Argumentaire Antibiogrammes Cibles

RECOMMANDER
LES BONNES PRATIQUES
ARGUMENTAIRE
Antibiogrammes
ciblés pour les
infections urinaires
à Entérobactéries
dans la population
féminine adulte (à
partir de 12 ans)
Validé par le Collège le 5 octobre 2023

Les recommandations de bonne pratique (RBP) sont définies dans le champ de la santé comme des propositions
développées méthodiquement pour aider le praticien et le patient à rechercher les soins les plus appropriés dans des
circonstances cliniques données.
Les RBP sont des synthèses rigoureuses de l’état de l’art et des données de la science à un temps donné, décrites dans
l’argumentaire scientifique. Elles ne sauraient dispenser le professionnel de santé de faire preuve de discernement dans
sa prise en charge du patient, qui doit être celle qu’il estime la plus appropriée, en fonction de ses propres constatations
et des préférences du patient.
Cette recommandation de bonne pratique a été élaborée selon la méthode résumée dans l’argumentaire scientifique et
décrite dans le guide méthodologique de la HAS disponible sur son site : Élaboration de recommandations de bonne
pratique – Méthode Recommandations pour la pratique clinique.
Les objectifs de cette recommandation, la population et les professionnels concernés par sa mise en œuvre sont
brièvement présentés en dernière page (fiche descriptive) et détaillés dans l’argumentaire scientifique.
Ce dernier ainsi que la synthèse de la recommandation sont téléchargeables sur www.has-sante.fr.
Grade des recommandations

Preuve scientifique établie
A Fondée sur des études de fort niveau de preuve (niveau de preuve 1) : essais comparatifs randomisés de forte
puissance et sans biais majeur ou méta-analyse d’essais comparatifs randomisés, analyse de décision basée
sur des études bien menées.
Présomption scientifique
B Fondée sur une présomption scientifique fournie par des études de niveau intermédiaire de preuve (niveau de
preuve 2), comme des essais comparatifs randomisés de faible puissance, des études comparatives non
randomisées bien menées, des études de cohorte.
Faible niveau de preuve

C Fondée sur des études de moindre niveau de preuve, comme des études cas-témoins (niveau de preuve 3), des
études rétrospectives, des séries de cas, des études comparatives comportant des biais importants (niveau de
preuve 4).
Accord d’experts
AE En l’absence d’études, les recommandations sont fondées sur un accord entre experts du groupe de travail,
après consultation du groupe de lecture. L’absence de gradation ne signifie pas que les recommandations ne
sont pas pertinentes et utiles. Elle doit, en revanche, inciter à engager des études complémentaires.
HAS • Antibiogrammes ciblés pour les infections urinaires à Entérobactéries dans la population féminine adulte (à partir de 12 ans) •
octobre 2023 2
Descriptif de la publication
Titre Antibiogrammes ciblés pour les infections urinaires à
Entérobactéries dans la population féminine adulte (à
partir de 12 ans)
Méthode de travail Recommandation pour la pratique clinique (RPC)
Objectif(s) Labellisation par la HAS des tableaux décisionnels des sociétés savantes pour le rendu
des antibiogrammes ciblés.
Cette labellisation consiste en la formalisation sous la forme d’une recommandation, de
l’utilisation des tableaux décisionnels élaborés conjointement par le CA-SFM et la SPILF
concernant le rendu des antibiogrammes ciblés pour les ECBU positifs à entérobactéries.
Favoriser les antibiogrammes ciblés dans les ECBU positifs à entérobactéries (bactéries
appartenant à l’ordre des Enterobacterales).
La labellisation par la HAS des tableaux décisionnels des sociétés savantes pour le rendu
des antibiogrammes ciblés permettra de promouvoir la généralisation des
antibiogrammes ciblés sur le territoire national.
Cibles concernées − Population concernée par le thème pour le volet 1 : population féminine adulte (à
partir de 12 ans)
− Professionnels concernés par le thème : biologistes (en particulier les microbiologistes),
médecins généralistes, infectiologues, urologues, gynécologues, gériatres et tout autre
clinicien pouvant prendre en charge des patients ayant une infection urinaire.
Demandeur Direction générale de la Santé (DGS)
Promoteur(s) SPILF et SFM
Pilotage du projet − Frédéric Schramm, André Birgy (SFM),

− Alexandre Charmillon, Vanina Meyssonnier (SPILF),
− Sabine Benoliel (Cheffe de projet, HAS), Sladana Praizovic (Assistante du projet, HAS)
Recherche documentaire Mireille Cecchin (Documentaliste, HAS)
Auteurs − Frédéric Schramm, André Birgy, Alexandre Charmillon, Vanina Meyssonnier

− Relecture : Sabine Benoliel
Conflits d’intérêts Les membres du groupe de travail ont communiqué leurs déclarations publiques
d’intérêts à la HAS. Elles sont consultables sur le site https://dpi.sante.gouv.fr. Elles ont
été analysées selon la grille d’analyse du guide des déclarations d’intérêts et de gestion
des conflits d’intérêts de la HAS (https://www.has-
sante.fr/upload/docs/application/pdf/guide_dpi.pdf). La base de données publique
« Transparence-Santé » (www.transparence.sante.gouv.fr) rend accessibles les
informations déclarées par les entreprises concernant les conventions, les rémunérations
et les avantages liant ces entreprises et les acteurs du secteur de la santé. Les intérêts
déclarés par les membres du groupe de travail et les informations déclarées par les
entreprises ont été considérés comme étant compatibles avec leur participation à ce
travail.
Validation Version du 5 octobre 2023
Autres formats Recommandation
octobre 2023 3
Sommaire
1. Introduction 5
1.1. Présentation et périmètre 5
1.1.1. Demande 5
1.1.2. Contexte 5
1.1.3. Enjeux et objectifs 7
1.1.4. Cibles 8
1.1.5. Délimitation du thème / questions à traiter 8
1.2. Organisation 9
1.2.1. Groupe de travail et groupe de lecture externe 9
1.2.2. Coordination du projet 9
1.2.3. Gestion des conflits d’intérêts 9
2. Méthode de travail 10
2.1. Méthode : Recommandation pour la pratique clinique 10
2.2. Recherche documentaire 10
2.2.1. Sources d’informations 10
2.2.2. Stratégie de recherche 11
2.2.3. Critères de sélection 11
3. Argumentaire scientifique 12
3.1. Problématique traitée 12
3.1.1. Analyse descriptive de la littérature : microbiote 12
3.1.1.1. Recommandations retenues 12
3.1.1.2. Revues de la littérature retenue 16
3.1.1.3. Études cliniques retenues : Essais contrôlés randomisés, études prospectives,
études rétrospectives. 16
3.1.2. Analyse descriptive de la littérature : antibiogramme ciblé 22
3.1.2.1. Recommandations retenues 22
3.1.2.2. Revues de la littérature retenues 24
3.1.2.3. Analyse des études cliniques (essais cliniques randomisés, études
rétrospectives, études prospectives, études transversales) 25
3.2. Modalités et stratégies de mise en place des antibiogrammes ciblés 31
Table des annexes 35
Références bibliographiques 52
Participants 58
Abréviations et acronymes 59
octobre 2023 4
1. Introduction
1.1. Présentation et périmètre
1.1.1. Demande
La Haute Autorité de santé (HAS) a été saisie, dans le cadre du plan national antibiorésistance (mission
antibiorésistance de la DGS), pour labelliser les tableaux décisionnels élaborés par la Société
française de microbiologie (SFM) et la Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF)
à la demande de la Direction Générale de la santé (DGS). Ces tableaux décisionnels sont utilisés dans
le rendu des antibiogrammes ciblés pour les examens cytobactériologiques des urines (ECBU) à
entérobactéries.
Le recours à des antibiogrammes ciblés pour les infections urinaires permet de promouvoir l’utilisation
des antibiothérapies de première intention, en évitant dans la mesure du possible les antibiotiques
critiques (à savoir les plus générateurs de résistances bactériennes).
Il s’agit donc de labelliser les tableaux décisionnels proposés par les sociétés savantes
concernant le rendu des antibiogrammes ciblés pour les ECBU dans la population féminine
adulte (à partir de 12 ans).
Ce travail est réalisé conjointement par la SFM via le comité de l’antibiogramme de la SFM (CA-SFM)
et la SPILF, sur la base de données européennes, de données épidémiologiques de résistances aux
antibiotiques, de données de microbiologie et de recommandations existantes.
La labellisation des travaux de la SFM et de la SPILF par la HAS est requise pour la mise en œuvre
de ce processus.
1.1.2. Contexte
L’expansion de l’antibiorésistance constitue un problème majeur de santé publique au niveau national
et international [1]. L’European Center for Disease Prevention and Control (ECDC) a inclus la
résistance bactérienne dans ses 3 principales priorités [2], et l’Organisation Mondiale de la Santé
(OMS) estime que la lutte contre l’antibiorésistance constitue l’un des 10 axes d’amélioration majeurs
pour améliorer la santé publique [3].
Les résistances microbiennes seraient responsables de plusieurs centaines de milliers de
morts par an dans le monde. Une étude récente estime même que la mortalité associée à
l’antibiorésistance s’élève à 4,95 millions de personnes en 2019, dont 1,7 million pourrait être
directement attribuable à la résistance bactérienne [1].
En France, environ 125 000 patients développent une infection liée à une bactérie résistante
et l’antibiorésistance est la cause d’environ 5 500 décès par an chez ces patients (estimations
basées sur les données du réseau de surveillance européen EARS-Net pour l’année 2015)
[4, 5].
Au niveau national, un ensemble de mesures préventives destinées à éviter la progression de
l’antibiorésistance ont été proposées dans le cadre du plan national pour la maîtrise de
l’antibiorésistance mis en œuvre par la mission antibiorésistance de la DGS en concertation avec
l’ensemble des acteurs du système de santé humaine [6].
Il s’agit notamment de promouvoir la juste utilisation des antibiotiques, via des programmes de « bon
usage des antibiotiques » (ce sont les programmes d’« Antimicrobial stewardship » des pays
anglophones) [7]. La feuille de route interministérielle pour la maîtrise de l’antibiorésistance publiée en
octobre 2023 5
novembre 2016 propose (mesure n° 4) d’inciter les professionnels de la santé humaine à la juste
prescription des antibiotiques, et notamment (action n° 10) de limiter la liste des antibiotiques testés
transmise au prescripteur pour les antibiogrammes effectués dans les infections urinaires afin de
restreindre la prescription des antibiotiques dits « critiques » en santé humaine [8]. La stratégie
nationale 2022-2025 de prévention des infections et de l’antibiorésistance prévoit également de
renforcer la prévention des infections et de l’antibiorésistance auprès des professionnels de santé (axe
n° 3), en incitant les professionnels au bon usage des antibiotiques (objectif n° 2) : une action
spécifique vise à renforcer l’utilisation d’outils existants d’aides à la prescription (action n° 21), en
favorisant et en promouvant notamment l’utilisation des antibiogrammes ciblés en intégrant les
recommandations de bonnes pratiques dans les logiciels métiers (sous action n° 21.1) [9]. Un rapport
IGAS publié en 2022 et portant sur l’évaluation et la préparation de l’actualisation de la feuille de route
interministérielle 2016 pour la maîtrise de l’antibiorésistance mentionne les attentes importantes qui
portent sur l’antibiogramme ciblé urinaire : cet outil doit permettre de mieux ajuster la prescription en
préservant, dans son rendu des résultats, les antibiotiques critiques lorsque cela est possible [10]. La
mise en place des antibiogrammes ciblés fait également partie des stratégies encouragées à l’échelon
européen [11], ou aux États-Unis [12], pour limiter la prescription inappropriée d’antibiotiques.
L’un des enjeux est notamment de réduire la fréquence des antibiothérapies inappropriées, en
fournissant les outils adaptés pour améliorer la pertinence de la prescription par l’ensemble des
professionnels concernés.
Dans un contexte d’une consommation d’antibiotiques toujours trop importante en France [13-16] et
d’émergence de souches bactériennes résistantes [16-19] tant en établissements de santé qu’en soins
de ville, l’ANSM (Agence Nationale de Sécurité du Médicament) a élaboré en 2013 [20] puis mis à jour
en 2015 [21] en lien avec la DGS, une liste d’antibiotiques dits « critiques », à savoir :
- les antibiotiques particulièrement générateurs de résistances ;
- les antibiotiques de dernier recours, en absence d’alternative thérapeutique. Ils s’adressent
à des pathologies graves ou à des infections dues à des bactéries multirésistantes (BMR)
encore sensibles à ces antibiotiques de dernier recours. Leur utilisation est principalement
hospitalière.
En réponse à une saisine de la DGS (n° D. 21-006497) datant du 25 février 2021, cette liste des
antibiotiques critiques a encore été actualisée en janvier 2022 par la SPILF [22].
Des stratégies dites de « nudging », reposant sur des actions portant sur le rendu des résultats de
laboratoire, permettent d’orienter la prescription des cliniciens, et l’antibiogramme ciblé fait partie de
ce type de stratégies [23-34]. Le laboratoire a un rôle majeur à jouer dans les stratégies de bon usage
des antibiotiques, et l’antibiogramme ciblé fait partie des outils à mettre en œuvre [35].
La mise en œuvre et la généralisation des antibiogrammes ciblés prévues par la mission
antibiorésistance permettent de proposer un rendu partiel (ou ciblé) du résultat de l’antibiogramme :
en ne faisant figurer prioritairement que les antibiotiques de première intention (lorsque le contexte
clinique et le profil de résistance de la souche le permettent). Le résultat oriente la prescription vers
l’utilisation des antibiotiques les mieux adaptés à l’infection à traiter selon les recommandations en
vigueur, tout en limitant le plus souvent possible l’utilisation des antibiotiques dits « critiques ».
L’infection urinaire est la deuxième infection communautaire la plus fréquente après les infections des
voies respiratoires. C’est la première cause d’infection liée aux soins en milieu hospitalier. Les
entérobactéries sont les principales pourvoyeuses d’infections urinaires. E. coli est de loin la première
bactérie responsable d’infection urinaire. Elle est retrouvée dans 70-95 % des cas d’infections
communautaires et 30-50 % des cas d’infections acquises en milieu de soins. Les autres
octobre 2023 6
entérobactéries représentent 10-25 % des infections urinaires, particulièrement Proteus spp. et
Klebsiella spp. Staphylococcus saprophyticus est presque exclusivement responsable de cystites, où
il représente 1 à 7 % des cas en France selon les études, principalement chez les femmes jeunes.
La résistance d’E. coli aux antibiotiques, et en particulier aux céphalosporines de 3e génération et aux
fluoroquinolones, est une préoccupation majeure [19] ; or l’émergence de souches résistantes est en
grande partie liée à l’utilisation non justifiée ou inappropriée des antibiotiques [36].
Le rendu des antibiogrammes influence le comportement des prescripteurs : le choix d’une
antibiothérapie curative sur documentation se fait d’après l’antibiogramme réalisé par le laboratoire de
microbiologie, qui teste le plus souvent un large panel d’antibiotiques.
En l’absence de stratégie mise en place pour cibler les antibiotiques à rendre, les résultats
sont rapportés par le laboratoire pour la plupart des molécules testées, ce qui peut conduire
à la prescription d’antibiotiques critiques pour des infections qui ne le nécessitent pas.
Dans le cadre de la stratégie du « Plan national d’alerte sur les antibiotiques 2011 - 2016 » et de la
stratégie nationale 2022-2025 de « Prévention des Infections et de l’Antibiorésistance », il est
préconisé de recourir aux antibiotiques de façon adaptée, à savoir promouvoir la juste utilisation des
antibiotiques.
1.1.3. Enjeux et objectifs

Enjeux généraux :
‒ sensibiliser les prescripteurs au bon usage des antibiotiques, en particulier au risque que
présente la prescription de certains antibiotiques en termes de résistances bactériennes avec
comme corollaire la réduction de la consommation d’antibiotiques critiques ;
‒ favoriser la prescription des antibiotiques les plus adaptés, à spectre étroit ou à faible risque de
sélection de résistances ;
‒ favoriser les prescriptions conformément aux recommandations ;
‒ optimiser la réévaluation de l’antibiothérapie curative à 48-72 h.
Objectifs :
‒ modifier les pratiques des professionnels en favorisant la diffusion, la promotion et la mise à
disposition de tous les prescripteurs d’outils de bon usage des antibiotiques notamment en
favorisant les antibiogrammes ciblés dans les ECBU positifs à entérobactéries (bactéries
appartenant à l’ordre des Enterobacterales).
‒ formaliser sous la forme d’une recommandation, l’utilisation des tableaux décisionnels élaborés
conjointement par le CA-SFM et la SPILF concernant le rendu des antibiogrammes ciblés pour
les ECBU positifs à entérobactéries, afin de promouvoir l’utilisation en première intention
d’antibiothérapies adaptées, à spectre étroit ou à faible risque de sélection de résistance, et
d’éviter, dans la mesure du possible, les antibiotiques critiques.
Ce processus de labellisation a vocation à être pérenne et à être étendu : ces tableaux décisionnels
devront être révisés en fonction de l’évolution épidémiologique de la résistance des entérobactéries
vis-à-vis des antibiotiques testés et rendus, ainsi que des recommandations des sociétés savantes
concernant les infections urinaires.
La labellisation par la HAS des tableaux décisionnels des sociétés savantes pour le rendu des
antibiogrammes ciblés permettra de promouvoir la généralisation des antibiogrammes ciblés sur le
territoire national.
octobre 2023 7
1.1.4. Cibles
La population concernée par l’ensemble des travaux est la population adulte et pédiatrique.
‒ Ces travaux sont conduits en 2 temps, selon :
• un premier volet pour les infections urinaires féminines chez l’adulte (à partir de 12 ans) ;
• un second volet pour les infections urinaires masculines chez l’adulte (à partir de 16 ans)1
ainsi que pour les infections urinaires pédiatriques (filles de moins de 12 ans et garçons de
moins de 16 ans).
Pour la partie pédiatrique, un/des représentant(s) du groupe de pathologie infectieuse pédiatrique
(GPIP) sera/seront partie prenante du groupe de travail.
Les professionnels de santé concernés sont les biologistes médicaux (en particulier les
microbiologistes), les médecins généralistes, les urologues, les infectiologues, les gynécologues, les
pédiatres, les gériatres, et de façon plus générale, tout autre clinicien amené à prendre en charge des
patients ayant une infection urinaire.
1.1.5. Délimitation du thème / questions à traiter

Certaines des questions identifiées et listées dans la note de cadrage validée le 10 mars 20212 se sont
avérées directement en lien avec le périmètre de la recommandation :
‒ les situations cliniques entrant dans le champ de l’antibiogramme ciblé, à savoir les infections
urinaires ;
‒ la population cible : à savoir une population de tout âge et sexe confondu et de tout secteur
d’activité confondu (la recommandation devra donc s’appliquer aussi bien en secteurs de ville
qu’en établissements de santé) ;
‒ les genres et espèces bactériennes concernées : à savoir toute la famille des entérobactéries.
Les trois autres questions identifiées dans la note de cadrage ont été regroupées et traitées ensemble
par souci de cohérence. Elles portent sur :
‒ les informations dont doit disposer le laboratoire en particulier les informations cliniques pour
appliquer l’algorithme de l’antibiogramme ciblé ;
‒ la liste des molécules à rendre sur le compte rendu au clinicien ;
‒ les commentaires à associer au rendu de l’antibiogramme ciblé.
En effet, ces trois questions sont intimement liées, et la bibliographie sur laquelle il est possible de
s’appuyer est commune. La problématique traitée dans l’argumentaire est donc la suivante :
‒ Quelle est la liste des molécules à rendre au clinicien en fonction du profil démographique du
patient et du profil de résistance de la souche, voire en fonction des renseignements cliniques
disponibles ?
‒ Quels sont les commentaires qui doivent être associés au rendu d’un antibiogramme ciblé ?
1 Les recommandations d’antibiogrammes ciblés pour les infections urinaires masculines seront proposées ultérieurement afin
d’intégrer la notion de cystite (« cystitis-like ») chez l’homme.
2
https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2023-
07/antibiogrammes_cibles_pour_les_infections_urinaires_a_enterobacteries_-_note_de_cadrage.pdf
octobre 2023 8
1.2. Organisation
1.2.1. Groupe de travail et groupe de lecture externe

