Orthomyxoviridae

Virus de la grippe

Pr SEFFAR Myriam
Laboratoire central de Virologie, CHUIS
Hôpital des Spécialités, Rabat

Cours Résid UIASS, Février 2018 1

Objectifs du cours
o Décrire le schéma général de la structure
des virus influenza.

o Décrire l’épidémiologie et les variations

génétiques et antigéniques du virus de la
grippe.

o Identifier les indications et les moyens pour

la mise en œuvre du diagnostic virologique.

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 Orthomyxoviridae
PLAN

I. Introduction
II. Caractères virologiques
III. Epidémiologie
IV. Clinique
V. Diagnostic biologique
VI. Traitement
VII. Prévention
VIII.Conclusion

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 I- Introduction
Orthomyxoviridae:
Ortho: vrai
Myxo: mucus (capacité à se lier aux mucoprotéines
de la surface cellulaire).

Famille de virus responsables d’infection respiratoire:

Grippe « greifen » saisir
Maladie infectieuse virale, aiguë, à tropisme
respiratoire, très contagieuse.

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 I- Introduction

Maladie connue depuis l’antiquité,

nombreuses épidémies et pandémies
parfois graves et mortelles

Maladie sous l’influence du froid et saisons

« Influenza di freddo »

Maladie → homme et animal

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Pandémies de grippe
A-H1N1
v 2009

2009

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 I- Introduction

o Caractère paradoxal:
Maladie bénigne au niveau individuel
Fléau au niveau de la collectivité
Grave chez sujets fragilisés: ID, insuffisants
respiratoires, sujets âgés, nn, femmes enceintes

o Caractère émergent:
*Grippe aviaire ← virus A H5N1
1°cas décrits en 1997 à HongKong
Transmission /contact direct avec volaille

*Grippe A H1N1 2009: 1ère pandémie du 21° siècle

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 I- Introduction

o Grande variabilité génétique du virus

⇐ génome

o Prévention: vaccin annuel

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II- Caractères virologiques
1- Classification

Famille: Orthomyxoviridae

Genres: Influenzavirus A, Influenzavirus B,

Influenzavirus C

3 Types de virus grippaux: A B C

Un grand nombre de sous-types viraux du

virus de type A
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 II- Caractères virologiques

2- Structure:

Virus enveloppés

Forme sphérique

θ: 80-120 nm

Symétrie hélicoïdale

Virus à ARN
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 II- Caractères virologiques

2-1- Enveloppe virale

Bicouche lipidique, dérive membrane plasmique cellules infectées

Sensible: détergents, solvants des lipides

Hérissée de spicules ou glycoprotéines virales membranaires:

hémagglutinine HA et neuraminidase NA

Virus A et B: 2 types de spicules HA et NA

Virus C: 1 seul type

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Virus de type A: divisé
en sous types selon la
nature de:

HA: H1-H16
(3 chez l’homme H1 H2 H3)
NA: N1-N9
(2 chez l’homme N1 N2)

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 HA → fixation du virus sur cellules

NA → libération des virions hors de la cellule / bourgeonnement

Hémagglutinine

Neuraminidase

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 II- Caractères virologiques

2-2- Génome viral

ARN monocaténaire, polarité négative, segmenté +++

→ grande variabilité génétique

Virus A et B: 8 segments
Virus C: 7 segments

Chaque segment est recouvert de molécules de

nucléoprotéine: ribonucléoprotéine RNP de structure
hélicoïdale Cours Résid UIASS, Février 2018 14
 II- Caractères virologiques

Nucléoprotéine: détermine
le type viral A B ou C

Ag de surface (HA et NA):

détermine le sous-type
viral

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Particule de virus Influenza

Hémagglutinine

Neuraminidase

8 ribonucléoprotéines

Protéine M2

Protéine de matrice M1

EMC 2015

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3- Nomenclature

Souche A ou B Origine géographique

Ag nucléoprotéine Ville ou pays N° souche

A/ Singapore/ 1/ 57 (H2N2)
Année d’isolement Caractère HA NA
(virus A)

A/ chicken/ Shantou/ 423/ 2003 (H5N1)

Hôte d’origine
(souches d’origine
non humaine)
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 Orthomyxoviridae
PLAN

I. Introduction
II. Caractères virologiques
III. Epidémiologie
IV. Clinique
V. Diagnostic biologique
VI. Traitement
VII. Prévention
VIII.Conclusion

