Cours biotechnologie

Prof : Siouane Noureddine

Définition la biotechnologie :
L’application à des organismes vivants des principes scientifiques et de l'ingénierie à la
transformation de matériaux vivants ou non-vivants 1aux fins de la production de
connaissances, de biens et de services.
La biotechnologie, résulte d'un mariage entre la science des êtres vivants – la biologie – et un
ensemble de techniques nouvelles issues d'autres disciplines telles que la microbiologie,
la biochimie, la biophysique, la génétique, la biologie moléculaire, l'informatique..
Les différents types de la biotechnologie :
Devant les innombrables applications des biotechnologies, la profession a senti le besoin de
clarifier et classifier les domaines d’utilisation. Plutôt connues dans le grand public par leur
usage controversé dans l’industrie agro-alimentaire (les OGM), il était important de ne pas
mettre dans le même sac toutes les déclinaisons de ce mariage entre sciences du vivant et…
toutes les autres sciences et technologies.
C’est ainsi que sont nées les grandes branches des biotechnologies, baptisées par des noms de
couleurs :
1. Biotechnologies blanches : consistent à appliquer des procédés naturels à la
production industrielle » ; il s'agit donc notamment de génie biologique appliqué au
service de la chimie). Les biotechnologies blanches permettent la fabrication de
produits tel que les biocarburants, les biogaz... Pour cela, on va prendre de la matière
première (maïs, colza...) que l'on va transformer en produits fini (bioéthanol...) grâce à
des micro-organismes. Les technologies blanches ont généralement recours à
des bactéries utilisées comme vectrices et/ou productrices d'enzymes ou d'autres substances
d'intérêt technique et commerciales.
2. Biotechnologies jaunes (traitement et élimination des pollutions) : L'usage des
biotechnologies s'est développé dans la gestion de la pollution. Les biotechnologies
jaunes utilisent les bioréacteurs pour cultiver des microorganismes capables de
dégrader les produits toxiques ou diluer les éléments nocifs comme le mercure, afin de
les rendre bénins. Ces techniques sont plus douces et meilleures marchés que la
chimie traditionnelle.
3. Biotechnologies bleues : liées à l'exploitation de la diversité génétique des organismes
marins, par exemple pour créer de nouveaux cosmétiques, médicaments, produits
aquacoles, agroalimentaires, etc.
4. Biotechnologies vertes (d'intérêt agricole) : concernent l’agro-alimentaire et
regroupent une série de technologies utilisant l’organisme des plantes et leurs cellules
pour produire et transformer des produits alimentaires, des biomatériaux et de
l’énergie.
5. Biotechnologies rouges (d'intérêt médical) : touchent le domaine de la santé, en
particulier l’industrie pharmaceutique dont une grande partie de la recherche actuelle
repose sur les biotechnologies

1
2. les biomatériaux
2.2. Définition des biomatériaux
Les biomatériaux sont des matériaux non viables qui sont implantés pour remplacer
ou réparer des tissus. Ils peuvent être d'origine naturelle ou synthétisés en
laboratoire.
2.3. Propriété des biomatériaux

Ils doivent respecter plusieurs obligations :

 être bien tolérés par le receveur, c’est à dire ne pas provoquer d’infection,
d’inflammation, d’allergie, voire de réaction de rejet s’il s’agit de matériel
vivant
 ne pas contenir de substance toxique, comme des perturbateurs
endocriniens ou des agents cancérigènes
 répondre à des contraintes mécaniques pour s’adapter aux pressions
exercées par l’environnement (la pression sanguine pour les prothèses
vasculaires, des millions d’ouvertures et fermetures pour une valve
cardiaque, le poids du corps pour des prothèses de hanche ou de genou...)

2.4. Les différents types des biomatériaux

On peut dire que quatre grandes catégories de biomatériaux peuvent être
envisagées :
 les métaux et alliages métalliques,
 les céramiques au sens large,
 les polymères et la matière "molle",
 les matériaux d'origine naturelle.

