Chapitre 5
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Les produits de fermentations
industrielles
Niveau: Licence L3 Microbiologie
Dr. DJINNI I.
2023-2024
Chapitre 5 Les produits de fermentations industrielles
• Les métabolites primaires obtenus par fermentation microbienne sont des composés organiques
essentiels à la croissance, au développement et à la survie des microorganismes.
• Ils sont généralement produits dans le cadre du métabolisme de base des cellules et sont
nécessaires pour des fonctions biologiques fondamentales telles que la synthèse des acides
nucléiques, des protéines et des lipides.
• Certains des métabolites primaires les plus courants comprennent les acides aminés, les sucres,
les acides gras et les nucléotides.
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• Les acides aminés sont les éléments constitutifs des protéines et sont essentiels pour la croissance
cellulaire, la régulation des processus métaboliques et la signalisation cellulaire.
• Les sucres, tels que le glucose et le fructose, servent de sources d'énergie et de carbone pour la
biosynthèse des composés cellulaires.
• Les acides gras sont des composants essentiels des membranes cellulaires et sont également
utilisés comme sources d'énergie.
• Les nucléotides sont les monomères constitutifs de l'ADN et de l'ARN, et sont essentiels pour le
stockage et la transmission de l'information génétique.
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• Ces acides aminés sont principalement utilisés comme compléments alimentaires pour
l’alimentation humaine ou animale.
• Plusieurs acides aminés sont utilisés comme ingrédients dans les produits pharmaceutiques
et cosmétiques, et dans l'industrie chimique pour la fabrication de polymères, le cas par
exemple de l’acide glutamique, lysine, et tryptophane
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Fournissant:
Acide l-glutamique 107 mg
ʟ-Leucine 78 mg
Acide l-aspartique 65 mg
ʟ-Proline 62.5 mg
ʟ-Lysine 54 mg
ʟ-Threonine 42 mg
ʟ-Isoleucine 39 mg
ʟ-Valine 36.25 mg
ʟ-Alanine 28 mg
ʟ-Serine 27.5 mg
ʟ-Phenylalanine 19 mg
ʟ-Tyrosine 18 mg
ʟ-Arginine 16 mg
ʟ-Cystine 12.5 mg
ʟ-Glycine 11.25 mg
ʟ-Methionine 11.25 mg
ʟ-Histidine 11 mg
ʟ-Tryptophan 10 mg
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• Les souches industrielles utilisées pour la production de l’acide glutamique, sont des mutants des espèces
de, Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium callunae, Brevibacterium flavum et Brevibacterium
lactofermentum.
• Afin de surmonter les contraintes rencontrées lors de la production industrielle de l’acide glutamique,
plusieurs étapes sont suivies (Hermann et al, 2003 ; Ikeda, 2013) :
• Modification génétique des souches industrielles qui vise à bloquer les voies métaboliques qui amènent à
la biosynthèse des sous-produits indésirables.
• Inhibition du mécanisme de régulation de la production de l’acide glutamique par rétroinhibition, en
effet, chez les souches sauvages de Corynebacterium glutamicum, quand le produit final s'accumule et
atteint une concentration finale désirable, la production cytoplasmique de l’acide glutamique est inhibée
par le mécanisme de rétro-inhibition.
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• En effet, la production de l’acide glutamique est catalysée par l’enzyme glutamate déshydrogénase, qui
utilise comme substrat, l’oxoglutarate (α-cétoglutarate), qui est un intermédiaire de cycle de Krebs.
• Afin d’orienter le métabolisme des souches mutantes vers une surproduction de l’acide glutamique,
l’activité de l’enzyme, oxoglutarate déshydrogénase (OGDC), décroît sous des conditions limitantes en
biotine, ce qui permet une accumulation de l’oxoglutarate et conduit, par conséquent, à une amélioration
du rendement de productions de l’acide glutamique.
• Il est important de noter que, la concentration optimale de biotine pour produire du glutamate se situe
entre 2 et 5 µg/L.
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• Comme la biosynthèse de l’acide glutamique est cytoplasmique, et les souches mutantes ne sécrètent
pas le glutamate, une gamme de traitements est utilisée pour rendre les cellules plus perméables et
faciliter la libération de l'acide aminé dans le milieu extérieur. Ces traitements comprennent :
• L'ajout de la pénicilline semble être utilisé lors de la production industrielle de l’acide glutamique. La
pénicilline inhibe la biosynthèse du peptidoglycane chez les souches productrices, ce qui provoque une
amélioration du rendement de production de glutamate (Kim et al, 2010).
