L2 Cours 4

Chapitre II : Origines des microorganismes dans les aliments
Les microorganismes sont présents naturellement partout, ils ont un rôle essentiel dans la
nature. Les aliments fermentés par des microorganismes présents naturellement étaient
reconnus pour leur meilleure conservation et les évolutions n’ont cessées depuis lors. Certains
micro-organismes vont être présents accidentellement dans l’aliment, et peuvent être à
l’origine d’altération des aliments ou de pathologies pouvant aller jusqu’au décès de
l’individu. Il est intéressant de comprendre comment ces microorganismes sont introduits
dans les aliments, qu’ils soient utiles à la production ou non.
Figure 1: Introduction des microorganismes dans la production d'aliment fermenté

Quel que soit le microorganisme, il est toujours introduit dans les aliments pendant l’un des 5 M :
(Main d’œuvre, Matériel, Milieu, Matière première, Méthode)
Les flores sont différenciées en flore initiale, exogène ou technologiques (figure 1).
1. Flore initiale : Il s’agit de la flore qui est naturellement présente dans la denrée
alimentaire. Cette flore est introduite dans le processus de fabrication lors de l’ajout du
produit, ce qui correspond au niveau des 5 M à la « matière première ».
Matière première : Les denrées alimentaires ne sont pas stériles et sont en contact avec le
milieu extérieur, elles sont donc porteuses de microorganismes qui sont introduits dans la
fabrication (figure 2). Ces microorganismes peuvent avoir un intérêt pour la transformation à
venir (par exemple, les microorganismes du lait pour fabriquer du fromage) ou pas.
Figure 2 : Origine des microorganismes présents dans la matière première
2. Flore exogène :
La flore exogène est la flore dite de contamination. Cette dernière peut être introduite lors de
l’intervention de la « main d’œuvre », lors de l’utilisation du « matériel », ou à cause du
« milieu ».
Main d’œuvre : Le personnel est porteur de nombreux germes, il peut donc contaminer les
denrées alimentaires par l’intermédiaire de ses vêtements, sa salive, ses cheveux, ses poils,…
Matériel : Tout le matériel utilisé lors de la fabrication d’un produit alimentaire n’est pas
stérile et apportent par conséquent une flore supplémentaire. Un bon nettoyage et une bonne
désinfection sont nécessaires afin d’éviter cet apport.
Milieu : Les microorganismes du milieu peuvent provenir de l’air ou des nuisibles (c’est-à
dire des rongeurs, insectes ou arachnides).
3. Flore utile ou technologique :
Cette flore présente un intérêt pour le produit et est ajoutée dans la « méthode ».
Méthode: Des microorganismes sont ajoutés lors du procédé de fabrication d’un aliment car
ils ont un intérêt pour le produit, notamment les microorganismes utilisés pour la
fermentation.
Dans le cadre de la fermentation, les microorganismes sont appelés des ferments : il peut
s’agir de moisissures, de bactéries ou de levures. Ils sont nécessaires à la fabrication de
produits spécifiques pour lesquels on recherche un aspect organoleptique particulier. En effet,
les microorganismes utilisés pour effectuer une fermentation métabolisent, en aérobiose ou en
anaérobiose, des substrats de différentes natures (glucides, lipides, protéines) et agissent ainsi
sur les propriétés d’un aliment. Le but de la fermentation est de modifier un ou plusieurs des
caractères suivants : Aromatisation, Acidification, Texture, Aspect extérieur, Propriétés
nutritionnelles, Stabilisation et conservation.
Les intoxications alimentaires
Les aliments peuvent être les vecteurs ou de véritables milieux de culture de

microorganismes. Ils sont alors potentiellement capables de provoquer diverses affections
chez le consommateur dont la gravité dépend d’abord de la nature et du nombre de
microorganismes et/ou de la toxicité de leurs produits d’excrétion.
Le pouvoir pathogènes des bactéries peut dépendre de plusieurs facteurs et on distingue :
 Infection : Des espèces à pouvoir infectieux qui agissent par envahissement de l’hôte, les
plus fréquemment rencontrées résultent de l’ingestion des microorganismes appartenant
aux genres Salmonella, Shigella, Listeria, Brucella, Mycobacterium, Escherichia,
Campylobacter, Clostridium, Yersinia, Vibrio et de l’ingestion de virus. Ces
microorganismes se comportent vis-à- vis de l’organisme comme des parasites et se
multiplient en utilisant des composants de l’organisme comme nutriments.
 Intoxination : Des espèces à pouvoir toxinogène qui libèrent des toxines spécifiques in
vivo (diphtérie, tétanos) ou dans l’aliment et tous les symptômes sont dus à la toxine sans
qu’il y ait besoin d’un développement de l’agent pathogène dans l’organisme comme la
toxine botulinique (Clostridium botulinum), entérotoxine staphylococcique (S. aureus),
mycotoxines chez les moisissures.
 Toxi-infection alimentaire (TIA) : Des espèces à caractères mixte qui peuvent provoquer
des ou les endotoxines libérées après la lyse cellulaire comme réaction de défense et les
exotoxines libérés lors de la multiplication de certaines bactéries, Exemples : Vibrio
cholerae (Choléra), Vibrio parahemolyticus (fruits de mer), Salmonella typhimurium
(Salmonellose), Shigella sonnei (Shigellose), Campylobacter jejuni (gastro-entérite)
(volailles) .
Une Toxi-infection alimentaire collective (TIAC) est définie par l’apparition d’au moins deux
cas similaires d’une symptomatologie dont on peut rapporter la cause à une même origine
alimentaire.
 Intoxications : D'autres espèces qui agissent par la transformation du substrat qu'elles

rendent toxique, produisant ainsi des intoxications. C’est généralement dû à une
contamination par manque d’hygiène suivie d’un séjour prolongé à une température
ambiante par exemple le cas d’intoxication histaminique par Pseudomonas, Clostridium
perfringens, Proteus morganii, Klebseilla pneumoniae et même Escherichia coli.
Figure 3. Modalités du pouvoir toxique

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Chapitre II : Origines des microorganismes dans les aliments

Figure 1: Introduction des microorganismes dans la production d'aliment fermenté

Les intoxications alimentaires

Les aliments peuvent être les vecteurs ou de véritables milieux de culture de

 Intoxications : D'autres espèces qui agissent par la transformation du substrat qu'elles

Figure 3. Modalités du pouvoir toxique

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