TD BS 21 22

TRONC COMMUN BCG
MODULE : BIOCHIMIE STRUCTURALE

(Pr. K. BENDIAB)
ACDES AMINES - PEPTIDES - PROTEINES

TRAVAUX DIRIGES
(2020/2021)
(2,
Exercice 1 :
1-a- Pour l'acide aspartique en solution aqueuse on a constaté que, à pH = 5 ; 6,75% des espèces
chimiques présentes en solution ont leur partie organique électriquement neutre. En déduire la
valeur du pKa associée à l'équilibre de déprotonation de cette espèce.
b- Calculer le pHi de cet acide aminé sachant que pKαCOOH = 2,09 et pKαNH3+ = 9,82.
Que pouvez-vous dire sur le caractère acido-basique de cet a.a. à pH 1 et pH 7.
2-a- Donner le pHi de l’histidine et préciser sa structure à ce pH.
b- Représenter la courbe de titrage de l’histidine en portant ses trois pK (pK1 = 1,82;

pK2 = 6 et pK3 = 9,17) et son pHi sur l’axe des pH.
Exercice 2 :
On donne les peptides suivants, PA : Lys-Ala-His-Glu-Met et PB : Trp-Leu-Asp-Cys.
1- Ecrire la formule développée de ces peptides.
2- Etudier la variation de leur charge nette en fonction du pH et déterminer leur pHi.
3- Lors d’une électrophorèse, pour quelle valeur de pH tampon ces peptides sont-ils-
séparés?
Les valeurs de pK sont données dans le tableau ci-dessous.
α-COOH β ou α-NH2 ε-NH2 Imidazole Thiol

γ-COOH
pka 3 4,5 8,5 10,5 6,5 10
Exercice 3 :
Une protéine A comporte des groupements ionisables pour lesquels les pK sont donnés dans le
tableau ci-dessous.
pK Nombre de résidus
COOH-Ct 3,8 1
COOHR(Asp,Glu) 4,5 6
SHR(Cys) 8,0 8
NH3+R (Lys) 10,2 14
NH2+R(Arg) 12,0 8
Nt-NH3+ 7,8 1
1- Calculer la charge de A à pH = 4,5 et à pH = 10,2.

