Contrôle hydrodynamique de la formation des biofilms

en milieu eaux usées

Rime El Khatib

To cite this version:

Rime El Khatib. Contrôle hydrodynamique de la formation des biofilms en milieu eaux usées. Sciences
agricoles. Institut National Polytechnique de Lorraine, 2011. Français. �NNT : 2011INPL091N�. �tel-
01749490�

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 Laboratoire Environnement et Conseil National de Recherches
Minéralurgie

Ecole Nationale Supérieure de Géologie

Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie
des Ressources, Procédés, Produits et Environnement

Thèse
Présentée à
L’Institut National Polytechnique de Lorraine
Pour obtenir le grade de
Docteur de l’INPL
Spécialité: Géosciences
Par

Rime EL KHATIB

Contrôle hydrodynamique de la formation des

biofilms en milieu eaux usées

Soutenue publiquement le 17 Novembre 2011 devant la commission d’examen

Rapporteurs
Alain LINE Pofesseur INSA (Toulouse)
Nicolas BERNET DR INRA-LBE (Narbonne)
Examinateurs
François HUMBERT Professeur ESSTIN (Vandoeuvre)
Sophie AYRAULT CR-HDR LSCE-IPSL (Gif-sur-Yvette)
Antoine EL SAMRANI Professeur Université Libanaise (Liban)
Christian MUSTIN CR CNRS LIMOS (UHP/Vandoeuvre)
Directeurs de thèse
Bruno LARTIGES Professeur GET-Université de Toulouse
Salaheddine SKALI-LAMI MC-HDR LEMTA (INPL/Nancy)
 Remerciements

Je remercie avant tout le Conseil National de Recherches Scientifiques Libanais pour avoir financé ce
travail.

Ce travail, a été effectué au sein du Laboratoire Environnement et Minéralurgie, UMR CNRS-INPL 7569
dirigé par Mr Fabien Thomas à qui je tiens à adresser mes plus vifs remerciements pour son accueil dans son
unité de recherche et son aide durant cette thèse.

Un grand merci à mon directeur de thèse Prof. Bruno Lartiges qui m’a apporté sa compétence scientifique et
qui a su m'accompagner tout en m’accordant une grande liberté de travail. Je n’oublierai jamais ses conseils
scientifiques précieux, ses mots pour me remonter le moral pendant les périodes difficiles et surtout son
humanité exceptionnelle.

Mes sincères remerciements à mon co-directeur de thèse, Monsieur Salaheddine Skali-

Skali-Lami,
Lami Maître de
Conférences à l’'ESSTIN, qui m’a accordé de son temps et qui m’a fait bénéficier de toute son expérience
dans le domaine de l’hydrodynamique, sans ses réunions précieuses je n'aurais pu assimiler cette partie de
ma thèse.

Je remercie également Monsieur Christian Mustin,

Mustin Directeur de recherches au CNRS, pour sa grande
disponibilité lors des acquisitions des images en microscopie confocale et surtout la partie traitement
d’images dans laquelle il m’a transmis toutes ses connaissances sans hésitation.

Je présente également mes sincères remerciements à Monsieur Guillaume Caumon

Caumon,
umon Directeur du Consortium
GOCAD et Monsieur Christophe Antoine,
Antoine pour m’avoir aidé lors de l’application des scripts au logiciel
GOCAD®, pour leur grande disponibilité et pour m’avoir accueillie dans leur laboratoire pour réaliser les
traitements d’images.

Mes sincères remerciements à Monsieur Nicolas BerneT,

BerneT Directeur de recherches au INRA-LBE, et
Monsieur Alain Liné,
Liné Professeur à l’INRA – Toulouse, pour avoir accepté la lourde charge de rapporter mes
travaux.

Je tiens aussi à remercier profondément Madame Sophie Ayrault,

Ayrault Chargé de Recherche à LSCE-IPSL,
Monsieur Antoine El Samrani,
Samrani Professeur à l’Université Libanaise-Liban, et François Humbert,
Humbert Professeur
à l'ESSTIN, qui ont accepté de participer au jury de cette thèse.
A tout le personnel, les vacataires et les doctorants au LEM,
LEM un IMMENSE MERCI. Vous m’avez
facilité la vie loin de ma famille et de mon pays, j’ai senti parmi vous que j’étais chez moi.

Je n’oublie pas de remercier au LCPME Hélène,

Hélène qui était toujours là pour moi et qui me remontait le moral
quand ça n’allait pas.

Je remercie également l’équipe du Service Commun de Microscopies Electroniques et de Microsondes

(SCMEM) de la faculté des sciences, et en particulier Monsieur Jaafar Ghanbaja et Monsieur Alain Kohler.
Kohler

Sincèrement, je remercie profondément mes amies Roukaya, Rania, Sarah, Mounira, Amal et Hadia pour les
moments inoubliables que j’ai vécus avec eux à Nancy.

Je tiens aussi à remercier chaleureusement mes deux meilleures amies Lara et Myriam du Liban, les filles si
j’ai pu supporter ma solitude le soir dans ma chambre c’était grâce à vous.

Mes vifs remerciements vont à mon mari Mohamad,

Mohamad qui était toujours présent à tous les moments pour
m’aider, me soutenir, et je n’oublierai jamais son soutien quand j’étais malade.

Finalement je voudrai dédier ce travail à mes parents et mes frères à qui je suis complètement
reconnaissante ; sans eux je ne serais jamais arrivée à ce niveau en espérant qu’ils resteront toujours fiers de
moi.
 SOMMAIRE

INTRODUCTION GENERALE................................................................................................ 6

Chapitre 1 : CONTEXTE SCIENTIFIQUE......................................................................... 11

1.1 COMPOSITION DU BIOFILM................................................................................ 12

1.1.1 Les bactéries ....................................................................................................... 12

1.1.2 Substances polymériques extracellulaires .......................................................... 13

1.2 FORMATION DES BIOFILMS ............................................................................... 15

1.2.1 Transport des bactéries....................................................................................... 16

1.2.2 Adhésion............................................................................................................. 20

1.2.3 Croissance, maturation et détachement .............................................................. 22

1.3 INFLUENCE DES CONDITIONS HYDRODYNAMIQUES SUR

L'ORGANISATION DU BIOFILM .................................................................................... 23

1.4 VISUALISATION DES BIOFILMS ....................................................................... 27

1.4.1 Microscopie optique ........................................................................................... 27

1.4.2 Microscopie électronique à balayage (MEB)..................................................... 28

1.4.3 Microscopie électronique à transmission (MET) ............................................... 29

1.4.4 Microscopie à Rayon X...................................................................................... 29

1.4.5 Microscopie confocale à balayage Laser (CLSM) ............................................ 30

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ............................................................................. 33

Chapitre 2 : SECTION EXPERIMENTALE....................................................................... 44

2.1 REACTEUR COUETTE-POISEUILLE ................................................................... 45

2.1.1 Ecoulement Couette-Poiseuille .......................................................................... 45

2.1.2 Dispositif expérimental ...................................................................................... 52

2.1.3 Montage expérimental........................................................................................ 53

 2.2 MISE EN MARCHE DU REACTEUR .................................................................... 54

2.2.1 Prélèvement d’eaux usées .................................................................................. 55

2.2.2 Paramètres de suivi............................................................................................. 55

2.2.3 Prélèvement et stockage des coupons ................................................................ 56

2.3 LA MICROSCOPIE CONFOCALE ......................................................................... 58

2.3.1 Principe et généralités ........................................................................................ 58

2.3.2 Préparation des échantillons............................................................................... 59

2.4 TRAITEMENT D’IMAGES ..................................................................................... 61

2.4.1 LaserSharp 2000TM (Bio-Rad Cell Science Division)...................................... 61

2.4.2 AutoquantX-Autodeblur..................................................................................... 62

2.4.3 Image J ............................................................................................................... 65

2.4.4 Gocad® ............................................................................................................. 67

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ......................................................................... 73

Chapitre 3 : INHIBITION HYDRODYNAMIQUE DE LA CROISSANCE DES

BIOFILMS DANS UN REACTEUR COUETTE-POISEUILLE ........................................... 76

3.1 INTRODUCTION ..................................................................................................... 80

3.2 CHARACTERESTICS OF COUETTE-POISEUILLE FLOW ................................ 81

3.3 EXPERIMENTAL SECTION................................................................................... 83

3.3.1 Biofilm reactor system ...................................................................................... 83

3.3.2 Biofilm growth procedure ................................................................................. 84

3.3.3 Observation of coupons by Scanning Confocal Laser Microscopy .......................

............................................................................................................................ 85

3.3.4 Image processing and 3D reconstruction ........................................................... 86

3.4 RESULTS AND DISCUSSION................................................................................ 87

3.4.1 Observation of biofilm development................................................................. 87

3.4.2 Quantification of biofilm morphology .............................................................. 89

 3.5 CONCLUDING REMARK....................................................................................... 91

References ............................................................................................................................ 92

Chapitre 4 : ETUDE DE L’EFFET DU GRADIENT DE VITESSE PARIETAL SUR LA

CROISSANCE DES BIOFILMS DES EAUX USEES : STADE INITIAL ET STADE DE
BIOFILM MATURE................................................................................................................ 96

4.1 INTRODUCTION ................................................................................................... 100

4.2 EXPERIMENTAL SECTION................................................................................. 102

4.2.1 Biofilm reactor system ..................................................................................... 102

4.2.2 Biofilm growth procedure ................................................................................ 103

4.2.3 Observation of coupons by Scanning Confocal Laser Microscopy .......................

.......................................................................................................................... 104

4.2.4 Image processing and 3D reconstruction ......................................................... 105

4.3 RESULTS AND DISCUSSION.............................................................................. 108

4.3.1 CLSM follow-up of biofilm growth................................................................. 108

4.3.2 Wall shear rate influence on mature biofilm .................................................... 112

4.4 CONCLUSION ....................................................................................................... 114

References .......................................................................................................................... 116

Chapitre 5 : CARACTERISTIQUES DES EAUX USEES DANS LES PAYS EN

DEVELOPPEMENT: IMPLICATION DANS LA GESTION DES EFFLUENTS ............. 121

5.1 INTRODUCTION ................................................................................................... 125

5.2 EXPERIMENTAL SECTION................................................................................. 126

5.2.1 Study area ......................................................................................................... 126

5.2.2 Sampling and sewage characterization............................................................. 127

5.2.3 Characterization of heavy metal-bearing phases.............................................. 127

5.2.4 Characterization of organic matter ................................................................... 129

5.3 RESULTS AND DISCUSSION.............................................................................. 130

 5.3.1 Wastewater quality and major inorganic species ............................................ 130

5.3.2 Heavy metal loads in GS sewage ..................................................................... 133

5.3.3 Nature of heavy metal-bearing particle ............................................................ 135

5.3.4 Chemical speciation of heavy metals in suspended solids and biofilm .................
139

5.3.5 Nature of organic matter in suspended solids and biofilms ............................ 140

5.4 CONCLUSION ....................................................................................................... 144

References .......................................................................................................................... 146

Chapitre 6 : CONCLUSION GENERALE ...................................................................... 152

ANNEXES ............................................................................................................................. 156

Annexe 1 : Scripts utlisés pour la reconstruction 3D ......................................................... 157

Annexe 2 : Variation journalière des caractéristiques des eaux usées, β=1/3.................... 174

Annexe 3 : Variation journalière des caractéristiques des eaux usées, β=1/2.................... 175

Annexe 4 : Publication, La houille Blanche, numéro 5/ Novembre 2011 ......................... 176

Annexe 5 : Reconstruction 3D, γ= 6 s-1, série 24h ............................................................. 187

INTRODUCTION GENERALE
Les biofilms sont des associations de microorganismes, adhérant entre eux, qui se
développent sur toute interface solide-liquide (tissus cellulaires, milieu marin, conduites
d’eau, matériels médicaux et industriels, etc …) (Donlan, 2002 ; Costerton, 2004).
Contrairement à ce que leur nom suggère, les biofilms ne forment pas un film continu de
bactéries ; leur structure est en effet très complexe et hétérogène, et renferme des
microcolonies enrobées dans une matrice extracellulaire polymérique dont la composition et
la nature varient selon l’environnement et les conditions dans lesquelles le biofilm s'est formé
(Friese et al., 1997 ; Eberl et al., 2000). Ces agrégations de microorganismes sont souvent
séparées par des vides « voids » correspondant à des canaux assurant la diffusion de
nutriments de l’extérieur vers l’intérieur du biofilm. Ces canaux servent également à
l'évacuation des débris et des métabolites (Fletcher, 1979 ; Lewandowski et al., 1994 ;
Lewandowski, 2000 ; Ivleva et al., 2010). La figure 1 montre quelques exemples de biofilms
se développant dans des conditions variées.

a b

50 µm

Figure 1 : Images de microscopie confocale: (a) biofilm d’eau potable marqué par DAPI, (Paris,
2008), (b) biofilm d’eau usée marqué par l’acridine orange (Houhou, 2008), (c) biofilm oral multi-
espèces dont chaque bactérie est marquée par un fluorophore conjugué IgG spécifique (Kolenbrander
et al.2010).

Les biofilms jouent un rôle prépondérant en tant que réacteur bio-physico-chimique dans
l'environnement. Ils participent au contrôle de la concentration en matière organique et en
contaminants métalliques dans les écosystèmes naturels et anthropisés (Horn et al., 2003 ;
7
Battin et al. 2003 ; Nielsen et al. 2005 ; El Samrani et al. 2004 ; Houhou et al. 2009). Dans
le réseau d'assainissement, ils sont également à l'origine des dégagements de H2S et de
méthane (Gutierrez et al., 2008 ; Nielson et al., 2008 ; Zhang et al., 2008), le H2S participant
à la corrosion des conduites d'eau usée après oxydation en acide sulfurique par voies chimique
et biologique (figure 2). Les fissures dans les conduites permettent l'infiltration des eaux usées
et la contamination des eaux souterraines (Stoodley et al., 2002 ; Vollertsen et al., 2008). Le
développement de biofilm entraîne une perte de charge dans les conduites par augmentation
de la force de friction de l’eau. Ainsi, la formation de biofilm dans une canalisation d’eau de
80 km entraîne une réduction de sa capacité d'écoulement d’environ 55% (Picologlou et al.,
1980). Si la dégradation de la matière organique est recherchée dans le traitement des eaux
usées (lits filtrants bactériens, cultures fixées), le développement de biofilm dans les réacteurs
à membranes détermine un colmatage de ces dernières et une diminution de l’efficacité de
traitement (Creber et al., 2010 ; Ciston et al., 2009).

Figure 2 : Images montrant l’impact du biofilm sur les canalisations du réseau d’assainissement.

Une application récente au niveau industriel utilise les biofilms d'eau usée pour la production
d’énergie (biogaz et électricité) (Kim et al., 2007 ; Parot, 2007 ; Rosche et al., 2009). Une
pile microbienne a également été mise au point par Reimers et al., (2001) et permet de
produire de l’électricité à partir de sédiments marins renfermant une flore microbienne et de la
matière organique naturelle. Un biofilm se développe sur la surface d’une anode enfoncée
dans les sédiments. Ce biofilm possède la capacité d’échanger des électrons avec le support
conducteur à la surface duquel il se développe (Reimers et al., 2001).

8
Qu'il représente un bénéfice ou une nuisance, le contrôle du développement du biofilm s'avère
primordial. En ce qui concerne l’élimination des biofilms, l'expérience montre qu'elle est
beaucoup plus difficile que celle des cellules en suspension, leur matrice exopolymérique
constituant une barrière aux agents antimicrobiens (chlore, enzymes, antibiotiques)
(Maukonen et al., 2003 ; Simöes et al., 2010). Ces traitements sont plus ou moins efficaces et
dépendent de plusieurs facteurs (pH, matières organiques, température, …). Néanmoins ils
fragilisent et diminuent considérablement la population bactérienne sur une surface (Simöes et
al., 2010). Cependant, plusieurs sous-produits de la désinfection, généralement plus nuisibles
du point de vue de l'application désirée, e.g. la distribution d'eau potable, sont générés dans le
milieu. De plus, l’utilisation des désinfectants sur le long terme peut induire une résistance
des bactéries qui rend le traitement inefficace (Hori et Matsumoto, 2010).

Des processus physiques comme l’ajustement des conditions hydrodynamiques des

écoulements (vitesse pariétale, régime turbulent, …), ou l'application de forces mécaniques
comme le brossage et la pression d'eau, ou l’augmentation de température, sont également
utilisés (Lelièvre et al.,. 2002 ; Valt, 2008 ; Simöes et al., 2010). La modification de la
nature de la surface est aussi un moyen de prévention de développement des biofilms. Cette
technique a recours au greffage des surfaces par différentes molécules pour changer leur
propriétés physico-chimiques, i.e. leur charge ou leurs caractéristiques hydrophiles ou
hydrophobes (Hori et Matsumoto, 2010 ; Simöes et al., 2010 ; Cloete et Jacobs, 2001).
L'influence des conditions hydrodynamiques sur le développement du biofilm a été étudiée
dans des réacteurs à géométrie variée. Ces réacteurs permettent un contrôle du gradient de
vitesse pariétal ainsi que des forces de cisaillement qui déterminent le transport des bactéries
vers la surface (Stoodley et al.1999 ; Pereira et al., 2002 ; Busscher et Vander Mei, 2006 ;
Paris et al., 2007 ; Wagner et al., 2008). En effet, tout changement des conditions
hydrodynamiques entraîne une modification de la morphologie, de la structure, de l’activité,
ainsi que de la composition du biofilm (Costerton et al., 1995 ; Battin et al., 2003 ; Simöes
et al., 2010). Ces études cherchent à mettre en évidence les conditions les plus défavorables
pour la croissance des biofilms (Friese et al., 1997 ; Costerton, 1999 ; Eberl et al., 2000 ;
Donlan, 2002).

Notre thèse s'inscrit dans la lignée des travaux précédents. Son objectif principal a été
d’étudier l’influence du gradient de cisaillement sur le développement du biofilm en milieu
eaux usées. Pour cela, nous avons utilisé un réacteur de type Couette-Poiseuille permettant de

9
travailler sous différentes configurations d’écoulement par simple variation de vitesse
débitante du liquide et de la vitesse de rotation du cylindre interne du réacteur. En particulier,
il est possible avec ce réacteur de choisir des conditions déterminant un transport de bactéries
nul à la paroi. Les biofilms ont été observés en microscopie confocale et différents logiciels
de traitement d'images ont été utilisés pour décrire la géométrie du biofilm.

Ce mémoire de thèse comprend six chapitres. Le premier présente un certain nombre de

généralités sur les biofilms et l'influence des conditions hydrodynamiques sur leur
développement. Le deuxième chapitre détaille le dispositif expérimental utilisé et les
différentes procédures de traitement d’images ainsi que la reconstruction 3D des biofilms. Les
résultats obtenus dans le cadre de cette étude sont ensuite présentés sous forme de deux
articles (chapitre 3 et 4). Cette thèse a initialement démarré au Liban sur la caractérisation des
matières en suspension et des biofilms du réseau d'assainissement de Jounieh. Les résultats de
cette étude sont exposés dans le chapitre 5 sous la forme d’un article. Les principaux résultats
de cette thèse ainsi que les perspectives offertes par cette recherche, seront présentés dans la
conclusion.

10
Chapitre 1 : CONTEXTE SCIENTIFIQUE
1.1 COMPOSITION DU BIOFILM

1.1.1 Les bactéries

Les bactéries représentent un composant essentiel du biofilm, puisque celui-ci ne se

développe que si l’adhésion d’un nombre (ou une couche) de bactéries capables de
reconnaitre « sentir » la surface, est réalisée (Costerton, 1999). En effet, en présence d’une
surface solide, les bactéries planctoniques adhérant sur le support deviennent différentes de
leurs homologues restées en suspension, par changement au niveau de leur génome, de la
structure de leur enveloppe, leur taille et leur forme. Bien que l’unité structurale des biofilms
soit la bactérie, cette dernière ne représente environ que 15 à 25% de la composition totale du
biofilm, le reste étant occupé par les exopolymères, les nutriments et l’eau.

La nature des microorganismes dans un biofilm est très variée. Elle peut être homogène avec
une seule espèce de bactéries, ou hétérogène, renfermant dans ce cas plusieurs espèces
microbiennes (figure 3). En outre, l’activité bactérienne au sein même du biofilm n’est pas
homogène : les cellules se trouvant à la surface peuvent être soumises à une plus grande
concentration d’oxygène. Ainsi, l’analyse de la diffusion de l’oxygène dans des biofilms
développés en milieu aérobie par l’intermédiaire de microélectrodes, montre que l’oxygène
est rapidement consommé par les bactéries superficielles, et de fait, les cellules au niveau des
couches basales adoptent une activité anaérobie (Costerton, 1999 ; Lewandowski, 2000 ;
Donlan, 2002 ; Kokare et al., 2009).

Bien que les bactéries se trouvent dans le biofilm sous forme de colonies séparées par des
vides et des canaux, la communication est toujours présente entre elles. Cette communication
est assurée par le transfert, la régulation et l’expression de gènes « Quorum sensing ». Ce
terme recouvre les mécanismes de contrôle des signaux cellule-cellule, qui permettent aux
bactéries de réguler leur densité et de s’adapter à tout changement et fluctuations des
conditions environnantes (Costerton, 1999 ; Donlan, 2002 ; Kokare et al., 2009). De ce fait,
le Quorum sensing se trouve à son tour dépendant des conditions environnantes, et en
particulier, de la concentration en nutriments dans le liquide (Purevdorj-Gage et Stoodley,
2004).

12
Figure 3 : Micrographes de microscopie confocale représentant un biofilm multi-espèces
développé dans une cellule à écoulement : F. nucleatum (rouge), S. oralis (bleu) et A.
naeslundii (vert). (Periasamy et al., 2009).

1.1.2 Substances polymériques extracellulaires

Comme mentionné ci-dessus, les bactéries ne constituent qu'une petite partie du biofilm: les
exopolymères (EPS) dominent sa composition (50 à 90% de la matière organique). Ainsi, les
biofilm des eaux usées contiennent environ 70-98% d'EPS (Ivleva et al., 2010 ; Liang et al.,
2010 ; Simöes et al., 2010). Les EPS sont produits par les bactéries, qu’elles soient en
suspension ou adhérentes dans les biofilms. Leur quantité, leur forme, leurs propriétés, et
leurs compositions chimiques, sont déterminées par différents facteurs comme l’âge du
biofilm, le type des bactéries, la concentration et la biodisponibilité des nutriments, les
conditions hydrodynamiques et la température (Lazarova et Manem, 1995 ; Flemming et al.,
2000 ; Salaun, 2009 ; Ivleva et al., 2010).

Les exopolymères (appelés aussi biopolymères) jouent un rôle primordial dans le processus
de formation du biofilm, notamment en assurant l’adhésion irréversible des bactéries sur le
support solide. Un deuxième rôle des EPS est de maintenir les microcolonies cohérentes entre
elles, ce qui facilite les interactions et les communications cellule-cellule (Flemming, 2010).
D'une manière générale, les propriétés morphologiques et physico-chimiques des biofilms
comme la porosité, la densité, la rugosité, l’élasticité, la stabilité mécanique, l’architecture et
l’activité des biofilms, sont définies par la nature et la composition des EPS (Fletcher, 1979 ;

13
Flemming et al. 2000 ; Lewandowski, 2000 ; Klapper et al., 2002 ; Flemming et al. 2007 ;
Kokare et al., 2009 ; Liang et al., 2010).

Les exopolymères sont des molécules de nature très hétérogène avec des domaines et des
fonctions spécifiques, et très flexibles, pouvant se réorienter et s’organiser dans une structure
donnée (Bellon-Fontaine et Fourniat, 1994). Les EPS comprennent des polysaccharides, des
protéines, des lipides, des acides humiques et des acides désoxyribonucléiques (ADN).
Chacun de ces composés possède un rôle bien déterminé dans le biofilm. L’extraction des
EPS dans les biofilms montre une composition très riche en polysaccharides et protéines au
dépend des autres constituants (Lazarova et Manem, 1995 ; Liang et al., 2010 ; Simöes et al.,
2010). Le rapport protéines/polysaccharides détermine l’hydrophobicité des bactéries qui elle-
même influe sur l’étape d’adhésion des bactéries, puisque plus le caractère hydrophobe de la
bactérie augmente, plus elle devient adhérente (Liang et al., 2010).

Les enzymes exopolymériques participent également à l'alimentation en nutriments

nécessaires pour le développement du biofilm, en dégradant des macromolécules en
molécules plus petites assimilables par les bactéries (Flemming et al. 2007). Les acides
désoxyribonucléiques (ADN) représentent un composant important des EPS. Leur présence
dans la matrice du biofilm a généralement été attribuée à la lyse des cellules. Cependant,
différentes études menées sur la matrice des biofilms montrent que l’ADN fait partie des
composants essentiels des EPS. L’ADN permet l’échange d'informations génétiques entre les
cellules qui jouent un rôle dans l’adhésion et l’agrégation des microcolonies, et par suite joue
un rôle important dans le développement du biofilm (Flemming, 2010). Les lipides sont en
concentration plus restreinte dans la matrice extracellulaire. Ils présentent des caractéristiques
hydrophobes, et interviennent dans l’adhésion et la solvatation des substances hydrophobes
afin de les rendre biodisponibles (Simöes et al., 2010).

Outre leur rôle structurant, les EPS jouent un rôle protecteur en déterminant une barrière
réactive contre les agents antimicrobiens et les biocides (Simöes et al., 2010). Les EPS
protègent aussi le biofilm contre la déshydratation par rétention d’eau à l’intérieur du biofilm,
la plus part des EPS étant hygroscopiques (Lewandowski, 2000). L’eau constitue une partie
importante du biofilm et assure l'hydratation de celui-ci et le maintien de sa porosité
(Lewandowski, 2000). Des phases minérales, des cations, et des particules colloïdales, sont
également présents dans la composition du biofilm et constituent une source de nutriments

14
ainsi que des sites de compensation des charges surtout au niveau des surfaces de bactéries et
des EPS (Flemming et al. 2000 ; Lewandowski, 2000).

1.2 FORMATION DES BIOFILMS

Bien que le développement de biofilms soit un phénomène fréquent voire systématique à

l'interface solide/liquide en présence de bactéries, sa formation peut être décrite par une série
d’étapes influencées par différents facteurs (mode d'écoulement, nature de la surface, type des
nutriments et leurs concentrations respectives, conditions d'aération). La formation du biofilm
met donc en œuvre différents processus physicochimiques (diffusion, adhésion, …) ainsi que
des processus biologiques (formation d’agrégats, croissance de microorganismes, production
d’exopolymères, …) (Fletcher, 1979 ; Celmer D. 2008 ; Andersson, 2009).

Jusqu’à présent les différentes études réalisées sur les mécanismes de formation de biofilm ne
peuvent pas présumer d'une procédure spécifique, et les différentes voies suggérées
comprennent trois étapes essentielles: le transport des bactéries, l’adhésion et la croissance de
celles-ci à la surface, et la multiplication de microorganismes avec des phénomènes de
détachement de biofilm (figure 4) (Costerton, 1999 ; Gauthier, 2002 ; Liu et Tay, 2002).

4 Multiplication, croissance,
maturation et détachement

3 Adhésion irréversible, et
production d’exopolymères
2 Adhésion réversible
des bactéries

1 Formation du film
conditionnant

Figure 4 : Schéma illustrant les étapes de formation des biofilms.

15
 1.2.1 Transport des bactéries

L’adhésion de bactéries sur la surface nécessite un rapprochement qui est assuré par le
transport de celles-ci du fluide vers le support. Les approches physico-chimiques
traditionnelles considèrent les bactéries comme étant des colloïdes sphériques avec une
surface bien définie, rigide et uniforme, ce qui est très discutable (Duval et Gaboriaud, 2010).
Par contre, l’approche biologique définit la bactérie comme étant une particule à géométrie
complexe avec une surface hétérogène et possédant une mobilité (Hori et Matsumoto, 2010).
Pour étudier le transport et la formation des biofilms sur les surfaces, différents systèmes
hydrodynamiques de géométrie variée ont été utilisés, à savoir réacteur annulaire à rotation
(Peyton, 1996 ; Grany et al., 2008), réacteur à disque tournant (Brugnoni et al., 2011),
réacteur capillaire (Gjersing et al., 2005 ; Caldwell, 1988) et les cellules à écoulement
(Mueller, 1996 ; Busscher et Van der Mei, 2006 ; MacClain et Ford, 2002 ; Li et al., 2011,
Paris et al., 2007). Chacun de ces réacteurs possède des avantages et des inconvénients. Les
réacteurs capillaires permettent le suivi de croissance des biofilms mais ne permettent pas les
analyses chimiques et biologiques. Les réacteurs annulaires présentent une surface très
importante pour la croissance des biofilms d’où un nombre plus important d’échantillons et
d’analyses ; en revanche, la distribution de fluide n’est pas homogène ce qui entraîne une
formation non uniforme du biofilm. Les réacteurs les plus utilisés et les plus connus sont les
chambres à écoulement, les observations et les lois tirées de ces expériences n'étant valables
en première approximation que pour ces systèmes. Les cellules d’écoulement offrent la
possibilité de contrôler les conditions hydrodynamiques et permettent aussi d’analyser les
échantillons sans perturbation ou altération. Néanmoins, la surface des cellules est limitée ce
qui se traduit par une surface plus petite des échantillons et le nombre d’analyses qui peuvent
être effectuées (Huang et al., 1992).