La méthode d’élaboration des recommandations comprend la mise en place d’un groupe de travail
d’experts professionnels pluridisciplinaires, suivie d’une phase de lecture par un groupe de lecture dont
la composition correspond à celle du groupe de travail avec un plus grand nombre de disciplines et de
relecteurs sollicités. Un (des) représentant(s) du GPIP intègrera (ont) le groupe de travail pour la partie
pédiatrique des travaux portant sur les filles de moins de 12 ans et les garçons de moins de 16 ans.
Une phase d’analyse des commentaires des relecteurs par le groupe de travail est mise en place à
l’issue de la phase de relecture externe.
Le présent rapport d’élaboration fait état :
‒ de l’analyse critique de la littérature par le groupe de travail ;
‒ des propositions de recommandations issues de l’analyse de la littérature ;
‒ de la stratégie de recherche documentaire ;
‒ de la qualité méthodologique de la littérature analysée ;
‒ de la composition des groupes de travail et de lecture (cf. liste des participants) ;
‒ des références bibliographiques.
1.2.2. Coordination du projet

Un chef de projet de la HAS s’est assuré de la conformité de l’ensemble du travail aux principes
déontologiques et méthodologiques de la HAS. Une relecture approfondie et critique a été conduite
afin de vérifier la cohérence interne et externe du document. L’attribution du label HAS est soumise à
la décision du Collège de la HAS.
1.2.3. Gestion des conflits d’intérêts

Les membres du groupe de travail ont communiqué à la HAS leurs déclarations d’intérêts lors de la
mise en place du groupe de travail. Il relève de leur responsabilité de s’assurer de l’exactitude et de
l’exhaustivité des informations figurant dans leur déclaration d’intérêts.
Ces déclarations ont été analysées selon la grille d’analyse du guide des déclarations d’intérêts3 et de
gestion des conflits d’intérêts de la HAS et prises en compte en vue d’éviter les conflits d’intérêts.
La base de données publique « Transparence-Santé »4 rend accessibles les informations déclarées
par les entreprises concernant les conventions, les rémunérations et les avantages liant ces
entreprises et les acteurs du secteur de la santé. Les déclarations des membres du groupe de travail
et les informations déclarées par les entreprises dans la base de données « transparence-santé » ont
été jugées compatibles avec leur participation à ce groupe de travail par le comité de gestion des
conflits d’intérêts (CVDI) de la HAS.
Conformément au guide des déclarations d’intérêts, les déclarations doivent être actualisées au fur et
à mesure d’éventuels changements de situation, « à l’initiative du déclarant » (article R. 1451-3). À titre
de précaution, elles doivent être revues une fois par an. Les déclarations d’intérêts des participants au
projet sont consultables sur le site unique DPI-Santé5.
3
Déclarations d’intérêts et gestion des conflits d’intérêts (has-sante.fr)
4
https://www.transparence.sante.gouv.fr/
5
Consultation des Déclarations Publiques d'Intérêts (sante.gouv.fr)
octobre 2023 9
2. Méthode de travail
2.1. Méthode : Recommandation pour la pratique clinique
La méthode « recommandations pour la pratique clinique (RPC) » proposée par la HAS 6 permet
d’élaborer des recommandations professionnelles selon une démarche rigoureuse qui repose sur :
‒ la participation dans le groupe de travail de professionnels concernés par le thème et, selon le
thème, celle de représentants des patients et d’usagers ;
‒ l’analyse critique de la littérature permettant de proposer des recommandations gradées en
accord avec les niveaux de preuves identifiés ;
‒ les décisions prises par les membres du groupe de travail ;
‒ les avis formalisés des membres du groupe de lecture ;
‒ L’indépendance d’élaboration des recommandations ;
‒ la gestion des intérêts déclarés par les experts du groupe de travail ayant fait l’objet d’une
validation par le Comité de validation des déclarations d’intérêts (CVDI) de la HAS.
2.2. Recherche documentaire

La rédaction de l’argumentaire scientifique repose sur l’analyse critique et la synthèse de la littérature
ainsi que sur les avis du groupe de travail.
La recherche documentaire est systématique, hiérarchisée et structurée. L’élaboration de la stratégie
de recherche documentaire est réalisée par une documentaliste de la HAS en concertation avec le
groupe de travail et le chef de projet. Elle est effectuée sur une période adaptée au thème et mise à
jour jusqu’à la publication des recommandations.
Une sélection bibliographique des références, selon les critères de sélection définis, a été effectuée
par les membres du groupe de travail en amont de la première réunion du groupe.
Chaque article retenu est analysé selon les principes de la lecture critique de la littérature, en
s’attachant d’abord à évaluer la méthode d’étude employée, puis les résultats. L’analyse de la
littérature précise le niveau de preuve des études.
2.2.1. Sources d’informations

Les sources suivantes ont été interrogées :
− Base de données bibliographiques Medline (voir annexe 1) ;
− Sites internet publiant des recommandations, des rapports d’évaluation technologique ou
économique et sites internet des sociétés savantes compétentes dans le domaine étudié (voir
annexe 2).
6
Guide méthodologique Méthode « recommandation pour la pratique clinique » mise à jour en Janvier 2020
https://www.has-sante.fr/jcms/c_431294/fr/recommandations-pour-la-pratique-clinique-rpc
octobre 2023 10
2.2.2. Stratégie de recherche
La recherche a porté sur les sujets et les types d’études définis en accord avec les membres du groupe
de travail, le chef de projet HAS et la documentaliste HAS. Elle a été limitée aux publications en langue
anglaise et française.
La recherche initiale dans Medline a porté sur les périodes suivantes suivant le sujet : pas de limite
inférieure – mai 2021 (antibiogrammes ciblés), janvier 2000 – mai 2021 (antibiogrammes), janvier 2015
– mai 2021 (antibiothérapie, épargne des antibiotiques, épidémiologie antibiorésistance, effets
antibiotiques sur le microbiote).
Une veille a été réalisée jusqu’en juin 2022 pour les bases de données bibliographiques et jusqu’en
mars 2023 pour la surveillance des sites web.
Une présentation détaillée est donnée en annexe 1 (Recherche documentaire dans les bases de
données bibliographiques).
2.2.3. Critères de sélection

La sélection a porté sur les éléments suivants (adultes et enfants) :
‒ antibiogrammes ciblés, antibiogrammes ciblés et infections urinaires, antibiogrammes ciblés et
impact sur les pratiques ;
‒ antibiogrammes et recommandations sur les infections urinaires, antibiogrammes et impact sur
les pratiques ;
‒ infections urinaires et antibiothérapies (recommandations, méta-analyses, études de pratiques,
tableaux décisionnels) ;
‒ amélioration de la qualité, épargne des antibiotiques (recommandations, méta-analyses, essais
cliniques, cohortes, revues) ;
‒ infections urinaires, antibiorésistance et épidémiologie ;
‒ antibiotiques et microbiote.
Les critères de la recherche dans la base de données Medline sont détaillés en annexe 1.
La sélection des articles a d’abord été réalisée par la lecture des abstracts : la totalité des abstracts
(n = 1 100) a été passée en revue. Les articles pour lesquels la lecture de l’abstract était non pertinente
(hors sujet) pour la thématique étudiée ont été rejetés d’emblée (n = 976) : il s’agit des articles qui ne
portaient pas sur l’épidémiologie bactérienne des infections urinaires françaises, l’impact des
antibiotiques sur le microbiote intestinal, l’impact ou les modalités d’un rendu ciblé des
antibiogrammes, chez l’adulte et chez l’enfant. Tous les articles dont l’abstract permettait d’envisager
une intégration aux tableaux d’analyse ont fait l’objet d’une lecture approfondie. Au total, 32 articles se
sont révélés pertinents pour la thématique et ont été intégrés aux tableaux d’analyse. Au vu du peu de
littérature disponible sur le sujet, parmi tous les articles finalement retenus, tous ont été conservés, y
compris ceux de faible niveau de preuve scientifique – 3 ou 4 selon le guide d’analyse de la littérature
de l’Anaes7. Par ailleurs, aucun article sur le sujet n’a été évalué à un niveau de preuve 1.
Par ailleurs, tous les sites internet listés en annexe 2 ont été consultés par le groupe de travail et les
membres du groupe de travail ont également réalisé leur propre recherche bibliographique. L’objectif
était d’identifier les éventuelles recommandations francophones ou anglophones déjà existantes sur
7
Agence Nationale d’Accréditation et d’Évaluation en Santé. Guide d’analyse de la littérature et gradation des
recommandations. Saint-Denis La Plaine : Anaes; 2000 ; https://www.has-sante.fr/jcms/c_434715/fr/guide-d-analyse-de-la-
litterature-et-gradation-des-recommandations.
octobre 2023 11
le sujet de l’antibiogramme ciblé ou les éventuels documents relatifs à ce sujet. Au total, 15 documents
ont été ainsi identifiés et ont fait l’objet d’une intégration à l’ensemble des références bibliographiques :
ces différents articles ont également été inclus le cas échéant [12, 22, 37-49].
3. Argumentaire scientifique
3.1. Problématique traitée
I- Quelle est la liste des molécules à rendre au clinicien en fonction de la
situation clinique, du profil démographique du patient et du profil de
résistance de la souche, voire en fonction des renseignements cliniques
disponibles ?
II- Quels sont les commentaires qui doivent être associés au rendu d’un
antibiogramme ciblé ?
3.1.1. Analyse descriptive de la littérature : microbiote

L’impact du traitement antibiotique sur le microbiote et le risque de sélection de mutants résistants fait
partie des nombreux critères qui entrent en compte, pour la hiérarchisation des molécules à rendre sur
le compte rendu des résultats, ou à masquer. La littérature relative à l’impact de l’antibiothérapie sur
le microbiote est présentée ci-dessous.
3.1.1.1. Recommandations retenues

Il a été retenu pour l’analyse, 3 recommandations de bonnes pratiques internationales :
‒ Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF), 2018 : Recommandations pour
la prise en charge des infections urinaires communautaires de l’adulte [37] ;
‒ Haute Autorité de Santé (HAS), 2019 : Antibiothérapie des infections à entérobactéries et à
Pseudomonas aeruginosa chez l’adulte : place des carbapénèmes et de leurs alternatives [40] ;
‒ Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF), 2022 : Actualisation de la liste
des antibiotiques critiques disponibles en France pour l’exercice libéral et en établissements de
santé [22].
Les résultats de ces études sont présentés dans le tableau 1 ci-dessous.
Tableau 1 : Résultats des recommandations sur l’impact de l’antibiothérapie sur le microbiote
Promoteur, année, Résultat de la Recommandation

pays, référence
SPILF, 2018, Hiérarchisation des antibiotiques en fonction de leur impact sur le microbiote :
France, [37] − impact très faible pour fosfomycine, nitrofurantoïne et mécillinam ;
− impact important pour céphalosporines de 3e génération (C3G), fluoroquinolones et dans une
moindre mesure amoxicilline-acide clavulanique et triméthoprime-sulfaméthoxazole ;
− nécessité d’épargne pour les carbapénèmes.
Classement des antibiotiques utilisés en désescalade thérapeutique des infections à entérobactérie
HAS, 2019,
résistante aux C3G, en fonction de leur impact potentiel (ordre croissant) sur le microbiote digestif :
France, [40] − rang 1 = aminosides ;
octobre 2023 12
− rang 2 = témocilline et triméthoprime-sulfaméthoxazole ;
− rang 3 = céfoxitine et amoxicilline-acide clavulanique ;
− rang 4 = pipéracilline-tazobactam, céfépime, et fluoroquinolones ;
− rang 5 = carbapénèmes, ceftazidime-avibactam, et ceftolozane-tazobactam.
SPILF, 2022, Classement des antibiotiques pour la ville et pour les établissements de santé en fonction du spectre
utile et de l’impact sur l’antibiorésistance des différentes molécules disponibles en France.
France, [22]
Hors établissement de santé :
Les molécules à usage urinaire suivantes sont classées dans le groupe I (molécules à usage courant
et à utilisation préférentielle) :
− amoxicilline, mécillinam, fosfomycine-trométamol, nitrofurantoïnes, triméthoprime et triméthoprime-
sulfaméthoxazole, gentamicine et tobramycine.
Les molécules à usage urinaire suivantes sont classées dans le groupe II (molécules à usage
restreint, impact plus important sur la résistance) sont les suivantes :
− amoxicilline-acide clavulanique, fluoroquinolones, céphalosporines par voie orale et iv.
En établissement de santé :
Les molécules à usage urinaire suivantes sont classées dans le groupe I (molécules à utilisation
préférentielle) :
− amoxicilline, amoxicilline-acide clavulanique mécillinam, témocilline, pipéracilline, aztréonam,
fosfomycine-trométamol, nitrofurantoïnes, triméthoprime et triméthoprime-sulfaméthoxazole,
amikacine, gentamicine et tobramycine.
Les molécules à usage urinaire suivantes sont classées dans le groupe II (molécules à usage restreint,
impact plus important sur la résistance) :
− pipéracilline-tazobactam, céfoxitine, C3G orales et iv, céphalosporines de 4e et 5e génération,
fluoroquinolones.
Les molécules à usage urinaire suivantes sont classées dans le groupe III (molécules à usage réservé
pour préserver leur efficacité) :
− ceftazidime/avibactam, ceftolozane/tazobactam, céfidérocol, carbapénèmes, fosfomycine iv,
colistine.
Synthèse des recommandations retenues

Les 3 recommandations s’accordent pour hiérarchiser et utiliser en première intention les antibiotiques
ayant le moins d’impact possible sur le microbiote et sur le risque d’émergence de résistances.
Ainsi, l’utilisation des fluoroquinolones, des céphalosporines (notamment celles ayant le
spectre le plus large), des associations β-lactamines + inhibiteurs, et des carbapénèmes sont
à éviter autant que possible.
En cohérence avec les recommandations thérapeutiques de la SPILF pour les infections urinaires, et
selon l’impact de ces molécules sur le microbiote intestinal et sur l’antibiorésistance, il est possible
d’établir la liste des antibiotiques à rendre ou à masquer en fonction du profil de résistance des souches
isolées.
Aussi, pour une infection urinaire chez la femme adulte (à partir de 12 ans) :
‒ Pour les souches sensibles à l’amoxicilline, il est recommandé de rendre le résultat
uniquement pour les molécules suivantes : amoxicilline, mécillinam, fosfomycine,
nitrofurantoïne, triméthoprime et triméthoprime-sulfaméthoxazole.
• Il est rappelé qu’en cas d’infection urinaire, certains antibiotiques ne sont indiqués que pour
le traitement des cystites (mécillinam, fosfomycine, nitrofurantoïne et triméthoprime), car leur
diffusion tissulaire rénale est insuffisante pour recommander leur utilisation en cas de
pyélonéphrite [37].
octobre 2023 13
• Les antibiotiques utilisables en cas de pyélonéphrite sont l’amoxicilline et le triméthoprime-
sulfaméthoxazole. Le résultat du triméthoprime-sulfaméthoxazole est rendu dans ce
contexte malgré son impact plus important que l’amoxicilline sur le microbiote, afin que les
cliniciens puissent disposer directement (sans avoir besoin de contacter le laboratoire) d’une
alternative en cas d’allergie aux β-lactamines pour le traitement d’une pyélonéphrite.
‒ En cas de souche résistante à l’amoxicilline (mais sensible à l’amoxicilline-acide
clavulanique ou au triméthoprime-sulfaméthoxazole), il est recommandé de rendre un
antibiogramme ciblé intégrant l’amoxicilline-acide clavulanique en complément des molécules
précédemment listées.
• L’objectif est d’éviter la prescription des antibiotiques à plus fort impact, comme les
fluoroquinolones ou les céphalosporines. De plus, l’European Medicines Agency (EMA)
(16 novembre 2018 ; mise à jour 19 mars 2019) et l’ANSM (lettres aux professionnels de
santé, octobre 2018, octobre 2020 et mai 2023) ont recommandé de ne pas utiliser de
fluoroquinolones pour traiter les infections légères ou moyennement graves, à moins que
d’autres antibiotiques couramment recommandés pour ces infections ne puissent pas être
utilisés [42-44, 49].
• Les fluoroquinolones doivent être utilisées avec prudence, en particulier chez les personnes
âgées, les patients souffrant de troubles rénaux, les patients ayant subi une transplantation
d’organe, ou ceux traités par un corticostéroïde systémique, car ces patients présentent un
risque plus élevé de lésion des tendons causée par les fluoroquinolones. L’ANSM a
également alerté sur un sur-risque d’anévrisme et de dissection aortique, ainsi que
d’insuffisance valvulaire cardiaque [43, 44]. L’ANSM préconise que les fluoroquinolones ne
soient utilisées qu’après une évaluation attentive du rapport bénéfice/risque et après prise
en compte des alternatives thérapeutiques, d’autant plus s’il s’agit d’un patient à risque dont
font partie les patients hypertendus et présentant de l’athérosclérose. Par ailleurs, l’ANSM
propose un dossier thématique complet sur le sujet des effets indésirables liés aux
fluoroquinolones et les précautions d’usage pour cette famille d’antibiotiques [50].
‒ En cas de souche résistante à la fois à l’amoxicilline-acide clavulanique et au
triméthoprime-sulfaméthoxazole (mais sensible aux C3G-céfixime, céfotaxime et
ceftriaxone), il est recommandé de rendre un antibiogramme ciblé intégrant les fluoroquinolones
et les C3G.
‒ En cas de souche résistante aux C3G ou en cas de souche productrice de β-lactamase à
spectre étendu (BLSE), il est recommandé de rendre toutes les molécules testées, à
l’exception des carbapénèmes, des nouvelles associations avec inhibiteurs (ceftolozane-
tazobactam, ceftazidime-avibactam, imipénème-relebactam et méropénème-vaborbactam…)
et du céfidérocol. Le positionnement en dernier recours de ces antibiotiques a pour objectif d’en
limiter au maximum l’usage pour préserver autant que possible leur efficacité.
‒ En cas de souche sensible au triméthoprime et si la liste des molécules à rendre inclut
cette molécule, il est recommandé de faire figurer sur le compte rendu un commentaire
précisant que si le triméthoprime-sulfaméthoxazole est envisagé pour le traitement d’une
cystite, il est préférable de privilégier le triméthoprime. En effet, le triméthoprime est une
molécule d’indication limitée au traitement des cystites, dont le risque d’effets secondaires est
moindre que celui de l’association triméthoprime-sulfaméthoxazole, en raison de l’absence du
composé sulfamidé.
‒ Il est rappelé que la prescription doit tenir compte des recommandations en vigueur et de
l'analyse bénéfice/risque en fonction des dernières données scientifiques et des alertes ANSM.
octobre 2023 14
Recommandations :
L’antibiogramme ciblé consiste à rendre une partie des résultats des antibiotiques testés afin
AE d’aider à épargner les antibiotiques « critiques » en raison de leur fort impact écologique dans
le cadre de la démarche de lutte contre l’antibiorésistance.
Pour un ECBU avec des renseignements cliniques précisant qu’il s’agit d’une pyélonéphrite,
il n’est pas recommandé de rendre les antibiotiques indiqués pour le traitement des cystites
AE
seules (mécillinam, nitrofurantoïne, fosfomycine et triméthoprime), car leur diffusion tissulaire
rénale est insuffisante pour recommander leur utilisation en cas de pyélonéphrite.
Il est recommandé de rendre les carbapénèmes uniquement si aucune β-lactamines de

spectre plus étroit (amoxicilline-acide clavulanique, céphalosporines, témocilline,
AE
pipéracilline-tazobactam, aztréonam) n’est catégorisée « sensible » ou « sensible à forte
posologie », ou sur demande du clinicien.
En cas de cystite, il est recommandé de rendre les carbapénèmes uniquement sur demande
AE
du clinicien.
Il est recommandé de rendre les nouvelles associations avec inhibiteurs (ceftolozane-

tazobactam, ceftazidime-avibactam, imipénème-relebactam, méropénème-vaborbactam…),
AE ou les nouvelles céphalosporines (comme le céfidérocol) uniquement sur demande, après
avis spécialisé ; en effet, ces molécules ne doivent pas être utilisées en épargne des
carbapénèmes.
Quelle que soit la situation clinique (cystite ou pyélonéphrite), il est recommandé de ne pas
rendre les fluoroquinolones pour les souches résistantes à l’amoxicilline, mais sensibles à
AE
l’association amoxicilline-acide clavulanique, et/ou lorsque d’autres antibiotiques per os sont
actifs.
Il est recommandé de faire figurer sur le compte rendu un commentaire précisant que si le
triméthoprime-sulfaméthoxazole est envisagé pour le traitement d’une cystite, il est préférable
AE
de privilégier le triméthoprime seul en l’absence de résistance, en raison d’un risque moindre
d’effets secondaires.
Il est rappelé que la prescription doit tenir compte des recommandations en vigueur et de
AE l'analyse bénéfice/risque en fonction des dernières données scientifiques et des alertes de
l’ANSM.
Par ailleurs, la recommandation du CA-SFM précise que si une Enterobacterales du groupe 3

