(AMBROISE & STAFF) 002 EMPREINTE PARENTALE. Docx pdf04-06-22

Empreinte Parentale
Yaya KASSOGUE MD, PhD

Bréhima DIAKITE MD, PhD
Maîtres de Conférences
Génétique et Pathologie Moléculaire
FMOS
1
Concepts
• Parthénogénèse, gynogénote / androgénote,

• Méthylation de l’ADN
• Epigénétique
• ADN méthyltransférases
• ARN non codants
2
Objectifs
➢Définir l’empreinte génomique parentale, la

parthénogénèse, Epigénétique, la Méthylation
➢ Faire la différence entre l’empreinte et une
mutation
➢ Décrire une technique de mise en évidence
➢ Expliquer la régulation des gènes soumis à
l’empreinte
➢ Citer au moins deux pathologies liées à l’empreinte
génomique
3
1. Introduction
La croissance, le développement, la santé ainsi que la
survenue de certaines maladies ne sont pas totalement
sous l’influence de la synthèse ou non des protéines à
partir du code génétique.
D’autres systèmes influencent l’expression des gènes:

l'épigénétique qui joue un rôle de «prise» sur
l’expression du gène suivant l’origine maternelle ou
paternelle du gène d’intérêt.
Ainsi, les génomes ♂ et ♀ qui se rencontrent dans l’œuf

fécondé sont marqués d’un sceau différent connu sous
le nom d’empreinte génomique parentale.
4
Le gène soumis à l’empreinte est exprimé uniquement
soit à partir de l’allèle paternel soit à partir de l’allèle
maternel. D’où l’expression monoallélique.
Une mutation peut changer l'information génétique de

façon permanente. la modification dans l’empreinte est
réversible dans les générations suivantes.
La preuve du concept de l'empreinte est que

✓ certaines copies du gène hérité du père contrôlent
l'apport de nutriments au développement du fœtus par le
placenta
✓ pendant que certaines copies héritées de la mère sont

importantes pour le développement fœtal. 5
Chez les mammifères, la parthénogenèse naturelle:
non observée, ce qui suggère que le développement
d’un embryon requiert la présence des deux
génomes maternel et paternel.
Epigénétique: Changements héréditaires et réversibles

dans l'expression des gènes qui opèrent en dehors des
changements dans l'ADN lui-même.
Les caractéristiques moléculaires de ce phénomène

de marquage épigénétique ont maintenant été décrites
et permettent d’expliquer certaines maladies
humaines liées à des gènes soumis à empreinte.
6
2. Mise en évidence
2.1 Transfert nucléaire
La microinjection des ovocytes après énucléation avec
soit un pronucléus mâle et un pronucléus femelle
(embryon témoin), soit deux pronuclei femelles
(embryons gynogénotes), soit deux pronuclei mâles
(embryons androgénotes).
On note que:
➢ Seuls les embryons témoins ont un
développement normal et sont viables.
➢ Les embryons gynogénotes ont peu de
malformations mais un retard de croissance important
et un arrêt du développement en raison d'une
hypoplasie très marquée du placenta et des annexes.7
➢ Les embryons androgénotes en revanche ont un
développement très anormal qui s'arrête très
précocement. Contrairement aux gynogénotes, le
placenta est hyperplasique.
8
Paul BV, 2007
2.2 Disomie uniparentale (DU)
DU résume les situations dans lesquelles 2
chromosomes (chrs) d'une même paire (par ex les deux
chrs N°5) sont transmis par le même parent, soit le père,
soit la mère.
Suivant les règles de la génétique Mendélienne, il ne

devrait en résulter aucune conséquence dans la mesure
où la fraction du génome concernée est bien présente
en deux exemplaires.
Pour la majorité des paires chromosomiques il n'y a

aucune conséquence phénotypique, mais par contre
pour certains chrs cette situation conduit à des
pathologies. 9
La DU du chr. 15 est associée au:
❖ syndrome de Prader Willi en cas de DU maternelle
❖ syndrome d’Angelman en cas de DU paternelle.
L‘association entre les manifestations cliniques et la

présence de DU montre donc une différence
d'expression de certains gènes (pas tous) localisés sur
ces chromosomes.
10
La carte des chrs associés à des signes cliniques en cas
de DU montre un aperçu de 9 régions potentiellement
soumises à l’empreinte chez l'homme.
2, 6, 7, 11,
14, 15, 16,
20, X
11
2.2 Disomie uniparentale: mécanisme de survenue
12
2. 2 Disomie uniparentale
SNRPN : Small Nuclear

