Fermentations

« La fermentation se définit par la « dégradation des substrats glucidiques sans utilisation

d'oxygène ». Norme AFNOR NFX 42-000 de décembre 1986

Transformation anaérobie d'un substrat biochimique sous l'effet d'un ou de plusieurs micro-
organismes.

Ces processus métaboliques entraînent une dégradation plus ou moins complète des
carbohydrates, et génèrent des composés qui peuvent s’accumuler (acides organiques, CO2,
etc.) en fonctions des microorganismes impliqués et des conditions environnementales.

Sens technologique : Tout processus au cours duquel est utilisé un micro-organisme spécifique
pour produire en culture, dans des conditions données, à partir de matières premières (qui
sont des produits agricoles bruts ou des sous-produits de l ’industrie alimentaire) une
substance chimique définie.

Sens microbiologique/biochimique : e voie métabolique qui permet la transformation de

carbohydrates (glucose, saccharose, fructose, etc.) en énergie utilisable par la cellule avec un
accepteur final d’électron endogène et sans chaîne de transfert d’électrons, donc notamment
sans dioxygène

Les fermentations: dégradation +/- complète des carbohydrates

Et
Production de composés : acides organiques, CO2, H2…..

Dépend :
- Des microorganismes présents
- Du métabolisme des micro-organismes présents
- Des paramètres environnemetaux
à nombreux métabolites secondaires d’intérêt (ou pas)
En plus du processus fermentaire, chaque micro-organisme active son métabolisme protéique
et lipidique

Qui sont-ils ?
• Bactéries lactiques : lactobacillus, streptococcus
• Autres bactéries : Brevibacteriu, Acinetobacter
• Champignons levuriformes : Saccharomyces cerevisiae
• Champignons filamenteux : Aspergillus, Penicillium…

Chaque micro-organisme met en œuvre une ou plusieurs voies fermentaires selon:

• la nature des sucres à sa disposition
• les paramètres environnementaux (O2, T°, AW…)
et produit :
- les composés issus du métabolisme fermentaire
- les composés issus des autres métabolismes cellulaires
Micro-organismes Fermentation Produits (primaires)
Bactéries lactiques Homolactique 96 % ac lactique

Bactéries lactiques Heterolactique 40% ac lactique, 19% CO2, 18% ethanol, 18% glycerol

Saccharomyces alcoolique 50% ethanol, 50% CO2

Escherichia coli, Acides mixtes 50% ac lactique, 20,5% ac divers, 12% CO2, 0,5% H2, 11% ethanol
Salmonella, Citrobacter

Enterobacter, Klebisella Butanediolique 5% ac divers, 40% CO2, 0,5% H2, 15% ethanol, 38% butanediol

Clostridiulm butyricum, C. Butanoïque 15% ac acétique, 35% ac butyrique, 48% CO2, 3% H2

tyrobutyricum

Propionobacterium Propionique 6% ac acétique, 60% ac propionique, 10% ac succinique, 16% CO2

Oenococcus oeni, Malolactique ac lactique à partir d’ac malique

Lb plantarum, Ln
mesenteroïdes

Les différentes voies de

fermentation chez les
microorganismes,
A : Homolactique,
B : Hétérolactique,
C et D: Propionique,
E : Alcoolique,
F et G : Acétique
H: Butyrique
I: malolactique
…..
Microorganismes fermentaires

• fermentations lactiques (bactéries

lactiques)

Très grande diversité et ubiquitaires

Anaérobies à tolérance aérobie
Croissance en milieu acide (3,5)
Auxotrophes vis-à-vis d’acides aminés, d’acides gras, de vitamines et de minéraux Topt variable
selon espèces
Ont en commun de produire du lactose par métabolisme fermentaire mais en fait svt plusieurs
(Bcp) de voies métaboliques différentes

• fermentations alcooliques (Levures ex Saccharomyces cerevisiae

Très grande diversité et ubiquitaires

Aéro-anaérobies
T min: -5°C
pH min : 1,5 ph opt: 3/4
Aw min: 0,8
Tolérance à l’acool jusqu’à env 10/15%
Auxotrophes vis-à-vis d’acides aminés, d’acides gras, de vitamines et de minéraux

