ÉRISTIQUES GÉ

CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 1

ÉNÉ
Enzymologie

INTRODUCTION
Les enzymes* sont des acteurs omniprésents dans la vie de la cellule.
Sans ces protéines*, aucune réaction du métabolisme* des cellules ne serait possible.

Une cellule est un système thermodynamique dans lequel se déroule :

- Des échanges de matière et d’énergie avec son environnement
- Des transformation de matière
- Des conversions d’énergie.

Ces flux et transformation se déroulent dans des conditions physico-chimiques compatibles avec la vie
grâce aux enzymes.

La catalyse biologique a été découverte au début du 19ème siècle en étudiant la digestion.

Actuellement, on sait purifier des milliers d’enzymes.

La réaction biochimique : C’est une réaction chimique qui se déroule dans la cellule ou le milieu
cellulaire, en présence d’un catalyseur biologique (biocatalyseur), l’enzyme. On écrira une réaction
enzymatique de la manière suivante :
Enzyme (E)
S (Substrat) P (Produit)
Il existe essentiellement 2 grands types de réactions biochimiques :
- Les réactions de dégradation de la matière organique (catabolisme)
- Les réactions de synthèse de la matière organique (anabolisme)

Nature des enzymes :

- Généralement les enzymes sont de nature protéique
- D’autres molécules non protéiques peuvent aussi avoir une activité catalytique : les abzymes
(Ac) et les ribozymes (ARN)

I. RÔLES DES
DES ENZYMES
A
A.. RAPPELS SUR LA CATALYSE CHIMIQUE
Définition d’un catalyseur : c’est une substance qui accélère la vitesse d’une réaction chimique.

Propriétés :

Agit en faible quantité par rapport aux réactifs.

Reste inchangé à la fin de la réaction.

Ne modifie pas le(s) produit(s) de la réaction.

Ne peut pas permettre une réaction impossible, donc ne catalyse que des réactions
spontanément possibles

Ne modifie pas l’état de l’équilibre ; il modifie donc les vitesses de réaction dans les deux sens.

B
B.. QUELQUES EXEMPLES D’ENZYMES
La catalase : elle catalyse la réaction suivante :

H2O2 H2O + ½ O2

Avec une concentration de H2O2 = 1 mol/L, la vitesse de réaction est de :

- 2,2.10 –13 mol/L/s sans catalyseur
- 5,4.10 –9 mol/L/s avec un catalyseur chimique (le platine colloïdal)
- 4,5.10 –2 mol/L/s en présence de catalase

Q1 : Calculer le rapport d’accélération avec le platine et avec la catalase.

Résultat : avec le platine : 2,5.10 4 et avec la catalase : 2.10 11

Conclusion : la catalase est un catalyseur biologique très puissant.

 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 2
ÉNÉ
Enzymologie
C
C.. COMPARAISON AVEC LES CATALYSEURS CHIMIQUES
Document 1 : Mise en évidence expérimentale de l’importance d’un catalyseur
L’amylase salivaire : Action de la salive sur l’amidon.

Expérience 1 Expérience 2
Hydrolyse par la salive Hydrolyse par le chlorure d’hydrogène
Empois
Salive
d’amidon

Bain marie à Empois d’amidon +

37°C quelques gouttes
de HCl
Tube 1 Tube 2

Le mélange est porté à 100°C pendant 1h

Pour chaque expérience, on effectue 2 prélèvements. Un test à l’eau iodée (ou lugol) tandis que l’autre est testé à la
liqueur de Fehling.
Les résultats figurent dans les tableaux ci-dessous.
Temps en minutes Temps en minutes
Tube 1 0 3 6 9 0 20 40 60
Lugol + + + + Lugol + + rouge +
Fehling - - - - Fehling - - - +
Temps en minutes Aide à l’analyse des résultats :
Tube 2 0 3 6 9 1. Coloration à l’eau iodée
Lugol + + rouge + Réaction + (couleur bleue) indique la présence d’amidon
Réaction – (couleur jaune) indique l’absence d’amidon
Fehling - - - + La couleur rouge indique la présence de dextrines, polyholosides
de masse moléculaire plus faible que celle de l’amidon.
Rappel sur l’amidon :
2. Réaction à la liqueur de Fehling
L’amidon est un polyholoside de réserve de 30 à
Réaction + (précipité rouge brique) indique la présence de sucres
300 kDa constitué d’un grand nombre de molécules réducteurs
de glucose (200 à 2000) reliés par des liaisons Réaction – (pas de précipité rouge brique) indique l’absence de
covalentes osidiques. Lors de la digestion, cette sucre réducteur
longue molécule est découpée, par étapes, en de
multiples molécules de glucose, constituant ainsi des nutriments qui pourront passer dans le sang.