Ribonucleoprotein Polypeptide N UBE3A: Ubiquitin Protein Ligase E3A13
2.3 Mutation
La méthylation dans les régions soumises à empreinte
est contrôlée par un ou de plusieurs centres
d'empreinte. Toute mutation de ces séquences peut
perturber leur fonctionnement et → l'absence de mise
en place de l'empreinte attendue.
Une mutation du centre d'empreinte sur le chr. 15

paternel entraîne la mise en place d'une empreinte de
type maternel dans cette région, bien qu'il soit transmis
via une lignée germinale masculine.
Dans ce cas, puisque porteur d'une empreinte de type

maternel, ce chr. transmis par le père n'exprimera pas
le gène SNRPN mais plutôt le gène UBE3a. 14
Ceci aboutit à la même situation que la DU, bien que les
deux chrs soient hérités des deux parents.
15
3. Caractéristiques
La plupart des gènes soumis à empreinte sont
regroupés au niveau des grandes régions
chromosomiques (domaines), ce qui suggère
l’existence d’éléments capables de contrôler à distance
des gènes multiples.
Ces domaines, qui peuvent couvrir jusqu’à 4 Mb,

comportent des gènes exprimés aussi bien à partir de
l’allèle maternel qu’à partir de l’allèle paternel.
Ces régions qui ont été identifiées chez la souris, sont

parfaitement conservées chez l’homme, certaines
d’entre elles étant associées à des maladies liées à
l’origine parentale. 16
3.1 Méthylation de l’ADN
L’empreinte parentale est caractérisée par une
méthylation différentielle des dinucléotides CpG de
l’ADN.
Des régions de contrôle, appelées régions
différentièllement méthylées (RDM), ont été identifiées
au niveau de la plupart des gènes soumis à empreinte.
La méthylation de ces séquences contrôle la
transcription des gènes concernés.
Cette méthylation de l’ADN intervient probablement

dans un second temps pour imposer une marque
différentielle jouant un rôle de verrouillage de la
chromatine et ainsi constituée une marque
épigénétique suffisante pour contrôler l’empreinte. 17
Les DNMT1, les DNMT3A, 3B sont quelques gènes
impliqués dans le processus de méthylation à partir d’un
donneur (la S-adénosyl-méthionine).
SAM: S-adénosyl-méthionine; SAH: S-adénosyl-homocystéïne 18

3.2 Mise en place de l’empreinte
L’établissement des différences épigénétiques entre les

deux chromosomes parentaux a lieu au cours de la
gamétogenèse ♂ et ♀.
Avant cet établissement dans la lignée germinale, les

empreintes des parents sont effacées et les nouvelles
empreintes sont établies selon le sexe du nouvel
embryon
Cet effacement, qui a lieu dans les cellules germinales

s’effectue par la perte de méthylation de l’ADN.
19
L’analyse de l’état de méthylation de certains gènes
soumis à empreinte, réalisée par la technique, très
sensible, du traitement par le bisulfite suivi d’un
séquençage, a montré la perte de méthylation
spécifique d’allèle liée à l’empreinte à partir de 13,5
jours chez la souris.
20
3.3 Méthylation et développement embryonnaire
Après la fécondation au cours des 1ères phases du
développement de l’embryon il ya une vague de
déméthylation complète du génome, suivie, avant
l’implantation, d’une reméthylation des gènes
zygotiques au stade blastocyste.
Cette déméthylation massive a pour rôle d’effacer toute

régulation provenant des cellules germinales parentales
et de donner un nouveau profil d’expression génique
caractéristique du zygote.
Les méthylations spécifiques des gènes soumis à

empreinte, établies pendant la gamétogenèse, sont
complètement protégées de cette déméthylation !!! 21
3.4 Cycle de l’empreinte parentale
22
3.5 Contrôle en cis et en trans
Certaines RDM cibles de la méthylation sont des

centres d’empreinte (CE).
✓ RDM primaires: la méthylation a lieu dans les
gamètes
✓ RDM secondaires: la méthylation différentielle est
plus aléatoire et peut avoir lieu après la fécondation.
Ces CE sont des éléments régulateurs capables de

contrôler en cis l’expression mono allélique de
l’ensemble des gènes d’un domaine.
Des facteurs agissant en trans ont également été

identifiés. 23
Ces facteurs agissant en trans sont associées aux:
✓ ADN méthyltransférases,
✓ protéines de modification des histones, les MBD

