Acides aminés, peptides et protéines

I.1. LES ACIDES AMINES (AA)

Un acide aminé ou aminoacide est un composé comportant toujours une chaîne carbonée plus ou
moins longue, une fonction acide carboxylique (-COOH) et une amine qui, à une exception près est
une amine primaire (-NH2). Dans les AA naturels, qui constituent les peptides et protéines, ces
deux fonctions sont supportées par le même carbone, noté carbone α, d’où le terme d’acides α
aminés. La formule générale est donc :

Les 20 AA naturels se distinguent entre eux par la structure de R qui est nommé radical ou chaîne
latérale. R peut être un radical purement hydrocarboné ou comporter un groupement fonctionnel.
Les 20 AA sont symbolisés soit par un code à trois lettres (en général les trois premier du nom)
commençant par une majuscule, soit par un code à une seule lettre (voir tableau ). Il est important
de noter que 8 de ces acides aminés sont indispensables (Ind*) chez l’adulte et 9 chez l’enfant, ce
sont : histidine (enfant), leucine, isoleucine, lysine, méthionine, phénylalanine, thréonine,
tryptophane et valine.
I.1.2. Structure et classification des 20 acides aminés naturels
Suivant la nature du radical : R et les propriétés qui en découlent plusieurs critères de classification
des acides aminés (AA) peuvent être retenus :
1) Selon la structure linéaire ou cyclique de R
- AA aliphatiques (R non cyclique)
- AA aromatiques (R cyclique de type benzénique)
- AA hétérocycliques (R cyclique avec un atome autre que le carbone dans le cycle)
2) Selon la présence ou non dans R d’un groupement pouvant prendre une charge électrique
- AA neutres
- AA acides (charge potentielle négative)
- AA basiques (charge potentielle basique)
3) Selon la présence ou non dans R d’un groupement polaire
- AA polaires
- AA non polaires
4) Présence ou non d’un groupement fonctionnel dans R
- AA aliphatiques (pas de groupement fonctionnel dans R, chaîne aliphatique ou)
- AA aromatiques (R est un cycle aromatique)
- AA acides (présence d’un groupement acide carboxylique dans R)
- AA amidés (dérivent des précédents par amidification)
- AA hydroxyles (présence d’un groupement alcool ou phénol dans R)
- AA soufres (présence d’un groupement thiol ou thiol-éther dans R)
- AA basiques (présence d’un groupement azote, amine ou autre, dans R)
Cette dernière classification est basée sur la composition chimique et la nature du radical R. C’est
cette classification que nous retenons dans le cadre de notre cours
I.1.3 Propriétés physiques des acides amines
 Solubilité et point de fusion
Les AA sous forme solide sont en général des poudres blanches cristallisées. Ils ont une solubilité
plus ou moindre dans l'eau et dans les solvants organiques selon la nature du radical R :
- Si R est polaire ou ionique la solubilité dans l’eau est importante,
- Si R est apolaire la solubilité dans l’eau est plus faible.
Les acides aminés ont un point de fusion élevé supérieur à 200 °C. Ce qui nécessite une somme
d’énergie importante pour rompre les liaisons ioniques du réseau cristallin.
 Propriétés optiques : le pouvoir rotatoire
A l'exception de la glycine, le carbone α porte quatre substituants différents : c'est donc un centre
chiral dont la conformation définira les stéréo-isomères, isomères optiques à pouvoir rotatoire
spécifique opposé. Les deux énantiomères sont définis de la même manière que pour les oses en
prenant le glycéraldéhyde comme référence dans la représentation de Fischer :
Les acides aminés des protéines appartiennent tous à la série L.
Les énantiomères possèdent une activité optique: C’est la propriété de dévier la lumière polarisée;
Placés dans le faisceau dune lumière polarisée plane, ils provoquent la rotation du plan de
polarisation.