Amylase salivaire
Amidon + H O ( glucose-glucose )n ou n maltose
2

Analyses :
Expérience 1 :
Le tube 1 témoin montre que l’amidon seul placé à 37°C ne subit aucune transformation. Il n’y a pas
d’apparition de sucre réducteur.
Le tube 2 montre qu’en présence de salive, à 37°C, l’amidon est totalement hydrolysé au bout de 9
minutes. Le 1er sucre réducteur qui apparaît est un diholoside, le maltose. Chaque molécule de maltose
donnera ensuite 2 molécules de glucose.
Expérience 2 :
L’expérience 2 montre qu’en présence de HCl, il faut chauffer à 100°C et attendre 1h pour obtenir le
même résultat.
Même si les conditions expérimentales ne sont pas rigoureusement comparables car les quantités
d’empois d’amidon ne sont pas les mêmes dans l’expérience 1 et dans l’expérence 2, onpeut toutefois
observer que la seule présence de la salive permet une apparition de sucres réducteurs plus rapide que
dans le cas d’un catalyseur minéral.
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 3
ÉNÉ
Enzymologie
Conclusion :
La salive contient une enzyme, l’amylase salivaire, qui permet à la réaction de se dérouler rapidement dans
des conditions de température compatibles avec la vie. L’enzyme est donc un biocatalyseur protéique.

L’amylase joue le même rôle que l’acide chlorhydrique mais en agissant plus vite et en nécessitant moins
d’énergie car elle agit à une température presque 3 fois plus faible.

Il y a donc un lien entre l’enzyme et les impératifs énergétiques de la réaction qu’elle catalyse. La
compréhension du rôle des enzymes nécessite donc un rappel de thermodynamique. Document 2

Les enzymes sont des catalyseurs biologiques qui diffèrent des catalyseurs chimiques sur 4 points
importants :
1. Les vitesses de réactions catalysées par ces biocatalyseurs :
- sont multipliées par un facteur compris entre 106et 1012 par rapport aux réactions non
catalysées
- sont multipliées de plusieurs ordres de grandeurs supérieures aux réactions catalysées
chimiquement.
2. Les conditions de réactions enzymatiques sont plus douces car les enzymes travaillent à
des températures inférieures à 100°C, à pression atmosphérique et à un pH proche de la
neutralité.
3. Elles présentent une spécificité de réactions par rapport à leurs substrats beaucoup plus
importante et ne génèrent que très rarement des produits secondaires.
4. L’activité enzymatique varie selon la concentration de substances qui peuvent être autres
que les substrats eux-même : donc les réactions enzymatiques peuvent être régulées.

Problématique : pourquoi ces molécules sont-elles de si remarquables auxiliaires biologiques ?

NB : les enzymes sont cependant des protéines qui sont donc très sensibles à la température et au pH.

II. PROPRIÉ
PROPRIÉTÉS GÉ
GÉNÉRALES DES ENZYMES
A
A.. SPÉCIFICITÉ DES ENZYMES
L’activité d’une enzyme ne s’exerce que sur un type particulier de substrat ou sur une réaction
biochimique définie.

1) Spécificité de réaction
Pour un substrat donné, un enzyme ne catalyse qu’une seule réaction parmi l’ensemble de celles
qui sont possibles. Par exemple, sur un même acide aminé, plusieurs enzymes auront des actions
différentes.

R — CH — COOH R — CO — COOH + NH2 (par une décarboxylase).

NH2 R — CH2 — NH2 + CO2 (par une désaminase).

Chacun des deux enzymes ne catalysera que la seule réaction pour laquelle il est capable d’abaisser
suffisamment l’énergie d’activation.

2) Spécificité de substrat
Une enzyme agit sur un seul substrat ou un groupe de substrat ayant des particularités structurales
communes. Cette spécificité est plus ou moins étroite et dépend dans tous cas de l’architecture
spatiale des molécules.