Le transport de masse dans un système en écoulement est de façon générale le bilan de la

convection, de la diffusion, et de la sédimentation (Rijnaarts, 1994 ; Ginn et al., 2002 ;
Khalizadeh, 2009). Dans un système statique, la diffusion brownienne contrôle le dépôt des
bactéries sur la surface. En conditions dynamiques, le transfert de bactéries vers le support
sera assuré à la fois par la convection et la diffusion ; ceci implique que le mouvement sera
plus rapide et influencé par la vitesse et la nature de l’écoulement.

16
Dans les chambres à écoulement, la vitesse de fluide décroît en s’approchant de la surface, ce
qui diminue de fait le transport par convection et favorise la diffusion (figure 5). Dans un
système hydrodynamique, plus la vitesse du fluide augmente, plus le transport par convection
augmente, et une augmentation de la concentration en nutriments se produit à proximité de la
surface du biofilm, ce qui favorise son développement. En conséquence, le transfert de masse
sera beaucoup plus important dans un système en écoulement que dans un liquide statique
(Mueller, 1996 ; Busscher et Van der Mei, 2006).

Le transport des bactéries est défini par différentes équations dont la solution analytique peut
être très difficile à calculer ; pour résoudre ces équations des approximations sont suggérées
et les solutions obtenues sont approximatives (Picioreanu et al., 2000 ; Bakker et al., 2002).

Le flux convectif est donné par l’équation suivante :

Jc=Cu⋅n (1)

où Jc définit le flux convectif, C la concentration en particules, n la projection de la vitesse du

fluide sur la normale à la surface, et u la vitesse locale du fluide dépendant de l’écoulement.
Le flux diffusif proportionnel au gradient de vitesse est donné par :

J D =−D∇C (2)

où JD est le flux diffusif, et D le coefficient de diffusion.

Si l'on applique la loi de conservation de masse dans un volume fixe limité par la surface S :

∂C = Cdv+ (uC −D∇C ).ndS =0 (3)

∂t ∫V ∫S
En utilisant le théorème de divergence et en intégrant sur le volume fixe, l’équation devient :

∂C +∇.(uC − D∇C )=0 (4)

∂t

Si l'on se place dans le cas d'un liquide non compressible avec un coefficient de diffusion ne
dépendant pas de la concentration, l’équation de transport devient :

∂C +u∇C − D∆C =0 (5)

∂t

17
 Couche limite
Transport par
Concentration
convection

Gradient de
concentration
Figure 5 : Représentation schématique des processus de transport dans une chambre d’écoulement.

Comme explicité ci-après, les différentes études menées sur le transport de biomasse dans les
chambres d’écoulement utilisent l’approximation de Smoluchowski-Levich (SL) qui
considère le transport sous forme d'une équation bidimensionnelle qui combine convection et
diffusion tout en négligeant les interactions gravitationnelles, hydrodynamiques et colloïdales
(Elimelech, 1994). Le transport est alors équivalent sur les deux surfaces de la cellule
(supérieure et inferieure). Cette approximation s'accompagne également de l'hypothèse que
toutes les bactéries arrivant à la surface y adhèrent d’une façon irréversible.

Cependant, plusieurs expériences ont montré que cette approximation est insuffisante pour
décrire le transport des bactéries dans les chambres à écoulement, le rapport du taux de dépôt
expérimental sur le taux de dépôt calculé par l’équation de SL étant supérieur à 1
(Hermansson, 1999 ). Li et al. (2011) ont ainsi montré que le dépôt des bactéries était plus
important sur la surface inférieure de la cellule du fait de l’intervention de la sédimentation
quelle que soit la vitesse de l’écoulement. En effet, la sédimentation semble dominer le
transport des bactéries dans les cellules d’écoulement (Li et al., 2011). D’autre part, McClaine
et Ford (2002) ont montré que la sédimentation joue un rôle important dans le transport des
souches d’Escherichia coli (flagellées et non flagellées) dans les cellules à écoulement à
faible vitesse d’écoulement. L’effet de la sédimentation décroit progressivement pour les
bactéries mobiles en augmentant la vitesse du fluide (MacClaine et Ford, 2002).

Pour prévoir si la sédimentation intervient dans le transport des bactéries vers la surface, il
faut calculer cette vitesse de sédimentation. Pour une bactérie non-motile de forme

18
ellipsoïdale en suspension dans un fluide à l’état stable (statique), l’expression de la vitesse
est calculée à partir des bilans de force en condition statique :

ρsVg =ρ fVg +λν s f (6)

avec, ρs la densité d’une bactérie (kg.m-3), ρf la densité du fluide (kg.m-3), V le volume d’une
bactérie (m3) (égal à 4/3πbb2ab pour un ellipsoïde), g la constante gravitationnelle (m.s-2), νs

vitesse de sédimentation (m.s-1), f le coefficient de frottement (égal à 6πabλ pour une bactérie
ln 2ab
bb
ellipsoïdale, isolée, rigide, à surface lisse, loin de la paroi et en mouvement uniforme (Berg
1993)), λ le facteur de correction (compris entre 1 et ∞) qui prend en compte la proximité de
la bactérie de la surface solide.

Ainsi la vitesse de la sédimentation est calculée par :

4/3πbb2ab(ρs −ρ f ) 2ab
νs= ln
6πabλ bb

Pour E. coli de diamètre 1 µm, de longueur 2µm, et de densité comprise entre 1.01 et 1.05
g/cm3, MacClaine et Ford (2002) ont déterminé des valeurs de vitesse de sédimentation dans
l’eau à 25°C, avec λ=1, comprises entre 0.0052 et 0.021 cm.h-1.

Adamzyck et Van de Ven (1981) ont étudié le rôle de la sédimentation dans le transport des
bactéries en chambre d’écoulement. Selon ces auteurs la sédimentation est liée directement
au nombre de Péclet qui détermine le rapport du transport convectif par rapport à la diffusion.
En effet, quand le nombre de Péclet (Pe) est faible, la sédimentation joue un rôle très
important dans la déposition des bactéries non-mobiles sur une surface. Mais pour une valeur
de Pe >> 1 les effets de sédimentation ne sont pas pris en compte.

19
 1.2.2 Adhésion

1.2.2.1 Film conditionnant

La prolifération des biofilms nécessite l’adhésion d’une première couche de bactéries.

Certaines études prévoient la formation d’un film appelé film conditionnant sur le support
avant la colonisation de ce dernier par les bactéries (Busscher et Van der Mei, 2006 ; Kokare
et al., 2009 ; Salaun, 2009). Ce film est le résultat d'un dépôt de macromolécules se trouvant
dans le milieu ainsi que des polymères secrétés par les bactéries au niveau de la surface. La
présence de ces polymères sur la surface conduit à des interactions de différente nature avec
les cellules bactériennes (Bellon-Fontaine et Fourniat, 1994). Ce film initial améliorerait
grandement la fixation initiale de la biomasse (Busscher et Van der Mei, 2006).

La formation du film conditionnant représente un préliminaire à l’adhésion bactérienne qui a

lieu en deux étapes : réversible et irréversible. En général, l’étape d’adhésion réversible est
rapide et dure de 5 à 10h, mais le risque de détachement du biofilm de la surface est très grand
du fait de la mise en œuvre de forces et de liaisons faibles (Costerton, 1999 ; Gauthier, 2002 ;
Khalizadeh, 2009 ; Salaun, 2009). L’adhésion irréversible est une étape plus lente que la
précédente et indispensable pour le développement du biofilm. Elle fait appel à des forces et
des liaisons physiques et électrostatiques (Van der Waals, électrostatiques, liaisons
hydrogènes) (Costerton, 1999 ; Gauthier, 2002 ; Salaun, 2009).

1.2.2.2 Description de l'adhésion bactérienne

Plusieurs approches ont été proposées pour décrire l’adhésion des microorganismes sur une
surface donnée. La théorie de DLVO (Derjaguin and Landau, Verwey and Overbeek) décrit
l’interaction qui prend place dans un électrolyte entre une particule colloïdale chargée et un
support également chargé (Hori et Matsumoto, 2010). Les bactéries, compte tenu de leur
taille, sont considérées comme des particules colloïdales, et leur adhésion sur un support peut
donc être décrite par la théorie de DLVO. L'énergie d’adhésion (∆Gadh) est alors la somme des
énergies résultant des interactions attractives de Van der Waals (∆GA) et des interactions
électrostatiques répulsives (∆GE) résultant de la structuration de l'électrolyte en deux couches
d'ions à proximité de la surface bactérienne (figure 6a).

∆Gadh = ∆G A + ∆GE

20
L'énergie d'adhésion dépend notamment de la distance séparant la particule du support, et de
la force ionique du milieu (Bellon-Fontaine et Fourniat, 1994 ; Meinders et al., 1995 ; Hori et
Matsumoto, 2010). A très faible force ionique il existe une barrière d’énergie qui empêche les
bactéries de s’adsorber sur la surface. Par contre pour des forces ioniques élevées, les
barrières d’énergie s'atténuent et les bactéries peuvent facilement adhérer à la surface
(Hermansson, 1999 ; Redman et al,. 2004 ; Hori et Matsumoto, 2010).

∆G ∆G barrière d’interaction
a b

barrière d’énergie
barrière d’énergie
d
d

Minimum secondaire
Minimum secondaire
Minimum primaire

Minimum primaire

Figure 6 : Diagramme de l’évolution de l’énergie en fonction de la distance séparant la bactérie du

support selon les théories : a) théorie DLVO, b) théorie XDLVO.

L'application de la théorie DLVO à des bactéries présente néanmoins plusieurs points faibles,
en particulier sa surface est non homogène et complexe (comportant des surstructures
exopolymériques), et la bactérie peut elle-même "nager" vers le support (Bellon-Fontaine et
Fourniat, 1994). Une extension de cette théorie tenant compte des interactions
hydrophobes/hydrophiles entre bactérie et support a été suggérée par Van Oss et al. (1985).
Dans ce cas, les surfaces hydrophiles donnent lieu à des interactions répulsives alors que des
surfaces hydrophobes permettent des interactions attractives à longue portée avec les cellules
microbiennes (Van Oss et al., 1985 ; Hermansson, 1999). Ainsi, l’adhésion de Acinetobacter
calcoaceticus sur des particules de polystyrène a été mieux décrite par cette théorie modifiée
(dite XDLVO) que la DLVO classique (Meinders et al., 1995) (figure 6b).

21
Une autre approche de l'adhésion bactérienne utilise les énergies libres des interfaces mises en
jeu, déterminées par la méthode de mesure de l’angle de contact:

∆Gadh =γ sm −γ sl −γ ml

avec γsm, γsl, γml respectivement les énergies libres des interfaces solide-microorganismes,
solide-liquide, et microorganismes-liquide. ∆Gadh<0 signifie que les conditions sont
favorables pour l’adhésion. Les termes de l’équation ne dépendent pas dans ce cas de la
distance entre bactérie et surface puisque le bilan énergétique est écrit à partir de la formation
d’une nouvelle interface bactérie-support (Bellon-Fontaine et Fourniat, 1994 ; Hermansson,
1999 ; Hori et Matsumoto, 2010). Là encore, la secrétion d'exopolymères bactériens de type
pili ou adésines qui peuvent assurer la liaison entre support et bactérie, n'est pas prise en
compte (Bellon-Fontaine et Fourniat, 1994 ; Hermansson, 1999). Un autre inconvénient de
cette approche est de considérer l’étape d’adhésion comme réversible alors que le
développement du biofilm implique une fixation irréversible des bactéries (Fletcher, 1979 ;
Van Oss et al., 1985 ; Hermansson, 1999 ; Hori et Matsumoto, 2010).

1.2.3 Croissance, maturation et détachement

Après la formation d'une première couche de microorganismes, les bactéries commencent la

production d'exopolymères nécessaires pour former le squelette du biofilm (Costerton, 1999 ;
Gauthier, 2002 ; Khalizadeh, 2009). Ces EPS se lient au support et forment avec la surface
des complexes qui à leur tour vont fixer d'autres bactéries et assurer leur adsorption sur la
surface. Le biofilm commence alors à croitre par division et multiplication bactérienne
(Lazarova et Manem, 1995 ; Costerton, 1999 ; Andersson, 2009). A ce stade, la croissance des
bactéries, et par suite du biofilm, est fortement liée aux conditions environnantes d’apport de
nutriments, d’oxygène et de température. La croissance du biofilm passe par différents étapes:

1- Stade dynamique de croissance au cours duquel la machine biologique est à son maximum
de fonctionnement,

2- Phase linéaire où le biofilm atteint un développement maximal et constant,

3- Stade de ralentissement pendant lequel la quantité de microorganismes vivants adsorbés et

la quantité de biofilm qui se détache ainsi que la quantité de cellules mortes, sont à
l'équilibre.

22
Quand le biofilm atteint le stade de maturation, le manque de nutriments, l’âge du biofilm, les
stress physique, chimique, et biologique, ainsi que les conditions hydrodynamiques sont les
facteurs responsables du détachement des biofilms et de leur redispersion dans le milieu
ambiant (Abrahamson et al., 1996 ; Andersson, 2009). Ainsi l’âge de biofilm, la quantité de
biomasse fixée, et les conditions environnementales, jouent un rôle très important sur la
structure et l’épaisseur du biofilm, et par la suite, sur son activité (Lazarova et Manem, 1995).

1.3 INFLUENCE DES CONDITIONS HYDRODYNAMIQUES SUR

L'ORGANISATION DU BIOFILM

Les biofilms qui se développent dans un système donné sont soumis aux gradients de
cisaillement présents dans le milieu. Le système peut être stagnant (lacs, réservoirs) avec de
faibles gradients de cisaillement, ou présenter des écoulements turbulents donnant lieu à des
cisaillements forts (conduites d’eaux, rivières, égouts, eaux de drainage) (Purevdorj-Gage et
Stoodley, 2004). Dans un système au repos, les forces exercées par le liquide sur une surface
(appelées contraintes) possèdent une seule normale. Pour un liquide en écoulement, la vitesse
et la nature de l'écoulement engendrent des forces hydrodynamiques, appelées forces de
cisaillement, parallèles à la surface (Stoodley et al., 2002 ; Busscher et Van der Mei, 2006).
Ces forces dépendent de différents facteurs parmi lesquels la viscosité du liquide, la géométrie
du système, et la nature de l’écoulement, sont les plus importants (Stoodley et al., 1999 ;
Busscher et Van der Mei, 2006 ; Brugnoni et al., 2011).

La nature de l’écoulement est déterminée par le nombre de Reynolds (Re). C’est un nombre
sans dimension qui dépend de la viscosité du liquide et de la vitesse d’écoulement ainsi que
de la longueur de parcours du liquide :

ρuL uL
Re = =
µ υ

où u est la vitesse du liquide (m/s), ρ la masse volumique du fluide (kg/m3), L une longueur
caractéristique (e.g. le diamètre pour une conduite) (m), µ la viscosité dynamique du fluide
(Pa.s), et υ la viscosité cinématique (m2/s).

Suivant la valeur de Re, l’écoulement peut être classé en régime laminaire (Re < 2000) ou
turbulent (Re > 3000). Pour 2000 < Re < 3000 le régime est appelé transitionnel (Figure 7).
En écoulement laminaire, le fluide se comporte comme un ensemble de couches parallèles qui

23
glissent l’une sur l’autre lors de l’écoulement. L’écoulement turbulent est beaucoup plus
complexe, les lignes de courant sont irrégulières et vont dans tous les sens. Ainsi des
tourbillons peuvent se former (Busscher et Van der Mei, 2006 ; Ochoas et al., 2007 ;
Brugnoni et al., 2011).

Figure 7: Aspects de lignes de courant dans les différents régimes d’écoulement, a) Laminaire, b)
Turbulent.

En général, la vitesse du liquide à l’interface solide-liquide est négligeable, et une couche dite
limite se forme. L’épaisseur de cette couche dépend essentiellement de la vitesse linéaire du
liquide. Ainsi, à faible vitesse d’écoulement, cette couche devient plus épaisse et l’adhésion
des bactéries est ralentie. En revanche, des vitesses d’écoulement plus élevées amplifient le
phénomène d’adhésion, mais des vitesses trop élevées déterminent des forces de cisaillement
sur le biofilm qui induisent le détachement des cellules bactériennes (Donlan, 2002 ; Horn et
al., 2003 ; Busscher et Van der Mei, 2006 ; Ochoas et al., 2007).

Les conditions hydrodynamiques, et notamment la vitesse d’écoulement et les forces qui en

résultent, influencent fortement la structure et la morphologie du biofilm, son activité
(production d'exopolymères et de métabolites), ainsi que la répartition des microcolonies
(Costerton, 1999 ; Stoodley et al., 1999 ; Busscher et Van der Mei, 2006 ; Ochoas et al.,
2007). L'activité du biofilm dépend fortement de la quantité de biomasse fixée, de sa densité,
sa porosité, du transfert de nutriments à l’intérieur du biofilm, qui sont eux-mêmes influencés
par les conditions hydrodynamiques du système (Abrahamson et al., 1996). Les différentes
études menées sur la formation des biofilms à partir de consortium naturels ou de souches

24
pures en présence de conditions hydrodynamiques variées, montrent que l’épaisseur, la
biomasse fixée, la nature et la quantité d’EPS produites, ainsi que la répartition des colonies
bactériennes, varient largement suivant le mode de cisaillement appliqué (Stoodley et al.,
1999 ; Pereira et al., 2002 ; Celmer et al., 2008). Les écoulements à grandes vitesses,
notamment turbulents à sous-couche visqueuse, donnent des biofilms denses et favorisent le
transfert des nutriments depuis le liquide extérieur vers le biofilm en diminuant l’épaisseur de
la couche diffuse (Zhu et Chen, 2001 ; Liu et Tay, 2002 ; Vrouwenvelder et al., 2010). Ceci
favorise la production d’exopolymères et plus particulièrement des polysaccharides assurant
une structure plus rigide due à une cohésion plus importante entre les cellules (Decho, 2000).
En revanche, l’augmentation de la densité du biofilm peut retarder la diffusion des nutriments
au sein du biofilm, ce qui peut affecter l'activité de celui-ci, et donc modifier son épaisseur qui
peut devenir plus fine (Liu et Tay, 2002 ; Celmer et al., 2008 ; Wagner et al., 2008). La
comparaison de l’activité des biofilms sous deux modes d’écoulement (turbulent et laminaire)
a mis en évidence l’influence du régime d’écoulement sur l’activité et la composition des
biofilms. Les biofilms développés sous écoulement laminaire sont plus actifs que les biofilms
développés en milieu turbulent (Simöes et al., 2010). A faible force de cisaillement, les
biofilms sont beaucoup moins denses, plus poreux, et plus épais. Ces biofilms sont formés par
l'agrégation de colonies bactériennes séparées par des espaces interstitiels sous forme de
réseau de micro-canaux. Cette architecture favorise un transport de nutriments à l’intérieur du
biofilm, ce qui augmente son activité et par conséquent son épaisseur au détriment de sa
rigidité par le biais d’une diminution de la production des EPS (Celmer et al., 2008 ; Wagner
et al., 2008). En cas de conditions extrêmes (très fort cisaillement), les conditions
hydrodynamiques peuvent entraîner la déformation des biofilms voire leur détachement des
surfaces (Lewandowski, 2000 ; Ochoas et al., 2007).

La surproduction des exopolymères n’est pas le seul remède aux biofilms pour résister aux
conditions hydrodynamiques, en effet une réorientation aura lieu quand le biofilm s’étire par
action de force de cisaillement « stretching», les polymères s’alignant pour permettre à de
nouvelles liaisons électrostatiques et liaisons hydrogène d’avoir lieu pour renforcer la liaison
des cellules voisines.

La morphologie du biofilm est aussi affectée par l’hydrodynamique du fluide en écoulement.

Battin et al., (2003) a distingué différentes morphologies du biofilm, des eaux de rivières,
dépendant des conditions hydrodynamique et de l’âge de biofilm. Dans un premier temps les

25
biofilms présentaient des microcolonies en forme de cascades « ripple like » dispersées sur la
surface dans la direction de l’écoulement. Au changement des conditions hydrodynamiques,
des biofilms en forme hexagonale ont été observés (figure 8). Ce mode de développement a
été aussi remarqué dans des biofilms de bactéries sulfato-réductrices et des biofilms d’eaux
usées. Il peut être expliqué par le fait que les microcolonies s’organisent de façon à assurer et
faciliter le transport par advection des nutriments dans le biofilm (Costerton et al., 1995).

Figure 8 : Images de microscopie confocale montrant la structure et la formation de forme hexagonale

des biofilms des eaux de rivière (plan xy) (a, b, et c) : Images de biofilms d’âge 4, 12, 21 jours sous
traitement à faible écoulement ; (d, e, et f) : Images de biofilms d’âge 6, 12, 24 jours sous traitement à
faible écoulement (Battin et al., 2003).

26
Un autre impact de l’hydrodynamique sur les biofilms se traduit par la formation
d’élongations dans la structure de biofilm appelés « streamers », qui oscillent dans le fluide et
qui sont la cause de l’augmentation de force de friction dans le fluide. Ce type de structure a
été observé dans les biofilms naturels ainsi que dans des biofilms développés à partir de
souches pures (Battin et al., 2003 ; Stoodley et al., 1999).

L’influence de l’hydrodynamique ne se limite pas à modifier la structure, la morphologie, et

les propriétés du biofilm. Elle peut aussi conduire, en dépassant les forces de cohésion interne
de la matrice bactérienne, au détachement du biofilm et à la redispersion des cellules dans le
milieu. Ceci joue un rôle aussi important sur la structuration du biofilm que celui joué par les
EPS. En effet, les parties détachées peuvent se refixer à un autre endroit du biofilm présentant
des conditions plus favorables pour le développement. En outre, ce détachement de certaines
parties du biofilm donne aux cellules sous-jacentes de nouvelles conditions de croissance, et
déterminant en retour une nouvelle organisation par rapport au biofilm initial (Purevdorj-Gage
et Stoodley, 2004).

1.4 VISUALISATION DES BIOFILMS

Différentes méthodes peuvent être utilisées pour observer et analyser les biofilms. Nous
présentons ici les plus employées en détaillant la microscopie confocale qui est mise en œuvre
dans cette étude.

1.4.1 Microscopie optique

La microscopie optique est la première technique utilisée pour l’observation des biofilms. Elle
donne en premier lieu une information sur la présence du biofilm sur la surface étudiée, et en
deuxième lieu une vue générale de son aspect et de son organisation. Une information plus
précise peut être obtenue à partir de cette microscopie en introduisant des colorants qui se
fixent sur le biofilm et révèlent une caractéristique donnée. Ainsi, le INT (2(-p-iodophenyl)-3-
(p-nitrophenyl)-5phenyl tetrazolium chloride) donne une couleur rouge-orange à la partie
active du biofilm. Cette technique est simple et rapide mais ne peut fournir que des
informations limitées sur la structure du biofilm (Lazarova et Manem, 1995).

27
 1.4.2 Microscopie électronique à balayage (MEB)

Cette méthode fournie des informations équivalentes à la microscopie optique mais à plus
haute résolution (figure 9). Cependant, le MEB présente un certain nombre de désavantages
dont le plus important est la préparation de l’échantillon pour l'observation (sous vide) qui
peut induire une destruction partielle, ou pour le moins une déformation du biofilm (Lazarova
et Manem, 1995 ; Surman et al., 1996). Le MEB environnemental (MEB-E) offre l’avantage
de pouvoir observer l’échantillon sous vide modéré et atmosphère humide, permettant ainsi
une meilleur visualisation de la morphologie du biofilm que le MEB basique (Walker et al.,
2001).

Figure 9 : Photographies de biofilm en microscopie électronique à balayage pour un biofilm à

différents temps de croissance. Fernández et al., 2008.

28
 1.4.3 Microscopie électronique à transmission (MET)

Des informations supplémentaires sur la nature ainsi que sur le type de constituants sont
obtenues par l’emploi du MET (Lazarova et Manem, 1995 ; Surman et al., 1996).
L’utilisation de colorants spécifiques permet de marquer certaines fonctions dans les
exopolymères ce qui permet de préciser leur nature et leur localisation dans le biofilm
(Eighmy, 1983). L’observation des échantillons nécessite une fixation préalable des biofilms,
une inclusion en résine et la réalisation des coupes ultrafines des blocs de résine (Eighmy,
1983 ; Surman et al., 1996 ; DeLeo et al., 1997 ; Walker et al. 2001).

1.4.4 Microscopie à Rayon X

La microscopie X (MX) est une technique de microscopie basée sur l’utilisation de photons
X. Bien que la résolution soit plus élevée qu'en microscopie optique, cette technique présente
un grand inconvénient du fait qu’elle exige un synchrotron pour l'acquisition des images.
L’exploitation tomographique informatique « computer-tomography » couplée à la MX
permet la visualisation de la structure 3D de l’échantillon mais nécessite une durée longue
d’acquisition (Davit et al., 2011 ; Ogura, 2011).

Récemment la microscopie X à balayage (STXM Scanning Transmission X-ray Microscopy),

couplée à des sondes biologiques spécifiques, ont permis une étude quantitative voire une
cartographie de différents éléments et molécules (lipides, métaux lourds, cations,
polysaccharides, etc…) recherchés dans l’échantillon (Dynes et al., 2006) (figure 10).

29
 Figure 10 : Cartographie de certains éléments et molécules se trouvant dans une diatomée contenue
dans un biofilm de rivière. Le code couleur de chaque élément est mentionné au dessus de chaque
image (Dynes et al., 2006).

1.4.5 Microscopie confocale à balayage Laser (CLSM)

Le terme de confocal signifie que toutes les informations se trouvant hors du plan focal du
microscope sont éliminées et que seules les informations provenant de la structure éclairée
seront enregistrées dans l’image finale de l’échantillon. Cette technique permet d’observer
aussi bien les cellules planctoniques que le biofilm. Elle permet d’aller plus loin dans la
visualisation de la structure du biofilm en balayant l’échantillon en profondeur, et en
fournissant des sections optiques formant dans l’intégrité des images 2-D ou 3-D sans
déformer ou abimer l’échantillon (Lazarova et Manem, 1995 ; DeLeo et al., 1997 ; Kokare et
al., 2009). Ces sections optiques peuvent être réalisées horizontalement (suivant le plan xy),
en profondeur (plan xz), ou en fonction de temps (xt) (Neu, 2000).

L’observation des échantillons est possible selon deux modes : mode fluorescence et mode
réflexion. L’emploi de différents fluorochromes permet de localiser et de décrire plus
précisément les structures, la composition, et la répartition spatiale des biofilms (Lazarova et
Manem, 1995 ; Surman et al., 1996). Un autre avantage de la microscopie confocale est la
possibilité de coupler cette technique avec des logiciels informatiques capables de manipuler
les images obtenues et de tirer plus d’informations sur la quantité de biomasse fixée, la
30
surface, le volume, la porosité, les dimensions fractales, les profils chimiques, etc… (DeLeo
et al., 1997 ; Lewandowski, 2000 ; Busscher et Van der Mei, 2006).

Les nouveaux microscopes confocaux comportent des systèmes offrant la possibilité de

récupérer simultanément, tout en les séparant, les signaux de fluorescence correspondant à
différentes longueurs d’onde d’excitation et d’émission. Ceci permet d’utiliser en même
temps plusieurs fluorochromes sur le même échantillon, et par la suite d'augmenter le nombre
d’informations désirées (Neu, 2000) (figure 11).

a b

50µm 50µm

Figure 11 : Images obtenues par microscopie confocale (objectif x40) des biofilms de boues activées
développés sous deux écoulements à différents nombres de Reynolds : a) Re = 1000, b) Re = 4000.
Les EPS (vert) sont marqués par Aleuria aurantia lectin- Alexa. L’ADN des bactéries (rouge) est
marqué par le fluorochrome SYTO6 (Walker et al. 2001).

Cette technique présente néanmoins quelques inconvénients. Le premier demeure le coût

conséquent des microscopes confocaux. Un second désavantage est le « bleaching »
(photoblanchiment) causé par l'action du faisceau laser sur les fluorochromes, ce qui dégrade
l’échantillon et la qualité des images acquises. Néanmoins, ce problème a été surmonté par
l’élaboration de nouvelles sondes plus ou moins photostables et adaptées pour ce type
d’analyse. Un autre problème rencontré au niveau des microorganismes libres est la mobilité

31
de ces derniers, leur mouvement durant l’acquisition peut donner des trainées sur les images
obtenues. Dans le cas du biofilm, ce problème est très atténué du fait de l’immobilisation des
bactéries (Neu, 2000).

Jusqu'à présent cette méthode s’avère être le moyen le plus intéressant pour étudier les
caractéristiques des biofilms tout en préservant leur structure intiale. D’après Stewart et al.
(1995) les résultats issus du CLSM étaient différents de ceux obtenus à partir de la
microscopie électronique à balayage. Les images du biofilm observées par le CLSM
montraient des colonies sous forme de disques séparées par des vides interstitiels tandis que le
MEB présentait une structure différente, les colonies semblaient rétrécies (déshydratation des
échantillons au cours de la préparation) et les vides interstitiels et les canaux n’existaient plus
(Stewart et al., 1995).

La microscopie confocale peut également être couplée à la spectroscopie Raman, ce qui

permet d'associer les images optiques à des analyses de la composition du biofilm. L’avantage
de cette combinaison réside dans la facilité de manipulation, l’échantillon ne nécessite aucune
préparation ou traitement préalable, et aucun emploi de marqueur ou fluorochrome est exigé.
Les interférences dues à la fluorescence du milieu représentent la seule cause limitant
l’utilisation de cette technique, puisque celle-ci peut masquer les faibles signaux du Raman
(Pätzold et al., 2006 ; Sandt et al., 2007 ; Wagner et al., 2008 ; Allakhverdiev et al., 2009).

