Poste de Virologie

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Le Département « Prévention, Diagnostic et Traitement des Infections » des Hôpitaux

Universitaires Henri Mondor (AP-HP), DMU de Biologie et Pathologie, Créteil


(Direction : Pr Jean-Michel PAWLOTSKY), recrute un

Praticien Hospitalier Plein Temps en Virologie-Génomique/Métagénomique

Ce poste est ouvert à tout(e) candidat(e) Médecin ou Pharmacien titulaire du DES de Biologie Médicale avec
une expérience en Virologie et en Génomique/Bio-informatique, pour un positionnement au sein de l’équipe
de Virologie et sur la Plateforme GENOBIOMICS de séquençage de nouvelle génération du Groupe Hospitalier.

La prise de fonction officielle pourra survenir dès le 1er juillet 2022 ou le 1er janvier 2023 pour un(e) candidat(e)
d’ores et déjà inscrit(e) sur la liste d’aptitude des Praticiens Hospitaliers, ou le 1er juillet 2023 pour un(e)
candidat(e) devant passer le concours de PH en 2023. Dans tous les cas, un recrutement immédiat en tant que
Praticien Hospitalier Contractuel est possible dans l’attente de la nomination définitive.

Prière d’envoyer les candidatures, avec lettre de motivation et CV détaillé, à :

Pr Jean-Michel PAWLOTSKY : jean-michel.pawlotsky@aphp.fr

Présentation de la structure

Le Département Médico-Universitaire (anciennement Pôle) de Biologie-Pathologie des Hôpitaux Universitaires


Henri Mondor (Direction : Pr Jean-Michel PAWLOTSKY) est composé de 4 Départements :

- Département Prévention, Diagnostic et Traitement des Infections (Chef : Pr Jean-Michel PAWLOTSKY)


- Département de Biochimie, Biologie Moléculaire, Pharmacologie et Génétique Médicale (Chef : Pr
Benoît FUNALOT)
- Département d’Hématologie et Immunologie Biologiques (Chef : Pr Marie-Hélène DELFAU-LARUE)
- Département de Pathologie (Chef : Pr Emmanuèle LECHAPT)

Le Département « Prévention, Diagnostic et Traitement des Infections » regroupe l’ensemble des structures de
prise en charge transversale, clinique et biologique, des maladies infectieuses :

• 5 Unités
o Laboratoire de virologie
o Laboratoire de bactériologie,
o Laboratoire de mycologie-parasitologie
o Équipe opérationnelle d’hygiène
o Unité transversale de traitement des infections (équipe mobile d’antibiothérapie)
• 3 Centres Nationaux de Référence
o CNR des hépatites virales B, C et delta
o CNR Risques infectieux transfusionnels
o Laboratoire expert du CNR des virus respiratoires pour le séquençage Covid
• 2 laboratoires de biologie médicale de référence (LBMR)
o LBMR métagénomique
o LBMR comparaison de souches en hygiène hospitalière
• 2 équipes de recherche
o Équipe « Virus, Hépatologie, Cancer », Institut Mondor de Recherche Biomédicale, INSERM
U955 (Directeur : Pr Jean-Michel PAWLOTSKY)
o Équipe d’Accueil EA Dynamyc 7380 (Directrice : Pr Françoise BOTTEREL)

Le DMU de Biologie-Pathologie abrite également une plateforme transversale de séquençage à haut débit, la
plateforme GENOBIOMICS (Responsable : Dr Christophe RODRIGUEZ), en charge du développement et de
l’application des techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS), tout particulièrement dans le cadre
du diagnostic et du suivi des maladies infectieuses (bactériennes, virales, mycologiques et parasitaires). La
plateforme est multi-équipée, très automatisée et assure elle-même l’analyse bio-informatique de ses données.
Elle a été labellisée en 2021 par le Ministère de la Santé et des Solidarités parmi les 4 plateformes publiques
nationales de séquençage du génome du SARS-CoV-2, dans le cadre de la surveillance moléculaire de l’infection
COVID-19 (projet EMERGEN, Santé publique France et ANRS/MIE).