On parlera de:

Spécificité de groupe, lorsque l’enzyme agit sur un ensemble de substrats ayant un groupement
similaire. Par exemple, la β -galactosidase, catalyse l’hydrolyse de la liaison osidique des
molécules du groupe des β -galactosides.

Lactose + H20 β-galactose + glucose

 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 4
ÉNÉ
Enzymologie
ONPG (orthonitrophénol β -galactoside) + H20 ONP + β -galactose

Dans les deux cas, le groupement β-galactose est indispensable.

Spécificité absolue, lorsque la spécificité est si étroite que l’enzyme n’agit que sur un seul
substrat. Par exemple, l’uréase ne catalyse que l’hydrolyse de l’urée.

H2N—CO—NH2 + H20 CO2 + 2 NH3

Stéréospécificité, lorsque la spécificité est tellement étroite que l’enzyme n’agit que sur un seul
isomère parmi plusieurs possibles du substrat. Par exemple, la fumarase agit sur l’acide
fumarique, mais est inactive sur l’acide maléique.

H—C—COOH CH2—COOH
+ H2O
HOOC—C—H HO—CH—COOH

Acide fumarique acide L malique

H—C—COOH
+ H2O Réaction impossible
H--C—COOH

Acide maléique

Spécificité de liaison, lorsque la spécificité se manifeste au niveau d’une liaison. Par exemple, les
peptidases coupent les liaisons peptidiques.

X—CO—NH—Y + H20 X—COOH + H2N—Y

B
B.. RÉVERSIBILITÉ DE L’ACTION DES ENZYMES

E
S P

La réaction enzymatique est réversible, mais spontanée seulement dans un sens (où ∆G < 0).
Voir au IV.

III.STRUCTURE
STRUCTURE DES ENZYMES
A
A.. ARGUMENTS EXPÉRIMENTAUX AMENANT A UNE STRUCTURE PROTÉIQUE

L’analyse élémentaire des enzymes permet de voir qu’ils sont composés de C, H, N et O.

Leur poids moléculaire est élevé, de 12 000 à 1 million. NB : PM = M prot / M H

Par hydrolyse partielle, on obtient des peptides.

Par hydrolyse complète, on obtient des acides aminés.

Les pH extrêmes ou les fortes températures les dénaturent.

Leur activité dépend de leur structure spatiale.

Conclusion : Les enzymes sont bien des protéines.

B
B.. DIFFÉRENTS NIVEAUX D’ORGANISATION MOLÉCULAIRE
Comme dans toute protéine, on distingue :
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 5
ÉNÉ
Enzymologie
Document 3 : Les différents niveaux d’organisation moléculaire.

Une structure primaire : correspond à l’enchaînement des acides aminés liés entre eux par une
liaison peptidique.
La structure primaire est donc déterminée par :
- L’ordre des acides aminés les uns par rapport aux autres (sous contrôle génétique)
- La nature des acides aminés composant la séquence (sous contrôle génétique)
- Le nombre d’acides aminés de la séquence. (sous contrôle génétique)

Une structure secondaire, qui est la forme adoptée par l’enchaînement dans l’espace des acides
aminés. On observe deux structures principales stabilisée par des liaisons hydrogènes
périodiques entre les groupements NH et C=O de la chaîne principale :
- l’hélice α (rotation régulière d’une chaîne sur elle-même)
- les feuillets β (repliement en accordéon d’une chaîne sur elle-même).

Une structure tertiaire : c’est la conformation tridimensionnelle globale biologiquement active de

la protéine. Elle correspond à l’arrangement dans l’espace des structures secondaires locales qui
produit une forme globale spécifique. La stabilisation se fait par des liaisons faibles
(hydrophobes, ioniques…) ou des liaisons covalentes (ponts disulfures).

Dans une protéine globulaire : en général, les chaînes latérales hydrophobes sont repoussées à
l’intérieur de la structure et forment le core hydrophobe, alors que les résidus polaires hydrophiles en
contact avec l’eau forment l’essentiel de la surface de la structure.