(Citrobacter freundii complex, Enterobacter cloacae complex, Hafnia spp., Klebsiella aerogenes,
Morganella morganii, Pantoea agglomerans, Providencia spp. et Serratia marcescens) est sensible
in vitro aux céphalosporines de 3e génération (céfixime, céfotaxime, ceftriaxone, ceftazidime), le
compte rendu de l’antibiogramme devrait indiquer que l’utilisation en monothérapie du céfixime, du
céfotaxime, de la ceftriaxone ou de la ceftazidime est déconseillée, car elle expose au risque de
sélection de mutants résistants [51]. Le risque de sélection de mutants résistants aux céphalosporines
par dérépression de la céphalosporinase naturelle peut survenir durant le traitement, mais ce risque
est absent ou très diminué avec les céphalosporines de 4e génération (céfépime, cefpirome).
L’antibiogramme ciblé urinaire étant à mettre en œuvre pour l’ensemble des Enterobacterales (y
compris celles du groupe 3) et pas uniquement pour E. coli, il est nécessaire que les listes proposées
pour le rendu ciblé de l’antibiogramme soient cohérentes avec les commentaires que la
recommandation du CA-SFM propose d’ajouter au compte rendu.
octobre 2023 15
Recommandations
En l’absence de BLSE ou de résistance aux céphalosporines de 3e génération et si

l’antibiogramme concerne une Enterobacterales du groupe 3 (Enterobacter cloacae
complex, Klebsiella aerogenes, Citrobacter freundii complex, Serratia marcescens,
AE
Morganella morganii, Providencia spp., Pantoea agglomerans, Hafnia spp.), il est
recommandé de privilégier le rendu du céfépime plutôt que celui des céphalosporines de
3e génération (céfixime, céfotaxime et ceftriaxone) pour les listes qui en prévoient le rendu.
Pour un ECBU avec des renseignements cliniques précisant qu’il s’agit d’une cystite, si
l’antibiogramme concerne une Enterobacterales du groupe 3 résistante aux molécules de
AE
première intention sans résistance associée au céfixime, il est recommandé de ne pas rendre
le céfixime.
3.1.1.2. Revues de la littérature retenue

Parmi les revues de la littérature qui ont été consultées, une seule revue a été retenue : Woerther,
2018, France [52]. Toutes les autres revues ont été exclues de l’analyse, notamment en raison de
l’absence d’éléments méthodologiques précis permettant d’apprécier les critères de sélection des
articles ou le caractère exhaustif de la recherche bibliographique effectuée. En particulier, le travail de
Yang et al. discute les effets des antibiotiques sur le microbiote intestinal et indique qu’ils dépendent
de la classe d’antibiotique, de leur mécanisme d’action, de la dose utilisée, de la voie d’administration,
de la durée du traitement, du spectre, de la pharmacocinétique et de la pharmacodynamie de la
molécule [53]. Même si ces informations semblent intuitives, aucune des études listées ne permet de
classer les molécules les unes par rapport aux autres et aucun critère méthodologique n’est détaillé.
Tableau 2 : Résultats de la revue sur l’impact de l’antibiothérapie sur le microbiote
Auteur, année, Résultat de la revue

pays, référence
Woerther, 2018, L’impact des antibiotiques sur le microbiote intestinal ne peut pas être déduit « simplement » sur la base de
France, [52] leur spectre d’activité. L’impact de l’imipénème sur le microbiote intestinal n’est pas aussi important que le
laisse présager son spectre antibactérien. L’impact du méropénème semble approcher celui de
l’imipénème, et l’impact de l’ertapénème est plus marqué. La disparité méthodologique des études
analysées ne permet pas de positionner clairement l’impact des autres β-lactamines actives sur les
entérobactéries productrices de BLSE (E-BLSE) en comparaison avec l’impact observé pour les
carbapénèmes.
Synthèse de la revue retenue :

Cette revue de la littérature donne un point de vue sur la comparaison des différents carbapénèmes
entre elles en fonction de leur impact sur le microbiote. En revanche, cette étude ne permet pas de
hiérarchiser les β-lactamines alternatives aux carbapénèmes entre elles. Cette revue n’apporte pas
d’élément qui soit de nature à remettre en question la hiérarchisation des antibiotiques proposée par
les recommandations étudiées ci-dessus.
3.1.1.3. Études cliniques retenues : Essais contrôlés randomisés, études

prospectives, études rétrospectives.
Quinze études cliniques portant sur l’impact des antibiotiques sur le microbiote intestinal ont été
retenues et analysées. Il s’agit des études portant sur des antibiotiques utilisables pour traiter des
infections urinaires :
‒ 1 étude randomisée contrôlée contre placebo
octobre 2023 16
‒ 1 étude prospective chez l’animal
‒ 5 études interventionnelles prospectives
‒ 5 études observationnelles prospectives
‒ 3 études observationnelles rétrospectives
Les résultats de ces études sont présentés dans le tableau 3 ci-dessous.
octobre 2023 17
Tableau 3 : Résultats des études cliniques retenues (études contrôlées randomisées, études rétrospectives, études prospectives, études transversales)
Auteur, Méthode/Proto Population à l’étude Intervention Critères de jugement Résultats Niveau

année, cole utilisé de
Contrôle
référence, preuve
pays
Ziegler, Étude Patients adultes traités par Comparaison entre Impact sur le microbiote Impact des fluoroquinolones 4
2019, [54], observationnelle chimiothérapie ou greffe de cellules traitement par lévofloxacine (diversité) sur la diversité du microbiote
USA , cohorte souches hématopoïétiques (pour et β-lactamines à large digestif moins important que les
rétrospective leucémie aiguë myéloïde ou myélome spectre (céfépime, β-lactamines à large spectre
multiple) pipéracillin-tazobactam, ou
méropénème)
Morjaria, Étude Patients adultes traités par greffe de Comparaison de Impact sur le microbiote Impact le plus marqué sur la 4
2019, [55], observationnelle cellules souches hématopoïétiques combinaisons multiples anaérobie strict flore anaérobie pour
USA , prospective d’antibiotiques (diversité, abondance) pipéracilline-tazobactam,
longitudinale méropénème, impact plus
limité pour fluoroquinolones,
vancomycine et triméthoprime-
sulfaméthoxazole
Haak, Étude Volontaires sains adultes Volontaires sains traités avec Impact sur le microbiote Impact du traitement 2
2019, [56], interventionnelle une combinaison (diversité, abondance) antibiotique avec perte de
Pays-Bas , randomisée, ciprofloxacine + diversité du microbiote,
longitudinale vancomycine + restauration de l’état basal
métronidazole comparés après 8 à 31 mois
avec des volontaires sains
ne recevant pas
d’antibiotiques
Yang, Étude Patients adultes avec indication de Comparaison entre Présence ou absence de Taux de colonisation à E. coli 4
2018, [57], observationnelle traitement >7 j par ertapénème, traitement par ertapénème, colonisation par des résistant à l’ertapénème plus
Taiwan , prospective moxifloxacine ou flomoxef moxifloxacine ou flomoxef souches résistantes élevé après traitement par
longitudinale (épargnants Pseudomonas) d’entérobactéries, de moxifloxacine ou flomoxef que
Pseudomonas ou si traitement par ertapénème ;
d’Acinetobacter taux de colonisation à
Pseudomonas comparable
pour les 3 molécules
HAS • Antibiogrammes ciblés pour les infections urinaires à Entérobactéries dans la population féminine adulte (à partir de 12 ans) • octobre 2023 18
Su, 2018, Étude Patients adultes avec hypertension Comparaison entre Fréquence et analyse Déséquilibre de la flore fécale 4
[58], Chine observationnelle artérielle traitement par antibiotiques qualitative du plus fréquent et plus marqué
, cohorte « large spectre » (pénicilline, déséquilibre de la flore avec antibiotiques à large
rétrospective céfazoline, vancomycine), fécale spectre
antibiotiques à « spectre
étroit » (chloramphénicol,
auréomycine,
oxytétracycline, tétracycline,
thiamphénicol,
érythromycine), et sujets
contrôles sans traitement
antibiotique
Palleja, Étude Volontaires sains adultes Volontaires sains traités avec Impact sur le microbiote Retour vers une composition 3
2018, [59], interventionnelle une combinaison (diversité, abondance) sub-normale à 1,5 mois (mais
Danemark , longitudinale méropénème + gentamicine certaines espèces demeurent
+ vancomycine : suivi indétectables à 9 mois), avec
longitudinal sélection positive de gènes de
résistance
Staley, Étude Patients adultes receveurs de greffe Traitement d’infection Présence ou absence de Bonne efficacité de la 4
2017, [60], interventionnelle fécale pour récurrence d’infection à urinaire non compliquée par réinfection à C. difficile, monothérapie aminoside sur
USA , longitudinale Clostridium difficile monothérapie impact général sur le l’infection urinaire, sans
intramusculaire de microbiote (diversité), altération du microbiote et sans
gentamicine (ou amikacine) efficacité du traitement rechute de l’infection à
de l’infection urinaire C. difficile
Raymond, Étude Volontaires sains adultes Volontaires sains traités par Impact sur le microbiote Impact du cefprozil sur le 3
2016, [61], interventionnelle cefprozil (céphalosporine de et le résistome (diversité) microbiote, avec sélection de
Canada , longitudinale 2e génération) comparés l’espèce Enterobacter cloacae,
avec des volontaires sains enrichissement en β-
ne recevant pas lactamases
d’antibiotiques
Bernard, Étude Patients adultes consultant aux Comparaison entre Impact sur la densité L’exposition courte à la 3
2016, [62], observationnelle urgences pour suspicion d’infection traitement par lévofloxacine fécale en lévofloxacine diminue la
France prospective urinaire et sujets contrôles sans Enterobacteriaceae et densité fécale en
traitement antibiotique l’abondance relative en Enterobacteriaceae, et
Enterobacteriaceae augmente l’abondance relative
en Enterobacteriaceae
résistantes aux résistantes aux
fluoroquinolones fluoroquinolones
Rashid, Étude Volontaires sains adultes Comparaison entre Impact sur le microbiote Réduction de la diversité du 2
2015, [63], interventionnelle traitement par ciprofloxacine, (diversité) microbiote par le traitement
Suède , randomisée clindamycine, ou placebo antibiotique, avec effet plus
contre placebo, marqué de la clindamycine par
longitudinale rapport à la ciprofloxacine ;
délai de normalisation du
microbiote variable en 1 à
9 mois après traitement
Rashid, Étude Volontaires sains adultes Volontaires sains traités par Impact sur le microbiote Impact du traitement 3
2015, [64], interventionnelle ceftazidime-avibactam : suivi (diversité) antibiotique avec perte de
Suède , longitudinale longitudinal diversité du microbiote
(diminution des E. coli et autres
entérobactéries, augmentation
des entérocoques)
Kelly, Étude Modèle animal (rats) Animaux traités par Impact sur le microbiote Pas de différence significative 3
2021, [65], interventionnelle amoxicilline et lévofloxacine (diversité, abondance) entre les antibiotiques testés,
UK contrôlée comparés à des animaux mais retour plus rapide à une
non traités, et comparaison diversité du microbiote en cas
entre les voies de traitement par voie iv
d’administration (per os vs iv)
Mulder, Étude Patients adultes (indications variées Comparaison des différentes Impact sur le microbiote Modification prolongée du 3
2020, [66], observationnelle d’antibiothérapies) lignes d’antibiothérapie en (diversité) microbiote, jusqu’à 1 an pour
Pays-Bas rétrospective fonction du délai entre la les β-lactamines et les
prise d’antibiotique et quinolones, et jusqu’à 4 ans
l’analyse du microbiote (de 0- pour les macrolides et
12 mois à 4 ans) lincosamides
Stewardso Étude Patients adultes traités en ambulatoire Comparaison entre Impact sur le microbiote Impact significatif du traitement 3
n, 2015, observationnelle pour une infection urinaire basse traitement par ciprofloxacine (diversité) par ciprofloxacine sur le
[67], , prospective ou nitrofurantoïne et sujets microbiote intestinal, pas
Suisse longitudinale contrôles (patients sans d’impact observé pour le
traitement antibiotique et traitement par nitrofurantoïne
entourage familial de
patients traités par
ciprofloxacine)
Meletiadis, Étude Patients hospitalisés colonisés par E- Comparaison de l’exposition Corrélation entre le type, Association significative entre 3
2017, [68], observationnelle BLSE aux antibiotiques pour la fréquence et la durée le portage d’E-BLSE et le
Europe prospective l’ensemble des patients des antibiothérapies traitement par ceftriaxone ;
colonisés à E-BLSE associées au portage association d’autant plus
d’E-BLSE significative que l’exposition à
la ceftriaxone est importante et
prolongée
Synthèse des études cliniques
La recherche bibliographique réalisée permet d’objectiver une très importante hétérogénéité des
études disponibles sur le sujet. Le manque de standardisation des études porte sur de très nombreux
éléments : protocole d’étude (suivis longitudinaux ou enquêtes rétrospectives), population étudiée
(volontaires sains ou contextes cliniques particuliers), nature, quantité et durée des traitements
antibiotiques administrés, chronologie des échantillonnages par rapport aux dates des traitements,
type de matériel biologique étudié, méthode d’analyse du microbiote (culture ou métagénomique) et
variabilité des protocoles pour une même méthode d’analyse (pour la métagénomique : type
d’extraction des acides nucléiques, type de séquençage, type d’analyse bio-informatique et de
traitement statistique des données). Ainsi, la comparaison des études disponibles sur le sujet est
hasardeuse, et il est très difficile de pouvoir hiérarchiser les antibiotiques d’un point de vue de leur
impact sur le microbiote et la sélection de mutants résistants. Dans une courte revue, Ruppé et al. font
état des difficultés liées à la standardisation de ce type d’étude [41].
Il est cependant possible de dégager les points suivants :
‒ L’impact des fluoroquinolones sur la diversité du microbiote digestif apparait moins important
qu’avec les β-lactamines à large spectre.
‒ L’impact sur la flore anaérobie est plus marqué avec la pipéracilline-tazobactam ou le
méropénème, qu’avec les fluoroquinolones, la vancomycine ou le triméthoprime-
sulfaméthoxazole.
‒ En comparaison avec la nitrofurantoïne, la ciprofloxacine présente un impact marqué sur le
microbiote intestinal.
‒ L’association entre le portage d’E-BLSE et le traitement par ceftriaxone est significative.
L’analyse de ces différentes études ne permet pas de formuler de recommandations complémentaires
à celles déjà listées plus haut.
3.1.2. Analyse descriptive de la littérature : antibiogramme ciblé
3.1.2.1. Recommandations retenues

6 recommandations de bonnes pratiques internationales ont été retenues :
‒ Infectious Diseases Society of America (IDSA), 2021 : Guidance on the treatment of extended-
spectrum beta-lactamase producing Enterobacterales (ESBL-E), carbapenem-resistant
Enterobacterales (CRE), and Pseudomonas aeruginosa with difficult-to-treat resistance (DTR-
P. aeruginosa) [45].
‒ Infectious Diseases Society of America (IDSA), 2021: Guidance on the treatment of AmpC beta-
lactamase-producing Enterobacterales, carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, and
Stenotrophomonas maltophilia infections [46].
‒ European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID), 2022: Guidelines
for the treatment of infections caused by multidrug-resistant Gram-negative bacilli (endorsed by
European society of intensive care medicine) [47].
‒ Royal College of Pathologists of Australasia (RCPA), 2021 : Selective Reporting of
Antimicrobials in Australia [39].
‒ Haute Autorité de santé (HAS), Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF)
et Société de Réanimation de Langue Française (SRLF), 2019 : Antibiothérapie des infections
à entérobactéries et à Pseudomonas aeruginosa chez l’adulte : place des carbapénèmes et de
leurs alternatives [40].
octobre 2023 22
‒ Infectious Diseases Society of America (IDSA), 2016 : Implementing an antibiotic stewardship
program: guidelines by the Infectious Diseases Society of America and the Society for
Healthcare Epidemiology of America [12].
Tableau 4 : Résultats des recommandations retenues sur les antibiogrammes ciblés
Promoteur, Résultats de la recommandation

année,
référence,
pays
Pour le traitement des cystites non compliquées à E-BLSE :
IDSA, 2021,
[45], USA − nitrofurantoïne et triméthoprime-sulfaméthoxazole sont les molécules de choix ;
− amoxicilline-acide clavulanique, fosfomycine et aminosides sont des alternatives ;
− l’utilisation des fluoroquinolones et des carbapénèmes n’est pas recommandée dans cette indication.
Pour le traitement des pyélonéphrites et autres infections urinaires compliquées à E-BLSE :

