TD N°4 BIOSYNTHESE DES PROTEINES

I. Introduction

La synthèse des protéines est l'acte par lequel une cellule assemble une chaîne protéique en
combinant des acides aminés isolés présents dans son cytoplasme, guidé par l'information
contenue dans l'ADN. Elle se déroule en deux étapes au moins : la transcription de l'ADN en
ARN messager et la traduction de l'ARN messager en une protéine.
La traduction d’un brin D’ARN messager en une chaine polypeptidique est un processus
complexe qui se décompose en trois étapes : initiation, élongation, terminaison.il nécessite
une grande quantité d’énergie et fait intervenir un ARN messager, un ribosome, des acides
aminés, des ARN de transfert et de nombreux facteurs protéiques de régulation.

2. TRANSCRIPTION

La transcription est une biosynthèse d’ARN qui repose sur la complémentarité des bases.
C’est la copie d’une molécule d’ADN en une molécule d’ARN.

La transcription est conduite par plusieurs enzymes chez les eucaryotes

- ARN-polymérase I ou A dans le nucléole : synthèse des ARN ribosomiques (18 S-

5,8 S- 28 S)

- ARN-polymérase II ou B : synthèse des ARN messagers qui contiennent

l'information destinée à la traduction

- ARN-polymérase III ou C : synthèse des petits ARN (tARN, ARNr 5 S….)

Chez les procaryotes une seule enzyme synthétise toutes les catégories d’ARN

2.1. Mécanisme générale de la transcription

- La molécule d'ARN est synthétisée par l'ARN polymérase, qui se lie au promoteur
une séquence spécifique de la molécule d'ADN en amont du gène à transcrire.
- liaison entre l'ADN et l'ARN polymérase permet
- Ouverture de la double hélice (3’→ 5’)
- catalyse l'insertion (5’ → 3’) des ribonucléotides triphosphates
Formation d’un brin d'ARN = le transcrit primaire = ARN prémessager

La double hélice d'ADN est ouverte et la synthèse du brin d'ARN complémentaire se fait dans
le sens 5'-3', jusqu'à un signal "stop".
Le brin d'ARN synthétisé a donc la même séquence (avec des U à la place des T) que le brin
d'ADN 5'-3' dont la séquence code pour le gène, puisque la matrice d'ADN 3'-5' servant à la
synthèse de l'ARN en est la séquence complémentaire

le transcrit primaire présente des séquences codantes appelées exons interrompues par des
séquences non codantes appelées introns

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2.2. Maturation de l'ARN messager

Cette étape ne concerne que les eucaryotes : l'ARN prémessager subit différentes
transformations dans le noyau, avant de devenir ARN messager (ARNm) et d'être exporté
dans le cytosol pour la traduction.

Un G méthylé est ajouté en 5' et constitue une coiffe qui protège l'ARN de la dégradation.
Une queue de poly A est ajoutée en 3' : elle a pour rôle de permettre l'exportation de l'ARNm
dans le cytosol, ainsi que de l'y stabiliser.

Enfin, une opération très importante de la maturation est l'épissage de l'ARN : Chez les
eucaryotes et les archéobactéries, il existe des introns et des exons dans les ARN : les exons
sont les parties codantes qui seront traduites en protéine, tandis que les introns ne codent pas
pour une protéine.

L’épissage consiste à couper (éliminer) les introns et à ligaturer les exons entre eux pour
former l'ARNm mature qui code pour la protéine complète.

Ceci permet un phénomène très intéressant qui est l'épissage alternatif : selon les protéines
réalisant l'épissage, on peut avoir différents épissages de l'ARN en choisissant parmi plusieurs
exons et obtenir une protéine dont une région peut être de plusieurs sortes différentes. Un
gène permet ainsi de coder pour un plus grand nombre de protéines différentes.

3. TRADUCTION.

La transcription se déroule dans le noyau, la traduction dans le cytoplasme et le réticulum

endoplasmique. Chez les procaryotes les deux étapes ont lieu dans le cytoplasme et peuvent
être simultanées, la traduction débute avant que la transcription n’est encore achevée

3.1Les ARN de transfert

Il y a autant d'ARN de transfert différent que de codons, c'est à dire 64. En fait, la plupart des
cellules semblent n’en contenir que 56 variétés différentes. Certains ARNt seraient donc
capables de reconnaître au moins 2 des différents codons d’un même acide aminé.

