraits ont été évalués, 31% des extraits
ont inhibé la croissance, semblable aux effets d'un fongicide chimique contre Alternaria spp.
Les valeurs de CMI des extraits ont été comprises entre 1,25 et 25 pg ml- 1. Les valeurs MFC
des extraits variaient entre 1,25 pg ml- 1 avec Rosmarinus officinalis L. et 10 pg ml-1 avec
Cynara scolymus L. Les valeurs de CMI et MFC obtenues à partir de feuilles de Salvia
officinalis L. et R. officinalis, et des extraits de graines de Salvia sclarea L. étaient tout à fait
comparables aux valeurs obtenues avec le fongicide Captane classique (2,5 ug mL- 1). Les
extraits de Salvia sclarea, S. officinalis et R. officinalis pourraient être considérés comme des
sources potentielles de composés antifongiques pour le traitement des maladies des plantes.
Ces extraits ont montré une activité maximale, même à des concentrations très faibles avec les
mêmes effets fongicides qu’un fongicide chimique.
Aussi, les travaux de Nikumbh et Saler (2011) qui consistaient à tester l’effet des extraits de
plantes sur le pathogène de l’oignon A. alernata, notamment l’extrait de feuilles d’Annona
Squamosa, qui a inhibé la croissance du champignon de 91,13% et 68,35% à concentrations
de 50% et 100%, respectivement tandis que les extraits de Withania somnifera L. ont inhibé
de 54,09% et 36,60% par rapport aux autres extraits de plantes, le mélange de trois extraits de
plantes (Cassia, Argémone, Parthenium) a donné de meilleurs résultats par rapport aux
extraits de plantes testés individuellement.
38
En conclusion, les extraits de plantes présentent des propriétés fongicides étonnantes qui
soutiennent leur utilisation traditionnelle comme antiseptiques.
3.4. La lutte biologique
L’essor de la lutte biologique a longtemps été freiné par la position dominante de la lutte
chimique dans les systèmes de productions intensifs. Elle vise à contrôler les agents
pathogènes aux moyens d’agents de lutte biologique (Biological contrôle agent : BCA) ainsi
que les produits qu’ils en dérivent (Lepoivre, 2003). Plusieurs antagonistes potentiels sont
signalés dans la littérature : des bactéries (Pseudomonas fluorescens, Bacillus spp., etc.)
comme des champignons (Trichoderma polysporum, Chaetomium globosum… ) ; leurs
performances ne semblent toutefois pas importantes en situation d’épidémie naturelle
(Blancard et al., 2012).
Quelques études de cas sur Trichoderma spp. connu depuis longtemps (Bisby, 1939), est
utilisé comme agent de lutte contre les phytopathogènes du sol (Baker et Cook, 1974 ;
Papavizas et al., 1982), ce champignon a une adaptation écologique très large, sa capacité à
croitre sur des substrats très peu couteux, en font un candidat potentiellement intéressant pour
de nombreuses applications en lutte biologique (Amsellem et al., 1999). Les propriétés
antagonistes des Trichoderma spp. s’expliquent par la compétition pour les éléments nutritifs,
l’antibiose ainsi que le parasitisme (Yedidia et al., 2000). Trichoderma spp. est commercialisé
pour lutter contre les agents de fontes de semis, il occupe 50% des BCA fongique mis sur le
marché (Verma et al. 2007).
Un autre exemple de travaux menés sur Bacillus spp. autant qu’agents de lutte contre les
pathogènes des produits récoltés et stockés (Sharma et al., 2009). Le premier travail sur le
contrôle de la pourriture brune des fruits à noyau par Bacillus subtilis était initié par Pusey &
Wilson (1984) ; depuis, beaucoup d’antagonistes ont été identifiés et utilisés pour le contrôle
de l’alternariose sur différents fruits et légumes (Tableau 7). L’inoculation artificielle par des
agents antagonistes est plus efficace pour le contrôle de l’alternariose sur fruits et légumes
que d’autres moyens.
Des produits à base de Bacillus sont couramment utilisés en agriculture comme bio-
pesticides, fongicides et stimulateurs de la croissance chez les plantes. Certaines espèces de
Bacillus ont aussi un effet bactéricide et nématicide (Pérez-Gacia et al., 2011). Le contrôle
biologique des phytopathogènes par Bacillus est principalement due au rôle des lipopeptides
39
Fengycine et iturine, ces derniers ont été largement caractérisé comme composés
antifongiques contre plusieurs champignons et oomycètes phytopathogènes (Romeo et al.,
2007 ; Ongena & Jacques, 2008 ; Arrebola et al., 2010). L’iturine peut également avoir un
potentiel antibactérien supplémentaire. Les lipopeptides fengicine et surfactine (Tendulkar et
al., 2007), semblent agir comme déclencheurs pour l'activation de la résistance systémique
induite (ISR) au niveau de la racine de la plante hôte, conduisant à la suppression ou à la
réduction des maladies des plantes causées par des agents pathogènes transmis par le sol et
l’air (Ongena et al., 2007 ; Choudhary et Johri, 2009). Les lipopeptides surfactine sont
essentiels pour la motilité. Les surfactines agissent comme des molécules de signalisation
pour la formation de biofilms qui semblent être nécessaire pour la colonisation de la surface
des racines et des feuilles par les bacilles associées aux plantes (Jourdan et al., 2009).
Tableau 7 : Quelques antagonistes microbiens utilisés pour le control des Alternaria spp. sur
fruits et légumes.
Antagoniste Pathogène Fruits/légume Référence(s)

Aureobasidium Alternaria solani Tomate Brame et Flood (1983)
pullulans
Bacillus subtilis Alternaria alternata Litchi Jiang et al. (1997, 2001)
(Fr.) Keissler
Bacillus sp. Alternaria solani Tomate Sabriye et al. (2011)
Cryptococcus Alternaria alternata et Jujube Qin et Tian (2004)
laurentii Penecillium expansum Tian et al. (2005)
Enterobacter Alternaria alternata Cerise Utkhede et Sholberg
aerogenes Homaech (Fr.) Keissler (1986)
&Edwards
Debaryomyces Alternaria sp. Tomate Chalutz et al. (1988)
hansentii
Pichia guilliermondii Alternaria alternata Tomate Chalutz et al. (1988)
(Fr.) Keissler
Rhodosporidium Alternaria alternata Tomate cerise Yifei et al. (2008)
paludigenum
Rhodotorula glutinis Alternaria alternata Jujube Tian et al. (2005)
Streptomyces Alternaria solani Pomme de Chattopadhyay et Nandi
longisporus terre (1982)
40
Trichoderma Alternaria solani Tomate El-Farnawany (2006)

harzianum
Trichoderma spp. Alternaria alternata Cerise Qin et al. (2004)
3.5. La lutte chimique
A côté des méthodes de luttes culturales, génétiques et biologiques, les traitements chimiques
sont largement utilisés pour combattre les maladies fongiques. Le chiffre d’affaire mondiale
des produits phytosanitaires avoisine les 44 015 millions de dollars est en hausse de 15% en
2011, la part de fongicides s’élève à 25,8% (UIPP, 2011).
Un fongicide exerce une activité selon l’action exercée au niveau du cycle parasitaire de
base : (1) Préventive ou anti pénétrante, s’il agit avant l’infection ; (2) curative, s’il intervient
pendant la phase d’incubation : (3) anti-sporulante s’il empêche la sporulation du parasite ou
(4) éradicante, s’il élimine le champignon déjà visible. Par ailleurs, en fonction de son
comportement dans la plante, le fongicide est qualifié de produit :
· De surface ou de contact si seule la fraction présente sur la surface traitée entraine un

effet antifongique qui sera donc de type préventif ;
· Pénétrant, s’il présente en quantité suffisante dans les assises cellulaires sous-jacentes
aux surfaces traitées pour entrainer un effet curatif ;
· Translaminaire, si après son application sur une surface foliaire, il inhibe le
développement d’un champignon inoculé sur l’autre face ;
· Systémique, si après une migration intense via le xylème ou le phloème, il exerce une
activité antifongique (préventive ou curative) hors de la zone traitée (Lepiovre, 2003).
Les fongicides sont couramment utilisés pour contrôler la brûlure foliaire et sont constitués de
produits protecteurs comme le mancozèbe (Dithane) et le chlorothalonil (Bravo), le manèbe,
l’iprodione, le difénoconazole, le cymoxanil + famoxadone, le thiophanate-méthyle et le
famoxadone ou des fongicides systémiques appartenant à la classe des strobilurines comme
l’azoxystrobine, la pyrachlostrobine et la picoxystrobine (Bartlett et al., 2002 ; Blancard et al.,
2012). Les fongicides spécifiques au site sont composés à base de strobilurine s’avèrent très
efficace au début, mais la résistance a été identifiée pour un certain nombre de champignons,
y compris sur les agents de l’alternariose (Bartlett et al., 2002 ; Pasche et al., 2004). En cours
de culture, les plantes doivent être traitées dès que les premiers symptômes sont constatés le
41
plus rapidement possible. Les applications doivent être renouvelées après de fortes pluies et
des irrigations par aspersion car ces dernières favorisent l’extension de la maladie, aussi
doivent-elles être réalisées en cours de journée à une période qui permettra aux plantes de
ressuyer et de ne pas rester trop longtemps humectées (Blancard et al., 2012). Pour éviter ou
éliminer la présence de champignons résistants, la meilleure stratégie consiste à : 1) Mélanger
des fongicides systémiques de contact s’ils sont compatibles ; 2) Alterner l’utilisation de ces
deux grands groupes de fongicides ; 3) Cesser l’utilisation de fongicides inefficaces ou dont le
champignon été testé résistant (Gilbert, 1999).
Figure 11 : Sites d’action des principaux fongicides (Lepiovre, 2003).
D’autre part, une pulvérisation de bicarbonate de soude sur plantes de tomate réduirait la
germination des conidies d’A. solani et A. tomatophila et présenterait une certaine efficacité
pour contrôler l’alternariose (Ivanovic et al., 2002 ; Blancard et al., 2012). Différentes
matières actives appartenant aux familles des Triazoles, inhibiteurs de stérols, et carbamates
sont utilisées comme traitement par pulvérisation en cours de végétation (Tableau 8).
Tableau 8 : les matières actives recommandées pour les cultures de tomate et de pomme de
terre (ITCMI, 2010).
42
Matière active Famille Spécialité Pathogènes Dose

chimique commercial
Tétrachloroisophthalonitrile Chloronitriles Bravo Phytophtora 2 l/ha
Triazoles infestans
Botrytis cinera
Septoria sp.
fénamidone + Imidazolinones + Consento Phytophtora 1,5 à

propamocarbe Carbamates infestans 2 l/ha
Alternaria sp.
métalaxyl-M (Méfénoxam) Dithiocarbamates Ridomil Phytophtora 2.5

Phénylamides infestans Kg/ha
Alternaria sp.
3.5.1. Substances utilisées pour lutter contre l’alternariose des Solanacées
Un certain nombre de chercheurs ont déclaré l’efficacité de nombreuses matières actives vis à
vis différentes espèces d'Alternaria pathogènes des Solanacées. Parmi les nombreux
fongicides commercialisés, beaucoup d’autres substances sont encore en évaluations aux
laboratoires.
Singh et al. (1997) ont évalué la combinaison de Emisan-6 avec l’Indofil M-45 qui s'est
révélée être très efficace, suivie par la combinaison d’Emisan-6 avec Indofil Z-78 dans le
contrôle des Alternaria pathogènes de la pomme de terre. Le Mancozèbe (0,2%) s’est révélé
plus efficace pour inhiber la croissance mycélienne d’A. solani, l’agent de la brûlure foliaire
de la tomate (Choulwar et al., 1989 ; Singh et al., 2001). De même, le Mancozèbe (0,2%),
suivie par Captafol (0,2%) ont été jugés très efficace contre A. solani infectant les plants de
tomates (Babu et al., 2001). Prasad et Naik (2003) ont aussi prouvé l’efficacité de certains
fongicides non systémiques comme l’Iprodione et le Mancozèbe et des fongicides
systémiques comme le Thiophanate méthyle contre le pathogène de la tomate A. solani.
Cependant, dans des conditions in vivo, l'Iprodione (0,2%) et le Mancozèbe (0,2%) ont été
efficaces. Un rendement maximal a été enregistré dans le traitement par l'Iprodione ainsi
43
qu’un taux de rentabilité élevé avec un rapport de 1:11.4 du traitement au Mancozèbe.

Thippeswamy et al. (2006) ont rapporté que le Mancozèbe, le Carbendazin et le captaf étaient
les plus efficaces contre A. solani pathogène de l'aubergine. Sarkar et Chaudhary (2004) ont
observé que l’effet du Polyram appliqué trois fois (2.5kg / ha) à des intervalles de 15 jours,
était significativement supérieure à celui du Captan 50% SP et Mancozèbe 75% WP, dans la
réduction de la brûlure foliaire de la tomate causée par A. solani et a également augmenté le
rendement. De plus, Tiwari et al (2004) ont montré que le Mancozèbe était plus économique
lors de la pulvérisation deux fois plutôt qu'une et trois fois. Aussi, l'oxychlorure de cuivre et le
Mancozèbe sont plus efficaces dans l'inhibition de la croissance et de la germination des
spores d’A. tomato (Cooke) GP Weber provoquant des nécroses sur fruit de tomate. En outre
le prétraitement par des produits chimiques était plus efficace par rapport à un post-traitement
en général (Patel et al., 2005).
D’autre part, Datar (1996) a reporté que les fruits de piment trempées dans l'indole-3-
butyrique ou Naphthalic acide acétique à une concentration 200µg/l pendant 30 minutes
retarde la pourriture des fruits causée par A. alternata. L’agent pathogène a été également
contrôlé par trempage des fruits pendant 10 min dans une solution de Carbendazime à
concentration de 1000µg/ml. Le taux d'expansion des lésions d’A. solani sur les plantes de
pomme de terre n'a pas été affectée de manière significative par le Chlorothalonil,
contrairement au Tébuconazole qui l’a diminué de manière significative (Shtienberg et al.,
1996). Kamal et al. (2007) ont trouvé que l’incidence de l’alternariose sur fruits et feuilles de
tomate était plus faible lors d’un traitement à l’Indofil M-45, avec une incidence de maladie
de 1,7% et 4,0%, respectivement. Sidlauskiene et al. (2003) ont prouvé l’efficacité de
l’Amistar contre l’alternariose du concombre, du chou et de la tomate, l'incidence de la
maladie a été réduite de 88 à 93%. L'urée ainsi que de l'urée associée au nitrate d'ammonium
(UAN) étaient tous les deux très efficaces pour contrôler A. tenuissima (Veverka et al., 2007).
Quatre matières actives d’organo-thiophosphonates récemment synthétisées à savoir, la N-(-2-
éthoxy-2-oxo-éthyl)-2-pyridinylidenamido (diéthyl amido) (phényl) thiophosphonate; N-(2-
méthoxy-2-oxo-éthyl)-2-pyridinylidenamido (diphényl amido) (phényl) thiophosphonate, N-
(2-méthoxy-2-oxo-éthyl)-2-pyridinylidenamido (diisopropyl amido) (pheynyl) et de N-
thiophosphonate (2-méthoxy-2-oxo-éthyl) -2 pyridinylidenamido (cyclohexylamido de N-
méthyl) (phenyl) thiophosphonate, présentaient également des activités antifongiques
significatives à 100, 250 et 500ppm (Agarwal et al., 2007).
44
Les dérivés de sulfanilamide de chitosane préparé par Mei et al. (2007) ont montré un effet
inhibiteur important vis à vis A. solani à des concentrations de 50 à 500 µg/ml. Ils ont
également constaté que les activités antifongiques de ces dérivés ont augmenté en fonction de
l'augmentation de leur poids moléculaire, leur concentration ou leur degré de substitution,
aussi les dérivés de sulfanilamide de chitosane, carboxyméthylchitosane et chitosane sulfate
ont montré une activité antifongique plus élevée. Pour lutter contre l’alternariose de la pomme
de terre, Acrobat MZ (3kg/ha) a été prouvé très efficace. De faibles doses d'Acrobat MZ
(2,25kg/ha) et de Dithane M- 45 étaient tout aussi efficace suivie par Delan WP (0,5kg/ha) et
Acrobat MZ (1,79kg/ha), ces fongicides n'ont pas non plus montré de symptômes de
phytotoxicité comme la nécrose des pointes et le flétrissement et la feuille (Mustafee et al.,
2007). D’autre part, Singh (2008) a trouvé que trois pulvérisations à 0,25% de Ridomil MZ
(2kg/ha) dans des intervalles de 10 jours ont été les plus efficaces pour lutter contre la brûlure
foliaire de la pomme de terre provoquée par A. solani suivie par Melody Duo 66,75 WP
(2.5kg/ha et 2 kg / ha) et Antracol 70 WP. Parallèlement aux matières actives, le potassium et
le bicarbonate de sodium et Nerol (un produit commercial des fractions d'huiles essentielles
d’agrumes) ont un effet inhibiteur considérable contre A. solani pathogène de la pomme de
terre. Une inhibition complète du champignon a été obtenue avec du bicarbonate de potassium
ou de sodium à 2% et à 0,5% Nerol. Les traitements combinés de potassium ou le bicarbonate
de sodium à 1 ou 2% et à 0,5% Nerol réduisent l'incidence de la maladie de plus de 81,6% et
ont augmenté le rendement en tubercules de 82,6 et 72%, respectivement, au cours de deux
périodes de végétation. Le traitement le plus efficace était le bicarbonate de potassium à 2,0%
combinée à Nerol à 0,5% (Abd-el-Kareem, 2007).
45
Chapitre 2 :
Matériels et Méthodes
Chapitre 2 : Matériels et Méthodes
Introduction
Le présent chapitre étudie les méthodologies du diagnostic permettant d’identifier les

différentes espèces d’Alternaria responsables de la détérioration des cultures maraichères en
particulier les Solanacées, qui représentent une grande importance économique en Algérie, un
préalable indispensable et une mise en œuvre appropriée des moyens de lutte. Les
connaissances acquises dans le chapitre précédant décrivant la symptomatologie et
l’épidémiologie de ce parasite constituent une démarche primordiale du diagnostic sur la
biodiversité des espèces Alternaria pathogènes. Cette démarche commence par l’analyse des
circonstances qui accompagnent l’apparition des symptômes, se poursuit par la formulation
d’hypothèses quant à leur validation au laboratoire, à l’aide de techniques biologiques et
moléculaires qui constitueront les majeures étapes de cette étude.
I. Diagnostic, Prospections sur terrain et étude épidémiologique
Ayant peu d'informations sur l'épidémiologie, l'identité de l'agent pathogène (s) est encore très
mal connue dans le nord-ouest de l'Algérie. L’un des premiers objectifs de cette étude
englobant différents critères du diagnostic qui concerne l’analyse des symptômes et des
circonstances entourant l’apparition et le développement de l’alternariose sur les cultures
légumières. Les données recueillis sur terrain, nous permettent de formuler des hypothèses sur
les espèces d’Alternaria causales de la brulure foliaire. La seconde étape permet de valider les
hypothèses formulées et s’appuie sur la microscopie, l’isolement et la mise en culture en vue
de la caractérisation des espèces pathogènes.
1. Echantillonnage
Une étude approfondie sur l’incidence de la maladie des Solanacées et sa gravité est effectuée
dans soixante-cinq différentes régions à maraichage intensif de l’ouest Algérien dans les
Wilayas d’Oran, Mascara, Mostaganem, Ain Témouchent, Relizane, Tlemcen et Sidi Bel
Abès. Des observations successives sont effectuées durant les saisons (2011-2012 et 2012-
2013) dans des champs sélectionnés au hasard des localités pris en considération pour chaque
Wilaya. Un à vingt échantillon est prélevé à partir des organes présentant des symptômes
(feuilles, tiges, pédoncules, fruits ou tubercules infectés). La Fréquence de l’isolement est
calculée pour chaque espèce. La gravité de la maladie est déterminée selon la formule décrite
par Saleemi et al. (2012).
47
ᇱ ° ൈ ͳͲͲ

ሺΨሻ ൌ
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Jusqu'à présent, les enquêtes sur l'incidence de la maladie de la brûlure foliaire en Algérie ne
sont basées que sur des observations simples par des agriculteurs ou des services consultatifs.
La réalisation de ces prospections donnera un aperçu sur la distribution de la brûlure foliaire
ainsi que la présence des différentes espèces Alternaria dans les principales régions
productrices de Solanacées au Nord-ouest Algérien.
Les tissus végétaux naturellement infectés sont immergés pendant 2 min dans 50 ml de
NaClO à 2% pour éliminer la flore saprophyte superficielle puis rincés trois fois dans de l’eau
distillée stérile. Les tissus végétaux sont ensuite séchés sur du papier filtre stérile (Whatman
n°1) avant d’être placés dans des boites de Pétri suplémentées du milieu Pomme de terre
carotte agar (PCA) (15 ml par boite), Les boites sont scellées avec du parier cellophane puis
incubées à 25 ± 1 °C. Après 4 à 5 jours d'incubation, les boites sont examinées sous la loupe
binoculaire (grossissement x 40), l'identification des colonies développées à partir des
fragments infectés est basée sur la morphologie des spores. Des implants de 5 mm2 sont
découpés à l’anse à partir du bord de colonies puis transférés individuellement sur une
nouvelle boite de du milieu PCA ou pomme de terre saccharose agar (PSA). Les cultures
représentant des contaminations bactériennes sont transférées sur milieu amendé avec 50 µg
ml-1 de streptomycine.
2.1. Induction de la sporulation des isolats
Certaines espèces du genre Alternaria ont une incapacité à produire des spores lors de la
culture in vitro sur les milieux précédemment mentionnés, et comme sporulation s’avère un
élément clé à plusieurs tests tel que l’identification ou l'infection artificielle des plantes… etc.,
nous avons procédé à l’induction de celle-ci afin d’assurer une production suffisante de spores
par la méthode élaborée par Fahim (1966) et modifiée comme suit ; des fragments mycéliens
sont prélevés à partir des bords des colonies et placés dans des boites de Pétri contenant un
milieu à base d’extraits de la plante hôte (Annex 2) (Kozlovski et Kvasnyuk, 1984) sans être
scellés au cellophane. Après quatre jours d'incubation à 25 ± 1 °C les colonies sont blessées à
l’aide d’un scalpel stérile puis exposées à la lumière directe du soleil pendant 5 min pour
stimuler la sporulation fongique, elles sont ensuite incubées 3min à -20°C et remises à
température ambiante pendant 24h à l’obscurité.
48
2.2. Mesure de la sporulation fongique
Pour déterminer la concentration initiale de chaque isolat, 10ml d'eau distillée stérile est
ajouté sur cultures en boîte de Pétri, les conidies sont raclées de la surface de la colonie à
l’aide d’une pipette pasteur stérile recourbée. La suspension de conidies est collectée et filtrée
à travers deux couches de mousseline stérile. La concentration est ensuite déterminée à l’aide
d’une cellule de Malassez.
2.3. Culture d'isolats monospores
Les isolats sont purifiés selon la méthode décrite par Sofi et al. (2013) modifiée de la manière
suivante, 200µl de chaque suspension de conidies ajustée à 104 spores ml-1est étalée sur de
l’eau gélosée à 2%, les boites sont ensuite examinées sous microscope (grossissement x 40)
après 24 à 48h d’incubation à 25 ± 1°C, les colonies issues d’une seule spore sont transférées
individuellement sur milieu PSA à l’aide d’une aiguille stérile.
2.4. Conservation des isolats
La collection d’isolats est conservée à partir des cultures pures cultivées sur PSA incliné en
tube ou en boite, âgées de sept jours, maintenues dans un réfrigérateur à 4°C pour des
utilisations ultérieures. La conservation est aussi effectuée dans des cryotubes de 1,5ml
contenant cinq implants mycéliens d’un cm de diamètre supplémentés avec 1 ml de glycérol à
30%. Ces cryotubes sont placés dans un congélateur à -80°C pour un stockage à long terme.
II. Identification morphologique et étude des caractères culturaux

1. introduction
L’un des aspects les plus importants de la biologie d'un organisme sont les caractères
morphologiques et physiologiques d'un individu au sein d'une espèce, qui ne sont pas fixés.
Le cas aussi des champignons, mais il n'est pas fréquent chez les individus à reproduction
asexuée. Lorsque les caractéristiques morphologiques sont insuffisantes pour identifier un
champignon, on utilise les techniques physiologiques et biochimiques. L’étude de la
variabilité au sein des populations est importante pour cerner les changements des traits
morphologiques et physiologiques afin de confirmer l'existence de différents pathotypes. La
variabilité au sein d’espèce est un phénomène bien connu dans le genre Alternaria et peut être
remarquée dans les changements dans la forme des spores ainsi que leur taille. La diversité
apparaît même au sein d’isolats monospores issus d’une même colonie (Roberts, 1924). Pour
49
mieux connaître et différencier les espèces isolées, les caractéristiques morphologiques, la

croissance et la sporulation sur différents milieux de culture sont étudiés, notamment sur
diverses sources de carbone et d’azote pour lesquelles ils sont hétérotrophes ainsi qu’à
différentes températures et pH.
2. Etude des caractères macroscopiques et microscopiques
Cette identification des Alternaria sp. repose sur des critères qui font appel aux caractères
culturaux (texture du mycélium, couleur du thalle ou de l’envers de la colonie), et à la taille
des spores. Le diagnostic comprend deux parties : la détection du pathogène (décrite I.2.1) et
l’identification de celui-ci selon la taille et l’agencement des conidies en cultures pures.
Les observations sont effectuées 5 à 7 jours sur PSA. L’examen macroscopique incluant les
caractéristiques morphologiques de la colonie telle que la nature du mycélium (couleur et
aspect du thalle) sont effectués afin de dégager quelques caractères spécifiques. Ainsi le
mycélium peut être ras, peu développé, d’aspect velouté, peu duveteux ou aérien à cotonneux
et de couleur marron, olivâtre à gris claire ou foncé selon les espèces et les morphotypes.
Même si les caractères macroscopiques des colonies semblent être distincts, il est difficile
d’identifier ces pathogènes sur ces seuls critères. De plus il est difficile de séparer les espèces
pathogènes des espèces saprophytes. Les observations microscopiques permettent d’affiner le
diagnostic, dégageant les caractéristiques des spores. Les deux groupes d’espèces Alternaria
pathogènes des Solanacées présentent des spores qui sont différenciés généralement par la
morphologie des conidies.
2.2. Examen de la morphologie et de la formation des chaines de conidies
Dans les cas des Alternaria à petites et grosses spores, il est très difficile de séparer certaines
espèces étroitement liés tel que A. alternata, A. tenuissima et A. arborescens de la section
alternata et ceux de la section porri comme A. solani et A. tomatophila. Pour cela, l’examen
microscopique des isolats en fonction de la morphologie des spores produites est effectué à
l’aide d’un microscope optique (Leitz, Allemagne) et de la littérature disponible (Simmons,
2007). Les structures des chaînes de conidies en trois dimensions sont étudiées après 5 jours
d'incubation sur milieu PCA à température ambiante exposés à la lumière naturelle du jour et
l'obscurité. La formation de chaînes de conidies sont examinées au microscope au
grossissement ×40 ou ×100. La sporulation typique à chaque espèce est photographiée à l’aide
50
d’un appareil photo. Pour l’étude morphologique des conidies, un examen approfondi est fait
au grossissement × 400 à partir suspension de spores montée dans du lactophénol sur une
lame de microscope puis mesurées à l'aide d'un micromètre. La taille et la forme des spores
incluant le nombre de cloisons, la longueur et leur profondeur sont enregistrées. Les
moyennes obtenues pour chaque isolat sont calculées à l'aide du logiciel Microsoft Excel.
Trente mesures par isolat sont effectuées dans cette étude.
3. Effet des différents milieux de culture
La caractérisation biométrique est effectuée afin d’évaluer les meilleurs conditions de

croissance des souches. L’effet de six différents milieux de cultures solides est étudié sur
trente-deux isolats du groupe alternata et quatre isolats du groupe porri sélectionnés. Les
milieux ; PCA (Simmons, 2007), Malt Agar (Messiaen et al., 1991), PSA (Samson et al.,
2002), Czapek dox (Salam et al., 2006), Mathur (Mathur et al., 1950) et Sabouraud
(Dongyou, 2010) (voir annexe 2) sont coulés à raison de 15ml par boite de Pétri. Après
solidification, les boites sont inoculées par un disque mycélien de 5 mm à partir de la
périphérie des cultures âgées de sept jours de chaque isolat et incubées à 25 ± 1 °C. L’aspect
et la pigmentation des colonies sont relevés par observation visuelle après 7 jours pour l’étude
des caractères culturaux.
4. Effet des différentes sources de carbone et d’azote
Le comportement in vitro en présence de plusieurs sources de carbone et d’azote sur la

croissance mycélienne et la sporulation des différents groups d’Alternaria reflète plus ou
moins leurs différences nutritionnelles naturelles (Leander et al., 1972). La production
d’enzymes (amylase, cellulase…) permet à certaines espèces de dégrader les sources
nutritives en composés assimilables. Dans ce travail, plusieurs sources de carbone et d’azote
sont testées in vitro sur la croissance et la densité mycélienne ainsi que la sporulation
d’espèces responsables de la brulure foliaire des Solanacées.
Le milieu de base utilisé est celui de Czapek dox modifiant la source d’azote ou de carbone.
Les teneurs en C et N sont maintenues constantes : elles sont de 3% (v/v) de C et de 0,2%
(v/v) de N présentes dans le milieu de base (Attrassi et al., 2007), Les solutions carbonées et
azotées sont ajoutées au milieu avant autoclavage. Onze sources de carbone sont testées
incluant : les monosaccharides (glucose et fructose), les disaccharides (saccharose, lactose et
maltose), les polysaccharides (amidon soluble et cellulose), les alcools (glycérol et mannitol)
51
et un acide organique (acide citrique). Huit sources d’azote sont également testées, l’azote
inorganique [KNO3, NaNO3, (NH4)2SO4] et de l’azote organique incluant : les acides aminés
(asparagine, arginine, valine et leucine) et les protéines (peptone). Les composés carbonées et
azotées sont ajoutées et le pH ajusté à 6,5. Puis stérilisés à l’autoclave pendant 30 min à
120°C. Les boites contenant 15ml de chaque milieu sont inoculées au centre par un disque
mycélien de 5mm prélevé à partir d’une culture âgée de sept jours puis incubées à l’obscurité
et à 25 ± 1°C.
5. Effet de la température et du pH
Les facteurs environnementaux les plus importants qui régissent la croissance et la sporulation
des champignons sont la température et la concentration en ions hydrogène (pH). Une légère
variation de ces facteurs peut induire des différences marquées dans leurs caractères
morphologiques, croissance et sporulation.
Le comportement du champignon en fonction de différentes températures est étudié, à cet

effet, des boîtes de Pétri contenant le milieu PSA sont inoculées avec les 36 isolats comme
décrit précédemment. Les boites sont incubées à différentes températures: 5, 10, 20, 25, 30 et
35 °C (Hubballi et al., 2010). La tolérance à différentes valeurs de pH diffère
considérablement chez certaines espèces d’Alternaria, leur croissance peut être complètement
inhibée dans des milieux, qui sont trop acide ou trop alcalin. Afin de tester l'influence de ce
dernier sur la croissance et la sporulation des différents groupes d’isolats, des milieux PSA
sont initialement ajustés à une gamme de pH allant de 4,0 à 10,0 en utilisant de l'acide
chloridrique (HCl 0,5N) ou une solution alcaline d’hydroxyde de sodium (NaOH 0,5N)
(Vijayalakshmi et al., 2012), les boites de Pétri inoculées sont incubées à 25 ± 1 °C.
6. Mesure de la croissance mycélienne et la sporulation
La croissance des différents groups d’espèces d’Alternaria est estimée par le diamètre moyen
de chaque colonie (mesure de deux diamètres perpendiculaires). Les mesures sont
enregistrées le 2ème, 4ème, 6ème, 8ème, 10ème et 12ème jour après l'inoculation ou jusqu'à ce que la
croissance mycélienne atteint le bord des boites. La vitesse de croissance par jour est calculée
selon la formule utilisée par Sofi et al. (2013) :
χ = (Croissance au jour N (mm) – Croissance au jour N-2 (mm)/2
52
L’intensité de la sporulation est estimée pour chaque paramètre après de 10 jours d’incubation
selon la méthode décrite précédemment (voir I.2.2.). Le nombre de spores estimés par colonie
et le nombre de spores par unité de surface est calculés (Andersen et Thrane, 1996). Dans
cette étude, trois répétitions sont effectuées pour tous les essais.
Les différents isolats sont classés en groupes selon des notes attribuées sur la moyenne de la
vitesse de croissance mycélienne et la production de conidies en utilisant l'échelle décrite par
Attrassi et al. (2007) modifiée comme suit dans le tableau (9).
Tableau 9 : Echelle de notation de la vitesse croissance et la sporulation des souches testés
Croissance mycélienne (mm/day) sporulation (×105 spores.mm-2) Notes

