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INTRODUCTION
DEFINITION: Un marqueur génétique est simplement une portion de l’ADN (acide
désoxyribonucléique) de l’organisme étudié, ou un sous-produit codé par cet ADN (comme une
protéine). L’ADN est la molécule porteuse de l’hérédité chez tous les êtres vivants1. Il importe
simplement dans notre cas de toujours regarder ce qui se passe sur cette même portion d’ADN
chez tous les individus analysés et, dans la mesure du possible, dans plusieurs échantillons
(spatialement et/ou temporellement différents). Il est important que cette portion d’ADN reste la
même (même localisation dans le génome, à la même place sur le même chromosome) d’un
individu à l’autre, d’où le terme locus. Un locus peut correspondre à un gène (codant pour une
fonction quelconque), comme c’est le cas pour les loci enzymatiques (ou iso-enzymatiques), mais
il peut aussi correspondre à une zone non codante, et donc à priori non fonctionnelle, de l’ADN
comme c’est le cas de la plupart des microsatellites. Enfin, il est important de se souvenir qu’un
locus, même non codant, peut se trouver dans un intron, c’est-à-dire dans un gène, et peut donc
subir des phénomènes sélectifs par sa liaison physique avec les parties traduites du gène. On
appelle ce phénomène l’autostop (ou hitchhiking en anglais). Cela reste valable pour un locus situé
en dehors de tout gène, mais à proximité d’un locus sélectionné ou simplement parce que le régime
de reproduction de l’organisme étudié limite ou empêche la recombinaison entre loci. Dans ce qui
suit, je vais considérer que l’organisme étudié est diploïde (comme un moustique ou une tique),
c’est-à-dire que chaque portion d’ADN (chaque locus) dispose de deux représentants par individu.
Plusieurs loci peuvent être considérés. Nous verrons même qu’il est préférable d’analyser les
populations naturelles au travers de plusieurs loci de nature identique (microsatellites ou iso-
enzymes). Il n’y a pas de limite supérieure au nombre de loci qu’il faut utiliser, mais l’expérience
tend à suggérer que cinq est vraiment une limite inférieure qu’il est plus sage d’éviter quand on
peut et que sept commence à représenter un bon chiffre. Pour être informatif, un locus doit être
variable (on dit polymorphe), c’est-à-dire qu’il présente plusieurs allèles dans le groupe
d’individus échantillonnés et génotypés à ce locus. Les mérites et différences entre les différents
marqueurs disponibles ont été largement étudiés et ont fait l’objet de nombreuses revues plus ou
moins exhaustives que l’on pourra consulter pour plus de précisions (RODERICK, 1996 ;
SUNNUCKS, 2000 ; CATERINO et al, 2000). Ces marqueurs se subdivisent en trois parties
inégales (marqueurs cytoplasmiques, marqueurs nucléaires dominants et marqueurs nucléaires
codominants). Nous ne parlerons donc que d’organismes eucaryotes.
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Les marqueurs génétiques, qu’ils soient anonymes (microsatellites) ou responsables de phénotypes

(gènes de la coloration, par exemple), constituent des outils efficaces pour identifier les individus
ou les populations (races) et pour assurer leur traçabilité.
MARQUEURS CYTOPLASMIQUES
Les marqueurs cytoplasmiques correspondent à des loci présents dans le génome mitochondrial ou
le génome chloroplastique (chez les plantes). Ces marqueurs, et plus particulièrement l’ADN
mitochondrial, ont fait l’objet d’un nombre considérable d’études en populations naturelles
(RODERICK, 1996). L’ADN mitochondrial, ou ADNmt s’est en effet montré extrêmement
informatif dans les études phylogéographiques, car il présente des taux d’évolution relativement
rapides et ne subit pas de recombinaisons entre loci (AVISE et al., 1987; AVISE, 2000). Cependant,
pour les études de génétique des populations, les propriétés de ces marqueurs sont loin d’être
idéales et ce pour différentes raisons. Tout d’abord, l’ADNmt présente généralement une hérédité
uniparentale, typiquement maternelle bien qu’une transmission paternelle existe chez certains
organismes (LE et al, 2002; XU, 2005). La structure génétique constatée est donc conditionnée par
celle observée par un seul des deux sexes chez les organismes dioïques comme le sont de nombreux
nématodes, arthropodes et les schistosomes. Par ailleurs, l’effectif efficace (voir encadré 1) pour
de tels marqueurs sera toujours difficile à appréhender car dépendant de l’interaction entre divers
facteurs tels que le sexeratio, le biais de dispersion sexe-spécifique, ainsi que les stratégies de
reproduction (PRUGNOLLE et D E M EEÛS, 2002 ; PRUGNOLLE et al ., 2003). Ensuite, il est
probable que l’ADNmt ne soit pas entièrement neutre (GERBER et al., 2001).