− les carbapénèmes, les fluoroquinolones ou le triméthoprime-sulfaméthoxazole sont les molécules de
choix.
Pour le traitement des cystites non compliquées à entérobactéries productrices de carbapénémases
(EPC) :
− fluoroquinolones, triméthoprime-sulfaméthoxazole, nitrofurantoïne ou aminosides sont les molécules de
choix.
Pour le traitement des pyélonéphrites et autres infections urinaires compliquées à EPC résistant à la
fois à l’ertapénème et au méropénème :
− ceftazidime-avibactam, méropenème-vaborbactam, imipéneme-relebactam, et le céfidérocol sont les
molécules de choix.
IDSA, 2021, Pour le traitement d’infections à Enterobacterales à haut risque d’hyperproduction de leur
[46], USA céphalosporinase de type AmpC :
− le céfépime peut être une alternative aux carbapénèmes si CMI (Concentration minimale inhibitrice)
≤ 2 mg/L) ;
− ceftriaxone ou pipéracilline-tazobactam (si sensibles) peuvent être utilisés pour le traitement des cystites
non compliquées ;
− ceftazidime-avibactam, imipénème-relebactam, méropénème-vaborbactam et céfidérocol ne doivent pas
être utilisés comme épargne des carbapénèmes ;
− fluoroquinolones et triméthoprime-sulfaméthoxazole peuvent être envisagés pour le traitement
d’infections sévères ;
− nitrofurantoïne triméthoprime-sulfaméthoxazole ou aminosides peuvent être envisagés pour le traitement
des cystites non compliquées.
ESCMID, Pour le traitement d’infections à Enterobacterales résistantes aux C3G :

2021, [47], − les carbapénèmes sont à privilégier en cas d’infection sévère ;
Europe − pipéracilline-tazobactam, amoxicilline-acide clavulanique et fluoroquinolones peuvent être envisagées en
cas d’infection non sévère, de même que triméthoprime-sulfaméthoxazole pour les infections urinaires
compliquées, mais non sévères ;
− en traitement de relai des carbapénèmes, les associations β-lactamines-inhibiteurs, fluoroquinolones,
triméthoprime-sulfaméthoxazole sont à envisager ;
− les nouvelles associations β-lactamines-inhibiteurs ne doivent pas être utilisées en épargne des
carbapénèmes.
Pour le traitement d’infections sévères à EPC, il est suggéré d’utiliser le méropénème-vaborbactam, le
ceftazidime-avibactam (si sensibles) ou le céfidérocol (en cas de résistance aux autres molécules).
Pour le traitement des infections urinaires compliquées à EPC, les aminosides sont à privilégier par
rapport à la tigécycline.
Royal College Proposition d’antibiogrammes ciblés en fonction des résistances observées sur l’antibiogramme.
of Pathologists
octobre 2023 23
of Australasia Les principes de la cascade sont guidés par les principes suivants :
(RCPA), 2021,
[39], i) toujours rapporter les molécules avec le spectre le plus étroit possible, au moins une molécule par voie
Australasie * orale et une par voie intraveineuse, au moins une molécule en cas d’allergie à la pénicilline ;
ii) éviter de rendre les carbapénèmes ou les fluoroquinolones en raison de leur spectre large et leur capacité
à sélectionner des résistances, de même que les antibiotiques avec une forte association avec C. difficile
(fluoroquinolones, ceftriaxone, amoxicilline-acide clavulanique et clindamycine).
HAS, 2019, Dans le traitement documenté des infections à entérobactérie résistante aux C3G (par production de BLSE
[40], France ou hyperproduction de céphalosporinase), il est recommandé de réserver les carbapénèmes aux situations
cliniques et/ou microbiologiques où aucune alternative n’est possible.
Il est recommandé de ne pas utiliser comme alternative aux carbapénèmes les associations ceftazidime-
avibactam ou ceftolozane-tazobactam afin de préserver leur activité sur les bactéries résistantes aux
carbapénèmes.
IDSA, 2016, Bien qu’il s’agisse de recommandations de faible niveau de preuve, il est ici suggéré de favoriser le rendu
[12], USA d’antibiogramme ciblé ou en cascade à la place des antibiogrammes classiques. L’impact direct de ces
stratégies sur la prescription reste à évaluer.
* Notons que les recommandations du RCPA [39, 69] ont été déclinées en Nouvelle-Zélande sur un format très similaire [70].
Synthèse des recommandations

L’ensemble des recommandations concluent à un avantage de l’antibiogramme ciblé pour favoriser la
juste prescription des antibiotiques.
Les principes généraux qui se dégagent tendent à recommander :
‒ de privilégier le rendu des molécules au spectre le plus étroit possible,
‒ d’éviter de rendre les antibiotiques critiques en raison de leur spectre large et de leur capacité
à sélectionner des résistances (fluoroquinolones et carbapénèmes en particulier).
Ainsi, les propositions de recommandations déjà formulées plus haut sont renforcées par l’analyse des
recommandations étudiées au sujet des antibiogrammes ciblés.
3.1.2.2. Revues de la littérature retenues

Parmi les revues de la littérature qui ont été consultées, trois ont été retenues :
‒ Tebano et al., Selective reporting of antibiotic susceptibility testing results: a promising antibiotic
stewardship tool [71].
‒ Langford et al., Nudging In MicroBiology Laboratory Evaluation (NIMBLE): A scoping review
[25].
‒ Morado et al., Applying Diagnostic Stewardship to Proactively Optimize the Management of
Urinary Tract Infections [72].
Toutes les autres revues ont été exclues de l’analyse, notamment en raison de l’absence de critères
méthodologiques précis permettant d’apprécier les critères de sélection des articles ou le caractère
exhaustif de la recherche bibliographique effectuée.
octobre 2023 24
Tableau 5 : Résultats des revues de la littérature retenues sur les antibiogrammes ciblés
Auteur, année, Résultat de la revue

référence, pays
Tebano, 2020, [71], L’antibiogramme ciblé est associé à une réduction des prescriptions d’antibiotiques inappropriées et
France aussi des prescriptions d’antibiotiques inutiles.
Langford, 2019, La revue confirme le peu d’études bien conduites disponibles sur le sujet, leur caractère très
[25], Canada hétérogène, et met en lumière la nécessité de poursuivre les études sur ce sujet.
Morado et al. 2022, Cette revue fait état de l’art et des possibilités d’amélioration diagnostiques et thérapeutiques des
[72], USA infections urinaires. Il s’agit d’une revue systématique (regroupant 85 études) avec un intérêt particulier
pour le diagnostic microbiologique, l’aide à la décision clinique et l’implantation d’initiatives visant à
améliorer la politique de gestion des traitements antibiotiques.
L’approche consistant à rendre un antibiogramme ciblé est considérée comme une action nécessitant
des moyens modérés et permettant de suggérer aux cliniciens l’utilisation d’une molécule antibiotique
au spectre le plus restreint possible. Le but de ce rendu est de préserver les antibiotiques à large spectre
quand des molécules au spectre plus restreint sont utilisables. Par ailleurs, cela permet également
d’améliorer la compliance aux recommandations cliniques de prise en charge thérapeutique.
Synthèse des revues de la littérature :

Comme décrit précédemment dans la synthèse des recommandations analysées : l’antibiogramme
ciblé semble pertinent selon certaines études pour réduire la consommation des antibiotiques et
favoriser leur juste prescription en accord avec les recommandations nationales.
Cependant, il est à noter que peu d’études interventionnelles de haut niveau de preuve sont
disponibles sur le sujet.
3.1.2.3. Analyse des études cliniques (essais cliniques randomisés, études

rétrospectives, études prospectives, études transversales)
Au total, 14 études portant sur l’impact des antibiotiques ont été retenues : les autres études identifiées
initialement par la recherche documentaire ont été exclues en raison de leur non-pertinence avec le
sujet étudié. Les études retenues correspondent à 4 essais cliniques randomisés, 5 études
interventionnelles prospectives, 3 études rétrospectives et 2 enquêtes de pratique. Ces études sont
présentées dans le tableau ci-dessous.
octobre 2023 25
Tableau 6 : Résultats des études cliniques retenues sur les antibiogrammes ciblés
Auteur, Méthode/Protocole Population Intervention Critères de jugement Résultats Niveau

année, utilisé de
à l’étude Contrôle
référence, preuve
pays
Bourdellon, Étude randomisée 131 Médecins Groupe de médecins généralistes Adéquation aux Amélioration de l’adhérence aux 2
2017, [73], contrôlée de type généralistes (A) avec un rendu d’ECBU avec recommandations concernant le recommandations nationales des
France « vignette clinique » antibiogrammes ciblés pour les choix de l’antibiothérapie infections urinaires. Diminution des
2 premières vignettes cliniques consommations de fluoroquinolones,
puis 2 autres vignettes cliniques amoxicilline-acide clavulanique, et
avec rendu habituel de céphalosporines et 81 % des
l’antibiogramme. Et inversement médecins généralistes sont
dans le groupe B favorables à l’implémentation de
l’antibiogramme ciblé
Coupat, Étude Internes en médecine Comparaison des intentions de Adéquation des intentions de Amélioration significative de 3
2012, [74], interventionnelle traitement entre les internes traitement avec les l’adéquation lors de traitement avec
France randomisée disposant d’un antibiogramme recommandations françaises de les recommandations dans le groupe
contrôlée de type restreint (groupe intervention) et les traitement des infections disposant d’un antibiogramme
« vignette clinique » internes disposant d’un urinaires [37] restreint
antibiogramme complet (groupe
contrôle) pour des cas d’infection
urinaire
Daley, Étude Adultes hospitalisés (hors Comparaison entre bras ECBU Proportion d’antibiothérapie en La proportion de traitement approprié 2
2018, [75], interventionnelle soins intensifs, standard vs ECBU positif sans plus adéquation avec les (infection urinaire traitée et
Canada multicentrique neutropénique, porteurs de détail, avec demande d’appeler recommandations colonisation urinaire non traitée) était
randomisée de sonde urinaire, femme le laboratoire pour plus plus élevée dans le groupe
contrôlée enceinte) d’information d’intervention que dans le groupe
standard : 44 sur 55 (80,0 %) contre
29 sur 55 (52,7 %), respectivement
(différence absolue, -27,3 % ; RR,
0,42 ; P = 0,002)
Liao, 2020, Étude Adultes hospitalisés Comparaison prescription période Nombre de jours Efficacité de l’antibiogramme ciblé, 4
[76], USA observationnelle présentant une infection avant et après mise en place de d’antibiothérapie et diminution nombre jours de
rétrospective de type monobactérienne l’antibiogramme ciblé masquant d’hospitalisation. Mortalité traitement de céfépime au profit de la
ceftriaxone ; diminution de la durée
« séries céfépime et méropénème si hospitalière et réadmission à d’hospitalisation sans impact sur la
temporelles » sensible à la ceftriaxone J30 mortalité hospitalière
Langford, Étude Adultes hospitalisés Avant 3 ans : ciprofloxacine Nombre de prescriptions de Diminution significative des 2
2016, [77], interventionnelle de ayant eu un rendue, puis évaluation sur une ciprofloxacine en dose définie consommations de ciprofloxacine de
Canada type « avant / après » antibiogramme pour une période de 4 ans de l’impact de journalière (DDJ) jusqu’à M24 ; 87 à 39 DDJ post-intervention.
entérobactérie, quelle l’arrêt de rendre la ciprofloxacine si contrôle : nombre prescription Hausse des E. coli sensibles à la
que soit l’infection d’autres antibiotiques sont d’autres antibiotiques. Critère ciprofloxacine. Augmentation
sensibles secondaire : sensibilité des prescription amoxicilline-acide
entérobactéries et de clavulanique
Pseudomonas aeruginosa à la
ciprofloxacine
Vissichelli, Étude Adultes hospitalisés Instauration de l’antibiogramme Consommation d’antibiotiques Diminution significative des 2
2021, [78], interventionnelle de ciblé pour les bacilles à Gram avant et après intervention consommations de ciprofloxacine,
USA type « séries négatif pipéracilline-tazobactam et
temporelles » céfépime. Baisse, mais non
significative pour le méropénème.
Pas de changement d’incidence
d’infection à Clostridium difficile
Pulcini, Étude 36 pays interrogés NA Implémentation ou non de En 2017, l’antibiogramme ciblé est 4
2017, [79], observationnelle, (Europe + Israël) l’antibiogramme ciblé implémenté dans 11/36 pays et
Europe descriptive (enquête partiellement implémenté dans 4/36
de pratiques) pays. Seuls 3 pays recommandent la
mise en place de l’antibiogramme
ciblé (Irlande, Turquie, Royaume-
Uni). L’application la plus fréquente
concerne les antibiogrammes des
infections communautaires urinaires
et de la peau et des tissus mous
Pratt, Étude prospective 100 ECBU positifs sur Rendu identification bactérie + Pourcentage d’abstention Traitement approprié plus fréquent si 2
2021, [80], randomisée sonde urinaire en place antibiogramme complet vs rendu thérapeutique si colonisation sur rendu modifié. Abstention
Canada chez adultes hospitalisés modifié = aucun rendu de résultat sonde et pourcentage de thérapeutique en cas de colonisation
traitement adéquat si infection bactérienne sur sonde plus fréquente
sur sonde selon le type de rendu si rendu modifié
de l’ECBU
Mc Nulty, Étude prospective 735 cures antibiotiques Modification du rendu Le comportement du clinicien La prescription globale de céfalexine 2
2011, [81], interrompue avec un analysées via un d’antibiotiques dans les rapports est rapporté à savoir : a augmenté de 20 % au cours de
Angleterre design de type questionnaire adressé antibiogrammes lors d’infections − Initiation ou changement l’intervention (comparaison entre la
« séries aux médecins urinaires en soins primaires : avant d’antibiotique au moment du période pré-intervention et la période
temporelles » généralistes l’intervention, l’amoxicilline-acide rendu de l’antibiogramme. Si d’intervention, odd ratio (OR) 1,20 ;
clavulanique était rapportée puis oui, quel antibiotique a été IC (Intervalle de confiance) à
remplacée par la céfalexine. Par choisi. 95 % 1,12-1,30, P=0,001). En
ailleurs, avant et après le contrôle, − Critère de jugement : choix revanche, la prescription
l’amoxicilline, la nitrofurantoïne et de la céfalexine dans le d’amoxicilline-acide clavulanique a
le triméthoprime étaient groupe contrôle. diminué de 8% pendant
systématiquement rapportés. l’intervention (OR 0,92 ; IC
95 % 0,89-0,96, p=0,001) et a
continué à diminuer de manière
significative au cours des 4 mois de
collecte de données après
l’intervention.
De façon notable, 412 (56 %)
traitements antibiotiques ont été
prescrits de façon empirique avant la
réception des résultats de
laboratoire.
Langford, Étude Informations clinico- Évaluation des prescriptions Adéquation entre le traitement Malgré des variations de pratiques 3
2021, [82], observationnelle. démographiques et antibiotiques en fonction de la date antibiotique (empirique ou entre les laboratoires, le fait de
Canada Enquête de pratiques thérapeutiques recueillies de rendu de l’antibiogramme : adapté) et le rendu de la rendre un antibiotique sensible sur
en cas de cultures − Empirique/ Adapté molécule sur l’antibiogramme l’antibiogramme a entrainé une
d’urines positives augmentation de sa prescription
Évaluation des pratiques, des
associées à une dans les 2 groupes (empirique
molécules rendues et de
prescription adjusted OR = 1,23 et adapté à
l’adéquation entre traitement
d’antibiotiques chez des l’antibiogramme adjusted OR =
antibiotique et molécule rendue sur
patients de plus de 2,98).
l’antibiogramme.
65 ans.
Ng, 2022, Étude rétrospective Patients inclus ont une Évaluation des prescriptions de Évaluation des prescriptions L’utilisation du céfépime a diminué 2
[83], observationnelle de bactériémie à céphalosporines à large spectre d’antibiotiques adaptées à passant de 46,7 % à 6,5 % (p<0,001)
Singapour cohortes. Serratia marcescens ou (céfépime) par rapport aux autres l’antibiogramme et suivi de et celle de C3G (céfotaxime,
Morganella morganii. antibiotiques (notamment l’évolution clinique du patient. ceftriaxone et ceftazidime) a
céfotaxime, ceftriaxone et augmenté suite aux changements de
ceftazidime) avant et après
modification du rapport pratiques de 3,3 % à 34,8 %,
d’antibiogramme. p=0,001 3.
Johnson, Étude Adultes (n=73) Comparaison prescription Taux de désescalade du Désescalade plus fréquente durant 4
2016, [84], observationnelle hospitalisés ayant une antibiotique durant période avant et spectre antibiotique choisi pour la période de rendu d’un
USA rétrospective de type bactériémie à bactérie après mise en place de le traitement documenté, taux antibiogramme ciblé (71 % vs 48 %,
« séries Gram négatif sensible à l’antibiogramme ciblé masquant les de mortalité, réadmission à J30, p=0,043). Diminution des
temporelles » la céfazoline, traités par pénicillines + incidence colite à C. difficile, prescriptions de β-lactamines active
β-lactamines à large inhibiteurs, céphalosporines de nouvelle prescription sur Pseudomonas aeruginosa.
spectre 2e génération et plus, antibiotique à large spectre
carbapénème, amikacine dans les 7 jours suivant la
désescalade
Le Dref, Étude Groupe de Évaluation de l’acceptabilité du Proportion d’antibiogrammes Seul 1,2 % des antibiogrammes 2
2023, [85, interventionnelle 21 laboratoires, et dispositif par les médecins ciblés ayant donné lieu à un ciblés rendus ont donné lieu à un
86], France prospective, interview de 21 médecins généralistes destinataires de appel téléphonique pour appel téléphonique pour l’obtention
multicentrique, généralistes comptes rendus d’antibiogrammes l’obtention d’un antibiogramme d’un antibiogramme complet
contrôlée, mais non ciblés urinaires complet ; recueil de l’opinion des (134/11 624) ; l’enquête relève la
randomisée, de type médecins généralistes clarté/simplicité des rapports (15/21),
« avant / après » une modification des pratiques
(8/21), avec pour principale
contrainte la nécessité d’appeler le
laboratoire pour obtenir
l’antibiogramme complet (8/21)
Simon, Étude 2 groupes de laboratoires Comparaison prescription Fréquence de prescription des Diminution significative (p<0,0001) 2
2023, [86, interventionnelle « de ville » (groupe antibiotique sur 2 périodes pour le antibiotiques « à large spectre » de la prescription de C3G entre les 2
87], France prospective, « interventionnel » de 21 groupe « témoin » (rendu de (amoxicilline-acide périodes dans le groupe
multicentrique, sites, groupe « témoin » l’antibiogramme complet), et pour clavulanique, fluoroquinolones, « antibiogramme ciblé » (-8,5 %) par
contrôlée, mais non de 20 sites) ; 42 956 le groupe « interventionnel » avant C3G) ; fréquence des rapport au groupe témoin (-0,1 %),
randomisée, de type ECBU positifs à E. coli mise en place de l’antibiogramme sollicitations du laboratoire pour mais non significative pour
« avant / après » avec antibiogramme ciblé et après mise en place rendre l’antibiogramme amoxicilline-acide clavulanique et
complet ; fréquence des fluoroquinolones ; le rendu
conséquences inattendues de « complet » est rarement sollicité par
l’intervention (consultations, les prescripteurs [134 demandes
hospitalisations) pour 11 566 antibiogrammes ciblés
rendus (1,2 %)] ; pas de différence
en nombre de consultations ou
hospitalisations dans les 2 groupes
Synthèse des études cliniques analysées
L’implémentation de l’antibiogramme ciblé dans le rendu des ECBU positifs à entérobactéries a pour
principal objectif de promouvoir le bon usage des antibiotiques en améliorant l’adhérence des cliniciens
aux recommandations en vigueur.
Différentes recommandations concordent à suggérer cette adaptation du rendu de l’antibiogramme
comme un moyen permettant de diminuer l’utilisation d’antibiotiques à large spectre au profit
d’antibiotiques à spectre restreint et bien adaptés à la situation clinique. Cependant, il n’existe pas de
recommandations précises sur la mise en place de ce rendu partiel en fonction de la situation clinique
ou de l’agent bactérien incriminé dans l’infection. Pour étudier l’impact du rendu partiel
d’antibiogramme sur la prescription d’antibiotiques, une étude récente de Langford et al. s’est
intéressée à 113 780 cultures d’urines positives et traitées issues de 48 laboratoires [82]. Les dossiers
ont été revus rétrospectivement pour déterminer l’association entre le rendu de l’antibiotique et sa
prescription selon 2 groupes :
‒ antibiothérapie empirique (1 à 3 jours après le prélèvement) et
‒ antibiothérapie adaptée à l’antibiogramme (0 à 5 jours après le rendu de la culture).
Malgré des variations de pratiques entre les laboratoires, le fait de rendre un antibiotique sensible sur
l’antibiogramme a entrainé une augmentation de sa prescription dans les 2 groupes (empirique
adjusted OR = 1,23 et adapté à l’antibiogramme adjusted OR = 2,98). Ceci montre que la liste des
molécules affichées dans le compte rendu de l’antibiogramme a un impact sur le choix thérapeutique
et suggère qu’une amélioration est tout à fait possible en modifiant ce rendu.
Dans une étude française contrôlée randomisée concernant les médecins généralistes, la mise en
place d’un antibiogramme ciblé a permis l’amélioration de la concordance entre les prescriptions et les
recommandations de 37 % à 42 % en fonction des vignettes cliniques [73]. L’étude de Mc Nulty et al.
a montré une augmentation de 20 % de la prescription de la céfalexine et une diminution de 8 % de
l’utilisation de l’amoxicilline-acide clavulanique après avoir modifié le rapport d’antibiogramme pour
placer la céfalexine à la place de l’amoxicilline-acide clavulanique [81]. L’étude de Johnson et al. a
montré que le non-rendu des pénicillines et céphalosporines à large spectre ainsi que des
carbapénèmes permet une « désescalade » plus fréquente du traitement antibiotique qu’en l’absence
d’implémentation de la stratégie d’antibiogramme ciblé [84]. Ce type de rendu permet aussi de diminuer
l’utilisation des antibiotiques à large spectre, notamment actifs sur Pseudomonas aeruginosa, des
fluoroquinolones [74, 76, 78, 83, 84], ainsi que les prescriptions inappropriées d’antibiotiques [75].
L’étude de Langford et al. a montré que le non-rendu de ciprofloxacine lorsqu’une autre molécule était
utilisable a permis de diminuer la prescription de cette molécule et par la même, la résistance des
E. coli aux fluoroquinolones [77]. L’étude de Pratt et al. a montré que le fait de ne pas rendre le résultat
des ECBU positifs prélevés sur sonde urinaire diminuait la fréquence de traitements non adaptés en
cas de colonisation urinaire et augmentait celle des traitements adaptés en cas d’infection urinaire sur
sonde [80].
Cependant, l’impact réel sur la résistance aux antibiotiques reste mal évalué comme cela est bien
indiqué dans la revue de Tebano et al. [71].
La mise en place des antibiogrammes ciblés modifie les pratiques en ciblant les antibiotiques les plus
appropriés. Ce changement de rendu d’antibiogramme semble apprécié par les médecins généralistes
[85], tout comme les internes de médecine générale, car il guide leur choix thérapeutique [73, 74]. Ils
sont dans la majorité des cas favorables à son implémentation [73], comme c’est déjà le cas dans
certains pays anglo-saxons [79]. Cette acceptabilité est un critère d’importance pour sa mise en place
octobre 2023 30
et montre que, outre l’amélioration de la concordance avec les recommandations thérapeutiques, cela
peut faciliter la pratique clinique.
Enfin, une étude remarquable très récente de Simon et al., prospective, multicentrique, contrôlée, de
type « avant/après », conduite « en vie réelle » et réalisée en Lorraine avec des laboratoires dits « de
ville », objective de façon très claire l’impact positif de la mise en place de l’antibiogramme ciblé sur
les prescriptions d’antibiotiques, à la fois avec une diminution de l’utilisation des antibiotiques à large
spectre, mais aussi avec une meilleure compliance des prescripteurs par rapport aux
recommandations en vigueur. En comparaison avec un groupe de laboratoires « contrôle » effectuant
le rendu « complet » de l’antibiogramme, la mise en place de l’antibiogramme ciblé dans le groupe de
laboratoires « intervention » a permis d’obtenir (très rapidement après la mise en place du rendu ciblé)
une baisse significative de la prescription des antibiotiques à large spectre (-17,6 % dans le groupe
« intervention », versus -9,0 % dans le groupe contrôle, p < 0,0001) ; cette baisse « globale » était
majoritairement imputable à la baisse significative de prescription des C3G (-8,5 % dans le groupe
« intervention », versus -0,1 % dans le groupe contrôle, p < 0,0001), car la diminution, de prescription
pour les fluoroquinolones et l’amoxicilline-acide clavulanique n’était pas significative. L’impact était
important sur l’antibiothérapie guidée par l’antibiogramme (différence de 17 % entre les 2 périodes) ;
en revanche, l’étude n’objectivait qu’un impact très faible (différence de 4 % entre les 2 périodes) sur
l’antibiothérapie probabiliste. Il faut également noter dans cette étude que les laboratoires n’ont été
que rarement sollicités par les prescripteurs pour avoir un rendu de l’antibiogramme complet
[134 demandes pour 11 566 antibiogrammes ciblés rendus (1,2 %)]. Enfin, il n’a pas été objectivé dans
cette étude de conséquences cliniques « imprévues » de la mise en place de l’antibiogramme ciblé sur
le nombre de consultations ou le nombre d’hospitalisations dans les suites de la prescription
d’antibiotiques.
3.2. Modalités et stratégies de mise en place des antibiogrammes