Si la rotation s’effectue dans le sens des aiguilles d’une montre, on dit que la molécule est
dextrogyre (+). Si la rotation s’effectue dans le sens inverse des aiguilles d’une montre, on dit que
la molécule est lévogyre (-).
L’appartenance à la série ne définit pas le sens du pouvoir rotatoire (acide L glutamique + 12°et
acide D glutamique – 12°; L-Leucine -11° et D-Leucine +11 ; L-Alanine +1,8° et D-Alanine -1,8°).
L’importance et le sens de rotation dépendent de la nature de la chaîne latérale, la
température, la longueur d’onde de la lumière polarisée utilisée pour la mesure et le pH de la
solution.

I.1.3.2. Absorption lumineuse dans l’ultraviolet

- les aminoacides n'absorbent pas la lumière visible, leurs solutions sont incolores.
- les chaînes latérales aromatiques des aminoacides ont des spectres d'absorption caractéristiques
dans l'ultraviolet moyen :
La phénylalanine absorbe peu et le tryptophane est 4 fois plus absorbant que la tyrosine au
maximum d'absorption, proche de 280 nm. Cette propriété est très souvent utilisée pour le dosage
des peptides et des protéines.
I.1.4 Propriétés chimiques des acides aminés
Lorsque l'acide aminé est libre, il a au moins deux groupements fonctionnels sur le même carbone α
et pour certains un troisième sur la chaîne latérale.
I.1.4.2 Propriétés ioniques
 Propriétés d'ionisation
Propriété essentielle car elle conditionne le comportement de l'AA en solution aqueuse selon le pH
de cette solution.
• Rappels
Un acide est un compose qui cède un / des protons (H+). Une base est un composé qui '' accepte un
proton. AH A- + H+
Cet équilibre répond a une constante de dissociation KA:
KA = [A-] x [H+] / [AH]
On pose pKA = - log KA, On sait que pH = - log [H+]
Si [A-] = [AH] <=> KA = [H+] <=> pH = pKA
Le pKA correspond au pH de demi-dissociation. Donc quand pH = pKA il y a autant de Base que
d'Acide conjugué.
Plus le pKA d'un couple est faible, plus l'acide est fort (cad qu'il libère plus facilement des protons).
KA = [A-] x [H+] / [AH]
[H+] = KA x [AH] / [A-]
log [H+] = log (KA x [AH] / [A-] )
log [H+] = log KA + log ( [AH] / [A-] )
- log [H+] = - log KA - log ( [AH] / [A-] )
pH = pKA + log ([A-] / [AH] ) Equation d'Henderson – Hasselbalch
A- = accepteur de protons
AH = donneur de protons
 Caractère amphotère :
- Les acides aminés contiennent un groupement -COOH acide et un groupement NH2 basique.
- En solution, les groupements existent sous deux formes, l’une chargée et l’autre neutre RCOOH,
RCOO- / R-NH3+, R-NH2.
- Les acides aminés sont ainsi appelés : amphotères.
- L’état d’ionisation varie en fonction du pH :
En milieu acide: la fonction amine NH2 s’ionise en captant un proton, l’acide aminé se trouve
sous forme de cation (R-NH3+).
En milieu basique: la fonction acide s’ionise en libérant un proton, l’acide aminé se trouve sous
forme d’anions (R-COO-).
- Le pH pour lequel les deux dissociations s’effectuent est appelé point isoélectrique pHi.
Définition du pHi : c’est le pour lequel on a un ion dipolaire ou Zwitterion de charge nette nulle,
ne migrant pas dans une charge électrique.

Quand le pH du milieu est inferieur au pKA d'un couple A/B, la forme majoritaire est la forme
acide conjugee A+.
=> Qd pH = pKA <=> A = B <=> A+/-
=> Qd pH > pKA <=> majoritaire = A-
=> Qd pH = pHi, la solution est globalement neutre.
• Titration : neutralisation des groupements fonctionnels par une base forte et notion de pH i
Exemple de l’Alanine
L’Alanine est un AA mono-carboxylique, mono-amine. C’est donc un diacide dans sa forme
entièrement protonisée. Il peut libérer 2 protons durant sa titration complète avec une base. Cette
titration en deux étapes est représentée par les équations suivantes :
La titration de l’Alanine par la soude (NaOH) montre un tracé de segments de courbes séparés
(Figure ). Chaque segment correspond à une modification minimale de pH lorsque des petites
quantités de NaOH sont ajoutées.