En fait très grande diversité de bactéries , levures et moisissures agissant le plus souvent en
mélange

Ferments: agents responsables de la fermentation

Levains: culture de micro-organismes sélectionnés que l ’on introduit dans les produits à
fermenter en vue de maîtriser la fermentation.
Présents à la surface des matières premières qui leur servent de substrat
Apportés par les matériaux au contact
à Fermentations spontanées domestiquées par les paramètres technologiques

Levains naturels complexes

Préparations obtenues en prélevant un échantillon de la fabrication du jour, en vue de la
fabrication du lendemain
à Fermentations spontanées domestiquées par les paramètres technologiques mais maitrise
du ferment par l’opérateur (typicité)

Levains commerciaux : culture de micro-organismes sélectionnés que l ’on introduit dans les
produits à fermenter en vue de maîtriser la fermentation.
à Fermentations parfaitement maitrisées
Levains utilisés sur matières premières « hygiénisées s » ou appauvries en micro-organismes

Toutes les productions agricoles sont-elles fermentables /fermentescibles ?

Végétale
-fruits et légumes: oignon, concombre, chou, olives...
-farines de céréales Þ panification Þ pains
-céréales Þ brasserie Þ bière
-raisins Þ vinification Þ vin
-pommes Þ cidrerie Þ cidre
-vin Þ fermentation acétique Þ vinaigre
-soja Þ sauce de soja, tofu, tempech...
-manioc Þ gari
-choux Þ choucroute
-cacao
-café…

Animale
-laits Þ yaourts et laits fermentés
-laits Þfromages à pâte fraîche, molle, pressée ou persillée
-viandes Þ saucissons, jambons Nham thailandais, Salami de boeuf
-produits de la mer Þ sauces, saurisseries, Rakfisk norvégien, truite fermentée)

Des aliments produits par fermentations spontanées dues aux flores indigènes (matières
premières, homme, environnement) et issus d’une adaptation empirique basée sur
l’observation, l’expérimentation et le savoir faire humain

Depuis 10/20 ans: decryptage des fabrications traditionnelles et développement industriel

è Des aliments produits par fermentations induites par l’apport de micro-organismes

sélectionnés et après élimination des flores microbiennes indigènes.

Emprique: Qui s'appuie sur l'expérience, l'observation et non sur la théorie

 I. Focus sur les bactéries lactiques

1. Taxonomie

Phylum: Firmicutes, la classe I des Bacilli et l’ordre II des Lactobacillales.: Plus de 500 espèces
répartis en six grande familles :

Lactobacillaceae : genres Lactobacillus et Pediococcus

Aerococcacea: genres Abiotrophia, Aerococcus, Dolosicoccus, Eremococcus, Facklamia,
Globicatella et Ignavigranum.
Carnobacteriaceae: genres Alkalibacterium, Allofustis, Alloiococcus, Atopobacter,
Atopococcus, Atopostipes, Carnobacterium, Desemzia, Dolosigranulum, Granlucatella,
Isobaculum, Lacticigenium, Marinilactibacillus, Pisciglobus et Trichococcus.
Enterococcaceae: genres Bavariicoccus, Catellicoccus, Enterococcus, Melissococcus, Pilibacter,
Tetragenococcus et Vagococcus.
Leuconostocaceae: genres Leuconostoc, Fructobacillus, Oenococcus et Weissella.
Streptococcaceae : genres Lactococcus, Lactovum et Streptococcus
+
Phylum Actinobacteria, famille Bifidobacteriaceae : genre bifidobacterium (70 espèces)

Attention:

Reclassification / évolutions
Les familles Leuconostocaceae et Lactobacillaceae ont fusionné
La nouvelle famille des Lactobacillaceae est réduite à 30 genres
Le genre Lactobacillus initialement plus de 260 espèces réorganisées en
38 espèces et 23 nouveaux genres (crées pour positionner les espèces exclues)
A partir de 2020, nouvelle nomenclature (différences noms commerciaux/ noms scientifiques
corrects)