Cette molécule d'ARN a une structure en forme de trèfle : Trois nucléotides, sont
complémentaires aux nucléotides du codon reconnu : c'est l'anticodon, qui interagit avec la
molécule d'ARNm pour lire la séquence. A l'extrémité 3'OH, se trouve un site liaison à l'acide

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aminé (triplet CCA). Des enzymes (les aminoacyl-ARNt synthases, une différente pour
chaque couple ARNt-acide aminé) attachent les acides aminés aux ARNt leur correspondant
et activent l'extrémité COOH des acides aminés en vue de leur attachement à la chaîne
polypeptidique.

3.2- Le ribosome

Les ribosomes sont des complexes de grande taille composés d'ARN et de protéines et
organisés en deux sous unités. La petite sous unité possède un site de fixation pour se lie à
l'ARNm et à l'aminoacyl-ARNt, permettant la reconnaissance des codons.

La grande sous-unité catalyse la formation de la liaison peptidique : Il y a un site de liaison

(P) du peptidyl-ARNt (c'est à dire de l'ARNt portant la chaîne peptidique en croissance) et un
site de liaison (A) à l'aminoacyl ARNt (ARNt portant un aminoacide)

3.3- Synthèse de la chaîne polypeptidique (étapes de la traduction)

Initiation :

Chez les eucaryotes, des facteurs d'initiation (permettant donc la régulation de la synthèse
protéique) positionnent l'ARNt initiateur portant une méthionine sur la petite sous-unité
ribosomale. Ce complexe se fixe à l'extrémité 5' de l'ARNm (reconnue grâce à sa coiffe) et se
déplace jusqu'au premier AUG. (Les AUG suivants ne seront donc pas reconnus comme
départ de protéine, ceci étant en accord avec le fait que les ARNm des eucaryotes sont
monocystroniques (1 ARNm / 1 protéine). Les facteurs d'initiation se détachent alors et la
grande sous unité du ribosme se fixe ; l'élongation de la chaîne commence. Rq : Chez les
procaryotes, on peut ainsi avoir plusieurs départs dans une même molécule d'ARNm, donc
plusieurs protéines codées à la suite : ce sont des ARNm polycistroniques.

Elongation :

Une molécule d'aminoacyl-ARNt se lie au site A adjacent au site P occupé. Le ribosome

parcoure l’ARNm codon par codon dans le sens 5’----3’

L'extrémité carboxylique du polypeptide se sépare alors de l'ARNt du site P et réagit sur la

fonction NH2 de l'aminoacide porté par l'ARNt du site A. La formation de cette liaison amide
est catalysée par une région de la grosse sous unité ribosomale, la peptidyl transférase.

Le nouveau peptidyl ARNt est ensuite transloqué du site A au site P par un mouvement du
ribosome de 5' vers 3' le long du complexe ARNm-ARNt-peptide.

Terminaison :

Lorsqu'un codon stop est rencontré, au lieu d'un ARNt, un facteur de libération se lie à
l'ARNm. Le ribosome se dissocie et libère l’ARNm. Souvent, de nombreux ribosomes
travaillent à la suite sur une même molécule d'ARNm, synthétisant plusieurs protéines. Cela
permet une amplification de la production des protéines par rapport à la quantité d'ARNm
présente. Ces polyribosomes sont bien visibles en microscopie électronique

3
4
4. CODE GENETIQUE

La séquence nucléotidique est lue par ‘’ mots’’ de 3 lettres, les codons, dans le sens 5’-3’. Le
codon de la méthionine, AUG, sert de signal (initiateur) de début de protéines, qui code pour
la N formylméthionine chez les procaryotes et la méthionine chez les eucaryotes.

4.1 propriétés du code génétique

• il est dégénéré ; car à un acide amine peut correspondre plusieurs codons

• Il est univoque (non ambiguë) car à un codon ne correspond qu’un acide aminé
• il est universel. De l’homme à la bactérie, ce même code est utilisé
• il n'est pas chevauchant.