0 to 3,0 0 to 10 0
3,1 to 6,0 10,1 to 20,0 1
6,1 to ≤ 20,1 to ≤ 2
7. Analyse statistique
La vitesse de croissance mycélienne des isolats et leur nombre de conidies par unité de
surface pour chaque combinaison de traitement sont évalués pour une analyse ultérieure des
données. Les données sont analysées statistiquement et les moyennes des traitements sont
comparées. La classification ascendante hiérarchique (Ward, 1963) selon les paramètres
morphologiques, physicochimiques et nutritionnelles combinés est réalisée en utilisant le
logiciel STATISTICA 5.0. La distances euclidiennes est calculée selon la formule: 100 x la
distance entre deux points /la distance maximale. Cela a permis l'interprétation des résultats
entre 0-250%.
III. Identification moléculaire des souches

1. Introduction
L'identification des espèces pathogènes par leurs caractéristiques morphologiques est reliée à
certains problèmes, tel que le transport des échantillons frais au laboratoire, l’isolement des
cultures pures, la contamination par la des espèces saprophytes, la production de mycélium
stérile et la dépendance de la morphologie des conidies aux conditions de cultures. Par
conséquent, les caractéristiques morphologiques basés sur l'analyse de la structure du génome,
sont particulièrement importants à cette d'étude, le but de celle-ci est d'étudier la composition
des principales espèces incriminées dans la brûlure foliaire, isolées au Nord-Ouest Algérien
en utilisant des marqueurs moléculaires.
53
Figure 12 : Méthode de routine pour l’identification des espèces.
2. Détection moléculaire des Alternaria sp. sur tissus infectés
L'analyse visuelle des symptômes ne permet pas de distinguer si la tache nécrotique est causée
par A. solani, A. tomatophila ou les espèces de la section alternata. L’objectif de cette étude
est donc d'enquêter sur la présence et la répartition des différentes espèces sur les feuilles
infectées. Pour cela, les méthodes basées sur l’amplification par réaction de polymérisation en
chaine (PCR) sont utilisées pour le diagnostic moléculaire spécifique (Bahnweg et al., 1998).
Au-delà des caractéristiques morphologiques, la PCR permet une différenciation claire et
simple de ces agents pathogènes, qui peuvent être utilisés indépendamment des symptômes ou
la sporulation typique. L’extraction de l’ADN du parasite est effectuée directement à partir
des échantillons de feuilles infectées, collectés dans les soixante-cinq régions, ces échantillons
sont fixés à l’alcool à 70% et conservés directement après récolte à -20°C. L’ADN est ensuite
extrait par la méthode décrite comme suit. Pour la détection des différents Alternaria sp. in
planta, des amorces spécifiques sont utilisés pour les tests PCR (Gannibal et al ., 2013). Cela
permettra de confirmer l’identification des espèces à petites et grosses spores, ainsi que la
mise en évidence des contaminations dues aux champignons appartenant à d’autres genres.
54
Figure 13 : Méthode de détection rapide.
3. Extraction de l’ADN fongique
Une méthode rapide est utilisée pour l’extraction de l'ADN total à partir de 189 isolats et
divers tissus végétaux décrite par Goodwin et Lee (1993). Cette méthode utilise un four à
micro-ondes pour l'altération des parois cellulaires et des membranes, ce procédé efficace et
rapide permet d'éliminer plusieurs sources de contamination qui peuvent être trouvés dans
d'autres méthodes d’extraction d'ADN.
L’ADN total est extrait à partir du mycélium recueilli par grattage de 0,5cm2 de la surface des
colonies cultivées sur milieu PSA et/ ou à partir des fragments de feuilles infectées placés
dans un tube eppendorf de 1,5ml. Dans chaque cas, 100µl de tampon de lyse (50mM Tris-HCl
pH 7.5, 50m M EDTA, 3% SDS, 1% 2 mercaptoethanol) est ajouté, les tubes sont placés au
microonde (850 W) avec couvercle ouvert pendant 15sec, 10sec et 5sec et entre chaque
traitement 5 à 10 sec pour éviter que le mélange boue, 300µl de tampon de lyse chauffé à
80°C est immédiatement ajouté pour une incubation au bain marie à 80°C pendant 10min.
Après incubation, 400µl de phenol-chlo-iso (25 : 24 :1) est ajouté, les échantillons sont
mélangés au vortex pendant 15sec puis centrifugés à 15000g pendant 15min. La phase
aqueuse est récupérée dans un nouveau tube auquel est ajouté 0.45 volumes d’isopropanol et
10µl d’acétate de potassium 5M. Après centrifugation pendant 10min à 10000g, le surnageant
est éliminé et le culot lavé avec 250µl d’éthanol à 80%, cette opération est répétée deux fois.
Le culot est ensuite séché au speed-vac pendant 5 min et repris dans 100µl de tampon TE
(10mM Tris-HCl pH 8.0, 0.1mM EDTA). Les matrices sont stockées à -20 °C pour des
utilisations ultérieurs.
4. Caractérisation moléculaire des isolats
Nous émettons l'hypothèse que plus de deux groupes d’espèces causent la maladie de la
brûlure foliaire sur ces hôtes. L’analyse de 34 isolats de pommes de terre, 144 de tomate et 4
de l'aubergine est effectuée à partir de la collection obtenue dans les saisons de 2011-2013
dans les sept Wilayas du Nord-Ouest Algérien. Une étude comparative de la structure du
55
génome est réalisée pour quatre souches à grosses spores et 85 souches à petites spores afin de
comparer entre les séquences des régions ITS de l’ADN ribosomique. Ces régions ne
présentent généralement pas ou peu de variation intraspécifique mais peuvent varier à
l’intérieur du genre chez les champignons.
Les séquences partielles des régions ITS et celles des gènes codants pour les facteurs
d'élongation sont amplifiées par PCR à l'aide de la paire d'amorces spécifiques aux
champignons (ITSF1 - ITS4) (Gardes et Bruns, 1993) ou la paire d'amorces universelles
(ITS1 - ITS4) (White et al., 1990 ; Gardes et al., 1991). La paire d’amorces (EF1- 728F et
EF1- 986R) (Carbone & Kohn, 1999) pour l’amplification des gènes codant pour les facteurs
d’élongations.
La paire d'amorces (DeHF - E8T7) est utilisée pour amplifier le gène de ALT1 (Egusa et al.,
2009 ; Jia et al., 2012) qui code pour la toxine AAL spécifique au pathotype de tomate A.
arborescens Syn A. alternata f. sp. lycopersici (Xiangcheng et al., 2008), les résultats sont
comparés par rapport à la souche de référence A. arborescens (CBS 102-605 ).
Pour la détection et l'identification des espèces Alternaria en culture pure et sur tissus
végétaus on utilise des méthodes basées sur la PCR avec des amorces oligonucléotidiques
spécifiques. Le groupe d'espèces étroitement apparentées comme A. alternata, A. tenuissima,
A. arborescens, sont détectés ou identifiés par la paire d'amorces (AAF2 et AAR3) qui
amplifie un fragment de 341pb correspondant à une partie des régions ITS et du gène 5.8S
(Konstantinova et al., 2002). Les amorces spécifiques d’A. solani (OAsF7 et OAsR6)
capables d'amplifier un fragment de 164pb du gène Alt a1 ainsi que les amorces (OAtF4 et
OAtR2) capables d'amplifier un fragment de 438pb du gène codant pour la calmoduline
(Gannibal et al., 2013), sont utilisées pour la détection de A. tomatophila et confirmer son
identification.
Tableau 10 : les amorces testées et leur séquence nucléotidique
Amorce Séquence
ITS1 5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3’
ITSF1 5’- CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3’
ITS4 5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’
EF1-728F 5’-CATCGAGAAGTTCGAGAAGG-3’
56
EF1-986R 5’-TACTTGAAGGAACCCTTACC-3’
OAsF7 5’-CGACGAGTAAGTTGCCCTCA-3’
OAsR6 5’-TGTAGGCGTCAGAGACACCATT-3’
OAtF4 5’-TGCGGCTTGCTGGCTAAGGT-3’
OAtR2 5’-CAGTCGATGCGGCCGTCA-3’
AAF2 5’-TGCAATCAGCGTCAGTAACAAAT-3’
AAR3 5’- ATGGATGCTAGACCTTTGCTGAT-3’
DeHF 5’-CTCCGCCTGCCAATGTGATTAC-3’
E8T7 5’-GCGTACCAAGGCACGTGCTCAA-3’
5. Dosage des acides nucléiques
La quantité et la qualité de l'ADN génomique sont évaluées par deux méthodes ; la première
s’effectue par le dosage des acides nucléiques au spectrophotomètre (Nano Drop ® ND-1000,
Nyxor Biotech) : l’appareil est étalonné en plaçant 2 µl de tampon TE dilué 10 fois sur une
fibre optique receveuse. Une sonde fibre optique est abaissée au contact de la goutte de TE ce
qui crée un pont liquide entre les deux fibres optiques. La même opération est réalisée avec
2µl d’eau Milli Q stérile. Les matrices d’ADN sont dosées en plaçant 2µl de chaque
échantillon entre les deux fibres optiques. La concentration d’ADN est directement calculée
par un logiciel, puis ajustée à 100 ng.μL-1 avec de l’eau ultra-pure stérile ; La deuxième
méthode se fait par électrophorèse en gel d'agarose décrite dans (III.6.). La concentration en
ADN est déterminée par la comparaison de l'intensité de la fluorescence de la bande d'ADN à
celle des bandes de concentration connues du standard d'ADN en échelle de 10Kpb
(Eurogentec, Smart Ladder). Un ADN de qualité se caractérisait par l’absence d'une trainée
fluorescente causée par la migration de plusieurs fragments d'ADN de faibles masses
moléculaires.
6. Réaction par amplification PCR et électrophorèse sur gel
Toutes les réactions d'amplification sont réalisées dans un volume réactionnel de 50 µl

contenant 75 mM Tris-HCl pH 9.0, 20 mM (NH4)2SO4, 0.01% (p / v) de Tween 20, 1.5 mM
de MgCl2, 200 pM de chaque triphosphate de désoxyribonucléotide (Promega), une unité de
57
ADN polymérase thermostable GoTaq® (Promega) 400 nM de chaque amorce (tableau 10) et
2µl d’ADN (environ 1ng). Les PCR sont réalisées dans un thermocycleur (Modèle Bio-
Rad®). Les conditions d'amplification par PCR sont initiées par une étape de dénaturation à
94 °C pendant 5 min et une élongation finale de 10 minutes à 72°C pendant 30 à 35 cycles.
Chaque cycle comprend une étape de dénaturation de 30 secondes à 94 °C, une étape
d’hybridation de 30 secondes à 55 °C et une étape d’élongation de 1 min à 72 °C.
Les produits d’amplification sont analysés par électrophorèse en gel d’agarose (1.2% p / v)
dans du TAE 0.5× (20 mM Tris-acétate pH 8, 0.5 mM EDTA). L’ADN est repéré par
fluorescence aux ultra-violets (312 nm) après avoir été mis en contact avec du bromure
d’éthidium (BEt). Les tailles en paires de bases des divers fragments sont estimées par rapport
à un marqueur de taille (Smart Ladder de 0.2-10kpb et 0.08-10Kpb).
7. Purification des produits PCR ITS1 F-ITS4 et facteur d’élongation
Cette étape permet d'éliminer tout contaminant pouvant nuire aux réactions de séquençage.
Les produits PCR combinés sont purifiés par centrifugation sur mini colonne (NucleoSpin®
Extract II) l’ADN se lie, en présence d'un sel chaotropique à une membrane de silice. Le
mélange de liaison est chargé directement sur des colonnes NucleoSpin® Extract II. Les
contaminations telles que des sels et des composants macromoléculaires solubles ou les trace
de dNTPs libres d'amorces sont éliminés par une simple étape de lavage avec du tampon NT3
éthanolique. L’ADN pur est finalement élué dans des conditions de faible force ionique avec
un tampon légèrement alcalin NE (5 mM Tris-Cl, pH 8.5).
8. Séquençage
Les produits PCR ITS1F-ITS4 et facteurs d’élongation purifiés sont utilisés comme matrice
au séquençage directe par PCR. La région ITS1 est séquencée par l'amorce ITSF1. Le
séquençage de l'ADN est réalisé par la société GATC (Allemagne) à partir des produits des de
l’ADNr amplifiés et des gènes codant pour le facteur d'élongation est réalisé avec un
séquenceur automatisé. Les amorces utilisées pour l'amplification des régions étudiées, sont
également utilisées au tant qu’amorces de séquençage. La lecture de chaque séquence est
effectuée en utilisant les amorces sens. Toutes les séquences d'ADN, obtenus au cours du
séquençage, sont combinées dans une base de données, utilisées pour la reconstruction des
relations taxonomiques entre les espèces étudiées. L’homologie des séquences connexes est
étudiée en utilisant BLAST (outil de recherche bioinformatique). Les séquences utilisées pour
58
la comparaison sont obtenus à partir de la base de données NCBI

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov) et les détails sont donnés dans les résultats. L'alignement des
séquences multiples est réalisé en utilisant le logiciel Clustral W (Hall, 1999) et l’arbre
phylogénétique est établi en utilisant une analyse de phylogénie moléculaire (Dereeper et al.
2008).
Figure 14 : L'arrangement des gènes et des séquences inter géniques nucléaire dans la région
d'ADNr et la localisation des ITS1et ITS4.
Figure 15 : L'arrangement des gènes et des séquences inter géniques nucléaire dans les
régions des facteurs d’élongations et la localisation des amorces EF1-728 et EF1-986 dans
cette région (Carbone & Kohn, 1999).
IV. Test du pouvoir pathogène

1. Introduction
L’isolement d’un pathogène ne suffit pas toujours à affirmer son rôle, l’identification doit être
complétée par l’étude de son action sur son hôte, qui est utile au diagnostic. Aussi, l’étude de
la relation hôte - pathogène est une étape importante permettant de distinguer les isolats
susceptibles de provoquer la dissolution de la paroi des tissus végétaux par des enzymes
entraînant la mort des tissus, caractéristique des nécroses de la brulure foliaire (Pennypacker,
1981). Les essais menés sur plantules de tomates dans des conditions environnementales
favorables contrôlés sont reproductibles et offrent des résultats plus fiables. Selon Banerjee et
al. (1998) et Foolad et al. (2000), les résultats des essais sous serre et sur le terrain
correspondent bien au dépistage. D’autre part, l’importance des espèces Alternaria dans la
brulure foliaire est perçue différemment. En particulier l'impact des espèces à petites spores,
59
principalement ceux de la section alternata qui est discuté et controversé. Tandis que certains
chercheurs considèrent les espèces appartenant à la section porri et alternata comme agents
causals, ou discutent d'un complexe pathogène A. solani et A. alternata (Leiminger et
Hausladen, 2012, 2013). D'autres sont convaincus que seul A. solani et A. tomatophila sont
pathogène (Turkensteen et al. 2010 ; Rodrigues et al., 2010). Dans le dernier cas A. alternata
serait un saprophyte, qui colonise les lésions foliaires où ces lésions sont trouvées (par
exemple dans les zones endommagées, ou suite à une variation particulière, causés par A.
solani ou A. tomatophila, etc..) et est à cet effet un envahisseur secondaire parmi les
différentes opinions considérant A. solani et A. tomatophila comme pathogènes. Pour cela,
différentes expériences sont réalisées avec l'objectif de contribuer à l'élucidation de
l'importance des espèces de la section alternata et de la section porri responsables de la
brûlure foliaire avec une comparaison entre différentes méthodes afin de confirmer l’analyse
de la virulence des différentes espèces sur les tomates.
2. Méthode des folioles détachées
La gravité de la maladie est déterminée plus précisément et objectivement par la mesure de la

taille des lésions lorsque l'inoculum est appliqué comme de simples gouttes sur des feuilles de
tomate (Nash et Gardner, 1988 ; Chaerani et Voorrips, 2006). Locke (1948) a utilisé des tests
sur folioles de tomate détachées comme un moyen de contourner l'influence du mode de
croissance de l’alternariose pour l'évaluation de leur résistance, ce qui peut affecter la réaction
de plantes dans le champ ou sous serre. Une autre méthode consiste à l'application de
gouttelettes d'inoculum sur des folioles jeunes, complètement développées, perforées (Locke,
1948) ou non perforée (Foolad et al,. 2000). Selon Locke (1948) la méthode s’avère fiable. La
question qui se pose est de savoir si oui ou non toutes les espèces à petites spores sont
capables de provoquer des nécroses. Cette expérience est réalisée dans des conditions in vitro
pour étudier le pouvoir pathogène de trente- deux isolats d’Alternaria à petites spores en
utilisant les techniques sur feuille détachée décrites par Reni et al. (2007) et Mmbaga et al.
(2011).
2.1. Préparation de l’inoculum
Les inoculums sont préparés à partir des cultures sur milieu PSA en deux répétitions. Les
colonies sont inondées avec 10ml d’eau distillée stérilisée contenant 0,01% de Tween 80
(polyxyethylene sorbitan monolaurate) comme agent mouillant. La concentration en spores
60
est determinée au microscope à l'aide de la technique de hémocytomètre puis ajustée à 105

spores/ml (Brame et Flood, 1983).
2.2. Inoculation des feuilles détachées
La variété de tomate Saint Pierre est cultivée sous serre à l’ITCMI. Ces plantes n'ont pas reçu
de traitement fongicide. Les folioles de tomates saines sont détachées à partir des feuilles n°
5, elles sont désinfectées pendant 30 sec à l’éthanol 70%, rincées à l’eau distillée stérile,
séchées et placées dans des boîtes de Pétri en verre de 90 mm de diamètre avec des papiers
filtre stériles humidifiés. Afin de donner aux isolats un maximum de chances pour infecter,
des petites plaies sont infligées au centre de la face supérieure des folioles à l'aide d'une
aiguille stérile. Les autres folioles sont utilisées sans blessure. La surface supérieure des
folioles (blessées et intactes) est inoculée avec une goutte de l'inoculum préparé (20 µl /
foliole) de chaque isolat, les témoins sont inoculés avec le même volume d'eau distillée
stérile. D'autres folioles sont inoculées avec des implants mycéliens placés au centre et les
témoins sont inoculés avec des disques de PSA stérile. Trois répétitions sont effectuées pour
chaque test et pour chaque isolat. Les boites sont scellées et incubées dans une étuve à 25 ± 1
°C. Les données concernant la chronologie des différentes étapes intervenant dans le test
(contaminations, mise en incubation des folioles et observations) sont présentées dans le
tableau (11).
Tableau 11 : Chronologie des étapes.
Etapes Jours
Contamination
J0
(transfert de l’inoculum sur folioles intactes et blessées)
Incubation
J0 - J 8
(pénétration et colonisation des tissus hôtes)
Observations
J4 ; J6 ; J8
(expression des symptômes)
Ré-isolement
J8
(confirmation des postulats de Kock)
61
Le diamètre des lésions nécrotiques (mm2) ainsi que le pourcentage de l’infection par foliole
sont déterminés et calculés. L’analyse des résultats des essais de virulence est réalisée sur la
base de la classification non hiérarchique (Digby et Kempton, 1987) à partir des moyennes et
de l’écart-type. Il est souvent constaté que les méthodes non hiérarchiques fournissent une
classification plus acceptable en minimisant la ségrégation des groupes. Les groupements
obtenus sont aussi plus robuste que chaque similitude aberrante entre les paires d’unités
individuelles (Digby et Kempton, 1987).
3. Test sur plantules de tomates
Les méthodes d’évaluation sous serre de la résistance ou sensibilité de la tomate vis-à-vis à

l’alternariose sont basées sur la méthode établie par Barksdale (1969). En général, les plants
sont inoculées par pulvérisation avec des spores âgées de 4 à 6 semaines (Barksdale, 1969 ;
Nash et Gardner, 1988 ; Banerjee et al., 1998 ; Vloutoglou et Kalogerakis, 2000 ; Foolad et
al., 2000). Les plantes sont incubées pendant 24 h sous une humidité relative de 100% (RH),
suivie par 12-16h de 100% d'humidité relative la nuit pendant 5 à 7 jours, imitant la rosée
nocturne répétée dans la nature. Pendant la journée, les plantes sont exposées à la température
humidité relative et ambiante pour permettre le développement de symptômes de la maladie.
Une période de mouillure d'au moins 4h après l'inoculation est nécessaire pour l'infection
(Moore, 1942 ; Vloutoglou et Kalogerakis, 2000). La gravité de la brulure foliaire est
généralement estimée 7 jours après inoculation par pulvérisation, la zone nécrosée et le
pourcentage de l’incidence de la maladie sur les feuilles est liée aux spores qui étaient
présentes au moment de l'inoculation (Barksdale, 1969 ; Vloutoglou et al., 2000). Dans le cas
d'une faible incidence des taches nécrotiques, la gravité de la maladie est exprimée par le
nombre de lésions (Barksdale, 1969). En dépit de leurs avantages, l’inconvenant des essais in
vivo sous serre est qu’ils sont lents en main d'œuvre et pour l’obtention de résultats.
3.1. Le matériel végétal
Pour cette étude différents isolats sont sélectionnés afin d’évaluer leur capacité invasive hôte
et non-hôte vis-à-vis trois différentes variétés de tomates à savoir ; deux variétés sensibles les
plus cultivée en Algérie Saint Pierre et Rio Grande (Snoussi, 2010 ; ITCMI, 2010) et la
tomate cerise. Les plantules sont cultivées sous serre après une pré-germination in vitro des
graines de tomate. Ces graines sont d’abord stérilisées en surface et déposées sur du papier
filtre stérile mouillé dans des boîtes de Pétri en verre pendant 5 à 7 jours dans l'obscurité à 25
± 1°C (figure 16. A). Les graines germées de chaque variété sont transplantées dans des pots
62
remplis d’un mélange de ¾ de terreau et de ¼ de sable stérilisé et sont cultivées sous serre.
Les plantules âgées de trois à quatre semaines (stade 4 feuilles) sont utilisées pour
l'inoculation (figure 16.B).
A B
Figure 16 : (A) germination des graines de tomates après 5 jours d’incubation ; (B) plantules
de tomates cultivées sou serre âgées de 4 semaines.
3.2. Réaction variétale
Ces expériences sont réalisées afin de tester la sensibilité des différentes variétés de tomates, à
savoir ; var. Saint Pierre, Rio Grande et tomate cerise, à l’alternariose. Le calcul de
l’incidence de la maladie en une seule évaluation, notamment celui des folioles détachées,
peut sous-estimer ou surestimer le niveau réel de la résistance de l’hôte, la raison pour
laquelle des évaluations in vivo sur plantules de tomates avec plusieurs observations dans le
temps sont utilisés pour calculer l'aire sous la courbe de progression de la maladie (AUDPC)
après 7, 14 et 21 jours post inoculation (JPI). L’AUDPC mesure donc la quantité totale de la
maladie sur une période de temps, déterminé à partir de graphiques de maladie vs temps et
intègre donc l’effet du pathogène sur l'hôte et les effets environnementaux lors de l'épidémie
(Pandey et al., 2003). La valeur de l’AUDPC est calculée à l’aide du logiciel Image J sur la
base de la formule utilisée par Shaner et Finney (1977) :
௡ିଵ
ܺ݅ ൅ ͳ ൅ ܺ݅
෎ሾ൬ ൰ ൈ ሺ‫ ݅ݐ‬൅ ͳ െ ‫݅ݐ‬ሻሿ
ʹ
௜ୀଵ
63
Où Xi est l'indice de la maladie exprimée en proportion à la ième observation; ti est le temps

(jours après la plantation) des ièmes observations; et n est le nombre total d'observations.
3.3. Evaluation de l’agressivité des différentes espèces sur plantules de tomate
Le fait que les deux groupes d’espèces ont pu être isolés à partir des lésions typiques n'indique
pas nécessairement que ces espèces sont virulentes. Sur la base de nos études à grande échelle
des lésions sur les tissus foliaires de Solanacées au cours des dernières années, nous avons
commencé à avoir des doutes sur les capacités de certains pathogènes de la section alternata.
Si ces champignons sont un vrai agent pathogène et en quantités élevées, il devrait guère y
avoir de plante saine laissé au repos sur le terrain. Cette hypothèse nous a conduit à étudier le
rôle de ces champignons et leur agressivité par rapport à leur deux grand frères A. tomatophila
et A. solani. Pour cela, différents isolats à petites et grosses spores d'origines différentes sont
sélectionnés dans cette étude afin d’évaluer et de comparer leur agressivité sur la variété de
tomate sensible Saint Pierre. Six isolats de la section alternata obtenus d’hôte diverses sont
également testés pour leur pathogénicité non hôte sur plantules de tomate (tableau 16). En
parallèle, des inoculations mixtes contenant le complexe pathogène (A. alternata ou A.
tenuissima) + (A. solani ou A. tomatophila) sont effectuées, l'idée derrière est de vérifier si le
complexe des deux espèces conduit à des infections plus fortes.
L’incidence de la maladie est évaluée en termes de pourcentage de défoliation et la fraction

moyenne de la surface foliaire nécrosée sur la plante (Horsfall et Barrat, 1945). Les
symptômes sur les feuilles supérieures peuvent être ignorés car les zones nécrotiques sur ces
feuilles sont moins de 2% de l'ensemble des dommages au cours de la période de croissance
(Basu, 1974). Par conséquent, à compter le nombre de feuilles avec 75% à 100% de nécrose
dans la moitié inférieure des plantes (Basu, 1974) ou estimer le pourcentage de zone
nécrotique dans le tiers médian du couvert végétal (Christ, 1991), s’avèrent des indicateurs
fiables pour la gravité de la brulure foliaire. Dans cette étude, la quantification de la maladie
provoquée par les différentes espèces d’Alternaria est déterminée pour chaque feuille et
chaque plantule par évaluation visuelle des symptômes pour chaque isolat et complexe
pathogène comme décrit dans Rodriguez et al. (2007). L'intensité de l'infection est évaluée en
utilisant l'échelle décrite dans Boedo et al. (2012), basée sur des notes allant de 0 à 5 en
fonction du pourcentage de l’infection pour chaque plantule mentionnée dans le tableau (12).
64
Tableau 12 : Echelle de notation de l’incidence de la maladie
Note Pourcentage de l’infection

0 pas de symptômes pathologiques visibles
1 < 5% de la surface foliaire affectée
2 5% ≤ la surface foliaire atteinte <20%,
3 20% ≤ de surface foliaire atteinte <40%,
4 40% ≤ de surface foliaire atteinte <60%
5 ≥ 60% de la surface foliaire affectée
4. Inoculation des plantes testées

Les suspensions de conidies sont préparées selon la méthode décrite par Boedo et al. (2012).
Les cultures fongiques âgées de 7 à 14 jours cultivées sur milieu PSA ou milieu à base
d’extraits de feuilles de tomate, les boites sont inondées avec de l'eau distillée stérile et les
conidies sont délicatement délogées avec une pipette pasteur recourbée. Les suspensions de
mycélium et de conidies sont ensuite filtrés à travers une mousseline stérilisée, la suspension
de conidies collectée aseptiquement dans un tube à essai est ajustée à une concentration finale
de 105 conidies/ml pour les isolats à petites spores (Nadia et al., 2007 ; Kumar et Srivastava,
2013) et à 104 conidies/ml pour les isolats à grosses spores et les inoculations mixtes
(Arunkumara, 2006), dans un volume final de 10ml. L’inoculum est utilisé pour les infections
mixtes avec un rapport (50: 50 v/v) de chaque suspension de conidies. La conception des tests
est réalisée avec trois répétitions pour chaque traitement particulier.
L’inoculation artificielle par pulvérisation de l'inoculum est nécessaire pour améliorer

l'infection naturelle et d'obtenir une pression uniforme de la maladie (Nash et Gardner, 1988),
pour cela, les plantules de tomate sont inoculées manuellement par pulvérisateur. Afin de
maintenir une atmosphère saturée en humidité, les plantules sont recouvertes par des sachets
de polyéthylène pendant 48h (Pelletier et Fry, 1989 ; Shahbazi et al., 2011), et aspergées une
fois par jours avec de l’eau distillée stérile pendant les sept jours qui suivent l’inoculation.
Parallèlement et dans les mêmes conditions, les lots de plantules témoins sont pulvérisés avec
10 ml d'eau distillée stérile (Kumar et Srivastava, 2013).
65
5. L'incidence de la maladie
L'incidence de la maladie en pourcentage est calculée après chaque évaluation selon la

formule suivante proposée par James (1974) :