MARQUEURS NUCLÉAIRES DOMINANTS
Avec des marqueurs dominants, les individus hétérozygotes (donc diploïdes) sont vus comme
homozygotes pour un des deux allèles présents chez l’individu. Cet allèle est alors appelé dominant
par rapport à l’autre allèle qui, invisible à l’état hétérozygote, est qualifié alors de récessif. Ici, le
phénotype ne reflète pas fidèlement le génotype.
Une des familles les plus connues de marqueurs dominants correspond aux RAPD (Randomly
Amplified Polymorphic DNA). Des paires d’amorces courtes d’ADN sont utilisées afin
d’amplifier par PCR des portions aléatoires d’un ADN cible chaque fois qu’une complémentarité
est trouvée. Par conséquent, chez les espèces diploïdes, les individus pour lesquels aucune
complémentarité n’existe seront caractérisés par une absence de produit (ADN) amplifié, alors que
les individus présentant une séquence complémentaire (hétérozygotes) ou deux (homozygotes
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pour le complément) présenteront le même produit amplifié, et donc le même phénotype. Il résulte
de ceci que seules des fréquences phénotypiques peuvent être estimées avec ce type de marqueurs,
alors que les fréquences alléliques demeurent inconnues (à moins de faire des hypothèses très
fortes sur la structure des populations). Par ailleurs, la structure génotypique restant elle-même par
définition cachée, ainsi en va-t-il des inférences possibles sur le système de reproduction que doit
refléter la distribution des allèles dans et entre les individus des mêmes unités de reproduction
(sous-échantillons). Qui plus est, et comme déjà mentionné, il est toujours préférable d’étudier
plusieurs loci de même nature. Il est impossible de savoir à quoi correspondent les différentes
portions d’ADN amplifiées par RAPD de par leur nature aléatoire. On ne peut donc savoir si ces
loci sont dans des gènes ou non, quels sont leur taux de mutation, etc. C’est pour ces différentes
raisons que les marqueurs dominants en général, et les RAPD en particulier, ne seront pas traités
davantage dans ce manuel, car ils sont très loin d’être idéaux pour les analyses de génétique des
populations naturelles.
MARQUEURS NUCLÉAIRES CODOMINANTS
Les marqueurs codominants offrent théoriquement l’accès à la structure génotypique complète des
individus, c’est-à-dire que tous les génotypes homozygotes et hétérozygotes sont en principe
distinguables. Il existe de nombreuses catégories de marqueurs codominants. Les isoenzymes (ou
alloenzymes), les RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms), AFLP (Amplified
Fragment Length Polymorphisms), microsatellites, minisatellites, MLST (Multi-Locus Sequence
Typing) et SSCP (Single-Stranded Conformational Polymorphism) figurent parmi les plus connus.
Les marqueurs SNP (Single-Nucleotide-Polymorphism) se montrent extrêmement utiles dans les
études d’association, mais ces marqueurs correspondent essentiellement à des loci bialléliques
(deux allèles seulement), ce qui est loin d’être idéal. De plus, ils présentent des taux de mutations
hétérogènes d’un allèle vers l’autre, ce qui est beaucoup plus préjudiciable encore.