ciblés
Les renseignements démographiques du patient sont obligatoirement recueillis lors de
l’enregistrement des échantillons au laboratoire. Il est possible, sur la seule base de ces
informations, de proposer un rendu ciblé, en fonction du sexe et de l’âge des patients. En fonction du
profil de résistance de la souche, il est alors possible de proposer différentes listes de rendu des
antibiotiques.
Il est possible d’effectuer un rendu encore plus précis si le laboratoire dispose des renseignements
cliniques sur le type de l’infection (cystite ou pyélonéphrite). En effet, cette information permet de
rendre uniquement les molécules recommandées pour chaque type d’infection.
Les antibiotiques suivants ne sont indiqués que pour le traitement des cystites, car leur diffusion
tissulaire rénale est insuffisante pour recommander leur utilisation en cas de pyélonéphrite :
‒ mécillinam, nitrofurantoïne, fosfomycine et triméthoprime.
Il est recommandé de rajouter cette information sous forme d’une note dans les commentaires qui
accompagnent le résultat de l’antibiogramme.
Selon les renseignements cliniques dont dispose le laboratoire, deux types de tableaux décisionnels
différents sont possibles :
‒ des tableaux décisionnels qui s’appliquent en l’absence de renseignement clinique, donc
adapté, quelle que soit le type d’infection urinaire,
octobre 2023 31
‒ et des tableaux décisionnels qui s’appliquent lorsque le laboratoire dispose de
l’information sur le type d’infection urinaire (cystite ou pyélonéphrite), permettant un rendu
encore plus ciblé des molécules à faire figurer sur le compte rendu.
Recommandations :
Il est recommandé que les prescripteurs indiquent les informations cliniques et que les
AE laboratoires mettent en place une modalité de recueil des renseignements cliniques
nécessaires à l’interprétation des résultats des prélèvements urinaires.
La liste des molécules à rendre peut-être adaptée par le laboratoire selon les informations
AE
cliniques dont il dispose.
Dans les situations pour lesquelles les laboratoires disposent d’emblée des informations
AE cliniques précises sur le type d’infection (cystites ou pyélonéphrites), il est recommandé de
procéder à un rendu ciblé adapté au phénotype de résistance, et au type d’infection clinique.
Dans les situations pour lesquelles les laboratoires ne disposent pas des informations
AE cliniques précises sur le type d’infection urinaire, il est recommandé de procéder à un rendu
ciblé basé sur le phénotype de résistance.
Dans les situations pour lesquelles les laboratoires ne disposent pas des informations
cliniques précises sur le type d’infection urinaire, il est recommandé de faire figurer sur le
compte rendu un commentaire précisant que certains antibiotiques ne sont indiqués que
AE
pour le traitement des cystites (mécillinam, nitrofurantoïne, fosfomycine et triméthoprime),
car leur diffusion tissulaire rénale est insuffisante pour recommander leur utilisation en cas
de pyélonéphrite.
Cependant, même si le principe de l’antibiogramme ciblé consiste à masquer une partie des
molécules testées de manière à orienter la bonne prescription des antibiotiques, le laboratoire teste
de façon systématique l’ensemble des molécules recommandées par le CA-SFM (avec les listes
standards et les listes complémentaires des antibiotiques à tester) 8.
Recommandation :
L’antibiogramme complet (incluant l’ensemble des molécules testées par le laboratoire) devra
AE toujours rester disponible pour le clinicien prescripteur s’il le demande au laboratoire de
microbiologie.
L’antibiogramme ciblé concerne le rendu des molécules, et non pas la liste des molécules
AE testées. Il est recommandé de faire figurer sur le compte rendu un commentaire précisant
que l’antibiogramme complet reste disponible sur demande auprès du laboratoire.
La surveillance épidémiologique de la résistance aux antibiotiques reste basée sur les

AE
données de l’antibiogramme complet disponible dans le système informatique du laboratoire.
Par ailleurs, pour certains services hospitaliers dont l’écologie locale présente des taux élevés de
souches multi-résistantes, ou pour des services particuliers (services de réanimation par exemple), il
8
Recommandations du Comité de l’antibiogramme de la Société Française de Microbiologie : https ://www.sfm-
microbiologie.org/boutique/comite-de-lantibiograme-de-la-sfm-casfm/.
octobre 2023 32
peut être légitime de ne pas procéder à un rendu « ciblé » de l’antibiogramme et de rendre d’emblée
un antibiogramme complet à leur demande.
Recommandation :
Pour certains services hospitaliers, sur avis de la commission des anti-infectieux, le rendu
AE peut toutefois être d’emblée élargi au regard de la gravité des cas traités ou d’une
épidémiologie particulière.
Pour les cas de cystite aiguë simple sans facteur de risque de complication, le référentiel en
microbiologie médicale (Rémic) indique qu’aucun examen de laboratoire n’est requis hormis la
bandelette urinaire [48]. Les recommandations de la SPILF précisent aussi « qu’un ECBU est indiqué
devant toute suspicion clinique d’infection urinaire, à l’exception des cystites simples, et pour le
diagnostic des colonisations nécessitant un traitement (grossesse ; geste urologique programmé). »
[37].
En accord avec ces deux recommandations [37, 48], il est recommandé de rajouter un commentaire
sur les comptes rendus afin de préciser que la situation d’une cystite simple ne nécessite pas la
réalisation d’un ECBU.
Par ailleurs, il est rappelé qu’en dehors de certaines situations particulières (comme la grossesse,
dépistage pré-opératoire ou le jeune enfant), il est recommandé de réaliser un ECBU uniquement en
présence de signes cliniques d’infections urinaires. Le respect de cette règle de bonne pratique est
probablement l’un des moyens les plus efficaces pour ne pas surprescrire des traitements
antibiotiques non justifiés.
Enfin, il est rappelé que les critères microbiologiques d’infections urinaires détaillés dans le Rémic
[48] et dans les recommandations de la SPILF [37] ne sont pas suffisants pour la décision
thérapeutique. Comme rappelé précédemment, en dehors de situations cliniques particulières, la
symptomatologie clinique doit rester le critère décisif dans la prise en charge thérapeutique.
Recommandations :
AE Il est recommandé de faire figurer sur le compte rendu un commentaire précisant qu’en cas
de cystite simple, le traitement repose sur une antibiothérapie probabiliste et ne nécessite
pas la réalisation d’un ECBU. Par ailleurs, lorsque les renseignements cliniques sont
disponibles, il est proposé aux laboratoires de rappeler dans les commentaires les
antibiotiques recommandés dans chaque type d’infection selon les recommandations
nationales en vigueur.
AE Il est recommandé de faire figurer sur le compte rendu un commentaire précisant que tout
ECBU positif (leucocyturie et bactériurie) ne nécessite pas obligatoirement de traitement
antibiotique, en rappelant que les colonisations (= absence de signes cliniques) ne doivent
pas être traitées par antibiotiques, sauf à partir du 4e mois de grossesse ou avant un geste
invasif sur les voies urinaires.
Afin d’assurer une prise en charge thérapeutique optimale, le prescripteur doit disposer de
l’information sur la résistance éventuelle d’un antibiotique prescrit de manière probabiliste à l’initiation
du traitement. Ainsi, la résistance aux molécules non prévue dans le rendu ciblé de l’antibiogramme
doit figurer sur le compte rendu.
octobre 2023 33
Recommandation
AE En plus des molécules prévues dans le rendu ciblé de l’antibiogramme, il est recommandé
de rendre également les autres antibiotiques testés (non prévus dans le rendu ciblé de
l’antibiogramme) pour lesquels la souche est catégorisée « résistante ».
octobre 2023 34
Table des annexes
Annexe 1. Recherche documentaire dans les bases de données bibliographiques 36
Annexe 2. Sites internet consultés pour la recherche 45
Annexe 3. Qualité méthodologique des recommandations retenues 46
Annexe 4. Qualité méthodologique des revues de la littérature retenues 50
octobre 2023 35
Annexe 1. Recherche documentaire dans les bases de données bibliographiques
‒ Recherche dans les bases de données bibliographiques :

La base de données bibliographiques interrogée pour ce rapport est Medline.
La stratégie de recherche dans Medline est construite en utilisant, pour chaque sujet, soit des termes
issus de thésaurus (descripteurs), soit des termes libres (du titre ou du résumé). Ils sont combinés
avec les termes décrivant les types d’études.
Le tableau ci-dessous présente la stratégie de recherche. Dans ce tableau, des références doublons
peuvent être présentes entre les différents thèmes et/ou types d’études.
Type d’étude / Sujet Période de Nombre de

recherche références
Termes utilisés
trouvées
ANTIBIOGRAMMES CIBLÉS - ADULTES
Antibiogrammes ciblés sans limite 86

Juin 22
Étape 1 antibiogram*/ti,ab,motcleauteur OR (((antibacterial* OR anti*bacterial* OR

antimicrobial* OR anti*microbial* OR antibiotic*)/ti,ab,motcleauteur OR
(amoxicillin OR clavulanic acid OR clavulanate OR pivmecillinam OR
nitrofurantoin OR fosfomycin OR trimethoprim OR sulfametoxazole OR TMP-
SMX OR cotrimoxazole OR cefixime OR cefotaxime OR ceftriaxone OR
fluoroquinolone OR fluoroquinolones OR ciprofloxacin OR levofloxacin OR
ofloxacin)/ti,ab OR (Anti-Bacterial Agents OR Amoxicillin OR Amoxicillin-
Potassium Clavulanate Combination OR Amdinocillin Pivoxil OR
Nitrofurantoin OR Fosfomycin OR Trimethoprim OR Sulfamethoxazole OR
Trimethoprim, Sulfamethoxazole Drug Combination OR Cefixime OR
Cefotaxime OR Ceftriaxone OR Fluoroquinolones OR Ciprofloxacin OR
Levofloxacin OR Ofloxacin)/de) AND ((susceptibility OR susceptibilities OR
sensitivity OR sensitivities)/ti,ab,motcleauteur OR (disc* OR
disk*)/ti,ab,motcleauteur OR (urine culture* OR urinary culture* OR urine
isolate* OR urinary isolate*)/ti)) OR (Microbial Sensitivity Tests OR Disk
Diffusion Antimicrobial Tests)/de
AND
(selective report* OR selective releas* OR selective result* OR selected
report* OR selected releas* OR selected result* OR restrictive report* OR
restrictive releas* OR restrictive result* OR restricted report* OR restricted
releas* OR restricted result* OR modificative report* OR modificative releas*
OR modificative result* OR modified report* OR modified releas* OR modified
result* OR cascade report* OR cascade releas* OR cascade result*)/ti,ab
OR
Etape 2 antibiogram*/ti,ab,motcleauteur OR (((antibacterial* OR anti*bacterial* OR

octobre 2023 36
Levofloxacin OR Ofloxacin)/de) AND (report* OR reporting OR release* OR
releasing OR result*)/ti,ab) OR (Microbial Sensitivity Tests OR Disk Diffusion
Antimicrobial Tests)/de
AND
((cascade sensitivities OR cascade sensitivity OR cascade susceptibilities
OR cascade susceptibility) OR (modificative sensitivities OR modificative
sensitivity OR modificative susceptibilities OR modificative susceptibility) OR
(modified sensitivities OR modified sensitivity OR modified susceptibilities OR
modified susceptibility) OR (restricted sensitivities OR restricted sensitivity
OR restricted susceptibilities OR restricted susceptibility) OR (restrictive
sensitivities OR restrictive sensitivity OR restrictive susceptibilities OR
restrictive susceptibility) OR (selected sensitivities OR selected sensitivity OR
selected susceptibilities OR selected susceptibility) OR (selective sensitivities
OR selective sensitivity OR selective susceptibilities OR selective
susceptibility))/ti,ab,motcleauteur
OR
Étape 3 antibiogram*/ti OR ((susceptibility OR susceptibilities OR sensitivity OR

sensitivities OR disc* OR disk* OR urine culture* OR urinary culture* OR urine
isolate* OR urinary isolate*) AND (report* OR releas* OR result*))/ti OR
(Microbial Sensitivity Tests OR Disk Diffusion Antimicrobial Tests)/de
AND
((selective antibacterial OR selected antibacterial OR restrictive antibacterial
OR restricted antibacterial OR modificative antibacterial OR modified
antibacterial OR cascade antibacterial) OR (selective anti*bacterial OR
selected anti*bacterial OR restrictive anti*bacterial OR restricted
anti*bacterial OR modificative anti*bacterial OR modified anti*bacterial OR
cascade anti*bacterial) OR (selective antimicrobial OR selected antimicrobial
OR restrictive antimicrobial OR restricted antimicrobial OR modificative
antimicrobial OR modified antimicrobial OR cascade antimicrobial) OR
(selective anti*microbial OR selected anti*microbial OR restrictive
anti*microbial OR restricted anti*microbial OR modificative anti*microbial OR
modified anti*microbial OR cascade anti*microbial) OR (selective antibiotic*
OR selected antibiotic* OR restrictive antibiotic* OR restricted antibiotic* OR
modificative antibiotic* OR modified antibiotic* OR cascade antibiotic*))/ti,ab
NOT
Étape 4 (child OR children OR childhood OR infant* OR infancy OR neonate* OR

neonatal OR newborn* OR offspring* OR pediatric* OR paediatric*)/ti
Antibiogrammes ciblés / Infections urinaires sans limite 16

Juin 22
(Etape 1 OR Etape 2 OR Etape 3) NOT Etape 4
AND
Étape 5 (UTI OR UTIs)/ti OR (Urinary Tract Infection* OR Pyelonephritis OR Cystitis

OR Bacteriuria)/ti,ab OR (Urinary Tract Infections OR Pyelonephritis OR
Cystitis OR Bacteriuria)/de
Antibiogrammes ciblés / Impact sur les pratiques sans limite 36