4.2 Les mutations

Les mutations sont des modifications aléatoires de l’information génétiques. Elles

affectent la molécule d’ADN au moment de la réplication. Si la mutation n’affecte qu’un
triplet de nucléotides, on dit qu’elle est ponctuelle.il en existe différents types

• Addition, ajout à la séquence d'un ou plusieurs nucléotides

• Délétion, suppression d'un ou plusieurs nucléotides
• Substitution, remplacement d'un ou plusieurs nucléotides

Ces mutations n'ont pas les mêmes conséquences:

1. Certaines mutations n'entrainent aucune modification dans le phénotype, la

substitution ne change rien a l’acide amine transcrit car le code est redondant,
l'individu sera sain. On nomme ces mutations silencieuses
2. D'autres mutations entrainent des changements plus ou moins important dans la
succession:

- mutation déclenche l’arrêt de la synthèse de la protéine : Mutation non-sens

-modification de l’acide amine mais la protéine est fonctionnelle : Mutation neutre.

Modification de l’acide amine mais la protéine est non fonctionnelle: Mutation faux-sens.

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 Exercices

Exercices 1 : soit la séquence d’ARNm suivante

5’ C U C A G C G UU A CC A U 3’

Donner les différentes séquences d’acides amines qui peuvent avoir naissance à partir de cette
portion d’ARNm.

Exercices 2.

Le gène de l’hémoglobine est formé de 450 paires de nucléotides. Calculer le nombre d’acides
aminé qui forment la molécule de l’hémoglobine.

Exercices 3

La sequence d’un brin d’ADN est la suivante :

3’ TAC-GCA-TGA-CCT-AAG-ATT-TGA5’

a) donnez la séquence d’acides amines codée sur l’ARNm

b) quelle est la conséquence d’une mutation du 12éme nucléotide ou T est
remplacé par A, comment s’appelle ce type de mutation ?

Exercices 4

Une cellule synthétise 5000 chaines polypeptidiques différents le poids moléculaire moyen de
chaque chaine est de 24.000 ; le poids moyen d’un aa est de 120 ; la PM moyen d’un
nucléotide est de 300. La largeur d’un nucléotide est de 3,4 Å (1Å= 10 -10m)

Quelle est la longueur totale de l’ADN qui code pour l’ensemble des chaines polypeptidiques ?

Quel est le poids moléculaire e ce segment d’ADN à double hélice ?

Exercice 5

3’ T A C G A C C A C C T C T C C A C G G A C 5’
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21

1) Donner en vous aidant du tableau du code génétique la séquence ainsi déterminé des acides
aminés.

2) La base A n°5 disparaît par mutation dans le brin BT . Comment s'appelle ce type de
mutation ? Ecrire le nouveau brin muté. Le traduire en protéine. Quelles sont les
conséquences de cette mutation

3) Une base T s'introduit entre le 12 et 13 base. Comment s'appelle ce type de mutation ?

Ecrire la nouvelle séquence des acides amines. Quelles sont les conséquences de cette
mutation

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4) Une base A remplace la base C n° 6 dans le brin. Comment s'appelle ce type de
mutation ? Ecrire la nouvelle séquence des acides amines. Quelles sont les conséquences de
cette mutation.

Exercice 6

Au cours de la synthèse d’une chaine polypeptidique, le processus d’élongation positionne sur

le site A di ribosome, un ARNt dont l’anticodon est UGA.

1) Quel est l’acide aminé porté par cet ARNt ? Justifiez.

2) Quelle est la séquence d’un nucléotide correspondant au codon sur le brin d’ADN qui a été
transcrit ? Justifiez

3) Quelle serait la conséquence de la mutation du troisième nucléotide (dans le sens de lecture

de l’ADN) de cette séquence ? Quelle propriété du code génétique est responsable de ces
résultats ?

4) Que se passerait-il si le deuxième nucléotide de cette même séquence mutait en T ?

Justifiez.

Exercice 7

Soit la sequence d’un brin d’un fragment d’ADN isolée à partir d’E .coli.

5’ G T A G C C T A C C C A T A G G 3’

1) On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN, en utilisant comme brin matrice
le brin complémentaire. Quelle est la séquence de cet ARNm ?

2) Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet

ARNm ? (on admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire, comme cela se présente
in vitro dans certains conditions expérimentales.

Quel ARNt se liera au ribosome après le départ de l’ARNtAla ? Quelles sont, s’il y’a, les
liaisons rompus lorsque le groupement amine de l’alanine s’engage dans une liaison
peptidique, et qu’arrive-il à l’ARNtAla ?

3) Combien de peptides différents cet ARNm code- t’il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides
si, pour la transcription, c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ?

4) Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en 1, mais vous ne savez pas quelle est
la phase de lecture utilisée. Cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? De son milieu ?
De sa fin ?