BIO401

Exemple d’enzymes

1
 1. Enzyme dans la vie de tous les jours

1.1 Introduction

Pour la compréhension du monde qui nous entoure

Médical: traiter les dysfonctionnement métaboliques

Ecologique: Comprendre et améliorer la production des énergies de

demain

Industrie Agro-Alimentaire (aptation des espèces au

réchaufement climatique, amélioration des rendements
etc …)

1. 2
Liu, Y. et al. Biofuels for a sustainable future. Cell 0, (2021).
 2.Enzymes et environnement

2.1 Se débarrasser du plastique

La production de plastique a augmenté de 20X en 50 ans

La durée de vie d’une bouteille plastique c’est 450 ans

3
 2. Enzymes et environnement

2.1 Se débarrasser du plastique

❖ 1 million de bouteilles sont achetées toutes les minutes dans le monde

❖ Coca Cola fabrique ¼ des bouteilles produites dans le monde

❖ Seulement 7% des bouteilles sont retransformées en nouvelles bouteilles

4
 2. Enzymes et environnement

2.2 Le plastique c’est quoi ?

❖ Du pétrole on extrait deux composés:

Le TPA (Téréphtalate)
L’EG (éthylène Glycol)

❖ On les combine en polymère pour donner du

Poly(éthylène téréphtalate)

❖ Le problème c’est qu’on ne sait pas refaire

des bouteilles à partir de bouteilles (7%).
❖ Donc les bouteilles sont recyclées en autre
choses (fibres, tapis synthétique, polaire …).

5
 2. Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

Shosuke Yoshida et al. Science 2016

6
Austin et al. PNAS 2018
 2. Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

En 2016, Shosuke Yoshida et al. identifient une bactérie qui

dégrade et assimile le Poly(ethylene téréphtalates) et
l’utilise comme source d’NRJ et de carbone

Shosuke Yoshida et al. Science 2016 7

2. Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

8
2. Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

❖ La bactérie produit deux enzymes

hydrolytiques (Poly(éthylène téréphtalates)ase
et MHETase) qui catalysent la dégradation
des PET pour former les monomères de
départ.

❖ Les monomères sont ensuite catabolisés par

la bactérie et utilisés comme seule source de
carbone.

Shosuke Yoshida et al. Science 2016 9

 2. Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

+H20

MHET MHETase

❖ Détermination de Kcat Et KM avec un substrat MHET

Shosuke Yoshida et al. Science 2016 10

 2. Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

❖ La bactérie produit deux enzymes

hydrolytiques (Poly(éthylène téréphtalates)ase
et MHETase) qui catalysent la dégradation
des PET pour former les monomères de
départ.

❖ Les monomères sont ensuite catabolisés par

la bactérie et utilisés comme seule source de
carbone.

Shosuke Yoshida et al. Science 2016 11

 Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

❖ Ils ont vérifié que leur protéine est aussi capables de dégrader le Poly(éthylène téréphtalates)

Austin et al. PNAS 2018 12

 Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

❖ En 2018 un deuxième groupe s’est

intéressé à la première enzyme
Poly(éthylène téréphtalates)ase

❖ Ils ont résolu de la Poly(éthylène

téréphtalates)ase structure par Xtallo des
rayons X à 1 Å de résolution

❖ Ils ont identifié le site catalytique de

l’enzyme

Poly(éthylène téréphtalates)ase Austin et al. PNAS 2018 13

 Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

Poly(éthylène téréphtalates)ase cutinase

14
 Enzymes et environnement

2.2 Caractérisation et ingénierie d'une polyestérase aromatique dégradante en

plastique

❖ La cutine est polymère naturel à la

surface des feuilles

❖ Les cutinases sont utilisées par les

bactéries qui vivent à la surface des
feuilles et utilise la cutine comme source
de carbone et d’NRJ.

❖ La Poly(éthylène téréphtalates)ase a très

probablement évolué d’une cutinase

Austin et al. PNAS 2018 15

16
 Enzymes et environnement

2.3 Plastique et Enzymo

❖ Il existe peut-être dans la nature une solution à un

problème de société / d’environnement.

❖ Les enzymes ne sont pas encore complétement

optimisées => Donc on peut les améliorer.

17
Poly(éthylène téréphtalates)ase
 Optimisation enzymatiques

The Nobel Prize in Chemistry 2018 was divided, one half awarded to Frances H. Arnold "for the directed
evolution of enzymes", the other half jointly to George P. Smith and Sir Gregory P. Winter "for the phage
18
display of peptides and antibodies."
Les enzymes dans votre vie de tous les jours

Cellulose vs Amidon

19
 Amidon vs Cellulose

Cellulose

α-amylase
Amylose

Amidon vs Cellulose

20
Les enzymes dans votre vie de tous les jours

21
 Les enzymes dans votre vie de tous les jours

Exemple de la transglutaminase

Chez l'homme elle est impliquée dans la coagulation sanguine elle permet
l'agrégation des plaquettes.

22
 Les enzymes dans votre vie de tous les jours

Dans l'industrie agroalimentaire elle est utilisée comme colle alimentaire (viande, poisson, lait, soja).
Elle est en générale produite par une bactérie Streptoverticillium mobaraense
Les enzymes dans votre vie de tous les jours

Saumon marbré au colin

 1. Enzyme dans la vie de tous les jours

1.1 Introduction

Pour la compréhension du monde qui nous entoure

Médical: traiter les dysfonctionnement métaboliques

Ecologique: Comprendre et améliorer la production des énergies de

demain

Industrie Agro-Alimentaire (aptation des espèces au

réchaufement climatique, amélioration des rendements
etc …)

1. 25
Liu, Y. et al. Biofuels for a sustainable future. Cell 0, (2021).
« Be an Enzyme »

26
 « Be an Enzyme »

10 sec

Nbr de balle /10sec

[Balles]0 Enzyme -1 Enzyme-2
(Nbr de balles en 10 sec) (Nbr de balles en 10 sec)
Determination de Vmax et Km
5

10

15

20

25

30

35 [Balles]0 27
 « Be an Enzyme »

10 sec

1- Expliquer la signification de Km, Vmax et kcat (définition et explication pratique).

✓ Proposer une stratégie d’amélioration différente Km et Vmax.

2- Expliciter l’énergie d’activation et l’état de transition dans cette expérience.

✓ Comment modifieriez-vous l’expérience pour rendre compte d’une plus grande énergie d’activation ?

3- Un inhibiteur compétitif est une molécule qui se lie au site actif de l’enzyme et bloque la réaction.
✓ Proposer une expérience qui montrerait l’effet d’un inhibiteur compétitif. 28
29