2. Caractéristiques

Bactéries hétérotrophes, chimioorganotrophes,

Gram+, forme coque, bacille ou cocobacilles,
Asporulées
Métabolisme à tendance microaérophile, sans catalase (gnlt)
à exigences nutritionnelles complexes en sucres fermentiscibles, acides gras, acides aminés,
peptides, vitamines et sels.
Certaines sont psychotolérantes , d’autres thermotolérantes
Elles se développement majoritairement à pH 4 ou 4,5 mais certaines à pH 3,2 ou 9,6
Croissance possible en présence de sel (6,5% et jusqu'à 18%)

3. Ubiquité

Présence dans les sols variables mais plutôt dans sols riches en matières organiques
(attention: apportés par l’homme en tant que biofertiliseurs, agents de biocontrole ou
biostimulants)
Présence sur tous les végétaux (2 à 4 log cfu/g) : sur la phyllosphere (isolats résistants aux UV,
stress hydrique, stress mécaniques..), rhizosphère, ou sous forme endophyte
Présent sur la matières premières alimentaires prétransformées:
env 104 CFU/g sur la farine de blé,
env 105 CFU/g sur le malt
Env 103-4 CFU/mL de lait
Présentes dans plusieurs compartiments des hommes et animaux : sphère ORL (103–104
cfu/g), ileum (103–107 cfu/g), colon (104–108 cfu/g), et muqueuses vaginales (flore dominante)

4. Safe

Statut
Parmi les LAB, les genres Carnobacterium, Lactobacillus, Leuconostoc, Oenococcus,
Pediococcus et Streptococcus, possèdent au moins une espèce portant le statut QPS-Qualified
Presumtion Safety (en fait quasiment ts les LAB sauf quelques pathogènes)

Le statut GRAS (Generally Recognized As Safe) indique que la “substance” peut être
additionnée à l’aliment sans danger pour le consommateur
La FDA peut classer les micro-organismes et leurs dérivés en tant qu'additifs alimentaires.

Depuis 1997, une substance est considérée comme GRAS si:

(a) il a été utilisé dans les aliments avant 1958 (c.-à-d., Le statut GRAS est basé sur des
antécédents d'utilisation alimentaire, avec l'exigence d'un historique substantiel de
consommation alimentaire par un nombre important des consommateurs);
ou (b) des procédures scientifiques ont été entreprises qui nécessitent la même quantité et
qualité des preuves nécessaires pour satisfaire aux réglementations sur les additifs
alimentaires.

Le statut QPS (Qualified Presumption of Safety ) présomption d’innocuité reconnue est

l’équivalent européen
Pour obtenir le statut QPS, un microorganisme doit répondre aux critères suivants :
- son identité taxonomique doit être clairement définie ;
- le corpus de connaissances disponibles doit être suffisant pour établir sa sécurité ;
- l'absence de propriétés pathogènes doit être établie et justifiée ;
- l’utilisation prévue doit être clairement décrite.
https://zenodo.org/record/4428353#.YK5PNaE6_IU
 5. Agents acidifiants

Caractérisés par la formation d’acide lactique en tant que métabolite primaire du

métabolisme des sucres
Type fermentaire Types thermique
Mésophiles Thermophiles
Fermentation homolactique Lactococcus Streptococcus
Pediococcus thermophiles
Enterococcus Lactobacillus
Lactobacillus
Carnobacterium

Fermentation hétérolactique Leuconostoc Lactobacillus

Lactobacillus

Acidification :
Dans le lait, la qualité acidifiante d’un levain lactique est définie par sa capacité à produire de
l’acide lactique, évaluée par la quantité d’acide lactique produite dans une durée et à une
température donnée.
Dégré dornic: 1 °D correspond à 0,1 g d’acide lactique par litre de lait.