- Au pH=2,34 : point de ½ titration de la première étape. Des concentrations équimoléculaires des

formes du donneur et de l’accepteur sont présentes.
- Au pH=9,69 : les concentrations équimoléculaires de NH3
+—CH(CH3)—COO¯ et
NH2—CH(CH3)—COO¯ sont présentes. Ce point correspond au pH de ½ titration de la fonction
amine.
- Au pH=6,02 : existe un point d’inflexion entre les 2 segments de courbe de titration de l’Alanine.
Il n’y a pas de charge électrique a ce pH, la molécule ne peut migrer dans un champ électrique.
C’est le pHi (pH isoélectrique ou point d’équivalence des charges positives (+) et négatives (-).
Le pHi est égal à la moyenne arithmétique des deux pK ou le pH de demi titration des deux
fonctions :

Quelques exemples de calcul du pHi

o AA neutre : l’Alanine
AA acide : l’Acide Aspartique

I.14.3 Propriétés dues à la fonction acide carboxylique COOH

a. Formation de sels: la formation de sels se fait généralement avec la soude (NaOH) ou la
potasse,(KOH).

b. Estérification: l’estérification se fait grâce à un alcool. On utilise souvent l’alcool n-butylique

(Butan-1-ol) et on obtient des ester n-butyliques. Cette propriété est utilisée lors de l’analyse par
chromatographie en phase gazeuse car ces esters sont volatils. Selon l’ester obtenu, on pourra
connaître l’acide aminé présent dans le mélange.

c. Formation d’un alcool aminé : elle se fait par réduction de la fonction carboxylique en utilisant
le borohydrure de sodium NaBH4 ou le borohydrure de lithium LiBH4, elle aboutit à la formation
d’un alcool α-aminé.

d. Formation d’amide : cette formation est à la base de la liaison peptidique.

e. Décarboxylation: La fonction carboxylique (du carbone α) peut faire l’objet d’une réaction de
décarboxylation conduisant à la formation d’amine, que l’on qualifie de biogène lorsqu’elle a un
rôle biologique.

I.1.4.4 Propriétés dues à la fonction acide carboxylique NH2

a. Salification ou formation de sels
Les AA réagissent avec les acides en formant des sels. Le groupement amine capte un proton.

b. Réaction de substitution par un radical R

Un hydrogène porté par la fonction amine peut être remplacé par un radical organique R′.
R′ peut être un radical :
- Aliphatique : c’est l’alkylation
- Aromatique : c’est l’arylation
- Acyl : c’est l’acylation (réaction au cours de laquelle un groupement acyle est ajouté à une
molécule)
b.1. Réaction d’alkylation (ou méthylation)
L’exemple le plus connu est la méthylation de la Glycine qui se fait dans les organismes vivants et
in vitro. Dans certaines protéines végétales on rencontre du méthyglycine. La méthylation de la
Glycine en trimethylgéycine, après réduction aboutit à la formation de la choline.

b.2. Réaction d’acylation

Exemple 1 : Substitution par le Phénylisothiocyanate (PITC) : reaction d’EDMAN
Le PITH agit en milieu basique avec NH2 terminal pour former l’acide Phénylthiohydantoϊque
aminoacide. Après une légère action acide le Phénylthiohydantoϊque aminoacide est cyclisé en
Phénylthiohydantoine aminoacide (PTH-AA) et le reste de la chaine peptidique n’est pas scindée et
peut être utilisé pour un autre cycle.
c. Réaction d’addition
Exemple : action du formaldéhyde ou formol.

d. Désamination
C’est une réaction importante d’un point de vue analytique (titration des AA). L’acide nitreux réagit
sur les acides aminés en libérant du diazote qui peut être dosé. C’est la méthode gazométrique de
VANSLYKE. L’azote dégage provient a volume égal de l’AA et de l’acide nitreux.

I.1.4.5 Propriétés dues aux fonctions –COOH et –NH2 conjointes

 Réaction avec la ninhydrine
C’est une réaction fondamentale pour la détection et le dosage des acides aminés. La ninhydrine est
un oxydant puissant qui par désamination oxydative des acides aminés, conduit à l’aldéhyde
correspondant, avec libération d’ammoniac et de gaz carbonique et formation de ninhydrine réduite
(hydrindantine). La ninhydrine réagit avec les acides aminés de désamination et de
décarboxylation simultanée : la ninhydrine est toujours en excès.