Les images acquises par les techniques décrites précédemment permettent de donner des
informations visuelles sur la morphologie du biofilm. Pour quantifier sa structure, un certain
nombre de paramètres sont utilisés tels que la surface, l’épaisseur du biofilm, l’élasticité, la
composition en bactéries et exopolymères, les dimensions fractales etc… (Stoodley et al.,
1999 ; Walker et al. 2001 ; Klapper et al., 2002 ; Pereira et al., 2002 ; Paris et al., 2007 ;
Celmer et al., 2008 ; Wagner et al., 2008).

32
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43
Chapitre 2 : SECTION EXPERIMENTALE
2.1 REACTEUR COUETTE-POISEUILLE

2.1.1 Ecoulement Couette-Poiseuille

L’écoulement de Couette-Poiseuille est la résultante de la superposition d’un écoulement de

Couette généré par le mouvement d’un fluide généré par translation d’une surface par rapport
à une autre, et celui de l’écoulement de Poiseuille généré par un gradient de pression.

Dans le cadre de cette thèse, l'écoulement de Couette-Poiseuille a été réalisé entre deux
cylindres co-axiaux de rayons Rint et Rext (Rint < Rext) avec le cylindre interne tournant à une
vitesse de rotation Ω par rapport au cylindre extérieur fixe. Le profil de vitesses dans l’espace
 ∂P 
annulaire résulte de la superposition d’un profil parabolique de Poiseuille (   constant≠0)
 ∂θ 
entre les deux plans constituants les surfaces des cylindres et du profil de Couette.

2.1.1.1 Ecoulement Couette

Dans le cas d'un écoulement de Couette entre deux cylindres coaxiaux et pour un faible
espace annulaire, le profil de vitesses est donné par l'équation suivante:

B
V (r ) = A + (1)
r

Rint2 Ω
avec A = − 2 et B = − ARext
2

Rext − Rint
2

Avec Ω (rd/s) la vitesse de rotation du cylindre interne.

Le profil de vitesses d’un écoulement Couette est linéaire (figure 12b). Ceci implique qu’une
particule est soumise au même gradient de vitesse (γp) quelle que soit sa position dans le
fluide.

45
 a b V(Rint)=RintΩ

V(Rext)=0

Figure 12 : (a) Géométrie de l'écoulement de Couette. (b) Profil de vitesses dans un écoulement
Couette.

Le gradient de vitesses est exprimé par:

γ p = Rint Ω e (2)

Avec e=(Rext-Rint) l’espace annulaire (m).

Ici le gradient de vitesses est constant ; il permet de calculer facilement la force

hydrodynamique à laquelle est soumise une particule dans l’entrefer du réacteur.

2.1.1.2 Ecoulement de Poiseuille ortho-radial

En ajoutant une entrée et une sortie le long d’une génératrice des cylindres au dispositif ci-
dessus (figure 13), on obtient un écoulement de Poiseuille ortho-radial lorsque les deux
cylindres sont immobiles (par opposition à l’écoulement de Poiseuille classique que l’on
obtient entre deux plans parallèles). L’écoulement est généré par l’imposition contrôlée d’une
différence de pression entre l’entrée et la sortie.

46
 Rext

Rint

Figure 13 : Schéma de l’écoulement de Poiseuille.

Dans un espace annulaire tel que e=Rext–Rint et e << ( Rext+Rint)/2, le profil de vitesses est
exprimé par :

V (ξ ) = 6Vmξ (1 − ξ ) (3)

r − Rint
avec ξ = (position réduite) et Vm vitesse moyenne de l’écoulement.
Rext − Rint

Dans un tel écoulement le profil de vitesses est parabolique (Figure 14), chaque particule dans
l’espace annulaire est soumise à un gradient de vitesses différent.

1.6
1.4
1.2
1
0.8
V/Vm

0.6
0.4
0.2
0
-0.1 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 1.1

Figure 14 : Profil de vitesse dans un écoulement de Poiseuille.

47
La dérivation de l’équation (3) permet le calcul du gradient pariétal de vitesses exprimé par
l’équation suivante :

6Vm
γp = (4)
e

2.1.1.3 Ecoulement de Couette-Poiseuille

La superposition des 2 écoulements décrits plus haut conduit à l’écoulement de Couette-

Poiseuille qui est fonction des conditions opératoires adoptées (vitesse de rotation et débit
d’injection) où différents types d’écoulement peuvent se produire entre les deux cylindres
concentriques. Afin de déterminer le type d’écoulement dans notre réacteur, deux paramètres
adimensionnels doivent être définis :

- Le nombre de Reynolds:

Re = Ve
υ

où V=Rint Ω (m.s-1) est la vitesse linéaire du cylindre interne, e=(Rext-Rint) l’espace

entre les deux cylindres et υ est la viscosité cinématique du fluide (m2.s-1).

- Le nombre de Taylor qui correspond à une combinaison du nombre de Reynolds et d’un

facteur géométrique. Ce nombre est donné par la relation suivante:

Ta= Re(e R int )

1/ 2

La stabilité marginale de cet écoulement a été étudiée par Chandrasekhar (1996) qui établit,
par une approche asymptotique, l’expression du nombre de Taylor critique pour des rapports
(Vq/RintΩ) supérieurs à 3 :

11.36
Tc =
Vq 1
−
Rint Ω 2

avec Vq la vitesse débitante dans le réacteur.

Pour des rapports Vq/RintΩ <3 et plus précisément (0.1<Vq/RintΩ<3) S. Skali-Lami (1991)
donne une expression du nombre de Taylor sous la forme :

48
 25.6
Tc = 0.63
 Vq 
 
R Ω
 int 

Le profil de vitesses de l’écoulement dans le cas général résultant de la superposition de celui

de Couette et de celui de Poiseuille (équations 1 et 3) permet d’établir l’équation suivante :

Rint Ω
V (ξ ) = 6Vmξ (1 − ξ ) + (5)
 Rext2

e( Rext + Rint )  − (eξ + Rint) 
 eξ + Rint 

L’intégration de ce profil de vitesses conduit à l’expression de la vitesse débitante (Vq), (Vm

étant la vitesse débitante de l’écoulement Poiseuille isolé) :

Rint Ω
Vq = Vm + (6)
2

En introduisant ce terme dans l’équation 5, on obtient le profil adimensionnel de vitesses:

V (ξ )  Vq 1
= (1 − ξ ) + 6 − ξ (1 − ξ ) (7)
Rint Ω  Rint Ω 2 

Vq
En posant β = , l’équation devient :
Rint Ω

V (ξ )  1
= (1 − ξ ) + 6ξ (1 − ξ ) β −  (8)
Rint Ω  2

Pour β=1/2, le deuxième terme dans l’équation 8 sera nul, ce qui correspond à un écoulement
de poiseuille nul, et dans ce cas l’écoulement est strictement un écoulement Couette.

L’expression du gradient pariétal sur le cylindre extérieur (ξ=1) est obtenue par dérivation de
l’équation 8 :

  1  1
γ p = Rint Ω 1 − 6 β −  (9)
  2  e

49
Le facteur β (rapport entre la vitesse débitante et la vitesse de rotation du cylindre interne)
détermine le profil de vitesses et par suite le gradient de cisaillement appliqué. Dans cette
thèse, nous avons utilisé deux configurations principales, β=1/2 et β=1/3. Pour β=1/2 nous
avons un écoulement de Couette strict (vitesse d’écoulement maximale à la surface du
cylindre interne et nulle à la surface du cylindre externe). L’expression du gradient de
cisaillement devient :

Rint Ω
γ = (10)
e

Le tableau 1 montre les débits correspondant aux taux de cisaillement appliqués dans ce cas.

Tableau 1 : Quelques mesures du taux de cisaillement avec les débits et vitesses de rotation du
cylindre interne correspondants.

γ (s-1) Ω (t/min) Débit (L/h)

1 0.71 2.21

3 2.16 6.62

6 4.31 13.23

10 7.19 22.05

25 17.97 55.13

D’autre part, pour β = 1/3, la vitesse et le gradient de vitesses sont nuls sur la paroi extérieure.
Cela signifie qu’aucun transport par convection n’a lieu vers cette paroi. Cette situation au
niveau pariétal est l’équivalent d’une zone de stagnation (figure 15), mais avec un
renouvellement du fluide loin de la paroi.

50
 Figure 15 : Comparaison des profils de vitesses des écoulements pour β = 1/3 et β = 1/2.

D’autres profils de vitesses sont aussi possibles en variant β, résumés par le tableau 2 et la
figure 16.

4.4
4
3.6
β=3
3.2
2.8 β=2.5
V(ξ)/RintΩ

2.4
β=2
2
1.6 β=1.5
1.2
β=1
0.8
0.4 β=0.5
0 ξ
-0.4 0 0.2 0.4 0.6 β=0 0.8 1

Figure 16 : Profils de vitesses des écoulements obtenus par variation du rapport de vitesse débitante
sur vitesse de rotation du cylindre interne dans le réacteur Couette-Poiseuille (β).

51
Tableau 2 : Type d’écoulement en fonction de la valeur de β

Mode d’écoulement

β < 1/3 Ecoulement retour : Le liquide à proximité de la paroi extérieure

se déplace en sens inverse de l’écoulement principal.

1/3< β<1/2 Régime compétitif : Le profil de vitesse est compris entre le profil
de vitesses d’un écoulement de Couette et un profil à la limite de
l’écoulement retour

1/2< β Ecoulement de Poiseuille dominant : La vitesse débitante est

grande par rapport à la vitesse de rotation du cylindre

L’utilisation du réacteur Couette-Poiseuille permet alors d’étudier le développement des

biofilms sous différentes configurations d’écoulement, offrant ainsi une large gamme de
conditions hydrodynamiques en faisant varier le rapport de la vitesse de rotation du cylindre
sur la vitesse débitante.

2.1.2 Dispositif expérimental

Le réacteur Couette-Poiseuille utilisé pour étudier le développement des biofilms dans des
conditions contrôlées d’écoulement et de cisaillement a été fabriqué aux ateliers du
Laboratoire d'Énergétique et de Mécanique Théorique et Appliquée (LEMTA).

Il est constitué de deux cylindres concentriques en polychlorure de vinyle (PVC), espacés de

3.5 mm (figure 17). Le cylindre extérieur de rayon 5cm et de hauteur 10 cm est statique et
porte 16 coupons de prélèvement de 16mm de diamètre. La surface concave de ceux-ci est
ajustée pour s’adapter à la forme du cylindre extérieur. Le cylindre interne est plein et
entraîné par un moteur à vitesse réglable (Dunkermotoren, Germany) de façon à contrôler sa
vitesse de rotation autour de son axe. A l’entrée du réacteur, un divergent est installé pour
assurer une distribution homogène du liquide entrant sur toute la hauteur du réacteur.

52
 Figure 17 : Coupe longitudinale (A) et transversale (B) du réacteur Couette-Poiseuille.

Comme nous l'avons vu ci-dessus, ce réacteur permet d'obtenir différents profils de vitesses
par simple variation du débit du fluide et de la vitesse de rotation du cylindre interne. La
première configuration utilisée est celle d’un écoulement Couette strict (β=1/2) avec des
gradients de cisaillement de 1 et 6 s-1 qui correspondent respectivement à des débits de 2.21 et
13.23 L/h. Dans ces conditions, le nombre de Reynolds est respectivement de 12.27 et 73.59
pour les gradients 1 et 6 s-1 ce qui donne un écoulement laminaire pour les deux gradients.

Le but de l’application de la deuxième configuration (β=1/3) est d’essayer de ralentir le plus

possible le développement du biofilm sur la surface des coupons. Les mêmes vitesses de
rotation correspondant aux 1 et 6 s-1 sont appliquées dans cette configuration. Les débits pour
les gradients 1 et 6 s-1 (pour β=1/3) sont respectivement de 1.47 et 8.82 L/h et les nombres de
Reynolds correspondant sont respectivement 4.08 et 24.5.

2.1.3 Montage expérimental

Un volume de 15 litres d’eaux usées, versé dans une cuve carrée en plexiglas de 25 cm
d'arrête, constitue le réservoir d’alimentation du réacteur. L’eau dans la cuve est maintenue
sous agitation par un agitateur tournant à une vitesse de 150 tours/minutes à l’aide d’une
palette repliable en polypropylène de diamètre 98.5 mm, et dont la longueur d’axe est de 350
mm et de diamètre de l’axe 8mm (VWR 442-2121). L’eau est pompée de la cuve à l’intérieur
du réacteur à l’aide d’une pompe immergée à débit réglable (Fisher W75601) lequel est

53
déterminé en fonction du taux de cisaillement appliqué dans chaque expérience (1s-1 et 6s-1)
(figure 18).

Moteur

Coupons

Pompe immergée Moteur

Figure 18 : Schéma du montage expérimental pour la croissance des biofilms.

Les tuyaux d'alimentation et de recirculation sont en polyuréthane (Legris 1025406K02) de 4

mm de diamètre interne. Le positionnement du tuyau de retour joue un grand rôle dans le
contrôle du débit de l’eau pompée. En effet le réglage fin du débit correspondant à la vitesse
de cisaillement appliquée est réalisé par l’ajustement de la hauteur de ce tuyau.

Pour maintenir la pression atmosphérique à l’intérieur du réacteur, une pipette en plastique a

été introduite dans le couvercle du réacteur.

2.2 MISE EN MARCHE DU REACTEUR

Le déroulement des expériences a été limité à 5 jours puisque l'accès à la station d'épuration
pour le prélèvement des eaux usées n'a pu avoir lieu en dehors des jours ouvrables. Le
prélèvement a été quotidien et aucun stockage n'a été effectué pour éviter de modifier les
caractéristiques des eaux usées et ainsi altérer les conditions de croissance du biofilm. Comme
les eaux usées sont fortement chargées, le développement du biofilm a débuté rapidement

54
(12h après le démarrage de l'alimentation du réacteur), et après 5 jours d'expérience des
biofilms épais (jusqu'à 300 µm) se sont développés à la surface des coupons.

2.2.1 Prélèvement d’eaux usées

Les eaux usées ont été prélevées à la station d'épuration de Maxéville-Nancy. Cette station a
été mise en service en 1971, a une capacité de 600 000 Equivalents habitants (300 000 pour la
filière urbaine et 300 000 pour la filière industrielle). Elle traite les eaux usées de toutes les
communes de l'agglomération du Grand Nancy ainsi que les eaux usées industrielles des
brasseries situées à Champigneulles à raison d’un débit de 93 000 m3/jour.

A leur arrivée à la station, les eaux usées sont relevées par des vis sans fin (vis d'Archimède)
et débarrassées de leurs gros déchets, sables et graisses, puis des matières en suspension dans
des décanteurs lamellaires. Ensuite la pollution dissoute est éliminée par des bactéries qui se
développent dans un réacteur de type Biolift. Ces bactéries forment des boues qui se déposent
dans des clarificateurs et sont ainsi séparées de l'eau, qui, épurée, peut retourner après une
déphosphatation physicochimique à la rivière (Meurthe).

Les eaux usées, nécessaires pour la réalisation des expériences, ont été prélevées au niveau du
bassin C après les opérations de dégrillage, dessablage et déshuilage afin d'éviter que la
graisse et les grosses particules de l'eau usée puissent colmater la pompe et les tuyaux du
réacteur de croissance des biofilms.

2.2.2 Paramètres de suivi

Les eaux usées sont prélevées à l’aide d’une gamelle en plastique (bécher en plastique de 1 L
au bout d'un manche télescopique) et transportées au laboratoire dans un jerrican en
polyéthylène de 20L. Elles sont renouvelées quotidiennement pendant une semaine pour
assurer un apport suffisant en bactéries et nutriments pendant la durée de l'expérience. Le
temps entre prélèvement des eaux usées et démarrage du réacteur, après renouvellement de la
suspension bactérienne, est environ de 30 à 60 min.

Les caractéristiques physicochimiques des eaux usées ainsi que la densité bactérienne sont
mesurées toutes les heures après renouvellement de l'eau du réacteur. Le pH, la conductivité,
le potentiel redox et l’oxygène dissous, sont mesurés par un multiparamètre (WTW,
Mutltiline F/SET), alors que la turbidité est évaluée par un appareil de type Hach 2100P.

55
La densité bactérienne dans les eaux usées est déterminée par un comptage sur cellule de
Thomas (VWR 720-0150). La profondeur de la cellule est de 0,1 mm et son quadrillage est
composé de 5 grands carrés avec le carré central divisé en 16 carrés qui sont à nouveau
redivisés en 16 petits carrés. Chaque petit carré forme la zone de comptage qui a une surface
de 25×10-4 mm2 (1 bactérie par champ ≡ 4×106 bact/mL) (Figure 19).

Figure 19 : Représentation du quadrillage de la cellule de Thomas.

Avant dénombrement, la suspension bactérienne est homogénéisée pendant 15 min en

utilisant un vortex (Velp scientifica, zx3). Le comptage des bactéries a été effectué sur 15 à 20
zones différentes en utilisant un objectif ×40. Pour avoir une numération correcte, il faut avoir
entre 5 à 20 cellules bactériennes par champ de comptage (cas idéal). Une dilution des eaux
usées a du être effectuée au préalable.

La densité N de l’inoculum (bactéries/ mL) est calculée en utilisant l’équation :

n
N= × (4 × 10 6 ) = n × (4 × 10 6 )
x

n : nombre de bactéries comptées, x : nombre de carrés comptés (erreur = 1/√x).

2.2.3 Prélèvement et stockage des coupons

L'inconvénient majeur du réacteur Couette-Poiseuille réside dans le prélèvement des coupons.

En effet, le moteur doit être arrêté, et le réacteur vidé délicatement de façon à pouvoir retirer
le coupon sans avoir une projection d’eau usée qui pourrait détacher le biofilm. Un tel

56
jaillissement pourrait décrocher les biofilms sur les coupons restants et ainsi changer la
morphologie de ceux-ci.

Le deuxième inconvénient que présente ce réacteur est la formation d'un dépôt dans sa partie
inférieure. Ce phénomène de dépôt a été remarqué au cours de la première expérience.
Initialement, le suivi de développement du biofilm devait être étudié sur les deux séries de
coupons inférieurs et supérieurs du réacteur. La quantité de dépôt s'est en fait avérée être
beaucoup plus importante sur les coupons inférieurs en raison de la décantation d'une partie
des matières en suspension. En conséquence, dans la suite des expériences, nous avons
prélevé uniquement les coupons supérieurs du cylindre externe. De fait, le nombre de coupons
a été réduit à 8 (à la place de 16), ce qui diminue du même coup le nombre de biofilms
étudiés.

Dans la configuration β=1/2, deux expériences ont été réalisées pour chaque gradient étudié (1
et 6 s-1). La première expérience a été réalisée pendant 5 jours ; le premier coupon a été
prélevé 12h après le démarrage du réacteur puis les prélèvements ont été réalisés toutes les
24h. La durée de la deuxième expérience est de 24h, et les prélèvements sont effectués après
une heure de mise en marche du réacteur pour le premier coupon puis à des intervalles de 5h
pour les autres coupons.

Dans la configuration β=1/3, les expériences ont été réalisées pendant 5 jours ; le premier
coupon est prélevé après 12h, puis les prélèvements sont effectués toutes les 24h.

Après récupération d'un coupon, l'excès d'eau est éliminé par égouttage en faisant très
attention à ne pas perdre le biofilm. Le coupon est ensuite pesé et placé dans une petite boîte
(partie contenant le biofilm vers le haut) contenant au fond quelques mL d’eau ultrapure de
façon à saturer en vapeur d'eau la boîte et éviter le dessèchement du biofilm. La boîte est
stockée en chambre froide à 4°C avant observation en microscopie confocale à balayage laser.
L’observation est réalisée le plus tôt possible, en général 1 jour après le prélèvement des
coupons afin de minimiser le temps d’évolution du biofilm. Quelques coupons (qui seront
indiqués dans la suite) ont été observés une semaine après le prélèvement en raison de la non-
disponibilité du microscope ; ces coupons ont révélé un développement de champignons et de
microorganismes sur le biofilm observé.

57
2.3 LA MICROSCOPIE CONFOCALE

Les coupons obtenus dans les différentes expériences ont été observés par un microscope
inversé Nikon TE 2000U Eclipse équipé d’une tête confocale Radiance 2100AGR-3Q Biorad
et de 4 sources laser fournissant 7 longueurs d’onde d’excitation différentes.

2.3.1 Principe et généralités

La microscopie optique classique (épi-fluorescence) donne des images de résolution limitée et

peu contrastées puisque l'éclairage du champ d’observation se fait sur toute l’épaisseur de
l’échantillon. Ainsi l’image obtenue rassemble l’ensemble des photons issus de l’échantillon
et de points situés en dehors du plan focal. On observe de plus une perte de résolution, en
particulier dans la direction de l’axe optique (z), qui provient de la collection des photons
émis par les plans au voisinage du plan focal. Par ailleurs, lorsque l'échantillon est incliné par
rapport à l'objectif, seule une partie de l'objet est nette dans l’image.

Le principe de la microscopie confocale (CLSM), illustré dans la figure 20, a permis de

résoudre ces différents problèmes. La surface de l’échantillon est éclairée par un faisceau
laser, et la fluorescence et la lumière parasite de rétro-diffusion sont ensuite réfléchies par un
miroir dichroïque. Avant d’atteindre le détecteur (tube photomultiplicateur), le faisceau
lumineux passe par un diaphragme ajustable, appelé « pinhole », au niveau du foyer arrière de
l’objectif (plan focal conjugué au plan focal de l’objectif), placé devant le détecteur. Ce
diaphragme permet la sélection des photons arrivant au détecteur et seuls les photons
participant à la formation de l’image de l’échantillon sont récupérés (Földes-Papp et al.,
2003). Ceci permet d’augmenter la résolution de l’image obtenue, d’éliminer les signaux
provenant des régions défocalisées, d’éliminer le bruit de fond provenant de la dispersion de
la lumière à travers l’échantillon, d’optimiser le rapport signal/bruit, et permet l’acquisition
des images en 2D et 3D qui pourront faire l’objet d’une reconstruction 3D (Halbhuber et
Konig, 2003).

58
 détecteur

Section optique
x
y

déplacement vertical

Figure 20 : Schéma du principe du microscope confocal

Un avantage important de l’emploi du microscope confocal à balayage est de pouvoir se

déplacer en z d'un pas défini constant dz, et à chaque avancée d'un pas, une image xy est
enregistrée dans la mémoire de l'ordinateur. En fin d’acquisition, une pile de sections optiques
(images xy) espacées de dz est obtenue, la somme des projections des images xy donne une
image globale 2D. D’autre part, un fichier numérique contenant des images de dimension x y
z est également stocké.

2.3.2 Préparation des échantillons

Avant d’observer les biofilms au CLSM, ces derniers sont colorés par un fluorochrome.
L’acridine orange, utilisée dans notre étude, est un fluorochrome à longueur d’onde
d’excitation et d’émission spécifique du marquage des acides nucléiques (ADN et ARN) ainsi
que des exopolymères extracellulaires (Wirtanen et al., 2001 ; Jana-Sur and Chakraborty,
2005). L’acridine orange se comporte différemment vis à vis de l’ADN et de l’ARN. En
présence d’ADN qui est une double hélice comprenant deux brins de nucléotides, l’acridine
orange s’intercale entre les deux brins et cette nouvelle forme une fois excitée émet dans le
vert avec un maximum de 530 nm. En présence d’ARN qui est constitué d'un simple brin, une
liaison électrostatique (condensation) prend place entre l’acridine orange et les nucléotides
présents sur le brin, la nouvelle forme émettant alors dans le rouge avec un maximum à 640
nm (Frenster, 1971 ; Lauretti et al., 2003 ; Darzynkiewicz, 1990). L’acridine orange a
59
également été utilisée pour l’identification des acides mucopolysaccharides et des protéines
glycosilées (Saunders, 1964 ; Hichs and Matthaei, 1958) ainsi que les protéines formant les
endospores (Schichnes et al., 2006).

Pour réaliser cette coloration, l’acridine orange est déposée sur l’échantillon de biofilm placé
sur le coupon à l’aide d’une micropipette de 100µL ; le coupon est remué doucement pour
disperser le colorant sur la totalité de la surface, puis il est placé à l’obscurité pendant 20 à 30
min pour la fixation de l’acridine sur le biofilm. Pour éliminer l’excès de fluorochrome, le
coupon est trempé dans de l’eau ultra pure à plusieurs reprises jusqu’à élimination de l’excès
d’acridine. Comme le montre la figure 21, le coupon est ensuite placé sur un dispositif
comprenant une lame en quartz contenant de l’eau ultrapure pour maintenir l’hydratation de
l’échantillon. Les observations en microscopie confocale sont réalisées avec les objectifs x4 et
x20 (figure 21).

20 min Plaque du
obscurité microscope
Lamelle en
Eau ultra quartz
Ajout d’acridine pure Objectif (X4 et X20)
orange Elimination de l’excès de
l’acridine orange

Figure 21 : Schéma descriptif du dispositif d’installation de l’échantillon sur la platine du microscope

Durant le balayage des échantillons par confocal, le mode « Lambda-Strobing » a été utilisé.
Ce mode consiste à exciter ligne par ligne l’échantillon afin de minimiser l’interférence des
plans voisins « bleed-through ». Par ailleurs, le microscope confocal a été placé sur une table
pneumatique anti-vibration de façon à réduire au maximum toute action mécanique pouvant
s’exercer sur le biofilm. Les piles d’images (512x512 pixel2) sont générées par le logiciel
accompagnant le microscope confocal (LaserSharp2000TM software Bio-Rad Cell Science
Division).

Bien que les bords aient également été observés, l'acquisition des images a essentiellement été
effectuée sur la partie centrale du coupon. En fonction de la répartition spatiale du biofilm sur
le coupon, 3 à 4 images (objectif x4) et 4 à 6 images (objectif x20) ont été acquises par
coupon et destinées ultérieurement au traitement d’image.

60
2.4 TRAITEMENT D’IMAGES

Malgré les nombreux avantages de la microscopie confocale, les images acquises sont parfois
bruitées et présentent le plus souvent des régions floues (blurred en anglais) surtout à cause de
la fluorescence interférente de la surface du coupon dans notre cas. Une ou plusieurs étapes de
traitement des images sont donc nécessaires pour améliorer la résolution (éliminer le bruit de
fond). Ces traitements visent à atténuer le bruit mesuré sur le détecteur, à améliorer la
résolution par élimination des régions défocalisées (debluring) et à diminuer le rapport
signal/bruit afin de pouvoir effectuer une reconstruction 3D de qualité et réaliser les analyses
quantitatives sans interférence.

Différents logiciels ont été mis en œuvre pour l’amélioration de la résolution des images
figure 22).

Microscopie confocale/LaserSharp2000
Observation, obtention de sections, acquisition et
stockage d’images, Réattribution spectrale des
signaux

AutoQuantX
Soustraction du bruit de fond, redimensionnement et
déconvolution 3D des images

ImageJ
Seuillage en niveau de gris

Gocad
Analyse morphométrique et reconstruction 3D

Figure 22 : Organigramme du traitement d’images.

2.4.1 LaserSharp 2000TM (Bio-Rad Cell Science Division)

Ce logiciel est le logiciel accompagnant le microscope confocal. Dans un premier temps il

permet l’acquisition des piles d’images lors de l’observation des échantillons. Il permet
ensuite l’ouverture directe des fichiers contenant les piles d’images sur un autre ordinateur, et
l’obtention des dimensions de l’image, le nombre de coupes et le spacing (distance entre deux

61
coupes dz). Ce logiciel permet aussi la réattribution spectrale des signaux de fluorescence en
appliquant un algorithme de calcul représenté par la fonction « Reassignement ».
L’application de cet algorithme permet l’amélioration de la séparation des canaux de
fluorescences émises par les bactéries et les exopolymères ainsi que par le support.

2.4.2 AutoquantX-Autodeblur

En imagerie des systèmes optiques, l’image d’un point est une réponse impulsionnelle qui
correspond à une fonction bidimensionnelle appelée fonction d’étalement du point ou « Point
Spread Function, PSF ». La somme de ces PSF formera alors l’image.

La résolution est limitée par cette fonction d’étalement qui est la description mathématique du
disque d’Airy (tache de diffraction) obtenue à partir de chaque point de l’échantillon. L’image
est alors la convolution entre ce point lumineux (parfait dans l’absolu) et le système optique
dans son ensemble. Comme l’illustre la figure 23, grâce au plan focal (sténopé) utilisé en
microscopie confocale la résolution est meilleure que celle obtenue par microscopie
conventionnelle (Héliot, 2005).

Même si la résolution est meilleure, les images obtenues ne donnent néanmoins qu’une
connaissance approximative de la PSF et présentent plusieurs aberrations en particulier
l’élongation au niveau de l’axe vertical (Z). Pour pouvoir établir des calculs quantitatifs à
partir des images, il est impératif d’éliminer ou d'atténuer ces défauts. La déconvolution est un
moyen de traitement d’image appliquant différents types d’algorithme (Chomik et al., 1997,
Holmes, 1988).

En général, les algorithmes appliqués dans la déconvolution 3D se basent sur la PSF comme
paramètre essentiel. Comme les informations concernant la PSF dans les images acquises par
microscopie confocale sont limitées, l’emploi d’un algorithme ne nécessitant pas la PSF
comme paramètre de base est plus intéressant.

62
 Figure 23 : Comparaison des fonctions d’étalement du point en microscopie conventionnelle (à
gauche) et confocale (à droite). L’intensité de lumière est représentée négativement (en sombre). (Base
de la microscopie confocale, Bordeaux 2005).