2- Déterminer la valeur de son pHi, justifier votre réponse.
Exercice 4:
A) On part d’un nonapeptide qui a donné par hydrolyse avec HCl 6N pendant 72 h :
1 Ala, 3 Gly, 1 Pro, 1 Leu, 2 Phe et 1 Tyr. Ce même nonapeptide :
1- ne donne pas de DNP-aa avec le DNFB;
2- réagit avec l’isatine (spécifique de la Pro) ;
3- donne par hydrolyse chymotrypsique: deux tripeptides :(T1 et T3) et un dipeptide D.
4- donne par hydrolyse ménagée : un tripeptide T2.
B) Après hydrolyse des liaisons peptidiques par HCl 6N des tripeptides T1, T2, T3 et du
dipeptide D, suivie de la séparation des acides aminés des hydrolysats par
chromatographie sur couche mince et révélation à la ninhydrine, on obtient les résultats
suivants :
1- Composition en acides aminés des fragments :
T1 : Gly, Tyr, Leu ;
T2 : Gly, Ala, Phe ;
T3 : Gly, Pro, Phe ;
D : Gly, Phe.
2- La détermination de l’extrémité N-terminale par la méthode de Sanger donne pour T1
Gly et pour T2 Gly.
3- La détermination de l’extrémité C-terminale par hydrolyse enzymatique par la
carboxypeptidase donne pour T2 Ala.
Déduire de ces résultats expérimentaux la séquence des aminoacides dans les différents
peptides T1, T2, T3 et D et la séquence du nonapeptide de départ.
Exercice 5:
Un peptide P contient douze résidus d'acides aminés, deux d'entre eux étant présents chacun
deux fois. Il contient de la lysine et pas d'arginine. Le réactif d'Edman détache un diacide à 4
carbones. Le clivage par le bromure de cyanogène donne deux peptides, un peptide A de 5
résidus et un peptide B de 7 résidus.
A) Du peptide A le réactif d'Edman détache successivement le diacide à 4 carbones, puis le
plus simple des acides aminés.
La trypsine coupe A en deux peptides, A1 et A2, dont l'un a comme acide aminé N-
terminal un acide alcool à 3 carbones.
B) Du peptide B le réactif d'Edman détache un acide aminé faiblement basique contenant 3
atomes d'azote et la carboxypeptidase un acide aminé alcool à 3 carbones.
La chymotrypsine détache un dipeptide terminé par un acide aminé porteur d'une fonction
phénol.
La trypsine sépare B en deux peptides, B1 et B2. Le peptide B1 donne par hydrolyse acide
3 acides aminés et 4 par hydrolyse alcaline. Du peptide B2 le réactif d'Edman enlève Ile puis
un acide alcool à 4 carbones.
Donner la séquence du peptide P.
Exercice 6 :
Le peptide A, constitué de 7 acides aminés, a été détaché à partir d’une protéine P par
l’action de la trypsine. 1 mmole de ce peptide est traité au β-mercaptoéthanol, puis subit une
hydrolyse acide totale avant d’être soumis à une chromatographie de partage sur papier. On
obtient 5 taches séparées qui correspondent après révélation et identification aux acides
aminés suivants: Glu, Cys, Arg, Ala et Met.
L’action du bromure de cyanogène sur ce peptide en l’abscence de β-mercaptoéthanol
donne un tripeptide acide lequel, soumis au réactif d’Edman libère PTH-Glu, et un
tétrapeptide basique; ces deux peptides sont liés par un pont disulfure. Soumis à l’action du
réactif d’Edman, le tétrapeptide libère tout d’abord le PTH-Gln, puis, en présence de β-
mercaptoéthanol, le PTH-Cys.
1- Donner la séquence du peptide A en absence de β-mercaptoéthanol en justifiant votre
réponse.
2- Donner la structure chimique détaillée de l’acide aminé acide et de l’acide aminé basique
de cette séquence. Préciser les noms des fonctions portées par leurs chaînes latérales.
Exercice 7 :
La glycogène phosphorylase a musculaire est éluée d'une colonne Biogel P-300
calibrée à une position correspondant à un PM = 360 000. Son analyse sur gel de
SDS-polyacrylamide suggère qu'elle a un PM de 90 000. Une analyse se basant sur une
hydrolyse enzymatique faite sur un autre échantillon de la phosphorylase a produit 1,86 µg de
pyridoxal (PM = 167,2) pour 1 mg de protéine. Quel conclusion pouvez-vous tirer de ces
expériences relative à la structure de la phosphorylase a ?
Exercice 8 :
Une analyse d'acides aminés de 1 mg d'une enzyme pure E produit 58,1 µg de leucine
(MM = 131,2) et 36,2 µg de tryptophane (MM = 204,2). Quel est le poids moléculaire
minimum de l'enzyme ?
Exercice 9:
1- Un mélange de 3 peptides: A: Glu-Cys-Leu-Glu, B: Arg-Pro-Gly-Lys et C: Val-Ile-Ile-Gly,
est déposé sur la carboxyméthylcellulose, échangeur de cations, obtenue en substituant la
cellulose par des groupements carboxyméthyl (-CH2 - COOH). Pour l’élution on applique un
gradient de pH de 1 à 10; indiquer l’ordre de sortie de ces peptides.
2- Les protéines suivantes : ovalbumine, cytochrome c et lysozyme de pHi 6,5; 8,15 et 10
respectivement, sont séparées sur une résine polystyrène ammonium quaternaire (comportant
des groupes positifs fixés de manière covalente sur le réseau macromoléculaire constitutif de
la résine). Quelles sont celles qui sont retenues par la résine à pH 9 ?

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b- Représenter la courbe de titrage de l’histidine en portant ses trois pK (pK1 = 1,82;

α-COOH β ou α-NH2 ε-NH2 Imidazole Thiol

1- Calculer la charge de A à pH = 4,5 et à pH = 10,2.

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