Techniques de séparation des acides aminés

Electrophorèse
Puisque les AA en solution aqueuse sont chargés, ils pourront migrer dans un champ électrique, et
ce déplacement dépendra de leur charge nette au pH considéré. Si l’on dépose un mélange d’AA sur
un support (feuille de papier) préalablement imprégné d’un tampon ayant un pH voisin de la
neutralité, et que l’on établisse un champ électrique continu de haut voltage au sein du support, les
AA basiques migreront le long de ce support vers la cathode, les AA acides vers l’anode et les AA
neutres ne se déplaçant pratiquement pas. Pour établir leur localisation caractéristique, des
échantillons d'AA témoins sont traités dans les mêmes conditions. Après plusieurs heures, le papier
filtre est séché et les AA sont révélés à la ninhydrine.

Chromatographie
Il s'agit d'une technique de séparation utilisant deux phases: une phase fixe (= stationnaire) et une
phase mobile.
La phase mobile peut-être liquide ou gazeuse; la phase fixe peut-être liquide ou solide. Des
interactions physico-chimiques s'établissent entre la phase fixe et les molécules a séparer. Ces
réactions dépendent de la nature des AA.
Lors de la chromatographie, chaque molécule sera soumise a une force de rétention vis-à-vis de la
phase fixe, et d'une force d'entrainement vis-à-vis de la phase mobile. La résultante de ces deux
forces varie d'un AA à l'autre. Chacun migrera donc a une vitesse qui lui est propre. On parle de ≪
migration différentielle ≫.

 Chromatographie sur couche mince des acides aminés (CCM)

C’est une chromatographie d’adsorption avec une phase stationnaire polaire (cellulose ou silice)
étalée en fine couche sur un support rigide inerte (verre ou feuille de plastique) et une phase mobile
qui est un solvant organique moins polaire. Les AA à séparer sont chromatographies en présence de
témoins. Après migration et coloration le Rf de chaque AA inconnu ou témoin est calculée. Les AA
inconnus sont identifiés par comparaison de leurs Rf avec les Rf des témoins.
 Chromatographie par échange d’ions
Dans cette chromatographie, la matrice (cellulose, polystyrène, agarose, dextran) contient des
groupes ionisés qui fixent des ions de charge opposée (A+, B–) présents dans la solution ; ces ions
pourront être échangés avec des protéines. On distingue les échangeurs d’anions (matrice R chargée
positivement) et les échangeurs de cations (matrice chargée négativement) :
Échangeurs d’anions : R+B– + Prot – R+Prot – + B–
Échangeurs de cations : R–A+ + Prot+ R–Prot+ + A+
Les protéines se fixent à la matrice en fonction de leur affinité pour les groupes ionisés.
La colonne est ensuite lavée avec un tampon (tampon d’élution), qui entraine en premier lieu les
protéines les plus faiblement liées à l’échangeur. Les protéines les plus fortement liées.
I.2 Les peptides
Les chaînes peptidiques sont le produit de la polymérisation covalente des aminoacides par une
liaison peptidique. Elles diffèrent par le nombre, la nature et l'ordre des aminoacides. On définit
arbitrairement :
- peptide : enchaînement d'un nombre d'aminoacide inférieur à 50. Parmi ceux-ci, on parle
d'oligopeptide pour un nombre d'aminoacides inférieur à 10 et de polypeptide pour un nombre
supérieur à 10.
Dans les protéines, qui sont des polypeptides, le nombre d’AA est supérieur à 100 (Figure 33). Elles
sont subdivisées en deux groupes :
- les holopeptides, composées uniquement de protéines ;
- les hétéroprotéines composées en plus des protéines de molécules non protéiques : glucides
(glycoprotéines), lipides (lipoprotéines), acides nucléotidiques (nucléoprotéines), etc.
- protéine : enchaînement d'un nombre d'aminoacides au-delà de 50.
La liaison peptidique
I.2.1 Type de liaison
La liaison est de type amide substituée : élimination d'eau entre les groupes α-COOH et α - NH2 de
deux aminoacides. Cette liaison amide lie les deux carbones Cα des deux aminoacides.