La méthode de déconvolution utilisée dans cette thèse est la « Blind deconvolution » qui met
en œuvre un algorithme présentant l’avantage de s’adapter à la PSF réelle du microscope qui
peut être significativement différente de la PSF théorique et de la PSF mesurée. En
conséquence, le logiciel utilise une PSF adaptative avec un certain nombre d’itérations, les
fluorescences parasites étant alors automatiquement éliminées et les images ainsi restaurées
ne possèdant que des valeurs positives et un meilleur rapport signal/bruit. Cette méthode
comporte aussi des algorithmes itératifs et contraints se basant sur la statistique de voisinage
local (local neighbourhood statistics), ce qui exige une connaissance préalable de la
corrélation que partage un pixel avec son voisin (Razaz et Nicholson, 2000).

En général, la pile d’images est redimensionnée par ré-échantillonnage (Resize), et de

nouvelles images intermédiaires sont créées. Ceci permet d’avoir un « spacing » (dz), pas
entre deux sections optiques consécutives, plus petit que le pas résolu qui est fixé
normalement avant l'acquisition des images par CLSM. Quand le pas en z fixé avant
déconvolution est inférieur à ½ du pas réel, on obtient une meilleure résolution spatiale et la
restauration des coupes optiques est améliorée.

63
Le logiciel que nous avons utilisé est AutoquantX-Autodeblur (MediaCybernetics, Version
X1.4.1). Ce logiciel a permis l’amélioration de la résolution et la correction des distorsions
(deblurring) de l’image (Razaz et Nicholson, 2000, Landmann, 2002, Holmes, 1988).

L’emploi de AutoquantX-Autodeblur a permis de réaliser les différentes étapes suivantes :

1 - Une amélioration du rapport signal/bruit grâce à l’application d’un filtrage de

l’arrière plan « Background subtraction ». Ainsi, toute zone contenant une quantité
de bruit importante et un nombre de données minimal est sélectionnée, et un
algorithme de calcul est appliqué. Celui-ci élimine tous les points possédant des
intensités égales ou inférieures à ceux qui se trouvent dans la région choisie.

2 - Un re-dimensionnement de l’image « Resize »: des coupes intermédiaires sont

intercalées dans la pile d’images obtenue afin d’obtenir un pas en Z inférieur au pas
résolu (fixé par l’appareil) ce qui entraîne une déconvolution plus efficace. En
général, ce facteur ne doit pas dépasser 2 car si le pas fixé Z est inférieur à ½ du pas
réel, on obtient une meilleure résolution spatiale et la restauration des coupes
optiques est améliorée.

3 - Une déconvolution 3D: cette déconvolution 3D peut se faire sur chaque canal
particulier ou sur l’ensemble de l’image comprenant les 3 canaux mais dans ce
dernier cas, l’opération prendra plus de temps. Le temps de déconvolution dépend du
nombre de coupes et de la quantité de données qui se trouve dans l’image. La PSF
adaptative utilisée comprend 30 itérations de déconvolution avec une suppression
moyenne du bruit et un traitement bloc à bloc activé (Z montage) si le nombre de
coupes optiques est supérieur à 100.

4 - Un enregistrement des piles d’images déconvoluées 32 bits au format .raw et .ipl

Les étapes concernant la soustraction de l’arrière plan, le resize et la déconvolution sont

effectuées sur l’ensemble des piles d’images, mais pour l’étape de sauvegarde, chaque canal
est sauvegardé à part. Trois fichiers numériques sont donc finalement obtenus. Chaque fichier
renferme une pile d’images se rapportant à chaque canal (bactéries, exopolymères et coupon).
Ceci constitue une étape primordiale pour l’application des traitements d’image ultérieurs car
ils seront réalisés séparément sur chaque canal.

64
Cette première étape de traitement d'image prend de 1 à 3h selon l’épaisseur du biofilm et de
sa surface. L’image d’un biofilm de 100 µm d’épaisseur nécessite environ 2h de
déconvolution.

La figure 24 donne un exemple du résultat de la déconvolution 3D d’une image obtenue au

microscope confocal avec un grandissement x20. L’image montre que le bruit de fond est bien
atténué, le contour du biofilm est mieux visible, et en conséquence les informations
numériques de l’image sont plus précises ce qui permettra une meilleure quantification des
caractéristiques morphométriques dans les traitements ultérieurs.

100µm 100µm

Figure 24 : Image obtenue par microscopie confocale (à gauche) et résultat du traitement de l’image
par l’intermédiaire d’AutoquantX-Autodeblur (à droite).

2.4.3 Image J

Les images déconvoluées subissent un seuillage (thresholding) et une binarisation (Binary).

Cette étape est réalisée par l’intermédiaire du logiciel Image J (MacBiophotonics), développé
en language Java par le NIH « National Institute of Mental Health » à Bethesda, Maryland –
USA.

La binarisation est le processus de conversion d’une image signal non idéale en une image
binaire idéale. Elle consiste à appliquer un algorithme de calcul qui répartira les pixels en
deux classes noir et blanc. En particulier, elle donne la valeur 1 aux structures qui vérifient les
critères sélectionnés et 0 aux autres, 0 étant pour le groupe présentant le fond de l’image
65
(groupe blanc) et 1 pour les pixels appartenant à l’image (groupe noir). Une fois l’image
binaire obtenue plusieurs analyses et calculs peuvent être appliqués (Chehikian, 1989). Le
résultat du seuillage est une image binaire contenant des pixels noirs et blancs, d’où le terme
de binarisation.

Le seuillage en niveaux de gris de l’image consiste alors à fixer un intervalle de valeurs où

tous les pixels ayant une valeur plus petite que la borne inférieure de l’intervalle seront remis
à zéro et seront considérés comme faisant partie du fond de l’image, alors que les pixels
appartenant à l’intervalle sélectionné seront considérés comme constituants de l’image. Il faut
faire attention au choix de cet intervalle, un seuillage faible risque de garder des pixels qui ne
font pas partie de l’image ce qui donne du bruit de fond ; en revanche, un seuillage fort peut
éliminer des données appartenant à l'objet.

La figure 25 illustre la binarisation et le seuillage effectués sur une section optique (numéro
55) d’une image de biofilm comprenant 120 coupes.

Application du logiciel Image J

Les piles d’image sont chargées en niveaux de gris et transformées en 8-bits à la place de 32-
bits. Les propriétés x, y et z sont ensuite ajustées suivant les valeurs obtenues après le re-
dimensionnement. Un seuillage binaire est ensuite appliqué, le résultat étant une image
binaire à deux classes noir et blanc. Un algorithme morphologique d’érosion est appliqué.
L’érosion consiste à définir un élément structurant X original qui est un pixel avec le nombre
de points l’entourant à une distance symétrique. Tout pixel de l’image ne respectant pas
l’élément structurant X sera éliminé par érosion. L’érosion ne préserve pas la connexité par
contre la dilatation la préserve si l’élément structurant est connexe.

Une fois l’érosion appliquée, la nouvelle image est comparée avec l’image brute afin d’éviter
la suppression de pixels correspondant au biofilm lors du seuillage. Après le traitement avec
Image J, la pile d’images obtenue sera un ensemble de n fichiers (n= nombre de coupes) qui
seront sauvegardés individuellement. Le plugin « Gocad writer », développé par Christian
Mustin (LIMOS-FST/UHP-CNRS 7137), permet l’enregistrement automatique de ces fichiers
ainsi que la conversion des images en fichiers sous format (.vs) « point set » adéquats pour le
chargement de données sur « Gocad® ». Grâce à « Gocad writer » le temps de traitement
d’image par Image J est passé d’une demi-journée à environ 1h par image/par canal.

66
 a b

Figure 25 : A gauche : Image de biofilm après déconvolution (120 coupes) ; A droite :

Impression d’écran montrant le logiciel Image J avec la barre d’outils en haut de l’écran avec
a) image seuillée et binarisée b) image seuillée binarisée et érodée de la coupe 55 de la pile de
sections optiques correspondants à l’image à gauche.

2.4.4 Gocad®

Le traitement d’image décrit précédemment n’est en fait qu’une étape préparatoire permettant
d'améliorer et de définir les données contenues dans les images des biofilms acquises par
microscopie confocale. L'objectif final est d’effectuer une reconstruction 3D du biofilm
permettant une analyse morphométrique de celui-ci. Cette étape a été réalisée grâce au
logiciel « Gocad® ».

Gocad® est un logiciel développé à l’Ecole Nationale Supérieure de Géologie de Nancy

(ENSG-France). Il est utilisé principalement par les compagnies pétrolières, minières et les
universités. Gocad® est un géomodeleur qui définit des fonctionnalités pour la représentation
3D d’objets. Il est programmé en langage C et C++ permettant l’application de plusieurs
opérations et algorithmes définissant différents paramètres et propriétés de l’objet reconstruit.
Par rapport à un système bien défini, un système naturel présente généralement de
nombreuses contraintes telles que des discontinuités dans la structure, des trous, des zones
découpées, une structure tourmentée, etc… (Moyen, 2005). Gocad®, grâce aux modèles et
aux opérations qu’il contient, peut créer des modèles représentatifs d’un système naturel en

67
tenant compte de toutes ces contraintes. L’objet sera représenté par un ensemble de nœuds
(points) interconnectés dont chacun possède des coordonnés x, y et z dans l’espace. Un
modèle peut être représenté sous forme continue ou discrète. Le modèle continu est mal
adapté pour les systèmes naturels comprenant des trous ou des discontinuités dans la structure
(Moyen, 2005). Le modèle discret nécessite un maillage (schéma topologique) qui relie les
éléments de l’objet entre eux. Selon les critères de présentation de l’objet, le maillage peut
être structuré ou non structuré. Dans le maillage structuré, à l’inverse du maillage non
structuré, des motifs répétitifs sont créés et les connections entre les nœuds suivent des règles
bien déterminées. Le maillage volumique dépend de deux critères : la façon dont les nœuds
sont connectés et la position des nœuds (géométrie) dans la structure 3D. Le maillage
structuré comprend deux représentations, la grille régulière (voxet) et la grille irrégulière
(Sgrid) (figure 26). Dans notre étude, nous nous sommes basés sur le maillage en grille
régulière. Le voxet représente alors le volume dans lequel les sections optiques 2D sont
classées et le voxel représentera l’unité de base pour effectuer le traitement. Dans ce cas, le
voxel sera l’équivalent du pixel et correspondra à l’unité volumique du pixel.

a)
b)

Figure 26 : a) Exemple de maillage structuré régulier (Voxet), b) maillage structuré irrégulier (Sgrid)
(Moyen, 2005).

Le voxet se présente alors comme une grille cartésienne dans laquelle les volumes sont
représentés sous forme d’ensemble de cubes ou de parallélépipèdes élémentaires (figure 26a)
qui s’empilent suivant les trois axes. L’espace dans la mémoire de l'ordinateur occupé par ces
objets est faible. En revanche, ce type de grille ne possède aucune souplesse lors de

68
l’accommodation des objets de formes complexes. Ces objets présentent l’inconvénient
d’occuper des volumes très importants en mémoire.

Application de Gocad®
La première étape consiste à charger les fichiers « .vs » générés par Image J et correspondant
à chaque canal dans Gocad. L’ensemble des points formant ainsi chaque canal est donc
affiché et une propriété correspondante à chaque canal est créée. Une grille régulière
« voxet » est alors créée dans laquelle les sections optiques 2D seront classées. Les
dimensions de la grille correspondent normalement aux dimensions de l’image données en u,
v et w qui sont respectivement 512, 512 et le nombre de coupes. Afin de diminuer la taille du
fichier, une modification (réduction) de ces dimensions est possible mais ceci est déconseillé
car la résolution peut diminuer fortement si la taille est trop réduite, ce qui peut influencer les
calculs ultérieurs.

L’utilisation de l’acridine orange comme fluorochrome lors des acquisitions par le CLSM a
permis de collecter séparément les fluorescences émises par les bactéries et celles émises par
les EPS. Ceci permet de définir des voxets et des propriétés bien différents pour les bactéries
et pour les EPS. Les cellules bactériennes et les molécules des exopolymères seront
représentées sous forme parallélépipède. De plus les voxels « bactéries » seront désignés par
la couleur verte et les voxels « EPS » par la couleur rouge (figure 27).

Nombre de
coupes

512 pixels

Figure 27 : Représentation schématique du voxet contenant l’unité structurale le voxel (petits

parallélépipèdes : rouge = EPS et vert=bactéries).

Pour le calcul des caractéristiques du biofilm, sa densité, son volume, son épaisseur, la co-
localisation bactéries/exopolymères, la distribution des bactéries et des EPS dans le biofilm,

69
des programmes en langage C « Script » correspondant ont été développés par Guillaume
Caumon (Ecole Nationale Supérieure de Géologie de Nancy-ENSG-France). Ces scripts sont
appliqués sur l’objet (voxet) ou plus précisément sur les propriétés contenues dans le voxet
(bacteries et EPS). Avant d’utiliser un script, il est important de lire attentivement son contenu
pour donner aux nouvelles propriétés créées le même nom que celui qui figure dans le script
de façon à pouvoir stocker et visualiser le paramètre calculé. Dans notre cas la propriété
bactérie est nommée « vert » et celle des EPS est appelée « rouge ».

Les différents scripts appliqués sont:

1/ Erosion/dilatation: L’image binaire issue du traitement par Image J contient des voxels
(pixels) isolés qui peuvent gêner la quantification des voxels appartenant au biofilm. Un
filtrage par des séries de dilatation et d’érosion est donc effectué sur les données binaires dans
le voxet. Cette étape consiste à ajouter (cas de la dilatation) ou à supprimer (cas de l'érosion)
un voxel donné en se basant sur le nombre de ces voisins. La dilatation convertit un voxel du
fond de l’image (en contact avec les voxels du biofilm) en un voxel du biofilm (foreground).
En revanche, l’érosion transforme un voxel du biofilm (en contact avec les voxels du fond de
l’image) en un voxel du fond de l’image. La difficulté de ce type de filtrage réside dans
l’ordre de l’application de la dilatation et de l’érosion, et dans le choix des voxels à ajouter ou
à supprimer.

Pour effectuer cette commande de dilatation/érosion, un script (cf. annexe) a été développé
qui tient compte d'une part des 26 voxels entourant le voxel d’intérêt, et d'autre part, de la
connexion 3D entre les sections d’images d’une pile donnée. La mise au point de ce script sur
une série d’images de biofilm a aboutit à l’application d’un cycle de dilatation suivi par deux
cycles d’érosion sur une image donnée. La dilatation et l’érosion ont été appliquées en prenant
en compte, respectivement au moins 22 et 25 voxels de voisinage. Ce nombre varie suivant
l’épaisseur du biofilm et sa répartition 3D. Ainsi, pour un petit biofilm (30 µm et occupant
une petite surface) le nombre de voisins a été 15 et 20 respectivement pour la dilatation et
l’érosion. Ainsi le temps de traitement a été prolongé car il fallait tester sur chaque image le
nombre convenable de voisins à mettre dans le script.

L’application de ce script constitue une étape primordiale pour bien définir les constituants du
biofilm et éliminer les cellules isolées qui peuvent fausser les résultats et éliminer tout bruit. Il

70
permet ultérieurement une reconstruction 3D adéquate et les calculs correspondants des
structures du biofilm.

2/ Population de biofilm: Un script Gocad® basé sur les données issues des fluorescences des
bactéries et des EPS a été développé pour déterminer la contribution exacte de bactéries et de
polymères dans le biofilm. Ce script donne le nombre de bactéries et des EPS ainsi que le
nombre de voxels qui ont les mêmes coordonnées en x, y et z dans les voxets des bactéries et
ceux des EPS.

3/ Volume du biofilm: Les volumes des bactéries et des EPS ont été calculés séparément en
multipliant le nombre des voxels par le volume unitaire du voxel. Le volume unitaire du voxel
est calculé par multiplication des coordonnées x* y*z de chaque pixel. Nous rappelons que
ces coordonnées correspondent aux pas obtenus par microscopie confocale.

Pour calculer le volume global du biofilm un script (annexe) consistant à fusionner les voxels
des bactéries et des EPS a été développé. La fusion donne lieu à un nouveau voxet en or
logique, et le volume du biofilm a été ensuite calculé comme mentionné précédemment.

4/ Surface du biofilm : le calcul de la surface du biofilm a été réalisé par la détermination du

nombre de voxels formant la base du biofilm (partie adhérente à la surface du coupon) puis en
le multipliant par la surface du voxel (Gocad® script). Le pourcentage de recouvrement de la
surface est ensuite calculé en rapportant la surface obtenue à la surface totale du coupon
(344510 µm2).

5/ Epaisseur: L’épaisseur du biofilm a été calculée par projection des voxels les plus hauts
sur la base du biofilm (plan basal inférieur du voxet), et le nombre de voxels entre chaque
voxel haut et la base a été déterminé. L’histogramme représentant le nombre de voxels hauts
en fonction de leur hauteur a alors été tracé. De cette façon, l’épaisseur moyenne du biofilm
correspond à la médiane de la courbe gaussienne ajustée de l’histogramme (figure 28). Enfin,
le profil d’épaisseur du biofilm (mono-, pseudo-, bi-, poly-modal,…) a été déterminé en
utilisant le même histogramme, mais en soustrayant le nombre de voxels 0.

71
Figure 28 : Histogramme représentatif de l’épaisseur calculée dans Gocad®.

72
 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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75
Chapitre 3 : INHIBITION HYDRODYNAMIQUE DE LA
CROISSANCE DES BIOFILMS DANS UN REACTEUR
COUETTE-POISEUILLE
La formation d’un biofilm est un mécanisme complexe qui comprend plusieurs étapes. Le
développement est initié par le transport et l’adhésion d’une première couche de bactéries sur
une surface, puis ces bactéries adhérentes commencent à se multiplier et à produire les
exopolymères qui renforcent leur adhésion et constituent la matrice initiale du biofilm. Une
fois le biofilm mature, sa structure devient plus complexe et présente une architecture
comprenant des microcolonies séparées par des pores et des canaux. La dernière étape dans le
cycle du biofilm est son détachement et/ou sa redispersion dans le milieu (Costerton, 1999 ;
Liu et al., 2002).

Ces assemblages bactériens participent au contrôle de la concentration en matière organique

naturelle dans le milieu, mais le plus souvent, engendrent un certain nombre de problèmes tels
que corrosion des canalisations ou dépôt sur des fenêtres de capteur. Les méthodes de lutte
contre les biofilms constituent un domaine actif de recherches. En effet, la matrice
d’exopolymères forme une barrière active contre les agents antimicrobiens et une stratégie
durable qui contourne ce problème est encore à découvrir.

Un des facteurs jouant un rôle prépondérant sur la formation du biofilm et affectant sa

structure est l’hydrodynamique et plus spécifiquement le transport de masse (bactéries et
nutriments). Dans ce travail, nous nous intéressons à limiter le transport convectif des
bactéries vers la surface. Pour cela, nous utilisons un réacteur Couette-Poiseuille permettant
de contrôler la configuration d’écoulement au voisinage de la paroi de développement des
biofilms. Une configuration dite de “non dépôt” qui consiste à annuler le gradient de vitesse
près de la surface, est investiguée. Les biofilms sont développés à partir des eaux usées qui
constituent un réservoir conséquent de différentes espèces bactériennes. Les expériences de
non dépôt sont ensuite comparées à celle établies dans des conditions optimales de croissance.

77
 Hydrodynamic inhibition of biofilm growth using a Couette-Poiseuille
reactor

R. Al KHATIB1, S. SKALI-LAMI2, B.S. LARTIGES1,3, C. MUSTIN4, G. CAUMON5

1
Nancy University - LEM-ENSG/INPL-CNRS, Pôle de l’Eau, 15 Avenue du Charmois, BP 40
- 54 501 Vandœuvre Cedex, FRANCE
2
Nancy University - LEMTA-ENSEM/INPL-CNRS, 2, Avenue de la Forêt de Haye, BP 160 -
54 504 Vandœuvre Cedex, FRANCE

3
University of Toulouse – GET/UPS-CNRS-IRD – 14, Avenue E. Belin, 31400 Toulouse,
FRANCE
4
Nancy University LIMOS/UHP-CNRS, 7137 boulevard des Aiguillettes, BP 70239 - 54506
Vandoeuvre Cedex, FRANCE
5
Nancy University LIAD-ENSG/INPL-CNRS, Rue du Doyen M. Roubault, BP 40 - 54501
Vandoeuvre Cedex, FRANCE

(*) To whom correspondence should be addressed

E-mail: [email protected]

[email protected]

[email protected]

78
ABSTRACT

We take advantage of the variety of velocity profiles that can be achieved in Couette-
Poiseuille flow to investigate the influence of convective transport on the development of
nascent biofilms. The growth reactor is made of two coaxial vertical cylinders with the inner
one rotating, and it is continuously fed over the height of the annular gap by a divergent duct.
The velocity profile in the gap is adjusted by controlling both the rotation rate of the inner
cylinder and the injection rate of the feed solution. Two velocity profiles are explored: (i) the
"no-deposit" configuration for which both non zero bulk velocity and zero shear rate are
achieved at the wall, i.e. a stagnant zone is formed in the vicinity of the reactor surface that
suppresses convective transport ; (ii) the "optimum" configuration for which a constant shear
gradient is established across the annular gap, that facilitates the transport of bacteria and
substrate to the surface. Using sewage as the biomass source and scaning confocal laser
microscopy to image the biofilm, we show that the "no-deposit" configuration strongly
inhibits the biofilm growth on the outer stationary cylinder, with a up to 48 hour delay
compared to the "optimum" development conditions. These promising results can be
implemented in the design of inline sensors and passive samplers.

Keywords: Couette-Poiseuille flow, biofilm, sewage

79
3.1 INTRODUCTION

Biofilms are tenacious microorganisms assemblages that develop at solid/liquid interfaces,

biotic or abiotic (Friese et al., 1997 ; Costerton et al., 1999 ; Eberl et al., 2000 ; Donlan,
2002). Although they are recognized to play a crucial role in the degradation of organic matter
both in natural and industrial environments (Battin et al., 2003 ; Sprouse and Rittmann, 1990),
they remain essentially known for triggering a variety of problems in water processes (pipe
corrosion, membrane fouling, pathogens reservoirs in drinking water pipes,…), and in health
related issues (bacterial colonization of medical implants, nosocomial infections,…)
(Costerton, 1999 ; Delille et al., 2007 ; Paris et al., 2007 ; Gutierreza et al., 2008 ; Nielson et
al., 2008 ; Zhang et al., 2008 ; Silverstein et al., 2006). Indeed, the self-produced slimy matrix
of exopolymers that enclose the microorganisms in biofilms protects them from biocides and
disinfectants by acting both as a physical and a chemical barrier (Stewart et al., 1998).
Moreover, the presence of heterogeneous microbial populations and of dormant cells further
contributes to the resilience of biofilms (Mah and O'Toole, 2001).

The biofilm formation is a complex process that is classically decomposed in four main steps
(i) transport and adhesion of pioneer microorganisms to the surface, (ii) production of
exopolymers and growth of adherent cells to form microcolonies, (iii) elaboration of a mature
biofilm characterized in particular by a complex architecture with water channels and pores,
and by a redistribution of bacteria within the structure, (iv) detachment and/or dispersal of
single cells or clusters in the liquid medium thus enabling a further spreading of the biofilm
(Costerton, 1999 ; Liu et al., 2000). Obviously, hydrodynamics and mass transfer (nutrients,
macromolecules, bacterial cells) represent principal factors governing biofilm growth and
organization (Characklis et al., 1990 ; Stoodley et al., 1999 ; Mueller, 1996 ; Busscher and
Van der Mei, 2006 ; Schultz et al., 2000 ; Battin et al., 2003). Nevertheless, besides direct
curative treatments which efficiency can be quite poor, the strategy usually employed for
limiting the biofilm development consists in preventing the initial adhesion of
microorganisms either by functionalizing the material surfaces or/and by using coatings
containing bactericidal agents (Banerjee et al., 2011). An alternative and more straightforward
approach that we explore in this paper, is to minimize the convective transport of bacterial
cells to the interface.

80
Previous studies carried out using parallel-plate flow chambers in laminar flow, i.e. a
Poiseuille parabolic velocity distribution, have shown that, at the start of biofilm formation,
the number of bacteria attached to the surface increased with the wall shear rate (McClaine
and Ford, 2002 ; Paris et al. 2007). Actually, it can then be expected that under hydrodynamic
conditions that cancel the velocity gradient at the wall, the transfer of bacteria to the surface
should be limited since it then only relies on brownian diffusion and sedimentation processes.
So Both processes are very weak because the size of bacteria is greater à1µm and their
density is very close to 1. As shown below, the corresponding velocity profile can be readily
achieved by coupling a Couette flow, i.e. generated by a moving wall, to a Poiseuille flow, i.e.
produced by a pressure gradient. In this paper, the no- deposit conditions are tested with raw
domestic sewage, which represents a rather harsh and concentrated cocktail of
microorganisms. They are then compared with optimum hydrodynamic conditions for biofilm
growth in the same reactor.

3.2 CHARACTERESTICS OF COUETTE-POISEUILLE FLOW

The Couette-Poiseuille reactor used in this study is made of two coaxial vertical cylinders,
with the inner one rotating, fed homogeneously over the height of the annular gap by a
divergent duct (cf. fig. 30). The flow from the discharge outlet is separated from the inlet to
prevent any recirculation in the reactor. The velocity profile in the gap can then be adjusted by
controlling both the rotation rate of the inner cylinder and the injection rate of the feed
solution. In laminar flow conditions, providing that the gap spacing e is small enough (e <<
(Rext + Rint)/2), the velocity profile V(ξ) is given by the following expression:

 
 
Rint Ω
V (ξ ) = [6Vmξ (1 − ξ )]+   (1)
  Rext2

 e(Rext + Rint )  − (eξ + Rint ) 
  eξ + Rint 

where Vm is mean velocity (m/s) associated to the ortho-radial pressure gradient of Poiseuille
flow, Ω is the rotation rate of the inner cylinder (rad/s), Rint and Rext are the radius of the inner
and outer cylinders (m), respectively, e = (Rext – Rint) (m) is the gap spacing, and ξ is a
r − Rint
reduced coordinate such that ξ = , with r being the radial position.
Rext − Rint

81
On the right-hand side of equation (1), the first term gives the velocity profile determined by
the Poiseuille flow, whereas the second term represents the velocity distribution induced by
the rotation of the inner cylinder, i.e. the Couette flow. The bulk velocity Vq is obtained by
integrating equation (1) over a cross-section:

Rint Ω
Vq = Vm + (2)
2

Vq
Introducing Vq in equation (1) and considering β = , yield the non dimensional velocity
Rint Ω
field:

V (ξ )  1
= (1 − ξ ) + 6ξ (1 − ξ ) β −  (3)
Rint Ω  2

The shear rate at the wall γp is then obtained by differentiating equation (3) with respect to ξ
and by setting ξ to 1 (stationary outer cylinder, i.e. r = Rext):

 ∂V (ξ )   1 1
γp =  = Rint Ω 1 − 6(β − )  (4)
 ∂ξ  ξ =1  2 e

As illustrated in figure 29, the value of β characterizes the variety of velocity profiles that can
be obtained in the Couette-Poiseuille reactor. Thus, for β = 1/2, the velocity profile becomes
linear and the shear rate is constant in the gap spacing (laminar Couette flow conditions). In
Rint Ω
that case, γp is simply γp = . For β values greater than 1/2, the velocity field is coupled
e
to Couette and Poiseuille flows (fig. 29). Obviously, the ortho-radial Poiseuille flow is
obtained if the inner cylinder becomes stationary. The configuration of interest in our study is
that obtained for β = 1/3. Indeed, the bulk flow velocity is non zero and the shear rate γp is
zero at the stationary wall. In other terms, a small stagnant region is created in the vicinity of
the wall, which should drastically limit the mass transfer of substrate and bacteria, and hence,
the biofilm growth.

82
 2,4

Inner cylinder

Outer cylinder
2

1,6
V(ξ)/RintΩ

1,2

0,8

0,4

0
0

Figure 29 : Flow velocity profiles in Couette-Poiseuille reactor.

3.3 EXPERIMENTAL SECTION

3.3.1 Biofilm reactor system

The biofilms were grown in a Couette-Poiseuille reactor incorporated in a recycle loop with a
square tank reservoir (fig. 30). The Couette-Poiseuille reactor consists of two concentric PVC
cylinders, 10 cm high. The inner cylinder is rotated with a precision motor (Maxon A-max
PLG32) connected to a digital controller (Encoder HEDL-5540). The diameter of the inner
rotating cylinder is equal to 10 cm and the gap spacing between the cylinders is e = 3.5 mm.
Such a geometry yields a e/Rint ratio of 0.07 that ensures that the shear profile between the
two co-axial cylinders is equivalent to that generated between two parallel plates. Laminar
flow conditions are created in the gap provided that the Taylor number Ta is less than 41 for
β=1/2 Chandrasekhar 1961:

Rint Ωe
Ta = e
υ Rint

83
with ν the kinematic viscosity of the fluid (m2/s). In addition, Skali-Lami (1991) showed that for the Couette-
Vq
Poiseuille reactor, the critical Taylor number should be lower than Τa* = 25.6/β0.63 with 0.1< β = ΩRint <3
to maintain a stable flow. In the present work, for each value of β investigated, two shear rate
conditions were tested. Hence, the rotation rates Ω of inner cylinder were equal to 0.71 and
4.31 rad/s for both β =1/3 and β=1/2, and the bulk flows were 1.471 and 8.82 L/h for β =1/3,
and equal to 2.21 and 13.23 L/h for β=1/2. Those conditions imply maximum Ta values of
3.36 and 20.16 for β=1/2 and 1.12 and 62.71 for β=1/3 which were always less than ν*.

Reactor cross section

outlet

inlet

150 rpm Stirrer

Coupon storage
device (4°C)

Coupons

Pump motor

Figure 30: Experimental device.