Juin 22
(Etape 1 OR Etape 2 OR Etape 3) NOT Etape 4
AND
octobre 2023 37
Étape 6 ((impact* OR influence* OR effect* OR consequence* OR
repercussion*)/ti,ab OR (Drug utilization OR Guideline adherence OR Health
Plan Implementation)/de) AND ((use* OR using OR prescription* OR
prescribing OR utilisation* OR utilization* OR usage*)/ti OR Drug
Prescriptions/de)
ANTIBIOGRAMMES CIBLÉS - ENFANTS
Antibiogrammes ciblés sans limite 2

(Etape 1 OR Etape 2 OR Etape 3) AND Etape 4 Juin 22
Antibiogrammes ciblés / Infections urinaires sans limite 0

(Etape 1 OR Etape 2 OR Etape 3) AND Etape 4 AND Etape 5 Juin 22
Antibiogrammes ciblés / Impact sur les pratiques sans limite 0

(Etape 1 OR Etape 2 OR Etape 3) AND Etape 4 AND Etape 6 Juin 22
ANTIBIOGRAMMES - ADULTES
Infections urinaires / Recommandations 01/00 - 06/22 43
Étape 7 antibiogram*/ti,ab,mot-cleauteur OR (((antibacterial* OR anti*bacterial* OR

Levofloxacin OR Ofloxacin)/de) AND ((susceptibility OR susceptibilities OR
sensitivity OR sensitivities OR disc* OR disk*)/ti,ab,motcleauteur OR (urine
culture* OR urinary culture* OR urine isolate* OR urinary isolate* OR
report*)/ti)) OR (Microbial Sensitivity Tests OR Disk Diffusion Antimicrobial
Tests)/de
AND
Étape 8 (UTI OR UTIs)/ti OR (Urinary Tract Infection* OR Pyelonephritis OR Cystitis

OR Bacteriuria)/ti,ab OR (Urinary Tract Infections OR Pyelonephritis OR
Cystitis OR Bacteriuria)/de
AND
Étape 9 (consensus OR guidance OR guide OR guideline* OR recommendation* OR

recommandation* OR position paper OR statement*)/ti OR health planning
guidelines/de OR (Consensus Development Conference OR Consensus
Development Conference, NIH OR Guideline OR Practice Guideline OR
Government Publication)/type
NOT
Étape 4
Impact sur les pratiques 01/00 - 06/22 92
Étape 10 antibiogram*/ti,ab,mot-cleauteur OR (((antibacterial* OR anti*bacterial* OR

antimicrobial* OR anti*microbial* OR antibiotic* OR amoxicillin OR clavulanic
acid OR clavulanate OR pivmecillinam OR nitrofurantoin OR fosfomycin OR
trimethoprim OR sulfametoxazole OR TMP-SMX OR cotrimoxazole OR
octobre 2023 38
cefixime OR cefotaxime OR ceftriaxone OR fluoroquinolone OR
fluoroquinolones OR ciprofloxacin OR levofloxacin OR ofloxacin)/ti OR (Anti-
Bacterial Agents OR Amoxicillin OR Amoxicillin-Potassium Clavulanate
Combination OR Amdinocillin Pivoxil OR Nitrofurantoin OR Fosfomycin OR
Trimethoprim OR Sulfamethoxazole OR Trimethoprim, Sulfamethoxazole
Drug Combination OR Cefixime OR Cefotaxime OR Ceftriaxone OR
Ciprofloxacin OR Levofloxacin OR Ofloxacin OR Fluoroquinolones)/de) AND
(susceptibility OR susceptibilities OR sensitivity OR sensitivities OR disc* OR
disk* OR urine culture* OR urinary culture* OR urine isolate* OR urinary
isolate* OR report*)/ti) OR (Microbial Sensitivity Tests OR Disk Diffusion
Antimicrobial Tests/de
AND
Étape 11 (impact* OR influence* OR effect* OR consequence* OR repercussion*)/ti

OR (Drug utilization OR Guideline adherence OR Health Plan
Implementation)/de
AND
Étape 12 (use* OR using OR prescription* OR prescribing OR utilisation* OR

utilization* OR usage*)/ti OR Drug Prescriptions/de
NOT
Étape 4
ANTIBIOGRAMMES - ENFANTS
Infections urinaires / Recommandations 01/00 - 06/22 11

(Etape 7 AND Etape 8 AND Etape 9) AND Etape 4
Impact sur les pratiques 01/00 - 06/22 0

(Etape 10 AND Etape 11 AND Etape 12) AND Etape 4
INFECTIONS URINAIRES / ANTIBIOTHÉRAPIES - ADULTES
Recommandations 01/15 - 06/22 54
Étape 13 (UTI OR UTIs OR Urinary Tract Infection* OR Pyelonephritis OR Cystitis)/ti

OR (Urinary Tract Infections OR Pyelonephritis OR Cystitis)/de
AND
Étape 14 (antibacterial* OR anti*bacterial* OR antimicrobial* OR anti*microbial* OR

antibiotic* OR amoxicillin OR clavulanic acid OR clavulanate OR
pivmecillinam OR nitrofurantoin OR fosfomycin OR trimethoprim OR
sulfametoxazole OR TMP-SMX OR cotrimoxazole OR cefixime OR
cefotaxime OR ceftriaxone OR fluoroquinolone OR fluoroquinolones OR
ciprofloxacin OR levofloxacin OR ofloxacin)/ti OR (Anti-Bacterial Agents OR
Amoxicillin OR Amoxicillin-Potassium Clavulanate Combination OR
Amdinocillin Pivoxil OR Nitrofurantoin OR Fosfomycin OR Trimethoprim OR
Sulfamethoxazole OR Trimethoprim, Sulfamethoxazole Drug Combination
OR Cefixime OR Cefotaxime OR Ceftriaxone OR Ciprofloxacin OR
Levofloxacin OR Ofloxacin OR Fluoroquinolones)/de
AND
Étape 9 NOT Etape 4
Métaanalyses 01/15 - 06/22 93
(Etape 13 AND Etape 14) NOT Étape 4
octobre 2023 39
AND
Étape 15 (meta analysis OR meta analyses OR metaanalysis OR metaanalyses OR

meta-analysis OR meta-analyses OR systematic literature review* OR
systematic literature search* OR systematic overview* OR systematic review*
OR systematical literature review* OR systematical overview* OR
systematical review* OR systematically review OR systematically reviewed
OR systematically search OR systematically searched OR systematically
research OR systematically researched)/ti,ab OR meta-analysis/type OR
(Cochrane Database Syst Rev OR Health Technol Assess)/revue
Études de pratiques en France 01/15 - 06/22 6
(Etape 13 AND Etape 14) NOT Etape 4
AND
Étape 16 (practices OR behaviour* OR behavior* OR attitude* OR opinion* OR

perception*)/ti OR ((practice OR pattern* OR experience* OR view*) AND
(physician* OR doctor* OR professional*))/ti OR (Practice Patterns,
Physicians' OR Health Knowledge, Attitudes, Practice OR Interviews as Topic
OR Attitude of Health Personnel OR Patient Care Management/statistics and
numerical data OR Patient Care Management/trends OR Professional
Practice/statistics and numerical data OR Professional Practice/trends OR
Drug Prescriptions/statistics and numerical data OR Drug
Prescriptions/trends OR Inappropriate Prescribing/statistics and numerical
data OR Inappropriate Prescribing/trends OR Medical Overuse/statistics and
numerical data OR Medical Overuse/trends OR Guideline
Adherence/statistics and numerical data OR Guideline Adherence/trends)/de
AND
Étape 17 (France OR francais* OR french)/ti,ab OR France/de OR (France OR

francais* OR french)/affiliation OR (France OR francais* OR french)/collectif
Études de pratiques autres pays 01/15 - 06/22 81

((Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 16) NOT Etape 17) NOT Etape 4
Algorithmes 01/15 - 06/22 64
(Etape 13 AND Etape 14) NOT Etape 4
AND
Étape 18 (algorithm* OR decision tree* OR framework* OR flow chart* OR decision

model* OR decision pathway* OR decision protocol* OR care model* OR
care pathway* OR care protocol* OR clinical model* OR clinical pathway* OR
clinical protocol* OR therapeutic model* OR therapeutic pathway* OR
therapeutic protocol*)/ti,ab OR (Decision trees OR Clinical protocols)/de
INFECTIONS URINAIRES / ANTIBIOTHÉRAPIES - ENFANTS

Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 9 AND Etape 4

Études de pratiques en France 01/15 - 06/22 0

Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 16 AND Etape 17 AND Etape 4
Études de pratiques autres pays 01/15 - 06/22 9
octobre 2023 40
((Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 16) NOT Etape 17) AND Etape 4
Algorithmes 01/15 - 06/22 8

AMÉLIORATION DE LA QUALITÉ (ÉPARGNE DES ANTIBIOTIQUES) - ADULTES
(Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 9) NOT Etape 4
AND
Étape 19 (save* OR saving OR safeguard* OR preserv* OR maintain* OR spar*)/ti OR

Drug Resistance/prevention and control/de OR ((reduc* OR reduction OR
curb* OR fight* OR struggl*) AND (overprescribing OR overtreatment* OR
resistance* OR resistant OR multiresistant OR multi*resistant))/ti OR ((reduc*
OR improv* OR chang* OR prudent OR optimal OR optimum OR optimiz* OR
optimis*) AND (use* OR using OR prescription* OR prescribing OR
utilisation* OR utilization* OR usage*))/ti OR (improv* AND availability)/ti OR
(stewardship* OR care bundle* OR quality OR appropriate* OR
inappropriate* OR adequate* OR inadequate* OR strateg*)/ti OR (Quality
Improvement OR Process Assessment, Health Care OR Antimicrobial
Stewardship OR Drug Prescriptions/standards OR Inappropriate
Prescribing/prevention and control OR Medical Overuse/prevention and
control OR Decision Support Techniques OR Clinical Decision-Making OR
Decision Making, Computer-Assisted OR Guideline Adherence/standards
OR Patient Care Bundles OR Health Plan Implementation OR Health
Personnel/education OR Education, Continuing)/de

(Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 19 AND Etape 15) NOT Etape 4
Essais contrôlés randomisés 01/15 - 06/22 32
AND
Étape 20 (random* OR single-blind OR double-blind)/ti,ab OR (random allocation OR

single-blind method OR double-blind method)/de OR randomized controlled
trial/type
Autres essais cliniques 01/15 - 06/22 21
AND
Étape 21 (clinical trial* OR multicenter study OR multicenter studies OR multicentre

study OR multicentre studies OR cross-over study OR cross-over
studies)/ti,ab OR (versus OR comparative study OR comparative studies)/ti
OR cross-over studies/de OR (Clinical Trial OR Controlled Clinical Trial OR
Multicenter Study OR Comparative Study)/type
Cohortes 01/15 - 06/22 54
AND
Étape 22 (cohort* OR follow-up study OR follow up study OR followup study OR follow-

up studies OR follow up studies OR followup studies OR prospective study
OR prospective studies OR longitudinal study OR longitudinal studies)/ti OR
octobre 2023 41
(cohort studies OR followup studies OR prospective studies OR longitudinal
studies)/de
Revues générales 01/15 - 06/22 13
AND
Étape 23 review/ti OR review/type
AMÉLIORATION DE LA QUALITÉ (ÉPARGNE DES ANTIBIOTIQUES) - ENFANTS




Cohortes 01/15 - 06/22 7


INFECTIONS URINAIRES / ANTIBIOTHÉRAPIES / RÉSISTANCES / ÉPIDÉMIOLOGIE - ADULTES
Données françaises 01/15 - 06/22 5
Etape 13 AND Etape 14
AND
Étape 24 (resistance* OR resistant OR multiresistant OR multi*resistant)/ti OR Drug

Resistance, Bacterial/de
AND
Étape 25 (epidemiolog* OR prevalence OR incidence OR trends OR survey* OR

register OR registries)/ti OR (Data collection OR Health Surveys OR
Registries OR Population Surveillance OR Hospital Records OR Medical
Records)/de
OR
Étape 13
AND
Étape 26 (Drug Resistance, Bacterial/statistics and numerical data OR Drug

Resistance, Bacterial/epidemiology)/de
AND
Données autres pays 01/15 - 06/22 85

(((Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 24 AND Etape 25) OR (Etape 13 AND Etape 26))
NOT Etape 17) NOT Etape 4
octobre 2023 42
INFECTIONS URINAIRES / ANTIBIOTHÉRAPIES / RÉSISTANCES / ÉPIDÉMIOLOGIE - ENFANTS
Données françaises 01/15 - 06/22 2

(Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 24 AND Etape 25) OR (Etape 13 AND Etape 26)
AND Etape 17 AND Etape 4
Données autres pays 01/15 - 06/22 11

(((Etape 13 AND Etape 14 AND Etape 24 AND Etape 25) OR (Etape 13 AND Etape 26))
NOT Etape 17) AND Etape 4
ANTIBIOTIQUES / MICROBIOTE - ADULTES
Étape 27 ((antibacterial* OR anti*bacterial* OR antimicrobial* OR anti*microbial* OR

antibiotic* OR amoxicillin OR clavulanic acid OR clavulanate OR
pivmecillinam OR nitrofurantoin OR fosfomycin OR trimethoprim OR
sulfametoxazole OR TMP-SMX OR cotrimoxazole OR cefixime OR
cefotaxime OR ceftriaxone OR fluoroquinolone OR fluoroquinolones OR
ciprofloxacin OR levofloxacin OR ofloxacin) AND (impact* OR influence* OR
effect* OR affect* OR consequence* OR repercussion*) AND (microbiota OR
microbiome OR microbes OR flora OR bacteria*) AND (gut OR intestinal OR
gastrointestinal OR intestine* OR enteric))/ti
OR
Étape 28 (Anti-Bacterial Agents AND Gastrointestinal Microbiome/drug effects)/de
OR
Étape 29 Gastrointestinal Microbiome/de AND (Anti-Bacterial Agents OR Amoxicillin

OR Amoxicillin-Potassium Clavulanate Combination OR Amdinocillin Pivoxil
OR Nitrofurantoin OR Fosfomycin OR Trimethoprim OR Sulfamethoxazole
OR Trimethoprim, Sulfamethoxazole Drug Combination OR Cefixime OR
Cefotaxime OR Ceftriaxone OR Ciprofloxacin OR Levofloxacin OR Ofloxacin
OR Fluoroquinolones)/adverse effects/de
AND

((Etape 27 OR Etape 28 OR Etape 29) AND Etape 15) NOT Etape 4


Cohortes 01/15 - 06/22 21


ANTIBIOTIQUES / MICROBIOTE - ENFANTS

((Etape 27 OR Etape 28 OR Etape 29) AND Etape 9) AND Etape 4
octobre 2023 43


Cohortes 01/15 - 06/22 19


octobre 2023 44
Annexe 2. Sites internet consultés pour la recherche
‒ Haute Autorité de santé (HAS) : https://www.has-sante.fr/