ሺΨሻ ൌ ൈ ͳͲͲ
±
Les plantes sont évaluées selon l’incidence de la maladie à partir d’observations

hebdomadaires du développement des symptômes (les taches foliaires avec un centre brun,
lésions sur feuilles et tiges ainsi que les feuilles mortes).
6. Ré-isolement du parasite
Afin de confirmer les postulats de Kock et d'assurer que les symptômes observés sont
provoqués par le(s) même(s) pathogène(s), deux méthodes ; directe et indirecte sont
effectuées à partir des tissus de plantules de tomate infectées.
La méthode directe consiste à extraire l’ADN du pathogène à partir des tissus de l’hôte qui est
ensuite analysés par PCR en utilisant les amorces spécifiques à chaque espèce ou groupe
d’espèce. La méthode indirecte consiste à recherche le parasite dans les tissus infectés par ré-
isolement sur milieu PCA (voir I.3.), puis comparées morphologiquement avec les cultures
mères de chaque espèce en boites Pétri contenant le même milieu.
V. Lutte chimique
1. Introduction
Le moyen le plus efficace pour contrôler l’alternariose sur Solanacées est la lutte chimique.
Parmi les fongicides homologués contre les espèces telle que A. solani et A. tomatophila
responsables de la pourriture oculaire des fruits de tomates, le cabrio EG (matière active :
pyraclostrobine 20%) possède un effet inhibiteur de la croissance mycélienne et la
germination des spores de ce champignon (Snowdon, 1991 ; Pitt et Hocking, 1997), aussi
l’application de l’amistar permet un contrôle efficace de l’alternariose sur feuilles et
tubercules de pomme de terre. Le traitement avec les benzimidazole est sans effet pour
Alternaria crassa (qui s’attaque aux cultures maraichères telles que l’aubergine et dont l’hôte
naturel est Datura stramonium) qui s’y adapte très vite. Cependant une baisse de l’efficacité
des certains programmes de lutte chimique contre cette maladie est constaté chez certains
66
agriculteurs en Algérie, celle-ci pourrai être liée à l’apparition de souches résistantes à

certaines matières actives au sein des populations du complexe pathogène.
Nous avons donc mené une étude dont l’objectif est de rechercher dans la collection des
isolats Alternaria à petites spores, la présence de souches exprimant des résistances en
évaluant leur sensibilité à des concentrations de NaCl déterminées.
Un premier criblage est réalisé in vitro en utilisant trente-deux isolats afin d’étudier leur
comportement vis à vis un stress osmotique. Des études ont montré que des mutants des
différentes espèces fongiques obtenus au laboratoire sont résistant à certains fongicides et sont
plus osmosensibles que les souches sauvages (Fujimura et al., 2000). De ce fait, des milieux
PSA à différentes concentrations de NaCl (2% et 4%) en boites de Pétri inoculées par des
explants mycéliens de 5mm de diamètre prélevés à l’emporte-pièce. Pour chaque souche,
l’expérience est répétée trois fois sur chaque milieu. Des milieux PSA sans ajout de NaCl
servant de témoins sont également préparés. Les boites sont placées en incubation à
l’obscurité à 25 ± 1°C.
Pour chaque souche et par comparaison avec la croissance sur milieu témoin (PSA), le
pourcentage d’inhibition de la croissance, lié à la pression osmotique du milieu est déterminé.
3. Sensibilité vis-à-vis certaines matières actives
L’objectif de cette étude est de tester l’efficacité in vitro de neuf substances chimiques de la
famille des dithiocarbamates synthétisées au laboratoire de chimie organique appliquée de
l’Université d’Oran (Tableau 13), et d’évaluer le niveau de résistance et le pourcentage
d’inhibition chez deux souches ; l’une osmo-sensibile et l’autre osmo-tolérante. Le
comportement des deux isolats vis-à-vis ce type de molécules permettra d’évaluer leur utilité
et le risque d’apparition de souches résistantes.
Le principe de cette méthode est de confronter le fongicide et le champignon sur un support

artificiel (Henni, 1987). La sensibilité de ces isolats est testée in vitro par inclusion des
fongicides aux milieux de cultures. Les matières actives sont mises en suspension dans de
l’acétone ou l’eau distillée stérile (en fonction des molécules), elles sont diluées jusqu’à
obtention des concentrations déterminées par addition au milieu PSA en surfusion à 45°C.
Après solidification, un disque mycélien de 5 mm de diamètre est prélevé à partir de cultures
67
âgées de sept à dix jours sur milieu PSA, puis placé au centre des boîtes contenant le milieu
PSA-fongicide et le milieu PSA amendé d’acétone comme témoin.
Tableau 13: Matières actives testées et synthétisées au laboratoire de chimie organique

appliqué de l’Université d’Oran.
Matière active Formule chimique

MA1 N-phenyl-O-prorargyl carbamate
MA2 Crotyl-N-phenyl urethane
MA3 O-allyl-N-phenyl carbamate
MA4 2-chloro-2-(dodecylthio)-acetonitrile
MA5 C4H6MnN2S4
MA6 C4H4-N-C3H3- S
MA7 C5H8N2ZnS4
MA8 1(P-nitrophenyl)-1,2,3 triazol-4-methyl phenyl carbamate
MA9 (C4H6MnN2S4)x(Zn)y
L’efficacité de ces molécules, utilisés en concentrations comprises entre 50 et 500 ppm est
testé en regardant leur effet sur la croissance mycélienne. Après six jours d’incubation à 25°C
à l’obscurité, on remarque parfois un secteur de résistance champignon-fongicide qui disparaît
après dix jours sous le mycélium. Pour chaque espèce fongique et chaque concentration de
fongicide, trois répétitions sont effectuées.
Le pourcentage d’inhibition de la croissance mycélienne par rapport au témoin est calculé et

la sensibilité de chaque isolat est ensuite estimée par le calcul des CI50 (concentration inhibant
la croissance de 50%) correspondantes, elles sont déterminée graphiquement à partir de la
relation entre le logarithme décimal de la concentration en fongicide (en abscisses) et des
valeurs issues des pourcentages d’inhibition de la croissance mycélienne (en ordonnées).
Le pourcentage d'inhibition se calcule selon la formule suivante (Atrassi et al., 2007) :
Taux d'inhibition (%) = [(Diamètre du témoin—Diamètre du test) / Diamètre du témoin]x 100
68
Chapitre 3 :
Résultats et Discussions
Chapitre 3 : Résultats et discussions
I. Etude épidémiologique
1. Echantillonnage et fréquence des isolements
Le but de la recherche est de déterminer l'intensité de la brûlure hâtive sur les tomates et
pommes de terre cultivées dans différentes régions à maraichage intensif de l’ouest Algérien
pendant la période 2011-2013. L’incidence de l’alternariose est évaluée par l’isolement des
champignons à partir des tissus infectés, représentant des symptômes typiques de la maladie.
Nous avons recueilli 989 échantillons et déterminé la présence de différents champignons.
Figure 17: Fréquence de l’isolement dans les Wilaya du Nord-Ouest Algérien.
La fréquence de l'apparition des Alternaria sp. à grosses et petites spores, a montré des
différences, elles ont été isolées à partir de la majorité des échantillons collectés. Un grand
pourcentage de ces lésions contenait les espèces à petites spores (figure 18). La problématique
des évaluations sur le terrain concernant les espèces de la section alternata, est la
concentration naturellement élevée du champignon dans l'air (Maya-Manzano et al., 2012).
Aussi, les spores du champignon sont un allergène connu pour les réactions de la fièvre des
foins. Ainsi, en raison de cette forte concentration, A. alternata est souvent trouvée dans les
lésions causées par des pathogènes ou des dommages physiologiques.
72
Les données présentées dans la figure (17) révèlent que l’incidence de l’alternariose varie sur
les sites étudiés ; nous avons remarqué une incidence maximale de la maladie à Oran
(79,63%), suivie par Mostaganem (63,79%), Sidi Bel Abès (63,50%), Relizane (56,33%) et
Ain Témouchent (54,91%), une incidence moyenne de la maladie de 49% est signalée à
Tlemcen, suivie par Mascara (41,28%). D’autre part, la comparaison globale entre les
différentes Wilaya enquêtées, l'incidence de la maladie élevée de 63,79% enregistrée à
Mostaganem qui est à égalité avec celle de Sidi Bel Abès (63,50%).
Figure 18: Les principaux agents de la brulure foliaire des Solanacées isolés dans les Wilayas
du Nord-Ouest Algérien.
En effet, dans les cites étudiés, nous avons observé que parmi les maladies de la brûlure
foliaire les plus répandues sur les cultures de Solanacées, l’alternariose représente une
incidence de 53,86%. Celle provoquée par les espèces à petites spores, comme A. alternata
(Fr.) Keissler, A. tenuissima (Kunze) Wiltshire, et A. arborescens (EG Simmons), avec une
moyenne de 42,02%. L’incidence de la maladie causée par les espèces à grosses spores
(Alternaria solani Sorauer, A. tomatophila EG Simmons) est de 11,83%. Ainsi, plusieurs
espèces du genre Alternaria sont isolées. Par ailleurs, nous avons constaté que les symptômes
sont observés en premier lieu sur les feuilles inférieures matures et qui finalement se
propagent sur les feuilles supérieures et atteignent ensuite la tige, le calice et le fruit.
Toutefois, dans la région de Sidi Bel Abbès pendant les prospections de la mi-août 2013, des
symptômes similaires à l’alternariose sont observés sur Datura stramonium. Par ailleurs, sur
les cultures de tomates, la plupart des infections de fruits ont commencé à partir de l’extrémité
73
du pédoncule lié à la tige infectée et conduisent à l’abscission des fruits avant maturation.
Fontem (1993) a constaté que des variétés majoritairement cultivées au Cameron telles que
Saint- Pierre, Heinz 1370, Roma VF, et Marmande sont toujours atteintes avec des
symptômes aigues de l’alternariose. Il a remarqué aussi, que l'infection est moins fréquente en
saison estivale, mais dans les cultures mal entretenues, les infections précoces aboutissent à
une perte totale de fruits. D’autre part, d’après Vloutoglou et al. (2000) la brûlure foliaire de
la tomate est majoritairement causée par A. solani et a le potentiel de devenir l'une des
maladies les plus graves dans les régions productrices de tomate en Grèce.
Selon les résultats de notre étude (tableau 14), on peut affirmer que :
- La Stemphyliose est la deuxième maladie la plus répandue de la brûlure foliaire, en effet,

dans les champs inspectés, l’intensité moyenne est estimée à 35,20 %. De plus, les symptômes
graves sont rencontrés sur le feuillage et les fruits. Au cours de l'étude préliminaire, les
espèces appartenant au genre Stemphylium étaient observées fréquemment et associées à des
lésions sur les feuilles de Solanacées qui sont couramment reconnues comme symptômes de
la brulure foliaire. Les échantillons de feuilles de pommes de terre et de tomate ont des
lésions caractéristiques communes ou peu semblables à ceux causés par une infection
d’Alternaria sp. Ainsi, l’observation des spores sur les cultures issues des isolements a révélé
un mélange d'espèces appartenant aux genres Alternaria et Stemphylium. Il faut noter que les
nécroses provoquées par Stemphylium solani (Weber) sont aussi rencontrées sur feuillage des
Solanacées et majoritairement sur fruits de tomates avec une incidence moyenne de 2,70 %.
- La maladie du mildiou (Phytophthora infestans) est observée avec une incidence moyenne
de 0,97%, les régions les plus atteintes sont : Mascara (Kouir 5,88%) sur cultures de pommes
de terre, Sidi Belabèsse (Zlifa 7,69%), ainsi que Tlemecen (Oued Tafna 6,25%) sur cultures
de tomates. Des symptômes graves sont observés majoritairement sur bourgeons, tiges et
feuillages. Au cours de l’enquête, il y avait des cas de perte totale de cultures de tomate
attribuable au mildiou.
- L’incidence de la fusariose est aussi fréquente dans les domaines étudiés avec une incidence
moyenne de 1,55 %; sur les champs infectés par Fusarium oxysporum f. sp. Lycorersici
(Sacc.) Snyd & Han. Tandis que Penicillium sp. sont observées avec une moyenne de 3,57%,
ce champignon est plus répandu dans les cultures cultivées en tunnels comme à Tlemcen
(Oued Tafna 43,7% et Remchi 14,2%) et à Mascara (Hassine 16%).
- D'autres maladies sur feuillage sont observées avec une prévalence moyenne inférieure à
74
0,7% (figure 18). Des taches brunes causée par Ulocladium sp., Chaetomium sp. et Bipolaris
sp. sont isolés à partir de 0,32% ; 0,35% et 0,15 % des échantillons respectivement.
- Les pourritures des fruits de tomate sont observées dans tous les champs au stade de la
fructification et maturation. Nous avons observé aussi des agents liés à la pourriture molle
comme Rhizopus nigricans et Aspergillus sp. avec une incidence de 0,72% et 0,36 %
respectivement. Enfin, la pourriture grise causée par Botrytis cinera a eu lieu avec 0,06%. En
définitive, ces résultats indiquent que de nombreux agents pathogènes sont associés à la
détérioration des cultures de Solanacées. D’ailleurs, des résultats similaires ont été rapportés
par plusieurs auteurs. Fontem (1993) a signalé neuf maladies affectant les fruits de tomate au
Cameroun, il indique parmi les plus importantes d'entre elles la pourriture aqueuse, la
pourriture grise, la pourriture molle bactérienne et des symptômes de moisissures noires et
grises. Aussi, Morris et al. (2000) ont trouvé que 76 % des fruits de tomate destinés à la
transformation ont été affectés avec la maladie de la tache noire (Black spot) causée par
Alternaria alternata (Fr.) Keissler en Californie. De même, Ikhou (2011) a identifié six
espèces fongiques à savoir ; Alternaria alternata, A. tenuissima, Aspergillus sp. Fusarium
oxysporum, Fusarium roseum et Thrichoderma sp. comme les principaux agents responsables
de la détérioration des fruits de tomates commercialisées en Algérie notamment dans les
marchés de Mostaganem, Biscra, Oran, Mascara et Alger.
75
Tableau 14: fréquence de l’isolement des principaux agents associés à la détérioration des Solanacées en (%)

76
2. Diagnostic moléculaire
Le niveau de sensibilité de la technique de diagnostic pour la détection et la quantification du

pathogène sur milieu de culture classique est confronté à une problématique de faux négatif,
car les espèces saprophytes ont tendance à envahir la surface des tissus lors des isolements
inhibant ainsi le développement des espèces pathogènes. C’est la raison pour laquelle des
analyses complémentaires par PCR sont effectués sur 93 échantillons (tableau 15). La
détection d’A. tomatophila est réalisés par le couple d’amorces spécifiques (OATF4/R2) et
celle d’A. solani par le couple d’amorces spécifiques (OAsF7/R6). Le groupe d’espèces à
petites spores (A. arborescens, A. alternata et A. tenuissima) est détecté par le couple
d’amorces (AAF2/R3) pour la confirmation l’étude épidémiologique.
Tableau 15: Diagnostic par PCR des espèces d'Alternaria dans les échantillons de tissus
infectés.
Amplification PCR
Code Origine de l’échantillon ITSF1/ITS AAF2/AAR OAtF4/OAtR OAsF7/OAs
4 3 2 R6
C1 Bir El Djir - Oran + +++ - -
C2 Bir El Djir - Oran + ++ + -
C3 Bir El Djir - Oran ++ +++ - -
C4 Bir El Djir - Oran ++ +++ + -
C5 Bir El Djir - Oran + - - -
C6 Bir El Djir - Oran + + - -
C8 Bir El Djir - Oran + +++ - -
C9 Bir El Djir - Oran +++ +++ - -
Co Bir El Djir - Oran +++ +++ ++ -
Cod Bir El Djir - Oran + - - -
S1a Stidia 1- Mostaganem +++ + - -
S1b Stidia 1- Mostaganem + ++ - -
S1c Stidia 1- Mostaganem ++ +++ - -
S2b Stidia 2- Mostaganem + ++ + -
S2c Stidia 2- Mostaganem + ++ - -
O1 Ouriah- Mostaganem + +++ - -
O2 Ouriah - Mostaganem ++ + - -
O3 Ouriah - Mostaganem + ++ - -
O4 Ouriah - Mostaganem ++ +++ + -
H1 Mamache - Mostaganem ++ +++ - -
H2 Mamache - Mostaganem + ++ - +
H3 Mamache - Mostaganem + - - ++
H4 Mamache - Mostaganem ++ ++ - -
Mz1 Mazaghrane - Mostaganem ++ ++ - -
Mz2 Mazaghrane - Mostaganem ++ - + -
Mz3 Mazaghrane - Mostaganem + - ++ -
Mz4 Mazaghrane - Mostaganem + ++ - -
Mz5 Mazaghrane - Mostaganem + + + -
Mz6 Mazaghrane - Mostaganem + ++ - -
MH1 Hassine - Mascara +++ +++ - -
MH2 Hassine - Mascara ++ ++ - -
77
MK1 Kouir - Mascara + ++ - -

MK2 Kouir - Mascara ++ + - -
MK3 Kouir - Mascara + + - +
MT1 Tizi - Mascara + - - -
MT2 Tizi - Mascara + - - -
MT3 Tizi - Mascara ++ ++ - -
R1 Remchi - Tlemcen +++ - + -
R2 Remchi - Tlemcen +++ + - -
R3 Remchi - Tlemcen +++ - + -
R4 Remchi - Tlemcen +++ - ++ -
R5 Remchi - Tlemcen + - - -
R6 Remchi - Tlemcen +++ + - -
R7 Remchi - Tlemcen - - - -
SB1 Ain Elberd 3- Sidi Bel Abbès + ++ - -
SB1c Ain Elberd 3- Sidi Bel Abbès + + - -
SB1d Ain Elberd 3- Sidi Bel Abbès + + - -
SB2 Zlifa 1 - Sidi Bel Abbès + ++ - -
SB2b Zlifa 1 - Sidi Bel Abbès + + - -
SB2c Zlifa 1 - Sidi Bel Abbès + ++ + -
SB3 Zlifa 2 - Sidi Bel Abbès ++ +++ - -
SB3b Zlifa 2 - Sidi Bel Abbès + ++ - -
SB4 Zlifa 3 - Sidi Bel Abbès +++ + - -
SB4 Zlifa 3 - Sidi Bel Abbès + ++ - -
SB4b Zlifa 3 - Sidi Bel Abbès + - - -
SB4c Zlifa 3 - Sidi Bel Abbès + + - -
SB5 Ain Elberd 1- Sidi Bel Abbès ++ ++ - -
SB5b Ain Elberd 1- Sidi Bel Abbès + - - -
SB5c Ain Elberd 1- Sidi Bel Abbès + + - -
SB5d Ain Elberd 1- Sidi Bel Abbès + + - -
SB6 Ain Elberd 2- Sidi Bel Abbès + - - -
SB6b Ain Elberd 2- Sidi Bel Abbès ++ ++ - -
SB6c Ain Elberd 2- Sidi Bel Abbès + ++ - -
At1a Sidi Ben Adda 1- Ain Témouchent +++ - - +
At1b Sidi Ben Adda 1- Ain Témouchent +++ - - -
At1c Sidi Ben Adda 1- Ain Témouchent +++ + - -
At1d Sidi Ben Adda 1- Ain Témouchent +++ ++ - -
At1e Sidi Ben Adda 1- Ain Témouchent +++ + - -
At2 Sidi Ben Adda 2- Ain Témouchent + - - -
At2a Sidi Ben Adda 2- Ain Témouchent +++ - - -
At2b Sidi Ben Adda 2- Ain Témouchent + ++ - -
At2c Sidi Ben Adda 2- Ain Témouchent + ++ - -
At2d Sidi Ben Adda 2- Ain Témouchent ++ ++ - -
At2e Sidi Ben Adda 2- Ain Témouchent +++ +++ + -
At3 Terga - Ain Témouchent + ++ - -
At3 Terga - Ain Témouchent - - - -
At3b Terga - Ain Témouchent + ++ - -
At3c Terga - Ain Témouchent ++ +++ + -
At4 Sidi Ben Adda 3- Ain Témouchent +++ +++ - -
At4b Sidi Ben Adda 3- Ain Témouchent +++ +++ - -
At4c Sidi Ben Adda 3- Ain Témouchent + ++ - -
At4d Sidi Ben Adda 3- Ain Témouchent + ++ + -
At5 Rechgoune - Ain Témouchent - - - -
At5b Rechgoune - Ain Témouchent + + - -
At5c Rechgoune - Ain Témouchent + - - -
At5d Rechgoune - Ain Témouchent + ++ - -
At5e Rechgoune - Ain Témouchent + - + -
OJ1 Djebel Lekhar - Oran + ++ - -
RW Oued Rhiou - Relizane ++ ++ - -
78
Wal Walhassa - Tlemcen +++ + - -

Wal Walhassa - Tlemcen + ++ - -
(+++) Bon signal ; (++) Signal moyen ; (+) faible signal ; (-) pas de signal.
Durant les saisons de 2011- 2013, la présence des espèces appartenant à la section alternata
dans les lésions s'est produite selon une incidence élevée de 67,26% (figure 19). A.
tomatophila est détecté dans 17,2% des échantillons analysés. Dans la plus part des régions,
A. solani manquait dans presque tous les échantillons de feuilles mis appart Mostaganem
(Mamache), Mascara (Kouir) et Ain Témouchent (Sidi Ben Adda) le pathogène est détecté
dans seulement 4,3% des échantillons. Des signaux positifs détectés par les amorces
universelles spécifiques aux champignons ITSF1/ITS4 ont permis de faire une estimation de
l’incidence d’autres espèces (11,2%) dont aucun signal positif n’a été détecté par les autres
amorces. Ces résultats confirment en partie le diagnostic effectué à partir des isolements sur
milieu de culture et le complètent avec des données plus précises.
Les conditions météorologiques peuvent influer sur le développement des espèces fongiques
et favoriser le développement de celles appartenant à la section alternata qui sont
principalement détectées dans les échantillons, ce qui confirme les résultats du diagnostic sur
milieu de culture. Selon Viskonti et Chelkowski (1992), les conditions météorologiques
peuvent influer sur le développement des deux groupes d’espèces d'une manière différente
lors de la propagation des conidies, le bec joue un rôle important dans leur libération et leur la
dispersion, qui est principalement facilitée par l'augmentation de la vitesse du vent (Meredith,
1966 ; Pearson & Hall, 1975 ; Langenberg et al., 1977 ; Rotem, 1994 ; Chou et Wu, 2002).
Figure 19: Incidence des principaux agents de l’alternariose des Solanacées détectés par PCR
à partir des échantillons prélevés dans les Wilayas du Nord-Ouest Algérien.
Les méthodes basées sur la PCR ont permis la vérification de fragments d'ADN spécifiques
aux espèces Alternaria à grosses spores. Bien que l’évaluation visuelle de la maladie a
79
seulement donné une idée de la répartition de l'épidémie de la maladie sur le terrain ; les tests
PCR ont permis une évaluation spécifique d’A. solani, A. tomatophila et le groupe d’espèces à
petites spores, ce test pourrait également être utilisé pour quantifier la maladie directement à
partir l'ADN fongique dans les plantes infectées. D’ailleurs, les amorces spécifiques utilisés
pour la détection et l'identification des espèces d'Alternaria à savoir ; (OAsF7/R6)
(OAtF4/R2) et (AAF2/R3) ont généré des signaux fluorescents à intensités différentes. Ainsi,
les produits de PCR d'environ 164pb (figure 20 A.), 438pb (figure 20 B.) et 341pb (figure 20
C.) sont détectés dans les échantillons de feuilles infectées pour chaque couple d’amorce
respectivement. Selon les résultats obtenus, et dans la majorité des cas, ces amorces sont
sensibles pouvant différencier entre les espèces Alternaria. De plus, la confirmation de la
présence dans les plantes malades des espèces A. solani, A. tomatophila et celles à petites
spores à savoir ; A. arborescens, A. alternata et A. tenuissima, est effectuée par extraction de
l’ADN de ces espèces à partir de cultures pures ; Ainsi, un signale simple clair est amplifié à
partir de celles-ci servant de témoin positif (figure20).
Figure 20: Détection des Alternaria sp. dans les tissus infectés de Solanacées collectés dans
différentes régions. Pistes 2 :OJ1; 3 : H3; 4 :Wal; 5 :MZ4; 6 :AT1a; 7 :MH1; 8 :C5; 9 :SB3;
10 :AT3c; 11 :RW; 12 : CO. A. amplification avec les amorces ITSF1/4 ; B. Amplification
avec les amorces spécifiques du groupe d’espèces A. alternata (AAF2/R3). Piste 1 : témoin
positif (souche 165) ; C. Amplification avec les amorces spécifiques à A. tomatophila
(OAtF4/R2). Piste 1 : témoin positif (souche 198) ; D. Amplification avec les amorces
80
spécifiques à A. solani (OAsF7/R6). Piste 1 : témoin positif (souche 266). M= marqueur de

taille.
Les résultats obtenus durant cette période ont montré que sur plantes de tomates, de nombreux
symptômes ne sont pas causés que par A. tomatophila, mais aussi par A. solani ce qui est en
contradiction avec les observations de Simmons (2007) qui a montré que A. solani est l'agent
pathogène lié uniquement à la brûlure foliaire des pommes de terre, à l’inverse nos résultats
s’avèrent en accord avec ceux de Kumar et al. (2013) et leurs travaux sur la détection
moléculaire de A. solani sur plantes de tomates. Lourenço et al. (2009) ont prouvés
l’existence de preuves solides que la sous-population d’A. solani provoquant la brûlure
foliaire chez la pomme de terre est génétiquement distincte de la sous-population pathogène
de la tomate.
Les résultats obtenus concordent avec ceux de Gannibal et al. (2013 et 2014) qui ont utilisé
les mêmes amorces pour la détection et l’identification des Alternaria sp. sur Solanacées.
Récemment, Pavóna et al. (2012) ont élaboré une méthode de détection par PCR d’Alternaria
spp., dans des échantillons de tomates commercialisées brutes et transformées sur la base de
l'espaceur interne transcrit (ITS) et d’un marqueur génétique. Ces méthodes rapides, sensibles
et fiables pour l'évaluation de la population de l'agent pathogène ou de la charge d'inoculum
deviennent cruciales pour une gestion efficace de la maladie avec un gain de temps.
Actuellement en Algérie, le diagnostic de l’alternariose est effectué par des méthodes
basiques. Ces tests couramment utilisés reposent sur l'évaluation visuelle des symptômes, la
mesure du diamètre de la lésion et spores et l’intensité de la maladie (Bock et al., 2010). La
raison pour laquelle, des tests de PCR en temps réel ont été mis en œuvre pour la détection
rapide d'agents fongiques phytopathogènes (Boedo et al., 2008; Edin, 2012). Ces tests ont
également été utilisés pour la quantification in planta des Alternaria brassicicola chez
Arabidopsis thaliana (Brouwer et al., 2003; Gachon et Saindrenan, 2004) et les graines de
crucifères (Guillemette et al., 2004). Récemment, une méthode a été également élaborée par
PCR quantitative et par PCR en temps réel avec un ensemble d'amorces conçues à partir des
régions codantes pour la β-tubuline pour la détection rapide d’A. solani sur tomate (Kumar et
al., 2013). En conséquence, la détection spécifique et rapide est très importante afin de
surveiller et quantifier la présence d'agents phytopathogènes pour une gestion efficace des
maladies des plantes. Ainsi, ces méthodes moléculaires constituent donc grâce à leur grande
sensibilité potentielle, un progrès significatif à cet égard (Lepoivre, 2003).
81
La présente étude indique que l'incidence de la maladie varie selon les régions. Cela peut être
associé à des facteurs environnementaux et / ou pathogènes qui prévalent. En effet, selon van
der Walls et al. (2003), les variations des conditions météorologiques et de la quantité
d'inoculum initial d’Alternaria, peuvent être responsables des intensités changeantes de la
maladie à différents endroits. De plus, la variation des facteurs environnementaux comme la
température, la durée de l'humidité et l'humidité relative sont susceptibles d’affecter le
développement de la brûlure foliaire chez les Solanacées (Harrison et al., 1965; Adams et
Stevenson, 1990; Fontem, 1993; Vloutoglou et Kalogerakis, 2000). En effet, l'eau sous la
forme d'humidité relative élevée, les précipitations ou l'accumulation de rosée, peut
augmenter la germination des conidies et l’infection par le pathogène (Rotem, 2004). Cette
situation s’applique au climat méditerranéen qui couvre le nord Algérien. Selon Snoussi
(2009), cette zone est la plus humide d'Algérie, elle est caractérisée par des précipitations
annuelles qui varient entre 400 et 1 000 mm d'eau. Cependant, il est noté que l'alternance des
conditions d’humidité faible et élevée favorisent le développement de la maladie (Van der -
Walls et al., 2001). Ces observations concordent avec les résultats de Duhan et Suhag (1990),
Hilal et Kamal (1990), Fazal et al. (1994), Rotem (1994), Anastasia et al. (1998), Dillard et
al. (1998), Ghosh et al. (2009) et Ganie et al. (2013). Toutefois, une incidence inférieure de la
maladie dans certains champs pourrait être attribuée à dose équilibrée d’engrais, un grand
espacement outre l'élimination rapide des débris de culture. Ces observations sont en accord
avec les conclusions de Duhan et Suhag (1990).
II. Identification morphologique et étude des caractères culturaux
Différents pathogènes sont isolés à partir des échantillons infectés de Solanacées et d’autre
plantes provenant de différentes localités des wilaya d’Ain Témouchent, Mascara,
Mostaganem, Oran, Sidi Bel Abès, Relizane et Tlemcen.
La collection est représentée par 235 souches purifiées et conservées appartenant aux espèces
d’Alternaria pathogènes et saprophytes ainsi que des souches de Stemphilium, Ulocladium et
Bipolaris. L’ensemble des souches et leur origine sont représentés dans le tableau (16) avec
une indication du type d’utilisation qui en a été fait (tests physiologiques, identification
moléculaire et pouvoir pathogène).
82
Les souches de référence CBS102605 (Alternaria arborescens) et 5983 (Alternaria alternata)

sont issues de la collection du laboratoire FUNGISEM UMR-PaVé77 de l’Université
d’Angers, France.
Tableau 16: L’hôte et l’identification morphologique des souches isolées utilisés dans chaque
analyse au cours de cette étude et l'identification moléculaire ultérieur.
Code identific
Isol Organ Pouvoir Etude ation
Hôte Lieu de prélèvement Date Espèce
at e pathogèn physiolo molécula
e gique ire
1 Tomate Fruit Mostaganem - site 1 23/03/2011 A. tenuissima + +(A10) +
2 Tomate Fruit Mostaganem - site 2 23/03/2011 A. alternata - - +
3 Tomate Fruit Mostaganem - site 2 23/03/2011 A. tenuissima - - -
Pomme de
4 terre Feuille Mostaganem - site 3 23/03/2011 A. tenuissima - - -
8 Pois Feuille Hassi Bounif - Oran 10/05/2011 A. alternata + - +
10 Pomme de Feuille Djebel Lekhar- Oran 24/05/2011 A. tenuissima - - -
terre
Pomme de
11 terre Feuille Djebel Lekhar- Oran 24/05/2011 A. tenuissima + - +
14 Tomate Tige Hassi Bounif - Oran 26/05/2011 A. tenuissima - - -
15 Tomate Tige Hassi Bounif - Oran 26/05/2011 A. tenuissima - - -
Hassi Bounif ITCMI -
18 Tomate Feuille Oran 06/06/2011 A. tenuissima - - -
Pomme de Hassi Bounif ITCMI -
19 terre Feuille Oran 06/06/2011 A. tenuissima - - +
20 terre Feuille Oran 06/06/2011 A. tenuissima + - +
21 Tomate Feuille Oran 06/06/2011 A. tenuissima - - -
22 Tomate Feuille Oran 06/06/2011 A. alternata + +(A21) +
23 Tomate Tige Oran 06/06/2011 A. tenuissima - - -
24 terre Feuille Oran 06/06/2011 A. tenuissima + - +
26 Poivron Fruit Sidi Ben Okba - Oran 20/07/2011 A. tenuissima - - +
27 Tomate Feuille Sidi Ben Okba - Oran 20/07/2011 A. tenuissima - - +
28 Aubergine Feuille Sidi Ben Okba - Oran 20/07/2011 A. tenuissima + - +
29 Aubergine Feuille Sidi Ben Okba - Oran 20/07/2011 A. tenuissima - - -
30 Tomate Feuille Djebel Lekhar - Oran 20/07/2011 A. tenuissima + - +
31 Tomate Feuille Djebel Lekhar - Oran 20/07/2011 A. tenuissima - - -
32 Tomate Feuille Sidi Ben Okba - Oran 20/07/2011 A. alternata + + (A26) +
34 Poivron Feuille Sidi Ben Okba - Oran 20/07/2011 A. tenuissima - - -
36 poivron Fruit Mostaganem 26/07/2011 A. tenuissima + - +
38 tomate Fruit Mostaganem 28/07/2011 A. tenuissima + +(A11) +
41 Chou Feuille Tatba - Alger 28/07/2011 A. tenuissima + - +
42 Chou Feuille Tatba - Alger 28/07/2011 A. alternata + - +
45 Tomate Feuille Stidia 1 - Mostaganem 15/09/2011 A. tenuissima + +(A25) +
46 Tomate Feuille Stidia 1 - Mostaganem 15/09/2011 A. tenuissima + - +
83
49 Tomate Feuille Ouriah - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +

51 Tomate Fruit Ouriah 1 - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
52 Tomate Fruit Ouriah 1 - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
Pomme de Mamache 1 -
53 terre Feuille Mostaganem 20/09/2011 A. alternata + - +
54 terre Feuille Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
55 terre Tige Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
56 terre Tige Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
60 Haricot Feuille Stidia - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
65 Tomate Tige Stidia 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. arborescens + +(A23) +
66 Tomate Tige Stidia 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
67 Tomate Fruit Ouriah 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima - - -
68 Tomate Feuille Stidia 2 -Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima - - -
69 Tomate Feuille Stidia 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. alternata + - -
Pomme de Mamache 3 –
71 terre Tige Mostaganem 20/09/2011 A. alternata + - +
72 Aubergine Feuille Mamache - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
76 terre Feuille Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima - - -
78 Tomate Fruit Ouriah - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima - - -
79 Tomate Feuille Ouriah - Mostaganem 20/09/2011 A. alternata + +(A4) +
81 Tomate Feuille Ouriah - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
82 Tomate Feuille Stidia 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + +(A6) +
83 Tomate Feuille Stidia 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - -
84 Tomate Feuille Stidia 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. alternata + +(A8) +
85 Tomate Feuille Stidia 2 - Mostaganem 20/09/2011 A. alternata + - +
87 Tomate Tige Stidia 1 - Mostaganem 20/09/2011 A. tenuissima + - +
Pédonc
89 Aubergine ule Biskra 09/10/2011 A. tenuissima + - +
90 Aubergine Fruit Biskra 09/10/2011 A. tenuissima - - -
Pédonc
91 Aubergine ule Biskra 09/10/2011 A. tenuissima + - +
97 Tomate Feuille Bir El Djir - Oran 14/11/2011 A. alternata + - +
98 Laitue Feuille Kouir - Mascara 14/11/2011 A. tenuissima + - +
Pomme de
99 terre Feuille Kouir 1 - Mascara 14/11/2011 A. tenuissima + - +
Pomme de
100 terre Tige Kouir 1 - Mascara 14/11/2011 A. alternata + - +
84
Pomme de
Pomme de
Pomme de
105 terre Tige Kouir 3 - Mascara 14/11/2011 A. alternata + - +
106 Pois Feuille Hassi Bounif - Oran 19/11/2011 A. alternata + - +
107 Tomate Fruit Mostaganem 29/11/2011 A. alternata + +(A27) +
Pomme de Tuberc
109 terre ule Mascara 29/11/2011 A. tenuissima + - +
120 Tomate Fruit Mostaganem 29/11/2011 A. tenuissima + +(A22) +
122 Tomate Fruit Mostaganem 02/12/2011 Ulocladium sp. + - +
124 Carotte Feuille Mascara 05/12/2011 A. radicina + - +
125 Tomate Fruit Mostaganem 07/12/2011 A. tenuissima + +(A7) -
127 Tomate Fruit Mostaganem 07/12/2011 A. tenuissima - - -
Pomme de
129 terre Feuille Kouir 4 - Mascara 14/12/2011 A. alternata + +(A20) +
130 Poivron Feuille Kouir - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + - +
131 Poivron Tige Kouir - Mascara 14/12/2011 A. alternata + - +
132 Poivron Fruit Kouir - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + - -
135 Tomate Feuille Khesibia 1 - Mascara 14/12/2011 A. alternata + +(A18) +
Pomme de
137 terre Feuille kouir 5 - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + - +
Pomme de
138 terre Feuille kouir 5 - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + - +
Pomme de
139 terre Feuille Khesibia 1 - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + - +
Pomme de
140 terre Feuille Khesibia 2 - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + +(A17) +
Pomme de
141 terre Feuille Khesibia 2 - Mascara 14/12/2011 A. alternata + - +
Pomme de
142 terre Feuille Khesibia 3 - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + - +
Pomme de
143 terre Feuille Khesibia 3 - Mascara 14/12/2011 A. alternata + - +
Pomme de
150 terre Tige Kouir 5 - Mascara 14/12/2011 A. tenuissima + +(A15) +
151 Pois Feuille Mostaganem 15/12/2011 A. tenuissima + - -
153 Tomate Feuille Ain Témouchent site 1 16/12/2011 A. tenuissima + +(A1) +
156 Tomate Feuille Ain Témouchent site 2 16/12/2011 A. alternata + +(A3) +
157 Tomate Feuille Ain Témouchent site 2 16/12/2011 A. tenuissima + +(A28) -
161 Concombre Feuille Ain Témouchent 16/12/2011 A. alternata + - +
Pomme de
165 terre Feuille Ain Témouchent site 2 16/12/2011 A. alternata + - +
167 Tomate Fruit Mostaganem 26/12/2011 A. alternata + +(A30) -
168 Tomate Fruit Mostaganem 26/12/2011 A. alternata + - +
169 Tomate Fruit Mostaganem 26/12/2011 A. alternata - - +
173 Tomate Feuille Bir El Djir - Oran 24/01/2012 Ulocladium sp. + - +
174 Tomate Fruit Mostaganem 07/02/2012 A. tenuissima + - -
85
175 Carotte Feuille Mascara 26/09/2012 A. petroscelini - - +

177 Tomate Feuille Hassi Bounif - Oran 02/10/2012 A. alternata + - +
181 Tomate Feuille Hassi Bounif - Oran 02/10/2012 A. tenuissima - - +
182 Tomate Feuille Hassi Bounif - Oran 02/10/2012 A. tenuissima - - -
183 Tomate Feuille Hassi Bounif 2 - Oran 02/10/2012 A. tenuissima - - -
187 Tomate Fruit Hassi Ameur - Oran 02/10/2012 A. tenuissima - - -
191 Tomate Feuille Hassi Ameur - Oran 02/10/2012 A. tenuissima - - -
194 Tomate Feuille Hassi Ameur - Oran 02/10/2012 A. alternata + - +
198 Tomate Feuille Hassi Benokba - Oran 07/04/2013 A. tomatophila + - +
199 Tomate Feuille Hassi Benokba - Oran 07/04/2013 A. tomatophila - - +
201 Tomate Feuille Hassi Benokba - Oran 07/04/2013 A. tomatophila + - +
205 Tomate Feuille Hassi Bounif - Oran 12/04/2013 A. tomatophila + - +
206 Tomate Feuille Hassi Bounif - Oran 12/04/2013 A. tomatophila - - +
210 Tomate Feuille Hassi Bounif - Oran 12/04/2013 A. tomatophila + +(AT1) +
219 Tomate Tige Hassi Bounif - Oran 17/04/2013 A. tomatophila - - +
222 Tomate Feuille Walhassa- Tlemcen 04/05/2013 A. tomatophila - - +
223 Tomate Feuille Walhassa- Tlemcen 04/05/2013 A. tomatophila + - +
229 Tomate Feuille Walhassa- Tlemcen 05/05/2013 A. alternata + +(A2) +
Stemphylium
230 Tomate Feuille Maghnia- Tlemcen 04/05/2013 sp. - - +
Stemphylium
231 Tomate Feuille Maghnia- Tlemcen 04/05/2013 solani - - +
235 Tomate Feuille Bir El Djir - Oran 19/05/2013 A. tomatophila - - -
86
236 Tomate Feuille Bir El Djir - Oran 19/05/2013 A. tomatophila + - -

Pomme de
237 terre Feuille Oued Rhiou- Relizane 30/05/2013 A. solani - - +
Pomme de
240 terre Feuille Oued Rhiou- Relizane 30/05/2013 A. solani - - +
241 Tomate Feuille Stidia -Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila + - +
242 Tomate Feuille Stidia - Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila + - +
243 Tomate Feuille Stidia -Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila + - +
244 Tomate Feuille Stidia - Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila + - +
245 Tomate Feuille Stidia -Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila - - +
246 Tomate Feuille Stidia - Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila - - +
247 Tomate Feuille Mamache - Mostaganem 24/06/2013 A. solani - - +
248 Tomate Feuille Mamache - Mostaganem 24/06/2013 A. solani + - +
249 Tomate Feuille Mamache - Mostaganem 24/06/2013 A. solani + +(AS1) +
251 Tomate Feuille Mamache - Mostaganem 24/06/2013 A. solani - - +
Mazaghrane -
253 Tomate Feuille Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila - - +
Mazaghrane -
254 Tomate Feuille Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila + - +
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
Mazaghrane -
264 Tomate Feuille Mostaganem 24/06/2013 A. tomatophila + - -
Mazaghrane -
266 Tomate Feuille Kouir - Mascara 02/07/2013 A. solani + +(AS2) +
267 Tomate Feuille Kouir - Mascara 02/07/2013 A. tenuissima + +(A19) +
Mazaghrane - Stemphylium
268 Tomate Feuille Mostaganem 24/06/2013 solani - - +
269 Tomate Feuille Hassine- Mascara 02/07/2013 A. tenuissima + +(A13) +
270 Tomate Feuille Hassine - Mascara 02/07/2013 A. alternata - - +
271 Tomate Feuille Tizi - Mascara 02/07/2013 A. alternata + +(A24) +
272 Tomate Feuille Remchi- Tlemecen 06/07/2013 A. tomatophila + - +
273 Tomate Feuille Remchi- Tlemecen 06/07/2013 A. tomatophila - - +
87

Ain Elberd 1- Sidi Bel
279 Tomate Feuille Abbès 09/07/2013 A. tenuissima + + (A5) +
280 Tomate Feuille Abbès 09/07/2013 A. alternata - - +
281 Tomate Feuille Abbès 09/07/2013 A. tenuissima - - +
282 Tomate Feuille Abbès 09/07/2013 A. arborescens - - +
286 Tomate Feuille Bir El Djir- Oran 12/07/2013 A. tomatophila - - +
291 Tomate Feuille Bir El Djir- Oran 19/07/2013 Bipolaris sp. - - +
Sidi Ben Adda- Ain
292 Tomate Feuille Témouchent 13/08/2013 A. solani + - +
Sidi Ben Adda- Ain
293 Tomate Tige Témouchent 13/08/2013 A. tomatophila - - +
Zlifa site 1 - Sidi Bel
294 Tomate Feuille Abbès 15/08/2013 A. tomatophila + +(AT2) +
295 Tomate Tige Abbèsse 15/08/2013 A. tomatophila - - +
296 Tomate Tige Abbès 15/08/2013 A. tomatophila + - +
297 Tomate Tige Abbès 15/08/2013 A. tomatophila - - +
298 Tomate Tige Abbès 15/08/2013 A. tomatophila + - +
301 Tomate Tige Abbès 15/08/2013 A. alternata - - +
302 Tomate Tige Abbès 15/08/2013 A. alternata + - +
303 Tomate Feuille Abbès 15/08/2013 A. tenuissima + +(A29) +
Datura Zlifa site 1 - Sidi Bel
304 Stramonium Feuille Abbès 15/08/2013 A. crassa - - -
305 Tomate Tige Abbès 15/08/2013 A. solani - - +
Sidi Ben Adda- Ain
306 Tomate Tige Témouchent 13/08/2013 A. tomatophila - - +
307 Tomate Fruit Mostaganem 19/08/2013 A. tomatophila + - +
Sidi Ben Adda - Ain
308 Tomate Feuille Témouchent 25/08/2013 A. tomatophila - - +
Sidi Ben Adda - Ain
Rechgoune- Ain
Rechgoune- Ain
312 Tomate Fruit Relizane - Oued Rhiou 13/09/2013 A. tomatophila - - -
88
313 Tomate Fruit Relizane - Oued Rhiou 13/09/2013 A. tenuissima + +(A31) +

314 Tomate Fruit Relizane - Oued Rhiou 13/09/2013 A. solani - - -
316 Tomate Fruit Relizane - Oued Rhiou 13/09/2013 A. tomatophila - - -
319 Tomate Fruit Relizane - Oued Rhiou 13/09/2013 A. alternata + +(A32) +
2. Etude des caractères macroscopiques et microscopiques
Trente-six isolats fongiques de différentes origines sont sélectionnés pour une caractérisation
morphologique des colonies sur milieu pomme de terre de saccharose agar (PSA). Les
résultats ont révélé une variation considérable entre les caractères macroscopiques des isolats
(tableau 17). La couleur de la colonie varie du clair au foncé à une teinte olivâtre verdâtre à
brune ou grisâtre. La majorité des colonies ont un aspect duveteux ou cotonneux, de légères
variations de la croissance mycélienne avec des bordures régulière ou irrégulière, avec ou
sans zones concentriques. Une couleur grise à brune avec des variantes clairement visible à
partir de la face inférieure des colonies. Ces observations sont en accord avec ceux de Pusz et
al. (2009) qui avaient reporté que la couleur des colonies d'A. alternata isolés d’Amaranthus
retroflexus varie du gris clair au gris foncé. De même, Rai et Kumari et al. (2009) ont observé
différents isolats d’A. alternata, les colonies avaient une texture cotonneuse à compacte et
dense avec une couleur claire à noir foncé. Parmi les isolats à petites spores, une légère
pigmentation jaunâtre du milieu PSA est observée chez l’isolat d’A. arborescens. Les résultats
de Hubballi et al. (2010) ont montré une variation dans la pigmentation de quinze isolats d’A.
alternata avec la production d’une pigmentation noire, brune-noire, marron et jaune.
Beaucoup de variations dans l’aspect des colonies chez les isolats à petites spores de la
section alternata sont observées, elles sont représentées dans la figure (21). Dont la
croissance mycélienne cotonneuse aérienne à moyenne parfois centrale. Ou encore un
mycélium duveteux et/ ou avec des marges sillonnées ou compactes. Tandis que les souches à
grosses spores présentent moins de variabilité point de vue macroscopique, la couleur du
mycélium varie du gris clair au noir. Les isolats d’A. tomatophila produisent un mycélium
subaérien et avec couleur plus claire par rapport à ceux d’A. solani, allant du gris clair au noir.
Aucune variabilité n’est observée au sein des souches appartenant à l’espèce A. solani
89
contrairement aux souches d’A. tomatophila qui représentaient deux phénotypes ; gris claire
et gris foncé (Figure 22). De même, Fraser (2002) a constaté les deux phénotypes d’A.
tomatophila ; de couleur claire et celui de couleur foncée sur milieu PDA et que le phénotype
clair était beaucoup plus virulent sur plante de tomate.
Tableau 17: Caractères Culturaux des isolats Alternaria sur milieu PSA.
Isolat Colonies Couleur de Sporulation

a e
Type Couleur Bordures l’envers de
b c d
A1 1 1 7 la colonie
5 3
A2 2 2 7 1 3
A3 1 3 8 2 3
A4 3 4 4 4 3
A5 4 9 3 6 3
A6 3 4 1 1 3
A7 3 3 8 6 1
A8 3 8 3 4 3
A9 3 6 7 2 2
A10 3 9 7 5 3
A11 3 8 1 6 3
A12 1 6 1 5 3
A13 5 9 4 2 3
A14 1 1 1 2 3
A15 5 8 5 2 2
A16 3 8 7 5 3
A17 5 5 5 4 3
A18 5 1 6 7 3
A19 5 2 4 5 3
A20 5 8 6 1 3
A21 6 6 6 2 2
A22 3 2 8 1 3
A23 3 5 6 6 3
A24 5 1 1 7 3
A25 3 6 8 2 3
A26 6 7 5 2 3
A27 3 5 1 2 2
A28 1 5 7 3 3
A29 2 9 1 5 2
A30 3 8 2 3 3
A31 2 2 1 2 3
A32 2 1 7 7 3
AT1 6 7 7 7 1
AT2 3 10 9 8 1
AS1 8 10 8 8 1
AS2 8 10 8 8 1
90
a
Type: Duveteux, avec une croissance cotonneuse = type 1 ; Duveteux, légèrement sillonné =
type 2 ; Cotonneux avec une périphérie légèrement compacte = type 3 ; Duveteux, légèrement
sillonné de centre compact = type 4 ; Duveteux, apprimé = type 5 ; Cotonneux, subaérien =
type 6 ; Mycélium apprimé à ras= 8. b Couleur: vert foncé olivâtre = 1 ; Vert olivâtre avec un
centre foncé = 2 ; Vert clair = 3 ; Sombre au centre et vert olivâtre = 4 ; Vert foncé avec une
surface grisâtre = 5 ; Vert olivâtre clair avec une surface grisâtre = 6 ; Gris foncé avec un
centre blanc et surface grisâtre = 7 ; Vert olivâtre avec un centre gris clair = 8 ; Olivâtre avec
centre brun et une surface grisâtre = 9 ; Grise foncée avec un fond noirâtre= 10. c Bordures:
Irrégulier, compactes de couleur claire = 1 ; Irrégulière, avec des anneaux concentriques
olivâtres clairs et gris = 2 ; Régulière avec une marge de couleur claire = 3 ; Régulière avec
des anneaux concentriques, périphérie blanche ou grise = 4 ; Régulière, cotonneuse avec une
périphérie de couleur claire = 5 ; Régulière avec une marge de couleur claire = 6 ; périphérie
légèrement irrégulière de couleur claire = 7 ; Périphérie légèrement irrégulière de couleur
claire et avec des anneaux concentriques = 8. Irrégulières légèrement compactes de couleur
foncé= 9. d Couleur de l’envers de la colonie: Brune avec une marge grise claire = 1 ; Centre
brun foncé avec une marge de couleur claire = 2 ; Grise foncé avec une marge grise claire = 3
; Centre brun avec une marge de couleur claire = 4 ; Marge beige avec et centre brun foncé =
5 ; Grise claire avec un centre brun foncé = 6 ; Gris foncé = 7 ; Noirâtre= 8. e Sporulation :
faible sporulation = 1 ; sporulation modérée = 2 ; bonne sporulation = 3
91
Figure 21: Aspect des colonies des souches à petites spores (section alternata) cultivées sur
milieu PSA.
92
Figure 22: Aspect des colonies des souches à grosses spores (section porri) cultivées sur
milieu PSA.
Les isolats d’A. solani et A. tomatophila produisent un pigment rouge-orangé ou jaune dans le
milieu de culture, les mêmes observations ont été signalés avec Kumar et al. (2008). Aussi,
Tong et al. (1997) ont étudié la biologie et la pathogénicité d’A. solani sur milieu PSA et sur
plants de tomates, ils ont constaté qu’un pigment gris-brun et jaune était sécrété par certains
isolats. Tous les isolats à petites spores ont produit des spores sur milieu PSA (Tableau 17) à
l’exception des souches d’A. tomatophila (AT1 et AT2) chez lesquelles aucune sporulation
n’est observée. Une sporulation élevée est observée chez l’isolat (A12), tandis que pour la
plupart des isolats, une sporulation modérée est enregistrée. Une sporulation médiocre à nulle
est observée chez les isolats (A7, AS1 et AS2). La variation des taux de croissance sur PSA
est également observée (Figure 23). Le taux de croissance le plus élevé est obtenu pour l'isolat
A31 (moyenne 14,90±0,614 mm/jour) et le plus faible chez l’isolat (AS2) avec une moyenne
de 0,67±0,51 mm/jour. Les isolats dans la présente étude représentent des variations
périodiques selon leur taux de croissance. Chez les isolats à petites spores, quatre ont
progressé très rapidement dans les 2eme et 4eme premiers jours d'observation (A12, A13, A16 et
A17), mais la croissance a diminué par la suite alors que la plupart des autres isolats avaient
un taux de croissance optimal au 6eme jour, l’isolat (A10) a progressé plus rapidement à la fin
de l'expérience (8eme JPI). Des observations similaires par Pusz (2009) et Hubballi et al.
(2010) sur le taux de croissance des isolats d’A. alternata et A. mali, respectivement. Les
isolats à grosses spores ont eu une croissance plus lente par rapport aux espèces à petites
spores, Cependant les souches AT1, AT2, AS1 et AS2 avaient une croissance rapide dans les
deux premiers jours (2eme et 4eme JPI) mais celle-ci a régressé en fonction de l’âge des
colonies, la croissance lente de ces isolats sur milieu nutritif pourrait être associée à leur
capacités saprophytiques limitées qui accentuent ces difficultés. Tong et al. (1997) ont
rapporté que les colonies d’A. solani âgées de 5 jours cultivées sur PSA atteignaient 54 à 70
mm de diamètre, avec une couleur brune à blanchâtre ou grise et que certains isolats ont
93
secrété des pigments jaunes. Du point de vue survie et prolifération : les variations dans la
couleur, la taille, la forme et la texture des spores et des thalles fongiques pourraient être
probablement due des adaptations fonctionnelles résultant de l'interaction des tensions au
cours du développement de spores (Savile, 1954 ; Chou et Wu, 2002).
Figure 23: La variabilité de la vitesse de croissance chez les différentes souches testées sur
milieu PSA.
2.2. Examen de la morphologie et de la formation des chaines de conidies
Les 222 souches d’Alternaria isolées à partir des Solanacées dans le nord-ouest Algérien sont
caractérisées selon leur mode de sporulation ainsi que la taille des conidies sur milieu PCA
après 5 à 7 jours d’incubation. Les isolats à petites spores sont divisés en trois groupes qui
correspondent aux modes de sporulation de la section alternata du type 3, 4 et 5 définis par
Simmons et Roberts (1993) et ceux de la section porri incluant les isolats à grosses spores
(Tableau 18).
La figure (25) montre les caractéristiques morphologiques des conidies et la sporulation des
souches représentatives de chaque groupe de la section alternata qui représente 130 isolats.
Dans le type 4 de sporulation (figure 25.A), les conidies se présentent comme des bouquets
touffus en chaînes ramifiés. La forme des conidies varie d’obpyriform (forme de massue) à
ovales ou obclavée, de couleur brune jaunâtre à brune foncé, avec 1-8 transepta et 0-3
longisepta (ou oblique). La taille de la spore varie entre 6,5 à 59,8 × 4,2 à 16,5 μm (Tableau
18). Ce groupe typique d’A. alternata représente 17,02 % des isolats de la collection.
94
Tableau 18: Variabilité dans le cloisonnement et la taille des conidies de 36 isolats

d'Alternaria sp.
Isolat Nombre de Nombre de Longueur (µm) Largeur (µm) Grou

Transepta longisepta pe/se
ction
gamme moy. gamme moy. gamme moy. gamme moy.
A1 0-8 4,17 0-2 1,17 9,6- 48 37,68 6,4 - 12,80 8,96 5
A2 0-7 4,00 0-2 1,08 6,4- 48 35,92 6,4 - 16,00 11,63 4
A3 0-7 4,00 0-2 1,18 6,4 - 48 33,45 4,8 - 9,60 7,31 5
A4 0-7 4,33 0-2 1,50 12,8 -51,2 35,92 9,6 - 12,80 9,87 5
A5 0-7 4,33 0-3 1,42 6,4 - 48 36,65 3,2 - 12,80 9,39 5
A6 0-6 3,67 0-2 1,08 9,6- 35,2 26,53 8 - 12,80 11,31 5
A7 0-7 4,00 0-3 1,25 6,4 - 51,2 32,41 6,4 - 14,40 9,49 5
A8 0-9 4,83 0-3 1,50 9,6 - 59,2 35,10 6,4 - 16,00 10,67 5
A9 0-7 4,17 0-3 1,42 12,8 -60,8 32,83 9,6 - 14,40 9,97 5
A10 0-8 3,67 0-2 1,17 6,4 - 41,6 36,44 6,4 - 16,00 10,24 4
A11 0-8 4,17 0-3 1,50 9,6 - 38,4 40,05 6,4 - 14,40 10,13 4
A12 0-8 4,17 0-2 0,92 6,4 - 48 36,34 3,2 - 16,00 12,05 4
A13 0-6 3,50 0-2 0,92 6,4 - 48 32,93 4,8 - 14,40 11,04 4
A14 0-8 4,67 0-3 1,58 11,2- 59,2 36,28 6,4 - 16,00 11,63 5
A15 0-7 4,17 0-3 1,42 6,4- 38,4 25,50 6,4 - 14,40 9,33 4
A16 0-7 4,17 0-3 1,25 9,6 - 48 35,35 6,4 - 16,00 10,77 4
A17 0-6 3,17 0-3 1,33 6,4 - 48 34,37 4,8 - 16,00 11,31 5
A18 0-7 4,17 0-2 0,75 9,6 - 48 35,51 6,4 - 12,80 10,46 5
A19 1-7 4,00 0-3 1,33 9,6 - 44,8 35,20 6,4 - 12,80 9,76 4
A20 0-7 4,17 0-2 0,85 9,6 - 51,2 34,79 6,4 - 16,00 10,93 5
A21 1-9 5,00 0-3 1,23 9,6 – 48 38,40 6,4 - 14,40 10,67 4
A22 0-8 4,67 0-3 1,34 9,6 - 54,4 34,06 6,4 - 12,80 9,33 5
A23 0-6 3,83 0-4 1,33 9,6 - 38,4 27,77 6,4 - 12,80 8,00 3
A24 0-7 4,00 0-3 1,45 6,4 – 48 34,79 6,4 - 14,40 11,57 4
A25 0-9 4,83 0-3 1,13 9,6 - 51,2 36,23 6,4 - 12,80 10,24 5
A26 0-8 4,50 0-2 0,75 9,6 - 41,6 31,07 6,4 - 12,80 9,28 4
A27 0-7 4,00 0-3 1,23 9,6 - 51,2 35,41 6,4 - 16,00 10,93 5
A28 0-7 4,17 0-3 1,13 11,2 -48,4 31,74 6,4 - 12,80 8,85 5
A29 0-7 4,67 0-2 0,83 9,6 - 48 35,10 6,4 - 11,20 8,37 5
A30 0 -7 3,67 0-3 1,25 6,4 - 44,8 28,90 6,4 - 16,00 10,19 4
A31 1-8 3,83 0-2 0,67 6,4 - 54,4 38,71 6,4 - 11,20 8,53 4
A32 0-6 3,17 0-2 1,25 12,8 - 48 29,32 6,4 - 9,60 8,05 4
AT1 1 - 19 16,38 0-3 0,85 160 -432 272 12,8 - 38,4 20,8 porri
AT2 1 - 17 15,80 1-6 3,42 140,8 -355,2 258,20 12,8 - 25,6 18,13 porri
AS1 1 - 16 11,42 0-5 1,33 83,2 -166,4 135,61 12,8 - 30,4 21,79 porri
AS2 1 - 15 12,19 1-6 3,23 102,4-195,2 153,44 16 - 38,4 25,6 porri
Le type 5 de sporulation (figure 25.B) correspond à des chaines modérément longues à

longues de plus de 9 conidies, la ramification des chaînes en général est rare (de 1 à 2
95
conidies) ou manquante. Les conidies produites sont de forme obclavée ou ellipsoïdale, de