2.4.1. Les matériaux d'origine naturelle.

Le souci de biocompatibilité des implants a orienté les chercheurs vers des matériaux
logiquement biocompatibles puisque d'origine naturelle.
Outre les tissus biologiques retraités (valves porcines, carotide de boeuf, veine ombilicale, ...),
le sulfate de chondroitine et l'acide hyaluronique, on trouve parmi ceux-ci :
1. les greffes
Une AUTOGREFFE : greffe des propres tissus d’un individu à lui-même.
Les sites de prélèvement sont l'os iliaque, le ramus, la zone rétromolaire et l'os pariétal.
Une XENOGREFFE : greffe des tissus d’un individu à un autre d’une autre espèce.
Le porc est l'un des meilleurs animaux donneurs d'organes pour l'humain, en raison notamment de sa
disponibilité et de la taille de ses organes mais nous pouvons également utiliser comme donneurs le
corail, la seiche et les mammifères (cheval, vache, cochon, mouton).
Une ALLOGREFFE : greffe des tissus d’un individu à un autre d’une même espèce.
2.la chitine, polysaccharide extrait des coquilles de crabe, qui est susceptible d'application
pour les fils de suture, la chirurgie reconstructive et la peau artificielle ;
3.les fucanes, polysaccharides extraits des algues marines (anticoagulants -
anticomplémentaires, etc...) ;
4.les dextranes et autres polysaccharides fonctionnalisés (le dextrane est préparé par
transformation de saccharose par des bactéries) ;
5.la cellulose, traditionnellement utilisée pour les membranes de dialyse, mais dont
d'autres applications sont à l'étude, notamment comme ciment de prothèse de

2
hanche ;
6.le corail, qui pourrait être utilisé en chirurgie orthopédique et/ou maxillo-faciale,
grâce à la possibilité de recolonisation de ce matériau par les cellules osseuses ;
7.le collagène, d'origine animale (extrait de la peau) ou humaine (extrait du placenta
humain) et dont les applications existantes ou envisageables sont très nombreuses :
- cosmétologie et chirurgie esthétique,
- pansements et éponges hémostatiques,
- implants oculaires et pansements ophtalmologiques,
- reconstitution de tissus mous et durs à l'aide de mélanges collagène-facteurs
de croissance-hydroxyapatite,
- peau artificielle (derme).
L'avantage du collagène réside dans le fait que :
- c'est un produit hémostatique,
- il a certaines propriétés mécaniques qui permettent de le manipuler,
- il est indispensable au développement cellulaire,
- il est biodégradable.
2.4.2. Les métaux et alliages métalliques (acier inoxydable, titane, cobalt,
chrome, molybdène, tantale…)
Ce sont en quelque sorte les "ancêtres" des biomatériaux puisque ce sont les premiers à avoir
été utilisés pour faire des implants. Le plus important par les volumes est sans doute l'acier
inoxydable, encore largement utilisé en chirurgie orthopédique. L'intérêt de l'acier inoxydable
dans ce domaine réside dans ses propriétés mécaniques.
Il faut également mentionner particulièrement le titane, qui est utilisé principalement en
chirurgie orthopédique et pour réaliser des implants dentaires. On le trouve également dans
les stimulateurs cardiaques et les pompes implantables. L'un des avantages principaux du
titane est sa bonne biocompatibilité : l'os adhère spontanément au titane. Les alliages à
mémoire de forme sont une variante intéressante de cette catégorie. On utilise également des
alliages cobalt, chrome, molybdène, du tantale, etc.
Les principaux problèmes mal résolus avec les métaux et alliages métalliques sont les suivants
:
 corrosion électrochimique et durabilité,
 mécanismes de dégradation non électrochimiques incluant les interactions
protéine/métal,
 réactions immunitaires et d'hypersensibilité,
 adaptation des propriétés mécaniques,
 propriétés de frottements et problèmes de débris.
2.4.3. Les céramiques (alumine, zircone, hydroxyapatite, phosphate
tricalcique…)
Ce sont matériaux non métalliques et non organiques obtenus par l'action de fortes
températures. Ce sont ces fortes températures qui induisent, au cœur de la matière première,
une transformation irréversible qui confère à la céramique produite, des propriétés nouvelles :
solidité et résistance à l'usure
, résistance à la chaleur,
propriétés isolantes, etc.
Les céramiques sont obtenues par frittage Récemment, l’homme a constaté que les
céramiques et leurs composites peuvent être utilisées pour réparer ou remplacer plusieurs
organes dans le corps et en particulier l’os
Les céramiques utilisés dans la fabrication des implants peuvent être classées en deux
categories:

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 bio‐inertes ou non résorbables (relativement inerte)
biodégradables ou résorbables (non inertes)
L’alumine, le zircone, les nitrures de silicone, et les fibres de carbones sont des
biocéramiques inertes.
L’hydroxyapatites denses et le phosphate tricalcique sont des céramiques résorbables.
Propriétés des céramiques
Les biocéramiques ont les propriétés mécaniques suivantes:
 très grande résistance à la compression
 très dures
 Bonne résistance à l’usure
 Résistance à la traction faible mais peut être amélioré dans les composites de
céramiques
 grande résistance au cisaillement
 non résilient (ne résiste pas au choc) donc fragile
 non ductile (pas de déformation plastique)
Les biocéramiques ont les propriétés biologiques suivantes:
 Non toxiques
 Non cancérigènes
 Non allergiques
 Non inflammatoires
 biocompatibles
 biofonctionnelles pendant toute la durée d’implantation
Les biocéramiques ont aussi les propriétés suivantes:
 mauvais conducteur d’électricité
 mauvais conducteur de chaleur
 température de fusion très élevée

Hydroxyapatites HA
Les hydroxyapatites synthétiques, de formule Ca 10(PO4)6OH2, sont ostéophiles,
ostéoconducteurs, non résorbables et biocompatibles. Il existe des hydroxyapatites
poreuses ou denses (peu utilisés car ils ne permettent pas l’envahissement cellulaire et
osseux).

Phosphate tricalcique : α TCP – β TCP

Forme poreuse du phosphate de calcium. Généralement encapsulé par du tissu
conjonctif, le phosphate tricalcique Ca3(PO4)2 ne stimule pas la croissance osseuse. La
forme la plus utilisée en odontologie.
L’alumine et la zircone
Utilisées dans les têtes de prothèses de hanche, ainsi qu'en odontologie pour les
implants dentaires

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4. les polymère
Définition de polymère
Polymère une grande molécule constituée d’unités fondamentales appelées
monomères (ou motifs monomères) reliées par des liaisons covalentes.

Exemple :

Un monomère est un composé constitué de molécules simples pouvant réagir avec

d’autres monomères pour donner un polymère. Contrairement au polymère, un
monomère a une faible masse moléculaire.
Exemple : -CH2-CH2- est l’unité du polymère.
Les polymères peuvent être d’origine naturelle (animale ou végétale) ou d’origine
synthétique. Les macromolécules naturelles sont les caoutchoucs, les
polysaccharides, le glycogène, l’ADN, les protéines
Les macromolécules synthétiques sont représentées par
exemple par le polyéthylène, le polypropylène, le polystyrène, le PVC, le PTFE, les
polyesters, les polycarbonates, les polysiloxanes, les polyimides

Exemple
des polymères d’origine synthétique

Le polymère le plus utilisé est le polyéthylène

C’est le matériau d’emballage par excellence.

Le deuxième polymère fort utilisé est le polypropylène

C’est un plastique dur. On le retrouve dans tous les matériaux de plomberie .

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Le polychlorure de vinyle

On l’utilise pour la fabrication des chaussures synthétiques et des disques.

Le polystyrène

On s’en sert pour les emballages.

Un homopolymère est un polymère qui comporte des motifs monomères tous

identiques.
Un copolymère est un polymère qui comporte des motifs monomères de deux ou
plus sortes différentes.
Exemple d’un copolymère :

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Chapitre 2
Biotechnologie environnementale
Introduction
Le traitement biologique, qu’il concerne des terres excavées ou des sols et nappes
phréatiques encore en place, consiste à utiliser des micro -organismes pour
transformer des substances chimiques toxiques en su bstances non toxiques. Les
micro-organismes sollicités sont souvent des bactéries bien que les champignons
jouent un rôle dans certains traitements ex situ
1. Définition de biorestauration
La biorestauration est une action de restauration d'un écosystème dégradé par le
recours à des organismes vivants (microbes par exemple) pour éliminer les
déchets toxiques qui s'y trouvent.