The outer stationary cylinder is equipped with 16 removable coupons (16 mm in diameter) to
collect the biofilms formed on the wall (fig. 30). Coupons are carefully fit in the cylinder wall
in order to avoid any disturbance of the shear profile in the gap spacing.

3.3.2 Biofilm growth procedure

The reactor was supplied with raw domestic sewage collected daily from Maxéville
wastewater treatment plant, which treats the sewage of Greater Nancy urban community
(about 300 000 inhabitants). A detailed characterization of this urban wastewater can be found

84
in Houhou et al. (2009). Grab samples of sewage were taken after primary treatment to avoid
any large suspended matter and fat that would clog the reactor or tubings. The wastewater (15
L) was placed into the square tank reservoir (side-length of 25 cm) and was agitated at 150
rpm with a folding paddle impeller. The sewage was pumped into the Couette-Poiseuille
reactor by using a submersible pump with adjustable flow (Fisher W75601). Polyurethane
tubing (Legris 1025406K02), 4 mm in internal diameter, were used to circulate the
wastewater. Moreover, the flow rate of injected sewage was adjusted by changing the height
of the return tubing.

A typical biofilm growth experiment lasted about 5 days. Sewage was therefore renewed
every 24h to avoid substrate depletion and to maintain the bacteria count. Various
characteristics of the wastewater, i.e. temperature, pH, conductivity, dissolved oxygen
concentration, redox potential (Multiline parameter WTW), turbidity (Hach 2100P), and
bacterial count (Thomas cell VWR 720-0150), were regularly monitored and analyzed during
the experiments. As shown from the graphs reported in Supporting Information, the physico-
chemical parameters investigated were relatively constant within a given biofilm growth
experiment, and were rather reproducible from run to run. The average bacterial count,
temperature, conductivity, pH, were about 7.81*107±1.75*107 count/mL, 19.7±1.3°C,
1185±157.7 µS/cm, and 7.79±0.23, respectively.

3.3.3 Observation of coupons by Scanning Confocal Laser

Microscopy

Preliminary experiments provided the sampling times at which the coupons were collected
and replaced by new ones. During sampling, the flow was stopped and the reactor was
partially emptied. To avoid any disturbance brought by the introduction of a clean surface on
the shear profile, sampling was performed in the opposite direction of flow from the outlet to
the inlet of reactor. Coupons were stored at 4°C with the growth surface up, in a hermetically
closed polyethylene vessel containing an aliquot of water at the bottom to prevent biofilm
drying (fig. 30). Microscopic observations were generally carried out the following day and
no later than 4 days after sampling. Fungi growth was only detected after one week storage on
coupons showing biofilm development.

Coupons were stained with acridine orange (AO) buffered solution (Sigma-Aldrich, 22 µM
AO, 5 mM EDTA, 0.15 M NaCl, 0.1 M phosphate-citrate buffer [pH 6]). Acridine orange

85
behaves differently in the presence of DNA and RNA: it exhibits a maximum fluorescence
emission at 525 nm (green) for an excitation wavelength of 502 nm when the dye fits between
both strands of the double helix, whereas, when bound to RNA, it gives a maximum emission
at 650 nm (red) when excited at 460 nm. (Wirtanen et al., 2001 ; Jana-Sur and Chakraborty,
2005 ; Frenster, 1971 ; Lauretti et al., 2003 ; Darzynkiewicz, 1990). This fluorochrome has
also been widely used for visualizing mucopolysaccharid acids and glycolyzated proteins
(Saunders, 1964 ; Hichs and Matthaei, 1958). The samples were stained with 100 µL of
acridine orange buffered solution during 30 min at room temperature in the dark, and then
washed 3 times with ultra-pure water (MilliQ-plus) to remove excess of dye.

Coupons, placed upside-down in glass-bottom dishes (WillCo-Dish®, ∅ 22 mm), were

observed with an inverted light microscope (NIKON TE 2000 U) equipped with a confocal
head (Radiance 2100 Rainbow, Biorad). Due to the slight concavity of coupons, only
objectives (× 4 or × 20 magnification) with long working distances (up to 1mm) were found
well-suited for image acquisition. The 488 nm and 457 nm lines of an argon ion laser, close to
the excitation maxima of acridine orange, were used as light sources. The fluorescence signals
of stained bacteria and exopolymers were recorded in the 530-560 nm frequency range and
over 600 nm, respectively. Image stacks (512×512 pixel2, corresponding to 344510 µm2) were
generated using LaserSharp2000TM software (Bio-Rad Cell Science Division). During sample
sectioning, the line by line excitation mode (Lambda-Strobing) was used to reduce bleed-
through. It should be noted that CLSM was installed on a pneumatic vibration-proof table to
reduce motion of biofilms appendices.

3.3.4 Image processing and 3D reconstruction

Three to five images were acquired in the central region of each coupon using
Lasersharp2000TM. After reassignment of the fluorescence in each channel (bacteria,
exopolymers, and coupon surface) with the previous software, image enhancement was
performed using Blind Deconvolution (AutoQuant X v1.4.1 software – MediaCybernetics),
i.e. the knowledge of the point spread function is not required (Holmes, 1988), binarization
and thresholding of images were carried out with MacBiophotonics ImageJ software (NIH,
Bethesda, Maryland, USA), and 3D reconstruction of biofilm images and biofilm
quantification were performed using Gocad® software (Earth Decision, version 2.1.6). The
detailed image processing procedure can be found in El Khatib et al. (2011).

86
The biofilm thickness at a given location was determined using a developed Gocad® script
using the following steps. First, a projection of top voxels on the basal plane of voxet
(substratum) was carried out counting at the same time the number of voxels between each
top voxel and the substratum containing either bacteria voxel or exopolymer voxel. An
histogram plotting the overall local thickness was obtained and the average biofilm thickness
was defined from the median of the sum of biofilm local thicknesses. The biofilm surface area
was calculated using a developed Gocad® script. The number of voxels constituting the basal
layer of the biofilm was determined and the surface was calculated by multiplying the number
of voxel by the voxel surface area wich is x*y corresponding to a pixel 2D coordinates (µm).
The coverage area (%) was then determined by normalizing the biofilm surface to the image
surface (corresponding to 344510 µm2).

3.4 RESULTS AND DISCUSSION

3.4.1 Observation of biofilm development

Two types of velocity profile were used in the Couette-Poiseuille reactor, (i) β=1/3 for which
both zero velocity and zero shear rate are achieved at the wall, (ii) β=1/2 for which a constant
shear gradient is established across the annular gap. To define an equivalence criterion
between those two configurations with regard to biofilm growth is far from obvious. In this
−
paper, the spatial mean shear rate across the annular gap γ provides the basis of comparison
between the experiments carried out according to the two velocity distributions, but such
choice is highly arguable.

Figure 31 shows the temporal series of 2D confocal images obtained for the β = ½
− −
configuration and γ equal to 1 s-1 and 6 s-1. At γ = 6s-1, the biofilm development starts very
early with a myriad of isolated bacteria (little green dots on the images) that can be detected
after only 1 h exposure of the coupon surface to the sewage. Elongated cell clusters, observed
from t = 5 h, become thicker with time (t = 12 h), and then detach from the wall mainly by
sloughing (t = 18 h). In addition, the elongated axis of bacterial microcolonies is most often
oriented at a 45° angle to the flow direction. Such feature has been previously reported by
Paris et al. (2007) in mixed culture biofilms grown under laminar flow. A similar sequence of
−
events, but shifted in time by about 12h, occurs at γ = 1 s-1. The biofilm architecture is

87
 nevertheless slightly different at the lower shear rate since streamers can be evidenced after an
exposure time of 18 h. The orientation of cell clusters with respect to the flow direction is also
less obvious.

1h 5h 12h 18h 24h

γ =6s-1

500µ m 500µ m 500µ m 500µ m 500µ m

γ =1s -1

500µ m 500µ m 500µ m 500µ

500µ mm 500µ m

Figure 31: CLSM images (zoom x4) for optimum growth β= ½ conditions for γ=6s-1 and γ=1s-1. The
flow direction is indicated by a white arrow.

The experiments conducted using the β=1/3 velocity profile, i.e. the transport by convection
to the wall is negligible, reveal that the biofilm development is dramatically delayed at both
−
γ = 1 s-1 and 6 s-1. As illustrated in figure 32, the coupon surface remains incredibly clean
−
after a 24 h exposure to the sewage at γ = 6 s-1, the initial stage of biofilm growth being
detected at 48 h.

88
 24h 48h 72h 96h 120h
500µ m
γ =6s-1

500µ m 500µ m 500µ m 500µ m

γ =1s-1

500µ m 500µ m 500µ m 500µ m 500µ m

Figure 32: CLSM images (zoom x4) for no-deposit (β= 1/3) conditions. The flow direction is
indicated by a white arrow.

−
The biofilm development is also severely inhibited at γ = 1 s-1, although the coupon surface
is rapidly coated with bacteria, presumably because diffusion processes are predominant
under those hydrodynamic conditions. Beyond 48 h, the biofilm growth becomes abundant at
both spatial mean shear rates investigated, and characteristic orientations of the biofilm
structure at 45° to the flow direction can be observed. Actually, cancelling the convection at
the outer stationary wall implies a much larger shear rate at the wall of inner rotating cylinder
(cf. fig. 29), and hence, an enhanced transport of bacteria and nutrients to that surface.
Therefore, a significant biofilm growth occurs at the inner rotating cylinder surface, which
eventually changes the gap spacing, the velocity profile, and hence, triggers the development
of biofilm on the wall of outer stationary cylinder.

3.4.2 Quantification of biofilm morphology

Figure 33 depicts the evolution as a function of time of both biofilm thickness and surface
area coverage for the four hydrodynamic configurations investigated in this study. For β = ½
−
and γ = 6 s-1, the biofilm thickness and the surface area coverage rapidly attain 150 µm and
25%, respectively, at 12h. Subsequently, those values slightly decrease, thus suggesting that
−
cell clusters start to detach from the biofilm. At the lower spatial mean shear rate ( γ = 1 s-1),

89
both the biofilm thickness and the surface coverage area increase linearly after a lag phase of
about 5 h, to reach values of 200 µm and 30%, respectively, at 24 h.

γ=1s-1 γ=6s-1
35 70

30 60

Surface coverage %
Surface coverage %

25 50

20 40

15 30

10 20

5 10

0 0
0 12 24 36 48 60 72 84 96 108 120 0 12 24 36 48 60 72 84 96 108 120
Time (h) Time (h)

250 250

200 200
Thickness (µm)

Thickness (µm)

150 150

100 100

50 50

0 0
0 12 24 36 48 60 72 84 96 108 120 0 12 24 36 48 60 72 84 96 108 120
Time (h) Time (h)

β=1/2, β=1/3

Figure 33 : Biofilm surface coverage and thickness for no-deposit conditions (β= 1/3) and for
optimum conditions (β= ½, first 24h).

For β = 1/3, once the initial velocity profile has been altered by the biofilm development on
the inner rotating cylinder, both thickness and surface coverage area strongly increase with
−
time at γ = 6 s-1 to reach values much higher than those obtained with the previous
configuration, i.e. 218 µm and 65% at 120 h (fig. 33b). On the other hand, the biofilm
characteristics stabilize at a surface coverage area of 30 ± 2 % and a biofilm thickness of 100
−
± 20 µm when γ = 1 s-1.

90
3.5 CONCLUDING REMARK

Using the Couette-Poiseuille reactor in a configuration that determines a stagnation zone in

the vicinity of the wall, strongly inhibits the biofilm development. However, such
configuration concomitantly enhances the convective transport of nutrients and bacteria on the
opposite wall of the reactor, and hence biofilm growth, which enventually alters the flow
characteristics after a certain period of time. Maintaining the chosen velocity profile could
nevertheless be achieved either by slightly increasing the rotation rate of the inner cylinder as
the gap spacing decreases or, more simply, by continuously scraping the biofilm off the
rotating cylinder. If a Couette-Poiseuille flow with β = 1/3 can not be easily implemented to
control biofilm development in most industrial processes, such hydrodynamic configuration
may be seriously envisioned for many inline sensors and passive samplers that can be
installed at the wall of outer stationary cylinder.

Acknowledgements: R. AL KHATIB would like to thank the Lebanon National Council for
Scientific Research for funding her doctoral studies.

91
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95
 Chapitre 4 : ETUDE DE L’EFFET DU
GRADIENT DE VITESSE PARIETAL SUR LA
CROISSANCE DES BIOFILMS DES EAUX
USEES : STADE INITIAL ET STADE DE
BIOFILM MATURE
Les conditions hydrodynamiques sont connues pour avoir un impact important sur le
développement des biofilms, en particulier sur les quantités de bactéries et d'exopolymères, la
nature d’exopolymères produits, et bien sûr le transport de nutriments (Stoodly et al., 1999 ;
Costerton, 1999 ; Vandervivere et Kirchman, 1993). Ces études font appel à l’utilisation de
réacteurs de géométries spécifiques, notamment les chambres d’écoulement, afin de contrôler
les conditions hydrodynamiques et tout particulièrement le gradient de vitesse pariétal.

Les expériences réalisées à grandes vitesses d’écoulement montrent que le nombre de

bactéries transportées vers la surface est important et que les biofilms développés tendent à
avoir une structure dense avec des microcolonies adhérant plus fortement sur la surface en
raison d’une grande production d’exopolymères (Decho, 2000 ; Zhu et Chen, 2001 ; Liu et al.,
2002 ; Vrouwenvelder et al., 2010). Cependant, des forces de cisaillement trop élevées
impliquent une déstabilisation des propriétés mécaniques du biofilm et un détachement de
bouts de biofilm avec leur re-redispersion dans le milieu.

Pour les faibles écoulements (faibles forces de cisaillement), la structure du biofilm est
beaucoup plus poreuse, et les biofilms sont plus épais. Dans ces conditions, les microcolonies
se trouvent séparées par des vides importants formant des canaux qui favorisent le transport
de nutriments au sein du biofilm. Par conséquent, l’activité du biofilm augmente, et de là, son
épaisseur augmente également.

Dans ce chapitre, nous étudions l’influence du gradient de vitesse pariétal à la fois sur la
croissance initiale du biofilm et à son stade de maturation. Les biofilms sont développés à
partir des eaux usées dans un réacteur Couette-poiseuille permettant la maîtrise initiale du
profil de cisaillement au niveau de la surface de développement. L’observation des biofilms
est réalisée en microscopie confocale à balayage laser et les images obtenues sont traitées
pour donner une reconstruction 3D qui permet de déterminer des informations plus précises
sur la structure du biofilm, les différents biovolumes (bactérie/polymère extracellulaire), ainsi
que son épaisseur.

97
 Effect of wall shear rate on initial and maturation phases of
biofilms grown from urban wastewater.

R. Al KHATIB1, S. SKALI-LAMI2, B.S. LARTIGES1,3, C. MUSTIN4, G. CAUMON5

1
Nancy University - LEM-ENSG/INPL-CNRS, Pôle de l’Eau, 15 Avenue du Charmois, BP 40
- 54 501 Vandœuvre Cedex, FRANCE
2
Nancy University - LEMTA-ENSEM/INPL-CNRS, 2, Avenue de la Forêt de Haye, BP 160 -
54 504 Vandœuvre Cedex, FRANCE

3
University of Toulouse – GET/UPS-CNRS-IRD – 14, Avenue E. Belin, 31400 Toulouse,
FRANCE
4
Nancy University LIMOS/UHP-CNRS, 7137 boulevard des Aiguillettes, BP 70239 - 54506
Vandoeuvre Cedex, FRANCE
5
Nancy University LIAD-ENSG/INPL-CNRS, Rue du Doyen M. Roubault, BP 40 - 54501
Vandoeuvre Cedex, FRANCE

(*) To whom correspondence should be addressed

E-mail: [email protected]

[email protected]

[email protected]

98
ABSTRACT

The effect of two wall shear rates (1s-1 and 6s-1) on biofillm growth, at both initial and
maturation phase was investigated using a Couette-Poiseille reactor. This type of reactor
permitted to work under stable laminar flow with constant wall shear rate across the gap
spacing. Biofilm were grown using wastewater as source, and visualization was carried out
using a confocal laser scanning microscope. Images were then subjected to a series of image
treatment and quality enhancement that allow afterwards 3D reconstruction and quantitative
analysis. Results show that the influence of shear is predominant at the beginning of biofilm
growth. However, hydrodynamics also determine a fingerprinting of mature biofilm
morphology and composition regarding bacteria and EPS accumulation, thickness and surface
coverage.

Keywords: Couette-Poiseuille, biofilm, shear rate, mass transport

99
4.1 INTRODUCTION

Hydrodynamic conditions and particularly flow velocity are known to play a crucial role in
biofilm development. Indeed, the resulting shear forces strongly affect biofilm structure and
activity, i.e. quantity of adhered bacteria, exopolymeric production, and obviously mass
transport (Stoodly et al., 1999 ; Costerton, 1999 ; Vandervivere and Kirchman, 1993).
Various studies carried out with natural, multi- and monospecies biofilms showed that
thickness, surface coverage, biomass concentration, EPS production, and spatial arrangement
of microcolonies, presented a variety of patterns according to the flow nature and the applied
shear rate (Celmer et al., 2008 ; Stoodely et al., 1999, Klapper et al., 2002 ; Pereira et al.,
2002). At first approximation, the mass transport (nutrients and bacteria) increases with flow
velocity, hence biofilm development is enhanced (Mueller, 1996 ; Busscher and Van der Lei,
2006 ; Maclaine and Ford, 2002).

The flux of bacteria to the wall is given by (Paris et al. 2007) :

(1 3 )
 γD 2 
Φ ≈ C 0 A  (1)
 L 

with C0 the bacterial concentration in the bulk, A the surface area of the wall, γ the wall shear
rate, D the diffusion coefficient, and L the length of the wall in the direction of the flow.
Equation (1) can be rewritten as:
(1 3 )
d (nv0 )  γD 2 
≈ C 0 A  (2)
dt  L 

with n the number of deposited cells within an average volume v0,

By integrating equation (2), and assuming that A and D are constant, we obtain:
(1 3 ) (1 3 )
n C0  A 2   γD 2 
≈    2  t (3)
A v0  L   A 

(1 3 ) (1 3 )
n C0  A2   γD 2 
or ≈   t *
(4) with t =  2 *
 t.
A v 0  L   A 

100
Therefore, for given bacterial concentration, surface area, and diffusion coefficient, the
number of deposited bacteria at the wall per unit surface area should not depend on shear rate
when plotted against t* (Paris et al., 2007).

Experiments conducted in in turbulent flow with various types of flow cells, have shown that
the developed biofilms tend to have a compact dense structure related to higher EPS
production and higher mass transfer from bulk liquid towards biofilm. Therefore, such
biofilms are more cohesive and more resistant when facing external stresses (Decho, 2000 ;
Zhu et Chen, 2001 ; Liu et al., 2002 ; Vrouwenvelder et al., 2010). Higher shear forces can
induce a destabilization of biofilm mechanical properties which leads to biofilm detachment
and redispersion in the fluid (Purevdorj-Gage and Stoodley, 2004). On the other hand, low
shear forces results in fluffy and porous but thicker biofilms. These biofilms present large
voids that separate microcolonies and form a kind of internal network. This architecture is
assumed to improve nutrient transport within the biofilm which will then intensify its activity
and therefore, thickness will increase (Celmer et al., 2008 ; Wagner et al., 2008).

In this work, we studied the effect of wall shear rate on both the initial development phase and
the maturation phase of biofilms grown from urban wastewater. The development of biofilms
in sewer systems is now becoming a very interesting issue due to their role in sewer systems
(biocorrosion of sewer pipes, biodegradation of organic matter, accumulation and transport of
pollutants) (Nielson et al., 2008 ; Houhou et al., 2009 ; El Khatib et al. 2011). This role is
directly related to biofilm activity and structure whose are influenced by hydrodynamic
conditions of the system.

A Couette-Poiseuille reactor was developed to insure laminar flow and stable shear rate at the
wall during each experiment. The biofilms grown were observed with confocal laser scanning
microscope (CLSM) and images were subjected to image enhancement and 3D
reconstruction. As One-dimensional study only describes biofilm and gives variation of
biofilm structural parameters (density, porosity, substrate concentration, etc…) in one
direction which is from bulk to the surface only, studies are now adopting 2D and 3D
modeling. This type of modeling reveals the heterogeneity of biofilm structure and provides a
better quantification and evolution of the internal structure (streamers, cluster shape, channel
size, density, biovolume, etc...) with time (Bishop and Rittmann, 1996).

101
4.2 EXPERIMENTAL SECTION

4.2.1 Biofilm reactor system

The biofilms were grown in a Couette-Poiseuille reactor incorporated in a recycle loop with a
square tank reservoir (fig. 34). The Couette-Poiseuille reactor consists of two concentric PVC
cylinders, 10 cm high. The inner cylinder is rotated with a precision motor (Maxon A-max
PLG32) connected to a digital controller (Encoder HEDL-5540). The diameter of the inner
rotating cylinder is equal to 10 cm and the gap spacing between the cylinders is e = 3.5 mm.
Such geometry yields an e/Rint ratio of 0.07 that ensures that the shear profile between the two
co-axial cylinders is equivalent to that generated between two parallel plates. Laminar flow
conditions are created in the gap provided that the Taylor number Ta is less than 41 for γ=1/2
(Chandrasekhar, 1961):

Rint Ωe
Ta = e
υ Rint

with ν the kinematic viscosity of the fluid (m2/s). In addition, Skali-Lami (1991) showed that
for the Couette-Poiseuille reactor, the critical Taylor number should be lower than Τa* =
Vq
25.6/β0.63 with 0.1< β = ΩRint <3 to maintain a stable flow.

In the present work, a Couette flow was used, i.e. β is equal to ½ (El Khatib et al. 2011), and
two shear rate conditions were tested γ=6s-1 and γ=1s-1. Hence, the rotation rates Ω of inner
cylinder were equal to 0.71 and 4.31 rad/s and the bulk flows were 2.21 and 13.23 L/h for
respectively γ=1s-1 and γ=6s-1. Those conditions imply maximum Ta values of 3.36 and 20.16
for γ=1s-1 and γ=6s-1 which were always less than ν*.

The outer stationary cylinder is equipped with 16 removable coupons (16 mm in diameter) to
collect the biofilms formed on the wall (fig. 34). Coupons are carefully fit in the cylinder wall
in order to avoid any disturbance of the shear profile in the gap spacing.

102
 4.2.2 Biofilm growth procedure

The reactor was supplied with raw domestic sewage collected daily from Maxéville
wastewater treatment plant, which treats the sewage of Greater Nancy urban community
(about 300 000 inhabitants). A detailed characterization of this urban wastewater can be found
in Houhou et al. (2009). Grab samples of sewage were taken after primary treatment to avoid
any large suspended matter and fat that would clog the reactor or tubings. The wastewater (15
L) was placed into the square tank reservoir (side-length of 25 cm) and was agitated at 150
rpm with a folding paddle impeller. The sewage was pumped into the Couette-Poiseuille
reactor by using a submersible pump with adjustable flow (Fisher W75601). Polyurethane tubing (Legris
1025406K02), 4 mm in internal diameter, were used to circulate the wastewater. Moreover, the flow rate of
injected sewage was adjusted by changing the height of the return tubing.

Reactor cross section

outlet

inlet

150 rpm Stirrer

Coupon storage
device (4°C)

Coupons

Pump motor

Figure 34: Experimental device. Inset: cross section of the Couette-Poiseuille reactor.

103
A typical biofilm growth experiment lasted about 5 days. Sewage was therefore renewed
every 24h to avoid substrate depletion and to maintain the bacteria count. Various
characteristics of the wastewater, i.e. temperature, pH, conductivity, dissolved oxygen
concentration, redox potential (Multiline parameter WTW), turbidity (Hach 2100P), and
bacterial count (Thomas cell VWR 720-0150), were regularly monitored and analyzed during
the experiments. As shown from the graphs reported in Supporting Information, the physico-
chemical parameters investigated were relatively constant within a given biofilm growth
experiment, and were rather reproducible from run to run. The average bacterial count,
temperature, conductivity, pH, were about 7.81*107±1.75*107 count/mL, 19.7±1.3°C,
1185±157.7 µS/cm, and 7.79±0.23, respectively.

4.2.3 Observation of coupons by Scanning Confocal Laser

Microscopy

Preliminary experiments provided the sampling times at which the coupons were collected
and replaced by new ones. During sampling, the flow was stopped and the reactor was
partially emptied. To avoid any disturbance brought by the introduction of a clean surface on
the shear profile, sampling was performed in the opposite direction of flow from the outlet to
the inlet of reactor. Coupons were stored at 4°C with the growth surface up, in a hermetically
closed polyethylene vessel containing an aliquot of water at the bottom to prevent biofilm
drying (fig. 34). Microscopic observations were generally carried out the following day and
no later than 4 days after sampling. Fungi growth was only detected after one week storage on
coupons showing biofilm development.

Coupons were stained with acridine orange (AO) buffered solution (Sigma-Aldrich, 22 µM
AO, 5 mM EDTA, 0.15 M NaCl, 0.1 M phosphate-citrate buffer [pH 6]). Acridine orange
behaves differently in the presence of DNA and RNA: it exhibits a maximum fluorescence
emission at 525 nm (green) for an excitation wavelength of 502 nm when the dye fits between
both strands of the double helix, whereas, when bound to RNA, it gives a maximum emission
at 650 nm (red) when excited at 460 nm. (Wirtanen et al., 2001 ; Jana-Sur and Chakraborty,
2005 ; Frenster, 1971 ; Lauretti et al., 2003 ; Darzynkiewicz, 1990). This fluorochrome has
also been widely used for visualizing mucopolysaccharid acids and glycolyzated proteins
(Saunders, 1964 ; Hichs and Matthaei, 1958). The samples were stained with 100 µL of

104
acridine orange buffered solution during 30 min at room temperature in the dark, and then
washed 3 times with ultra-pure water (MilliQ-plus) to remove excess of dye.

Coupons, placed upside-down in glass-bottom dishes (WillCo-Dish®, ∅ 22 mm), were

observed with an inverted light microscope (NIKON TE 2000 U) equipped with a confocal
head (Radiance 2100 Rainbow, Biorad). Due to the slight concavity of coupons, only
objectives (× 4 or × 20 magnification) with long working distances (up to 1mm) were found
well-suited for image acquisition. The 488 nm and 457 nm lines of an argon ion laser, close to
the excitation maxima of acridine orange, were used as light sources. The fluorescence signals
of stained bacteria and exopolymers were recorded in the 530-560 nm frequency range and
over 600 nm, respectively. Image stacks (512×512 pixel2, corresponding to 344510 µm2) were
generated using LaserSharp2000TM software (Bio-Rad Cell Science Division). During sample
sectioning, the line by line excitation mode (Lambda-Strobing) was used to reduce bleed-
through. It should be noted that CLSM was installed on a pneumatic vibration-proof table to
reduce motion of biofilms appendices.

4.2.4 Image processing and 3D reconstruction

Three to five images were acquired in the central region of each coupon using
Lasersharp2000TM. After reassignment of the fluorescence in each channel (bacteria,
exopolymers, and coupon surface) with the previous software, image enhancement was
performed using Blind Deconvolution (AutoQuant X v1.4.1 software – MediaCybernetics),
i.e. the knowledge of the point spread function is not required (Holmes, 1988), binarization
and thresholding of images were carried out with MacBiophotonics ImageJ software (NIH,
Bethesda, Maryland, USA), and 3D reconstruction of biofilm images and biofilm
quantification were performed using Gocad® software (Earth Decision, version 2.1.6).

3D reconstruction allowed biofilm three-dimensional modeling, the investigation of biofilm

spatial arrangement, and finally morphometric and quantitative analysis of biofilm
components. Gocad software was used to model the complex geometry of biofilms. It was
previously applied in a spatial arrangement study of activated sludge flocs (Zartarian et al.,
1997). Gocad is a geomodeler that defines multi functions for 3D representation of an object.
It is programmed in C and C++ languages which permits the application of a variety of
algorithms allowing the characterization of different object parameters. The application of this
software is even possible on natural systems although they present many complications (a non
105
homogenous structure that may present holes, discontinuity, smooth edges etc…). The object
will then be represented as a group of interconnected points and each one has x, y and z
coordinate in the space and presentation may be in continue or discrete mode. The discrete
mode is the most adapted and used in the case of natural objects (Moyen, 2005). The discrete
representation requires object enmeshing in a grid. Two types of grid are possible, grid with
regular meshes –voxet- and grid with irregular meshes- Sgrid- (points, polygonal curves,
triangulated surface, tetrahedralized solids). In this study, biofilms were represented in regular
grid. Is this case 2D optical sections were distributed in the voxet volume and the voxel
corresponding to the pixel volume will represent the structural unit of the voxet. Hence, data
(bacteria and exopolymers) will be illustrated in the voxet as a group of elemental cubes or
parallelepiped following the three axes (fig.35). The main disadvantage of this type of grid is
the space that generated files occupy in the disk memory; hence powerful computers with big
ram are required. For the calculation of biofilm parameters, a script related to every parameter
was applied.

Nombre de
coupes

512 pixels

Figure 35 : Schematic representation of a voxet (red : EPS voxel, Green: bacteria voxel).

Initially, binary data files with .vs extension are loaded in Gocad, hence three properties
referring to bacteria and exopolymers are automatically created. The use of acridine orange
permits the collection of the bacteria and EPS fluorescence separately ; therefore, two voxets
were created, the bacteria voxet and the EPS voxet, and the biofilm will then be the merge of
these two voxets. Various scripts containing different algorithms were applied on each
106
property of the biofilm. All the scripts used in this study are given in the supporting
information.