couleur brune à brune dorée, certaines conidies ont des parois verruqueuse. Les conidies
matures sont observées ont 4 à 9 transepta et 0 à 4 longi-septa (ou obliques), leur taille varie
de 9,8 à 60,20 × 8,6 à 15,5 µm. Le groupe typique d’A. tenuissima représente 39,14 % des
espèces isolées. Le modèle de sporulation type 3 (figure 25.C) se présente en chaînes de
conidies de 2 à 6 unités de long qui produisent généralement des branches (1 à 5 conidies)
ayant un long conidiophore primaire définit avec de branches terminales et sub-terminales.
Les conidies matures ont 1 à 6 cloisons transversales et 0 à 4 cloisons longitudinales ou
obliques, elles sont ovales à ellipsoïdales et mesurent entre 9,6 à 38,4 × 3,2 à 12,8μm. Ce
groupe ne représente que 0,85% des isolats. Pour comparer, Xia et Tian Yu (2008) ont
rapporté que les conidies de 27 isolats d’A. alternata variaient de 16,5 à 56,5 × 6,5 à 14,5 µm
et la variabilité des tailles de conidies de 53 isolats d’A. tenuissima était de 22,5 à 42 × 8,5 à
12,5 µm.
Figure 24: Paramètres morphologiques des spores des isolats de la section porri (le
morphotype A. solani et le morphotype A. tomatophila).
Les 92 souches de la section porri sont caractérisées par des spores largement ovoïdes,
ellipsoïde, sub-cylindrique avec un bec filamenteux simple ou ramifié. Les isolats d’A.
tomatophila diffèrent d’A. solani dans leur mode de sporulation et dans la forme des conidies
qui englobent une large gamme de tailles ainsi que dans la morphologie de l’appendice hyalin
qui varie d’une à quatre ramifications (figure 26) et mesure entre 41,6 à 320 µm. La longueur
du corps des conidies mesure entre 54,4 à 201,6 µm et la majorité des spores sont plus ou
96
moins fines, longues et solitaires, elles mesurent entre 140,8 à 432 × 12,8 à 38,4 µm avec 1 à
18 transepta et de 0 à 6 longi-septa. Cette espèce représente 31,91% des isolats de la
collection. Les isolats d’A. solani produisent des conidies avec un à deux becs filamenteux
mesurant entre 12,8 à 121,6 µm; la longueur du corps des conidies varie de 54,4 à 115,2 µm,
les conidies avec deux becs sont rarement formées et ceux à trois becs ne sont pas observées.
Les conidies sont moins longues par rapport à ceux d’A. tomatophila, elles mesurent entre
83,2 à 195,2 × 12,8 à 38,4 µm. Des conidiophores secondaires sont parfois formés à l'apex ou
latéralement. Les spores sont formées en solo, en paire ou en group de trois à partir du même
conidiophore (figure 26 A), le nombre de transepta varie entre 1 à 16 et celui des longi-septa
de 0 à 6. Cette espèce représente 7,23% des souches de la collection. La différence entre A.
solani et A. tomatophila est confirmée par les caractéristiques morphologiques des spores
(figure 24), ces résultats sont en accord avec ceux d’Orina et al. (2012) dans une étude
comparative entre les espèces à grosses spores associées à la brûlure foliaire de pommes de
terre et de tomate en Russie.
Bien que les caractéristiques morphologiques des conidies et conidiophores fournissent

souvent les principaux critères taxonomiques pour l’identification des espèces fongiques le
cas des espèces de la section porri, ces caractères peuvent être fortement influencés par des
facteurs environnementaux. Ainsi, dans la mesure des dimensions de taille des spores, le
nombre de cloisons transversales ou longitudinales, des isolats à petites spores correspond
souvent un certain nombre d’espèces de la section alternata et est souvent difficile sur la base
de ce seul critère. En revanche, les modèles de sporulation en 3D constituent un critère
morphologique robuste pour la discrimination des espèces d'Alternaria notamment ceux de la
section alternata décrite par Woudenberg et al. (2013) et de la section porri décrite par
Lawrence et al. (2013). Le cas de l’espèce A. arborescens identifiée sur la base de la forme
tridimensionnelle de l’agencement des spores. Cette forme spécialisée a une spécificité
parasitaire vis-à-vis à la tomate qui se distingue des autres pathotypes d’A. alternata
(Simmons, 2000).
97
Figure 25: les espèces d’Alternaria à petites spores de la section alternata ; A. conidies et le
mode de la sporulation d’Alternaria alternata (PCA 7J) isolat A15. B. conidies et le mode de
la sporulation d’Alternaria tenuissima (PCA 7J) isolat A8. C. conidies et le mode de la
sporulation d’Alternaria arborescens (PCA 7J) isolat A23. Bars = 50µm.
98
Figure 26: les espèces d’Alternaria à grosses spores de la section porri; A. conidies et le
mode de la sporulation d’Alternaria solani (PCA 7J) isolat 266. B. conidies et le mode de la
sporulation d’Alternaria tomatophila (PCA 7J) isolat 210. Bars = 50µm.
3. Effet des milieux de base
La croissance et la sporulation des trente-six isolats sélectionnés sont évaluées sur différents
milieux de culture (figure 28). Une différence dans le taux de croissance est observée chez
chaque espèce et chaque isolat (Figure 27). Des taux de croissance relativement élevés sont
enregistrés indiquant que les espèces d'Alternaria ont la possibilité d'utiliser une large gamme
de sources de carbone et d'autres éléments nutritifs. Le milieu Czapek's Dox a soutenu une
croissance maximale (moyenne : 7,888 ± 0,723 mm/jour) chez la majorité des isolats, mais
une sporulation plutôt médiocre (2,166 ± 0,982 .105 spores/mm2) qui est peut-être due à la
présence d'ions chlorure. Le taux de croissance sur milieu PCA est presque similaire avec une
moyenne de 7,763 ± 0,425 mm/jour et un taux de sporulation fongique minimum (moyenne :
0,450 ± 0,207 .105 spores/mm2). En revanche, un taux de croissance mycélienne médiocre est
obtenu sur milieu à l'extrait de malt (moyenne : 3,902 ± 1,141 mm/jour) qui a soutenu par
contre une sporulation maximale (moyenne : 16,721 ± 6,915 .105 spores/mm2), avec des
variations entre les isolats. Un taux de sporulation médiocre (moyenne : 1,334 ± 0,581 .105
spores/mm2) et une croissance mycélienne modérée (moyenne : 6,212 ± 1,072 mm/jour) sont
99
observés sur le milieu Mathur. Les milieux riches en éléments nutritifs favorisent la
croissance mycélienne avec la perte ultime de la sporulation (UKNCC, 1998 ; Nasraoui,
2006). Les milieux Sabouraud et PSA ont soutenu à la fois une croissance mycélienne
modérée (moyenne : 5,501 ± 1,072 mm/jour et 5.639 ± 0,766 mm/jour, respectivement) et la
sporulation est favorable pour les isolats à petites spores (6,365 ± 3,618 .105 spores/mm2 et
4,348 ± 3,064 105 spores/mm2, respectivement). De même, Benichou (2011) et Benada (2010)
ont rapporté que le milieu PSA est favorable à la croissance d’A. dauci, tandis que les milieux
Czapek et Mathur ont donnés un taux de croissance moyen, ils ont aussi noté un croissance
faible sur Malt- Agar. En conclusion, l'influence des milieux de cultures a révélé une
corrélation négative entre le taux de croissance et la sporulation des isolats. La composition
du milieu constitue donc un paramètre physiologique important qui affecte de façon
significative la croissance mycélienne et la production de conidies chez les isolats.
Figure 27: La variabilité du taux de croissance (A) et de sporulation (B) des isolats
Alternaria sp. sur différent un milieux.
100
Figure 28: Aspect des colonies des Alternaria sp. cultivées sur différents milieux de culture.
4. Effet des sources de carbone et d'azote
Dans cette étude, l’effet de dix sources de carbone et huit sources d'azote (Figure 29) est testé
in vitro sur milieu de base Czapek modifié. Bien que le type de source de carbone ait peu
d'effet sur les taux de croissance enregistrés, la sporulation était beaucoup plus affectée par ce
paramètre, et varie de 0,382±0,244. 105 spores/mm2 sur l'acide citrique et de 2,575±2,88 .105
spores/mm2 sur lactose. Contrairement à ce qui est enregistré pour les sources de carbone, un
effet plus important de la source d'azote sur les paramètres de croissance est observé. La
croissance mycélienne des isolats sur différentes sources d'azote s'est révélée plus élevée sur
deux sources inorganiques ; le nitrate de sodium (7,92±0,721 mm/jour) et de nitrate de
potassium (7,768±0,813 mm/ jour) avec une sporulation modérée (1,58±1,298 .105 spores
/mm2 et 2,041 ±1,558 .105 spores/mm2, respectivement). Ces résultats sont en accord avec
101
ceux de Goyal (1977) qui a noté que l’azote nitrique est plus efficace que l'azote ammoniacal,
il a enregistré une croissance maximale chez A. alternata sur le nitrate de potassium, suivi par
le nitrate de sodium avec une sporulation optimale. De plus, il a aussi enregistré une
croissance maximale sur milieu contenant du maltose suivie du saccharose, l'amidon et du
glucose.
Les résultats montrent, une croissance mycélienne minimale enregistrée sur milieu contenant
le sulfate d'ammonium (1,047±0,374 mm/jour) sans sporulation. Ces observations sont en
accord avec ceux de Saad et al. (1970) et Attrassi et al. (2007) sur des études menées sur A.
alternata isolé de feuilles d’haricots de de poires respectivement, ainsi que les observations de
Benichou (2011) et Benada et (2010) sur A. dauci pathogène des Apiaceae. Tandis que
Ramjegathesh et al. (2012) ont trouvé que le sulfate d'ammonium était la source d'azote
favorable à la croissance d’A. alternata isolé à partir de feuilles d'oignon. Alors que de
nombreux champignons assimilent bien les sources d'azote inorganiques, comme les nitrates,
ils peuvent également utiliser une large gamme d'acides aminés qui induisent différentes
réponses fongiques, par exemple il est noté que la majorité des champignons assimilent bien
l’asparagine contrairement à la leucine qui donne une faible croissance des champignons
(Nasraoui, 2006 ; Brzonkalik et al., 2011). Dans cette étude, les résultats obtenus montrent
une croissance et une sporulation médiocre sur les milieux contenant la leucine et l'arginine
comme sources d'azote organique tandis que la valine et l'asparagine ont abouti à une
croissance modérée (6,578 ± 1,173 et 5,822 ± 1,161 mm/jour, respectivement), et une
sporulation de 2,543 ± 2,984 et 3,156 ± 3,614.105 spores/mm2, respectivement. La densité
apparente du mycélium de l’ensemble des isolats testés varie aussi en fonction de la source
carbonée et azotée (figure 30 et 31), le maltose, l’amidon, l’asparagine, l’arginine et la
peptone ont donné un mycélium très dense. Le fructose, le maltose, le saccharose, le KNO3, le
NaNo3 et la valine ont donné une croissance mycélienne dense contrairement aux autres
sources comme la cellulose, le glycérol, le mannitol, le (NH4)2SO4 et la leucine qui ont donné
un mycélium peu dense. Sur milieu de base contenant l’acide citrique, le mycélium est très
peu dense à ras et peu mélanisé.
Beaucoup de travaux sur les exigences nutritionnelles des espèces du genre Alternaria ont été
effectué notamment sur différentes sources de carbone et d’azote, comme ceux de
Padmanabhan et Narayanaswamy (1977) qui ont rapporté qu’A. macrospora assimile mieux
le fructose comme source de carbone et donne une bonne croissance sur le nitrate de sodium
parmi les diverses sources d'azote inorganiques et organiques testés. Mohapatra et al. (1978)
102
ont enregistré une croissance maximale d’A. sesami sur mannitol suivie par le lactose,
l'amidon et l’azote ammoniacale. Selon Rane et Patel (1956), le nitrate de potassium, le nitrate
de sodium et la peptone sont les meilleures sources d'azote pour la croissance d’A.
macrospora. Tandis que Pawar et Patel (1957) ont observé une bonne croissance d’A. ricini
sur le maltose comme source de carbone. Chaturvedi (1966) et Gupta et al. (1979) ont indiqué
qu’A. alternata assimile mieux le fructose, le lactose et le maltose parmi huit
monosaccharides testés. En outre, ils ont constaté que, mannitol a soutenu une bonne
croissance, tandis que la croissance était faible sur le maltose. Aussi, Bhandari et Singh
(1976) ont observé que le fructose est mieux assimilé chez A. triticina par rapport au
saccharose, glucose, maltose et au lactose, et parmi les sources d'azote, l'asparagine a donné le
meilleur taux de croissance. Arunkumara et al. (2006) ont testé sept sources de carbone et huit
sources d'azote sur la croissance mycélienne d’A. solani, ils ont noté une croissance maximale
sur le glucose suivi par le saccharose et une croissance minimale dans l'acide lactique. En
parallèle, l’asparagine était la mieux assimilée avec un taux de croissance élevé contrairement
au sulfate d'ammonium sur lequel un taux de croissance minimum a été enregistré parmi les
sources évaluées, ce qui confirme les résultats de notre étude.
103
Amidon
Amidon
Alternaria sp. sur différentes sources de carbone et d’azote.
104
Figure 30: Aspect des colonies des Alternaria sp. cultivées sur dix sources de carbone sur
105
Figure 31: Aspect des colonies des Alternaria sp. cultivées sur huit sources d’azote sur
106
5. Effet du pH et de la température
L'impact du pH du milieu sur la croissance mycélienne (Figures 32 et 34), et la sporulation

(Figure 34) des trente-six isolats est étudié dans une gamme de pH de 4 à 10. Conformément
aux observations précédentes de Madan et Thind (1998) montrant que, généralement, la
croissance des champignons est favorable à un pH neutre ou légèrement acide, le pH optimal
pour la croissance des isolats est compris entre 6 et 8 (environ 6,6 mm/jour). Les valeurs de
pH inférieures à 6 et supérieures à 9 ont conduit à une croissance mycélienne ralentie, un taux
de croissance minimum est enregistré à pH 10 (5,971 ± 1,183 mm/jour). Des observations
similaires ont été rapportés par plusieurs auteurs (Johnson, 1923 ; Brancato et Golding, 1953 ;
Agnihotri, 1964; Sarbhoy, 1965 ; Khalaf, 2012). Les milieux alcalins ne sont généralement
pas reconnue comme favorable à la croissance fongique et la sporulation. En revanche, le pH
4 a donné une moyenne maximale de sporulation (3,607 ± 3,37 .105 spores/mm2) suivi par le
pH 8 (3,482 ± 3,251 .105 spores/mm2). Pour comparer, les valeurs de pH optimales à la
sporulation variant entre 4,8 et 6,3 ont été rapportés pour différentes espèces d'Alternaria
(Mathur et Sarboy, 1977 ; Pawar et Patel, 1957 ; Gemwat et Ghosh, 1980). Dans la présente
étude, un seul pic est enregistré à pH optimal pour la croissance mycélienne, qui s’avère en
corrélation avec le comportement des champignons étudiés par Mehrotra (1964) et Sarbhoy
(1965). Cependant, deux pics sont observés en fonction de la moyenne de sporulation des
isolats, et ceux comme précédemment rapporté par Mathur et al. (1950) chez Coletotrichum
lindemuthianum.
Figure 32: Effet des différents pH sur la croissance mycélienne d’Alternaria sp. après huit
jours d’incubation.
La température est souvent considérée comme le facteur environnemental physique le plus

important pour réguler la croissance et la reproduction des champignons. La majorité des
isolats se sont bien développés à une température de 30°C (7,561 ± 0,692mm/jour), suivie par
25°C (6,999 ± 0,835 mm/jour). La croissance la plus faible est observée à 35°C (1,227 ±
0,738 mm/jour). Dans cette étude, il est clair que les températures allant de 25 à 30°C sont
optimales pour la croissance des espèces de la section alternata. Ces résultats sont en accord
107
avec les publications précédentes (Martin et Fernandez, 2006 ; Garibaldi et al., 2007 ; Pose et
al., 2009 ; Hubballi et al., 2010 ; Khalaf, 2012) qui ont rapporté que 27°C est la température
optimale pour la croissance d’A. alternata. Par ailleurs, la température optimale des espèces
de la section porri se situe entre 20°C et 25°C. Nos résultats sont en accord avec ceux de
Tong et al. (1997) qui ont noté que la température optimale de croissance d’A. solani,
pathogène des tomates, cultivé sur milieu de PSA a été de 23 à 28°C et le pH 8.6 a été jugée
optimal. De même, Stammler et al. (2014) ont rapporté que des températures basses
favorisent le développement d’A. solani et une température plus élevés celui d’A. alternata.
Sur l’ensemble des isolats testés, la température la plus appropriée pour la sporulation est de
20°C (6,798±6,46 .105 spores/mm2) suivi par 30 et 25°C. Une sporulation médiocre est
observée à 5°C (1,228±1,52 .105 spores/mm2).
Figure 33: Effet des différentes températures sur la croissance mycélienne d’Alternaria sp.
après huit jours d’incubation.
Selon plusieurs études, la croissance optimale d’A. alternata est proche de 25°C, le seuil
limite de croissance est observée à des températures de -5 à 6,5°C et près de 36 °C (Hasija,
1970 ; Domsch et al., 1980 ; Pitt et Hocking, 1997). Par contre, Gravesen et al. (1994) ont
rapporté que la croissance fongique se limite à des températures de 2°C minimum, de 32°C
maximum, et que la température optimale se situe entre 25 et 28°C. L'aw minimale pour la
croissance à 25°C est de 0,88 (Hocking et al., 1994). La croissance optimale des Alternaria à
petites spores se situe à un pH de 4 à 5,4, et la gamme de pH pour la croissance est de 2,7 à
8,0 (Hasija, 1970).
108
Alternaria sp. sur différentes températures et pH.
6. Analyse globale de la variabilité culturale et physiologique des isolats
Les résultats combinés du taux de croissance à différentes températures, la morphologie des

colonies, les critères physico-chimiques s’avèrent utile dans la caractérisation et la
différenciation des Alternaria spp. lorsque les conditions standardisées sont appliquées sur
des isolats utilisés pour une étude comparative (Guiraud, 2003 ; Andersen et al., 2005). Nous
avons donc procédé à une analyse globale des données obtenues à partir des 36 isolats
sélectionnés. Le dendrogramme représenté dans la figure (35) est composé de 66 descripteurs.
Les souches sont classées en deux principaux groupes (I et II). Le groupe I inclue les quatre
isolats de la section porri. Le groupe II contient les isolats de la section alternata dont une
souche A. arborescens et 14 souches d’A. alternata et 17 A. tenuissima. Le groupe I est
subdivisé en deux sous-groupes ; la souche A. tomatophila (AT1) dans le sous-groupe (Ia) et
deux souches d’A. solani (AS1 et AS2) ainsi qu’une souche d’A. tomatophila (AT2) dans le
sous-groupe (Ib). De même, le groupe II est divisé en deux sous-groupes (IIa et IIb) et le
109
groupe IIa subdivisé en deux sous-groupes ; le premier sous-groupe contient à lui seul la
souche d’A. arborescens (A23) et le deuxième groupe (IIb) est subdivisé en deux sous-
groupes incluant les souches ayant un mode de sporulation typique des espèces A. alternata et
A. tenuissima regroupés dans différents clusters. Le sous-groupe IIb inclut deux souches d’A.
alternata et deux souches d’A. tenuissima. Cette étude a montré une discrimination claire et
nette entre les espèces de la section alternata et ceux de la section porri ayant une distance de
similarité supérieure à celle observée entre les espèces appartenant à la même section.
Plusieurs travaux ont signalé la variabilité culturale, morphologique et pathogène parmi les
isolats d'Alternaria spp. (Singh et al., 2003 ; Slavov et al., 2004 ; Tetarwal et al., 2008 ; Sofi
et al., 2013). Rotem (1994) a affirmé que la variabilité des caractères culturaux (couleur, la
croissance et la sporulation) permet d'identifier presque autant de critères que le nombre
d'isolats testés ce qui explique la diversité observée dans les caractères phénotypiques chez les
isolats à petites spores, attribuée notamment aux espèces A. alternata et A. tenuissima, cela
pourrai refléter diverses conditions environnementales dans les régions où ces isolats sont
collectés. Toutefois, aucun regroupement géographique n’est obtenu, tous les groupes et sous-
groupes contiennent des isolats de différentes régions ayant des conditions agro-climatiques
presque similaires.
Figure 35: Dendrogramme représentant l'analyse statistique à partir des caractères

morphologiques, culturaux et physiologiques de 32 souches à petite spores et 4 souches à
grosses spores.
110
III. Identification moléculaire des souches
À la suite de notre étude, nous avons extrait l’ADN de 166 isolats identifiés au préalable par
leurs caractéristiques morphologiques à partir desquelles les régions de l’espaseur interne
transcrit (ITS) sont amplifiées par PCR avec amorces universelles ITS1 et ITS4.
1. Séquençage des régions ITS
L’analyse phylogénétique des séquences nucléotidiques obtenue à partir de 96 souches a

divisé l’ensemble des isolats en deux grands groupes ; Le premier groupe est composé des
isolats de Stemphylium sp. et de Bipolaris sp. Les isolats d’Alternaria à grosses et petites
spores ont formé un groupe appart avec les souches d’Ulocladium sp. (Figure 36). Selon les
résultats, les souches d’Alternaria étudiées sont également divisées en deux grands groupes.
Le premier groupe inclue deux sous-groupes ; les isolats à grosses spores sont classés dans un
sous-groupe distinct, comprenant les souches d’A. solani et A. tomatophila, la structure du
génome de ces deux espèces étroitement liées montrant 100 % d'homologie avec les
séquences des souches de référence n’a pas permis de les différencier les unes des autres.
Exceptionnellement, le deuxième sous-groupe comprend les souches identifiées comme
Ulocladium sp., celles-ci ayant des séquences identiques à la séquence de référence
d’Alternaria consortialis, ces espèces possèdent une distance génétique de 0.97% avec les
espèces de la section porri et de 0.82 % avec les espèces de la section alternata.
Le second groupe comprend les isolats à petites spores à savoir A. alternata, A. tenuissima et
A. arborescens qui ne diffèrent pas dans la structure de leur génome et, par conséquent, ont
montré une homologie de 100% avec les séquences de référence prises à partir de la Genbank.
L’analyse de la séquence d'ADN des souches de la section alternata a montré qu'ils
possédaient une séquence peu différente de la section porri, correspondant à une valeur de
distance génétique de 0,77 % comme illustré sur la figure 36.
Les données de séquences de nucléotidiques ITS des isolats de Stemphylium sp. (230) et
Stemphylium solani (231 et 260) montrent que les deux espèces possèdent des données de
séquence presque identiques avec une distance génétique de 0.66% avec lesquels la souche
Bipolaris sp. (291) est classée, ce qui implique que la région ADN de cette espèce est proche
de celle du genre Stemphylium.
Cette étude nous a permis dans un premier temps de confirmer l’identification des groupes
d’espèces à petites et grosses spores et ainsi que celle des champignons appartenant aux autres
111
genres. L'arbre phylogénétique construit sur la base de la région ITS est très résolu et
compatible avec la taxonomie morphologique numérique (Wang et al., 2001) et d'une
classification traditionnelle, à l'exception de l'ambiguïté d’Ulocladium sp. dont les spores sont
ovoïdes dépourvues de bec (Simmons, 1967) avec le groupe des espèces Alternaria et dont les
séquences sont identiques à la séquence de référence d’A. consortialis. Ce résultat confirme la
suggestion de Pryor et Gilbertson (2000) à placer U. botrytis, U. atrum, et U. chartarum dans
Alternaria. Récemment Ulocladium a été reconnu comme appartenant au genre Alternaria à
la section Ulocladioides par Woudenberg et al. (2013). Dans cette étude, les espèces
Alternaria sont divisées en deux grands groupes et confirment d’une part le dendrogramme
obtenu dans l’étude précédente ainsi que l’analyse des ITS par Chou et Wu (2002) et les
conclusions tirées de profils de RFLP ADNr par Kusaba & Tsuge (1994), de l'analyse par
RAPD-PCR de Cooke et al. (1998) et Weir et al. (1998).
112
Section porri
Section Ulocladioides
Section alternata
113
Figure 36: Dendrogramme représentant l'analyse phylogénétique des Alternaria sp. comparés
aux séquences référencées et genres apparentés à partir des données de séquences ITS des
régions combinées des gènes ribosomiques.
2. Séquençage des régions codant pour les facteurs d’élongation
La différenciation d’A. tomatophila et A. solani n’étant pas possible de façon ambigüe en