Exemple : Dans le cadre d’une bioremédiation, des roseaux peuvent par exemple être
plantés en bordure d’un plant d’eau dans le but d’en extraire des phosphates présents
en trop grande concentration

2. Types de biorestauration

Les principaux types de biorestauration sont les suivants:

 Biostimulation -- Ajout de substances nutritives et d´oxygène, sous forme

liquide ou gazeuse, aux eaux usées ou aux sols contaminés pour favoriser la
croissance et le développement de bactéries déjà présentes dans le milieu. La
disparition des contaminants est contrôlée afin de garantir l´efficacité des
mesures correctives.

 Bioaugmentation -- Ajout de micro-organismes aptes à nettoyer un polluant

particulier aux eaux ou aux sols contaminés. La bioaugmentation est
généralement utilisée avec succès sur des polluants retirés de leur site d´origine,
comme par exemple dans des installations municipales de traitement des eaux
usées. Jusqu'à présent, cette méthode n'a pas eu beaucoup de succès dans les
sites pollués, en raison de la difficulté de contrôler les conditions du site pour
optimiser la croissance des micro-organismes introduits. Comme les scientifiques
n'ont pas encore compris tous les mécanismes que comporte la biorestauration,
les organismes introduits dans un environnement étranger ont parfois de la
difficulté à survivre.

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  Biorestauration intrinsèque -- Aussi connue sous le nom d´atténuation
naturelle, ce type de biorestauration se produit naturellement dans les sols et les
eaux contaminés. Cette biorestauration naturelle est le travail de micro-
organismes que l'on retrouve dans les sites contaminés par des produits
pétroliers, tels que les anciennes stations d'essence dont les réservoirs souterrains
fuyaient. Les chercheurs tentent de déterminer si la biorestauration intrinsèque se
produit dans des zones contaminées par d'autres types de produits chimiques.
L'application de cette technique exige un contrôle étroit de la dégradation des
polluants afin de veiller à la protection de l'environnement et de la santé humaine.

Chacun des trois types de biorestauration peut être utilisé sur le site contaminé (in situ)
ou sur des produits contaminés prélevés sur le site et transportés ailleurs (ex situ). Dans
le cas de sols, de sédiments et de boues pollués, la technique peut nécessiter la
préparation de la terre afin que les micro-organismes soient bien pourvus en substances
nutritives et en oxygène.

3. Fonctionnement de la biorestauration
La biorestauration repose sur les processus biologiques naturels des micro-organismes,
dont le métabolisme.

3.1. Métabolisme microbien

Le métabolisme est l'ensemble de toutes les réactions chimiques qui se produisent dans
une cellule ou un organisme. Tous les processus de la vie sont basés sur une série
complexe de réactions chimiques. Le processus métabolique se divise en deux phases :
l´anabolisme, qui élabore des structures moléculaires complexes à partir de molécules
plus simples, et le catabolisme, qui dégrade les molécules complexes en molécules plus
simples. Les produits chimiques des sites pollués peuvent être dégradés par l'un ou
l'autre de ces processus, ou les deux.

3.2. Anabolisme – la construction

Dans le cas de l'anabolisme, les produits chimiques absorbés par le micro-organisme sont
utilisés pour bâtir diverses parties de la cellule. Le carbone et l'azote sont les produits
chimiques de base des protéines, des sucres et des acides nucléiques qui composent les
cellules microbiennes. Les micro-organismes puisent le carbone et l'azote du sol, de l'eau
et de l'air qui les entourent. Pour absorber les substances nutritives et les transformer en
éléments de cellules, les micro-organismes ont besoin d'énergie. C'est là que le
catabolisme entre en jeu.

3.3. Catabolisme – la dégradation

Le catabolisme permet aux micro-organismes de puiser de l'énergie dans les produits

chimiques disponibles dans l'environnement. Bien que la plupart des micro-organismes
soient exposés à la lumière et aux sources chimiques d'énergie, ils comptent
généralement sur les produits chimiques pour se doter d'énergie. Lorsque les produits
chimiques se dégradent, ils libèrent de l'énergie, que les micro-organismes utilisent pour
effectuer des fonctions cellulaires telles que celles de l'anabolisme.