Application of 3D reconstruction

In the first step, the biofilm properties undergo dilatation and erosion cycles. The dilation,
unlike erosion, corresponds to adding pixels from binary images, depending on the pattern of
neighboring pixels (Russ, 2006), in order to better define the biofilm outline and eliminate the
isolated voxels. Dilation transforms background pixels that are connected with biofilm pixels,
into biofilm ones. On the contrary, erosion removes isolated biofilm pixels that have been
selected by thresholding. Furthermore, there are different rules to select which voxels to add
or to remove and the order for the combination of dilation and erosion (Russ, 2006).

In our case dilation and erosion were carried out using a script for each operation. After
testing several of combinations dilatation/erosion combinations, the 3D dilation and 3D
erosion were applied by taking into account the 26 adjacent voxels. Dilation was carried out
by adding (turning on) a background voxel in contact with 20 biofilm voxels, while, erosion
was conducted by eliminating (turning off) a biofilm voxel in contact with 22 background
voxels. Actually, the number of neighbors in erosion and dilatation script is not constant and
depends on the number of voxels which composed the biofilm. For instance, in thin and small
biofilms, the neighbors’ numbers were 15 and 20 for dilation and erosion operations,
respectively.

The number of bacteria and exopolymer, in addition to the number of bacteria and EPS
sharing the same voxels, were calculated using a developed Gocad® script based on the data
(voxels) originating from bacteria and EPS fluorescences. The volume of bacteria and EPS
were calculated separately by multiplying voxels in each voxet by the unitary volume of a
voxel. This was calculated by multiplying x*y*z corresponding to a pixel coordinates (µm)
obtained in confocal microscopy acquisition. Then, for the determination of biofilm volume, a
script consisting of bacteria and EPS voxel merged was applied. Then, the biofilm volume
was calculated in the same way as mentioned previously for bacteria and EPS volume
calculation.

The biofilm thickness at a given location was determined using a developed Gocad® script
using the following steps. First, a projection of top voxels on the basal plane of voxet
(substratum) was carried out counting at the same time the number of voxels between each
107
top voxel and the substratum containing either bacteria voxel or exopolymer voxel. An
histogram plotting the overall local thickness was obtained and the average biofilm thickness
was defined from the median of the sum of biofilm local thicknesses.The biofilm surface area
was calculated using a developed Gocad® script. The number of voxels constituting the basal
layer of the biofilm was determined and the surface was calculated by multiplying the number
of voxel by the voxel surface area wich is x*y corresponding to a pixel 2D coordinates (µm).
The coverage area (%) was then determined by normalizing the biofilm surface to the image
surface (corresponding to 344510 µm2).

4.3 RESULTS AND DISCUSSION

Preliminary tests showed that the biofilm growth on upper coupons was not similar to that on
the lower coupons. Actually, the deposited biofilm mass was much more important on the
lower coupons due to significant settling of suspended matter. This limited the study to 8
coupons (upper coupons) instead of 16 which meant 8 data points per experiment. Moreover,
the availability of confocal microscope and image acquisition, led to minimize the coupon
number to six coupons per experiment to prevent a longer storage (i.e. more than 2 days). For
these reasons, two types experiments were run, the first one on the initiation phase of biofilm
development (short term), and the second one on mature biofilm behavior (long term).

4.3.1 CLSM follow-up of biofilm growth

Biofilm development is known to be a complex process that includes several steps influenced
by a number of physical and chemical factors (Celmer et al., 2008 ; Andersson, 2009). The
biofilm growth classically starts by bacteria deposition on a preliminary formed film, and then
microcolonies begin to develop because of by bacteria multiplication. At maturation phase,
the biofilm will have a heterogeneous architecture including bacterial microcolonies separated
by gaps and channels. Detachment and dispersal of single cells or clusters in the liquid
medium are then observed, thus enabling a further spreading of the biofilm (Costerton, 1999 ;
Liu et al., 2000). In our case, those steps are illustrated in figure 36: At the beginning, small
microcolonies develop on the coupon surface and later on, the number of microcolonies and
the surface colonization increases (72h).

108
 Figure 36: Confocal images of microcolonies size evolution with time

Mass transport plays a crucial role in the biofilm development process. In flowing systems,
the transport results from the combination of convection and diffusion (Rijinaarts, 1994 ;
Maclaine and Ford, 2002). Hence, a higher fluid velocity yields a higher mass transport
towards the surface, which then leads to faster microorganism adhesion although the high
shear rate may also induce biofilm detachment (Roosjen et al., 2005, Donlan, 2002). This was
clearly noticed in our experiments since colonization at higher wall shear rate (γ=6s-1)
occurred earlier than at the lower shear rate (γ=1s-1). This is in agreement with Paris et al.
(2007) who found that tap water biofilm colonized faster the wall of plexiglass blocks in flow
chambers at higher wall shear rate.

As mentioned above, the convection-diffusion transport controls the first phase of biofilm
development. This implies that equation (4), applied to our case, should lead to superimposed
curves of bacteria/unit of surface at both wall shear rate conditions. Indeed, the two curves are
superimposed at the first 8h of biofilm development (fig.37a). Domestic sewage is
characterized by a large number of microorganism species, but may also contain small
fragment of disrupted biofilm from the sewer walls. Nevertheless, the time*gamma1/3
representation as abscissa seems to be working on the other parameters expressing biofilm
growth such as surface coverage, thickness and exopolymer count. The curves are not only
superimposed at the beginning of biofilm growth, but they show a similar pattern at longer
experimental times (fig. 37 b-c).

109
Figure 37: Biofilm structural parameters as a function of t*. a: bacteria count/cm2, b: EPS count/cm2,
c: biofilm thickness, d: biofilm surface coverage.

3D analysis of confocal images permitted to calculate various biofilm structural parameters

such as bacteria and polymer amount per unit of surface, surface and thickness. In addition to
it allowed illustrating the biofilm structure in terms of exopolymer and bacteria distribution
and the presence of streamers and appendices (fig. 38).

110
 Figure 38: 3D representation of biofilm images reconstructed in Gocad® on the left, and raw
corresponding confocal images on the right.

At lower shear rate (γ=1s-1) the thickness and the biofilm surface kept increasing in the first
24h with a thickness and surface coverage of respectively 150 µm and 29%. The
corresponding behavior at higher shear rate (γ=6s-1) was not the same, since the values
presented small fluctuations. After each increase in thickness or surface area, a little decrease
follows (fig. 39 a-b).

As for structural biofilm components, a high amount of EPS was adsorbed on coupon surfaces
due to convection-diffusion transport and in both conditions the amount of EPS was way
higher than bacteria (fig. 39 c-d-inset). In the first 12 hours, the EPS load was more important
at γ=6-1 2.2x105 EPS/cm2 while at γ=1-1 no deposit took place until 8h with an amount of
1.5x105 EPS/cm2. Afterwards (after 18 hours) the production of EPS strongly increased at
γ=1-1. Klapper (2002) also found that the biofilm structure was dominated by the EPS matrix
in Pseudomonas aeruginosa biofilms grown under both laminar and turbulent flow. In the
first adhesion step, polymeric substances and mineral and organic compound form a
conditioning film, and then bacteria start the production of new EPS to ensure irreversible
adhesion to the surface. Later on, bacteria begin to produce exopolymers that bridge the
microcolonies and form the skeleton of the biofilm (Flemming, 2010, Hermansson, 1999).

111
On the other hand, the bacteria number did not show the same pattern as the EPS number. In
the first 8 hours, no bacteria deposition was observed at γ=1-1 while a number of cells (6.6
x104) adhered at the surface at 5h then decreased at 8h. This may represent the first step of
reversible adhesion where cell adhesion is not strong and any stress leads to their detachment.
This step is fast and lasts from 5 to 10h (Costerton, 1999). After 8h, loads of bacteria were
almost the same in both cases and the curves followed the same pattern.

4.3.2 Wall shear rate influence on mature biofilm

3D analysis permitted to calculate different biofilm structural parameters such as bacteria and
polymer quantity per unit of surface, surface and thickness. At all sampling times, the
biofilms grown at low shear rate were much thicker than those developed at higher shear rate
(fig. 39 a). Clemer (2008) also reported higher biofilm thickness at lower shear rate in
wastewater biofilms developed in a membrane reactor, as thickness decreased with increased
mixing speed. Actually, the top biofilm layer would be the most weakly bonded to the whole
biofilm and the probability of its detachment is the highest (Celmer et al., 2008).

At γ=1s-1, the thickness increased from 24h until a maximum value (600 µm), then drastically
decreased to 300 µm at 120h. This may be due to detachment from lower mechanical stability
of biofilm structure or when a particle in the bulk hits the biofilm (Morgenroth and Wilderer,
2000). At higher wall shear rate (γ=6s-1), the behavior was different, thickness proliferation in
the z direction was stable (almost 90 µm) during the first 72 hours then increased up to 150
µm at 96h. In fact, as shear stress rises, the EPS production increases and the biofilms become
denser, hence the nutrient diffusion at the basal cell layer decreases which leads to thinner
biofilms (Costerton., 1999 ; Flemming and Wingender, 2003).

112
 Figure 39: Biofilm structural parameters as a function of time. a: biofilm thickness, b: surface
coverage, c: bacteria count/cm2, d: EPS count/cm2.

The evolution of surface coverage as a function of time was different from the thickness
pattern. At γ=1s-1, the surface coverage area did not evolve in the first 72 hours (almost 13.7
%) then increased suddenly at 96 hours (60%) then decreased again to 30% (fig. 39b). At
higher wall shear rate (γ= 6 s-1), the biofilm growth proceeded in x,y direction for the first 48
hours (32%), then slightly decreased (20%) afterwards. This may be explained by the shear
forces resulting from fluid velocity that would limit biofilm growth in both lateral directions
(y and z) and even causing detachment of small parts of deposited biofilm (Horn et al., 2003,
Picioreanu et al., 2000). In addition, a high thickness results from inactive basal cells in the
deep layers of biofilm. This leads to a multiplication and growth of top cells (streamers and
fingers) while the cells in the deep layers are “inactive” (Picioreanu et al., 2000).

At each wall shear rate, both bacteria and EPS followed the same pattern with time (figure
39c-d). At wall shear rate 1s-1, the amount of bacteria increased with time to a maximum
value of 1.35x108 count/cm2 except for coupon 72h (8.33x105) where detachment and loss of
biofilm during staining step was noted. As for shear rate 6s-1, values fluctuated between 2x106
and 1x107. This fluctuation may be explained by bacteria exposed to a wall shear due to
higher flow velocity which may lead to detachment (decrease of bacteria load) and dispersion

113
in the bulk then re-adsorption of bacteria in response of shear stress (Pereira et al., 2002).
Stoodley (1999) explained this by the equation of biofilm accumulation rate. This would be
written as: growth rate + attachment rate - detachment rate (Bryers and Characklis, 1981). As
mass transfer will increase with flow velocity, leading to an increase of growth rate, the shear
rate will also increase leading to biofilm detachment. In other terms, even if the flow velocity
increment will bring more cells to the surface, the shear rate will in turn prevent their
adhesion to the surface (Stoodly et al., 1999). This also is in agreement with our results as the
deposited cells were more numerous at γ=1s-1 than those observed at γ=6s-1.

As for EPS, more polymer production was observed at shear 6s-1 but at 96h a drastic
production of EPS was observed at 1s-1, but did not last as it decreased at 120h.
Sphingomonas sp. biofilms grown in stainless steel flow cells presented poor concentration of
EPS at the beginning then a sudden increase was observed at 96h (Venugopalan et al., 2004).
In fact, at higher shear, bacteria tend to produce more polymers that allow them to reinforce
their attachment to the surface and their cohesion together by reducing void spaces
(Costerton, 1999 ; Flemming, 2010 ; Vandervivere and Kirchman, 1993). This was shown in
biofilm grown in turbulent flow compared to those grown under laminar flow. In turbulent
flow, the biofilm produced more EPS which minimized the voids between microcolonies and
determined a mechanical stability for biofilm (Pereira et al., 2002).

4.4 CONCLUSION

The study of biofilm growth under controlled wall shear rates within a stable laminar flow,
allowed us to investigate the effect of wall shear rate on biofilm structure and components
organisation. At high flow velocity, bacteria deposition was faster due to higher mass
transport at the surface. This was also demonstrated by plotting bacteria accumulation curves,
in addition to some structural parameters, against non dimentional time t*. As for mature
biofilm, higher wall shear rate conditions resulted in compact dense biofilms, with large
surface spreading and higher EPS load. At lower flow velocity, biofilms were thicker, porous,
and growth was noticed to take place in vertical direction. Streamers were also observed in
the case of low shear rate, but those were not strong enouph and disruption took place during
the sample preparation process. A 45° orientation of microcolonies illustrated the
hydrodynamic influence on microcolonies and biofilm organisation.

114
Acknowledgments: R. AL KHATIB would like to thank the Lebanon National Council for
Scientific Research for funding her doctoral studies. She would also like to thank the National
Graduate School of Geology and especially, the LGA laboratory for their nice welcome when
she worked on Gocad for 3D reconstruction.

115
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120
 Chapitre 5 : CARACTERISTIQUES DES EAUX
USEES DANS LES PAYS EN DEVELOPPEMENT:
IMPLICATION DANS LA GESTION DES EFFLUENTS
La gestion des eaux usées, leur traitement, et leur éventuelle valorisation, ont été parmi les
dernières préoccupations des municipalités dans les pays en voie de développement. Ceci est
du en premier lieu au manque de conscience de l’impact des rejets de ces eaux usées sans
traitement préalable dans le milieu naturel. De plus, les moyens financiers et techniques dont
disposent ces pays, sont restreints et limités ce qui retarde énormément la construction de
stations de traitement appropriées. Le problème ne se limite pas au manque de stations de
traitement: dans la plupart des pays méditerranéens, les réseaux d’assainissement et la collecte
des eaux usées ne sont effectuées que dans les grandes villes, alors que les villages et les
banlieues se trouvent dépourvues de ce service.

Avec l’urbanisation et l’industrialisation, la production des eaux usées augmente et leur

composition et caractéristiques deviennent de plus en plus complexes et variées. Les
traitements conventionnels utilisés dans les stations d’épuration des pays développés peuvent
se révéler être inadéquats et la recherche de nouveaux moyens d’épuration s’avère être
nécessaire.

Ce travail porte en un premier lieu, sur l’étude de la spéciation de la matière organique et des
contaminants métalliques contenus dans les matières en suspension et biofilms des eaux usées
urbaines de Jounieh (Liban) qui sont rejetées dans la mer méditerranée. Comme la qualité de
ces eaux est complexe et varie selon l'environnement urbain (type d'habitat, industries
locales,…), l’échantillonnage a eu lieu pendant les jours ouvrables et les weekends. Nous
nous sommes également intéressés au rôle des biofilms en tant que réacteurs bio-physico-
chimique et à leur influence sur le devenir des polluants dans les eaux usées. Ces biofilms
permettent notamment d'enregistrer une partie de l'historique de la contamination présente
dans le réseau d’assainissement.

122
 Characteristics of urban wastewater in emerging countries:
Implications for effluent management

R. AL KHATIB1,2*, B.S. LARTIGES1,3*, A. EL SAMRANI2*, P. FAURE4, J. HOUHOU1,2,

J. GHANBAJA5

1
Nancy University - LEM-ENSG/INPL-CNRS, Pôle de l’Eau, 15 Avenue du Charmois, BP 40, 54 501
Vandœuvre Cedex, FRANCE
2
Lebanese university-Faculty of Sciences-Doctoral School-Platform of Research for
Environmental Sciences-Campus Hadath, Lebanon
3
University of Toulouse – GET – 14, Avenue E. Belin, 31400 Toulouse, France
4
Nancy University - SCMEM-FST/UHP, 7137 boulevard des Aiguillettes, BP 239, 54506 Vandoeuvre
Cedex, FRANCE

(*) To whom correspondence should be addressed

E-mail: [email protected]

[email protected]

[email protected]

123
ABSTRACT

In emerging countries, the aquatic environment is often highly degraded by the discharge of
untreated sewage from urbanized areas. Adapting any treatment technology to the local
situation, modelling the environmental impact of pollution, requires a better knowledge of
contaminants contained in the urban effluents. In this paper, analytical scanning and
transmission electron microscopy, sequential chemical extraction of heavy metals and
pyrolysis-gas chromatography on solvent extractable organic matter, are used to provide both
direct and indirect speciation of sewage suspended solids and biofilm samples from an urban
sewer. Compared to developed countries where the domestic activities represent the main
source of heavy metal pollution in wastewater, the combined sewer system of an emerging
country also integrates significant contributions from the private drinking water supply
system, industrial discharges, and road dust transported by street washing. The dynamic
chemical environment of the sewer is shown to induce drastic changes in the speciation of
many metals over a short time scale. Sewer biofilms can be used as environmental archives
since they provide a good averaging of contaminant loads for those urban effluents that are
highly variable in nature and concentration. Electron microscope observations of heavy metal-
bearing phases proved to be necessary to provide a consistent interpretation of chemical
extraction results.

Keywords: urban wastewater, biofilm, heavy metal, electron microscopy.

124
5.1 INTRODUCTION

The lack of wastewater treatment facilities in emerging countries leads to a substantial release
of contaminants in the aquatic environment from urbanized areas (Mara, 2004). The
environmental impacts of those discharges are quite diverse, from a severe sediment
contamination in the vicinity of outfalls, heavy metal accumulation across trophic levels,
changes in the assemblage of the phytoplankton community due to nutrient additions from
sewage, and on a larger scale, to a significant perturbation of element geocycling (Galloway,
1979, Krepakevich and Pospelova, 2010 ; Azzurro et al., 2010 ; Reopanichkul et al., 2010).

While previous research has mainly focused on determining the loadings of contaminants
from the effluent to the receiving environment and on evaluating the areas affected by the
anthropogenic discharges (Galloway, 1979 ; Gromaire et al., 2000 ; Gasperi et al., 2008 ;
Hwang et al., 2009 ; Krepakevich and Pospelova, 2010), studies clarifying the nature of
organic matter in sewage or the speciation of heavy-metal bearing particles in urban
wastewater, remain scarce (El Samrani et al., 2004 ; Houhou et al., 2009b ; Mansuy-Huault et
al., 2009). Such information is nevertheless a prerequisite for the modeling of contaminant
mobility and bioavailability in the receiving watercourses. Improving the existing knowledge
about the quality of local effluents, also contributes to a better design of wastewater treatment
plants to be built in emerging countries, and on the long term, is necessary to assess any
change in environmental policy regarding the urban water cycle.

The main purpose of this study is then to investigate the nature of heavy metal-bearing
particles and organic matter contained in an urban wastewater which is injected to the
Medirerranean Sea. As such effluents are known to be complex and highly variable in
composition (Soonthornnanda and Christensen, 2008), sampling was conducted during
weekdays and weekends, and biofilms in contact with the wastewater were also characterized
as potential historical records of contaminant inputs in the sewer system. In addition to
chemical analyses that provided the total metal concentrations, both electron microscopy
combined with energy dispersive X-ray spectrometry and sequential extration were used to
describe the speciation of heavy metal-bearing particles, whereas solvent extractable organic
matter was characterized by gas chromatography-mass spectrometry.

125
5.2 EXPERIMENTAL SECTION

5.2.1 Study area

Sewage samples were taken from Golden Star pumping station (GS) that discharges
wastewater collected from the Keserwan urban area (Jounieh, Lebanon) into the sea at
Tabarja bay (fig. 40). In Lebanon, more than 85 % of the wastewater generated - 249 Mm3 of
domestic sewage and about 43 Mm3 of industrial effluent every year - are directly discharged
into the Mediterranean Sea through 53 main outfalls (Karaa et al., 2005 ; State of
Environment , 2001 ; El-Fadel et al., 2001 ; Bdour et al., 2009).

Figure 40: Location of study area and schematic of Golden Star pumping station

The Kerserwan combined sewer receives both domestic sewage from about 128 000 people,
and industrial wastewater originating from local jewelry makers, glass carving stores, a
leather tannery, a metal plating industry, ceramic tile industries, a vegetable oil industry, and a
textile dyeing factory (State of Environment, 2001 ; El-Fadel et al., 2001, EM water, 2004). In
addition, septic service trucks frequently unload effluent between 11h00 and 17h00 upstream
of GS pumping station, which strongly impacts the sewage characteristics for a few minutes.
GS pumping station includes a bar screen at the inlet to protect the pumps from large solids, a
200 m3 collection basin, and it handles wastewater at a 250 L/s pumping rate.

126
 5.2.2 Sampling and sewage characterization

Sampling campaigns were conducted under dry-weather conditions in the time period
September 2007 to September 2009. Sewage grab samples (20 weekday and 7 weekend
samples) were taken from the collection basin and were immediately characterized for
temperature, pH, and conductivity (WTW – Multiline F/SET), and turbidity (Hach 2100P).
The wastewater characterization also included the measurements of Biological Oxygen
Demand (BOD5) (VELP Scientifica FTC 90I, Italy), Chemical Oxygen Demand (COD)
(VELP Scientifica ECO 16, Italy), and a rough determination of Total Suspended Solids
(TSS) by drying duplicates of 10 mL sewage at 105°C for 24 h. The sewage was filtered on-
site through pre-washed 0.22 µm pore size cellulose-acetate filters (Chromafil® CA-20/25)
and the filtrates were analyzed for metals (Perkin-Elmer ELAN 6000 ICP-MS), anions (Ionic
Chromatography ICS3000 Dionex), and Dissolved Organic Carbon (Leco SC144 DRPC).
Biofilm samples were scrapped off the collection basin walls and stored at 4°C in glass vials
until analysis. The bulk chemical analyses of three biofilm samples collected at different
sampling dates and one suspended matter sample were conducted by ICP-MS after LiBO3
fusion and HNO3 dissolution. Samples of drinking water were collected from 5 houses located
in the vicinity of GS pumping station.

5.2.3 Characterization of heavy metal-bearing phases

Freeze-dried suspended matter collected on filters and biofilms were examined using both
Transmission (Philips CM20) and Scanning (Hitachi 54800) Electron Microscopes equipped
with Energy–Dispersive X-ray Spectrometers (EDXS). For TEM imaging and microanalysis,
the samples were resuspended in ethanol under ultrasonication, and a drop of suspension was
evaporated on a carbon-coated copper grid (EuroMEDEX, Mesh 200). A spot size of about 70
nm was used to record EDX spectra with a counting time of 40 seconds. EDX calibration
standards were run to obtain quantitative analyses of major and trace elements with a
detection limit of about 100 ppm. SEM-EDXS analyses were performed on samples deposited
on double sided carbon adhesive tape, and were carbon coated. Backscattered electron
imaging (BEI) was used to locate the particles of interest. In that mode, brightness is related
to the average atomic number of materials, and, provided that the heavy element content is
sufficient, the heavy metal-bearing mineral phases appear as bright spots that can be easily

127
detected within the organic matrix of samples such as biofilms or sewage suspended matter
(Houhou et al., 2009b).

The above direct speciation mode was completed with a sequential extraction analysis of
heavy metals inspired by modified Tessier four-step extraction procedure (Tessier et al.,
1979). The method, summarized in Table 3, allows to discriminate the forms of heavy metals
contained in exchangeable, soluble, reducible, oxidizable, and residual fractions, noted
hereafter F1, F2, F3, F4, and F5, respectively. The heavy metal concentrations in each
fraction and the total heavy metal load were determined by Atomic Absorption spectrometry
(Analytik Jena, Zeenit 700).

Table 3: Summary of the sequential extraction procedure used to assess heavy metal
fractionation in Golden Star samples (suspended solids and biofilms).

Extraction Operationally Experimental conditions (for 5 g of freeze-dried sample)

step defined fraction

F1 40 mL 0.5 M NaNO3 - 30 min of mixing at room temperature –

I
centrifugation at 5000 rpm for 30min
Exchangeable

F2 40 mL 0.1 M EDTA added to the residue from step 1 - 30 min of

II
mixing at room temperature - centrifugation at 5000 rpm for 30min
Soluble

20 mL sodium citrate (79.4 g/L) and 20 mL NaCO3 (9.82 g/L) are

F3 added to the residue from step 2 - 30 min of mixing at 80°C, then 1 g
III
Reducible of sodium bi-sulfite is added to the mixture - 30 min of further mixing
at 80°C - centrifugation at 5000 rpm for 30min

20 mL H2O2 (35%) and 8 mL 0.02 M HNO3 are added to residue from

F4 step 3 - 4 hours of mixing at 85°C, then 12 mL of 3.2 M CH3COONH4,
IV
oxidizable and 20 % (v/v) of 3 M HNO3 are added to mixture - 30 min of further
mixing at 85°C - centrifugation at 5000 rpm for 30min.

F5 40 mL HNO3 (65 %) are added to the residue from step 4 - 30 min of

V
mixing at 20°C followed by centrifugation at 5000 rpm for 30min.
Residual

128
 5.2.4 Characterization of organic matter

Resin-embedded samples of sewage suspended matter and biofilm were prepared for TEM
observation. The samples, first fixed with glutaraldehyde and osmium tetroxide, were passed
through stepwise acetone dehydration, before being impregnated in a graded series of epoxy
resin monomer in acetone solutions, and finally polymerized in molds at 60°C for 24h
(Lartiges et al., 2001). Sections (100 nm thick) were cut on a Reichert OM U2 ultramicrotome
with a diamond knife, stained with lead citrate and uranyl acetate, and placed on copper grids
for TEM examination.

The solvent extractable organic matter was separated using a ASE200 DIONEX automated
solvent extraction system. The freeze-dried sample (1 g) was first mixed with 15 g of
Fontainebleau sand, copper chips being also added for desulphurization. The organic
compounds were then extracted using methylene chloride (MC), and the extract was
evaporated to dryness. The residue was dissolved in 4 mL MC, an aliquot of 15 mg was taken
to dryness, and redissolved in 300 µL MC. The organic compounds were then separated into
aliphatic, aromatic, and polar fractions using alumina and silica chromatographic columns.
The aliphatic and aromatic fractions were eluted from the alumina column with 3 mL MC,
whereas the residual polar fraction was eluted with 50/50 vol% methanol/MC. The aliphatic
compounds were then separated from the aromatic fraction using the silica column with 3x1
mL pentane. Finally, the aromatic fraction was recovered by washing the silica column with
5x500 µL of 35/65 vol% MC/pentane mixture. The polar fraction was purified on the silica
column with 50/50 vol% methanol/MC. The three fractions were taken to dryness, the
aliphatic and aromatic compounds were redissolved in hexane, whereas the polar fraction was
derivatized with 150 µL of BSTFA and 250 µL of MC at 60°C for 15 min.

Gas Chromatography (GC) was carried out using a Hewlett-Packard G1800A (Agilent
Technologies) equipped with a DB 5-MS 60 m*0.125 mm capillary column, linked to a
Hewlett-Packard G1034C Mass Spectrometer operating in fullscan mode. The injector was in
splitless mode at 300°C, the GC oven initial temperature being initially set at 70°C for 2 min,
followed by a 15°C min-1 ramp to 130°C, then by a 3°C min-1 ramp to 315°C, and a final hold
for 15 min. Helium was the carrier gas set at a flow rate of 1.4 mL/min.

129
5.3 RESULTS AND DISCUSSION

5.3.1 Wastewater quality and major inorganic species

The main characteristics for Golden Star sewage are presented in table 4. In accordance with
the Mediterranean climate experienced by the coastal area of Lebanon, the average
temperature of GS sewage is rather high, which certainly favors the bacterial activity and may
stimulate mineral precipitation such as carbonates within the sewer system (Pantsar-Kallioa et
al., 1999 ; Eriksson et al., 2000). Nevertheless, on the whole, the mean values of parameters
measured on GS sewage fall within the ranges classically reported in the literature for
wastewaters (Tchobanoglou et al., 2003).

Table 4: Routine wastewater parameters at Golden Star pumping station during weekdays and
weekends.

Weekday Weekend

pH 7.6±0.3 7.7±0.2

Conductivity (µS/cm) 1209±100 1764±215

Turbidity (NTU) 241 ± 73 280±47

Redox potential (mV) -269±53 -181± 43

Dissolved oxygen (ppm) 0.5±0.03 0.96 ± 0.46

TSS (mg/L) 1108.6±153.2 ND*

BOD5 (mg/L) 109.7±6.8 ND*

COD (mg/L) 256.9±55.5 ND*

Temperature (°C) 26.4±0.8 18.1±4.5

*ND not determined

During weekdays, the relatively low values noted for conductivity, BOD5 and COD
concentrations, certainly reflect the contribution of industrial wastewaters to the effluent load.
130
The COD/BOD5 ratio is about 2.3, thus indicating that GS organic matter is easily
biodegradable.

Table 5 lists the soluble concentrations of major inorganic ions in GS sewage and tap water.
In Lebanon, the drinking water supply often relies both on municipal supply and private
groundwater extraction (Korfali and Jurdi, 2007). As the drinking water samples were
collected at various houses around the study site, this explains why, in tap water, the standard
deviations for measurements of potassium, magnesium, calcium, and to a lesser extent
chlorine, are rather important. Notable differences can be observed between weekend and
weekday effluents. Thus, the phosphate level in weekend wastewaters is much higher than in
weekday sewage. However, at the moment, Lebanon has not yet banned orthophosphate in
laundry detergents, and the phosphate load can certainly be related to the frequent use of
washing machines during the weekend (Almeida et al., 1999 ; Eriksson et al., 2002 ; Butler et
al., 1995 ; Comber et al., 1996 ; Heitland et al., 2006 ; Gray and Becker, 2002). The amount
of sulfate and sodium in the weekend sewage may also be explained in part by the use of
washing powder, since those ions are common constituents of traditional detergents (Eriksson
et al., 2002). Nevertheless, some Na and SO4 ions certainly originate from human excreta.
Interestingly, tap water represents a principal source of nitrate in GS wastewater. However, as
can be observed in the oxygen-depleted weekday wastewater, microbial denitrification may
occur in the sewer system and hence, remove all the nitrate content.

