UE BIOLOGIE –APPROFONDISSEMENT

Biochimie & Biologie moléculaire

06–Structure et expression du
génome : 1/2
Stabilité et évolution du génome

Points clés
❖ Avoir compris ce qui fait la complexité de la régulation des gènes
❖ Retenir les éléments qui constituent la stabilité et l’évolution du génome
❖ Bien connaître les origines des lésions génotoxiques
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06- Stabilité et évolution Santé
du génome Bobigny

PLAN DU COURS
I. 2012 : une nouvelle vision du génome
II. Généralité sur la stabilité du génome
III. Origine des lésions génotoxiques
A. Réaction chimique endogène spontanée a 37°C
B. Agents toxiques
C. Métabolisme de l’ADN

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l. 2012 : UNE NOUVELLE VISION DU GÉNOME

♦ 1987 : Séquençage automatisé (méthode de Sanger)
♦ 1995: 1erséquençage d’un génome bactérien, H.influenzae.
♦ 1998: 1erséquençage d’un génome eucaryote, C.elegans.
♦ 2001 : Publication de la 1ère séquence brute du génome humain avec
Human Genome Project.
♦ 2003: Analyse de l’ADN non codant par les chercheurs
o ADN non codant = Junk DNA (ADN “poubelle” ne contenant pas de
gènes)
♦ 2009 : Version 19 du génome humain (hg19)
o La version plus fine du génome humain.
o Elle est encore très utilisée aujourd’hui malgré l’apparition de
Chronologie du versions plus récentes comme la hg37.
séquençage de o Les mutations sont référencées au labo par rapport à cette
l’ADN version.
♦ 2010 : 1er catalogue des variations génétiques entre individus
o Séquençage de 2500 individus originaires de 27 pays différents puis
comparaison de ces génomes.
o Cela a permis l’identification de variations entre les populations
o On a donc mis en place des populations de référence, très utiles pour
les applications cliniques.
♦ 2012 : 1ère encyclopédie des séquences actives de l’ADN
(Programme Encode)
o Publication en ligne des séquences d’ADN.
o Le but est de comprendre l’information stockée dans l’ADN et les
interactions avec les ARN, les protéines …
♦ 2016 : Séquençage à haut débit en routine (à Avicenne).
Découvertes du ♦ Le génome humain comporte moins de gènes que ce qui était attendu.
Human ♦ Il ne comporte “que 20687 gènes”. On s 'attendait à environ 36000 gènes.
Genome ♦ Les régions codantes ne représentent, en réalité, que 3% de l’ADN.
Project ♦ La question s'est posée de comment peut-on arriver à gérer la complexité
d'un organisme entier avec si peu de gènes ?
Focus ♦ Certains chercheurs se sont intéressés au “Junk DNA”.
sur ♦ Ils ont intégré celui-ci dans un logiciel de séquençage. Ce logiciel donne du
2003 sens à ce Junk DNA car ces séquences répétées doivent vouloir dire
quelque chose. On en conclut qu’il n’est peut être pas si inutile.

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l. 2012 : UNE NOUVELLE VISION DU GÉNOME (Suite)

♦ Le projet Encode est un projet collaboratif international avec un gros

investissement pour comprendre la dynamique du génome.
o 440 chercheurs, 30 laboratoires, 185M de dollars et 147 types
cellulaires différents étudiés
♦ L'idée de base est de cataloguer les séquences actives de l’ADN non
codant du génome humain.
♦ Une séquence active et toute séquence qui peut être soit transcrite
en ARN, soit traduite en protéine ou ayant une signature
biochimique reproductive c'est-à-dire une séquence où on pourra
observer la fixation reproductible d'une protéine.
♦ On apprend qu'il y a plus de 80% du génome qui exerce une activité
biologique.
♦ En Septembre 2012, on a des revues qui publient un 30aine d'articles qui
relatent le résultat du projet Encode.

Les leçons du
Human
Genome
Project : le
projet
ENCODE

♦ Sur internet, une interface permet d’avoir accès, gène par gène, aux
résultats d’expériences qui ont cherché à visualiser des facteurs qui allaient
interagir avec des gènes. Ces facteurs étaient observés soit :
o au niveau des promoteurs
o au niveau des enhancer/silencer
♦ Certains facteurs, notamment des facteurs transcriptionnels, vont interagir
sur certaines régions comme les promoteurs pour induire ou réprimer la
synthèse d'une protéine. Il existe, en réalité, beaucoup de systèmes
régulateurs.
♦ On a donc quelque chose d'extrêmement complexe qui a été mis au clair
grâce à Encode.
♦ De plus, cette plateforme est accessible à tous et permet donc une grande
diffusion du savoir au sein de la communauté scientifique.