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 4. Rôle de l'anabolisme et du catabolisme en biorestauration

Les produits chimiques présents dans les sites contaminés prennent part aux processus
d'anabolisme et de catabolisme. Par exemple, les hydrocarbures (qui sont des dérivés du
carbone) présents sur les sites renfermant des produits pétroliers peuvent être absorbés
par les micro-organismes, qui les utilisent comme éléments cellulaires de base. Les
micro-organismes ont besoin de certains autres produits chimiques, notamment les
composés chimiques associés au phosphore, au potassium, au calcium et au sodium. Les
micro-organismes ont également besoin d´infimes quantités de certains autres éléments
chimiques, y compris le chrome, le cobalt, le cuivre et le fer, disponibles en abondance
dans les sites contaminés.

5. Traitement des eaux usées.

5.1. Définition de la pollution de l’eau

LA pollution de l'eau toute modification chimique, physique ou biologique de la qualité de l'eau qui a
un effet nocif les êtres vivants la consommant. Quand les êtres humains consomment de l'eau polluée,
il y a en général des conséquences sérieuses pour leur santé. La pollution de l'eau peut aussi rendre
l'eau inutilisable pour l'usage désiré.
5.2. Les paramètre qui définissent la qualité de l’eau

Les paramètres fréquemment réglementés sont :

 la qualité organoleptique (couleur, turbidité, odeur, saveur) ;

 certains paramètres physico-chimiques naturels
(température, pH, chlorures : 200 mg/l, sulfates : 250 mg/l, etc.) ;
 la présence de substances dites indésirables (nitrates : 50 mg/l, nitrites, pesticides, etc.) ;
 la présence de substances toxiques (arsenic, cadmium, plomb, hydrocarbures, etc.) ;
 certains paramètres microbiologiques ; l'eau ne doit pas contenir d'organismes pathogènes,
notamment de coliformes fécaux).
Ces paramètres peuvent être assurés par un traitement spécifique de l’eau ; dans certains cas il pourra
s'agir d'un simple stockage en milieu hermétique (citerne souple) ou autre, permettant la stabilisation
biologique.

5.2. Les principaux types de pollutions

5.2.1 Pollution physique : IL s'agit d'une pollution qui se traduit par la présence des particules de taille
et de matière très variés dans l’eau, qui lui confèrent un caractère trouble. On distingue aussi les
matières décantées (plus lourdes que l’eau), les matières flottables (plus légères que l'eau) et les
matières non séparables (de même densité que l'eau). La pollution physique désigne l’autre type de
pollution, telle que la pollution thermique due aux températures élevées qui cause une diminution de la
teneur en oxygène dissous ainsi qu’une réduction de la solubilité des gaz et la pollution radioactive.

5.2.2. Pollution chimique : La pollution chimique de l’eau est due essentiellement aux déversements
de polluants organiques et des sels de métaux lourds par les unités industrielles. L’enrichissement des
sols pour intensifier l’agriculture par diverses catégories d’engrais et de pesticides est également à
l’origine de la pollution chimique des sources et des nappes souterraines. Ces substances exercent un
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effet toxique sur les matières organiques et les rendent plus dangereuse. Les polluants chimiques sont
classés en cinq catégories :

 Les polluants chimiques dits indésirables (nitrate, les composés phosphorés et les sels
ammoniacaux).
 Les polluants chimiques toxiques.
 Les pesticides et produits apparentés.
 Les hydrocarbures.
 Les détergents.
6. Les différents procédés d’épuration des eaux usées

Il existe différents procédés d’épuration des eaux usées des agglomérations

6.1. Les stations d’épuration

Principe de fonctionnement d’une station d’épuration urbaine.
Il existe différents procédés d’épuration des eaux usées des agglomérations. Si les petites
collectivités peuvent recourir à des procédés dits « rustiques » (lagunages naturels, lits à
macrophites, filtres à sable,....).