Il existe des structure intermédiaires entre les structures secondaires et tertiaires :

- Les motifs : structures super-secondaires comme les hélice-tour-hélice, hélice-boucle-hélice, mixte α-β, β-β
- Les domaines : rassemblement de plusieurs motifs pour former une structure globulaire compactée (= unité de la
structure IIIre)

Une structure quaternaire : c’est l’union de 2 ou plusieurs chaînes polypeptidiques (ayant elles-
mêmes une structure IIIre). Elle correspond à un édifice complexe formé de l’association
symétrique de plusieurs sous-unités appelés monomères ou protomères.
- On distingue les oligomères (association < 10 protomères) des polymères (association > 10
protomères).
- L’association en oligo ou polymère est obligatoire à la fonction biologique de la protéine.
- Si toutes les sous unités sont identiques, on parlera d’une enzyme homopolymérique ;
- Si elles sont différentes, l’enzyme est qualifié d’hétéropolymérique.
- Les liaisons entre protomères sont non covalentes (liaisons H, ioniques et interactions
hydrophobes).
_______________________________________________________________________________________

On distingue :
- les holoenzymes : constituées uniquement d’acides aminés
- les hétéroenzymes : constituées d’une partie protéique (apoenzyme) associée à une partie
non protéique (cofacteur). Quand le cofacteur est étroitement lié à la molécule d’enzyme il est
nommé groupement prosthétique.

Les cofacteurs :
- ions métalliques (Mg2+, Ca2+…)
- petites molécules organiques non protéiques (coenzymes CoE) qui dérivent généralement d’une
vitamine.

Les coenzymes :
- peuvent être lié de façon permanente à la protéine et participer activement aux évènements
réactionnels (ex : enzyme à biotine)
- peuvent ne pas être liés de façon permanente à la protéine (ex : déshydrogénases à NAD)
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 6
ÉNÉ
Enzymologie
C
C.. CONFORMATION SPATIALE ET ACTIVITÉ BIOLOGIQUE : EXPÉRIENCE DE
DÉNATURATION
Dans les années 1965 ANFINSEN a réalisé une expérience de dénaturation/renaturation sur une
enzyme de 124 résidus, la ribonucléase pancréatique (enzyme clivant les liaisons phosphodiesters à l’intérieur des
chaînes d’ARN).
Cette molécule comporte 4 liaisons disulfure (S-S) entre des résidus cystéine.

Expérience :
- Dans un premier temps, il met l’enzyme en présence d’urée (destruction des liaisons faibles) et
de β -mercaptoéthanol détruits les ponts disulfures en les réduisant en -SH), la ribonucléase
perd sa structure tertiaire originelle et son activité.

- Dans un deuxième temps, il élimine par dialyse ces deux agents, et incube l’enzyme
dénaturée à température ordinaire dans un tampon physiologique contenant du dioxygène qui
réoxyde les groupe sulfhydryles en ponts disulfures. La ribonucléase retrouve alors sa
structure tertiaire native. Pourtant, statistiquement, les ponts disulfures auraient pu se
reformer au hasard avec plus de 100 possibilités différentes. Son activité catalytique est
également restaurée.

Donc une protéine dénaturée peut retrouver sa conformation native et son activité sans apport
d’énergie et sans action catalytique.

Cette renaturation ne produit qu’un seul modèle de conformation parmi les multiples possibles, celui de
départ.

Conclusions :

Toute modification de la structure tertiaire d’une protéine entraîne une modification, voire une
perte de l’activité biologique initiale de la protéine : il existe une relation étroite entre
l’activité biologique et la conformation.

La séquence en acides aminés (= structure primaire) de la chaîne polypeptidique des

protéines est nécessaire et suffisante pour la formation de la structure tridimensionnelle
active : la conformation est déterminée par la séquence des acides aminés.
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 7
ÉNÉ
Enzymologie
D
D.. LES ISOENZYMES

Il s’agit d ‘enzymes ayant une activité catalytique donnée, qui existent sous des formes moléculaires
multiples. Prenons l’exemple de la lactate déshydrogénase :

CH3—CO—COOH + 2 H+ CH3—CHOH—COOH

La LDH est un tétramère pouvant exister sous différentes formes, issues de l’association de deux
types de chaînes protéiques : la chaîne H et la chaîne M.

Dans le muscle, la LDH est constituée de 4 monomères de type M (pour Muscle). La

LDH du muscle est dite M4.