utilisant la région ITS comme séquence cible nous a conduit à effectuer une autre analyse afin
de différencier ces deux espèces étroitement liées, et ce en utilisant le gène codant pour les
facteurs d’élongation (EF-1α). Les séquences nucléotidiques établies à partir des espèces
d’Alternaria à grosses spores sont alignées par le logiciel Clustal W avec les séquences
référencées dans les banques de données moléculaires, qui a permis de définir les variations
entre ces espèces. La séquence d’A. tomatophila diffère de celle d’A. solani par une seule
substitution de la thymidine avec la cytosine qui est assez suffisante pour une discrimination
entre et les trois souches représentant des séquences identiques à celles des souches de
références (Figure 37). Des résultats similaires ont été obtenus par Boedo et al. (2012) par
l’alignement des séquences du gène (EF-1α) d’A. dauci avec les séquences référencées d’A.
tomatophila et A. solani.
Figure 37: Alignements des séquences du gène de facteur d'élongation (EF-1α) d’A. solani
(242 et 250) et A. tomatophila (211) et polymorphisme entre les deux espèces est marqué dans
la case. Séquences des souches de références A. tomatophila, A. grandis et A. solani.
114
A. B.
Figure 38: Amplification des ADN extraits à partir des souches Alternaria sp. avant
séquençage. Piste 1 : témoin CBS102605 (A. arborescens) ; Piste 2: souche 250 (A. solani);
piste 3 : souche 211; piste 4: souche 242 ; piste 5: souche 292. A. Amplification avec les
amorces universelles ITS1/4; B. Amplification avec les amorces facteur d’élongation (EF1-
728F /986R).
3. Utilisation des amorces spécifiques
Afin de compléter notre identification sur l’ensemble des 96 isolats restants, nous avons
utilisé les amorces spécifiques à chaque espèce et groupe d’espèces représentées dans le
tableau 10. La qualité des ADN extraits à partir de ces isolats est d’abord vérifiée par les
amorces ITS1/4 (figure 38 A). Les signaux obtenus avec les amorces (OAtF4/ OAtR2) dont la
longueur est égale à 438pb, nous ont permis de confirmer l’identification de 74 souches d’A.
tomatophila, un signal de 164pb est révélé pour neuf souches d’A. solani amplifiées avec le
couple d’amorces OAsF7/ OAsR6 (figure 39). Il semble que la majorité des souches à grosses
spores étudiées, isolées à partir de plants de tomates, représentent plutôt A. tomatophila qu’A.
solani (il est également confirmé par les résultats des diagnostics morphologiques), bien que
cette hypothèse contredit l'opinion de Simmons (2007), qui a noté l'absence d’A. solani sur les
plants de tomates.
Treize souches sont identifiées par le couple d’amorces AAF2/R3 spécifique aux espèces du
groupe alternata (isolats à petites spores) avec un signal de 341pb semblable à la souche de
référence 5983. Parmi ces souches un amplicon d’environ 200pb est obtenu par deux isolats
appartenant à l’espèce A. arborescens identique à celui la souche de référence CBS102605
amplifié par les amorces DeHF/E8T7 (Figure 40). Les gènes qui codent pour la production de
toxines ont à plusieurs reprises servis de cibles potentielles pour la détection de certains
pathogènes. Ainsi en ce qui concerne les champignons du genre Alternaria, l’identification
115
par PCR d’A. alternata pathotype arborescens a été possible avec des amorces spécifiques
définies à partir du gène ALT1 qui code pour la production d’une toxine HST, la toxine AAL.
Ce test a permis de différencier ce pathogène d’autres pathotypes d’A. alternata (Egusa et al.,
2009).
A. B. C.
Figure 39: Profils des gels des produits PCR des espèces d’Alternaria à grosses spores. A.
Amplification avec les amorces universelles ITS1/ ITS4, B. Amplification avec les amorces
spécifiques à A. tomatophila (OAtF4/ OAtR2) et C. Amplification avec les amorces
spécifiques à A. solani (OAsF7/ OAsR6) ; piste 1 : souche 266, piste 2 : souche 261, piste 3 :
souche 264, piste 4 : souche 250, piste 5 : souche 260 et piste 6 : souche 262. M= Marqueur
de taille.
A. B. C.
Figure 40: Identification des Alternaria à petites spores. Piste 1 : témoin CBS102605 (A.
arborescens) ; Piste 2: témoin souche 5983 (A. alternata); piste 3 : souche 65; piste 4: souche
282 ; piste 5: souche 164. A. Amplification avec les amorces universelles ITS1/4; B.
Amplification avec les amorces spécifiques du groupe d’espèces A. alternata (AAF2/R3); C.
Amplification avec les amorces spécifiques à A. arborescens (DeHF/E8T7). M= marqueur de
taille (A et B=0.2-10kpb ; C=0.08-10Kpb).
116
IV. Test du pouvoir pathogène
1. Test sur feuilles détachées
Dans les champs, les espèces de la section A. alternata sont présentes en concentrations
élevées, c’est pourquoi elles sont souvent trouvées dans les lésions et jugées comme étant la
cause de la maladie, ce qui nous a laissé supposer que ces lésions sont dues à des dommages
physiologiques. Pour cela nous avons appliqué les postulats de Koch, différents inoculations
sont effectuées sur folioles de tomate détachées, saines et blessées, var. Saint Pierre.
Après huit jours d’incubation à 25°C, des pourcentages élevés de nécroses sont enregistrés sur
les folioles blessées inoculées avec fragments mycéliens et suspensions de spores par rapport
aux folioles sans blessures (Figures 41 et 42). Les résultats montrent que les souches (A2,
A12, A13, A16, A19, A26, A30 et A31) d’A. alternata et A. tenuissima (A1, A4, A6, A8, A9,
A17 et A18) ont provoqué des symptômes relativement faibles sur les folioles saines qui
semblent parfois presque comme les témoins non traités, ces souches faiblement pathogènes
ont eu une capacité à développer des nécroses sur les folioles blessées en raison de l'accès
facile aux cellules cibles ce qui confirme leur rôle de parasite de faiblesse. Ces derniers sont
donc capables de coloniser seulement les tissus affaiblis tel que les feuilles âgées et les lésions
sur fruits mûrs (blackmold) ou les tissus blessés par des coups de soleil, ou encore la
fissuration des feuilles par le vent. Tous ces facteurs facilitent l'entrée aux tissus et
provoquent des infections opportunistes (Cassol et Sainte-Claire, 1994, Manjunath et al.,
2010). En effet, l’entrée de l'agent pathogène dans les tissus peut être un processus actif, les
infections opportunistes peuvent également survenir aux blessures car de nombreuses variétés
de Lycopersicum esculentum sont résistantes à cette forme saprophyte.
117
Figure 41 : Effet des inoculations à partir des 32 isolats de la section alternata avec
fragments mycéliens et effet de la blessure des folioles sur la taille des lésions. Les isolats A.
arborescence, A. alternata et A. tenuissima (A23, A32 et A28) provoquent des lésions sur les
folioles blessées et non blessées, montrant leur rôle d'agents pathogènes. Les isolats A.
alternata (A32) et A. tenuissima (A28) ne montrent pas de différences significatives par
rapport aux folioles blessées.
Figure 42. Inoculations à partir des suspensions de spores des 32 isolats de la section
alternata et effet de la blessure de folioles sur la taille de la lésion. Les souches virulentes
provoquent des lésions sur les folioles blessées et non blessées confirmant leur pathogénicité.
Les tests de pathogénicité réalisés en chambre de culture par l'inoculation des folioles saines
avec des suspensions de conidies et implants mycéliens ont donné des résultats presque
118
similaires pour la majorité des isolats. La capacité des isolats à produire des lésions à partir du
point d'inoculation diffère. Les spores des quinze isolats faiblement pathogènes ont germé sur
la surface de folioles sans blessure inoculées avec les suspensions de conidies, mais n’ont pas
réussi à provoquer de grandes nécroses. Cependant, les dix-sept isolats ont une capacité
relativement forte à produire des infections sur des folioles saines et blessées, incluant sept
isolats de l’espèce A. alternata (A10, A11, A15 et A21, A24 et A32), neuf isolats d’A.
tenuissima (A3, A5, A7, A14, A20, A22, A25, A27, A28 et A29) et un isolat d’A.
arborescens A23. Le groupement non hiérarchique des isolats selon leur virulence les a
divisés en deux principaux groupes (Tableau 19). Les isolats du groupe 1 ont une virulence
moyenne inférieure à 45%, tandis que ceux du groupe 2 ont des moyennes de virulence
supérieure ou égale à 45%. Les lésions sont apparues sur les folioles saines inoculées avec A.
arborescens (isolat A23) par les deux méthodes (Figures 41 et 42), avec une incidence
maximale de la maladie de 83,45 ± 9,51% suivi par l’isolat A7 (80,57 ± 5,18%) et l’isolat
A32 (79,16 ± 12,44%) tandis que l’isolat A28 a enregistré 70,69 ± 14,96%. Une incidence
minimale de la maladie est enregistrée avec l'isolat A6 (12,67 ± 0,93%).
D’autre part et en comparaison entre les deux types d’inoculation, il est conclu que le type
d’inoculation des folioles de tomate n'affecte pas la capacité du champignon à l'origine des
lésions. Cependant, la taille des lésions a légèrement augmenté chez la majorité ses souches à
partir des inoculations avec disques mycéliens (Figure 43), qui contiennent moins de spores
(environ 10.000 spores/ml), mais de grandes quantités de mycélium par rapport aux folioles
inoculées avec les suspensions de spores sur lesquelles les lésions sont plus petites, ce qui
souligne l'importance du mycélium et des spores à la fois dans l’induction de la maladie.
119
Figure 43: Test de pathogénicité des isolats de la section alternata sur folioles de tomates
détachées inoculées par fragments mycéliens après huit jours d’incubation à 25°C.
Les tests de pathogénicité ont montré une variation dans la virulence des différents isolats
testés. Compte tenu de l'abondance des spores aériennes, les infections actives et
opportunistes pourraient entraîner des lésions étant composés de mélanges génétiques. Le
pathotype A. alternata f. sp. lycopersici, Syn. A. arborescens décrit par Simmons (1999),
induit des nécroses sur feuilles et des chancres brun foncé sur les tiges souvent mortels suivis
par un flétrissement des variétés sensibles de tomates par l'action des AAL-toxines
spécifiques à l'hôte (Grogan et al., 1975 ; Weir et al., 1998 ; Mesbah et al., 2000). En outre,
de nombreuses espèces d’A. alternata et A. tenuissima produisent des toxines spécifiques
(THS) qui sont des facteurs de virulence essentiels déterminant leur gamme d'hôtes (Nutsugah
et al., 1994 ; Kohmoto et al., 1995), les plantes répondent par dépôt de lignine sur la paroi
cellulaire des cellules infectées (Von ramma, 1962) afin de limiter la propagation du
pathogène.
120
Tableau 19: Classement non hiérarchique des isolats de la section alternata en deux groupes
en fonction de leur virulence sur folioles de tomate détachées.
Zones Isolats
Groupe1 Groupe2
AinTemouchent A1, A12 A3, A14, A28
Mascara A13, A17, A18, A19 A15, A20, A24
Mostaganem A4, A6, A8, A9, A16, A7, A10, A11, A22,
A30 A23, A25, A27
Oran A26 A21
Relizane A31 A32
Sidi Bel Abbes A29, A5
Tlemcen A2
Groupe 1 est le moins virulent (moyennes < 45%) et le groupe 2 est le plus virulent
(moyennes ≥ 45%).
D’autres études sont nécessaires pour étudier un grand nombre d’isolats des espèces à petites
spores de notre collection sur la base de leur pouvoir pathogène afin de vérifier s’ils peuvent
également être considérés comme des producteurs potentiels de TSH.
2. Test sur plantules de tomates
2.1 Réaction variétale
Cette étude a fait l’objet d’une publication (annexe 1) qui consiste à évaluer 86 souches de la
section alternata incluant ; 58 souches d’A. tenuissima, 27 souches d’A. alternata et une
souche d’A. arborescens, et ce afin de confirmer si les espèces à petits spores présentent une
différence de virulence. Les plantules de tomate âgées de quatre semaines var. Saint-
Pierre, tomate cerise et Rio Grande, inoculées avec les suspensions de spores ont présenté des
symptômes sur les feuilles avec différents niveaux d'agressivité. Les données sont présentées
dans les tableaux (20 et 21) représentent l’incidence de la maladie et l’aire sous la courbe de
progression de la maladie (AUDPC) qui varient parmi les isolats et les variétés de tomates.
Les plantules témoins pulvérisées avec de l'eau distillée stérile n’ont présenté aucun
symptôme après 21 jours post inoculation.
Tableau 20: incidence de la maladie en pourcentage et AUDPC des souches A. alternata et

A. arborescens sur les variétés de tomates évaluées sous serre.
121
a
S. Incidence de la maladie
No Saint Pierre Tomate cerise Rio Grande Moy
% % % AUDP % % % AUDP % % % AUDP . 21
moy. 7 moy. moy. C moy. moy. moy. C moy. moy. moy. C JPI
JPI 14 JPI 21 JPI 7 JPI 14 JPI 21 JPI 7 JPI 14 21 JPI
JPI
8 5 12,5 43 365 3 12 79,1 533 6,5 11,5 49 401 4
32 4,5 10,5 13,5 209 1 8,5 22,5 217 5 11 24 273 3
42 13,5 24 52 605 0,5 1 1,5 40 30 49 70 1025 4
57 25 30,5 75 871 4,5 11,5 26,65 294 8 29 52,5 589 4
65 23 44 49 829 3,5 17,5 85 610 43,5 48,5 63,15 1080 5
69 4 11 12 211 3 9,5 19,15 227 6 12 31,5 331 3
71 2,5 13 52 423 3,33 5 12,5 135 6,5 15 25 319 3
77 2,5 14 46,5 394 3,55 16,55 55 473 4,5 16 49 435 4
79 7,5 14,5 31 356 1 3,5 24,15 170 2 2,5 6,5 78 3
84 3,5 10 19 220 7,5 23 24 410 5,5 23 72 617 3
85 6 13,5 49 417 1 1,66 3,33 50 2,5 17 47 408 3
91 9,5 29 61 657 6,66 16,5 60 496 2 4,5 12 110 4
97 2 2,5 5 70 0,5 2 2,5 52 3,5 6,55 24,5 205 2
100 6 20,5 52 502 1,66 3 5 70 6,55 18,5 86 642 4
105 3,5 15,5 32 343 2,5 4 17,5 146 0,5 3 3,55 50 2
107 5 20 60,55 529 2,5 15 37 349 7,5 31 43 558 4
129 17 61 69 1051 7,05 12,5 24 299 5 18,5 66 515 4
131 4,5 12 30 302 2 4,55 19,5 169 0 0,5 1,5 250 2
135 7,5 23,5 65 604 2,5 8,5 21,66 222 20 21,5 32 492 3
141 8,5 15,5 32 371 8 9 10,5 199 21 32 41,55 666 3
143 8,5 13 18,5 282 7 16 18,75 301 3 18,5 25,5 313 3
156 12,55 25 90 778 5 33 82 754 8 17 46 424 5
161 2 13,55 87 566 0 2,5 9,5 81 2 10 81 465 4
165 5,5 11,5 16,5 232 4,55 17,5 27,5 340 6,55 40 59,5 707 3
167 3 12,55 35 325 2 6 17 172 4,5 16 23 308 3
168 4 6,5 32,55 259 2 9 15 174 6 21 46,55 466 3
194 1 5 15 148 12 16 27,5 384 10 21 59 569 3
229 2,5 16 53,55 502 5,45 13,5 20 314 14 27 30 579 3
a
indice de maladie des moyennes à 21 jours post-inoculation des trois variétés évaluées sur
une échelle de 0-5.
Des différences de l'aire sous la courbe de progression de la maladie (AUDPC) sont

enregistrées sur les variétés de tomates. La moyenne de l’AUDPC pour la variété Saint Pierre
est de 413,72 ± 286,05. Des différences similaires dans la variété Rio Grande sont trouvées
avec AUDPC moyenne de 390,48 ± 253,24. Cependant, la tomate cerise s’est révélée
résistante avec une moyenne de 227,18 ± 166,10. La sensibilité de la variété Saint Pierre à la
brulure foliaire est considérable, nos résultats sont en accord avec ceux de Fontem (1993), qui
a également noté que des variétés de tomates comme Saint Pierre, Heinz 1370 et Marmande
ont été touchés par de graves symptômes d’alternariose sur les cultures en plein champs.
Fontem (2003) a rapporté que Rio Grande est parmi les variétés de tomates les moins
sensibles à la brûlure foliaire par rapport à dix autres variétés de tomates, ce qui est en
contradiction avec nos résultats.
122
Tableau 21: incidence de la maladie en pourcentage et AUDPC des souches A. tenuissima

sur les variétés de tomates évaluées sous serre.
a
S. Incidence de la maladie
No Saint Pierre Tomate cerise Rio Grande Moy.
% % % AUDPC % % % AUDPC % % % AUDPC 21
moy. moy. moy. moy. moy. moy. moy. moy. moy. JPI
7JPI 14 JPI 21 JPI 7 JPI 14 JPI 21 JPI 7 JPI 14 JPI 21 JPI
1 15 50 69 954 5 16 36 380 14,5 23 35 479 4
11 8 23,5 52 556 4,5 5 16,66 164 3 6 26 206 3
20 2,5 8,5 22 221 3,5 11 26,66 282 5 16,5 49 456 3
24 5 27 29 460 1,65 3 7,5 81 3,5 8 16 192 2
28 0,5 1,5 4,5 55 2 2 20 141 4 11 20,5 243 2
30 3,5 11,5 21 288 2 3 6,66 93 1,5 2,5 3,5 78 2
36 7,5 10 32 309 4 20 35,5 385 5,5 20,5 34,4 407 3
38 5 15 61 480 4 18,5 53,33 473 8,5 27 55 578 4
41 12,5 44,5 67 842 3,33 6 12,5 135 7,5 14 32 315 2
45 15 22,5 86 711 14,5 28 33 529 27 47 92 1059 5
46 4,5 12 30 300 1 3 38,33 218 3 15 49 410 3
47 4,5 13 22,5 275 1 2 2,95 58 8,5 25 40,5 486 3
49 3 4,5 28,5 223 0,5 1 3,33 48 2 4,55 6,5 95 2
51 4 9,5 14 203 1,5 2 2,9 60 0 1 3 37 2
52 2 9 18 195 1,25 5,5 12,5 130 4,5 7,5 12 162 2
54 6 12 13,5 225 2,5 11 26,6 253 7 13,5 29,05 322 3
55 2 7,5 15 172 1,5 2,5 3,75 69 1,5 3,33 13 118 2
56 7 10 20,5 272 0,5 1 1,5 40 12,5 22,5 34,5 481 2
58 2,5 3 6 89 4,5 17,5 21,65 309 2,5 6 9 129 2
59 1,55 2,45 5 71 4,5 16 41,66 410 1,55 9,55 20 214 2
60 4 9 11,5 164 3,5 15 70 521 4,5 10 35 318 3
70 1,5 2 3 54 2 3,5 5 71 2,5 9,5 24,5 225 2
72 23,5 47 63 955 3,5 6 9,15 133 0 0,5 1 13 3
73 1 2 8,5 73 0,55 1 5,88 56 1 1,5 6 61 2
75 13 27,5 54 498 2,5 6 15 320 4,5 9,5 15 560 3
81 4,5 29,5 38 512 6 13,33 59,5 465 3,5 4,5 12 124 3
82 3,5 8 29 258 1 2 2,95 56 2 3,5 10 92 2
83 1 4,5 23,5 158 0 0,55 1 20 0,55 2 4,55 51 2
86 4 15 38,5 393 2,95 6,5 10 156 8 12,5 32 350 3
87 2,5 4 8 85 2,95 7,5 19,15 163 7 11,5 24 361 2
89 9,5 20 41 486 3 9,5 35 299 6 14,5 33 357 3
98 24,5 50 86 1066 3 12,5 40 336 7,5 26,5 67 110 5
99 2,5 27,55 46 527 3,5 7 12,5 161 30 41 55 608 3
102 3,5 6 13,55 162 1 1,5 4,55 66 8,5 35 66 898 3
104 4 6,5 15 178 2 4,5 10 108 2 17 42 723 3
109 4,5 12,5 46 404 0,5 2,5 3,33 56 1 2,5 9 390 2
120 11 31 54 659 1,66 4,5 10 123 21 30 58 88 4
121 8 12 16 255 2 9,5 21,65 228 9 21 58 726 3
126 2,5 23 47,5 485 1,5 2,5 4 63 1,5 20 27 557 3
130 1,5 3 10 118 1 2,95 5 87 4 8,5 9 347 2
132 0 1 3 35 3 7,5 34,5 265 2,5 10 12 181 2
137 2 3 6 79 0 0 0,5 9 21 37 64 178 3
138 4,5 10,5 19 222 1 2,5 5 66 4,5 12,5 26 859 2
139 7 13 15 248 1,55 3,5 7,55 96 12 17 21 286 2
140 20 30,5 41,25 650 2,5 3,5 5 79 7,5 21 46 358 3
142 7,5 12 16,55 257 1,25 14,55 52,6 408 16,5 25,5 29 489 3
150 9 21 72 580 2,5 12 29,15 251 5 23,55 92 507 5
151 16 52 63 926 7 14,5 55 454 6 28 44 631 4
153 5 11,5 53 480 1,5 4,5 10,88 139 4 6,5 10,5 503 3
155 8 18,5 54,5 522 6 14,5 27,5 321 3 7,5 13 176 3
157 14 32 86,66 852 2 3,5 9,15 101 4 15 27 143 4
164 35,5 63 96 1544 9,5 17 59 600 23 33 69 293 5
174 4,5 16 21,55 305 2,5 6,5 17,99 186 2,5 5 12,5 934 2
123
D’autre part, Stancheva et Stamova (1991) ont rapporté que les variétés de tomates Triomph
et Emona ont montré une résistance des tiges, plus efficace que la résistance de la feuille à
l’alternariose en comparaison avec les variétés Man Lucie et Novinka Pridnestrov'ya. Aussi,
Foolad et Ntahimpera (2000) ont évalué vingt-neuf génotypes de tomate sur terrain, sous serre
et en chambre de culture (cultivars, lignées, et plantes introduites), représentant trois espèces
de Lycopersicon sélectionnées pour leur résistance à la brûlure foliaire causée par A. solani.
Leurs résultats démontrent des différences significatives entre les génotypes dans leur réponse
à l'infection avec A. solani.
En comparaison entre les différentes souches d’A. alternata testées (Tableau 20) selon
l’indice de maladie (cf. l’échelle présentée dans le chapitre 2), l'incidence maximale de la
maladie est enregistrée avec l'isolat 165 avec 90% sur Saint Pierre, 82% sur la tomate cerise,
46% sur Rio Grande et qui figure dans la catégorie '5', suivie par l’isolat 161 qui a enregistré
un taux de 87% sur la Saint Pierre, 9,7% sur la tomate cerise et 81 % sur la Rio Grande, qui
est classé dans la catégorie '4 '. L’isolat 97 a enregistré une l'incidence minimale de 5% sur
Saint-Pierre, 2,5% sur la tomate cerise, 24% sur Rio Grande qui est classé dans la catégorie
‘2’. Cependant, la souche 164 a une incidence maximale de la maladie parmi les isolats de
l’espèce A. tenuissima avec un taux de 96% sur la Saint-Pierre, 59% sur la tomate cerise et
69% sur la Rio Grande, suivie par la souche 45 qui a enregistré un taux de 86 % sur la Saint-
Pierre, 33 % chez la tomate cerise et 92% chez la Rio Grande, les deux souches sont classées
dans la catégorie ‘5’. L'incidence minimale de la maladie est enregistrée avec la souche d’A.
tenuissima 51 avec une taux de 14% sur la Saint Pierre, de 2,9% sur la tomate cerise et 3% sur
la Rio Grande. Alors que le seul isolat A. arborescens (65) est classé dans le groupe '5 ' avec
une forte incidence de la maladie sur les trois variétés de tomates ; la Saint Pierre (49%), la
tomate cerise (85%) et la Rio Grande avec un taux 63,15%. En définitif, selon une
comparaison globale entre l’ensemble des isolats testés, la souche d’A. tenuissima 164 est la
plus virulente avec la moyenne élevée de l’aire sous la courbe de progression de la maladie
(AUDPC) de 1026 ± 478,67 suivie par la souche A. arborescens 65 avec une moyenne de
839,66 ± 235,18.
L’indice moyen de nécrose est calculé pour chaque couple pathogène - variété testée présenté
dans les tableaux (20 et 21). Ces résultats montrent que 3,17% des isolats d’A. alternata sont
124
en catégorie '5' (lésions sur plus de 60% des sites inoculés) et 32,14% des souches sont
classées dans la catégorie '4'. La moitié des isolats (50%) sont dans la catégorie ‘3’ et 7,14%
des isolats dans la catégorie ‘2’. Les données indiquent une différence dans degré de virulence
des souches d’A. tenuissima parmi lesquelles 7,54% sont en catégorie '5' et 9,43% sont
regroupés dans la catégorie '4'. Les souches faiblement virulentes et non virulentes sont
classées dans les catégories '3 'et '2' incluant un grand nombre d'isolats estimé à 41,5 %.
L’isolat d’A. arborescens (65) a induit un degré élevé de maladie sur les variétéa utilisées ce
qui conclut l’action de la toxine AAL dûment impliquée dans la pathogenèse. Cependant,
selon le (tableau 20), parmi les 27 souches d’A. alternata 40,74 % des souches sont classées
comme virulentes avec des symptômes de brûlure aigüe. 62,96 % de celles-ci n'a pas conduit
à des niveaux d'infection élevés, tandis que parmi 53 isolats d’A. tenuissima seulement
16,98% des isolats sont capables de produire des symptômes sévères et une majorité de
83,01% sont faiblement virulentes dans les différentes conditions testées. Les souches 156 et
164 ont montré une grande capacité à produire des lésions. La virulence des Alternaria à
petites spores qui produisent des toxines spécifiques à l'hôte est probablement due à la forte
pression de sélection issue de l'agriculture moderne utilisant des génotypes sensibles
nouvellement développés, conduisant à une augmentation rapide de cette population par
rapport à celles des Alternaria spp. à petites spores moins virulentes (Chou et Wu, 2002).
Nous pensons que cette théorie est justifiée.
Par ailleurs, d’autres espèces d'Alternaria à grosses spores, comme A. solani et A. tomatophila
envahissent les feuilles, les tiges et les fruits verts et jouent un rôle important dans la brûlure
foliaire des Solanacées en Algérie. Ce qui fera l’objet de l’étude suivante.
2.2.2. Symptomatologie
Les différences dans l'expression des symptômes sont observées ; en effet les nécroses
foliaires développées sont plus ou moins étendues (Figure 44), elles sont circulaires de
couleur foncé à brune claire, se produisent seules ou en grand nombre sur les feuilles,
principalement ≥ à 5 mm de diamètre dans la première semaine post-inoculation. Les feuilles
atteintes virent au jaune, puis au brun et tombent. Les feuilles plus âgées sont généralement
touchées avant que la maladie ne s’étende aux feuilles supérieures et tiges. Des observations
similaires sont reportées par Kumar et Srivastava (2013). En premier lieu, les feuilles
semblaient saines, les lésions sont visibles, que lorsque les feuilles sont moins exposées à la
125
source de lumière. Les variations périodiques de la taille, la forme et la couleur des lésions
sont également observées et les résultats sont résumés dans le tableau 22.
La progression des lésions est lente au début, mais dans la troisième semaine post
l'inoculation, les lésions deviennent de plus en plus apparentes, la taille maximale enregistrée
est de 10,4 mm. Les taches sont de couleur foncé à brunes de même aspect que les infections
naturelles en plein champs. L’apparition fréquente de petites nécroses avec un halo jaune
autour conduisant parfois à une nécrose étendue entourée d’un jaunissement observé sur les
feuilles atteintes, qui est supposées due aux toxines produites par l'agent pathogène (Nutsugah
et al., 1994). Les observations du développement périodique de la maladie sont plus ou moins
identiques à ceux décrits par Stammler et al. (2014).
L’inoculation des variétés de tomates avec les espèces à petites de spores a provoqué des
symptômes presque similaires pour chaque groupe d’isolat. Des nécroses brunes avec un halo
jaune sont observées chez les souches d’A. tenuissima (45, 46, 59, 99, 120, 142 et 155). Des
symptômes de brûlure se traduisant par des nécroses diffuses brunes avec un halo jaune ou
des taches foncées suivies par un jaunissement des feuilles basales jaunes étaient très
distinctifs sur les isolats d’A. alternata (85, 131, 156 et 167). Des nécroses brunes
développées sur les bordures des feuilles avec ou sans halo jaune suivi d’un jaunissement des
feuilles sont aussi observées sur les plantules inoculées avec les isolats 42, 168 et 229 d’A.
tenuissima et les isolats d’A. alternata (56, 82 et 132), alors que des lésions brunes en
bordures des feuilles étaient présentes sur les plantes inoculées avec 14 souches d’A.
tenuissima (11, 20, 30, 41, 42, 81, 83, 87, 89, 138, 140, 150, 151 et 153) et 7 souches d’A.
alternata (8, 57, 69, 79, 97, 135 et 141) ayant des symptôme typique comme ceux observés
sur les feuilles naturellement infectées. Toutefois, des petites taches brunes sont observées
uniquement chez des souches d’A. tenuissima moins virulentes (1, 51 et 70) avec un diamètre
de lésion constant. La souche A. arborescens 65 a induit des nécroses de couleur foncée avec
un halo jaune sur les feuilles et chancres brun foncé sur les tiges et aux niveaux des collets sur
les trois variétés de tomates (figure 45.B), probablement par l'action de la toxine AAL.
126
Tableau 22: Effet des isolats à petites spores sur le développement des symptômes sur les
plantules de tomates cultivées sous serre.
Taille Taille
S. Symptôme Symptôme
Espèces a des S. No Espèces a des
No
lésions b lésions b
1 A. tenuissima 5 - 89 A. tenuissima 2 +
8 A. alternata 2 + 91 A. tenuissima 3 +
11 A. tenuissima 2 + 97 A. alternata 2 -
20 A. tenuissima 2 + 98 A. tenuissima 3 +
30 A. tenuissima 2 - 102 A. tenuissima 3 -
38 A. tenuissima 3 + 107 A. alternata 3 +
51 A. tenuissima 6 - 131 A. alternata 7 +
58 A. tenuissima 5 + 140 A. tenuissima 2 -
60 A. tenuissima 5 + 142 A. tenuissima 1 -
65 A. arborescens 5 + 143 A. alternata 4 +
77 A. alternata 5 + 161 A. alternata 4 +
85 A. alternata 7 + 194 A. alternata 4 -
87 A. tenuissima 2 +
a
Symptômes: nécrose brune avec halo jaune = 1; Nécrose brune sur les bordures de feuilles =
2; Nécrose brune avec ou sans halo jaune; jaunissement des feuilles basales = 3; Nécrose
brune; jaunissement des feuilles basales = 4; nécrose brune à foncée avec ou sans halo jaune =
5; Taches sombres = 6; jaunissement des feuilles basales, nécrose brune diffuse avec un halo
127
jaune ou des taches sombres = 7; Nécrose brune sur les bordures des feuilles avec ou sans
halo jaune; jaunissement des feuilles atteintes= 8. b Diamètre des lésions : progression (+) ou
constant (-) entre 7 et 21 jours après l'inoculation.
A B C D
E F G H
Figure 44: Symptômes observés après 21 jours post-inoculation avec les isolats de la section
alternata. A : nécrose brune avec halo jaune ; B : Nécrose brune sur les bordures de feuilles;
C : Nécrose brune avec ou sans halo jaune; jaunissement des feuilles basales; D : Nécrose
brune; jaunissement des feuilles basales; E : nécrose brune à foncée avec ou sans halo jaune;
F : Taches sombres; G : jaunissement des feuilles basales, nécrose brune diffuse avec un halo
jaune ou des taches sombres; H : Nécrose brune sur les bordures des feuilles avec ou sans
halo jaune; jaunissement des feuilles atteintes.
Les observations relatives au test de pathogénicité du champignon ont révélé l’apparition des
symptômes au bout de 5 jours sur les variétés de tomate Saint-Pierre et Rio Grande.
Toutefois, sur la tomate cerise les symptômes sont apparus 7 à 10 jours post inoculation. Des
observations similaires ont également été enregistrées par Grogan et al. (1975) et Stammler et
al. (2014) sur plants de tomates.
128
A B
Figure 45: A. chaîne de conidies et mycélium produit sur la face supérieure de la feuille de
tomate infectés par la souche A. alternata 156. Bar = 100 µm; B. symptômes typiques de la
pourriture du collet sur trois cultivars de tomates induits par A. arborescens souche 65 CT:
Tomates cerise, SP: Saint Pierre, RG: Rio Grande, C: Témoin.
2.3. Infections individuelles et mixtes
2.3.1. Infections individuelles
Nous avons déjà déterminé la résistance vis-à-vis de trois variétés de tomate. La mise en
évidence de l’agressivité chez les souches à petites spores nous a conduit à réaliser le même
type de test avec plusieurs isolats à petites et à grosses spores sur la variété sensible de tomate
la plus cultivée en Algérie « Saint Pierre ». L'objectif de cette étude est de mieux comprendre
les différences de pathogénicité entre les isolats de la section alternata et porri. Ceci parce
l’alternariose de la tomate est causée par plusieurs espèces telle qu’A. tomatophila, A. solani
et A. alternata f. sp. lycopersici, celles-ci sont parfois confondus avec la maladie du
blackmold (pourriture noire). Pour cela 19 isolats d’A. alternata, 23 isolats d’A. tenuissima,
36 isolats d’A. tomatophila et 5 isolats d’A. solani sont évaluées et comparés (Tableau 23).
L’agressivité des isolats est exprimée par l’indice moyen de nécrose, calculée pour chaque
couple pathogène – hôte. Ces mesures d’indice nous ont permis de révéler des différences
d’agressivité entre les isolats testés sur plantules de tomates (Figure 46).
Tableau 23 : variabilité du pouvoir pathogène des Alternaria du groupe alternata et porri sur
plantules tomates.
129
Les espèces du groupe Les espèces du groupe Infections mixtes (porri +

No. alternata No. porri alternata)
No. S
S S
7Jpi 14 Jpi 21 Jpi 7 Jpi 14 Jpi 21 Jpi 7 Jpi 14 Jpi 21 Jpi
1 4,89 14,04 21,48 47,05 68,13 73,97 198 + 65,45 86,16 89,12
198
165
8 17,20 19,90 24,35
201 20,42 39,2 42,9 198 + 79 63,11 71,55 83,89
11 2,35 8,29 8,89
205 9,53 22,9 26,62 198 + 97 47,65 54,94 60,26
38 2,50 13,05 16,57 208 +
207 26,5 34,91 42,31 39,56 68,38 72,9
165
41 10,29 11,74 19,68
208 23,14 40,78 45,73 208 + 79 56,73 59,71 68,24
42 4,73 5,91 8,41
209 63,07 86,78 94 208 + 97 10,81 31,75 57,17
45 1,78 3,07 5,38 223 +
210 66,22 73,7 91 42,78 52,83 74,83
165
57 7,72 9,09 15,19
211 8,62 21,93 27,76 223 + 79 49,91 93,22 95,83
66 23,71 36,81 40,15
213 56,27 79,57 89,72 223 + 97 51,38 70,55 76,08
71 12,01 20,31 25,97 236 +
217 36,57 44,74 68,07 16,49 22,61 27,7
165
72 17,00 35,70 57,05
218 38,22 57,77 82,94 236 + 79 48,57 50,27 51,42
75 13,02 26,21 43,28
220 47,99 64,83 84 236 + 97 34,31 39,84 42,53
77 3,08 3,83 9,99 241 +
223 4,2 21,47 32,62 65,6 67,98 79,55
165
79 9,23 19,48 23,21
236 42,05 56,07 72,74 241 + 79 59,52 81,03 89,17
81 10,51 18,96 24,96
240 31,85 43 44,8 241 + 97 54,06 71,22 83,68
85 5,52 18,88 26,01 248 +
241 62,86 78 75,13 21,51 35,14 52,41
165
86 2,85 6,91 8,59
242 74,53 78,06 91,33 248 + 79 22,46 30,01 35,04
87 6,54 13,96 15,17
243 30,43 55,91 74 248 + 97 21,89 59,6 61,38
89 12,37 16,26 18,53 250 +
244 33,61 52,62 61,01 36,15 47,96 68,04
165
91 3,11 4,10 10,29
248 42,69 51,23 55,54 250 + 79 58,96 74,57 82,17
97 13,45 14,90 16,93
249 23,83 43,69 51,53 250 + 97 62,78 68,44 75,01
98 11,48 16,35 21,55 254 +
250 67,78 81,67 84,33 82,22 97 100
165
99 4,57 18,98 22,52
252 34,59 41,17 57,03 254 + 79 50,39 70,84 79,84
100 12,46 21,82 27,90
254 22,78 27,69 33,54 254 + 97 51,19 58,45 78,66
107 4,40 5,38 8,79 266 +
256 9,13 18,37 22,73 56,66 57,48 59,43
165
109 2,26 3,83 17,64
257 11,19 16,33 25,8 266 + 79 19,85 50,86 72,22
120 3,03 14,15 20,33
259 37,73 39,09 56,22 266 + 97 24,03 26,97 34,75
125 29,43 33,38 34,60 272 +
260 80 93,78 98,33 77,42 80,78 82,94
165
126 19,91 34,81 50,68
261 69,99 83,67 95 272 + 79 37,94 58,08 76,83
129 15,51 20,18 23,31
262 30,66 34,05 36,91 272 + 97 24,49 43,02 51,91
140 10,71 14,47 23,22 292 +
264 25,54 44,49 56,38 41,18 67,33 74,17
165
150 1,25 1,57 4,21
265 39,3 41,51 69,37 292 + 79 18 43,09 49,11
151 7,71 8,74 19,20
266 55,66 69,24 85,78 292 + 97 16,22 38,42 41,25
130
153 1,32 2,74 7,14 294 +