I.2.2 Les chaînes peptidiques et leur nomenclature

Les chaînes peptidiques sont vectorisées : les liaisons peptidiques attachent les acides aminés dans
un ordre spécifique. Les conventions sont les suivantes :
- les aminoacides engagés dans une chaîne peptidique sont appelés résidus. Leur nom est celui de
l'aminoacide auquel on ajoute le suffixe yl.
- les deux aminoacides aux extrémités de la chaîne sont appelés : N-terminal pour celui qui a sa
fonction α-aminée libre et C-terminal pour celui qui a sa fonction α-COOH libre
- on numérote les aminoacides en écrivant l'enchaînement de gauche à droite à partir de l'extrémité
N-terminal.
On distingue trois types de peptides :
- peptide formé d'une seule chaîne (monocaténaire) et linéaire
 - peptide formé d'une seule chaîne (monocaténaire) et cyclique

Une liaison covalente (pont S-S) intra-chaîne est présente et réalisée par l'oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystéines
- peptide formé de plusieurs chaînes (polycaténaire)

Une liaison covalente (pont S-S) inter-chaînes est présente et réalisée par l'oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystéines appartenant à deux chaînes peptidiques différentes.
Ionisation des peptides
Les groupes ionisables d'un peptide sont :
- le groupe α - NH3
+ de l'aminoacide N-terminal
- le groupe α-COOH de l'aminoacide C-terminal
- les groupes ionisables des chaînes latérales des différents aminoacides du peptide, à l'exception
toutefois des thiols (cystéine) ayant subi une oxydation et qui sont engagés dans une liaison S-S.
Exemple 1
Peptide Ala-Lys-Leu-Met-Asp-Ile (AKLMDI)
- Ileα-COOH pK1 = 2, 6
- Asp R-COOH pK2 = 3, 9
- Alaα-NH3+ pK3 = 9, 8
- Lys R-NH2 + pK4 = 10, 5

IV.2.5. Détermination de la séquence d’un peptide

Pour déterminer la structure d’un peptide, il faut connaitre sa composition brute en acides aminés,
puis en déterminer sa séquence (l'ordre d'enchaînement des résidus d’AA dans la macromolécule).
IV.2.5.1. Détermination de la composition brute en AA d’un peptide
La première étape consiste a séparer les différentes chaines polypeptidiques s’il y on a plusieurs on
rompant les ponts disulfures. Ceci est possible de deux façons :
- soit avec un agent oxydant :

- soit par un agent réducteur, le 2-mercaptoéthanol qui transforme la cystine en deux cystéines :

La deuxième étape consiste à faire une hydrolyse chimique ou enzymatique pour couper les liaisons
peptidiques.
a. Hydrolyse chimique acide
Elle est conduite avec l’HCl 6N (mol/l) pendant 24 h à 72 h en chauffant jusqu’a 120°C et présente
les inconvénients suivants :
- elle est lente car elle nécessite plusieurs jours pour hydrolyser totalement les polypeptides ;
- conduit à la destruction totale du tryptophane ;
- la glutamine et l’asparagine sont transformées en acide glutamique et acide aspartique.
b. Hydrolyse basique
Elle est conduite avec le KOH 4N à 100°C pendant 6 à 10 heures.
c. Hydrolyse enzymatique (protéases ou encore peptidases)
Elle utilise deux types de peptidases :
- les exopeptidases qui s’attaquent aux extrémités de la chaine pour la raccourcir. Il existe :
- les carboxypolypeptidases qui attaquent la chaine par le bout –COOH ;
- les aminopolypeptidases qui attaquent par le bout –NH2.
- les endopeptidases qui rompent les liaisons peptidiques situées à l’intérieur de la chaine.
Après ces hydrolyses, les AA sont séparés et identifiés par chromatographie ionique.
Détermination des extrémités N et C terminales d’un peptide
Le principe consiste par des méthodes chimiques à faire fixer sur le COOH ou le NH2 terminal libre
un réactif, puis on réalise une hydrolyse du produit qui permet de donner un mélange d’AA et une
dérive réactive acide aminée terminale.
a. Détermination du COOH terminal d’un peptide
a.1. Méthodes enzymatiques
Les carboxypolypeptidases (exopeptidases) rompent les liaisons de l’AA terminal COOH ; il existe
deux enzymes : la carboxypolypeptidase A (rompt toutes les liaisons sauf celles du glycocolle et
celle, des AA basiques) et la carboxypolupeptidases B (qui rompt les liaisons de la glycine et des
AA et basiques) l’action de ces enzymes est récurrentes, en effet l’enzyme peut continuer a attaquer
un nouvel AA devenu COOH terminal. Il convient donc de mesurer le temps d’hydrolyse.