Dans le cœur, la LDH est constituée de 4 monomères de type H (pour Heart). La LDH
du cœur est dite H4.

Cependant, dans chacun de ces deux organes, on peut trouver les formes intermédiaires de la LDH, en
quantité moindre (M3H, M2H2, M1H3). Chacun de ces isoenzymes peut être différenciés par leur
position de migration dans un champ électrophorétique.

E
E.. LES SYSTÈ
SYSTÈMES POLYENZYMATIQUES

Ce sont des systèmes protéiques complexes, pouvant fonctionner avec plusieurs coenzymes
différents et présentant ainsi plusieurs activités : ce sont des enzymes polyfonctionnelless. Nous
verrons dans le métabolisme l’exemple de la pyruvate décarboxylase, complexe comprenant 3
enzymes et 5 coenzymes.

Dans de tels systèmes, les activités sont coordonnées et l’efficacité catalytique est augmentée, par
rapprochement spatial des substrats, et donc des fréquences de rencontre plus importante.

F
F.. LES PRO-
PRO-ENZYMES

Ce sont des enzymes synthétisés sous forme inactive ; l’activité ne s’exerce que lorsqu’elle perd une
partie de sa structure. Prenons l’exemple de quelques enzymes digestives :

HCl
Pepsinogène Pepsine

Trypsinogène Trypsine

IV. MODE D’ACTION DES ENZYMES

A
A.. RAPPELS DE CHIMIE Voir Doc 2.
B
B.. THERMODYNAMIQUE Voir Doc 3.
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 8
ÉNÉ
Enzymologie
Document 2 : Rappels de chimie
I. DEFINITIONS
La réaction chimique est un ensemble de phénomènes qui accompagne la transformation d’espèces chimiques qui
sont dans un état initial en d’autres espèces chimiques qui atteignent un état final.
Quand on étudie une réaction chimique, on s’intéresse :

Soit à l’évolution de la réaction en fonction du temps: c’est la cinétique chimique.

Soit à l’évolution de la réaction en fonction des variations d’énergie du système : on mesure
alors un bilan énergétique.
Les réactions peuvent être complètes ou atteindre un équilibre.

II. ASPECT ENERGETIQUE D’UNE REACTION CHIMIQUE

2.1. Variation d’énergie libre ou d’enthalpie libre

Soit la réaction A+B C + D

Etat initial Etat final
U0 U1
Chaque état se caractérise par un potentiel énergétique (noté ici U0et U1) qui dépend des molécules en présence
(c’est leur énergie interne). Au cours de la réaction, le potentiel énergétique évolue de U0 à U1. La différence
correspond à de l’énergie libérée ou consommée et dans une situation simple, on l’appelle variation d’énergie
libre ou variation d’enthalpie libre et elle est notée
G.
U1 - U0 =
G

22. Réaction spontanée

La réaction chimique évoluera spontanément de l’état initial à l’état final, seulement si elle s’accompagne d’une
diminution du potentiel énergétique, donc si
G est négatif. Elle est alors dite exergonique
Si au cours d’une réaction chimique,
G est positif, la réaction est non spontanée et elle est dite endergonique
Et la réaction ne pourra se faire qu’avec un apport extérieur d’énergie.
Lorsque l’équilibre est atteint,
G = 0

23. Energie d’activation

Quand une réaction est exergonique, le niveau énergétique de l’état final est inférieur à celui de l’état initial. En
général, l’énergie du système ne passe pas directement de l’énergie de l’état initial à celle de l’état final, mais par
un état de transition qui correspond à un niveau énergétique maximal. L’énergie nécessaire pour atteindre ce
maximum à partir de l’état initial est appelée énergie d’activation.
Energie du système

Etat de transition
E* = Energie

d’activation

E*
E = Energie de réaction
Etat
Initial

E
Etat final

Progression de la réaction

Seuls les chocs entre molécules qui arrivent à atteindre cet état de transition seront suivis d’une réaction ;
les chocs sont alors efficaces.
NB : Souvent, les réactions sont plus complexes, et notamment lorsqu’il y a plus de deux particules mises
en jeu dans la réaction (les chocs entre trois particules étant extrêmement improbables). Il existe alors des
états intermédiaires dont la durée de vie peut être extrêmement courte. A chaque passage de l’état initial à
un état intermédiaire ou entre deux états intermédiaires ou entre un état intermédiaire et l’état final, il existe
un état de transition avec une énergie d’activation.