131
Table 5: Soluble concentrations of major inorganic ions in GS sewage and tap water.

Weekday Weekend
Ion (mg/L) Tap water
sewage sewage

PO43- 1.91 ± 3.2 17.98 ± 2.32 BDL*

SO42- 43.05 ± 13.4 80.61 ± 9.4 11.2 ± 2.3

Cl- 218.02 ± 61.7 270.77 ± 26.46 105 ± 14.8

NO3- BDL* 3.28 ± 0.53 3.64 ± 0.93

Na+ 114.4 ± 10.6 191.2 ± 23.9 5.1 ± 0.8

K+ 21.34 ± 4.5 21 ± 2.5 6.4 ± 8.2

Ca2+ 55.87 ± 5.04 60.5 ± 1.3 63.2 ± 24.7

Mg2+ 17.98 ± 0.92 32.9 ± 2.2 27.6 ± 20.5

Ba2+x10-3 16.64 ± 0.54 20.1 ± 1.7 27.6 ± 8.2

* Below Detection Limit

In contrast, the concentrations of Ba, Ca, and K, in both weekday and weekend effluents are
almost constant. Tap water is the main source of calcium and barium in GS wastewater. These
cations usually exhibit a non-conservative behaviour in the sewer system with frequent
precipitations of carbonates and barite (Eriksson et al., 2000 ; Houhou et al., 2009a). In our
case, the solubility calculations indicate that the weekend effluent is indeed slightly
supersaturated with regard to barite, whereas the weekday sewage is close to saturation.
Human excreta are generally considered as the main contributor to the potassium load in
wastewater (Verbanck et al. 1989 ; Vinneras and Jönsson, 2002). Hence, the constancy of
dissolved K in both weekday and weekend sewages appears rather puzzling, since it would
suggest that the dilution of domestic sewage due to industrial discharges is actually negligible.
132
 On the contrary, chlorine known to behave most often conservatively (Viers et al., 2001),
implies a one-third dilution of domestic wastewater by the industrial discharge, provided that
industrial wastewater does not contribute to the chlorine budget.

5.3.2 Heavy metal loads in GS sewage

The dissolved metal concentrations in GS sewage and tap water are given in Table 6

Table 6: Dissolved and total metal concentrations in GS sewage, tap water, biofilms, and total
suspended matter. BDL: Below Detection Limit. NA: Not Applicable.

Total metal in
Weekend Weekday Suspended
Tap water Biofilm weekday
Metal sewage sewage matter
sewage
(µg/L) (µg/g)
(µg/L) (µg/L) (µg/g)
(µg/L)

As 2.03 2.67

Bi 0.0027 ± 0.002 0.012 ± 0.015 0.015 ± 0.002 4.157 3.01 ± 0.50 4.62

Cd 0.028 ± 0.017 0.024 ± 0.012 0.03 ± 0.007 0.925 0.91 ± 0.35 1.05

Co 0.15 ± 0.06 0.38 ± 0.06 0.32 ± 0.04 1.687 1.87 ± 0.20 2.18

Cr 3.18 ± 1.79 17.50 ± 5.29 6.75 ± 0.15 25.36 55.16 ± 8.86 34.84

Cu 3.53 ± 3.37 5.49 ± 3.49 31.43 ± 23.13 126.3 173.93 ± 33.08 171.37

Ni 3.08 ± 0.63 6.87 ± 0.67 5.44 ± 0.2 30.4 21.86 ± 2.48 39.1

Pb 0.17± 0.11 0.73 ± 0.35 0.89 ± 0.12 130.85 103.06 ± 15.90 145.8

Sn 20.38 118.5

Zn 284.14 ± 248.67 43.73 ± 12.69 46.02 ± 15.22 1180 987.67 ± 328.96 1353.4

Mn 0.33 ± 0.34 8.24 ± 6.09 27.96 ± 9.33 BDL BDL NA

133
Obviously, the dissolved Zn found in wastewater essentially originates from tap water.
Indeed, even though the municipal drinking water system mainly uses unlined iron and cast
iron pipes, the private distribution network is made up of galvanized iron and stainless steel
pipes (Korfali and Jurdi, 2007). The high level of Zn, but also part of dissolved Ni and the
considerably high Cr concentration with regard to the maximum admissible concentration in
drinking water (EU Directive 98/83), can then be related to the corrosion of those pipes
(Sorme and Lagerkvist, 2002, Comber et al., 1996, Kamar, 2009, Houhou et al., 2009b).
Similarly, the value of dissolved Al in sewage can be explained by the Al input from drinking
water since an aluminum coagulant is used at Dbayeh treatment facility supplying the study
site. On the other hand, the levels of Cr and Ni strongly increase in weekend wastewater,
which is in accordance with previous reports showing that household sources releasing
stainless steel fragments such as washing machines, dish washers, kitchen cookware, and
kitchen sinks, are significant contributors for those metals in sewage (Chino et al., 1991 ;
Sorme and Lagerkvist, 2002 ; Comber and Gunn, 1996 ; Houhou et al., 2009b). The
contribution of industrial discharges to the soluble metal load in weekday sewage concerns
essentially Cu and Mn. Both metals may be tentatively related to the activity of a metal
plating industry located nearby (State of Environment, 2001).

Table 6 also presents the total metal loads in weekday wastewater, as well as the heavy metal
contents found in suspended matter and in three biofilms collected at various times over the
period of the study. Obviously, most of the metal load transported in GS wastewater is
associated with suspended solids. This may explain why the heavy metal levels found in
biofilms are equivalent with those measured for sewage suspended matter, and why they are
rather constant over time. Indeed, in those sewer biofilms, the quantity of metal adsorbed
from solution should be negligible in comparison with the amount of suspended solids
transferred to the wall by shear forces. In that case, the biofilm should provide a continuous
and quantitative record of the particle contamination history in the sewer. Such view has been
previously put forward by Rocher et al. (2004) for hydrocarbons stored in sewer biofilms.

The total heavy-metal levels in weekday wastewater appear rather high in comparison with
those typically reported in the literature (Gasperi et al., 2008 ; Houhou et al., 2009b). High
concentrations in Zn and Pb are usually attributed to roof runoff (Chebbo et al., 2001). This
explanation cannot hold for the study area, the major source of Zn in GS sewage being
probably tap water. On the other hand, the Pb pollution found in wastewater should rather be

134
linked with the urban road dust sediment that is transferred to the combined sewer by frequent
morning street-washing (Gromaire et al., 2000 ; Barrett et al. 2010). It should be noted that in
Lebanon, leaded gasoline remains a common grade, and average Pb concentrations as high as
353 µg/g have been measured in roadside dust along urban streets (Hashisho and El Fadel,
2004). Part of Zn and Cd load may also originate from traffic-induced emissions (Legret and
Pagotto, 1999, Sorme and Lagerkvist, 2002). The total Cu concentration appears to be
significantly higher than usual copper levels reported in the literature for wastewater (Gasperi
et al., 2008 ; Houhou et al., 2009b), the main source of this element in GS sewage likely
originating from the discharge of metal plating wastes. In a previous paper, Houhou et al.,
(2010b) reported that very similar concentrations of total Cu, Zn, Cd, Ni, and Cr, are
measured nowadays in the sewage of various western cities. Such observation, attributed in
part to the globalization of consumer behavior, cannot be extended to countries such as
Lebanon where a stringent environmental legislation for industrial discharges has not been
implemented yet.

5.3.3 Nature of heavy metal-bearing particle

The dominant crystalline phases revealed by X-ray diffraction in the biofilms were quartz
(SiO2), bassanite (CaSO4, 5H2O), and anatase (TiO2). Bassanite is very likely formed during the
freeze-drying of samples since the solubility calculations indicate that such a species is not
stable in GS sewage. The occurrence of abundant quartz particles in sediments from a separate
sewer system has been related to its use as scouring powder in household cleaning (Houhou et
al. 2009b), but in the present case (combined sewer), it may also result from sand used for
construction work and mobilized by street cleaning. The presence of anatase may be attributed
to its use as pigment in a ceramic industry located in the vicinity of Golden Star pumping
station.
A direct speciation of heavy metal-bearing particles contained in sewage suspended solids and
in sewer biofilms was carried out by combining electron microscopy with EDXS analysis.
Barium sulfate and barium sulfate associated with zinc sulfide, iron oxides, metal sulfides, and
various alloys, were the phases commonly identified using this approach (fig. 41).

135
Figure 41: Electron micrographs and EDXS spectra of typical heavy metal-bearing particles found in
Golden Star urban effluent.

136
The frequent occurrence of barium sulfate is certainly the result of the supersaturation of GS
sewage for barite, although anthropic sources such as car brakes are also likely here (El Samrani
et al., 2004). The association between barium sulfate and zinc sulfide has a double origin as
indicated by the bimodal histogram of the Ba/Zn elemental ratio (inset of fig. 42). The first
mode – Ba/Zn close to 1 – probably identifies lithopone (Clark, 2002 ; Adams, 2004), a white
pigment used in some enamels and paints that could originate from the ceramic industry. The
second mode – Ba/Zn around 4 – could correspond to ZnS particles directly grown on the barite
surface under the influence of sulfate-reducing bacteria (El Samrani et al., 2004). Other metal
sulfides such as mackinawite (FeS), pyrite (FeS2 – fig. 41c), galena (PbS), covellite (CuS),
chalcopyrite (CuFeS2 – fig. 41d)), sphalerite (ZnS), and argentite (Ag2S), were found in
equivalent amounts in suspended solids and biofilms. As discussed by several authors (El
Samrani et al., 2004 ; Zhang et al., 2008 ; Houhou et al., 2009b), those sulfides are formed by
the reaction of dissolved metal species with the hydrogen sulfide produced by sulfato-reducing
bacteria (Gutierrez et al., 2008, Nielsen et al., 2008).

The weight of the ceramic industry in the amount of anthropogenic particles discharged in GS
sewage is even more obvious when oxide particles are considered: pigments such as lead
oxide (PbO) (10.5 %), bismuth oxide (5.8%), chromium oxide (1.2%) and lead chromate
(PbCrO4) (2.3%) (Zheng and Shi, 2007 ; Clark, 2002), but also polishing agents such as
cerium oxides (6.9%) (fig. 41e), are frequently observed in weekday wastewater and in
biofilms. Other identified oxides include bismuth oxychloride (BiOCl) (2.3%) (fig. 41f) and
wustite (FeO) (fig. 41g), that should rather be related to the cosmetic industry.

Besides stainless steel fragments (fig. 41h) that were predominantly found in weekend sewage
in accordance with the relative levels of total Cr and Ni measured in suspended solids, a
variety of metal alloys were observed in GS wastewater. Brasses such as Cu-Zn, Cu-Zn-Al
(aluminium brass), and Cu-Zn-Sn (white brass), were identified in biofilms and only in
weekday sewage. The presence of those brasses may be associated with the activity of the
metal plating industry. Fe-Cr particles, attributed to fragments of razor blades by Houhou et
al. (2009b), were identified in high amounts in weekend wastewater, whereas Fe-Cr alloys
bearing minor amounts of Sn and Sb were analyzed in weekday sewage. Micron size particles
of gold (fig. 41i) - 22 karat (Au 91.7%, Ag 3.2%, and Cu 5.1%) and 18 karat (Au 75%, 9%
Ag, and Cu 16%)– were evidenced in weekday wastewater. Obviously, such particles
originate from the jewelry industry (Ingo et al., 1998 ; Manni et al., 2001). More

137
annecdotally, particles of native bismuth (fig. 41j) and thorium dioxide found in biofilms
could be the signature of granite kitchen sinks which are popular in Lebanon.

A previous investigation of phosphate minerals neoformed in wastewater revealed that a

significant amount of Zn can be entrapped into those minerals (Houhou et al., 2009a). In the
present case, such Zn incorporation within the phosphate phases could not be evidenced with
regard to the minimum detection limit of EDXS. On the other hand, lead-bearing phosphate
species that might originate from a remobilization in the sewer system of Pb from roadside
dust, frequently occur (fig. 41k). Figure 42 shows the relative abundance between weekdays
and weekends of the three main types of metal bearing particles distinguished above.
Neoformed mineral species, i.e. particles precipitated as metal sulfides or phosphates, are in
equivalent amount in weekday and weekend wastewater, and they largely dominate the other
categories of particles. This indicates that the dynamic chemical environment of the sewer
system determines drastic changes in the speciation of many metals over a short time scale.
Logically, the occurrence of particles originating from domestic uses and industrial processes
are more abundant during weekend and weekday, respectively.

Figure 42: Relative abundance of heavy metal-bearing particles detected by backscattered electron
imaging from (i) domestic activities, (ii) industrial wastes, and (iii) the sewer system. The inset shows
the histogram of Ba/Zn elemental ratios in barite/sphalerite mixed particles.

138
 5.3.4 Chemical speciation of heavy metals in suspended solids and
biofilm

A major drawback of the direct speciation conducted with electron microscopy is that the total
amount of trace element associated with a given species is not known. In addition, some heavy
metal-bearing phases may be overlooked because of the relatively low sensitivity of EDXS
microanalysis. However, a chemical speciation is not devoid of artifacts either, and incomplete
dissolution of the target phase, readsorption of dissolved species, or precipitation of neoformed
phases, have been described in the literature (Ostergren et al., 1999 ; La Force and Fendorf,
2000, Houhou et al., 2009a). Figure 43 presents the partitioning of Zn, Pb, and Cu, between
exchangeable (F1), soluble (F2), reducible (F3), oxidizable (F4), and residual fractions (F5). Zn
is mainly associated with the soluble and reducible fractions in suspended solids and biofilms,
and to a lesser extent with the oxidizable fraction.

Figure 43: Partitioning of Zn, Pb, and Cu, between exchangeable (F1), soluble (F2), reducible (F3),
oxidizable (F4), and residual fractions (F5), in sewage suspended solids and biofilm samples.

At first approximation, this speciation seems rather contradictory with the electron microscopy
observations since Zn was only detected as sulfide (ZnS). However, no particular precaution
was taken during the storage of freeze-dried samples, and a partial oxidation of those metal
sulfides would then significantly increase the amount of Zn contained in the reducible fraction.
Such an evolution of speciation during storage has recently been described for suspended river
sediments by Priadi et al., (2011b).
139
A similar partitioning is observed for Pb in suspended solids, whereas it is mainly associated
with the residual fraction in biofilms. The latter observation is consistent with the abundant
occurrence of lead phosphate in that compartment, the very low solubility of this mineral
species leading to its extraction with the residual fraction (Ma and Rao, 1997). Cu is mainly
distributed between F3, F4, and F5, in suspended solids, and between F4 and F5 in biofilms.
Assuming that F3 corresponds to partially oxidized copper sulfide, Cu would then be primarily
associated with the organic and/or sulfide fraction identified by SEM as covellite and
chalcopyrite, and with the residual fraction that could then correspond to copper brasses.
Eventually, the results obtained by chemical extraction can be easily related to the direct
speciation carried out by electron microscopy.

5.3.5 Nature of organic matter in suspended solids and biofilms

Typical micrographs of sewage suspended solids and biofilm samples are shown in figure 44.
An intense microbial activity is systematically observed within the suspended material with
numerous bacterial aggregates embedded in a matrix of extracellular polymeric substances
(fig. 44a), and frequent biodegradation features at the surface of decaying organic fibers (fig.
44b).

Figure 44: Electron micrographs of stained ultrathin sections of suspended solids (a-b) and sewer
biofilms (c-f).

140
In contrast, TEM examination of biofilm samples reveals a range of diverse situations that can
be related to the variation in bacteria abundance in the thickness of the biofilm (Mahfoud et
al. 2009). At the biofilm/sewage interface that contains the majority of microbial biomass,
ongoing biodegradation characterized by remnants of cell walls (fig. 44c) and partially
degraded plastic chunks can be observed (fig. 44d). In contrast, other micrographs completely
devoid of active bacteria (fig. 44 e-f), might identify deeper zones within the biofilm
(Mahfoud et al., 2009). Interestingly, cellulose fibers originating from toilet papers which are
frequently observed in biofilms and suspended solids in western countries (Houhou et al., in
preparation), were not detected. This may be related to the local usage of not flushing down
the toilet paper. Such habit can certainly impact the sewer functioning as it was established
that about 15% of sewer solids correspond to toilet paper in UK (Friedler et al., 1996).

The measured values of total organic carbon and volatile matter in biofilm samples were
633±107 mg/g and 202±135 mg/g, respectively, which is of the order of magnitude of organic
contents for sewer biofilms reported in the literature (Chebbo et al., 2001). The amount of
extractable organic matter was 433±115 mg/g with percentages of aliphatic, aromatic, and
polar fractions of 38.2%, 18.1%, and 15.7%, respectively, the loss during the fractioning
process being about 30%.

The GC-MS analysis is dominated by n-alcanes, pentacyclic triterpanes, and an unresolved

complex mixture (UCM) (fig. 45a). n-Alkanes are detected with chain length from C12 to
C29 (fig. 45c). The value of the Carbon Preference Index (CPI), defined as the odd/even
carbon number n-alkanes (Bray and Evans 1961) equal to 1.03, confirms the petrogenic
fingerprint (Moilleron et al. 2002 ; Jeanneau et al. 2006, Jeanneau et al. 2008). Moreover, the
distribution of pentacyclic triterpanes (especially hopanes) is dominated by isomers in
geological conformation (17α, 21β and 17β, 21α) whereas a biological conformation (17β,
21β) is not detected (figure 45b). Such distribution is typical of thermally matured organic
matter (Peter and Moldowan 1993) related to petroleum or associated byproducts such as road
asphalts (Faure et al., 2000), The UCM shape in the chromatogram (fig. 45a) is also similar to
those obtained for road asphalts or used vehicule oil (Faure and Landais, 2000 ; Faure et al.,
2000 ; Jeanneau et al., 2008).

The aromatic fraction reveals the presence of substituted polycyclic aromatic hydrocarbons
(mainly alkyl-phenanthrenes and alkyl-pyrenes) consistent with petroleum byproducts
(Jeanneau et al. 2008). This is in contrast to previous results in the literature which reported

141
the predominance of parent PAH such as phenantrene, pyrene, and fluoranthene in sewage
sludges (Rocher et al., 2004 ; Sanchez-Brunet et al., 2007). Linear alkyl benzene (LAB),
anionic surfactants from domestic detergents (Eganhouse and Sherblom, 2001), are also
dominant molecules in the aromatic fraction.

Figure 45: Aliphatic hydrocarbons chromatogram from the biofilm obtained with GC-MS analysis: (a)
Total ion curent (TIC), (b) m/z = 191 (pentacyclic triterpanes) and (c) m/z =57 (n-alcanes). See table 7
for pentacyclic triterpanes identification (UCM).

Other classical fingerprints of domestic activity such as coprostanol, a faecal sterol produced
from the reduction of cholesterol (Eganhouse and Sherblom, 2001 ; Maldonado et al., 2000),
cholesterol, cholestanol, and coprostanone, can be evidenced in the polar fraction. Finally,
fatty acids with a 14 to 18 carbon number with an even to odd predominance occur. Such
distribution is generally associated with a contribution of bacterial biofilm (Killops and
Killops, 2005). Eventually, the nature of organic matter found in biofilm samples reveals an
obvious signature of traffic-related pollution that confirms the transfer of road dust by street
washing to the sewer system.

142
Table 7: Identification of pentacyclic triterpanes (cf. figure 45).

Symbol Compound Carbon number

1 18a(H)-22,29,30-trisnorhopane (C27)

2 17a(H)-22,29,30-trisnorneohopane (C27)

3 17a(H), 21b(H)-30-norhopane (C29)

4 18a(H)-30-norneohopane (C29)

5 17a(H), 21b(H)-hopane (C30)

6 17b(H), 21a(H)-30 homomoretane (C31)

7 22S-17a(H), 21b(H)-30 homohopane (C31)

8 22R-17a(H), 21b(H)-30 homohopane (C31)

9 22S-17a(H), 21b(H)-30 bishomohopane (C32)

10 22R-17a(H), 21b(H)-30 bishomohopane (C32)

11 22S-17a(H), 21b(H)-30 trishomohopane (C33)

12 22R-17a(H), 21b(H)-30 trishomohopane (C33)

13 22S-17a(H), 21b(H)-tetrakishomohopane (C34)

14 22R-17a(H), 21b(H)-tetrakishomohopane (C34)

15 22S-17a(H), 21b(H)-pentakishomohopane (C35)

16 22R-17a(H), 21b(H)-pentakishomohopane (C35)

143
5.4 CONCLUSION

The results of the present study indicate that, in an emerging country, the sewer system
integrates the pollution from four main sources: besides domestic activities, the private
drinking water supply system, industrial discharges, and road dust transported in the sewer by
street washing, represent majors contributors to the pollution transported by the urban
effluent. The relative importance of those sources changes drastically over time as evidenced
by the difference in metal levels recorded between weekday and weekend effluents. In that
context, the relatively constant composition of biofilms scrapped off the pipe walls appears to
provide a time-average measurement of the contamination. The molecular characterization of
the solvent-extractable organic matter from biofilm confirms a major contribution of
petroleum byproducts consistent with a traffic-related pollution. The speciation study reveals
the predominance of neoformed minerals such as sulfides and phosphates, and highlights the
strong biogeochemical dynamics that takes place within the sewer system. Unlike western
countries in which any discharge from the industry is strictly regulated, some anthropogenic
particulate markers of various activities such as jewellery making or ceramics manufacturing
can be easily identified here.

The metal concentrations found in urban wastewater certainly differ according to the nature of
local industrial discharges to the sewer system or the relative importance of private drinking
water supply system. However, based on the results reported in table 4, the gross annual
fluxes for anthropogenic metal discharge from lebanese urban effluents into the sea can be
estimated to be approximately 36.2 103 kg for Pb, 42.5 103 kg for Cu, and 8.6 103 kg for Cr.
Knowing that the lebanese annual surface water flow to the sea is about 3900 106 m3,
assuming a suspended sediment concentration of 5 mg/L, and using the average concentration
of trace elements in the suspended sediment of World rivers given by Viers et al. (2009), the
corresponding natural inputs are about 1.2 103 kg for Pb, 1.5 103 kg for Cu, and 2.5 103 kg for
Cr. This implies that, at the moment in Lebanon, the anthropogenic fluxes of heavy metals to
the Mediterranean sea are much greater than the natural ones. Hence, the present study
provides a base-line against which any improvement of sewage quality due a change in
environmental policy can be assessed.

144
Acknowledgements

R. AL KHATIB would like to thank the Lebanon National Council for Scientific Research for
funding her doctoral studies. This work was supported in part by the France-Lebanon bilateral
cooperation (CEDRE grant). RK, AS, and BL are grateful to the staff of Golden Star pumping
facility for logistical support during field sampling. We also wish to thank the SARM staff
(CRPG-UPR 80) where chemical analyses were carried out.

145
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151
Chapitre 6 : CONCLUSION GENERALE
Ce travail a permis de montrer l’effet du gradient de vitesse pariétale sur le transport des
bactéries vers la surface de développement du biofilm, ainsi que sur différents paramètres tels
que le nombre de bactéries, la quantité d'exopolymères déposés, l’épaisseur du biofilm, et le
pourcentage de recouvrement de la surface. Un réacteur Couette-Poiseuille a été utilisé pour
contrôler les conditions hydrodynamiques et maintenir un écoulement laminaire stable. Ce
réacteur permet une bonne maîtrise de la configuration de l’écoulement tout en contrôlant le
gradient de vitesse près de la paroi. L’observation de la structure générale du biofilm a été
réalisée par microscopie confocale à balayage laser (CLSM). Cette technique permet d’une
part d’avoir des images 2D qui donne une idée sur la morphologie générale du biofilm.
D’autre part, un fichier numérique contenant des images de dimension x y z est également
stocké. Pour accéder au calcul des différents paramètres structuraux du biofilm, un logiciel
permettant l’application des algorithmes mathématiques spécifiques ainsi qu’une
reconstruction 3D des biofilms, « Gocad ® », a été utilisé. Un traitement préalable des images
obtenues a été réalisé avec une série de logiciels informatiques, afin d'améliorer la résolution
et de diminuer le rapport signal/bruit pour pouvoir effectuer ultérieurement une reconstruction
3D de qualité et réaliser les analyses quantitatives.

Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à limiter la croissance des biofilms sur
la surface par annulation du transport de masse vers cette surface. Pour ce faire, une
configuration dite de « non-dépôt » a été appliquée. Celle-ci consiste à annuler le gradient de
vitesse près de la surface, ce qui implique qu’aucun transport par convection ne peut avoir
lieu vers la surface, et ce qui empêche de fait l’initiation à la formation du biofilm.
L’application de cette configuration a permis de maintenir la paroi vierge de biofilm pendant
au moins deux jours, néanmoins une croissance importante sur l'autre paroi du cylindre est
obtenue, ce qui altère rapidement les conditions d'écoulement au voisinage de la surface du
coupon. D’où l’observation de biofilms sur la surface des coupons au-delà de deux jours. Une
comparaison avec une configuration offrant des conditions optimales de croissance a été
établie ; celle-ci a montré que dans les conditions favorables au développement un nombre
important de bactéries adhère sur la surface dans les toutes premières heures de l’expérience
(5h). Ce résultat est très prometteur, puisque l’application de ce type de configuration sur des
eaux moins chargées (eaux potables, eaux de rivières, …) permettrait de maintenir propre la
surface d'un capteur ou d'une membrane.

153
Une autre étude concernant l’influence du gradient de vitesse pariétale sur la structure et
l’organisation du biofilms a été effectuée avec le réacteur Couette-Poiseuille. La
configuration, utilisée dans ce cas, implique un transport maximal de masse vers la surface
tout en maintenant un gradient de vitesse constant. L’étude a porté sur les deux phases de
formation du biofilm, le stade initial et le stade de biofilm mature. Deux gradients de vitesse
ont été choisis, γ=6s-1 et γ=1s-1, et les résultats obtenus ont montré que:

- lorsque la vitesse d’écoulement augmente, le transport de masse est favorisé et

l’adhésion débute plus rapidement qu’à faible vitesse d’écoulement.

- la représentation graphique de l’accumulation des bactéries à la paroi et des différents

paramètres structuraux du biofilm en fonction de t*γ1/3 comme axe des abscisses
permet de superposer les courbes obtenues aux deux gradients de vitesse.

- l’épaisseur et le recouvrement de la surface augmentent durant les premières 24h à

γ=1s-1, tandis qu’à γ=6s-1, les courbes présentent une forme sigmoïdale résultant du
détachement par effet de cisaillement.

- la quantité de polymères, dans les deux cas, est beaucoup plus importante que la
quantité de bactéries adhérées qui est elle plus ou moins équivalente pour les deux
gradients de vitesse étudiée.

En ce qui concerne l’influence de l’hydrodynamique sur le biofilm mature, les biofilms

développés à faible gradient sont plus épais et présentent une structure renfermant de larges
« voids ». Des élongations ou « streamers » sont aussi observés mais ces derniers ne sont pas
assez rigides et sont souvent décrochés lors du lavage du coupon ainsi que lors de
l’observation au microscope confocale. Quand la vitesse de l’écoulement augmente, les
biofilms deviennent moins épais mais plus compact, la quantité d’exopolymères augmente, et
les microcolonies tendent à réduire le vide pour augmenter la cohésion entre elles. Ces
résultats sont en accord avec la littérature sur les biofilms développés dans les chambres
d’écoulement (Stoodley et al., 1999 ; Pereira et al., 2002 ; Picioreanu et al., 2000).

154
L’hydrodynamique ne paraît pas affecter seulement la structure et la composition du biofilm,
mais également l’orientation de celui-ci. En effet, les microcolonies composant le biofilm
montrent une orientation préférentielle à 45° du sens du l’écoulement.

Des expériences à cisaillement beaucoup plus important sont à envisager pour mieux
comprendre le comportement des biofilms vis à vis des conditions de fort cisaillement.
L’étude de l’influence de l’hydrodynamique sur l’activité du biofilm dans ce type de réacteur
s’avère aussi être très intéressant. Ceci pourrait offrir de nouvelles pistes pour le contrôle des
polluants et de leur accumulation dans le biofilm.

L’objectif sur lequel a démarré cette thèse était l’étude de la spéciation de la matière
organique et des contaminants métalliques dans les eaux usées de Jounieh-Liban, rejetées
dans la mer méditerranée. Cette étude se trouve la première à être établie au Liban en ce qui
concerne l’étude des polluants à l’échelle nanométrique en utilisant la microscopie
électronique. Cette étude a montré le rôle primordial que joue le biofilm comme étant un
réacteur bio-physico-chimique capable d’accumuler, de transformer et d'influer sur le devenir
des polluants. De plus le biofilm s'est révélé être un registre des contaminants rejetés dans les
réseaux d’assainissement.

Les résultats trouvés montrent que la pollution des eaux usées de Jounieh résulte non
seulement des eaux usées domestiques mais aussi des rejets non contrôlés des eaux usées
industrielles, du nettoyage des routes, ainsi que du réseau privé de distribution des eaux
potables. La composition de ces eaux renferme des concentrations en métaux lourds dépassant
les limites autorisées et qui sont déchargés dans la mer sans traitement préalable. La
caractérisation de la matière organique extractible révèle une contribution du trafic routier.

Cette étude constitue une base de données préliminaires concernant la qualité des eaux usées
Libanaises déchargées dans le milieu naturel. Les résultats exigent la mise en place d’un
traitement indispensable de ces effluents avant rejet. Néanmoins cette étude reste une étude de
cas d’une seule région au Liban, il serait nécessaire d'élargir la zone d’étude pour couvrir tout
le pays.