3.1 Les allozymes
Les allozymes sont en fait des enzymes du métabolisme de base des cellules (comme la Glucose-
Phosphate-Isomérase ou GPI qui intervient dans la glycolyse). Pour visualiser de tels marqueurs,
les individus ou une partie de leur corps sont broyés dans une solution tampon ou de l’eau distillée
et ces extraits sont ensuite déposés soit directement sur gel, soit sur des supports absorbants
(comme du papier whatmann) et ces supports absorbants sont eux-mêmes déposés sur ou dans un
gel (gel d’amidon, polyacrylamide, acétate de cellulose). Un champ électrique est ensuite appliqué
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sur le gel. On parle d’électrophorèse des protéines. Les enzymes étant en général chargées
négativement, celles-ci migreront donc vers le pôle positif du champ (anode) et beaucoup plus
rarement vers la cathode (si chargées positivement). La vitesse de migration de ces protéines étant
fonction de leur charge, la distance parcourue en fin d’électrophorèse reflètera donc aussi cette
charge. Les enzymes sont ensuite révélées à l’aide de leur fonction. On utilise en effet le substrat
(ou un analogue) qu’elles sont censées transformer, ainsi qu’une substance qui provoque un
précipité coloré en présence du produit de la réaction de l’enzyme avec son substrat. À partir de
là, plusieurs cas de figure peuvent être rencontrés.
3.2 Les gènes de la coloration
C’est le cas des gènes de la coloration de la robe chez les bovins. On considère aujourd’hui que
les processus cellulaires et biochimiques responsables de la pigmentation sont sous la dépendance
d’une centaine de gènes (Urabe et al 1993) parmi lesquels une dizaine aurait une importance
majeure. Les produits de certains gènes contrôlent des fonctions aux niveaux tissulaire ou
cellulaire : c’est le cas, par exemple, des gènes codant pour les récepteurs mélanoblastiques c-kit,
ETA-R, ETB-R, et leurs ligands. Ils interviennent dans la survie/prolifération de cellule précurseur
des mélanocytes

Un test de génotypage
La caractérisation dans les races bovines de quatre allèles du gène extension (E, e, E1, ED) a
débouché récemment sur la mise au point d’un test de génotypage (Oulmouden et al 1998). Il est
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basé sur la découverte d’un allèle du gène extension associé à des phénotypes de coloration rouge
ou noire fortement atténuée (races Aubrac et Gasconne). Nommé pour l’instant E1, cet allèle se
caractérise, comparativement à l’allèle de référence E, par une duplication de 12 nucléotides, soit
4 acides aminés surnuméraires dans la troisième boucle intra-cytoplasmique du récepteur (boucle
associée à la protéine G). On suppose que cette modification structurale altère le contact avec la
protéine G et atténue le signal engendré par ce type de récepteur. Les deux autres allèles mutants
sont e (où la délétion d’une guanine change le cadre de lecture et conduit à un récepteur tronqué
ayant perdu le site de liaison de l’hormone a-MSH) et ED (où la substitution d’une thymine par
une cytosine aboutit au remplacement d’une leucine par une proline, ce qui rend le récepteur
constitutionnellement actif et engendre le phénotype noir dominant).Ces divers polymorphismes
moléculaires conduisent à l’apparition-disparition de sites de clivage par les enzymes Aci I et Bsrf
I de sorte qu’avec un choix approprié d’amorces PCR, on obtient des amplifiants que l’on peut ou
non cliver par les endonucléases citées. En combinant les profils électrophorétiques, on détermine
directement pour chaque individu examiné la formule allélique du gène extension. Une assez
bonne discrimination entre les races laitières (allèles E et ED) et les races allaitantes (allèles et E1)
peut être constatée. La découverte de nouveaux allèles du gène extension ou, mieux encore,
l’exploitation du polymorphisme d’autres gènes de la coloration comme dilute par exemple,
devrait favoriser la construction d’un arbre de décision conduisant à une identification fine des
diverses populations.
Marqueurs de la trypanosomiase

La trypanosomiase est une maladie parasitaire grave qui affecte de nombreuses espèces animales,
y compris les bovins. Elle est causée par des protozoaires du genre Trypanosoma, transmis par les
mouches tsé-tsé. La résistance des bovins à cette maladie est un enjeu majeur pour l'élevage, en
particulier en Afrique subsaharienne où la trypanosomiase est endémique.Les recherches ont
permis d'identifier plusieurs marqueurs génétiques associés à la résistance des bovins à la
trypanosomiase.