24. Influence de la température sur la vitesse d’une réaction

Lorsque la température augmente, l’agitation moléculaire augmente , donc la fréquence des chocs
efficaces augmente et donc la vitesse de réaction augmente
NB : La vitesse de réaction augmente de façon exponentielle par rapport à la température.

C
C.. ACTION DES CATALYSEURS SUR L’ÉNERGIE D’ACTIVATION
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES 9
ÉNÉ
Enzymologie
Voir Doc 4.

D
D.. SITE ACTIF ET SITE CATALYTIQUE
Dans la réaction :
Enzyme (E) + Substrat (S)  Enzyme-Substrat (ES)

Il y a formation transitoire d’un complexe Enzyme-Substrat noté (ES)

L’enzyme doit reconnaître son substrat (spécificité des enzymes )

Généralement, l’enzyme est infiniment plus volumineuse que son substrat.

1) Définition
Définitions
s
Le SITE ACTIF de l’enzyme :
- C’est la région fonctionnelle de la molécule qui « accueille » le substrat pour
permettre sa transformation.
- C’est donc une région de la molécule où s’exerce l’activité catalytique de l’enzyme.
- C’est une partie de la structure tertiaire de l’enzyme, c’est à dire un ensemble d’acides aminés
délimitant une région précise de l’espace.

2) Caractéristiques du site actif

Le site actif est en fait composé :

D’un site de fixation (ou site de spécificité) : constitué d’acides aminés dont l’arrangement dans
l’espace permet la reconnaissance du substrat, son orientation et sa fixation. L’organisation
du site est telle qu’il y a une étroite complémentarité de structure entre substrat et acides aminés.

D’un site catalytique :le site de fixation oriente la molécule de substrat vers certains acides
aminés, dont le rôle est de faciliter la réaction. L’ensemble de ces acides aminés constituent le
site de catalyse.

Le site actif est un microenvironnement d’où l’eau est exclue :

- Le site actif occupe une portion réduite du volume total de l’enzyme.
- Il n’est jamais situé en surface de l’enzyme mais se trouve en profondeur et constitue une
cavité créant un micro-environnement qui renforce la liaison de l’enzyme au substrat.
- L’eau est ainsi exclue de ce micro-environnement. Cela est nécessaire sinon elle rentrerait en
compétition avec le substrat pour occuper le site actif.

Les substrats sont reliés aux enzymes par des liaisons faibles (le plus souvent des liaisons H)

3) Exemple de la Rnase pancréatique

En ce qui concerne le site actif de la Rnase :
- 1 Lysine 41 assure le positionnement du substrat
- 2 Histidines 12 et 119 assurent la catalyse
Voir Doc 5.
4) Exemple de la chymotrypsine pancréatique
La chymotrypsine est une protéase :
- C’est une enzyme qui clive les liaisons peptidiques des protéines (protéolyse)
- Cette réaction nécessite l’utilisation d’une molécule d’eau ce qui classe cette enzyme parmi les
hydrolases.
- C’est une endopeptidase car elle clive les protéines à l’intérieur de la chaîne protéique.
- C’est une enzyme digestive très sélective qui coupe préférentiellement les liaisons peptidique
après les acides aminés aromatiques ou hydrophobes.

La chymotrypsine est une protéase à sérine :

- Son site actif est composé d’une triade catalytique caractéristique comprenant une sérine (d’où
leur nom), une histidine et un aspartate.
- Le groupement –OH de la Sérine attaque le carbonyle de la liaison peptidique.
Voir Doc 5.
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES10
ÉNÉ
Enzymologie
V. LOCALISATION DES ENZYMES

Les enzymes se localisent principalement dans la cellule.

Les enzymes cellulaires peuvent être soit:

Libres et en suspension, diffusant librement :
- enzymes cytoplasmiques
- enzymes de la matrice mitochondriale.

Intégrées à des structures cellulaires :
- enzymes de la traduction associés au ribosomes
- enzymes de la chaîne respiratoire ancrées dans la membrane mitochondriale interne.

Certains enzymes peuvent se localiser également dans le milieu extra-cellulaire :

Lorsqu’elles sont sécrétées par les cellules : enzymes digestives.