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III- Epidémiologie

1- Réservoir:

Virus A: homme animal (aviaire)

Virus B: homme (en majorité)

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 III- Epidémiologie

2- Transmission

Voie respiratoire / toux, éternuements

↑ lieux clos et confinés: transports en commun,

collectivités (écoles, casernes…)

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 2- Transmission

Grippe aviaire

« grippe du poulet » Virus A H5N1, H7N9

Réservoir: oiseaux sauvages et domestiques

Transmission / voie respiratoire lors d’un contact direct

avec un oiseau malade

xxx cas Asie, Monde, certains mortels

Non transmise d’homme à homme:

PAS DE TRASMISSION INTERHUMAINE
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 2- Transmission

Grippe A H1N1 v2009

o Porc à homme / voie

respiratoire
Manger du porc ne présente pas
de risque car la cuisson détruit
le virus

o Homme à homme / voie

respiratoire: gouttelettes de
salive sur mains, surfaces ou
dispersées dans l’air
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Cours Résid UIASS, Février 2018 23
 III- Epidémiologie

3- Formes épidémiques

- Pandémies: épidémie qui atteint la totalité du

globe en un temps court ⇒ forte mortalité
Virus A 10-30 ans

- Epidémies: pendant périodes inter-pandémiques

Virus A B Hiver

- Cas sporadiques: virus B C

Cours Résid UIASS, Février 2018 24

 III- Epidémiologie

4- Variations génétiques et antigéniques:

Glissement Ag (Drift) Cassure Ag (Shift)

Modifications continues et Changement complet d’une

mineures de HA et NA = molécule de surface HA ou NA →
Mutations ponctuelles → virus virus différent: nouveau sous-type
proche mais Ag différent:
nouveau variant
Virus A

Virus A B > C + rares: pandémies 10-30 ans

Epidémies annuelles Immunité inexistante

Protection partielle / vaccin

25
 Mécanisme de réassortiment
génétique

EMC 2015
26

Cours Résid UIASS, Février 2018

Nouveau virus A H1N1

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 Les différents virus de grippe saisonnière
susceptibles de circuler actuellement dans
la population

o Les virus de type A, de sous-type H3N2

ou H1N1pdm09

o Les virus de type B, lignage B-Yamagata

ou B-Victoria

Cours Résid UIASS, Février 2018 28

 IV-Clinique
o Incubation courte: 2-3 jours

o Début brutal

o Phase d’état:
frissons
fièvre (aspect diphasique: V grippal)
douleurs diffuses (courbatures, myalgies, arthralgies)
signes d’irritation conjonctivale, laryngo-trachéale ou
bronchique (toux sèche)
asthénie, anorexie

o Guérison (3-7j), pfs complications chez sujets à risque:

pneumonie, Cx neurologiques (encéphalopathie,
convulsions), surinfection bactérienne

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Cours Résid UIASS, Février 2018 30
 Orthomyxoviridae
PLAN

I. Introduction
II. Caractères virologiques
III. Epidémiologie
IV. Clinique
V. Diagnostic biologique
VI. Traitement
VII. Prévention
VIII.Conclusion

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V- Diagnostic biologique

Indications du diagnostic virologique

- Surveillance épidémiologique

- Atteintes respiratoires sévères ou

compliquées en milieu hospitalier

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 Objectifs du diagnostic
virologique de la grippe (1)
o Diagnostic de toute infection
respiratoire aiguë à l’hôpital ou en
collectivité pour
n la PEC du patient,
n la prévention de la transmission
nosocomiale et
n l’instauration d’un traitement antiviral:
sans attendre les résultats des tests
virologiques si forte suspicion et facteurs
de risque
Cours Résid UIASS, Février 2018 33
 Objectifs du diagnostic
virologique de la grippe (2)
o Surveillance au niveau régional des
épidémies de grippe
n Apprécier l’impact dans la population
n Caractériser les types, sous-types, lignages
et variants
n Evaluer l’efficacité vaccinale
n Contribuer à la détection de nouveaux
variants antigéniques >>>adapter la
composition vaccinale
n Suivre l’évolution de la sensibilité aux
antiviraux
Cours Résid UIASS, Février 2018 34
 V- Diagnostic biologique
Diagnostic direct: détection du virus ou de ses
constituants