Missions des secteurs d’exercice du poste

- Secteur LBMR métagénomique/ Laboratoire Expert du CNR Séquençage Covid :

• Validation biologique des examens de métagénomique (LBMR) (4 jours/semaine)


• Discussion des résultats avec les cliniciens
• Validation biologique du séquençage national Covid
• Assurance qualité du secteur (laboratoire accrédité)
• Participation aux programmes de développement et activité de recherche au sein de l’équipe INSERM
« Virus, Hépatologie, Cancer »

- Laboratoire de virologie :

• Validation biologique dans le secteur des infections virales respiratoires et des patients
immunodéprimés (1 semaine/mois)
• Participation aux staffs hebdomadaires d’infectiologie pour les conseils diagnostiques et thérapeutiques
des infections virales des patients immunodéprimés
• Gardes de week-end de virologie (rémunérées, environ 1 week-end sur 8)
• Remplacement des collègues pendant les congés
• Possibilité de gardes de nuit (garde de bactériologie-virologie-parasitologie, garde semi-nationale pour
la qualification virologique des organes, tissus et cellules destinés à la greffe)

Description des activités en relation avec le poste

Le secteur LBMR métagénomique assure la documentation microbiologique de plus de 1000 prélèvements


annuels dans le cadre de l’exploration d’infections complexes. Par ailleurs, le Laboratoire Expert du CNR des
Infections Virales Respiratoires assure le séquençage du virus SARS-CoV-2 dans le cadre de la surveillance
épidémiologique nationale (consortium EMERGEN), à raison d’environ 50 000 séquençages de génomes entiers
annuels. Ces activités sont réalisées sous la responsabilité d’un MCU-PH, d’un cadre médico-technique,
accompagnés de 5 techniciens et 3 bio-informaticiens. Le Praticien Hospitalier participera aux missions de soin
et d’expertise de ces secteurs innovants, en lien avec les cliniciens, les institutions (SpF, ARS, MSS, MESRI,
ANRS/MIE, etc). Il assurera le maintien de l’assurance qualité du secteur et participera aux développements
technologiques, à l’innovation et aux projets de recherche.
Le laboratoire de virologie accueille 2 PU-PH, 3 PH, 1 attaché plein temps, 1 cadre médico-technique, 13 ETP
techniciens et, actuellement, de nombreux renforts COVID. Le secteur des infections virales respiratoires et des
immunodéprimés réalise les examens de sérologie et de biologie moléculaire des virus respiratoires, des
infections virales des patients immunodéprimés et des infections virales de patients présentant des
méningites/méningo-encéphalites, éruptions cutanées, ou infections gastro-intestinales. Le Praticien Hospitalier
assurera la validation biologique des examens du secteur à hauteur d’une semaine par mois et participera au
développement, à l’évaluation et à la mise en place de nouvelles techniques.

La présence au sein du Département de 3 CNR, 1 LBMR et 1 équipe de recherche labellisée INSERM en virologie
permettra la participation du Praticien Hospitalier aux activités de recherche clinique et fondamentale de
l’équipe. Des charges d’enseignements sont également possibles et l’accompagnement des internes, de masters
2 et d’étudiants constitue une mission importante du Département.

Liaisons hiérarchiques dans la structure

• Pr Jean-Michel PAWLOTSKY, Directeur Médical du DMU de Biologie-Pathologie, Chef du Département


« Prévention, Diagnostic et Traitement des Infections »
• Dr Christophe RODRIGUEZ, Responsable de la Plateforme GENOBIOMICS
• Pr Stéphane CHEVALIEZ, Responsable de l’Unité de Virologie
• Pr Slim FOURATI, Responsable du Secteur des Infections Virales Respiratoires et des Immunodéprimés

Pré-requis

• Qualités attendues
o Esprit d’équipe
o Capacité d’adaptation
o Appétence pour les nouvelles technologies
o Rigueur
o Sens de l’organisation
o Esprit d’initiative
o Intérêt pour l’innovation et la recherche

• Diplômes et compétences
o Diplôme d’État de Docteur en Médecine ou en Pharmacie
o DES de Biologie médicale, spécialité Bactériologie-Virologie
o DU qualité (souhaitable, non indispensable)
o Master 2 recherche (fortement souhaité)
o Compétences en virologie (compétences complémentaires en microbiologie non virale
appréciées)
o Maîtrise de l’outil informatique et bio-informatique (un très bon niveau serait un plus)

• Expérience souhaitée
o Au moins deux années de virologie en post-internat sur un poste d’AHU ou d’Assistant
Spécialiste

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