Lorsque les cellules d’un tissu sont lysées : les enzymes deviennent alors des marqueurs
physiologiques en biologie clinique.
Ex1 : LDH dans le sérum  infarctus, déchirure musculaire…
Ex2 : Créatine Kinase  déchirure musculaire.

VI. CLASSIFICATION DES ENZYMES

A
A.. CRITÈRES DE CLASSIFICATION
Un certain nombre d’enzymes sont fréquemment désignés à l’aide de noms communs, par commodité
d’usage (pepsine, trypsine, chymotrypsine, papaïne…). Mais ceux-ci n’apportent guère d’information
quant au substrat et à la réaction catalysée. Pour certaines enzymes, on a ensuite ajouté le suffixe ase
au nom du substrat attaqué (terminaison adoptée quand les enzymes s’appelaient encore les
“diastases”.
Par exemple, on distinguait ainsi:
• Les peptidases, dont les substrats étaient les peptides.
• Les estérases, dont les substrats étaient les esters.
• Les amylases, dont le substrat était l’amidon (du latin amylum).

Pour être encore plus précis, on a nommé certains enzymes en ajoutant au substrat attaqué, le nom de
la réaction effectuée, affublée du suffixe ase. Ex: la Lactate déshydrogénase.
En 1961, la Comission des Enzymes de l’Union Internationale de Biochimie a établi une
nomenclature et une classification systématiques, beaucoup plus rigoureuses. Cette classification
comporte 6 classes, divisées en sous-classes, comportant elles-mêmes des sous-sous-classes, qui
sont numérotées. Dans cette nomenclature désormais officielle, il apparaît, pour chaque enzyme:

• Le type de réaction catalysée.

• Le nom du substrat.
• Le nom de l’accepteur de groupement.

En plus de ce nom, l’enzyme est désignée par son “EC number”, qui est une combinaison de 4
nombres:
• Un nombre indiquant la place de l’enzyme dans l’une des 6 classes.
• Un nombre indiquant la sous-classe et qui précise le type de fonction chimique du
substrat sur laquelle va s’effectuer la réaction.
• Un nombre précisant la nature de l’accepteur de groupement.
• Un nombre qui est le numéro d’ordre dans la sous-sous-classe.

Exemple: La glucokinase. Son nom officiel est : ATP D-glucose 6 phosphotransférase. EC

2.7.1.2

B
B.. LES DIFFÉRENTES CLASSES D’ENZYMES

Voir Doc 6.
 ÉRISTIQUES GÉ
CHAPITRE 1 – CARACTÉ ÉRALES DES ENZYMES11
ÉNÉ
Enzymologie
CLASSE TYPE DE REACTION CATALYSEE
Transfert d’électrons entre 2 couples oxydo-réducteurs, l’un des deux étant
EC1 souvent un coenzyme à nicotinamide.

Oxydoréductases Exemple : La Lactate déshydrogénase

+ +
Lactate + NAD  Pyruvate + NADH, H
Transférases (ou kinases) catalysent le transfert d’un groupement chimique
EC2 d’une molecule à une autre.

Transférases Exemple : La phosphofructokinase ou PFK (Glycolyse)

Fructose–6P + ATP  Fructose 1–6BiP + ADP
Catalyse la coupure de liaisons par hydrolyse. C’est le cas des lipases,
EC3 peptidases, protéases.

Hydrolases Exemple : L’AcétylCholinEstérase

AcétylCholine + H2O  Acétate + Choline
Catalyse le clivage par élimination de liaisons C–C, C–O ou C–N. Une double
EC4 liaison est formée dans ces réactions.

Lyases Exemple : La Citrate Lyase

Citrate + ATP + CoA + H2O  Acétyl-CoA + ADP + Pi
EC5 Catalyse le changement de configuration d’une molécule.

Isomérases Exemple : La Phosphoglycérate mutase (glycolyse)

2–Phosphoglycérate  3–Phosphoglycérate
Catalyse la condensation de 2 molécules par couplage avec la rupture d’une
EC6 liaison à haut potentiel énergétique (liaison pyrrophosphate de l’ATP par
exemple ou phospho-énol).
Ligases
Exemple : Aminoacyl–ARNt–synthétase
Acide aminé + ATP + ARNt  Aminoacyl–ARNt + AMP + PPi