‒ Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) :
https://ansm.sante.fr/
‒ European Medicines Agency (EMA) : https://www.ema.europa.eu/
‒ National Institute for Health and Care Excellence (NICE) : http://www.nice.org.uk/
‒ Scottish Intercollegiate Guidelines Network (SIGN) : https://www.sign.ac.uk/
‒ Canadian Medical Association (CMA) Infobase : https://www.cma.ca/En/Pages/clinical-
practice-guidelines.aspx
‒ Guidelines and Protocols Advisory Committee (GPAC) :
https://www2.gov.bc.ca/gov/content/health/practitioner-professional-resources/bc-guidelines
‒ Australian clinical practice guidelines : https://www.clinicalguidelines.gov.au/
‒ Santé publique France : https://www.santepubliquefrance.fr/
‒ Ministère de la Santé : https://solidarites-sante.gouv.fr/
‒ European centre for disease prevention and control (ECDC) : https://www.ecdc.europa.eu/en
‒ Organisation mondiale de la santé (OMS). Bureau Régional pour l’Europe :
https://www.euro.who.int/en/home
‒ Centers for disease control and prevention (CDC) : https://www.cdc.gov/
‒ Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) : https://www.inspq.qc.ca/
‒ U.S. Food and Drug Administration (FDA) : https://www.fda.gov/
‒ Association française d’urologie (AFU) : https://www.urofrance.org/
‒ Société Belge d’Urologie (SBU) : https://www.sbu.be/
‒ British Society of Urogynaecology : https://bsug.org.uk/
‒ European association of urology (EAU) : https://uroweb.org/
‒ American Urological Association (AUA) : https://www.auanet.org/
‒ Association des Urologues du Canada (CUA) : https://www.cua.org/fr/
‒ Urological Society of Australia and New Zealand (USANZ) : https://www.usanz.org.au/
‒ Société Française de Microbiologie (SFM) : https://www.sfm-microbiologie.org/
‒ Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française (SPILF) : https://www.infectiologie.com/
‒ Société Suisse d’Infectiologie (SSI) : https://www.sginf.ch/
‒ Belgian Society of Microbiology (BSM) : https://belsocmicrobio.be/
‒ British Infection Association (BIA) : https://www.britishinfection.org/
‒ European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID):
https://www.escmid.org/
‒ European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) : https://eucast.org/
‒ Association of Medical Microbiology and Infectious Disease Canada (AMMI):
https://www.ammi.ca/
‒ National Collaborating Centre for Infectious Diseases (NCCID) : https://nccid.ca/
‒ Infectious Diseases Society of America (IDSA) : https://www.idsociety.org/
‒ Australasian Society for Infectious Diseases (ASID) : https://www.asid.net.au/
octobre 2023 45
Annexe 3. Qualité méthodologique des recommandations retenues
Promoteur, Titre Recherche Thème Gradation Groupe Relecture / Validation externe Déclarations
systématique de utilisée d’intérêts
année, explicitement décrit d’experts (O/N)
la littérature (O/N)
(O/N) (O/N) pluridisciplinaire
référence, (O/N)
(O/N)
pays
SPILF, 2022, Actualisation de la Non : le document Oui : saisine de la Non Oui : groupe des Le document liste les auteurs et Oui, les liens
[22], France liste des repose Direction Générale de recommandations de relecteurs, mais sans les d’intérêt ont
antibiotiques principalement la Santé pour la Société de distinguer précisément été déclarés
critiques disponibles sur l’avis actualiser la liste des pathologie infectieuse et sont listés
en France pour d’experts antibiotiques critiques de langue française dans le
l’exercice libéral ET publiée en 2013 et (SPILF), comprenant document
en établissements de précédemment mise à infectiologues, lorsqu’ils
santé jour en 2015 par microbiologistes, existent
– Comité des l’ANSM réanimateurs et
référentiels de la pédiatres
SPILF –
Janvier 2022
SPILF, 2018, Recommandations Non précisé Oui : actualisation des Oui : Oui : document réalisé Le document précise que les Oui, les liens
[37], France pour la prise en recommandations de méthodologi sous l’égide de la membres des groupes de travail d’intérêt ont
charge des infections prise en charge des e Société de pathologie et de relecture font partie des été déclarés
urinaires infections urinaires « GRADE », infectieuse de langue sociétés suivantes : Association et sont listés
communautaires de (IU) bactériennes selon le française (SPILF) avec française d’urologie (AFU), dans le
l’adulte communautaires de niveau de des experts des Société Française de document
l’adulte publiées preuve et la disciplines Microbiologie (SFM), Collège lorsqu’ils
initialement en 2014 force des concernées : national des généralistes existent
et complétées en recommanda infectiologie, enseignants (CNGE), Société
2015 tions microbiologie, Française de Radiologie (SFR),
urologie, médecine Société française de
générale, gériatrie et gynécologie (SFG), Groupe de
radiologie pathologie infectieuse (GPIP)
de la Société française de
pédiatrie (SFP), Société
française de gériatrie et
gérontologie (SFGG).
HAS, 2019, Antibiothérapie des Oui, recherche Oui, recommandation Oui : Oui, 21 experts Oui, experts français de Oui, les
[40], France infections à Medline sur la de bonne pratique méthodologi français de plusieurs plusieurs disciplines pour le membres du
entérobactéries et à période janvier (RBP) sur le e disciplines pour le groupe de travail groupe de
Pseudomonas 1984 – octobre traitement des « GRADE », groupe de travail (infectiologues, internistes, travail ont
aeruginosa chez 2018, limitée aux infections à bacilles selon le (infectiologues, urgentistes, réanimation, communiqué
l’adulte : place des publications en Gram négatif (BGN) niveau de internistes, microbiologistes, urologue, leurs
carbapénèmes et de langue anglaise et résistants aux preuve et la urgentistes, chirurgiens, pneumologues) déclarations
leurs alternatives française céphalosporines de force des réanimation, publiques
3e génération (C3G). recommanda microbiologistes) d’intérêts à la
tions HAS
Le champ de cette
recommandation
comprend les
entérobactéries et
Pseudomonas
aeruginosa
producteurs de bêta-
lactamase à spectre
étendu (BLSE) ou
d’une
céphalosporinase
hyperproduite
IDSA, 2021, Infectious Diseases Non, le document Oui, la Non Non, panel de Non Oui, les liens
[45], USA Society of America repose recommandation a 6 experts américains d’intérêt ont
Guidance on the principalement pour but d’apporter spécialistes en été déclarés
Treatment of sur l’avis une aide à la prise de maladies infectieuses et sont listés
Extended-Spectrum d’experts, fondé décision pour le dans le
β-lactamase sur une recherche traitement des document
Producing bibliographique infections à lorsqu’ils
Enterobacterales détaillée, mais entérobactéries existent
(ESBL-E), non productrices de BLSE
Carbapenem- nécessairement ou de
Resistant exhaustive carbapénémases, et
Enterobacterales Pseudomonas
(CRE), and aeruginosa multi-
Pseudomonas résistants
aeruginosa with
Difficult-to-Treat
Resistance (DTR-P.
aeruginosa)
IDSA, 2021, Infectious Diseases Non, le document Oui, la Non Non, panel de N Oui, les liens
[46], USA Society of America repose recommandation a 6 experts américains d’intérêt ont
Guidance on the principalement pour but d’apporter spécialistes en été déclarés
Treatment of AmpC sur l’avis une aide à la prise de maladies infectieuses, et sont listés
β-lactamase- d’experts, fondé décision pour le microbiologie clinique, dans le
Producing sur une recherche traitement des document
Enterobacterales, bibliographique infections à lorsqu’ils
Carbapenem- détaillée, mais entérobactéries existent
Resistant non productrices d’AmpC,
Acinetobacter nécessairement Acinetobacter
baumannii, and exhaustive baumannii résistant
Stenotrophomonas aux carbapénèmes et
maltophilia Infections S. maltophilia
ESCMID, European Society of Oui, recherche Oui, la Oui : Oui, panel de Non précisé de façon formelle, Oui, les liens
2021, [47], clinical microbiology systématique recommandation a méthodologi 21 experts mais remerciement des 5 d’intérêt ont
Europe and infectious jusqu’en pour but d’apporter e internationaux reviewers et des 18 personnes été déclarés
diseases (ESCMID) décembre 2019 des indications claires « GRADE », spécialistes en ayant contribué sous forme de et sont listés
guidelines for the via PubMed, pour le traitement des selon le maladies infectieuses, commentaires à la consultation dans le
treatment of Cochrane infections liées aux niveau de soins intensifs, et ouverte par l’ESCMID document
infections caused by Database of bactéries à Gram preuve et la pharmacologie lorsqu’ils
Multidrug-resistant Systematic négatif multi- force des existent
Gram-negative bacilli Reviews, résistantes aux recommanda
(endorsed by ESICM Cochrane Central antibiotiques tions
–European Society Register of
of intensive care Controlled Trials,
Medicine) ClinicalTrials.gov,
et FDA drug
approval
documents ;
ajouts d’articles
significatifs
jusqu’au 12 juillet
2021
Royal College Selective Reporting Non Oui, le but de cette Non Non, panel de Non précisé de façon formelle, Non
of Pathologists of Antimicrobials in recommandation est 8 experts mais consultation ouverte au
of Australasia Australia de promouvoir le bon « Pathologistes » sein du RCPA (Royal College of
(RCPA), 2021, usage des australiens Pathologists of Australasia)
[39], antibiotiques en avec 16 réponses reçues, et
Australasie proposant des document ouvert à
schémas commentaires auprès de la
d’antibiogramme société australienne de
urinaires restreints maladies infectieuses et du
réseau néo-zélandais de
microbiologie
Annexe 4. Qualité méthodologique des revues de la littérature retenues
Auteur, Objectifs Recherche Critères de Analyse des Nombre Conclusions des Niveau de
sélection des articles d’articles inclus auteurs preuve
année, de la revue systématique systématique
articles explicités cohérentes avec
Type d’études Commentaires
référence, pays de la les données de
littérature (nombre de la littérature
patients) présentées
population
Woerther, 2018, Synthétiser les éléments de preuve Oui, PubMed Non précisé Non précisé de 84 références Oui Non précisé
[52], France disponibles au sujet de l’impact des jusqu’en juin manière réparties sur les
carbapénèmes et des principales β- 2017 systématique différentes
lactamines actives sur les infections à E- thématiques de la
BLSE sur le microbiote intestinal revue, pas de
précision
systématique sur
les articles
sélectionnés
Tebano, 2020, Résumer les preuves existantes sur Oui, Medline Oui, sélection Oui, tout type 20 références : 1 Oui Non précisé
[71], France l’antibiogramme ciblé, en particulier jusqu’en initiale sur la d’étude portant étude randomisée
concernant : l’impact sur la prescription novembre base du titre ou sur la contrôlée ; 7
d’antibiotiques, la résistance aux 2018 de la lecture des thématique de études
antibiotiques et l’incidence de l’infection à abstracts, puis l’antibiogramme interventionnelles
Clostridium difficile ; les risques associés et sélection basée ciblé prospectives ou
les éventuelles conséquences imprévues ; sur la lecture des rétrospectives
faisabilité et obstacles à la mise en œuvre ; textes complets « avant-après »
acceptabilité ; et son implémentation des articles 4 études de type
initialement « vignettes
retenus cliniques »
2 études
observationnelles
prospectives
5 études basées
sur des
questionnaires de
pratique, 1 étude
qualitative
Langford, 2019, Identifier les arguments qui permettent de Oui, Medline, Oui, critères Oui tout type 15 références : 10 Oui NA
[25], Canada démontrer l’utilité des stratégies Embase, d’exclusion d’étude portant études de type
d’antibiogrammes ciblés pour améliorer le PsycINFO, e précisés sur la pré/post
bon usage des antibiotiques EBM Reviews thématique de intervention,
l’antibiogramme 4 études de
ciblé, à cohorte
l’exclusion des rétrospectives,
études de type 1 étude
« vignettes randomisée
cliniques » contrôlée
Références bibliographiques
1. Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in
2019: a systematic analysis. Lancet 2022, 399(10325):629-655.
2. European Commission. EU action on antimicrobial resistance.
https://ec.europa.eu/health/antimicrobial-resistance/eu-action-antimicrobial-resistance_en.
3. World Health Organization. 10 global health issues to track in 2021. 2020.
https://www.who.int/news-room/spotlight/10-global-health-issues-to-track-in-2021.
4. Santé Publique France. Résistance aux antibiotiques.
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/infections-associees-aux-soins-
et-resistance-aux-antibiotiques/resistance-aux-antibiotiques. .
5. Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat
M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M et al. Attributable deaths and disability-
adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the
European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis
2019, 19(1):56-66.
6. Ministère de la santé. Plan national d’alerte sur les antibiotiques 2011-2016.
https://sante.gouv.fr/IMG/pdf/plan_antibiotiques_2011-2016_.pdf.
7. Dyar OJ, Huttner B, Schouten J, Pulcini C, Esgap. What is antimicrobial stewardship? Clin
Microbiol Infect 2017, 23(11):793-798.
8. Comité interministériel pour la santé. Feuille de route interministérielle pour la maîtrise de
l’antibiorésistance (17 novembre 2016).
https://sante.gouv.fr/IMG/pdf/feuille_de_route_antibioresistance_nov_2016.pdf.
9. Ministère de la santé. Stratégie nationale 2022-2025 de prévention des infections et de
l’antibiorésistance. https://sante.gouv.fr/IMG/pdf/strategie_nationale_2022-
2025_prevention_des_infections_et_de_l_antibioresistance.pdf.
10. Inspection Générale des Affaires Sociales. Rapport IGAS N°2022-055R, Évaluation et
préparation de l'actualisation de la feuille de route interministérielle 2016 pour la maîtrise de
l'antibiorésistance, avril 2022.
https://www.igas.gouv.fr/IMG/pdf/rapport_antibioresistance_.pdf.
11. European Commission. EU Action on Antimicrobial Resistance.
https://health.ec.europa.eu/antimicrobial-resistance/eu-action-antimicrobial-resistance_en.
12. Barlam TF, Cosgrove SE, Abbo LM, MacDougall C, Schuetz AN, Septimus EJ, Srinivasan A,
Dellit TH, Falck-Ytter YT, Fishman NO et al. Implementing an antibiotic stewardship program:
guidelines by the Infectious Diseases Society of America and the Society for Healthcare
Epidemiology of America. Clin Infect Dis 2016, 62(10):e51-77.
13. Santé Publique France. La consommation d’antibiotiques en secteur de ville en France 2009 –
2019, synthèse préliminaire des indicateurs disponibles sous Géodes.
et-resistance-aux-antibiotiques/resistance-aux-antibiotiques/documents/rapport-synthese/la-
consommation-d-antibiotiques-en-secteur-de-ville-en-france-2009-2019.-synthese-
preliminaire-des-indicateurs-disponibles-sous-geodes.
14. Santé Publique France. Surveillance de la consommation des antibiotiques et des résistances
bactériennes en établissement de santé, mission SPARES, résultats 2019.
et-resistance-aux-antibiotiques/resistance-aux-antibiotiques/documents/enquetes-
etudes/surveillance-de-la-consommation-des-antibiotiques-et-des-resistances-bacteriennes-
en-etablissement-de-sante.-mission-spares-resultats-2019.
15. Santé Publique France. Données de surveillance : consommation d’antibiotiques en secteur de
ville en France, 2011-2021. https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-
traumatismes/infections-associees-aux-soins-et-resistance-aux-antibiotiques/resistance-aux-
antibiotiques/documents/rapport-synthese/consommation-d-antibiotiques-en-secteur-de-ville-
en-france-2011-2021.
16. Santé Publique France. Surveillance de la consommation des antibiotiques et des résistances
bactériennes en établissements de santé. Mission SPARES. Résultats synthétiques, année
2021. https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/infections-associees-aux-
octobre 2023 52
soins-et-resistance-aux-antibiotiques/infections-associees-aux-soins/documents/enquetes-
etudes/surveillance-de-la-consommation-des-antibiotiques-et-des-resistances-bacteriennes-
en-etablissements-de-sante.-mission-spares.-resultats-synthetique.
17. Santé Publique France. Surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques en soins
de ville et en établissements d’hébergement pour personnes âgées dépendantes. Mission
PRIMO. Année 2020. https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/infections-
associees-aux-soins-et-resistance-aux-antibiotiques/resistance-aux-
antibiotiques/documents/rapport-synthese/surveillance-de-la-resistance-bacterienne-aux-
antibiotiques-en-soins-de-ville-et-en-etablissements-pour-personnes-agees-dependantes.-
mission-primo2.
18. Santé Publique France. Surveillance de l’antibiorésistance en établissements de santé, mission
SPARES, résultats 2020.
https://www.santepubliquefrance.fr/view/content/423397/full/1/498986.
19. Santé Publique France. Surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques en soins
de ville et en établissements pour personnes âgées dépendantes. Mission PRIMO. Année
2021. https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/infections-associees-aux-
soins-et-resistance-aux-antibiotiques/infections-associees-aux-soins/documents/enquetes-
etudes/surveillance-de-la-resistance-bacterienne-aux-antibiotiques-en-soins-de-ville-et-en-
etablissements-pour-personnes-agees-dependantes.-mission-primo.
20. Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Caractérisation des
antibiotiques considérés comme « critiques» (novembre 2013). https://ansm.sante.fr/dossiers-
thematiques/les-antibiotiques/lantibioresistance.
21. Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Liste des antibiotiques
critiques, actualisation 2015 (février 2016). https://ansm.sante.fr/dossiers-thematiques/les-
antibiotiques/lantibioresistance.
22. Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française. Actualisation de la liste des
antibiotiques critiques disponibles en France pour l’exercice libéral et en établissements de
santé (Comité des référentiels de la SPILF, janvier 2022).
https://www.infectiologie.com/UserFiles/File/spilf/recos/saisine-dgs-atb-critique-9-fev-22-
v3.pdf.
23. Musgrove MA, Kenney RM, Kendall RE, Peters M, Tibbetts R, Samuel L, Davis SL.
Microbiology comment nudge improves pneumonia prescribing. Open Forum Infect Dis 2018,
5(7):ofy162.
24. Katchanov J, Kluge S, MacKenzie CR, Kaasch AJ. "Nudging" in microbiological reports: a
strategy to improve prescribing. Infection 2017, 45(1):123-127.
25. Langford BJ, Leung E, Haj R, McIntyre M, Taggart LR, Brown KA, Downing M, Matukas LM.
Nudging in microbiology laboratory evaluation (NIMBLE): a scoping review. Infect Control Hosp
Epidemiol 2019, 40(12):1400-1406.
26. Herman DJ, Sarabia A, Chan H, Graham C. Changing results to change results: nudging
antimicrobial prescribing for Clostridium difficile. Open Forum Infect Dis 2021, 8(6):ofaa605.
27. Barenfanger J, Arakere P, Cruz RD, Imran A, Drake C, Lawhorn J, Verhulst SJ, Khardori N.
Improved outcomes associated with limiting identification of Candida spp. in respiratory
secretions. J Clin Microbiol 2003, 41(12):5645-5649.
28. Leis JA, Rebick GW, Daneman N, Gold WL, Poutanen SM, Lo P, Larocque M, Shojania KG,
McGeer A. Reducing antimicrobial therapy for asymptomatic bacteriuria among
noncatheterized inpatients: a proof-of-concept study. Clin Infect Dis 2014, 58(7):980-983.
29. Cunney R, Aziz HA, Schubert D, McNamara E, Smyth E. Interpretative reporting and selective
antimicrobial susceptibility release in non-critical microbiology results. J Antimicrob Chemother
2000, 45(5):705-708.
30. Brodowy BA, Guglielmo BJ, York MK, Herfindal ET, Brooks GF. Experience with selective
reporting of susceptibility to antimicrobial agents. Am J Hosp Pharm 1989, 46(9):1816-1818.
31. Steffee CH, Morrell RM, Wasilauskas BL. Clinical use of rifampicin during routine reporting of
rifampicin susceptibilities: a lesson in selective reporting of antimicrobial susceptibility data. J
Antimicrob Chemother 1997, 40(4):595-598.
32. Davey P, Brown E, Fenelon L, Finch R, Gould I, Hartman G, Holmes A, Ramsay C, Taylor E,
Wilcox M et al. Interventions to improve antibiotic prescribing practices for hospital inpatients.
Cochrane Database Syst Rev 2005(4):CD003543.
octobre 2023 53
33. Tan TY, McNulty C, Charlett A, Nessa N, Kelly C, Beswick T. Laboratory antibiotic susceptibility
reporting and antibiotic prescribing in general practice. J Antimicrob Chemother 2003,
51(2):379-384.
34. Kahlmeter G, Thilly N, Pulcini C. Selective reporting of antibiotic susceptibility testing results:
less is more. Clin Microbiol Infect 2021, 27(4):503-505.
35. Morency-Potvin P, Schwartz DN, Weinstein RA. Antimicrobial Stewardship: How the
Microbiology Laboratory Can Right the Ship. Clin Microbiol Rev 2017, 30(1):381-407.
36. World Health Organization. Antimicrobial resistance. https://www.who.int/news-room/fact-
sheets/detail/antimicrobial-resistance.
37. Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF). Practice guidelines for the
management of adult community-acquired urinary tract infections. Med Mal Infect 2018,
48(5):327-358.
38. Société Française de Microbiologie. Comité de l’antibiogramme. Annexe 5, Antibiogramme
ciblé pour les ECBU à Enterobacterales, recommandations CA-SFM, v1.0 juin 2023.
https://www.sfm-microbiologie.org/boutique/comite-de-lantibiograme-de-la-sfm-casfm/.
39. Royal College of Pathologists of Australasia (RCPA). Selective reporting of antimicrobials in
Australia, 2nd edition (v. 2.0), avril 2021. https://www.rcpa.edu.au/getattachment/fdc6ceac-
5993-4262-8284-f3aada95255e/Selective-Reporting-of-Antimicrobials.aspx.
40. Haute Autorité de santé, Société de pathologie infectieuse de langue française et Société de
Réanimation de Langue Française. Antibiothérapie des infections à entérobactéries et à
Pseudomonas aeruginosa chez l’adulte : place des carbapénèmes et de leurs alternatives.
Texte des recommandations. Saint-Denis La Plaine: HAS; 2019. https://www.has-
sante.fr/jcms/c_2968915/fr/antibiotherapie-des-infections-a-enterobacteries-et-a-
pseudomonas-aeruginosa-chez-l-adulte-place-des-carbapenemes-et-de-leurs-alternatives.
41. Ruppe E, Burdet C, Grall N, de Lastours V, Lescure FX, Andremont A, Armand-Lefevre L.
Impact of antibiotics on the intestinal microbiota needs to be re-defined to optimize antibiotic
usage. Clin Microbiol Infect 2018, 24(1):3-5.
42. European Medicines Agency. Disabling and potentially permanent side effects lead to
suspension or restrictions of quinolone and fluoroquinolone antibiotics, European Medicines
Agency (reference 795349/2018), 16 novembre 2018.
43. Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Fluoroquinolones par
voie systémique ou inhalée : risque de survenue d'anévrisme et de dissection aortique - Lettre
aux professionnels de santé, octobre 2018. https://ansm.sante.fr/informations-de-
securite/fluroquinolones-par-voie-systemique-ou-inhalee-risque-de-survenue-danevrisme-et-
de-dissection-aortique.
44. Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Antibiotiques de la
famille des fluoroquinolones administrés par voie systémique et inhalée : risque de
régurgitation/insuffisance des valves cardiaques - Lettre aux professionnels de santé, octobre
2020. https://ansm.sante.fr/informations-de-securite/antibiotiques-de-la-famille-des-
fluoroquinolones-administres-par-voie-systemique-et-inhalee-risque-de-regurgitation-
insuffisance-des-valves-cardiaques.
45. Tamma PD, Aitken SL, Bonomo RA, Mathers AJ, van Duin D, Clancy CJ. Infectious Diseases
Society of America guidance on the treatment of extended-spectrum beta-lactamase producing
Enterobacterales (ESBL-E), carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE), and
Pseudomonas aeruginosa with difficult-to-treat resistance (DTR-P. aeruginosa). Clin Infect Dis
2021, 72(7):e169-e183.
46. Tamma PD, Aitken SL, Bonomo RA, Mathers AJ, van Duin D, Clancy CJ. Infectious Diseases
Society of America Guidance on the treatment of AmpC beta-lactamase-producing
Enterobacterales, carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, and Stenotrophomonas
maltophilia infections. Clin Infect Dis 2021.
47. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Paul M, Carrara E,
Retamar P, Tangden T, Bitterman R, Bonomo RA, de Waele J, Daikos GL, Akova M et al.
ESCMID guidelines for the treatment of infections caused by multidrug-resistant Gram-negative
bacilli (endorsed by European society of intensive care medicine). Clin Microbiol Infect 2022,
28(4):521-547.
48. Société Française de Microbiologie. REMIC 2022, 7e édition : Infections urinaires, p. 229-248.
In., edn.
octobre 2023 54
49. Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Fluoroquinolones : à ne
prescrire que pour des infections sévères - Lettre aux professionnels de santé, mai 2023.
https://ansm.sante.fr/informations-de-securite/fluoroquinolones-a-ne-prescrire-que-pour-des-
infections-severes.
50. Alertes ANSM sur les effets indésirables des fluoroquinolones – dossier thématique.
https://ansm.sante.fr/dossiers-thematiques/fluoroquinolones.
51. Société Française de Microbiologie. Comité de l’antibiogramme. Chapitre 5.1 Enterobacterales,
recommandations CA-SFM, v1.0 juin 2023. https://www.sfm-
microbiologie.org/boutique/comite-de-lantibiograme-de-la-sfm-casfm/.
52. Woerther PL, Lepeule R, Burdet C, Decousser JW, Ruppe E, Barbier F. Carbapenems and
alternative beta-lactams for the treatment of infections due to extended-spectrum beta-
lactamase-producing Enterobacteriaceae: What impact on intestinal colonisation resistance?
Int J Antimicrob Agents 2018, 52(6):762-770.
53. Yang L, Bajinka O, Jarju PO, Tan Y, Taal AM, Ozdemir G. The varying effects of antibiotics on
gut microbiota. AMB Express 2021, 11(1):116.
54. Ziegler M, Han JH, Landsburg D, Pegues D, Reesey E, Gilmar C, Gorman T, Bink K, Moore A,
Kelly BJ et al. Impact of levofloxacin for the prophylaxis of bloodstream infection on the gut
microbiome in patients with hematologic malignancy. Open Forum Infect Dis 2019, 6(7):ofz252.
55. Morjaria S, Schluter J, Taylor BP, Littmann ER, Carter RA, Fontana E, Peled JU, van den Brink
MRM, Xavier JB, Taur Y. Antibiotic-induced shifts in fecal microbiota density and composition
during hematopoietic stem cell transplantation. Infect Immun 2019, 87(9).
56. Haak BW, Lankelma JM, Hugenholtz F, Belzer C, de Vos WM, Wiersinga WJ. Long-term impact
of oral vancomycin, ciprofloxacin and metronidazole on the gut microbiota in healthy humans.
J Antimicrob Chemother 2019, 74(3):782-786.
57. Yang JJ, Wang JT, Cheng A, Chuang YC, Sheng WH. Impact of broad-spectrum antimicrobial
treatment on the ecology of intestinal flora. J Microbiol Immunol Infect 2018, 51(5):681-687.
58. Su C, Liu Y, Zhang H, Xiao B, Ba T. Investigation of the effects of antibiotic application on the
intestinal flora in elderly hypertension patients with infectious diseases. Iran J Public Health
2018, 47(3):335-341.
59. Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK, Kashani A, Allin KH, Nielsen T, Hansen TH, Liang S,
Feng Q, Zhang C et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic
exposure. Nat Microbiol 2018, 3(11):1255-1265.
60. Staley C, Vaughn BP, Graiziger CT, Sadowsky MJ, Khoruts A. Gut-sparing treatment of urinary
tract infection in patients at high risk of Clostridium difficile infection. J Antimicrob Chemother
2017, 72(2):522-528.
61. Raymond F, Ouameur AA, Deraspe M, Iqbal N, Gingras H, Dridi B, Leprohon P, Plante PL,
Giroux R, Berube E et al. The initial state of the human gut microbiome determines its reshaping
by antibiotics. ISME J 2016, 10(3):707-720.
62. Bernard J, Armand-Lefevre L, Luce E, El Mniai A, Chau F, Casalino E, Andremont A, Ruppe E.
Impact of a short exposure to levofloxacin on faecal densities and relative abundance of total
and quinolone-resistant Enterobacteriaceae. Clin Microbiol Infect 2016, 22(7):646 e641-644.
63. Rashid MU, Zaura E, Buijs MJ, Keijser BJ, Crielaard W, Nord CE, Weintraub A. Determining
the long-term effect of antibiotic administration on the human normal intestinal microbiota using
culture and pyrosequencing methods. Clin Infect Dis 2015, 60 Suppl 2:S77-84.
64. Rashid MU, Rosenborg S, Panagiotidis G, Lofdal KS, Weintraub A, Nord CE. Ecological effect
of ceftazidime/avibactam on the normal human intestinal microbiota. Int J Antimicrob Agents
2015, 46(1):60-65.
65. Kelly SA, Nzakizwanayo J, Rodgers AM, Zhao L, Weiser R, Tekko IA, McCarthy HO, Ingram
RJ, Jones BV, Donnelly RF et al. Antibiotic therapy and the gut microbiome: investigating the
effect of delivery route on gut pathogens. ACS Infect Dis 2021, 7(5):1283-1296.
66. Mulder M, Radjabzadeh D, Kiefte-de Jong JC, Uitterlinden AG, Kraaij R, Stricker BH, Verbon
A. Long-term effects of antimicrobial drugs on the composition of the human gut microbiota.
Gut Microbes 2020, 12(1):1795492.
67. Stewardson AJ, Gaia N, Francois P, Malhotra-Kumar S, Delemont C, Martinez de Tejada B,
Schrenzel J, Harbarth S, Lazarevic V, Saturn WP et al. Collateral damage from oral
ciprofloxacin versus nitrofurantoin in outpatients with urinary tract infections: a culture-free
analysis of gut microbiota. Clin Microbiol Infect 2015, 21(4):344 e341-311.
octobre 2023 55
68. Meletiadis J, Turlej-Rogacka A, Lerner A, Adler A, Tacconelli E, Mouton JW, the SDSG.
Amplification of antimicrobial resistance in gut flora of patients treated with ceftriaxone.
Antimicrobial agents and chemotherapy 2017, 61(11).
69. Graham M, Graves D, Cooley L, Elvy J, Kelley P, Maley M, Porter M, Robson J, Turnidge J.
Establishment of RCPA national guidelines for selective reporting of antimicrobials: processes,
challenges and measuring the impact. J Antimicrob Chemother 2022.
70. New Zealand Microbiology Network. Guideline for reporting of antimicrobials for New Zealand
microbiology laboratories. Version 1.0, December 2020.
https://www.nzmn.org.nz/assets/NZMN/NZ-version-selective-reporting-July2021.pdf.
71. Tebano G, Mouelhi Y, Zanichelli V, Charmillon A, Fougnot S, Lozniewski A, Thilly N, Pulcini C.
Selective reporting of antibiotic susceptibility testing results: a promising antibiotic stewardship
tool. Expert Rev Anti Infect Ther 2020, 18(3):251-262.
72. Morado F, Wong DW. Applying diagnostic stewardship to proactively optimize the management
of urinary tract infections. Antibiotics (Basel) 2022, 11(3).
73. Bourdellon L, Thilly N, Fougnot S, Pulcini C, Henard S. Impact of selective reporting of antibiotic
susceptibility test results on the appropriateness of antibiotics chosen by French general
practitioners in urinary tract infections: a randomised controlled case-vignette study. Int J
Antimicrob Agents 2017, 50(2):258-262.
74. Coupat C, Pradier C, Degand N, Hofliger P, Pulcini C. Selective reporting of antibiotic
susceptibility data improves the appropriateness of intended antibiotic prescriptions in urinary
tract infections: a case-vignette randomised study. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2013,
32(5):627-636.
75. Daley P, Garcia D, Inayatullah R, Penney C, Boyd S. Modified reporting of positive urine
cultures to reduce inappropriate treatment of asymptomatic bacteriuria among nonpregnant,
noncatheterized inpatients: a randomized controlled trial. Infect Control Hosp Epidemiol 2018,
39(7):814-819.
76. Liao S, Rhodes J, Jandarov R, DeVore Z, Sopirala MM. Out of sight-out of mind: impact of
cascade reporting on antimicrobial usage. Open Forum Infect Dis 2020, 7(2):ofaa002.
77. Langford BJ, Seah J, Chan A, Downing M, Johnstone J, Matukas LM. Antimicrobial stewardship
in the microbiology laboratory: impact of selective susceptibility reporting on ciprofloxacin
utilization and susceptibility of Gram-negative isolates to ciprofloxacin in a hospital setting. J
Clin Microbiol 2016, 54(9):2343-2347.
78. Vissichelli NC, Orndahl CM, Cecil JA, Hill EM, Hitchcock MM, Sabo RT, Stevens MP, Tassone
D, Vaughan LB, Markley JD. Impact of cascade reporting of antimicrobial susceptibility on
fluoroquinolone and meropenem consumption at a Veterans' Affairs medical center. Infect
Control Hosp Epidemiol 2022, 43(2):199-204.
79. Pulcini C, Tebano G, Mutters NT, Tacconelli E, Cambau E, Kahlmeter G, Jarlier V, Group E-E-
ESRW. Selective reporting of antibiotic susceptibility test results in European countries: an
ESCMID cross-sectional survey. Int J Antimicrob Agents 2017, 49(2):162-166.
80. Pratt CL, Rehan Z, Xing L, Gilbert L, Fillier B, Barrett B, Daley P. Modified reporting of positive
urine cultures to reduce inappropriate antibiotic treatment of catheter-associated asymptomatic
bacteriuria (CA-ASB) among inpatients, a randomized controlled trial. Infect Control Hosp
Epidemiol 2021, 42(10):1221-1227.
81. McNulty CA, Lasseter GM, Charlett A, Lovering A, Howell-Jones R, Macgowan A, Thomas M.
Does laboratory antibiotic susceptibility reporting influence primary care prescribing in urinary
tract infection and other infections? J Antimicrob Chemother 2011, 66(6):1396-1404.
82. Langford BJ, Daneman N, Diong C, Marchand-Austin A, Adomako K, Saedi A, Schwartz KL,
Johnstone J, MacFadden DR, Matukas LM et al. Antibiotic susceptibility reporting and
association with antibiotic prescribing: a cohort study. Clin Microbiol Infect 2021, 27(4):568-575.
83. Ng WHW, Chew KL, Yong JHY, Li JX. Impact of antibiotic susceptibility reporting on broad
spectrum antibiotic use in Serratia and Morganella bacteremia. J Chemother 2022:1-8.
84. Johnson LS, Patel D, King EA, Maslow JN. Impact of microbiology cascade reporting on
antibiotic de-escalation in cefazolin-susceptible Gram-negative bacteremia. Eur J Clin Microbiol
Infect Dis 2016, 35(7):1151-1157.
85. Le Dref G, Simon M, Bocquier A, Fougnot S, Kivits J, Duda A, Pulcini C, Thilly N, dagger AN-
cSC. Selective reporting of antibiotic susceptibility testing results for urine cultures: feasibility
octobre 2023 56
and acceptability by general practitioners and laboratory professionals in France. JAC
Antimicrob Resist 2023, 5(1):dlad013.
86. Binda F, Fougnot S, De Monchy P, Fagot-Campagna A, Pulcini C, Thilly N, Committee A-CS.
Impact of selective reporting of antibiotic susceptibility test results in urinary tract infections in
the outpatient setting: a protocol for a pragmatic, prospective quasi-experimental trial. BMJ
Open 2019, 8(11):e025810.
87. Simon M, Fougnot S, De Monchy P, Duda A, Thilly N, Pulcini C, Committee AN-cS. Impact of
selective reporting of antibiotic susceptibility testing results for urinary tract infections in the
outpatient setting: a prospective controlled before-after intervention study. Clin Microbiol Infect
2023, 29(7):897-903.
octobre 2023 57
Participants
Les organismes professionnels et associations de patients et d’usagers ont été sollicités pour proposer
des experts conviés à titre individuel dans les groupes de travail/lecture :
Société française de microbiologie (SFM) et Comité de l’antibiogramme de la SFM (CA-SFM)
Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF)
Groupe de travail
Dr André Birgy, microbiologiste, CHU Robert Dr Frédéric Schramm, microbiologiste, CHU de
Debré, AP-HP, Paris Strasbourg
Dr Alexandre Charmillon, infectiologue, CHRU de Sabine Benoliel, Cheffe de projet HAS, Saint-
Nancy Denis
Dr Vanina Meyssonnier, infectiologue, Hôpitaux
universitaires de Genève, Suisse
Groupe de lecture
Dr Guillaume Aubin, biologiste-microbiologiste, Dr Laurence Maulin, infectiologue, CH d’Aix-en-
Trélazé Provence
Pr Franck Bruyère, urologue, CHU de Tours Pr Audrey Mérens, biologiste, HIA Bégin, Saint-
Mandé
Dr Julien Cadenet, biologiste-microbiologiste,
Torcy Dr Geoffroy Rousseau, médecin urgentiste, CHU
de Tours
Dr Anne-Sophie Daubié, microbiologiste, Vitry-
sur-Seine Dr Delphine Poitrenaud, infectiologue, Centre
hospitalier d’Ajaccio
Dr Damien Gonthier, médecin généraliste, Laxou
Dr Emmanuelle Varon, biologiste, CHI de Créteil
Dr Stéphanie Larramendy, médecin généraliste,
Nantes Dr Fanny Vuotto, infectiologue, CHU de Lille
Dr Philippe Lesprit, infectiologue, CHU de
Grenoble Alpes
Dr Fouad Madhi, infectiologue pédiatre, CHI de
Créteil et Saint-Maur-des-Fossés
Remerciements
La HAS tient à remercier l’ensemble des participants cités ci-dessus.
octobre 2023 58
Abréviations et acronymes
ANAES Agence nationale d’accréditation et d’évaluation de la santé
ANSM Agence Nationale de Sécurité du Médicament
BLSE β-lactamase à spectre étendu
C3G Céphalosporines de 3e génération
CA-SFM Comité de l’antibiogramme de la SFM
CMI Concentration minimale inhibitrice
DDJ Dose définie journalière
DGS Direction Générale de la santé
E-BLSE Entérobactéries productrices de BLSE
ECBU Examens cytobactériologiques des urines
ECDC European Center for Disease Prevention and Control
EMA European Medicines Agency
EPC Entérobactéries productrices de carbapénémases
ESCMID European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
GPIP Groupe de pathologie infectieuse pédiatrique
HAS Haute Autorité de santé
IC Intervalle de confiance
IDSA Infectious Diseases Society of America
IGAS Inspection Générale des Affaires Sociales
NA Non applicable
OMS Organisation Mondiale de la Santé
OR Odd ratio
RBP Recommandations de bonne pratique
RCPA Royal College of Pathologists of Australasia
Rémic Référentiel en microbiologie médicale
RPC Recommandation pour la pratique clinique
SFM Société française de microbiologie
SPILF Société de pathologie infectieuse de langue française
SRLF Société de Réanimation de Langue Française
octobre 2023 59
© Haute Autorité de santé – octobre 2023 – ISBN : 978-2-11-172090-9
Retrouvez tous nos travaux sur