La chaîne de traitement des effluents urbains comprend en général dans l’ordre :

Une première phase d’élimination des petits déchets flottants et des matières en suspension :

le dégrillage : passage des effluents à travers un crible pour enlever les petits déchets ( morceaux de
plastique, de papiers,...)

le déssableur : fosse ou sont piégés par gravité les graviers et sables. Cette opération permet que ces
éléments durs ne provoquent pas de dégâts dans les installations d’épuration et notamment les pompes.

le déshuileur : piège les huiles et les graisses qui flottent naturellement à la surface de l’eau.
L’injection de bulles d’air dans l’effluent favorise la remontée des huiles à la surface,

le décanteur primaire : est un grand bassin où les matières restantes se déposent au fond par gravité
pour former des boues.

Les boues sont retirées par pompage et dirigées pour être stockées en attendant leur évacuation dans
un silo à boues....

Une seconde phase d’élimination des produits dissous dans les eaux :

Dans le bassin d’activation, on transforme la matière organique dissoute en accélérant les processus
d’autoépuration naturels qui se développent dans les rivières, par une oxygénation poussée (injection
d’air ou brassage mécanique) qui va favoriser la consommation par les bactéries des matières
organiques, transformées essentiellement en nitrates dissous dans l’eau.

Ensuite, dans une phase de clarification (appelée aussi de « décantation secondaire »), les eaux
déposent encore des boues. Une part de ces boues, très riches en micro-organismes, peu être pompée
pour être réinjectée dans le bassin d’activation pour le réensemencer, c’est à dire l’enrichir en bactéries
et augmenter l’épuration. L’excédent des boues est envoyé dans le silo à boue.

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Après épuration, les eaux sont rejetées dans le milieu naturel.

Ces eaux épurées contiennent en solution :

des nitrates provenant de la décomposition des matières organiques,
des phosphates provenant en grandes parties des lessives
des traces de produits chimiques qui n’ont pas été dégradés ou piégés dans les boues de la station.

Le rendement de la station d’épuration se mesure en comparant la charge organique des eaux à

l’entrée et à la sortie de la station.

Le rejet de nitrates et de phosphates favorise l’eutrophisation des rivières. Pour pallier à cette
situation, certaines stations d’épuration peuvent être équipées de traitements complémentaires
pour réduire la présence d’azote et de phosphore dans le rejet.

La dénitrification : pour éliminer l’azote, la station d’épuration doit être équipée d’un système de
dénitrification des eaux épurées avant leur rejet en le faisant passer dans un bassin spécifique
d’anoxie ; On y prive d’air les bactéries d’épuration qui s’emparent des atomes d’oxygène des
molécules de nitrates, ce qui libère de ce fait leurs atomes d’azote qui s’échappent sous forme gazeuse
vers l’atmosphère.

La déphosphatation Un floculant (chlorure ferrique, sulfate d’aluminium, ..) est ajouté dans le
station d’épuration aux effluents. Les molécules de ce floculant fixent les particules phosphorés de
suspension qui s’agglutinent pour former un floc qui précipite au fond du bassin traitement pour
former de la boue d’épuration.

11
Figure 01 : principe de fonctionnement d’une station d’épuration.

6.2. La phytoépuration
6.2.1. La définition de La phytoépuration :

La phytoépuration est pour ainsi dire, un ensemble de techniques naturelles issues de la combinaison
des végétaux du sol et des micro-organismes dans un écosystème qui a été créé spécifiquement pour
cela. La phytoépuration permet surtout de traiter les nitrates et les phosphates, ainsi que des métaux
qui sont les principaux polluants des eaux. En ce sens, le procédé de phytoépuration élimine les agents
biologiques infectieux présents dans les eaux.
6.2.2. Fonctionnement de la phytoéruption