à Bloquer la multiplication de la plupart des micro-organismes pathogènes et d’altération

à Modifier la structure de la matrice (ex coagulation du lait)

Rendre les matières de qualité sanitaire satisfaisante

Permettre la conservation des matières agricoles
Diversifier l’offre alimentaire
Améliorer la digestibilité (intolérance au lactose )
Modifier la biodisponibilité de certains nutriments (améliorer la qualité nutritionnelle des
aliments)

6. Agents aromatisants

Lipolyse
En fait lipases, estérases…
Conditionnées par la nature, la
structure et l’accessibilité aux acides
gras
Activités plutôt faibles et très
variables selon les souches

Activité lipolytique :
- Contribution à la formation
d’arômes
- Contribution à la construction
de la texture
Attention
Aromes recherchés/ aromes délétères

Métabolisme protéique (peptides, aas…)

Variable selon les espèces …
Composés d’aromes (+ ou moins)

Petites et acides aminés à valeur aromatique

Peptides bioactifs (actions d’antihypertenseurs) et acides aminés d’intérêt: ex GABA (acide
gamma-aminobutyrique)= neurotransmetteur répresseur de la pression artérielle

Amines biogènes= produites par décarboxylation de certains aas , provoquent troubles

(Œdèmes, Urticaire, Palpitations cardiaques, Migraines, Asthme, Choc anaphylactique)
Histamine, tyramine, putrescine, cadaverine

Activité protéolytique, petidasique

Lactococcus lactis produit plus de 100 oligopeptides à partir des caséines (proteinase)
Puis action peptidases intracellulaires et conversion aa libérés en molécules à valeur
aromatique

7. Agents allergisant

Amines biogènes= produites par décarboxylation de certains aas , provoquent troubles

(Œdèmes, Urticaire, Palpitations cardiaques, Migraines, Asthme, Choc anaphylactique)
Histamine, tyramine, putrescine, cadaverine

Activité protéolytique, peptidasique

à contribution à la formation d’arômes (bactériocines)
à contribution à la production de métabolites d’intérêt
à Contribution à la production de métabolites délétères

Diversifier l’offre alimentaire

Améliorer la qualité nutritionnelle des aliments
Contribuer à la fonctionnalité nutritionnelle et à la valeur santé des produits fermentés

8. Agents aromatisants

• Carbohydrates
• Triglycérides
• Caséine

9. Agents texturants

Production d’exopolysaccharides
Enorme diversité pour les espèces d’un genre donné, et pour une espèce donnée en fonction
de la matrice
Les EPS dérivés des bactéries lactiques sont utilisés dans l'industrie alimentaire comme
émulsifiants, stabilisants, épaississants, gélifiants, ainsi que pour la rétention d'humidité, pour
influencer la rhéologie, la fermeté et la synérèse et pour améliorer la texture, les propriétés
sensorielles et la sensation en bouche.

10. Agents nutritionnels

Biosynthèse de vitamines B : folate (B11), riboflavin (B2) and cobalamin (B12)

Variable selon les souches

Augmentation de la biodisponibilité de certains minéraux par élimination /dégradation de

leurs chélateurs :
ex : chez les végétaux, les phytates , tannins et l’oxalate sont des chélateurs insolubles
de mineraux (fer, zinc, manganese…) . Le processus fermentaire par abaissement de pH
favoriserait la dégradation des chelateurs et augmenterait ainsi leur solubilité (travaux en
cours)
= Elimination de facteurs antinutritionnels
Variable selon les souches

11. Agents combattant

Selon les espèces (souches) et les conditions extrinsèques: les bactéries lactiques peuvent
produire au cours du métabolisme, des composés à activité antimicrobienne :
HCN
H2O2 (Gram+ et Gram-)
CO2
acides organiques (levures et Gram-)
Diacetyl
….
Et des bacteriocines

Contribution à la qualité sanitaire des produits

Conservation des matières agricoles par leur transformation

Les bactériocines : peptides antimicrobiens

Ce sont des toxines spécifiques produites par les bactéries et émises dans le milieu afin de se
protéger, en favorisant ainsi sa propre croissance au détriment des autres bactéries présentes
dans le milieu.