155
ANNEXES
 Annexe 1 : Scripts utlisés pour la reconstruction 3D

Dilatation des bactéries

Propriété principale = vert

BEGIN {

max_nb = 15 ;

vert_dilat = 1 ;

if( vert < 0.05 ) {

nb = 0 ;

if( neigh( vert, 0, 0, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 0, 0, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 0, 1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 0, -1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, 0, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, 0, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, 0, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, 0, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, 0, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, 0, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

157
 if( neigh( vert, 0, 1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 0, 1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 0, -1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 0, -1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, 1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, 1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, -1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, -1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, 1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, 1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, -1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, 1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, -1, -1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, -1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, -1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert, 1, 1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( nb < max_nb ) {

vert_dilat = 0 ;

158
 Dilatation des EPS

Propriété principale = rouge

BEGIN {

max_nb = 15 ;

rouge_dilat = 1 ;

if( rouge < 0.05 ) {

nb = 0 ;

if( neigh( rouge, 0, 0, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 0, 0, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 0, 1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 0, -1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, 0, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, 0, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, 0, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, 0, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, 0, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, 0, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 0, 1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 0, 1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 0, -1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

159
 if( neigh( rouge, 0, -1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, 1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, 1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, -1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, -1, 0 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, 1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, 1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, -1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, 1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, -1, -1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, -1, 1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, -1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge, 1, 1, -1 ) > 0.05 ) { nb++ ; }

if( nb < max_nb ) {

rouge_dilat = 0 ;

160
 Erosion des bactéries (cycle 1)

BEGIN {

max_nb = 22 ;

vert_erod_a = 0 ;

if( vert_dilat > 0.5 ) {

nb = 0 ;

if( neigh( vert_dilat, 0, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 0, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 0, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 0, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 0, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 0, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 0, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 0, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

161
 if( neigh( vert_dilat, -1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, -1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_dilat, 1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( nb < max_nb ) {

vert_erod_a = 1 ;

162
 Erosion des bactéries (cycle 2)

BEGIN {

max_nb = 23 ;

vert_erod_b = 0 ;

if( vert_erod_a > 0.5 ) {

nb = 0 ;

if( neigh( vert_erod_a, 0, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

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if( neigh( vert_erod_a, 0, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 0, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 0, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 0, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 0, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

163
 if( neigh( vert_erod_a, -1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, -1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( vert_erod_a, 1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( nb < max_nb ) {

vert_erod_b = 1 ;

164
 Erosion des EPS (cycle 1)

BEGIN {

max_nb = 22 ;

rouge_erod_a = 0 ;

if( rouge_dilat > 0.5 ) {

nb = 0 ;

if( neigh( rouge_dilat, 0, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 0, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 0, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 0, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 0, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 0, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 0, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 0, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

165
 if( neigh( rouge_dilat, -1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, -1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_dilat, 1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( nb < max_nb ) {

rouge_erod_a = 1 ;

166
 Erosion des EPS (cycle 2)

BEGIN {

max_nb = 23 ;

rouge_erod_b = 0 ;

if( rouge_erod_a > 0.5 ) {

nb = 0 ;

if( neigh( rouge_erod_a, 0, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 0, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 0, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 0, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, 0, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, 0, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, 0, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 0, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 0, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 0, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 0, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

167
 if( neigh( rouge_erod_a, -1, 1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, -1, 0 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, 1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, -1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, -1, 1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, -1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( neigh( rouge_erod_a, 1, 1, -1 ) < 0.5 ) { nb++ ; }

if( nb < max_nb ) {

rouge_erod_b = 1 ;

168
 Détermination de la population du biofilm

BEGIN {

nb_bact = 0 ;

nb_poly = 0 ;

nb_bact_et_poly = 0 ;

nb_nobact_et_poly = 0 ;

nb_bact_et_nopoly = 0 ;

if( rouge_erod_b > 0.5 ) {

nb_poly ++ ;

if( vert_erod_b > 0.5 ) {

nb_bact ++ ;

nb_bact_et_poly++ ;

} else {

nb_nobact_et_poly++ ;

} else {

if( vert_erod_b > 0.5 ) {

nb_bact ++ ;

nb_bact_et_nopoly++ ;

}
169
}

END {

print> "stats.txt" "Nombre de bacteries ", nb_bact ;

print> "stats.txt" "Nombre de polymeres ", nb_poly ;

print> "stats.txt" "Nombre de bacteries et de polymeres ", nb_bact_et_poly ;

print> "stats.txt" "Nombre de polymeres sans bacterie ", nb_nobact_et_poly ;

print> "stats.txt" "Nombre de bactereies sans polymere ", nb_bact_et_nopoly ;

print> "stats.txt" "Prob(bactereies | polymere) = ", nb_bact_et_poly / nb_poly ;

print> "stats.txt" "Prob(polymere | bacterie) = ", nb_bact_et_poly / nb_bact ;

170
 Fusion des voxets bactérie/EPS

biofilm = vert_erod_b ;

if( biofilm == 0 ) {

biofilm = rouge_erod_b ;

Volume du biofilm

BEGIN {

volume_biofilm = 0 ;

volume_voxel = 1.14569 * 1.14569 * 1.142 ;

volume_biofilm += volume_voxel * biofilm ;

END {

print "Volume Total de biofilm ", volume_biofilm ;

171
 Epaisseur

if( W == NW-1 ) {

thickness = 0 ;

for( depth = NW-1 ; depth >-1 ; --depth ) {

if( thickness == 0 ) {

if( neigh(biofilm,0,0,-depth) > 0.5 ) {

thickness = depth + 1 ;

break ;

}}

enveloppe = thickness ;

Epaisseur (suite)

if( enveloppe == 0 ) {

enveloppe = enveloppe_NDV ;

172
 Surface du biofilm

Begin { area=0 ;

if (biofilm>0.5) {

area +=1 ;

END {

print> "Area=", area*sizeu*sizev ;

173
Annexe 2 : Variation journalière des caractéristiques des eaux usées, β=1/3

γ = 1s-1 γ = 6s-1

174
Annexe 3 : Variation journalière des caractéristiques des eaux usées, β=1/2

-1 -1
γ=1s γ=6s

175
Annexe 4 : Publication, La houille Blanche, numéro 5/ Novembre 2011

CONTROLE HYDRODYNAMIQUE DE L’ORGANISATION DES

BIOFILMS EN MILIEU EAUX USEES

Rim Al Khatib 1, Bruno Lartiges 1

Christian Mustin 2, Salah Skali-Lami 3

(1)
Nancy Université-INPL-LEM-ENSG/INPL-CNRS, Pôle de l’Eau, 15 avenue du Charmois, BP40, 54501 Vandoeuvre
Cedex, France, Tél : 33 (0)3 83 59 62 97- Fax : 33 (0)3 83 59 62 55, [email protected] - [email protected]
mip.fr
(2)
Nancy Université-INPL-LIMMOS-FST/UHP-CNRS 7137 boulevard des Aiguillettes, BP 239, 54506 Vandoeuvre Cedex,
France, Téléphone : +33 (0)3 83 68 42 82- Fax : +33 (0)3 83 68 42 84.
(3)
École nationale supérieure d'électricité et de mécanique ENSEM-INPL, 2 avenue de la Forêt de Haye, BP 160 - F-54504
Vandœuvre lès Nancy, Tél./phone +33 (0)3 83 59 55 52 - Fax : +33 (0)3 83 59 55 51.

Résumé Nous étudions le développement de biofilms d'eaux usées dans un réacteur

Couette-Poiseuille, afin de contrôler les conditions hydrodynamiques qui président à leur
formation. Les biofilms formés sur des coupons de prélèvement sont marqués à l'acridine
orange, et observés en microscopie confocale. Dans des conditions de gradient constant, les
biofilms formés sous un cisaillement de 1 s-1 sont épais, peu denses, poreux, et présentent
des élongations (streamers) qui oscillent dans le flux. En revanche, les biofilms générés
avec un cisaillement de 6 s-1 sont denses et peu épais. Le réacteur utilisé permet également
de déterminer un gradient pariétal nul, et dans ce cas, le développement du biofilm se
trouve inhibé pendant plus de deux jours.

Mots clé : Biofilm ; force de cisaillement ; exopolymères ; écoulement couette-poiseuille ;

eaux usées

Hydrodynamic control of wastewater biofilm

organization

176
 Abstract: We investigate biofilm formation in a Couette-Poiseuille reactor, in order to
monitor precisely the hydrodynamical conditions that govern biofilm development. The
biofilms are grown on coupons, and then stained with acridine orange, and observed under
confocal microscopy. We show that biofilms formed under a constant 6 s-1 shear rate are
more compact and thinner than those grown under 1 s-1 that are porous, thicker, and present
streamers. On the other hand, using a shear profile that determines a parietal gradient equal
to zero, prevents the growth of biofilm for more than two days.

Keywords: Biofilm, shear rate, exopolymeric substances, Couette-Poiseuille flow,

wastewater

I INTRODUCTION

Les biofilms sont des associations de microcolonies bactériennes d’espèces différentes qui se
développent sur toute surface à l’interface solide/liquide dans des conditions variées de température,
apport en nutriments, conditions hydrodynamiques,… [1]. Dans les réseaux d'assainissement, la
formation des biofilms joue un rôle primordial dans la transformation, le stockage et l’élimination des
polluants. Les changements de conditions hydrodynamiques, le vieillissement, et la quantité de
substrat dans le milieu, affectent les caractéristiques physico-chimiques des biofilms et peuvent
provoquer le détachement de ces derniers libérant ainsi les micropolluants dans le réseau [2]. Bien que
le développement de biofilm soit un phénomène fréquent voire systématique à l'interface solide/liquide
en présence de bactéries, sa formation passe par une série d’étapes influencées par différents facteurs
(mode d'écoulement, nature de la surface, type des nutriments et leurs concentrations, conditions
d'aération). La formation du biofilm met donc en œuvre différents processus physicochimiques
(diffusion, adhésion, …) ainsi que des processus biologiques (formation d’agrégats, croissance de
microorganismes, production d’exopolymères, …) [3, 4]. Au stade actuel des connaissances, les
mécanismes de formation des biofilms comprennent trois mécanismes essentiels: le transport de
bactéries, l’adhésion et la croissance, et la multiplication de microorganismes [5-7].

Influence des conditions hydrodynamiques

L’activité du biofilm est fortement liée à son volume, la quantité de biomasse fixée, sa densité, sa
porosité et le transfert de nutriments à l’intérieur du biofilm [8]. La vitesse d’écoulement du liquide et
les forces de cisaillement qui en résultent, semblent être les facteurs influençant le plus la structure du
biofilm notamment en raison de leur impact sur la répartition des microcolonies et sur la production
des exopolymères [5, 9]. En effet, les différentes études menées sur la formation des biofilms à partir
de systèmes naturels ou de souches pures sous différentes conditions hydrodynamiques, montrent que
l’épaisseur et la masse fixée, la nature et la quantité d’exopolymères (EPS) produits ainsi que la
répartition des colonies bactériennes, varient largement suivant le mode de cisaillement appliqué [3, 9,
10]. Les écoulements à grande vitesse, voire turbulents, engendrent des biofilms denses et augmentent

177
le transfert des nutriments depuis le liquide extérieur vers le biofilm, ce qui favorise la production
d’exopolymères notamment les polysaccharides. Ainsi le biofilm possède une structure plus rigide et
la cohésion entre les cellules sera plus importante [11]. Mais ceci aura un effet défavorable sur le
transfert de nutriments au sein même du biofilm, ce qui va diminuer l'activité de celui-ci : les biofilms
seront plus fins [3, 7, 12]. A faible force de cisaillement, les biofilms sont beaucoup moins denses,
plus poreux et plus épais. Ces biofilms sont formés par l'agrégation de colonies bactériennes séparées
par des vides interstitiels déterminant des canaux qui assurent le transfert de nutriments à l’intérieur du
biofilm, ce qui augmente son activité et aboutit à des biofilms plus épais mais moins rigides car la
production des EPS est moins importante [3, 12].

Nous nous intéressons, dans ce travail, à la croissance de biofilms en milieu eaux usées urbaines dans
des conditions contrôlées d’écoulement et de cisaillement. Un réacteur Couette-Poiseuille a été choisi
pour la réalisation des expériences et la croissance des biofilms à partir des eaux usées.

II MATERIELS ET METHODES

II.1 Réacteur de croissance

Le réacteur Couette-Poiseuille (figure 1) est formé de deux cylindres concentriques en polychlorure de

vinyle (PVC) espacé de 3,5 mm. Le cylindre est de 10 cm de hauteur, statique et porte 16 coupons de
prélèvement des biofilms de 16 mm de diamètre. La surface concave de ceux-ci est ajustée pour
s’adapter à la forme du cylindre extérieur. Le cylindre interne est plein et entraîné par un moteur à
vitesse réglable de façon à contrôler sa vitesse de rotation autour de son axe. La vitesse de rotation du
cylindre interne détermine en partie le profil de cisaillement du fluide qui circule entre les deux
cylindres. A l’entrée du réacteur, un divergent est installé pour assurer une distribution homogène du
liquide entrant sur toute la hauteur du réacteur.

L’avantage de ce réacteur est de pouvoir assurer un écoulement Couette-Poiseuille qui n’est que le
couplage d’un écoulement Couette avec un écoulement Poiseuille. Cet écoulement présente l’avantage
de pouvoir travailler dans différentes configurations d’écoulement en variant le rapport vitesse de
rotation du cylindre interne sur vitesse débitante du fluide [13].

Le profil de vitesse d’écoulement de Couette suivant le modèle de notre réacteur (cylindre interne
mobile et cylindre externe fixe) est linéaire (figure 2). Ceci implique qu’une particule sera soumise au
même gradient de vitesse (γp) quelle que soit sa position dans le fluide, l’expression de la vitesse sera
γ p = Rint e avec Ω (radians) la vitesse de rotation du cylindre interne et e (m) l’espace entre les deux
cylindre (Rext-Rint). Cette particularité de gradient de vitesse permet de calculer la force
hydrodynamique à laquelle sera soumise une particule dans l’entrefer du réacteur.

178
A Rint e
B
Divergent
Coupon Entré

5Rint
cm
Sortie
Lame de séparation

Zone découlement

Figure 1 : Coupe longitudinale (A) et transversale (B) du réacteur Couette-Poiseuille.

En ajoutant une entrée et une sortie à notre système (figure 1B), un écoulement de Poiseuille est
obtenu. Dans le cas de nos conditions expérimentales, à savoir cylindre interne mobile, l’écoulement
devient un écoulement Couette-Poiseuille. L’expression du gradient de cisaillement pour des petits
espaces annulaires [13] est donnée par :

( )
γ= Rint Ω 1−6(β − 1 ) 1
2 e

β=
Vq avec V la vitesse moyenne du fluide
Rint Ω q

Le facteur β (rapport entre la vitesse débitante et la vitesse de rotation du cylindre interne) détermine
le profil de vitesse et par la suite le gradient de cisaillement appliqué.

V(Rint)=RintΩ

V(R)=0

Figure 2 : Profil de vitesse dans un écoulement Couette.

179
Dans nos expériences, β = 1/2, ce qui correspond à un écoulement de Couette strict (vitesse maximale
d’écoulement à la surface du cylindre interne et nulle à la surface du cylindre externe). L’expression
de gradient de cisaillement devient :

γ= Rint Ω
e

II.2 Mise en marche du réacteur

15 litres d’eaux usées, collectés à la STEP de Maxéville après dessablage et dégrillage, de façon à
éviter les grosses particules et la graisse qui peuvent colmater la pompe, sont versés dans une cuve à
section carrée en plexiglas qui sera le réservoir d’alimentation du réacteur. Cette eau est renouvelée
quotidiennement pendant une semaine. L’eau usée dans la cuve est maintenue sous agitation à une
vitesse de 150 tours/minutes à l’aide d’une palette repliable d’agitation en polypropylène (VWR 442-
2121). L’eau est pompée dans un tuyau (Legris 1025406K02) en polyuréthane de 4 mm de diamètre
de la cuve à l’intérieur du réacteur à l’aide d’une pompe immergée à débit réglable (Fisher W75601)
(figure 3). L’eau sortant du réacteur retourne ensuite à la cuve. La position du tuyau de retour joue un
grand rôle dans le contrôle du débit de l’eau pompée, en effet le réglage du débit correspondant à la
vitesse de cisaillement appliquée est réalisé par l’ajustement de la hauteur de ce tuyau.

Moteur

Coupons

Pompe Moteur

Figure 3 : Schéma du montage expérimental pour la croissance des biofilms.

180
Le suivi de l’évolution de l’eau usée est réalisé chaque heure par la mesure du pH, de la conductivité,
du potentiel redox, de l’oxygène dissous (WTW, Mutltiline F/SET) et de la turbidité (Hach 2100P).
Un comptage bactérien sur cellule de Thomas (VWR 720-0150) est effectué pour une évaluation du
nombre de bactéries au début de la journée et au moment de renouvellement de l’eau après 24 h.

Un coupon, sur lequel se développe le biofilm, est prélevé chaque 24 h, l’eau est partiellement
éliminée en égouttant le coupon. Le coupon est ensuite pesé et placé dans une petite boite à bouchon
en polyéthylène (partie contenant le biofilm vers le haut) contenant au fond quelques mL d’eau
ultrapure. La boite est ensuite placée à 4°C avant l’observation en microscopie confocale à balayage
laser. L’observation par microscopie confocale est réalisée le plus tôt possible (1 jour après le
prélèvement des coupons) afin de minimiser une évolution possible du biofilm.

II.3 Observation par microscopie confocale

Avant d’observer les biofilms au microscope confocal à balayage laser (confocal laser scanning
microscopy, CLSM), ces derniers sont colorés avec de l’acridine orange. Ce fluorochrome possède des
longueurs d’onde d’excitation et d’émission spécifiques au marquage des acides nucléiques (ADN et
ARN) et des exopolymères extracellulaires [14, 15]. Pour réaliser cette coloration, 100µL d’acridine
orange sont déposés à l’aide d’une micropipette sur l’échantillon de biofilm du coupon. Le coupon est
remué doucement pour disperser le colorant sur la totalité de sa surface. Il est ensuite placé à
l’obscurité pendant 20 à 30 min pour la fixation de l’acridine sur le biofilm. Pour éliminer l’excès de
colorant, le coupon est lavé en ajoutant 100 µL d’eau ultrapure à plusieurs reprises jusqu’à élimination
de l’excès d’acridine. Le coupon est ensuite placé sur un dispositif comprenant une lame en quartz,
contenant de l’eau ultrapure pour assurer une atmosphère humide pour l’échantillon, et observé en
microscopie confocale sous objectifs x4 et x20 (figure 5). Les observations sont stockées sous forme
de piles d’images (3D). Les piles d’images obtenues sont destinées à différents logiciels de traitements
d’image. Ces logiciels visent en premier lieu l’amélioration de la résolution, l’atténuation du bruit de
fond et la déconvolution 3D (LaserSharp 2000 et Autoquant X-Autodeblur). En deuxième lieu les
piles d’image sont chargées en niveaux de gris et transformées en 8-bits et un seuillage binaire est
ensuite appliqué : le résultat est alors une image binaire à deux classes noir et blanc (Image J). En
dernière étape la reconstruction 3D et le calcul des différents paramètres (épaisseur du biofilm,
dimensions fractales, volume et co-localisation, etc…) sont réalisées par le logiciel GOCAD
développé à l’Ecole Nationale Supérieure de géologie à Nancy (ENSG-France).

Le développement du biofilm est réalisé pendant une semaine, ainsi 8 coupons sont générés.
L’acquisition des images au confocal des biofilms obtenus est ensuite menée sur 5 jours. La partie
amélioration de la qualité des images ainsi que la déconvolution 3D en arrivant à la reconstruction 3D
est un travail long qui peut durer jusqu'à 4 mois selon l’épaisseur des biofilms obtenus. Pour ces
raisons citées ci-dessus, les expériences ont été réalisées en duplicata pour les différents gradients de
181
cisaillement. Ce travail présente une partie des résultats obtenus pour une expérience par gradient, les
traitements d’image n’étant pas finalisés pour l'ensemble des expériences.

III RESULTAT ET DISCUSSION

Le contrôle des caractéristiques physicochimiques ainsi que la quantité de bactéries des eaux usées
renouvelées, montre une très faible variation de la qualité de l’eau au cours de l'expérience. Le
renouvellement quotidien des eaux usées assure donc un apport constant de nutriments et de bactéries
dans le réacteur tout au long des expériences.

Les expériences dans le réacteur de croissance sont effectuées sous deux gradients de cisaillements (1
s-1 et 6 s-1), afin d’étudier l’impact de la variation des forces hydrodynamiques sur la structure et la
croissance du biofilm. Les algorithmes mathématiques appliqués par l’intermédiaire du logiciel Gocad
sur les piles d’image 3D obtenues par microscopie confocale ont permis de calculer les épaisseurs des
biofilms, la quantité de biomasse fixée ainsi que l’estimation du volume de polymères, la surface et le
volume de biofilm qui occupe la surface de coupons.

Les résultats (figure 4) montrent que la formation du biofilm n’est pas similaire pour les deux
gradients. Concernant l’épaisseur, les résultats montrent que les biofilms obtenus sous cisaillement 1 s-
1
sont plus épais que ceux obtenus à 6 s-1. L’épaisseur parait augmenter avec le temps jusqu’à atteindre
une valeur au-dessus de laquelle le biofilm se détache et son épaisseur décroit. Pour le cisaillement 1 s-
1
, une chute de l’épaisseur est observée après 72 h de mise en marche de réacteur puis elle augmente à
nouveau dans les jours qui suivent. Cette chute observée peut être due à un détachement de biofilm
lors de sa croissance : le biofilm atteint une épaisseur très importante de sorte que l’espace entre les
deux cylindres devient très étroit et les particules en suspension dans le fluide entrainent une partie du
biofilm d’où une baisse de son épaisseur. A noter que les valeurs d’épaisseur obtenues sont
probablement sous-estimées car une petite partie du biofilm se détache lors de la préparation des
coupons pour l’observation en microscopie confocale.

Concernant les quantités de biomasse et de polymères produits, elles sont différentes dans les deux
cas. A 6 s-1, la quantité de polymères et de bactéries dans la phase d’initiation de la formation de
biofilm est beaucoup plus importante, montrant que la croissance de biofilm est initialisée par la
production de polymères qui vont assurer l’adhésion des bactéries. Une fois que le biofilm commence
à croître, cette quantité de polymères devient proportionnelle à la quantité de bactéries. Pour le
cisaillement de 1 s-1, le comportement est différent, la quantité de polymères et de bactéries
augmentent avec la croissance du biofilm. Au dernier prélèvement, l’épaisseur du biofilm est
maximale (environ 350 microns) et la quantité de biomasse est la plus élevée tandis que la quantité de
polymères est très faible. Ceci peut être confirmé par les études qui trouvent une diminution de la
production de polymères quand l’épaisseur du biofilm augmente [3, 12]. Les résultats montrent aussi

182
que la majorité des polymères élaborés à l’intérieur du biofilm semble former une matrice
indépendante tandis que les bactéries semblent formées de deux catégories équivalentes une liées aux
exopolymères et l’autre sans polymères.

a b

Figure 4 : Résultats obtenues à partir de Gocad : a) quantité de bactéries (exprimé par voxels), b)
quantité de polymères (exprimé par voxels), c) épaisseur de biofilm sur le coupon

L’observation des coupons par microscopie confocale montre que pour les deux cisaillements,
l’initiation du biofilm commence par l’adsorption de substrat sur le coupon suivi par l’adsorption des
bactéries et le développement et l’agrégation de microcolonies. Pour le cisaillement 6 s-1, nous
remarquons que la propagation des colonies bactériennes est surfacique, les colonies sont de petite
taille mais occupent toute la surface du coupon. Pour le cisaillement 1 s-1, la prolifération des colonies
se fait verticalement, le nombre de colonies occupant la surface des coupons est limité et la croissance
se fait en épaisseur. Un phénomène commun observé sur tous les coupons est l’élongation des colonies

183
dans le sens d’écoulement à un angle d’environ 45 degré. Ceci peut être corrélé aux forces de
cisaillement qui entrainent les cellules filles lors de leur division dans le sens d’écoulement [9].

Deux expériences additionnelles, avec les mêmes gradients de cisaillement, en condition dite de « non
dépôt », ont été réalisées dans le but d’avoir les conditions les plus défavorables pour la formation de
biofilm. Dans ce cas, la vitesse d’écoulement est nulle à la surface du cylindre interne et maximale à la
surface du cylindre externe. Les premiers résultats des observations en microscopie confocale
montrent une différence nette entre les deux conditions. Que ce soit au gradient 6 s-1 ou 1 s-1 aucun
développement de biofilm n’a été observé durant les deux premiers jours (figure 5).

a b c

d e f

Figure 5 : Images obtenues par microscopie confocale (objectif x20), flèche blanche indiquant le sens
d’écoulement : a) coupon 24 h condition de non dépôt, b) coupon 48 h condition de non dépôt, c et d)
coupons respectivement 24 et 48 h (condition normale, cisaillement 6 s-1), e et f) coupons
respectivement 24 et 48 h (condition normale, cisaillement 1 s-1)

Après 48 h, un dépôt de biofilm commence à se former dont l'origine est à rechercher dans les
modifications des conditions hydrodynamiques à la surface du cylindre interne du réacteur: en effet le

184
nouveau profil de cisaillement, s'il défavorise la formation de biofilm sur les coupons, facilite la
croissance de biofilm sur le cylindre interne.

IV CONCLUSION

Les expériences réalisées dans le réacteur Couette-Poiseuillle ont permis l’étude du développement
des biofilms à partir des eaux usées dans un écoulement laminaire sous différents gradients de vitesses
pariétales. La reconstruction 3D et l’application des algorithmes de calcul sur les données issues des
images obtenues à partir de la microscopie confocale ont permis d’étudier la structure et les
caractéristiques des biofilms formés. Les biofilms présentaient deux modes différents de
développement ainsi que des structures différentes selon le taux de cisaillement appliqué (1 s-1, 6 s-1).
Une étude sur l’étape initiale de formation de biofilm semble nécessaire à réaliser pour voir l’influence
de l’hydrodynamique sur l’étape d’initiation à la croissance. Celle ci sera réalisée dans les mêmes
conditions en s’intéressant au prélèvement des coupons dans un intervalle [0-24h].

La formation de biofilm se trouve très ralentie (au moins 48 h) en appliquant la condition de « non
dépôt ». Ceci s’avère très important pour toutes les applications nécessitant d'éviter le développement
de biofilm. Ainsi une application de ces conditions sur des eaux moins chargées comme eaux potables
est prometteur pour la lutte contre la prolifération de biofilms dans les réseaux d’eau potable.

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186
 Annexe 5 : Reconstruction 3D, γ= 6 s-1, série 24h

Les images présentées ci-dessous, représentent des exemples de reconstructions 3D effectuées

sur des images de CLSM des biofilms obtenus à 5, 8, 12, 18 et 24h de croissance dans le
réacteur Couette-Poiseuille avec β=1/2 et γ=6s-1. La couleur rouge correspond aux
exopolymères et la couleur verte correspond aux bactéries.

x
z

187
188
 Contrôle hydrodynamique de la formation des biofilms en milieu
eaux usées
Resumé
Les biofilms bactériens se développent sur toute interface liquide-solide dès que les
conditions sont favorables. Ils correspondent à des assemblages de microcolonies qui baignent
dans une matrice extracellulaire polymérique. Parmi les facteurs contrôlant le développement
des biofilms, l’hydrodynamique est un paramètre clé qui affecte la morphologie et la
composition du biofilm. Nous nous intéressons plus particulièrement dans cette thèse à
l'influence du gradient de vitesse pariétal sur la formation du biofilm. Pour cela, nous utilisons
un réacteur Couette-Poiseuille qui permet de travailler sous écoulement laminaire stable dans
différentes conditions d'écoulement. Les biofilms obtenus après circulation d'eaux usées, sont
prélevés sur des coupons et visualisés par microscopie confocale à balayage laser. Différents
paramètres caractérisant la morphologie du biofilm sont déterminés après reconstruction 3D
de leur structure à l'aide du modeleur GOCAD. Nous montrons que le transport convectif
constitue une étape essentielle dans la formation initiale du biofilm, et qu'un gradient pariétal
nul permet d'inhiber le développement de celui-ci.
Mots clés : Couette-Poiseuille, biofilm, shear rate, mass transport, reconstruction 3D

Hydrodynamic control of biofilm formation in wastewater system

Abstract

Bacterial biofilms develop on any solid-liquid interface whenever conditions are appropriate.
They correspond to microcolony assemblages embedded in an extracellular matrix. Among
the factors controlling biofilm growth, hydrodynamics is a key parameter affecting both
biofilm morphology and composition. In this thesis we investigate the influence of
hydrodynamics, and more precisely the wall shear rate effect on biofilm development. For this
purpose, a Couette-Poiseuille reactor, allowing to work under stable laminar flow with
different flow velocities, was used. Biofilms grown from urban wastewater on coupon
surfaces were observed with confocal scanning microscopy. A 3D modeling using GOCAD
software was established, thus allowing the determination of various biofilms structural
characteristics. The results show the essential role of convective mass transport in biofilm
formation, actually a zero wall shear rate inhibited bacterial deposition, and hence biofilm
growth.
Keywords: Couette-Poiseuille, biofilm, shear rate, mass transport, wastewater, 3D
reconstruction.

Laboratoire Environnement et Mineralurgie LEM, ENSG, UMR CNRS/INPL 7569

15 avenue du Charmois, BP 40, 54501, Vandoeuvre Les Nancy cedex