Dans le cas particulier de la trypanosomiase, divers types d’études utilisant les marqueurs
biochimiques et moléculaires ont été réalisés, tant sur le parasite que sur le vecteur. Sur le parasite,
l’électrophorèse d’isoenzymes a notamment permis d’améliorer la classification des trypanosomes
(Godfrey & Kilgour, 1976; Stevens et al, 1992), les marqueurs minisatellites ont permis d’étudier
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leur structure génétique (Mac Leod et al, 2000), le RAPD (Random Amplified Polymorphism
DNA) et les microsatellites ont contribué à l’étude des relations entre la diversité génotypique des
trypanosomes et la diversité des formes cliniques de la maladie (Jamonneau et al., 2002). Les
marqueurs les plus couramment utilisés en génétique des populations de mouches tsé-tsé sont les
allozymes, les microsatellites et les marqueurs d’ADN mitochondriaux.
Les principaux marqueurs génétiques et types de génotypages utilisés chez les bovins pour la
résistance aux maladies
 Gène TRYP1: Ce gène est associé à la résistance à la trypanosomiase chez les bovins. Les
différents génotypes de ce gène peuvent être identifiés par des techniques de génotypage
comme le séquençage d'ADN ou la PCR.
Le gène TRYP1 (Trypanosomiasis 1) a été identifié comme un important facteur de résistance à
la trypanosomiase chez les bovins. Ce gène joue un rôle clé dans la réponse immunitaire de l'hôte
face à l'infection par les trypanosomes.Plusieurs variants génétiques du gène TRYP1 ont été mis
en évidence chez les bovins. Les différents génotypes TRYP1 ont des niveaux de résistance
variables à la trypanosomiase. Par exemple, les animaux porteurs du génotype TRYP1-AA ont
montré une meilleure résistance que ceux avec le génotype TRYP1-BB.Le génotypage du gène
TRYP1 permet donc d'identifier les bovins les plus résistants à la trypanosomiase et de les
sélectionner pour les programmes d'élevage. Cette information génétique est précieuse pour
améliorer la santé et la productivité des troupeaux dans les zones endémiques.
Gène SLC11A1 (anciennement NRAMP1): Ce gène joue un rôle dans la régulation de la réponse
immunitaire contre les infections parasitaires comme la trypanosomiase. L'analyse des
polymorphismes de ce gène permet d'identifier des variants liés à la résistance. Le gène SLC11A1
(Solute Carrier Family 11 Member A1), anciennement appelé NRAMP1 (Natural Resistance-
Associated Macrophage Protein 1).Ce gène joue un rôle essentiel dans la régulation de la réponse
immunitaire de l'hôte face aux infections parasitaires, notamment en contrôlant l'homéostasie du
fer dans les macrophages.Des études ont montré que certains variants génétiques du gène
SLC11A1 sont associés à une meilleure résistance à la trypanosomiase chez les bovins. Par
exemple, le variant SLC11A1-G169 a été identifié comme conférant une résistance accrue à
l'infection par les trypanosomes.
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Le génotypage du gène SLC11A1 permet donc de détecter les animaux porteurs de variants
favorables à la résistance à la trypanosomiase. Cette information génétique peut être utilisée dans
les programmes de sélection pour améliorer la santé et la productivité des troupeaux dans les zones
à risque.Il est important de noter que la résistance à la trypanosomiase est un caractère complexe,
influencé par de nombreux gènes et facteurs environnementaux. Les marqueurs TRYP1 et
SLC11A1 ne représentent donc qu'une partie de la composante génétique de cette résistance.
D'autres gènes et voies métaboliques ont également été étudiés pour leur rôle potentiel dans la
résistance des bovins à la trypanosomiase. Par exemple, des études ont montré l'implication de
gènes liés à la réponse immunitaire, à l'inflammation et au métabolisme du fer.Parmi ces autres
marqueurs génétiques potentiels, on peut citer:
 Gènes du complexe majeur d'histocompatibilité (BoLA): impliqués dans la
reconnaissance immunitaire des pathogènes
 Gènes de cytokines et chimiokines : régulateurs de la réponse immunitaire
 Gènes du métabolisme du fer : comme TFRC (Transferrin Receptor) et FTH1 (Ferritin
Heavy Chain 1)
Le génotypage de ces différents marqueurs génétiques chez les bovins permet d'avoir une vision
plus complète de leur potentiel de résistance à la trypanosomiase. L'utilisation combinée de
plusieurs marqueurs peut améliorer la prédiction et la sélection des animaux les plus résistants.