b. Détermination du NH2 terminal d’un peptide

b.1. Méthodes chimiques
- Dégradation de SANGER : qui utilise le 1-Fluoro-2,4 dinitrobenzène (NDFB) comme réactif (cf.
propriétés chimiques des AA). Sur un peptide, il forme avec l'extrémité aminée libre (N terminale)
un dérivé avec libération d'acide fluorhydrique. L'hydrolyse du peptide coupe les liaisons
peptidiques mais pas la liaison DNP-NH. Ainsi le premier acide aminé modifié qui présente des
caractéristiques propres de coloration et de migration en chromatographie ou en électrophorèse est
récupéré et identifié en comparant le résultat de l'analyse aux standards connue.
- Méthode au chlorure de DANSYL (1-Dinéthyl-Amino-Naphtalène-5-Sulfonyle =DANS) qui
réagit avec le NH2 terminal et donne un dérivé (dansyl-amino-acide) décelable par sa fluorescence
jaune. La méthodologie est la même que dans le cas de la méthode de Sanger, mais la réaction est
100 fois plus sensible (cf. propriétés chimiques des AA). La dansylation est utilisée pour doser les
acides aminés par HPLC car elle permet une meilleure détection et une meilleure quantification.

- Méthode de la dégradation récurrente d'EDMAN fait appel au phénylisothiocyanate PITC

Le composé formé se cyclise spontanément en un cycle à 5 éléments, cela entraîne la rupture d'une
seule liaison peptidique pour donner une phénylthiodantoine et permet ainsi de réitérer l'opération
sur la partie restante. Ce procédé a pu être automatisé et autorise en routine des séquençages de 50
acides aminés.
b.2. Méthodes enzymatiques
Il s’agit des aminopolyeptidases qui attaquent aux liaisons NH2 terminal. Leur fonctionnement est,
récurrent donc pour libérer seulement le premier AA, l’enzyme doit agir pendant un temps très
court.
L’AA libère est identifie par chromatographie.
IV.2.5.3. Fragmentation de la chaine
Si le peptide à étudier comporte plus de 50 AA il sera réduit en peptides plus courts par coupures
spécifiques avant d’être séquence par la méthode d’EDMAN. Des endopeptidases ou des composés
chimiques possédant des sites de coupure spécifique seront alors employés :
- la trypsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dans lesquelles un acide
aminé basique (Lys, Arg) engage sa fonction acide
- la chymotrypsine qui est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dans lesquelles
un acide aminé aromatique (Tyr, Trp, Phe ainsi que Met) engage sa fonction acide.
- la pepsine qui est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dans lesquelles un
acide aminé aromatique (Tyr, Trp, Phe) engage sa fonction amine.
Certains réactifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spécificité sur un des aminoacides
participant à la liaison :
- le bromure de cyanogène (BrCN) hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de la
méthionine : cette dernière devient alors un résidu C-terminal transformé en résidu homosérine
lactone.
- le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) hydrolyse la liaison peptidique du côté amine de la
cystéine.
Quelques peptides d’intérêt biologique ou alimentaire
Peptides hormonaux
De nombreuses hormones synthétisées par diverses glandes sont de nature peptidique, voici
quelques
Exemples :
- La Vasopressine : synthétisée par l’hypophyse, est une hormone diurétique, dont l'extrémité se
termine par une fonction amide -CO-NH2 sur la glycine et non par un acide libre -COOH.
- L’angiotensine II : une hormone du sang d’origine hépatique qui régule la pression sanguine :
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
- Le glucagon : une hormone pancréatique hyperglycémiante comportant 29 AA.
- L’insuline : une hormone pancréatique hypoglycémiante comportant 51 AA en deux chaînes
unies par deux ponts disulfures (5A-5B et 20A-19B).