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l. 2012 : UNE NOUVELLE VISION DU GÉNOME (Suite)

♦ Autre surprise, on s’est rendu compte que pratiquement 60% de l’ADN est
transcrit en ARN. Il existe également des ARNmt, ARNt, ARNr qui vont jouer
un rôle important dans la traduction. On a donc découvert que les ARN
peuvent avoir des activités enzymatiques. Ces ARN ont un rôle extrêmement
important à la fois pour la synthèse mais aussi pour la régulation (micro ARN).
♦ En effet, il existe également de petits gènes qui codent pour des micro ARN
qui sont des éléments régulateurs pour la dynamique du génome.
♦ Un micro ARN peut se fixer sur des régions essentielles pour la stabilité des
transcrits de très nombreux gènes différents.
♦ C’est un réseau supplémentaire qui est venu se superposer au réseau
d’action des facteurs transcriptionnels. On a donc une dynamique de
régulation au niveau du gène mais aussi au niveau des messagers. Cela va
Les leçons aboutir à la synthèse ou non de protéines.
du Human ♦ Les ARN ont donc un rôle extrêmement important pour la synthèse et pour la
Genome régulation.
Project : le
♦ Ces micro ARN sont à l’origine d’un véritable réseau d'interaction et un micro
projet
ARN peut interagir avec des centaines de gènes différents et ils existent des
ENCODE
centaines de micro ARN différents, il existe donc une notion de combinatoire
(Suite)
extrêmement importante qui fait qu’au final nous sommes ce que nous
sommes.
♦ Encore une surprise, on a découvert que 8% du génome contient des
séquences régulatrices. On a trouvé :
o 635000 séquences régulatrices
o 70000 promoteurs (3 par gène)
o Séquences amplificatrices enhancer (20 par gène)
♦ Un gène ne dispose donc pas uniquement d'exons et d'introns mais
également des séquences régulatrices qui peuvent aboutir à transcription
d’ARN de tailles différentes et donc de protéines de tailles différentes en
fonction du contexte.
♦ Ces protéines pourraient également subir tout un tas de modifications
post-traductionnelles.
♦ Tout ce système va aboutir à des protéines de tailles différentes, régulées
différemment, avec un rôle différent.

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ll. GÉNÉRALITÉS SUR LA STABILITÉ DU GÉNOME

♦ On compare chez différentes espèces les régions introniques
et exoniques d’un gène comme la béta-globine.
♦ On remarque que chez le chimpanzé il y a beaucoup plus de
régions conservées que chez la souris par exemple. Plus on
s’éloigne de l’espèce humaine, moins il y a de régions
conservées.
♦ Dans un gène, on retrouve des exons qui codent pour des
protéines et des introns qui contiennent des régions
régulatrices.
o Les exons (codant) sont plus conservés.
o Les introns (non codant) sont moins conservés.
♦ Le rôle de l’hémoglobine est le transport d’O2 quelle que soit l’espèce, la
Conservation conservation des régions codantes de cette protéine pour toutes les
inter- espèces espèces montre qu’il y a une relation entre la séquence d’ADN et la
des régions fonction d’une protéine.
codantes ♦ La relation entre conservation de séquence et conservation de fonction
entre dans le cadre de la survie de l’espèce.

♦ Elle dépend de la stabilité de la transmission de l’information génétique

d’une génération à une autre.
♦ Elle dépend aussi de l’aptitude de l'espèce à évoluer en fonction des
variations de l’environnement.
Survie d’une espèce
Ex: L’homme de Neandertal avait une morphologie davantage adaptée à la survie
dans l’ère glaciaire.
♦ On a donc une balance entre stabilité et évolution.

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ll. GÉNÉRALITÉS SUR LA STABILITÉ DU GÉNOME (Suite)

♦ Mécanismes assurant la stabilité du génome

o Réplication fidèle de l’ADN.
o Système de réparation des lésions de l’ADN.
Survie d’une
espèce ♦ Mécanismes assurant l’évolution/adaptation du génome
(Suite) o Mutations
o Phénomènes de recombinaison lors de la méiose
o Système de réparation des lésions de l’ADN

lll. ORIGINE DES LÉSIONS GÉNOTOXIQUES

A) RÉACTIONS CHIMIQUES ENDOGÈNES SPONTANÉES À 37°C

♦ Hydrolyse de la liaison entre une base et un désoxyribose.
Dépurinations
♦ Ceci se fait par ajout d'une molécule d’eau. La base va se
et décrocher de l’ADN.
♦ Cela va donner naissance à un site abasique : apurinique ou
dépyrimidinations apyrimidique (AP).
♦ Suppression d’une fonction amine et remplacement par une
fonction cétone.
♦ Certaines bases de l’ADN sont plus fréquemments ou mises à
Désamination ce type d’anomalie et on transforme:
oxydative o une Cytosine en Uracile
o une 5 Méthyl Cytosine en Thymine
o une Adénine en Hypoxanthine
o une Guanine en Xanthine

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lll. ORIGINE DES LÉSIONS GÉNOTOXIQUES

B. AGENTS TOXIQUES
Endogènes
♦ L’anion superoxyde est une espèce très réactive qui peut
aboutir à la fixation de d’oxygène sur des molécules.
♦ La Guanine, par exemple, peut s’oxyder en 8-oxoguanine.