272 57,89 96,22 91,67 84,34 88,33 90,45
165
155 1,66 3,10 8,85
276 11,58 19,9 24,39 294 + 79 46,16 59,89 81,33
156 2,60 4,00 8,74
277 26,48 43,03 61,5 294 +97 29,09 74,88 78,7
157 3,34 4,99 12,66 298 +
292 69,14 77,33 83,35 22,65 33,71 45,77
165
161 2,20 9,34 41,84
294 82,03 83,03 99,67 298 + 97 74 76,5 92,44
164 6,17 26,24 30,10
296 34,8 56,35 69 298 + 79 35,49 54,19 65,07
165 15,50 22,52 33,59 307 +
298 62,94 87 92,22 51,97 81,67 86,37
165
269 4,71 9,75 16,97
307 38,27 76,22 77,19 307 + 79 49,89 75,11 82
302 2,79 3,88 5,69
307 + 97 39,31 65,93 91,83
La maladie progresse lentement les premiers jours mais s’accélère au fur et à mesure pendant
la première semaine post inoculation ce qui entraîne une courbe de progression de la maladie
typique. L’incidence de la maladie étant toujours en corrélation positive, ce qui est dû à
l'infection de nouvelles feuilles après la deuxième et troisième semaine post inoculation.
Selon le tableau (23), parmi les isolats à petites spores un seul isolat (72) est classé dans la
catégorie « 5 », seulement 19% sont groupés dans la catégorie «4», 42% sont classés en
catégorie « 3 » et 14% des isolats étaient moins virulents sont classés dans le groupe « 2 »
avec une incidence de maladie inférieure à 20 % sur les plantes inoculées. L’incidence
minimum de 4,21% est enregistrée avec l’isolat (150) qui correspond à la catégorie «1».
Nous avons remarqué que lorsque les plantules sont inoculées avec des concentrations moins
élevées que le test précédent (104 au lieu de 105 spores/ml), cela n'a pas conduit à l'apparition
de plusieurs lésions avec une incidence moyenne de maladie légèrement inférieure au test
précédent chez les mêmes isolats à petites spores testés.
Les espèces du groupe porri, par contre, ont créé des lésions beaucoup plus grandes pour la
majorité des souches testées. Les résultats montrent une l'incidence maximale de la maladie
enregistrée avec l’isolat (294) suivi par (260) avec 99,67% et 98,33% respectivement. Plus de
58% des isolats d’A. tomatophila sont classés dans la catégorie « 5 » (avec plus de 60% de la
surface nécrosée) provoquant des lésions sévères au niveau des tiges et collets qui ont conduit
à la mort des plantules, 20% des isolats sont groupés dans la catégorie « 4 » infligeant des
brulures sévères au niveau du feuillage. 22% des isolats sont classés dans la catégorie « 3 ».
Bien que la pathogénicité soit enlevée, l’isolat (256) a enregistré un taux de maladie minimum
(22,73%) par rapport aux autres isolats d’A. tomatophila testés.
Les données indiquent les isolats d’A. solani sont également pathogènes pour les tomates avec
131
un degré de virulence élevé, trois isolats (266, 250 et 292) sont classés dans la catégorie « 5 »,
et deux isolats (248 et 249) sont classés dans la catégorie « 4 ».
Les premiers symptômes sont apparus sous forme de petites taches irrégulières circulaires sur
les feuilles inférieures et mesurent 1 à 3 mm pour les espèces à petites spores et 5 à 15 mm
pour les espèces à grosses spores. Les nécroses provoquées par les isolats à grosses spores
sont précoces par rapport aux isolats à petites spores (elles sont observées les 2 me ou 3 eme
jours post inoculation), elles se développent et fusionnent en formant de grandes lésions
nécrotiques avec des anneaux concentriques. Les lésions observées sur les feuilles et les tiges
sont diffuses, brunes foncées, souvent entourées d'un halo chlorotique ou un jaunissement.
Des lésions sévères au niveau des collets induisant la mort de la plante 7 jours post
inoculation est probablement dû à la sécrétion de toxine (s) par l'agent pathogène. Langsdorf
et al. (1991) ont montré que les toxines sont libérées au cours de la germination des spores
d’A. solani et peuvent jouer un rôle déterminant dans l’infection. D’autre part, Shahbazi et al.
(2011) ont constaté que l’augmentation de la sensibilité aux phytotoxines produites par A.
solani est corrélée à une susceptibilité accrue à l'agent pathogène. Peu d'études comparant A.
tomatophila et A. solani ont été réalisées, parmi, ceux de Frazer et Zitter (2003) qui ont
montré que ces espèces sont à la fois des pathogènes de la tomate et la pomme de terre, A.
tomatophila était plus virulente sur les plantes de tomates qu’A. solani. Les mêmes résultats
sont rapportés par Gannibal et al. (2014) qui ont aussi corrélé ces différences a une variabilité
moléculaire.
Les agents pathogènes des plantes expriment généralement plusieurs fonctions de virulence
qui augmentent leur capacité à coloniser les plantes hôtes en fonction de leur âge. La
variabilité de virulence a été signalée chez A. solani (van der Waals et al., 2004 ; Kumar et
al., 2008), A. alternata (Anand, 2002 ; Slavov et al., 2004 ; . Hubballi et al., 2011) et chez A.
tomatophila (Rodrigues et al., 2010 ; Gannibal et al., 2014). Les espèces A. solani et A.
tomatophila sont reconnus comme les véritables agents pathogènes de la tomate et de la
pomme de terre (Simmons, 2000 ; Rodrigues et al., 2010 ; Gannibal et Orina, 2013), A.
alternata est par contre souvent considéré comme un saprophyte ou un parasite de faiblesse
(Hooker et al., 1981 : Spoelder et al., 2013). Cependant, Droby et al (1984) et Mirkarimi et
al. (2013) ont noté A. alternata comme étant l'agent causal de taches brunes sur le feuillage de
la pomme de terre et tubercules. A. alternata a également été citée comme la cause de la tache
noire et de chancres sur tige sur la tomate (Grogan et al., 1975). Dans de nombreuses régions
algériennes, les pommes de terre et les tomates sont cultivées dans des parcelles relativement
132
proches, ainsi l’inoculum d’A. solani a du s'étendre à jusqu’à atteindre les feuilles de tomates.
Chou et Wu (2002) confirment que la capacité des espèces Alternaria à bec filamenteux à
produire des toxines spécifiques non- hôte résulte éventuellement d'une longue période de
coévolution entre hôte- pathogène.
Les souches d’A. tomatophila (256) et (276) semblent avoir un pouvoir pathogène limité par
rapport aux autres souches à grosses spores. Toutefois les plantules contaminées ont présenté
des nécroses du collet et des taches brunes typiques. Du moins pour ces souches, le niveau
d’agressivité semble lié à leur aptitude à sporuler, cette corrélation ayant été déjà observée par
Kumar (2008) pour les espèces A. solani. Or il est connu que l’espèce A. tomatophila ne
donne souvent que du mycélium stérile (Simmons, 2007). De plus, les souches d’Alternaria
conservées en mycothèque évoluent vers un thalle plus luxuriant et avec une diminution
progressive de la capacité de sporulation. Chez les Alternaria pathogènes, le taux de
sporulation décroit assez rapidement en culture puis reste faible jusqu’à devenir nulle (phase
stérile) (Simmons, 1992 ; Rotem, 1994 ; Andersen et al., 2008). Le passage de la phase
normale (mycélium restreint et sporulation abondante) vers la phase stérile (mycélium
abondant et capacité de sporulation nulle) passe par une phase intermédiaire qui est plus
variable. Ces passages sont brusques et ils apparaissent soit à l’occasion de repiquage, soit
chez la même culture en phase de croissance. Plusieurs hypothèses ont été avancées pour
expliquer ces changements de phase : déficience alimentaires, mutation, variation non
chromosomiques. La fréquence de l’apparition de la phase intermédiaire est proportionnelle
au pouvoir pathogène (Iacomi, 2001). Par contre, l’apparition de la phase stérile
s’accompagne toujours à la perte du pouvoir pathogène. En particulier, l’espèce A.
tomatophila devient rapidement stérile après quelques repiquages sur milieu artificiel,
présentant souvent seulement un thalle de couleur pale. De ce fait, on peut supposer que la
phase d’évolution vers la stérilité au moins pour certains isolats d’A. tomatophila pourrait
expliquer leur faible agressivité observée sur plantules de tomate.
133
Figure 46: Pathogénicité d’A. tomatophila, A. solani et A. alternata sur plantules de tomates
7 jours après l’inoculation (de gauche à droite).
2.3.2. Infections mixtes
La plus part des modèles de développement épidémiques se rapportent à un parasite donné,

alors que la plus part des cultures sont attaquées par un complexe parasitaire, constitué
d’agents différents ou de différentes espèces d’un même genre, le cas des Alternaria
pathogènes des Solanacées, celles-ci pouvant interagir entre elles. Sur la base de cette
hypothèse et pour la simulation du complexe pathogène des principaux agents de la brulure
foliaire, nous avons analysé les données de l’incidence de la maladie des deux groupes
d’espèces en inoculations mixtes. Si à la fois les espèces du groupe porri et celles du groupe
alternata sont pathogènes, la présence d'un groupe d’espèces dépendrait de la présence ou de
l'absence de l'autre. La quatrième colonne du tableau 23 représente les valeurs des résultats de
trois souches appartenant au groupe alternata testées chacune avec 14 souches du groupe
porri.
L’apparition et le développement des symptômes sont suivis en dynamique pour chaque

complexe pathogène testé puis comparés aux inoculations individuelles de chaque espèce.
Des symptômes sévères sont observés sur la plus part des plantules traitées par des
inoculations mixtes (Figures en annexe 6), qui sont transformés en indices de nécrose
traduisant l’agressivité des isolats testés (figures 47 et 48).
Les données (Tableau 23) montrent que les 14 inoculations mixtes avec les espèces de la
section alternata ne conduisent pas à une sévérité accrue de la maladie lorsqu’ils sont associés
à A. solani et A. tomatophila (moins de 10% de différence) donc une absence d'antagonisme
par les deux champignons. Des résultats similaires avec les mêmes méthodes d'inoculation ont
été reportés par Spoelder et al. (2013) sur plantes de pomme de terre inoculées avec A. solani
134
et A. alternata. Dans ce cas de figure les isolats de la section alternata apparaissent

indépendants de ceux du groupe porri, n’ayant aucun effet sur l’incidence de la maladie ce
qui confirme que les espèces à petites spores sont des opportunistes pouvant vivre dans les
tissus affaiblis.
Cependant, une forte augmentation de l'incidence de la maladie est enregistrée dans 26,9%
des complexes pathogènes testés. L’incidence de la maladie semble corréler avec le degré de
virulence des espèces à grosses spores, dans tous les cas les trois souches à petites spores ont
eu un effet synergique avec les isolats du groupe porri ayant une incidence de maladie
inférieure à 50%. Les mêmes résultats ont été rapportés par Bashan et al. (1991) sur la
pathogénicité d’A. macrospora et association avec A. alternata sur des plants de coton.
L’effet synergique est dû à la combinaison de toxines secrétées par les deux isolats. Des
études ont rapporté que l’espèce A. solani produit de l'acide alternarique (qui existe dans les
spores dormantes), qui est libéré lors la germination des spores (Langsdorf et al., 1990), il a
été noté aussi que l'acide alternarique n'est pas phytotoxique lorsqu'il est pulvérisé seul sur des
feuilles de tomate, mais il améliore le processus de l'infection et l'apparition des symptômes
de nécrose lorsqu'il est ajouté à une suspension de spores d’A. solani (Langsdorf et al., 1990).
Un autre facteur chez les spores d’A. solani est nécessaire pour l'infection. Une substance
nommée S1, n'étant pas toxique mais présente dans une fraction hydrosoluble des extraits
chloroforme à partir du fluide de germination des spores. Ce facteur a permis aux spores d'une
souche non pathogène d’A. alternata à causer des symptômes nécrotiques sur la tomate et la
pomme de terre (Langsdorf et al., 1990 ; Chaerani et Voorrips, 2006).
D'autre part, les résultats montrent que 13 sur 42 inoculations mixtes ont révélé une
diminution considérable de la maladie, une réduction de 61,92% à dans le complexe
(236+165) et une réduction de 59,49% dans le complexe (97+266) ce qui conduit à une
compétition entre les deux isolats. Cet effet de compétitions est observé entre les souches du
groupe porri ayant un niveau élevé de virulence, supérieur ou égale à 80%. Parmi les trois
souches à petites spores, la souche A. alternata 97 semble plus compétitive par rapport aux
souches d’A. tenuissima (45) et (165). Dans ce dernier cas, un mécanisme différent est peut-
être en fonctionnement; l’antagonisme peut être responsable de la protection plutôt que d'une
interaction hôte-pathogène. Van den Heuvel (1971) a rapporté que le champignon saprophyte
A. tenuissima était antagoniste à l'agent pathogène A. zinniae sur le haricot, ce qui a conduit à
un effet protecteur ; il a suggéré qu'une substance produite par A. tenuissima a inhibé la
germination des spores d’A. zinniae. Spurr (1977) a noté également un comportement
135
similaire dans lequel une souche d’A. alternata non-pathogène appliquée aux feuilles de tabac
avant l'inoculation avec la souche pathogène A. alternata a réduit l’infection de 60% dans des
inoculations en laboratoire. Dans le même ordre d’idée, Musetti et al. (2007) ont constaté
qu’A. alternata est un mutualiste de défense contre l’agent du mildiou Plasmopara viticola de
la vigne.
La subsistance des Alternaria à petit-spores leur a permis d’élaborer des stratégies de survie
différentes dans leurs niches écologiques. Certains sont saprophytes cosmopolites, tandis que
d'autres sont pathogènes des plantes ou opportunistes, et endommagent gravement leurs hôtes
avec des toxines spécifiques à l'hôte (Rotem, 1994 ; Roberts et al., 2000 ; Chou et Wu, 2002).
Ces résultats nous ont permis de mieux comprendre le rôle et le comportement des espèces à
petites spores faiblement ou non virulentes dans la gravité et l’incidence de la maladie qui
semble dépendre de la présence et /ou de la virulence des espèces à grosses spores, dans la
plus part des cas.
Figure 47 : infections mixtes et individuelles sur plantules de tomate avec isolats d’A. solani
et de la section alternata.
136
Figure 48: infections mixtes et individuelles sur plantules de tomate avec les isolats d’A.
tomatophila et de la section alternata.
137
En effet, nous avons confirmé notre hypothèse du complexe pathogène d’Alternaria qui est à
l’origine de la brulure foliaire des Solanaceae. De plus, il existe in vivo une flore microbienne
qui peut modifier l’expression du pouvoir pathogène de ces Alternaria impliqué dans la
brulure foliaire. Cette flore, parasite ou saprophyte, peut avoir différentes origines (le sol, l’air
ou les semences), les phénomènes de compétition ou une possible synergie peuvent intervenir
aux différents stades de l’infection et influencer les Alternaria pathogène et les Alternaria
supposés saprophytes. Ce phénomène a été signalé chez la pomme de terre et la tomate ou
interviennent les espèces A. solani et A. alternata (Kuczynska, 1992 ; Orina et al., 2012 ;
Stammler et al., 2014). D’autres cas ont été reportés l’alternariose des crucifères qui est due à
un complexe d’espèces comme A. brassicae, A. brassicicola et A. raphani (Iacomi et al.,
2001).
Alors que nos expériences étaient relativement simples, elles sont importantes. Dans la
pratique agricole, les agriculteurs n’appliquent pas les fongicides spécifiquement sur les
plantes présentant un début de symptômes (taches foliaires provoqués sur feuilles âgées), nos
résultats indiquent que cela est nécessaire sachant que plusieurs espèces sont agressives et
induisent des dégâts considérables sur les cultures de Solanacées. Ces résultats sont confirmés
par Spolder et al. (2013). Par ailleurs, d’autres causes des taches foliaires, comme les
dommages causés par l'ozone et les carences peuvent aussi présenter un danger dans le
rendement de ces cultures maraîchères.
2.3.3. Postulats de Kock
Le postulat de Koch fait appel à un ensemble de techniques nécessaires pour la détection et

l’identification du pathogène in situ. Nous avons procédé à un ré-isolement des espèces à
partir des feuilles de tomates inoculées puis à la comparaison avec les cultures mères.
L’examen de la surface des échantillons de plantes infectées, à la loupe binoculaire et au

microscope, nous a permis de mettre en évidence les critères de sporulation du pathogène ce
qui a confirmé le diagnostic des résultats. De grandes densités de conidiophores et conidies
sont produites sur les fragments prélevés représentant des nécroses. Nous avons observé que
les conidies collectées à partir des lésions sur feuilles et tiges étaient toujours plus grandes et
de taille uniforme par rapport à ceux sur milieux synthétiques (Figure 49). Elliott (1917) et
Hartill (1968) ont signalé des observations similaires ; ils ont rapporté que les conidies issues
des échantillons prélevés à partir de chancres des tiges et lésions sur feuilles sont de taille plus
grande par rapports à celles cultivées sur milieu artificiel, ceci peut être dû aux effets
138
combinés du substrat, de l'humidité ambiante, et des températures de nuit basses. D’ailleurs,

les conidies produites in vitro sur milieux de cultures incubées à une température constante
ont un bec 3.4× moins long que ceux produits in vivo. Neergaard (1945) a également observé
que les conidies d’A. tenuis syn. alternata sur leurs milieux naturels (graines, semis, ou des
feuilles affaiblies) avait des becs plus minces que ceux des milieux synthétiques. Grogan et al.
(1975) et Misaghi et al. (1978) ont confirmé les mêmes résultats sur la taille des spores d’A.
alternata f. sp. lycopersici produites in vitro sur milieux de cultures artificiels qui étaient
généralement plus petites, avec un bec plus court, et de tailles et formes très variables par
rapport à celles collectées à partir des chancres de tiges des tomates. Selon Simmons (1986),
la description originale des espèces d’Alternaria est basée sur des mesures de conidies
produites sur un substrat naturel dans des conditions environnementales variables. En effet,
dans nos expériences, les conidies des isolats de la section alternata et porri issues des lésions
sur plantes de tomate correspondent à cette description assez bien.
139
A. A.
A.
B. B.
B.
C. C.
C.
D. D.
D.
E. E.
F. F.
Figure 49: Sporulation sur tissus de tomates infectées issues des inoculations en laboratoire.
A. A. arborescens ; B. A. alternata ; C. A. tenuissima. D. A. tomatophila ; E. A. solani ; F. A.
consortialis. Bars= 50µm.
140
2.3.4. Détection moléculaire d’Alternaria sp.
Sur la base des résultats précédents et en utilisant la même technique d’extraction d’ADN à
partir des échantillons de tissus infectés, des tests PCR sont réalisés sur des feuilles de
tomates artificiellement contaminés par les différentes espèces Alternaria et avec différentes
combinaisons d’inoculum au 21eme JPI. La quantité de l’ADN extrait est vérifiée par le couple
d’amorces universelles ITS1F/ITS4. Ces amorces permettent comme le montre la figure (50
A) de s’assurer de la présence d’ADN amplifiables.
Les amplifications avec les amorces (OAsF7/R6), (OAtF4/R2) et (AAF2/R3) ont généré des
signaux fluorescents distincts pour tous les échantillons de feuille infectées avec leurs espèces
respectives. La détection des espèces d’A. tomatophila, A. solani et ceux de la section
alternata est confirmée par les produits d’amplification en présence de témoins positifs pour
chaque espèce comme ceux représentés dans les figures 50 B, C et D. Aucune amplification
n’est détectée dans les tissus de témoins inoculés par l’eau distillée stérile. Ces résultats
prouvent une absence totale de contaminants et que les symptômes sont bien provoqués par
leur pathogènes respectifs, ce qui confirme les postulats de Kock.
A. B. C. D.
Figure 50: Détection des espèces d’Alternaria à partir de feuilles de tomates inoculées
pendant 21 jours. A. amplification avec les amorces universelles ITSF1/ ITS4 ; B.
amplification avec les amorces spécifiques d’A. tomatophila (OAtF4/ OAtR2) ; C.
amplification avec les amorces spécifiques d’A. solani (OAsF7/ OAsR6) et D. amplification
avec les amorces spécifiques des Alternaria à petites spores (AAF2/ AAR3). T : témoin, TA :
A. alternata, TS : A. solani, TT : A. tomatophila, piste 1 : 165, piste 2 : 250, piste 3 : 307+97,
piste 4 : 307 et piste 5 :250+165. M =marqueur de taille.
141
V. Lutte chimique
Dans le but d’identifier un éventuel effet d’osmo-tolérance des souches, des tests de
croissance radiale sont réalisés sur milieu PSA contenant du NaCl à 2% et 4%. Les résultats
montrent qu’à une concentration de 4%, une inhibition élevée de la croissance de la majorité
des souches est observée, à cette concentration une distinction entre les souches sensibles et
tolérantes se désigne, des taux d’inhibition allant de 12.7% à 62.8% sont observés (Tableau
24 et Figure 51).
Tableau 24: taux d’inhibition de la croissance mycélienne chez les isolats de la section
alternata sur milieu PSA+ 2%NaCl et PSA+ 4%NaCl.
Isolats NaCl 2% NaCl 4% Isolats NaCl 2% NaCl 4%

A1 30,33 59,24 A17 40,43 48,63
A2 55,28 62,82 A18 40,99 51,42
A3 16,61 26,01 A19 38,94 56,84
A4 44,28 48,84 A20 37,14 47,89
A5 3,38 12,76 A21 43,13 48,28
A6 48,32 62,72 A22 34,53 48,64
A7 25,07 28,02 A23 32,74 42,77
A8 45,02 60,44 A24 28,83 33,86
A9 44,41 58,80 A25 44,01 45,93
A10 30,57 56,39 A26 38,21 50,78
A11 8,88 28,28 A27 39,54 40,39
A12 47,33 55,33 A28 28,74 48,06
A13 41,04 51,54 A29 4,96 22,18
A14 14,32 22,61 A30 50,84 60,29
A15 33,11 37,12 A31 46,22 44,26
A16 52,85 58,00 A32 21,17 35,76
142
Figure 51: Effet du NaCl à 2% et 4% sur la croissance mycélienne des souches de la section
alternata après six jours d’incubation.
Les souches appartenant aux deux espèces incluant trois souches d’A. alternata (A21, A22 et
A31) et quatre souches d’A. tenuissima (A20, A25, A27 et A28) sont classées comme
modérément sensibles au NaCl 4% avec un pourcentage d’inhibition entre 40,3% et 48,8%.
Les souches fortement sensibles au stress osmotique, dont huit souches d’A. alternata (A2,
A10, A12, A13, A16, A19, A26 et A30) et sept souches d’A. tenuissima (A1, A4, A6, A8, A9,
A17 et A18), ont un taux d’inhibition entre 50,7% et 62,8% et ce qui représente la majorité
des souches faiblement virulentes sur folioles de tomates détachées mentionnés dans le
tableau (19). A l’inverse, les souches tolérantes ayant une osmo-sensibilité relativement faible
avec une moyenne entre 12,7% et 35,7% dont cinq souches d’A. tenuissima (A3, A5, A7, A14
et A29) et quatre souches d’A. alternata (A11, A15, A24 et A32) représentent en majorité les
souches virulentes ou moyennement virulentes. A l’exception de la souche pathogène A.
arborescens A23 est modérément affectée par le stress osmotique, avec un pourcentage
d’inhibition qui varie entre 41,04% sur NaCl à 2% et 51,54% sur NaCl à 4%.
143
Figure 52: Sensibilité osmotique des isolats de la section alternata; A6 osom-sensible et A5

osmo-tolérante.
La survie d’un champignon dépend nécessairement de sa capacité à s’adapter aux contraintes

extérieures telles que le changement d’osmolarité, de la température ou encore maintenir une
barrière physique contre les défenses de la plante hôte durant une infection, cette adaptation
est liée à la voie de l’intégrité membranaire (Zarzov et al., 1997 ; Avenot, 2003). Il existe de
forts liens entre cette voie de signalisation et la voie de régulation osmotique appelée voie
HOG (High Osmolarity Glycerol) qui permet à la cellule fongique de croître dans un
environnement hypertonique en compensant la différence de pression avec une accumulation
de glycérol (Attfield, 1997 ; Avenot, 2003). L’étude de la sensibilité osmotique des isolats de
la section alternata a révélé une variabilité considérable qui s’avère liée à leur pathogénicité.
Cette osmo-sensibilité peut être un élément déterminant pour la sélection de souches
résistantes aux fongicides (Avenot, 2003), ce qui fera l’objet des tests fongicides dans l’étude
suivante.
2. Sensibilité vis-à-vis certaines matières actives
Le Tableau 25 met en évidence une variabilité de résistance des souches vis-à-vis des
matières actives testées appartenant à la famille des dithiocarbamates. La majorité de ces
substances sont inefficaces sur la croissance mycélienne de la souche A11 qui est résistante
ayant un taux d’inhibition inférieur à 50% pour les trois concentrations (50, 100 et 250 ppm)
(Figure 54). Cependant, elle est moins résistante aux substances MA7 (CI50 ˂375) et MA9
(CI50 ˂300) au cours de sa croissance. Ces substances (MA7 et MA9) ont donné aussi de
meilleurs résultats pour l’inhibition de la croissance mycélienne de la souche A2 (CI50˂280)
144
et (CI50˂300) tout comme les substances MA3 et MA4 (CI50˂250) et (CI50˂375). L’isolat A2
montre également une résistance importante vis-à-vis des autres matières actives dont
l’inhibition est inférieure à 50% sur les concentrations 50 et 100 ppm (Figure 53).
En conclusion, les substances MA8, MA2, MA1, MA6 et MA5 ne permettent pas de contrer
la croissance mycélienne des deux souches étudiées avec une CI50>500 ppm, elles sont donc
très résistantes.
Tableau 25: Concentrations inhibitrices (ppm) de la croissance mycélienne des souches A2 et