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Tout d'abord, il conviendra de sélectionner des plantes spécifiques possédant la capacité d’absorber les
polluants. Ces plantes sont accessibles par tout un chacun qui veut investir dans le procédé de
phytoépuration. Les plantes épuratrices les plus communes sont les bambous, les roseaux, les
massettes ou encore les laîches. Les bactéries présentes dans les racines de ces plantes ont la propriété
de purifier l’eau, de par leurs spécificités organiques. En général, le procédé est constitué de trois
étapes distinctes, notamment : le prétraitement, le traitement des composés chimiques et le traitement
biologique de l’eau.
6.2.3. Les différentes étapes de purification d’eau par la phytoépuration
 1ère étape : la première étape de ce procédé d’épuration d’eau, les petits cailloux préinstallés
dans un bassin et les racines des roseaux plantés dans ce bassin gardent les macros particules à
la surface de l’eau et les autres éléments se changeront ensuite en compost.
 2ème étape : la deuxième étape, qui est le traitement des composés chimiques, les plantes
aspirent les nitrates et les phosphates et les métaux qui sont présents dans l’eau. Cette
deuxième étape assure aussi la décomposition de polluants, surtout ménagers, présents dans
l’eau.

 3ème étape : le traitement biologique est la phase finale pendant laquelle les bactéries
décomposent les composts stockés au niveau des racines pour les modifier en matières
minérales nourrissantes des plantes. En ce sens, la purification de l’eau sera effective en
quelques étapes.

13
 Chapitre 03
BIOTECHNOLOGIE INDUSTRIELLE (blanche)
1. Clonage par recombinaison

Le microbe Escherichia coli (E. coli) est probablement l’organisme le plus étudié et le plus
compris de la planète. La plupart de ses gènes et de ses mécanismes biochimiques ayant été
identifiés par les scientifiques, il nous est ainsi plus facile de le manipuler afin de pouvoir en
profiter pleinement. Bien que cette bactérie ait toujours eu mauvaise presse, son utilité dans le
domaine de la biotechnologie ne fait aucun doute. Les bactéries emmagasinent la plupart de
leurs gènes (parties d’ADN qui servent à encoder les protéines) dans une seule molécule
d’ADN, mais elles comprennent également des fragments mobiles d’ADN; ce sont les
plasmides (voir la Figure 1). Les bactéries contiennent souvent des plasmides dans leurs
cellules et les utilisent en cas « d’urgence »; par exemple, les plasmides renferment
généralement des gènes qui favorisent la résistance aux antibiotiques. Ce sont des gènes qui
ne seraient pas nécessaires dans des conditions normales, mais qui sont très utiles en présence
d’un antibiotique (la pénicilline, l’ampicilline, l’érythromycine, etc.) qui normalement
détruirait la cellule.

Figure 1 : ADN bactérien et plasmides.

Ces mêmes plasmides (aussi appelés vecteurs) sont le moyen utilisé par les scientifiques
pour insérer des « gènes d’intérêt » dans les bactéries. Un « gène d’intérêt » est un gène
qu’un scientifique peut vouloir étudier afin d’en apprendre davantage sur sa fonction (son
action), sa structure (son apparence) ou sa séquence (le codage de l’ADN).
Le processus qui consiste à insérer des gènes dans un vecteur pour former une nouvelle
molécule d’ADN qui pourra se répliquer en cellule hôte est appelé clonage par
recombinaison (aussi connu sous le nom de clonage moléculaire). Ici, « recombinaison »
signifie que deux différents brins d’ADN qui ne coexisteraient pas normalement sont
combinés; le « clonage » consiste à créer de multiples copies d’organismes génétiquement
identiques (clones).
Le processus de clonage bactérien par recombinaison est constitué de quatre étapes
fondamentales. Ces étapes sont :
1. Réactions de ligature
2. Transformation
3. Sélection et propagation
4. Isolement
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Examinons de plus près chacune de ces étapes.

1. Réactions de ligature
La première étape de ce processus consiste à transférer le « gène d’intérêt » dans le plasmide qui
sera absorbé par la bactérie E. coli. Mais comment les scientifiques s’y prennent-ils au juste pour
introduire le gène dans le plasmide? Premièrement, ils utilisent des protéines spéciales appelées
enzymes de restriction afin de couper le gène et le plasmide à des endroits précis qui sont
complémentaires. Les deux parties d’ADN libres se rencontrent avec l’aide d’une autre enzyme
appelée l’ADN ligase et se combinent (ligature) pour former un plasmide modifié (voir la Figure 2).