Les techniques de génotypage les plus couramment utilisées sont le séquençage d'ADN, la PCR
(Réaction en Chaîne par Polymérase) et les puces à ADN (microarrays). Ces méthodes permettent
d'identifier les variants génétiques d'intérêt de manière rapide et fiable.
2. Marqueurs génétiques pour d'autres maladies:

 Gène PRNP: Ce gène est associé à la résistance aux encéphalopathies spongiformes

transmissibles (EST) comme l'Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB). Le
génotypage de ce gène permet d'identifier les animaux porteurs de variants résistants
 Gène BOLA (Bovine Leukocyte Antigen) : Ce complexe de gènes joue un rôle clé dans la
réponse immunitaire des bovins. L'analyse des allèles de ce complexe peut être utilisée
pour évaluer la résistance à diverses maladies infectieuses.3.Autres orientations de
marqueurs génétiques dans les élevages bovins :
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 Marqueurs de production laitière: Des gènes comme DGAT1, ABCG2 et GHR sont
associés à la production et la composition du lait. Le génotypage de ces gènes permet de
sélectionner des animaux avec de meilleures performances laitières.
 Marqueurs de croissance et de qualité de la viande: Des gènes comme MSTN
(myostatine), IGF1 (Insulin-like Growth Factor 1) et GHR (Growth Hormone Receptor)
sont liés à la croissance musculaire et à la qualité de la viande. Leur analyse génétique aide
à l'amélioration de ces caractères.
 Marqueurs de reproduction: Des gènes comme FSHB (Follicle Stimulating Hormone
Beta) et INSL3 (Insulin-like Factor 3) sont impliqués dans la fertilité et la reproduction.
Leur génotypage permet de sélectionner des animaux avec de meilleures performances de
reproduction. Les techniques de génotypage les plus couramment utilisées sont le
séquençage d'ADN, la PCR (Réaction en Chaîne par Polymérase) et les puces à ADN
(microarrays).
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En conclusion, l'identification et l'utilisation des marqueurs génétiques liés à la résistance à la

trypanosomiase chez les bovins sont des outils précieux pour les programmes d'amélioration
génétique et de gestion sanitaire des troupeaux dans les zones endémiques.La combinaison de
plusieurs marqueurs, tels que TRYP1 et SLC11A1, ainsi que d'autres gènes impliqués dans la
réponse immunitaire et le métabolisme, permet d'avoir une vision plus complète de la résistance
génétique des animaux. Cette approche multifactorielle contribue à l'amélioration durable de la
santé et de la productivité des élevages bovins confrontés à la menace de la trypanosomiase.
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Références bibliographiques

Hanotte, O., Ronin, Y., Agaba, M., Nilsson, P., Gelhaus, A., Horstmann, R., ... & Sugimoto, Y.
(2003). Mapping of quantitative trait loci controlling trypanotolerance in a cross of tolerant West
African N'Dama and susceptible East African Boran cattle. Proceedings of the National Academy
of Sciences, 100(13), 7443-7448.2.Noyes,
H. A., Alimohammadian, M. H., Agaba, M., Brass, A., Fuchs, H., Gailus-Durner, V & Kemp,
S. J. (2009). Mechanisms controlling anaemia in Trypanosoma congolense infected mice. PLoS
One, 4(4), e5170.3.Courtin,
D., Berthier, D., Thevenon, S., Dayo, G. K., Garcia, A., & Bucheton, B. (2008). Host genetics in
African trypanosomiasis. Infection, Genetics and Evolution,
Griffon, Michel, Cirad Ecopol, and Dominique Viallet-cirad Emvt. 2000. “Compétitivité Des
Productions Animales En Afrique Subsaharienne et Madagascar.”