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• La fermentation est réalisée dans des fermenteurs en acier inoxydable d'une capacité maximale de
450 m3.
• Les sources de carbone utilisés sont généralement le glucose ou le saccharose. La mélasse de la canne
à sucre ou la betterave peuvent aussi être utilisée.
• La source d'azote (sels d'ammonium, urée ou ammoniaque) est alimentée lentement pour éviter
l'inhibition de la production de L-glutamate (Hirasawa et al, 2016).
• La culture est maintenue en agitation dans des conditions aérobies, à la température de 30–37 ° C,
selon le microorganisme utilisé.
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• Afin d’éviter la diminution du pH du milieu de culture, au fur et à mesure que le L-glutamate est
excrété dans le milieu, le pH est maintenu entre 7 à 8.
• La durée de la fermentation, se situe entre 35 à 40 h et atteint des niveaux d'acide glutamique
dans le bouillon de 80 g/L (Delaunay et al, 1999).
• La purification de l’acide glutamique, implique, une centrifugation pour éliminer la biomasse
microbienne. Le pH du surnageant est abaissé doucement, par l’acide chlorhydrique, au point
isoélectrique de l'acide L-glutamique (pH= 3,2). Les cristaux de l’acide L-glutamique, sont ensuite
récupérés par centrifugation, puis lavés plusieurs fois.
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• La plupart des acides organiques ont une application agroalimentaire, et servent surtout comme
agents de conservation, aromatisant, acidulant et antioxydant. Parmi les principaux acides organiques
utiles à l’homme : l’acide citrique, l’acide acétique, l’acide lactique et l’acide propionique.
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Acide citrique
De nombreux microorganismes, peuvent être utilisés pour produire l’acide citrique, notamment:
• Des bactéries : Bacillus licheniformis et Bacillus subtilis (Xu et al, 2005).
• Des moisissures : Aspergillus niger, Aspergillus awamori, Aspergillus foetidus, et Penicillium restrictum
(Show et al, 2015).
• Des levures : Candida lipolytica, Candida intermedia, et Saccharomyces cerevisiae (Yalcin et al, 2010).
L’acide citrique est un intermédiaire métabolique de cycle de Krebs, issue de la condensation du résidu
acétyle (2 carbones) de l’acétylel-CoA sur l’oxaloacétate (quatre carbones) pour former le citrate (six
carbones), avec libération de CoA, la réaction est catalysée par l’enzyme citrate synthase.
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L’acide citrique est un intermédiaire métabolite de cycle du Krebs, une fois formé il est immédiatement
converti en cis-aconitate, par l’enzyme aconitase
4.1. Fermentation
fermentation en surface (solide)
fermentation immergée
• Plus de 80% de la production mondiale en acide citrique est produite par fermentation immergée
dans des fermenteurs de 200 à 900 m³ de volume.
• Les fermenteurs sont résistants à la corrosion, généralement en acier inoxydable. (Darouneh et al,
2009).
• Contrairement à la fermentation en surface, le milieu de culture stérile est ensemencé par des
cellules végétatives, et non plus par des spores de la moisissure A. niger.
• La culture est maintenue en agitation à la température de 30 °C et un pH qui ne dépasse pas pH=3,5.
La fermentation dure cinq à quatorze jours et atteint un rendement d'environ 18,0 kg/ m³ par jour (
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La purification de l'acide citrique commence par la séparation du mycélium fongique, par filtration ou
centrifugation, à partir du milieu de culture.
La solution obtenue, est chauffée puis mélangée avec la chaux (CaO) pour former un précipite de citrate
de calcium (Ca3(C6H5O7)2).
Séparation par filtration, puis traitement par l'acide sulfurique dilué pour générer de l'acide citrique plus
un précipité de sulfate de calcium (gypse).
Ce dernier sera éliminé par filtration. La solution d'acide citrique obtenue sera décolorée par le charbon
actif puis évaporée pour produire des cristaux d'acide citrique.
Ces cristaux sont récupérés par centrifugation, puis séchés et conditionnés (Vandenberghe et al, 1999).
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Intérêt de la méthanisation
La méthanisation à principalement deux intérêts majeurs (Martin et al, 2013) :
économiques environnementaux
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Intérêt économique
Intérêt environnemental
Hydrolyse
Acidogènèse
Acétogénèse
Méthanogenèse
Chaque phase fait intervenir un groupe de microorganisme particulier (Tian et al, 2017).