Produites majoritairement par les bactéries lactiques (mais pas que) des genres Lactococcus,
Lactobacillus, Leuconostoc, Enterococcus, Pediococcus, Carnobacterium, et certains membres
du genre Streptococcus
Plus de 300 différentes
Agissent sur les composant membranaires (formation de pores = perméabilisation cellulaire)
ou par inhibition de la synthèse du peptidoglycane)
Agissent principalement sur la bactéries à Gram positif (Listeria, Staphylococcus mais aussi
Bacillus, Clostridium…)
 12. Agents probiotiques

Probiotiques
Microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont consommés en quantité adéquates, produisent
un bénéfice pour la santé de l’hôte. (FAO/WHO , 2002)

Prébiotiques
Ingrédients alimentaires non digestibles qui stimulent de manière sélective au niveau du colon
la multiplication ou l’activité d’un ou d’un nombre limité de groupes bactériens susceptibles
d’améliorer la physiologie de l’hôte.

La première commercialisation en France de probiotiques date de 1910: la souche

Lactobacillus LB (Lactéol®)
Rq: La levure Saccharomyces boulardii, est commercialisée en 1961 (l’Ultra-levure®).

Propriété Bactéries lactiques Mécanisme d’action probable

Maintien d’une flore Bifidobacterium spp -Production d’inhibiteurs

intestinale normale Lb acidophilus -Stimulation du système
immunitaire

Atténuation des problèmes Propriétés générales des -Diminution du lactose dans le

d’intolérance au lactose laits fermentés produit
-Auto-digestion du lactose par les
b-galactosidases
-Autres facteurs inconnus

Activité anti-carcinogène Bifidobacterium spp -Elimination de certains

Diverses BL procarcinogènes
-Stimulation du système
immunitaire

Réduction de la teneur Bifidobacterium bifidum -Hydrolyse du cholestérol

sérique en cholestérol Lactobacillus acidophilus -Autre mécanisme inconnu

Amélioration de la valeur Bifidobacterium bifidum -Synthèse de vitamines du groupe B

nutritionnelle Lactobacillus acidophilus -Absorption accrue du calcium

Atténuation des effets de Bifidobacterium spp -Diminution du taux d’amines

certains problèmes rénaux Lactobacillus acidophilus toxiques
Probiotiques
Les bactéries lactiques représentent la majorité des souches probiotiques commercialisées
actuellement (pour l’homme)…mais pas que (Bacillus, Saccharomyces….)

II. La valeur santé des produits fermentés

PIMENTO : un nouveau réseau européen pour promouvoir l'innovation en matière

d'aliments fermentés
Une action européenne de type COST (Coopération européenne en science et technologie)
appelée PIMENTO (pour " Promoting Innovation of ferMENTed fOods") va démarrer en
novembre 2021. Elle a pour principal objectif de fédérer et structurer les communautés
scientifique et socio-économique travaillant sur les aliments fermentés, en développant une
vision multiacteurs avec une approche transdisciplinaire.

Conclusion : La fermentation procédé durable

La fermentation est un procédé qui permet, depuis plus de 10 000 ans, d’allonger la durée de
vie des matières premières en leur faisant subir une transformation via l’action de
microorganismes. Cette transformation, maitrisée empiriquement jusqu’aux découvertes de
Pasteur (1865), a permis une diversification de formes, de goût, de texture, de couleur des
aliments et des boissons, qui reflète la créativité extraordinaire de l’homme en matière
d’alimentation. On sait aussi que la fermentation peut significativement sécuriser le produit
sur le plan sanitaire et améliorer la valeur nutritionnelle. Certaines matières premières sont
même non comestibles sans intervention microbienne (racines de manioc) et la fermentation
permet donc, par l’action préalable des microorganismes, d’étendre la gamme de ce qui est
consommable par l’homme. Demandant très peu d’entrants énergétiques, réalisée le plus
souvent à température ambiante, sans additif, générant des produits finis qui peuvent se
conserver sans chaine du froid parfois des années, et pas de déchets ou uniquement
organiques, la fermentation est un procédé hautement durable. Réalisée à petite échelle dans
la plus grande partie du monde (Afrique, inde, Asie), c’est aussi un procédé culturellement et
socialement ancré dans les territoires, qui génère pour le transformateur de la valeur ajoutée.
Pour toutes ces raisons, la fermentation répond pleinement à tous les critères des systèmes
alimentaires durables.
à Très à la mode