Figure 2 : Les brins d’ADN sont coupés et se réassocient avec l’ADN ligase.

2. Transformation
Nous sommes maintenant en présence d’un plasmide contenant le « gène d’intérêt ». Cependant, un
plasmide ne peut pas cloner un gène par lui-même; il a besoin d’un système hôte pour faire des
copies du plasmide (et ainsi, faire des copies du « gène d’intérêt »). Le système hôte le plus efficace
est une bactérie, en particulier les bactéries E. coli puisque celles-ci se divisent et croissent
rapidement. Une seule cellule E. coli peut se croître et se diviser en milliards de cellules en seulement
24 heures! Si une bactérie E. coli est porteuse d’un plasmide renfermant le « gène d’intérêt », le
plasmide sera dupliqué chaque fois que la bactérie se dupliquera. Par conséquent, au cours d’un
cycle de croissance d’une durée de 24 h, des milliards de copies (clones) du gène pourraient être
produites!

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Maintenant, comment pouvons-nous convaincre les bactéries de devenir des hôtes pour nos
plasmides? Dans un premier temps, de nombreux types de bactéries absorberont naturellement les
molécules d’ADN dans leur environnement, mais pour maximiser l’assimilation, il est possible de
traiter les bactéries E. coli avec des produits chimiques afin qu’il soit plus facile pour elles d’absorber
l’ADN plasmidique. Un des moyens d’y parvenir est de faire croître la bactérie E. coli avec un mélange
contenant les plasmides et du sel. La pression osmotique (c.-à-d. une concentration élevée de sel à
l’extérieur des cellules et une faible concentration de sel à l’intérieur des cellules) et la présence des
plasmides provoqueront l’introduction des plasmides dans les cellules E. coli (voir la Figure 3).

Figure 3 : Des bactéries sont amenées à absorber des plasmides.

3. Sélection et propagation
Malheureusement, comme tu peux le voir à la Figure 3, ce ne sont pas toutes les cellules qui
intégreront les plasmides, alors les cellules doivent être sélectionnées afin d’identifier celles qui
auront intégré les plasmides et celles qui ne l’auront pas fait. Comment savoir quelles bactéries ont
intégré les plasmides et quelles ne l’ont pas fait? Le plasmide renferme un agent de sélection
spécifique, qui est généralement un gène codant une résistance antibiotique (voir la Figure 4). Étant
donné que les bactéries se développent en présence d’un antibiotique, les bactéries AVEC des
plasmides seront viables et pourront se développer, alors que les bactéries SANS plasmides mourront
(voir la Figure 4). C’est ce qu’on appelle la sélection antibiotique. Une fois qu’une colonie (groupe de
bactéries) possède le plasmide (parce qu’elle a su résister aux antibiotiques), elle est isolée et peut se
multiplier. Ainsi, un bon nombre de bactéries contiennent le « gène d’intérêt ».

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Figure 4 : Sélection antibiotique de bactéries contenant des plasmides.

4. Isolement
L’étape finale consiste à prélever les plasmides (et donc le « gène d’intérêt ») des bactéries (voir la
Figure 5). Pour ce faire, les bactéries sont lysées (la membrane cellulaire est brisée) (A) et les
plasmides sont séparés de l’ADN bactérien à l’aide d’une solution acide (pH faible) à teneur élevée en
sel (puisque l’ADN plasmidique peut résister à ces conditions, mais pas l’ADN normal) (B).
Finalement, les plasmides sont séparés de toutes les autres parties de la cellule à l’aide du procédé de
centrifugation (rotation à grande vitesse) (C).
Le clonage par recombinaison est une méthode hautement contrôlée et efficace pour produire des
composés comme la vitamine C, l’enzyme chymosine (présure) qui est utilisée dans la fabrication du
fromage et du colorant indigo (l’indigo est le colorant qui donne aux jeans bleus leur couleur).
Aujourd’hui, on retrouve l’ADN recombiné dans l’industrie, la production alimentaire, la médecine
humaine et vétérinaire, l’agriculture et la bio-ingénierie.

Figure 5 : Prélèvement de plasmides des bactéries.

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