I. 3. Les Protéines
L'étude des protéines et de leurs fonctions est la partie la plus importante de l'enseignement de
biochimie dans le second cycle. Aussi, nous nous limiterons à quelques notions structurales qui
vous seront développées ultérieurement.
Les protéines, peptides de plus de 50-100 aminoacides, sont classées en deux groupes principaux :
- les holoprotéines qui ne sont constituées que d'aminoacides
- les hétéroprotéines qui contiennent :
- un groupe prosthétique minéral, métallique ou organique
- une partie glucidique liée de manière covalente : glycoprotéines
- une partie lipidique liée de manière covalente : lipoprotéines
Les caractéristiques spatiales des protéines sont la clé de leurs fonctions. La structure des protéines
est définie à plusieurs niveaux :
- structure primaire : composition et séquence des aminoacides
- structure secondaire : c'est une structure locale qui rend compte de l'organisation spécifique d'un
fragment d'aminoacides consécutifs dans l'espace
- structure tertiaire : c'est l'organisation spatiale complète des structures locales de la molécule
- structure quaternaire : c'est l'organisation de protéines oligomériques qui sont des assemblages
non covalents de sous-unités (protomères)
3.1 Structure des protéines
On définit quatre niveaux d’organisation : primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire (dans le cas
de protéines à plusieurs sous-unités).
 Structure primaire
L’enchainement successif des acides aminés reliés entre eux par une liaison peptidique constitue la
structure primaire ou séquence de la protéine. Dans cette structure chaque acide aminé prend le nom
de résidu.
 Structure secondaire
C’est l’organisation de la chaîne polypeptidique dans l’espace par intervention des liaisons
Hydrogène entre éléments constitutifs proches. Cette structure due à la répétition d’un motif
structural de base.
On distingue en générale deux types principaux de structure secondaire : l’état étiré (feuillets plissés
β) et l’état hélicoïdal (hélice α).
a. ETAT étiré ou structure en feuillets plissés β
Les protéines fibreuses possèdent ce type de conformation, schématisé à la figure 14. On voit deux
chaînes polypeptidiques antiparallèles, unies par des liaisons hydrogène interchaînes. Les atomes de
la liaison peptidique sont situés dans un même plan, mais les carbones α appartiennent
simultanément à deux plans différents.

Etat hélicoïdal ou hélice α

L’hélice α est représentée à la figure 15. On voit que la chaîne peptidique est maintenue dans cette
configuration hélicoïdale grâce à des liaisons hydrogène intrachaîne. L’hélice comporte 3,7 résidus
d’aminoacide par tour de spire. Les liaisons peptidiques forment entre eux un angle de 80° environ.
Les chaines latérales sont dirigées vers l’extérieur et peuvent réagir entre elles ou avec le milieu.

 Structure tertiaire
C’est une structure tridimensionnelle compacte due au repliement et à l’enroulement de la chaîne
polypeptidique sur elle-même par suite d’interactions ioniques, de liaisons hydrogène, hydrophobes
ou covalentes (ponts disulfures). Les chaînes latérales polaires des acides aminés se trouveront à la
surface et hydratées, alors que les chaînes latérales non polaires (hydrophobes) seront dirigées vers
l’intérieur, protégées du contact de l’eau. La figure 16 schématise la structure tridimensionnelle de
la myoglobine d’après des études effectuées par diffraction aux rayons X.

Structure quaternaire (dans le cas de protéines formées de plusieurs sous-unités): C’est

l’association de plusieurs chaînes polypeptidiques stabilisées par des liaisons de faible énergie
(liaisons électrostatique, hydrogène ou hydrophobes) ou plus rarement des liaisons covalentes
(ponts disulfures).