(methyl CpG binding proteins),
✓ protéines insulatrices,
Ces facteurs sont capables de constituer des barrières

au sein d’une unité transcriptionnelle.
24
3.6 Régulation des gènes soumis à l’empreinte
Il existe un contrôle à distance observé pour ces gènes

qui ont 2 mécanismes de régulation:
❖ Centres d’empreinte, différentiellement méthylés:

capables de contrôler l’expression mono-allélique
maternelle ou paternelle de l’ensemble des gènes d’un
domaine ;
❖ Plus de ¼ de ces gènes produisent des ARN non

codants qui jouent le rôle d’antisens capables
d’intervenir dans la régulation de l’expression des
gènes adjacents.
25
3.6.1 Cas d’Antisens of Igf2R
Locus Igf2R: l’expression paternelle est contrôlée à
partir de l’ICE, par un grand ARN anti sens de plus de
100 kb, appelé AIR (antisense of Igf2R), inhibant en cis
l’expression des gènes Igf2R, Slc22a2 et Slc22a3.
1 2 3 2 1 2 2
1 2 3 2 1 2 2
1: allèle à expression biallélique, 2: allèle sous empreinte, 3: centre d’empreinte, flèche:

exprimée, boules: methylation, ligne en T: réprimé, flèche serpentée: ARN non codant ;
26
AIR: ARN antisens,
3.6.2 Cas du domaine DMR H19
Chez la souris, la partie distale du chr. 7, couvrant 1 Mb
comporte 2 domaines possédant chacun leur propre
centre d’empreinte indépendant (IC1 et IC2).
Domaine 1: comporte Igf2 et H19. La protéine CTCF se

fixe sur l’IC1 non méthylé de l’allèle maternel, pour
empêcher l’activation de Igf2.
27
CTCF: Represseur transcriptionnel
3.6.3 Cas du domaine PWS-SRO
Domaine 2 (4 Mb), comporte Snrpn,, Mrkn3 et Magel2
sur l’allèle paternel, et le gène Ube3a, à expression
maternelle.
Le CE contrôle en cis l’expression paternelle des gènes

en amont et, par l’intermédiaire de l’ARN antisens
Ube3a-ATS, répression d’Ube3a.
28
4. Maladies associées
Syndrome de Beckwith-Wiedemann: région 11p15 chez
l’homme ≈ partie distale du chr. 7 murin, entraine un
ensemble de malformations congénitales (domaine 1) et
une prédisposition à certaines tumeurs (domaine 2).
Syndromes de Prader-WILLI et d’Angelman: région

15q11-q13 chez l’homme ≈ locus 7C murin. La perte
d’expression du gène SNRPN et l’absence de protéine
UBE3A.
Ces maladies sont caractérisées par des retards

mentaux et dues essentiellement à une perte
d’hététerozygotie
29
http://www.spirit-science.fr/doc_humain/ADN2expression.html

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• Parthénogénèse, gynogénote / androgénote,

➢Définir l’empreinte génomique parentale, la

D’autres systèmes influencent l’expression des gènes:

Ainsi, les génomes ♂ et ♀ qui se rencontrent dans l’œuf

Une mutation peut changer l'information génétique de

La preuve du concept de l'empreinte est que

✓ pendant que certaines copies héritées de la mère sont

Epigénétique: Changements héréditaires et réversibles

Les caractéristiques moléculaires de ce phénomène

Suivant les règles de la génétique Mendélienne, il ne

Pour la majorité des paires chromosomiques il n'y a

L‘association entre les manifestations cliniques et la

SNRPN : Small Nuclear

Une mutation du centre d'empreinte sur le chr. 15

Dans ce cas, puisque porteur d'une empreinte de type

Ces domaines, qui peuvent couvrir jusqu’à 4 Mb,

Ces régions qui ont été identifiées chez la souris, sont

Cette méthylation de l’ADN intervient probablement

SAM: S-adénosyl-méthionine; SAH: S-adénosyl-homocystéïne 18

L’établissement des différences épigénétiques entre les

Avant cet établissement dans la lignée germinale, les

Cet effacement, qui a lieu dans les cellules germinales

Cette déméthylation massive a pour rôle d’effacer toute

Les méthylations spécifiques des gènes soumis à

Certaines RDM cibles de la méthylation sont des

Ces CE sont des éléments régulateurs capables de

Des facteurs agissant en trans ont également été

✓ protéines de modification des histones, les MBD

Ces facteurs sont capables de constituer des barrières

Il existe un contrôle à distance observé pour ces gènes

❖ Centres d’empreinte, différentiellement méthylés:

❖ Plus de ¼ de ces gènes produisent des ARN non

1: allèle à expression biallélique, 2: allèle sous empreinte, 3: centre d’empreinte, flèche:

Domaine 1: comporte Igf2 et H19. La protéine CTCF se

Le CE contrôle en cis l’expression paternelle des gènes

Syndromes de Prader-WILLI et d’Angelman: région

Ces maladies sont caractérisées par des retards

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