Prélèvement: TOUT TYPE DE PRELEVEMENT

RESPIRATOIRE
Doit être précoce: dans les 48h après le début des symp
Doit contenir suffisamment de cellules de l’épithélium
cilié, siège de la x virale
Placé dans un milieu de transport virus,
Conservé à +4°C ou acheminé rapidement au laboratoire
- Ecouvillonnage nasopharyngé
- Aspiration nasopharyngée
- Aspiration endotrachéale ou bronchique, Lavage broncho-
alvéolaire LBA (patients hospitalisés)
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Prélèvements

Ecouvillonnage naso-pharyngé Ecouvillonnage de gorge

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 Diagnostic direct
q Détection des Ag viraux

q TROD: détection qualitative des VI et

détermination du type A et/ou B
q Immuno-enzymatiques (savonnettes)
q Immuno-chromatographique (bandelettes)
Manque de sensibilité

q Immunofluorescence (IF)
Trousses commerciales: détection VI A et B en
même temps que d’autres virus respiratoires
(VRS, VPI, ADV)

q Tests ELISA

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 Diagnostic direct

q Détection du génome viral / RT-PCR

METHODE DE CHOIX POUR LA DETECTION ET LA

CARACTERISATION DES VI
- Extraction (semi) automatisée des acides nucléiques,
- Transcription inverse
- Amplification d’une séquence spécifique du génome

Typage A ou B: Gene M (Gène conservé)

Determination du sous-type/lignage: Gènes HA et/ou NA
PCR multiplexe: détection de plusieurs virus respiratoires
Quantification possible

SENSIBILTE ET SPECIFICITE +++

q Détection du virus / ME
Cours Résid UIASS, Février 2018 38
Cours Résid UIASS, Février 2018 39
 V- Diagnostic biologique
q Détection du virus / culture virale =
Technique de référence

Sans intérêt pour le diagnostic individuel en pratique quotidienne mais

indispensable pour la caractérisation antigénique complète des
virus et l’étude de la sensibilité aux antiviraux

sur œuf de poule embryonné +/- (Préparation des

souches vaccinales)
ou culture cellulaire sur cellules MDCK: Madin
Darby Canine Kidney (cellules épithéliales de
rein de chien)
Pas d’ECP évident
Cours Résid UIASS, Février 2018 40
 V- Diagnostic biologique

La x virale est détectée par un test

d’hémagglutination avec des GR de différentes
espèces (coq, cobaye, homme) ou / test ELISA

L’identification est faite par un test d’inhibition de

l’hémagglutination utilisant des sérums de
référence spécifiques des différents types,
sous-types et variants. LABO SPECIALISES

Résultat en 2 à 10 jours

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 Tests d’évaluation
de la sensibilité aux antiviraux

o En laboratoire spécialisé

o VI circulant actuellement chez l’homme sont tous

résistants aux inhibiteurs de la M2 (amantadine,
rimantadine)

o Oseltamivir et zanamivir= INA

o Mutations NA >>> diminution de la sensibilité aux

INA

Cours Résid UIASS, Février 2018 42

 Tests d’évaluation
de la sensibilité aux antiviraux

o Tests génétiques:
n RT-PCR temps réel différentielle
n Pyroséquençage
n Séquençage selon méthode de Sanger
n Séquençage haut débit de nouvelle génération NGS

S’appliquent directement aux prélèvements (à condition que

la CV soit suffisante) >>> réponse rapide

o Tests phénotypiques: cc inhibitrices (IC50) pour un

INA donné et vis-à-vis d’un virus donné
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Comparaison des différentes techniques de
diagnostic direct de la grippe

Cours Résid UIASS, Février 2018 44

 V- Diagnostic biologique
Diagnostic indirect: détection des Ac / sérologie

Prélèvement: sang total sur tube sec

2 prélèvements à 10-15 jours d’intervalle
Peu d’intérêt dans le diagnostic individuel quotidien
LABO SPECIALISES

Diagnostic tardif, rétrospectif

Evaluer la réponse à la vaccination
Enquêtes épidémiologiques

- Réaction de fixation du complément

- Réaction d’inhibition de l’hémagglutination
- Réaction immunoenzymatique (ELISA)
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Diagnostic Grippe A H1N1 v2009

Prélèvement

RT-PCR real time:

1- Extraction
2- Préparation Mix
réactionnel
3- Mélange ARN-Mix
4- RT-PCR

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 Orthomyxoviridae
PLAN

I. Introduction
II. Caractères virologiques
III. Epidémiologie
IV. Clinique
V. Diagnostic biologique
VI. Traitement
VII. Prévention
VIII.Conclusion

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 VI- Traitement

1- Symptomatique
Antipyrétiques
Antalgiques
ATB si surinfection bactérienne
Antitussifs

2- Etiologique
Amantadine, Rimantadine: type A, bloque la pénétration des virus
Ribavirine
Zanamivir (Relenza*) Oseltamivir (Tamiflu*): inhibiteurs de la NA

Cours Résid UIASS, Février 2018 48

Traitement Grippe A H1N1

- Sensible à l’oseltamivir (Tamiflu*) et

au zanamivir (Relenza*).

- Résistant à l’amantadine et
rimantadine

Cours Résid UIASS, Février 2018 49

Résistance aux antiviraux
Type ou sous-type viral

Antiviral A H1N1 A H3N2 B Nouveau

saisonnier A H1N1 2009

Adamantanes S R R R

Oseltamivir R S S S

Zanamivir S S S S

Cours Résid UIASS, Février 2018 50

 Orthomyxoviridae
PLAN

I. Introduction
II. Caractères virologiques
III. Epidémiologie
IV. Clinique
V. Diagnostic biologique
VI. Traitement
VII. Prévention
VIII.Conclusion

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 VII- Prévention
Vaccination +++

Vaccin inactivé et purifié

Contient 2 souches de type A H1N1 et H3N2 et une souche de type B

Immunité: apparaît en 2 à 3 semaines et dure 9 à 12 mois

Revu annuellement en fonction de la situation épidémiologique

Réalisé entre début Septembre et mi-Novembre

S/C ou IM

Sujets à risque, personnel de santé

Cours Résid UIASS, Février 2018 52
 Population à risque,
Vaccination annuelle recommandée

o Personnel de santé
o Personnes âgées de 65 ans et plus
o Tabagiques
o Pneumopathies chroniques
o Affections chroniques: respiratoires, cardiaques,
hépatiques, métaboliques, neurologiques…
o Immunodéficience
o Grossesse
o Obésité morbide

Cours Résid UIASS, Février 2018 53

 Objectifs de la vaccination
- Préserver l’intégrité du système de soins et des
infrastructures essentielles → → vaccination du personnel
stratégique: professionnels de santé, personnel de sécurité,
personnel devant assurer la continuité des services vitaux.

- Réduire la mortalité et la morbidité → → population

vulnérable: pèlerins, femmes enceintes, enfants < 5ans et >
6mois, malades atteints de pathologies chroniques, adultes
en bonne santé.

Cours Résid UIASS, Février 2018 54

 Prévention

o Isolement des malades

o Lavage des mains
o Port de masques, gants
o Désinfection des surfaces et locaux
o Gestion des déchets
o Surveillance active des sujets contacts

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Cours Résid UIASS, Février 2018 56
Prévention

Cours Résid UIASS, Février 2018 57

 Recommandations du CDC
o Rester informé
o La grippe est transmise de personne à personne par la toux
ou les éternuements → prendre des précautions quotidiennes
pour rester en bonne santé:
- Se couvrir la bouche par un mouchoir en papier lorsqu’on
tousse ou on éternue. Ensuite, jeter le mouchoir dans une
poubelle de préférence avec couvercle.
- Se laver fréquemment les mains avec de l’eau et du savon
surtout après toux ou éternuement. Il est également possible
d’utiliser des solutions hydro-alcooliques.
- Nettoyer et désinfecter les objets utilisés par le malade
- Eviter de se toucher les yeux, le nez ou la bouche.
- Rester chez soit lorsqu’on est malade.
Eviter le contact avec d’autres personnes.
- Eviter le stress et l’anxiété

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Cours Résid UIASS, Février 2018 59
 VIII- Conclusion

Virus grippaux: famille Orthomyxoviridae

Agents de la Grippe

Diagnostic virologique:
§ Détection des Ag viraux ++ / génome (AH1N1)++
§ Culture virale: isolement souche virale, étude
variabilité Ag, vaccins
§ Sérologie: peu d’intérêt

Prévention: vaccin annuel

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