Action des
espèces réactive
de l’O2
(ROS en anglais)

♦ Cette 8-oxoguanine peut prendre 2 conformations différentes :

o Appariement en conformation “anti” avec une cytosine. C’est la
conformation classique avec 3 liaisons hydrogènes.
o Mésappariement en conformation “syn” avec une adénine. Ce n’est
pas classique, on a que 2 liaisons hydrogènes.

o Si cette anomalie n’est pas réparée elle sera transmise aux cellules
filles et si elle se produit dans les cellules germinales, elle sera
transmise à la descendance.

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lll. ORIGINE DES LÉSIONS GÉNOTOXIQUES

B. AGENTS TOXIQUES (Suite)

Exogènes

♦ Ce sont des rayonnements extrêmement énergétiques. On retrouve

les rayons gamma et rayons X.
♦ Cela cause 2 types de lésions :
Rayonnements o Cassures de l'ADN
ionisants o Pontages ADN/Prot.
♦ Ils sont utilisés dans la bombe atomique ou encore pour soigner
certains cancers par radiothérapie.

♦ Ils sont moins toxiques que les rayonnements ionisants.

♦ Cela cause des lésions :
o Pontages ADN/Prot.
o Dimères de thymines
Rayonnements ➔ formation de liaisons covalentes entre 2 thymines
ultraviolets adjacentes (cycle à 4C) = Cyclobutane pyrimidine
dimer(CPD).
➔ Cela provoque la torsion de l’ADN et modifie les valeurs de la
spirale.
➔ On a également un blocage du système de réplication si non
réparé (du fait des liaisons covalentes).
♦ Être exposé au soleil pendant 1h sans protection entraîne 80000
pontages de thymines par cellule.

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lll. ORIGINE DES LÉSIONS GÉNOTOXIQUES

B. AGENTS TOXIQUES (Suite)

Exogènes (Suite)

♦ Il existe de produits cancérigènes:

o Hydrocarbures polycycliques
o Amines Aromatiques
o Nitrosamines
➔ Les nitrosamines ajoutent par alkylation un groupement
Produits alkyle sur l’O en position 6 des guanines. On a la formation
cancérigènes d’O6 Méthyl-guanine.
➔ L’O6 Méthyl-guanine ne peut se lier que par 2 liaisons
hydrogène et va former un mésappariement avec des
thymines.
➔ Si cette anomalie n’est pas réparée, elle est transmise aux
cellules filles.

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lll. ORIGINE DES LÉSIONS GÉNOTOXIQUES

B. AGENTS TOXIQUES (Suite)

Exogènes (Suite)

♦ Certains médicaments antitumoraux agissent en tant qu’agents

alkylants:
o Témozolomide
➔ C’est une molécule que l’on peut prendre sous forme de
comprimés.
➔ Il est transformé dans le foie en un composé très réactif
qu’on appelle l’ion méthyldiazonium.
➔ Il permet le transfert d’un groupement CH3 en position 6
des guanines.
➔ Les cellules préférentiellement touchées sont les cellules
cancéreuses parce qu’elles ont un fort métabolisme, une
forte réplication , qui sera gênée par cette méthylation de la
guanine.
Médicaments ➔ L'accumulation va induire une mort par apoptose des
antitumoraux cellules.
o Cisplatine
➔ Il va permettre la formation de pontages intra-brin et
inter-brins.
➔ Ces pontages vont induire des cassures double brins et
simple brin de l’ADN lors de la réplication.

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lll. ORIGINE DES LÉSIONS GÉNOTOXIQUES

C. MÉTABOLISME DE L'ADN
♦ Les ADN polymérases font des erreurs de réplication.
♦ A chaque cycle réplicatif, il y a 1 erreur / 104 bases sans système de réparation.
♦ Ce taux chute à 1 erreur / 109 bases après actions des mécanismes de réparation.
♦ Donc statistiquement, si on réplique un génome entier, on a 3 ou 4 erreurs par génome.
♦ On a un certain côté génération/diversité.
♦ Certaines variations ne servent à rien, d'autres peuvent
apporter un avantage en fonction des modifications
environnementales .
♦ On peut parler de moteur de l'évolution.
♦ Les petites variations du génome font que nous sommes
Côtés positifs des erreurs de tous différents.
réplication ♦ Cela se base sur le polymorphisme (SNIP/SNP, Single
Nucleotide Polymorphism) : présent dans des régions
codantes et non codantes.
♦ Chaque humain à en moyenne 1 nucléotide variant
/400 bases de l’ADN.
♦ Cela forme le fond génomique et fait que nous
sommes plus ou moins résilients à des variations de
notre environnement.
♦ Si ces erreurs ne sont pas réparées ça peut favoriser des
Côtés négatifs des erreurs Pathologies.
de réplication ♦ Elles peuvent être somatiques et ne pas atteindre la
descendance ou bien germinales et atteindre la
descendance.

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