A11 en présence des neuf fongicides testés après six jours de culture sur milieu PSA à 25°C.
Matières Souche A11 Souche A2

actives CI50 CI50
MA1 ˃500 ˃500
MA2 ˃500 ˃500
MA3 ˃500 ˂250
MA4 ˃500 ˂375
MA5 ˃500 ˃500
MA6 ˃500 ˃500
MA7 ˂375 ˂280
MA8 ˃500 ˃500
MA9 ˂370 ˂300
La résistance au Manèbe a pu être constatée chez A. tenuis syn. alternata isolé à partir de fruit
de tomate à une concentration élevée et une DL95 supérieure à 1300ppm (Chafi, 2005). Singh
et Singh (2006) ont rapporté l’efficacité de quelques fongicides testés à savoir, le
Chlorothalonil, l’oxychlorure de cuivre, l'azoxystrobine, le propinèbe, l'hydroxyde de cuivre
et le mancozèbe à 2500, 2000, 1000, 5000ppm sur A. alternata pathogène de la tomate, leurs
observations ont révélé qu’à de telles concentrations ces fongicides réduisent d’une manière
significative la croissance radiale du champignon. Matharu et al. (2006) ont observé que le 2-
chloro-benzylidène malono nitrite était efficace contre A. alternata. Aussi des complexes de
fer à base de Schiff chloro-substitués sont plus efficaces contre A. alternata (Hothi et al.,
2006).
145
Figure 53: Effet des neuf matières actives sur la croissance mycélienne de la souche A2
incubée six jours à 25°C.
Figure 54: Effet des neuf matières actives sur la croissance mycélienne de la souche A11
incubée six jours à 25°C.
L’effet fongicide des composés dithiocarbamates est justifié principalement au cours de la

germination des spores qui résulte de leur interaction avec des groupements amines et
hydroxyles d’enzymes intervenant dans le processus de respiration (Eckert, 1988 ;
Georgoplus, 1997 ; Tomlin, 2000 ; Lepoivre, 2003 ; Nasraoui, 2006). Nos résultats ont
montré que malgré cette action multi-site, ces fongicides sont potentiellement exposés à la
résistance. Cette résistance peut être présente naturellement à l’intérieur de la population d’un
146
champignon ou plus rarement résulter d’une mutation génétique (Gilbert, 1999 ; Bacon,
2003). Ma et Michailides (2004) ont reporté qu’une souche d’A. alternata fortement résistante
à l’iprodione mais non osmo-sensible a été isolée sur pistache. Il est intéressant de noter que
récemment beaucoup de travaux ont étudié les voies de signalisation liées à l'oxydation et la
résistance au stress osmotique, la sensibilité aux fongicides, la formation de conidies, et la
pathogenèse d’A. alternata (Ma et Michailiides, 2005 ; Kuang-Ren, 2012). En effet, nos
résultats montrent, malgré tout une différence de comportement chez la souche sensible et la
souche résistante au stress osmotique, face aux matières actives testées. La souche virulente et
résistante aux fongicides est plus faiblement inhibée par le NaCl, ce qui montre que celle-ci a
une meilleure capacité d’adaptation par rapport à la souche osmo-sensible qui est faiblement
virulente. Des résultats similaires ont été obtenus par Iacomi (2001) sur A. brassicicola
pathogène des crucifères.
La résistance à un fongicide implique une base génétique qui peut être, soit chromosomique
(nucléaire), soit plus rarement extra chromosomique (cytoplasmique). La capacité des
Alternaria pour maintenir la variabilité génétique élevée leur permet de réagir rapidement à
des environnements changeants. Par exemple, une étude a démontré que les isolats d’A. solani
dans le Midwest des États-Unis sont devenus moins sensibles à un fongicide, ce qui a entraîné
des pertes importantes dans les cultures sous serre (Pasche et al., 2004). Selon van der Waals
et al. (2004), la grande diversité génétique et le degré élevé de flux de gènes au sein des pays
pourraient briser la résistance génétique chez l'hôte vis-à-vis A. solani. De cette étude, on peut
affirmer que certains fongicides de la famille des dithiocarbamates sont moyennement
efficaces contre les Alternaria à petites spores. Le problème de la résistance fongicide due aux
traitements post récolte, et le risque de résidus toxiques des substances entraîne aussi des
risques sérieux pour la santé des êtres vivants (homme et animal), cela impose l’adoption
d’autres stratégies de lutte plus efficaces et non polluantes pour l’environnement à savoir :
variétés résistances, méthodes culturales, microorganismes antagonistes.
147
Chapitre 4 :
Conclusions générales et Perspectives
Chapitre 4 : Conclusions générales et Perspectives
1. Etude épidémiologique
Plusieurs espèces du genre Alternaria, sont des représentants fréquents de la microflore des
fruits et légumes, attaquant principalement les espèces cultivées appartenant au genre
Solanum. On les rencontre également sur les espèces du genre Capsicum, ainsi que sur un
grand nombre de solanacées spontanées comme Petunia, Schizanthus, Salpiglossis et Datura.
Sur la base de nos échantillonnages à partir de tissus présentant des symptômes d’alternariose
durant les saisons allant de 2011 à 2013, les Alternaria à petites et grosses spores sont
identifiés comme les principaux agents de la brulure foliaire des Solanacées dans les régions
du nord-ouest Algérien qui ont atteint jusqu’à 80% d’incidence dans certaines régions. Cette
gravité étant souvent liée à un certain nombre de causes supplémentaires, tels que des
programmes de pulvérisation incorrectes (pas d'application préventive et/ou l'utilisation
excessive de fongicides), l'irrigation par aspersion, et l'utilisation généralisée de cultivars
sensibles.
La mise en œuvre d’un test PCR à partir de tissus infectés nécessite au préalable d’extraire
l’ADN de l’échantillon et cette étape doit être particulièrement performante. La méthode
d’extraction par une mini préparation après lyse cellulaire au four à microondes s’est avérée
rapide, simple et reproductible. Chaque extrait permet d’effectuer une cinquantaine de
réactions d’amplification. Ceci constitue un gain de temps très significatif par rapport à la
méthode traditionnelle qui nécessite des temps d’incubations d’au moins une semaine et sont
généralement influencée par des facteurs physiologiques externes tel que la composition du
milieu de base et la température d’incubation. La détection sans ambiguïté des espèces A.
tomatophila, A. solani et les espèces de la section alternata présente un intérêt certain pour un
suivi épidémiologique et pour envisager des traitements. En effet ces espèces ne présentent
pas forcément le même niveau de sensibilité aux fongicide ni le même impact sur les cultures.
La méthode que nous avons sélectionnée s’avère adéquate pour les études épidémiologiques
et adaptables aux conditions d’analyse de routine. Gannibal et al. (2013) ont utilisé la même
méthode de détection par PCR de nombreuses espèces du genre Alternaria pathogènes des
Solanacées in planta.
Dans plusieurs Wilaya comme Mostaganem, Mascara et Ain Témouchent, la pomme de terre
et la tomate sont cultivées toute l'année et dans certains cas, dans des domaines contigus
(ITCMI, 2010), ces zones peuvent être classées à risques épidémiologiques non négligeable
pour l’alternariose. Nos observations sur terrain des plantes malades constituent une étape
149
importante vers une meilleure compréhension de la dynamique de la maladie dans ces

régions. Outre les isolats de la section de porri (A. solani et A. tomatophila) sont considérés
comme la cause majeure de la brûlure foliaire des Solanacées, qui représentent plus de 50%
d’incidence dans certaines régions. Des études ultérieures devront donc étudier la survenue de
ces espèces dans tout le territoire Algérien et leur possible incidence avec les isolats de la
section alternata.
Par conséquent, les agriculteurs doivent compter sur les bonnes pratiques de lutte culturale et
un programme de pulvérisation de fongicides afin de gérer adéquatement la maladie. Dans les
zones de culture ou les pommes de terre et les tomates sont plantées en succession,
l’alternariose a le potentiel de devenir une menace sérieuse pour la production de ces légumes,
en raison d'une augmentation continue des niveaux d'inoculum par leur accumulation dans le
sol et l’infection d’autres cultures. Par conséquent, la plantation des Solanacées en
monoculture peut créer le risque d'apparition de nouveaux foyers de la maladie dans les
années à venir (Treikale et al., 2008). Le danger des infections croisées par l’inoculum aérien
vis-à-vis des nouvelles plantations de pommes de terre et de tomate peut être réduit par
l'élimination des débris végétaux, la rotation des cultures avec des non-hôtes, ou augmenter
l’intervalle de temps de semis entre les cultures successives de tomates et de pommes de terre.
Bien que cinq différentes espèces fongiques contribuant à la détérioration des Solanacées sont
identifiées sur les tissus infectés, celles-ci sont combinées parfois avec des dommages causés
par la phytotoxicité des certains fongicides et des symptômes liés à des maladies de carence
qui s’avère un problème largement sous-estimé, le cas rencontré dans les trois échantillons
(R7, AT3 et AT5) ayant un résultat négatif par test PCR et une dizaine (négatifs) en culture
sur milieu nutritif.
2. Isolement et identification des espèces
Plus de 200 souches d’Alternaria sont isolées et purifié à partir de Solanacées représentant les
symptômes de la brûlure foliaire provenant des différents sites de collecte et 11 souches
isolées occasionnellement d’autres familles de plantes maraichères. Des souches appartenant à
d’autres genres tels que Stemphylium, Fusarium et Bipolaris sont également isolées et
stockées en cultures pures pour une étude comparative.
La classification des Alternaria est d’abord fondée sur les caractéristiques morphologiques du
thalle et des spores (ainsi que leur agencement). Des niveaux taxonomiques essentiels ont pu
être identifiés sur la forme spéciale, le cas d’A. arborescens sur la base de la forme
150
tridimensionnelle de l’agencement des spores. Cette forme spécialisée (forma specialis)

montre une spécificité parasitaire vis-à-vis à la tomate qui a été décrite par Simmons (2000).
D’autres espèces d’Alternaria à petites spores sont également identifiées parmi les isolats
étudiés dont 39,14% représentant l’espèce A. tenuissima et 17,02% l'espèce A. alternata.
Alors que les isolats à grosses spores parmi lesquels le morphotype A. tomatophila représente
31,91% et le morphotype A. solani 7,23% ont pu être différenciés sur la base de la taille et la
morphologie des spores.
3. Étude physiologique
La diversité des espèces représentatives de l’alternariose des Solanacées, notamment celles du

groupe alternata et du groupe porri, a été également mis en évidence à partir de leurs
caractères culturaux sur différents milieux de cultures et plusieurs sources de carbone et
d’azote testés sur la croissance mycélienne et la sporulation des espèces. De même pour les
facteurs physico-chimiques comme la température et le pH, qui nous a permis apprécier leur
diversité par une étude statistique comparative. La classification ascendante hiérarchique de
ces paramètres n'a fourni aucune corrélation avec la virulence ni avec l'origine géographique
des isolats, bien que le dendrogramme obtenu est cohérent avec les espèces de regroupement
et a confirmé que les morphotypes identifiés correspondent à des espèces différentes. De
même, Morris et al. (2000) n'ont pas trouvé de corrélation entre la variabilité génétique et la
pathogénicité au sein de la population d’A. alternata. Beaucoup de travaux contribuant à
séparer certaines espèces d’Alternaria selon leur origine à l'aide de marqueurs moléculaires
ont donné des résultats variables (Weir et al., 1998 ; Morris et al., 2000 ; Pryor et Michailides,
2002 ; Van Der Walls , 2004 ; Benichou et al., 2011) qui est du à leur propagation notamment
dans les échanges commerciaux internationaux. Cependant, aucune preuve concluante jusqu'à
présente concernant l’existence de races physiologiques chez les espèces du groupe porri.
Ceci devrait être étudié en utilisant des lignes de testeur homozygotes et des isolats qui sont
aussi homogène que possible.
4. Identification moléculaire
La mise en évidence des espèces Alternaria par les méthodes classiques n’est pas toujours
évidente particulièrement pour les espèces étroitement liées tels que A. solani et A.
tomatophila. Nous avons d’abord amplifié par PCR les gènes codant pour l’espaseur interne
transcrit (ITS) des ADNr de 96 souches après extraction de l’ADN par microonde. Le
séquençage de ces régions nous permis d’établir un dendrogramme après une analyse
151
phylogénique des séquences obtenue et de celles des souches de références, ce qui a permis de
distinguer deux grand groupes ; le groupe des espèces de la section porri et les espèces de la
section ulocladioides et le groupe comprenant les espèces de la section alternata.
Les produits d’amplifications PCR des gènes codants pour les facteurs d’élongation des
isolats du groupe porri sont également séquencés. Ainsi, l’alignement des séquences entre
elles avec les séquences référencées dans les banques de données moléculaires nous a permis
de détecter une différence d'une paire de base entre le morphotype A. tomatophila et le
morphotype A. solani, ce polymorphisme a permis de séparer clairement les deux espèces et
de confirmer l’identification phénotypique. De même, l’utilisation des amorces spécifiques
OAtF4/ OAtR2 et OAsF7/ OAsR6 nous a permis d’identifier l’ensemble des isolats
appartenant à ces deux espèces.
Les amplifiats PCR à partir du couple d’amorces (DeHF/E8T7) spécifique au gène ALt1
codant pour la synthèse de la toxine AAL nous a permis d’identifier les espèces appartenant
au pathotype A. arborescens ayant un signal identique à celui de la souche de référence
CBS102605 utilisée comme témoin positif.
Il serait par contre intéressant d’effectuer des analyses moléculaires approfondies en se basant
sur la caractérisation génotypique à fin d’estimer la variabilité intra spécifique au sein des
différentes espèces isolées des tomates et de confirmer leur structuration géographique par la
méthode AFLP (Amplified fragment Length polymorphisme) ou par amplification de
séquences répétées de type microsatellites définis par Benichou et al. (2008).
5. Pouvoir pathogène
Diverses expériences sont réalisées pour analyser et confirmer la virulence d’Alternaria sp.
Les enquêtes à grande échelle sur les lésions des feuilles de tomate et de pomme de terre dans
la période de 2011-2013 ont montré que de nombreux symptômes n'ont pas été causées que
par Alternaria solani, A. tomatophila ou encore A. arborescens. Comme un grand
pourcentage de ces lésions contenait les champignons A. alternata et A. tenuissima qui sont
souvent considérés comme des saprophytes ou opportunistes, la question qui se posait était de
savoir si oui ou non ces espèces sont capables de provoquer des nécroses. Dans une étude
préliminaire, nous avons réalisé des essais de pathogénicité sur folioles de tomates détachées
incubées en chambre de culture afin d’évaluer le taux d'expansion des lésions et la gravité de
la maladie causée par les isolats de la section alternata. Les résultats ont prouvé que certains
152
de ces isolats de l’espèce A. tenuissima ou de l’espèce A. alternata, sont très virulents

entraînant un brunissement presque complet des folioles inoculées en une semaine
contrairement aux souches faiblement ou non virulentes qui n’étant capable de développer des
symptômes que sur folioles blessées et sont donc d'origine physiologique.
Dans les expériences menées sous serre dans lesquels les conditions sont optimisées afin de
parvenir à des infections, les symptômes de la maladie sont évalués sur les plantules en
calculant le pourcentage de défoliation ainsi que l'aire sous la courbe de la progression de la
maladie (AUDPC) pour les différents isolats. Les résultats montrent des différences entre les
espèces dans leur réponse à l'infection. Par ailleurs, nous confirmons que certains isolats
appartenant à la section alternata semblent être capables d'infecter les plantules de tomates et
causer des lésions, ce qui suggère la nécessité de traiter ces champignons. D’autre part nous
avons montré que les deux variétés de tomate les plus cultivées en Algérie à savoir ; var. Saint
Pierre et la Rio Grande sont sensibles à l’alternariose par rapport à la tomate cerise. En ce qui
concerne le contrôle d’Alternaria, l'accent est mis sur des méthodes de lutte non polluantes
pour l’environnement et sans danger pour la santé humaine, tel que l’usage des variétés
résistantes aux maladies, les méthodes culturales. Ces méthodes doivent être envisagées en
Algérie car elles sont plus économiques et écologiques.
Notre étude confirme aussi que les isolats à grosses spores sont très virulents infligeant des
symptômes sévères aux plantules de tomates (var. Saint Pierre) alors que la majorité de ceux
de la section alternata présentaient des symptômes faibles ou pas après l'inoculation. De ces
résultats, il est conclu que les espèces A. arborescens, A. solani et A. tomatophila sont des
agents pathogènes très destructeurs causant des dégâts considérables aux cultures de tomates
qui sont économiquement importantes. Avec des informations supplémentaires et l'utilisation
de techniques de pointe, il devient plus facile de contrôler ce parasite. Des progrès
substantiels ont été réalisés dans l'étude de la biosynthèse de métabolites secondaires phyto-
toxiques et leur rôle dans le développement des maladies des plantes chez différentes espèces
d’Alternaria. Ce pendant peu d’informations sont fournies sur les toxines secrétés par A.
tomatophila, il sera donc intéressant d’isoler, d’identifier et de caractériser les toxines
secrétées in vitro afin d’évaluer leur toxicité. Cela pourra donner des informations
supplémentaires sur le niveau d’agressivité et/ou virulence de ces souches.
L’estimation de la virulence de diverses espèces d’Alternaria nous a permis de choisir les

souches les plus variables au niveau agressivité pour l’étude du complexe pathogène
153
comprenant les espèces à petites et grosses spores à fin d’élucider l’existence d’interactions
synergiques et/ou compétitives. Nous avons ainsi conclu que la gravité de la maladie et
l’incidence des espèces à petites spores faiblement ou non virulente dépend de la présence
d’autres espèces virulentes, dans la majorité des cas.
Ces études étaient nécessaires pour compléter l’identification des espèces pathogènes des
Solanacées, ce qui a contribué à élucider des aspects épidémiques de cette maladie. Les
résultats obtenus augmentent notre compréhension de l’alternariose en Algérie et aideront
dans le développement et l'amélioration des stratégies de contrôle.
6. Lutte chimique
L’étude a porté sur l’estimation de l’osmo-sensibilité des Aletrnaria à petites spores (section
alternata) vis-à-vis aux concentrations 2 et 4% en NaCl nous a permis d’estimer une possible
relation avec leur agressivité. A la suite de ces résultats nous avons sélectionné deux souches
différentes appartenant à l’espèce A. alternata pour les tests fongicides en se basant sur
l’hypothèse que chez certains champignons ayant une résistance vis-à-vis certaines familles
chimiques est corrélée à une sensibilité osmotique (Fujimura et al., 2000). Les résultats nous
ont permis de détecter une résistances chez les deux souches vis-à-vis certaines matières
actives mais à différents degrés, cela pourra servir de base pour des tests ultérieurs sur un plus
grand nombre d’isolats et sur des fongicides ayants de cibles variées comme les strobulines,
les phenylpyrroles, les dicarboximides et les inhibiteurs de la biosynthèse de stérols (IBSs) et
ce afin de sélectionner des fongicides plus efficaces.
Bien que les traitements fongicides soient un élément clé dans la gestion intégrée de
l’alternariose, l’hypothèse de l'apparition de la résistance ne peut pas être exclue, limitant
ainsi l'efficacité et la durée de vie utile des fongicides développés à des coûts toujours plus
élevés. Nos résultats ont montré qu’A. alternata est sujette à la résistance aux substances de la
famille des dithiocarbamates. Par ailleurs, il n’en demeure pas moins, qu’il serait intéressant
d’effectuer des analyses moléculaires des symptômes sur feuilles de Solanacées par la
technique de PCR en temps réel pour la discrimination d’allèle spécifique afin de détecter
rapidement des génotypes résistants et de comprendre l'évolution de la résistance aux
fongicides au niveau de la population. En outre, une détection rapide des niveaux de
résistance dans les populations de champignons phytopathogènes dans un champ serait d'aider
154
les producteurs à prendre des décisions appropriées sur les programmes de gestion de la
résistance pour contrôler les maladies des plantes.
155
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Res.3 (5): 280-286.
Zarzov, P. Boucherie, H. Mann, C. 1997. A yeast heat shock transcription factor (Hsf1) mutant
is defective in both Hsc82/Hsp82 synthesis and spindle pole body duplication. J Cell Sci.
1879-1891.
Zhang, TY. 2003. Flora Fungorum Sinicorum, vol. 16, The genus Alternaria. Science Press,
Beijing. 1- 281.
185
Annexes
Annexes
ANNEXE 1
Publications sur le sujet
i. Article : Bessadat, N. Benichou, S. Kihal, M. Henni, J E. (2014). Aggressiveness and

morphological variability of small spore Alternaria sp. isolated from Algeria. Journal of
Experimental Biology and Agricultural researches. 2(2S): 265-278.
ii. Article : Bessadat, N. Simoneau, P. Benichou, S. Setti, B. Kihal, M. Henni, JE. (2014).
Morphological, physiological and pathogenic variability of small-spore Alternaria causing
leaf blight of Solanaceae in Algeria. African journal of microbiology Research. 8 (37) : 3422-
3434.
Communication affichée
1- Isolement, identification et caractérisation des Alternaria sp. responsables de la

détérioration des plantes maraichères par des systèmes enzymatiques et moléculaires. Le 28
Novembre 2012 à l’Université d’Oran (Campus Taleb Mourad). 4eme journée des doctorants.
2- Caractérisation morphologique, physiologique et pathogène des Alternaria alternata

responsables de la détérioration des Solanacées. Le 28, 29 et 30 Mai 2013 à l’université
Hassiba Benbouali de Clef. Séminaire international « protection des cultures stratégiques en
Algérie : situation et perspectives ».
ANNEXE 2
Milieux de cultures
Milieu à base de décoction de tomates (Kozlovski et Kvasnyuk, 1984)
· Feuilles ou fruits de tomate 200 g

· Saccharose 12g
· Agar-agar 20g
Les morceaux feuilles de tomates ou fruits découpé en morceaux sont infusés dans un ballon
avec couvercle dans environ 800 ml d'eau distillée pendant 15min. Après cuisson le liquide
est filtré à travers une étamine et mélangé au saccharose et à l’agar-agar, le volume final est
ajusté à 1 litre puis stérilisé à l’autoclave.
Milieu PSA (Samson et al., 2002)
· Pommes de terre 200 g

· Saccharose 20 g
· Agar-agar 20 g
Les morceaux de pommes de terre pelées sont cuits dans un ballon avec couvercle dans
environ 800 ml d'eau distillée pendant 30min. Après cuisson le liquide est filtré à travers une
187
Annexes
étamine et mélangé au saccharose et l’agar-agar et rempli jusqu'à 1 litre puis stérilisé à

l’autoclave.
Milieu PCA (Simmons, 2007)
· Pommes de terre 40 g
· Carotte 40g
· Agar-agar 20 g
Les morceaux de pommes de terre et de carottes pelé sont cuits dans un ballon avec couvercle
dans environ 500 ml d'eau distillée pendant 30min. Après cuisson le liquide est filtré à travers
une étamine et mélangé à l’agar-agar et rempli jusqu'à 1 litre puis stérilisé à l’autoclave.
MEA (Messiaen et al., 1991)
· Extrait de malt 10 g
· Agar agar 18 g
· 1 litre d'eau distillée.
Czapek-Dox agar (Salam et al.2006).
· NaNO3 2 g
· K2HPO4 1 g
· MgSO4.7H2O 0.5 g
· KCl 0.5 g
· FeSO4 .7H2O 10 mg
· Saccharose 30 g
· Agar 20 g
· Eau distillée 1 litre
Sabouraud (Dongyou Liu, 2010).
· Peptone 10 g
· Glucose 20 g
· Agar-agar 15 g
· Eau distillée (qsp) 1 000 ml
· vitamines et facteurs de croissance
· pH = 6,0
· Chloramphénicol à 0,5 g/l
Milieu Agar 2% (Rotem, 1994).
· Agar- agar 20 g
· Eau distillée 1 litre
188
Annexes
ANNEXE 3
Protocol d’extraction de l’ADN génomique chez les champignons (miniprep)
1- Prélever un échantillon de mycélium de 0,5cm2placé au fond d’un tube eppendorf de

1,5ml
2- Ajouter 100µl de tampon de lyse
3- Placer le reste du tampon de lyse au bain-marie à 80°C
4- Placer l’échantillon au microonde (850 W) avec couvercle ouvert pendant 15sec,

10sec et 5sec et entre chaque traitement 5à 10sec pour éviter que le mélange boue.
5- Ajouter 300µl de tampon de lyse à 80°C
6- Incuber au bain marie à 80°C pendant 10min
7- Ajouter 1 volume (400µl) phénol-chlo-iso (25 : 24 :1) vortexer 15sec
8- Centrifugation à15000g pendant 15min
9- Récupérer la phase aqueuse (350µl) dans un nouveau tube
10- Ajout de 10µl d’acétate de potassium 5M 180µl d’isopropanol
11- Incuber 5min dans la glace (minimum)
12- Centrifuger à 10min à 10000g
13- Eliminer le surnageant, laver le culot dans 250µl d’éthanol à 80%
14- Centrifuger 5min à 10000g et éliminer le surnageant
15- Sécher au speed vac 5 min
16- Reprendre le culot dans100µl de TE (10Mm Tris-HCl, 0,1Mm EDTA, pH=8.0)
NB : Diluer si nécessaire au 10eme après essais de migration sur gel.
Tampon de lyse pour (20 ml)
· 1ml Tris-HCl à 1M pH=7,2

· 2ml EDTA à 0,5M
· 3ml SDS 20%
· 200 µl 2-mercaptoethanol
· 14ml d’eau bi-distillée stérile
189
Annexes
ANNEXE 4
Mélange réactionnel de PCR
Un mélange standard de 50 μl se compose de :
- 2 μl de solution contenant l'ADN matrice,
- 10 µl de tampon de la polymérase Tpn5×
- 3 µl d’une solution de MgCl2 qui permet un fonctionnement optimal de l'enzyme
- 1µl des mononucléotides ou DNTP (dATP, dTTP, dCTP, dDTP) pour la synthèse des
nouveaux brins d'ADN,
- 1µl des amorces
- 0.2 µ de Taq polymérase.
Le volume est complété par de l'eau stérile milliQ. Tous les ingrédients sont mélangés dans la
glace afin que les réactions d'hybridation et d'élongation non spécifiques soient limitées.
ANNEXE 5
Protocole de préparation d’un gel d’agarose en tampon TAE (UMR Pa Vé, FUNGISEM
Angers 2013)
Ce mode opératoire décrit la préparation d’un gel nécessaire à la réalisation d’une

électrophorèse horizontale en gel d’agarose.
Tampon TAE :
· Tris 40mM
· Acétate de sodium 4mM
· EDTA 1mM
· pH 7.9
Le tampon TAE est préparé sous forme de stock concentré 10X. Le tampon 10X est stérilisé à
l’autoclave à 120°C pendant 30min ou à 110°C pendant 45min et conservé à 4°C. Il est
ensuite utilisé dans des conditions non stériles. Le tampon 5X est préparé en diluant 10X dans
de l’eau distillée et est conservé à température ambiante.
190
Annexes
Composition du tampon TAE 10X
· Trisma base 48,5 g/l (121,1 g/mol)

· Acétate de sodium 5,45 g/l (3H2O : 136,08 g/mol)
· ou acétate de sodium anhydre 3,28g/l (anhydre : 82,03g/mol)
· EDTA 3.72g/l (372,27g/mol)
· 1L d’eau distillée
· pH= 7.9 ajusté avec l’acide acétique.
Préparation du gel d’agarose
- Préparer la cuve d’électrophorèse sur une plaque munie de pieds à vis. Disposer le plateau,
les cales et peignes dans la cuve d’électrophorèse. Ajuster le niveau de de plateau à l’aide
d’un niveau de plateau à bulle.
- Peser l’agarose nécessaire dans un erlenmeyer. Exemples : pour un minigel à 1%, peser
0,25g d’agarose. Pour un midigel à 4% peser 3,2g d’agarose.
- à l’aide d’une éprouvette ajouter le tampon TAE 5X (25 ml pour un minigel ; 80 ml pour un
midigel et 250ml pour un maxigel)
- Peser l’erlenmeyer
- faire fondre au microondes, bien homogénéiser pour obtenir un gel translucide.
- Peser à nouveau l’erlenmeyer, ajuster si nécessaire au poids initial avec de l’eau distillée en
cas d’évaporation.
- laisser refroidir le gel à 50°C environ, puis couler le gel sur le plateau de la cuve
d’électrophorèse. Laisser refroidir pendant 30min environ jusqu’à solidification.
- enlever le peigne et les cales, déposer dans la cuve d’électrophorèse et la remplir avec le
tampon TAE 1X de façon à recouvrir le gel (2mm environ).
191
Annexes
ANNEXE 6
A B
C D
Morphologie des spores (Gr×400) : A. Stemphylium sp. (Souche 230) ; B. Ulocladium sp.
(Souche 122) identifiée comme A. consortialis ; C. Bipolaris sp. (Souche 291) ; D. (souche
non conservée) et E. Stemphylium solani (souche 268).
192
Annexes
B
Développement de l’alternariose sur folioles de tomate détachées sans blessures. T : témoins
inoculées avec du milieu PSA stérile et de l'eau distillée stérile; Feuilles inoculées avec des
fragments mycéliens (A) ; feuilles inoculés avec les suspensions de conidies (B).
Folioles de tomates détachées blesséés, inoculées par fragments mycéliens après huit jours
d’incubation à 25°C.
193
Annexes
194
Annexes
195
Annexes
196
Annexes
197
Annexes
198
Annexes
199

T

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REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

MINISTER DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE

Thèse de DOCTORAT LMD

Option : Contrôle Microbiologique et Hygiène Alimentaire

Isolement, identification et caractérisation des Alternaria sp.

Mlle BESSADAT Nabahat

KIHEL Mabrouk Professeur, Université d’Oran Président

Année Universitaire 2013- 2014

Je tiens tout d’abord à exprimer ma gratitude au Professeur Henni J E., Responsable du

Un grand merci aussi au Professeur Kihal M., Directeur du Laboratoire de microbiologie

J’exprime mes vifs remerciements au Docteur Benichou S L., Maître de conférences et

Je tiens à témoigner ma gratitude à Mr Setti B M., Maitre de conférences à l’Université de

Je tiens à remercier tout particulièrement Mr Guessas, B., Professeur à l’Université d’Oran,

Je tiens également à exprimer mes remerciements à Mr Hadadji M., Professeur à l’Université

Ma profonde reconnaissance à Mme Belhebri, Directrice de l’institut Pasteur d’Oran et à ma

Un grand merci aussi à Mr Tandjaoui, Directeur de l’institut national de protection des

Je souligne ma reconnaissance à Mme Derdour, et aux membres de son laboratoire de chimie

Je dédie ce travail à mes parents que je tiens à remercier affectueusement pour

Mots clés : Epidémiologie, Alternaria alternata, A. tenuissima, A. arborescens, A.

Early blight is a common disease of Solanaceae crops in northwestern Algeria. The

Keywords: Epidemiology, Alternaria alternata, A. tenuissima, A. arborescens, A.

‫‪ A. alternata, A. arborescens, A. tomatophila, A. solani‬ﻭ‪.A. tenuissima‬‬

‫‪ A. tenuissima ،A . arborescens .A. tomatophila ، A. solani‬ﻋﻠﻢ ﺍﻷﻭﺑﺌﺔ ‪، Alternaria alternata ،‬‬

Chapitre 1 : Etude bibliographique 4

3. Méthodes de lutte contre Alternaria 34

Chapitre 2 : Matériels et Méthodes 46

I. Diagnostic, Prospections sur terrain et étude épidémiologique 47

II. Identification morphologique et étude des caractères culturaux 49

III. Identification moléculaire des souches 53

IV. Test du pouvoir pathogène 59

Chapitre 3 : Résultats et Discussions 71

III. Identification moléculaire des souches 111

IV. Test du pouvoir pathogène 117

V. Lutte chimique 142

Chapitre 4 : Conclusions générales et Perspectives 148

1. Etude épidémiologique 149

Références bibliographiques 155

des critères de la morphologie des conidies, l’identification moléculaire, et la pathogénicité se

1.1. Les Solanacées

Exceptionnellement diversifiée, la famille des Solanacées comprend entre 3000 et 4000

Tableau 1: production mondiale de tomate en 2012 (http://faostat.fao.org/)

Position Région Production (T)

1.3. La pomme de terre

La pomme de terre est un élément essentiel à l’alimentation, la production mondiale est de

Tableau 2: production mondiale de pomme de terre en 2012 (http://faostat.fao.org/)

Position Région Production (T)

1.4. Importance économique

La structuration du maraîchage en Algérie apparaît autour des produits dits

Tableau 3: Principales cultures maraichères et industrielles en Algérie (MADR, 2009).

1.5. Pratiques culturales en Algérie

L'histoire des cultures maraîchères, notamment des Solanacées, en Algérie se rapporte au

2.1. Généralités sur les Alternaria

2.2. Historique de la taxonomie d’Alternaria

2.3. Classification et biologie des Alternaria

Figure 2 : Représentation des différents stades de développement des spores et conidiophores

2.4. Les Alternaria pathogènes des Solanacées

A. solani serait l'agent pathogène de l'alternariose de la pomme de terre, et A. beringelae E.G.

Figure 3 : Symptômes de l’alternariose: A. taches sur foliole de tomate provoquées par

ᇱ ° ൈ ͳͲͲ