www.has-sante.fr
Développer la qualité dans le champ

sanitaire, social et médico-social

Argumentaire Antibiogrammes Cibles

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Argumentaire Antibiogrammes Cibles

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Argumentaire Antibiogrammes Cibles

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

RECOMMANDER

LES BONNES PRATIQUES

Validé par le Collège le 5 octobre 2023

Grade des recommandations

Faible niveau de preuve

Demandeur Direction générale de la Santé (DGS)

Promoteur(s) SPILF et SFM

Pilotage du projet − Frédéric Schramm, André Birgy (SFM),

Recherche documentaire Mireille Cecchin (Documentaliste, HAS)

Auteurs − Frédéric Schramm, André Birgy, Alexandre Charmillon, Vanina Meyssonnier

Validation Version du 5 octobre 2023

Autres formats Recommandation

Table des annexes 35

1.1.3. Enjeux et objectifs

1.1.5. Délimitation du thème / questions à traiter

1.2.1. Groupe de travail et groupe de lecture externe

1.2.2. Coordination du projet

1.2.3. Gestion des conflits d’intérêts

2.2. Recherche documentaire

2.2.1. Sources d’informations

2.2.3. Critères de sélection

3.1.1. Analyse descriptive de la littérature : microbiote

3.1.1.1. Recommandations retenues

Tableau 1 : Résultats des recommandations sur l’impact de l’antibiothérapie sur le microbiote

Promoteur, année, Résultat de la Recommandation

Synthèse des recommandations retenues

Il est recommandé de rendre les carbapénèmes uniquement si aucune β-lactamines de

Il est recommandé de rendre les nouvelles associations avec inhibiteurs (ceftolozane-

Par ailleurs, la recommandation du CA-SFM précise que si une Enterobacterales du groupe 3

En l’absence de BLSE ou de résistance aux céphalosporines de 3e génération et si

3.1.1.2. Revues de la littérature retenue

Tableau 2 : Résultats de la revue sur l’impact de l’antibiothérapie sur le microbiote

Auteur, année, Résultat de la revue

Synthèse de la revue retenue :

3.1.1.3. Études cliniques retenues : Essais contrôlés randomisés, études

Les résultats de ces études sont présentés dans le tableau 3 ci-dessous.

Auteur, Méthode/Proto Population à l’étude Intervention Critères de jugement Résultats Niveau

3.1.2. Analyse descriptive de la littérature : antibiogramme ciblé

3.1.2.1. Recommandations retenues

Tableau 4 : Résultats des recommandations retenues sur les antibiogrammes ciblés

Promoteur, Résultats de la recommandation

Pour le traitement des pyélonéphrites et autres infections urinaires compliquées à E-BLSE :

ESCMID, Pour le traitement d’infections à Enterobacterales résistantes aux C3G :

Synthèse des recommandations

3.1.2.2. Revues de la littérature retenues

Auteur, année, Résultat de la revue

Synthèse des revues de la littérature :

3.1.2.3. Analyse des études cliniques (essais cliniques randomisés, études

Auteur, Méthode/Protocole Population Intervention Critères de jugement Résultats Niveau

3.2. Modalités et stratégies de mise en place des antibiogrammes

La surveillance épidémiologique de la résistance aux antibiotiques reste basée sur les

‒ Recherche dans les bases de données bibliographiques :

Type d’étude / Sujet Période de Nombre de

ANTIBIOGRAMMES CIBLÉS - ADULTES

Antibiogrammes ciblés sans limite 86

Étape 1 antibiogram*/ti,ab,motcleauteur OR (((antibacterial* OR anti*bacterial* OR

Etape 2 antibiogram*/ti,ab,motcleauteur OR (((antibacterial* OR anti*bacterial* OR

Étape 3 antibiogram*/ti OR ((susceptibility OR susceptibilities OR sensitivity OR

Étape 4 (child OR children OR childhood OR infant* OR infancy OR neonate* OR

Étape 1 antibiogram/ti,ab,motcleauteur OR (((antibacterial OR antibacterial OR

Etape 2 antibiogram/ti,ab,motcleauteur OR (((antibacterial OR antibacterial OR

Étape 7 antibiogram/ti,ab,mot-cleauteur OR (((antibacterial OR antibacterial OR

Étape 10 antibiogram/ti,ab,mot-cleauteur OR (((antibacterial OR antibacterial OR

Étape 14 (antibacterial* OR antibacterial OR antimicrobial* OR antimicrobial OR