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1. Hydrolyse 2. Acidogènese
• Au cours de cette étape, les molécules
organiques de haut poids moléculaire comme les • Au cours de cette étape, les monomères
polysaccharides, les lipides, les protéines et les issus de l'étape d'hydrolyse sont
acides nucléiques sont hydrolysés en monomères transformés par fermentation en acides
(monosaccharides comme le glucose, les acides organique (ex : acide acétique, acide
gras, les acides aminés et les bases azotées). propionique, acide butyrique, acide
lactique), en alcool (ex: éthanol), et en
• Les bactéries impliquées dans cette étape ont hydrogène et dioxyde de carbone.
un métabolisme du type anaérobie strict ou
facultatif et forment un ensemble • Plusieurs genres bactériens interviennent
phylogénétique hétérogène regroupant de lors de cette étape : Bacteroides, Bacillus,
nombreux groupes bactériens : Clostridium, Pelobacter, Acetobacterium,
Bacillus, Bacteroides, Butyrivibrio, Enterobacteriaceae (Elefsiniotis et al,
Ruminococcus, Pseudomonas…..etc 2004).
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3. Acétogénèse
4. La méthanogènese
Les méthanogènes sont des archées, utilisant principalement comme substrats l'acétate, le dioxyde de
carbone et l'hydrogène, pour générer le méthane.
Déshydratation
Élimination du CO2
1. Les antibiotiques
Les antibiotiques sont des molécules organiques issues du métabolisme secondaires des
champignons filamenteux et des bactéries, en particulier les actinomycètes.
Bien que plus de 4000 molécules actives ont été isolées à partir de divers microorganismes,
seules une cinquantaine sont utilisées comme antibiotiques pour le traitement de différentes
infections.
Une molécule bioactive doit remplir plusieurs critères importants pour qu’elle soit considérée
comme antibiotique : (i) elle doit être sélective,
(ii) ne doit pas être toxique pour l'homme ou les animaux,
(iii) coûts de production faible,
(iv) possède un spectre large d’activité,
(v) un mécanisme d’action bien déterminé,
(vi) une solubilité élevée,
(x) doit être stable vis-à-vis de différents facteurs physicochimiques
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Céfotaxime
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Centrifugation
Les étapes de la fabrication
Extraction de la pénicilline par industrielle de la pénicilline (Devi et
solvant acétate de pentyle al, 2009).
Filtration
Cristallisation de l’antibiotique
par addition d’acétate de sodium
Séchage
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Les vitamines
• Les vitamines sont des composés organiques essentiels que le corps humain nécessite en petites quantités
pour fonctionner correctement.
• Elles jouent un rôle vital dans de nombreux processus biologiques, tels que le métabolisme des nutriments,
la croissance cellulaire, la fonction immunitaire et la santé des os.
• Parmi les vitamines hydrosolubles, la vitamine B12 (cobalamine), qui est utilisée comme complément
alimentaire, puisqu’elle est indispensable au fonctionnement normal du cerveau et à la formation du
sang.
• Cette molécule est utilisée pour le traitement de l’anémie pernicieuse,
• Elle est essentielle à la synthèse, la régulation de l'ADN, et au métabolisme des acides aminés et des
acides gras.
Vitamine B12
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Les enzymes
Le procédé de la fermentation
Ces enzymes jouent plusieurs rôles dans les productions alimentaires industrielles :
• Amélioration de la texture (exemple : la formation de gel dans certains jus de fruits concentrés
sucrés est évitée en hydrolysant la pectine naturelle par des pectinases)
• Provoquer une insolubilisation de certaines molécules (exemple : l'utilisation de la présure bovine ou
microbienne pour la coagulation de la caséine du lait dans la fabrication des fromages)
• Amélioration les qualités organoleptiques (exemple : l'ajout de lipases à certains fromages améliore
leur saveur)
L'objectif principal est généralement d'obtenir un niveau élevé de biomasse viable dans un état
physiologique approprié pour l'utilisation comme inoculum. Une culture adéquate et un milieu de
production sont essentiels pour fournir le bon environnement pour l'inoculum
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• La fermentation terminée, les enzymes doivent être séparées des cellules et des milieux et
traitées de manière a obtenir une préparation commerciales répondant aux critères de pureté et
de stabilité souhaités.
• Ces traitements sont des opérations unitaires simples telles que centrifugation, filtration,
évaporation, précipitation, séchage…
• Les préparations enzymatiques peuvent être commercialisées sous différentes formes: liquide,
concentré, granulée, immobilisée.
• Dans le cas des enzymes endocellulaires, la récupération nécessite une étape supplémentaire de
broyage ou de lyse cellulaire.